Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01008915.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123604, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2510
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.37
Found at i:940 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 932--986 Score: 58
Period size: 3 Copynumber: 18.0 Consensus size: 3
922 TTAATAAATG
* **
932 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA -AA ACA GTTA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA -TTA TTA TTA TTA TTA
977 TTA TTTA TTA
1 TTA -TTA TTA
987 CGAACAATGT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 6
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
2 1 0.02
3 40 0.89
4 4 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.02, T:0.60
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:1770 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1747--1818 Score: 72
Period size: 17 Copynumber: 4.2 Consensus size: 17
1737 TGTCCTGGAC
* *
1747 TTTTAATTTAATATTAAG
1 TTTTAATTCAAT-TTAAA
*
1765 TTTTAAGTCAATTTAAA
1 TTTTAATTCAATTTAAA
*
1782 TTTTAATTAAATTTAAA
1 TTTTAATTCAATTTAAA
* * *
1799 TTTAAAGTAAATTTAAA
1 TTTTAATTCAATTTAAA
1816 TTT
1 TTT
1819 AAGAAGATAA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 7, Indels: 1
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
17 37 0.79
18 10 0.21
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.04, T:0.51
Consensus pattern (17 bp):
TTTTAATTCAATTTAAA
Found at i:1785 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1760--1871 Score: 109
Period size: 17 Copynumber: 6.4 Consensus size: 17
1750 TAATTTAATA
* *
1760 TTAAGTTTTAAGTCAAT
1 TTAAATTTTAAGTAAAT
*
1777 TTAAATTTTAATTAAAT
1 TTAAATTTTAAGTAAAT
*
1794 TTAAATTTAAAGTAAAT
1 TTAAATTTTAAGTAAAT
*
1811 TTAAATTTAAGAAGATAAAT
1 TTAAATTT--TAAG-TAAAT
1831 TTAAA-TTTAAGATAAAT
1 TTAAATTTTAAG-TAAAT
* *
1848 TTAAATTTAAAAATAAAT
1 TTAAATTT-TAAGTAAAT
1866 TTAAAT
1 TTAAAT
1872 CAATTTAAAC
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 9, Indels: 9
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
17 51 0.63
18 13 0.16
19 7 0.09
20 10 0.12
ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (17 bp):
TTAAATTTTAAGTAAAT
Found at i:1793 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 1777--1880 Score: 59
Period size: 11 Copynumber: 9.0 Consensus size: 11
1767 TTAAGTCAAT
*
1777 TTAAATTTTAA
1 TTAAATTTAAA
1788 TTAAATTTAAA
1 TTAAATTTAAA
*
1799 TTTAAA-GTAAA
1 -TTAAATTTAAA
1810 TTTAAATTTAAGAA
1 -TTAAATTT-A-AA
*
1824 GATAAATTTAAA
1 -TTAAATTTAAA
* **
1836 TTTAAGATAAA
1 TTAAATTTAAA
1847 TTTAAATTTAAAA
1 -TTAAATTT-AAA
*
1860 ATAAATTTAAA
1 TTAAATTTAAA
*
1871 -TCAATTTAAA
1 TTAAATTTAAA
1881 CCCAACTTAA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 14, Indels: 13
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
10 9 0.12
11 30 0.41
12 20 0.27
13 5 0.07
14 9 0.12
ACGTcount: A:0.54, C:0.01, G:0.04, T:0.41
Consensus pattern (11 bp):
TTAAATTTAAA
Found at i:1797 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 1774--1871 Score: 87
Period size: 6 Copynumber: 16.5 Consensus size: 6
1764 GTTTTAAGTC
* *
1774 AATTTA AATTTT AA-TTA AATTTA AATTTA AA-GTA AATTTA AATTTAA
1 AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTT-A
** **
1821 GAAGATA AATTTA AATTTA AGA--TA AATTTA AATTTA AAAATA AATTTA
1 -AATTTA AATTTA AATTTA A-ATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA
1869 AAT
1 AAT
1872 CAATTTAAAC
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 12, Indels: 14
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
4 1 0.01
5 11 0.15
6 55 0.75
7 3 0.04
8 3 0.04
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.04, T:0.42
Consensus pattern (6 bp):
AATTTA
Found at i:1837 original size:37 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1766--1871 Score: 137
Period size: 37 Copynumber: 3.0 Consensus size: 35
1756 AATATTAAGT
* * *
1766 TTTAAG-TCAATTTAAATTTT-AATTAAATTTAAA
1 TTTAAGATAAATTTAAATTTAAAAATAAATTTAAA
1799 TTTAA-AGTAAATTTAAATTTAAGAAGATAAATTTAAA
1 TTTAAGA-TAAATTTAAATTTAA-AA-ATAAATTTAAA
1836 TTTAAGATAAATTTAAATTTAAAAATAAATTTAAA
1 TTTAAGATAAATTTAAATTTAAAAATAAATTTAAA
1871 T
1 T
1872 CAATTTAAAC
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 3, Indels: 10
0.83 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
33 5 0.08
34 12 0.19
35 12 0.19
36 4 0.06
37 30 0.47
38 1 0.02
ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (35 bp):
TTTAAGATAAATTTAAATTTAAAAATAAATTTAAA
Done.