Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01008857.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123543, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4293
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.20, T:0.36


Found at i:1891 original size:52 final size:52

Alignment explanation


    Indices: 1808--2256  Score: 580
    Period size: 52  Copynumber: 8.6  Consensus size: 52

       1798 TACATGAAAA

                *                                               
       1808 AGGTTCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG
          1 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG

                                   *              *            *
       1860 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCATGAGTATATGAATCGTTTACGGATTATT
          1 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG

            *     *   *             ***               * *        
       1912 TGGT-CAAGTAACTATGTGTCATCACAAGTATATGAATCCTTAATGGATTATG
          1 AGGTCCGA-TGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG

                           *                           *       *
       1964 AGGTCCGATGACTATATGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTATGGATTATA
          1 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG

                                                                
       2016 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG
          1 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG

                      *                      *                  
       2068 AGGTCCGATGGCTATGTGTCATCGTGAGTATATAAATCCTTTACGGATTATG
          1 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG

                      *    *                    *               
       2120 AGGTCCGATGGCTATTTGTCATCGTGAGTATATGAACCCTTTACGGATTATG
          1 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG

                      *    *       * *                           *
       2172 AGGTCCGATGGCTATTTGTCATCATAAGTATAT-AGATCCTTTTACGGATT-TA
          1 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGA-ATCC-TTTACGGATTATG

                *          *           *     
       2224 AGGTTCGAATTGACTTTGTGTCATCGTCAGTAT
          1 AGGTCCG-A-TGACTATGTGTCATCGTGAGTAT

       2257 TAAATGAGAA


Statistics
Matches: 351,  Mismatches: 40, Indels: 10
        0.88            0.10        0.02

Matches are distributed among these distances:
  51    3  0.01
  52  317  0.90
  53   13  0.04
  54   18  0.05

ACGTcount: A:0.26, C:0.15, G:0.23, T:0.36


Consensus pattern (52 bp):   
AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG

Done.