Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01008680.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123362, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15098
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.17, T:0.30
Found at i:10283 original size:152 final size:152
Alignment explanation
Indices: 9665--10548 Score: 584
Period size: 152 Copynumber: 5.8 Consensus size: 152
9655 TACTAATGGA
* *
9665 AATGGAAAAGCAGG-TCTACCAACAAATCTTAGGCATGATGCTAACAGATTCA-TGTTGAAAATG
1 AATGGAAAAGCAGGCACTACCAACAAATCTCAGGCATGATGCTAACAGATTCACT-TTGAAAA--
** ** * *
9728 CCCTGTTAATTGTTATATGCTATCGGGTTCATATGGCTAATTT-AAGTTCAATGTTTCATTGCTT
63 ---TGTT-ATTGTTATATGCTATATGGTTCATATGGCTGCTTTCAAGTTCAATGCTTCATTACTT
* * ** *
9792 CTATTTCAGTTATACAATGTTTGACGACT
124 CTATTTCAGTTCTACAATGCTCAATGACT
* * * ** * *
9821 AATGAAAACAGAAAGACAAGCACTACCAA-ATAATCTTAGGCATGATGCTAATGGACTCACTCTG
1 AATG----GA-AAAG-CAGGCACTACCAACA-AATCTCAGGCATGATGCTAACAGATTCACTTTG
* * * * *** *
9885 AAAATGTTA-TGTTATATGCTATTTGGTTCATATTGCTGCCTTCCGAGTTCAACATTTGATTACT
59 AAAATGTTATTGTTATATGCTATATGGTTCATATGGCTG-CTTTCAAGTTCAATGCTTCATTACT
* *
9949 TCTATTTCAGTTCTAGAATGCTCAATGCCT
123 TCTATTTCAGTTCTACAATGCTCAATGACT
* * * * * *
9979 AATGCAAAAGCAGGC-CAAACGAAGAAATCTCAAGCATGATTCTAACAGATTCACTTT-AAAATG
1 AATGGAAAAGCAGGCAC-TACCAACAAATCTCAGGCATGATGCTAACAGATTCACTTTGAAAATG
* * * *
10042 -TATTGTTATATGCTATATGGTTCATGTAGCTGTTTTCAAGTTCACT-CTTTCATTACTTCTATT
65 TTATTGTTATATGCTATATGGTTCATATGGCTGCTTTCAAGTTCAATGC-TTCATTACTTCTATT
* *
10105 TCAGTTCTAAAATGCTCAATGGCT
129 TCAGTTCTACAATGCTCAATGACT
* *
10129 AATGGAAAGGCAGGCACTACCAACAAATCTCAGGCTTGATGCTAACAGATTCACTTTGAAAAT-T
1 AATGGAAAAGCAGGCACTACCAACAAATCTCAGGCATGATGCTAACAGATTCACTTTGAAAATGT
* * *
10193 TCTTGTTATAATGCTA-ATGGCTTCATATGGATGCTTTCAAGTTCAATGCTTCATTGCTTCTATT
66 TATTGTTAT-ATGCTATATGG-TTCATATGGCTGCTTTCAAGTTCAATGCTTCATTACTTCTATT
* * *
10257 TCAGCTCTACAATGTTCGATGACT
129 TCAGTTCTACAATGCTCAATGACT
* ** * * * * * * *
10281 AATGGAAACCAAAAAAGCAGGCACTACAAAGTAATCTTAGTCATAATGTTAA-GGATTCAATCTG
1 AATGG-------AAAAGCAGGCACTACCAACAAATCTCAGGCATGATGCTAACAGATTCACTTTG
* ** * * * * *
10345 AACATG-TCGT-TTATACGCTATTTGGTAT-ACATGGCTGGTTTCAAGTTCAATGTTTC-TCTAC
59 AAAATGTTATTGTTATATGCTATATGGT-TCATATGGCTGCTTTCAAGTTCAATGCTTCAT-TAC
*
10406 TTCTATTTCAGTTCTACAATGTTCAATGACT
122 TTCTATTTCAGTTCTACAATGCTCAATGACT
* * * * * * *
10437 AAT-GAAAGGCAGACAATACCAAGAAAGCTAAGGCATGATGCT--C--A---A--GTGAAAATG-
1 AATGGAAAAGCAGGCACTACCAACAAATCTCAGGCATGATGCTAACAGATTCACTTTGAAAATGT
* * *
10491 TCTTGTTATATG-T-TGATGAGTTCAGATGGCTGCTTTCAAGTTCAACGCTTCATTACTT
66 TATTGTTATATGCTAT-ATG-GTTCATATGGCTGCTTTCAAGTTCAATGCTTCATTACTT
10549 ACACTTCGAT
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 109, Indels: 91
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
139 1 0.00
140 14 0.02
141 37 0.06
142 2 0.00
145 1 0.00
148 28 0.05
150 94 0.16
151 51 0.09
152 98 0.17
153 6 0.01
154 2 0.00
155 2 0.00
156 93 0.16
157 11 0.02
158 62 0.11
159 31 0.05
160 1 0.00
161 4 0.01
162 4 0.01
163 38 0.07
164 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (152 bp):
AATGGAAAAGCAGGCACTACCAACAAATCTCAGGCATGATGCTAACAGATTCACTTTGAAAATGT
TATTGTTATATGCTATATGGTTCATATGGCTGCTTTCAAGTTCAATGCTTCATTACTTCTATTTC
AGTTCTACAATGCTCAATGACT
Done.