genome.fa.s8932.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01008932.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123623, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  411669

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5145--5300	60	2.6	59	82	3	215	41	4	24	30	1.75
5146--5291	29	4.9	30	68	17	99	41	3	23	31	1.71
5752--5841	36	2.5	36	98	0	171	27	28	24	18	1.98
9772--9828	15	3.6	15	75	13	51	5	28	0	66	1.13
9779--9812	9	3.8	9	92	0	59	8	32	0	58	1.29
11635--11682	16	3.0	16	78	0	51	22	6	14	56	1.61
12349--12417	31	2.4	29	79	15	72	46	11	13	28	1.78
12517--12559	1	43.0	1	80	0	50	90	4	2	2	0.59
13138--13261	62	2.0	62	82	6	151	21	12	18	47	1.81
13302--13769	205	2.3	206	81	3	586	24	11	16	47	1.80
17497--17528	16	2.0	16	93	0	55	28	0	0	71	0.86
25620--25675	23	2.5	21	83	11	67	69	14	10	5	1.34
27382--27576	104	1.9	104	92	2	329	41	13	14	30	1.84
33045--33075	14	2.2	14	94	0	53	3	19	12	64	1.41
33541--33591	26	1.9	27	88	4	77	35	3	1	58	1.28
40571--40602	12	2.7	12	100	0	64	34	25	6	34	1.81
41937--41978	17	2.5	17	80	7	50	40	4	0	54	1.21
47972--48023	24	2.2	24	92	0	86	19	17	30	32	1.95
52349--52393	16	2.8	17	80	12	60	66	0	0	33	0.92
54485--54525	21	2.0	21	90	0	64	53	12	0	34	1.38
54767--54880	59	1.9	60	87	8	171	24	16	13	45	1.83
54755--54861	31	3.5	31	63	19	73	26	16	12	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54755--54924	60	2.8	58	79	7	189	25	17	12	44	1.84
55118--55241	30	4.2	31	70	13	107	45	10	18	25	1.81
56428--56471	23	1.9	23	86	9	63	34	0	6	59	1.24
62900--62930	12	2.5	13	94	5	55	41	0	0	58	0.98
63038--63082	21	2.1	22	87	4	65	68	2	0	28	1.01
63047--63078	14	2.1	16	88	11	50	68	3	0	28	1.04
68237--68286	3	16.7	3	79	8	57	60	0	36	4	1.16
69909--69969	31	2.0	31	86	0	86	39	6	4	49	1.50
72819--72867	24	2.0	24	92	0	80	30	16	38	14	1.88
74577--74621	23	2.0	22	86	4	63	64	4	4	26	1.32
74542--74613	33	2.1	34	82	14	87	66	6	2	23	1.29
74503--74627	58	2.1	59	85	8	166	60	10	4	24	1.49
81466--81504	20	1.9	19	85	10	51	17	12	0	69	1.19
81577--81605	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
82570--82605	6	6.0	6	86	0	54	30	0	55	13	1.39
82571--82606	18	2.0	18	94	0	63	30	0	58	11	1.33
87374--87720	116	3.0	116	86	1	444	41	22	14	21	1.89
87632--87843	108	2.0	107	94	0	370	39	22	14	24	1.90
87642--87870	108	2.1	108	90	1	352	40	22	13	23	1.90
98146--98170	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
102078--102165	31	2.9	30	72	5	77	38	10	12	38	1.77
108491--108532	19	2.2	19	95	0	75	64	4	14	16	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115927--115965	20	2.0	20	90	10	62	30	2	2	64	1.21
117015--117043	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
123880--123961	31	2.7	31	80	1	94	50	9	3	36	1.53
124378--124410	13	2.4	14	85	10	50	66	3	0	30	1.06
125734--125833	30	3.4	29	76	4	101	42	2	11	45	1.51
127383--127425	22	2.0	22	90	0	68	46	11	6	34	1.67
128862--128898	17	2.1	18	90	5	58	59	2	0	37	1.12
144079--144106	6	4.7	6	100	0	56	82	0	17	0	0.68
148711--149063	170	2.1	166	87	6	496	43	21	14	20	1.87
151791--151932	71	2.0	71	83	8	182	30	23	15	29	1.95
153101--153140	21	1.9	21	84	0	53	62	5	2	30	1.29
154401--154513	60	1.9	60	82	5	142	24	6	11	57	1.57
156863--156903	21	2.0	21	85	9	57	39	0	12	48	1.41
157114--157192	25	3.2	25	92	1	124	8	30	18	41	1.81
169763--169826	31	2.1	31	87	0	92	48	10	7	32	1.67
174247--174273	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
174804--174845	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
179444--179800	96	3.7	91	76	11	263	37	14	11	36	1.82
179444--179800	95	3.7	97	78	7	365	37	14	11	36	1.82
179594--179815	96	2.3	96	83	4	268	39	17	7	35	1.78
184749--184778	6	5.0	6	100	0	60	16	66	0	16	1.25
191134--191195	32	1.9	32	86	0	88	33	33	6	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196896--196987	44	2.1	44	91	0	148	28	14	15	42	1.85
197098--197190	44	2.1	45	85	2	125	26	12	18	41	1.86
196846--197342	203	2.5	194	86	6	658	26	17	16	39	1.91
206714--206771	17	3.4	17	83	4	73	43	1	1	53	1.21
207461--207538	3	25.7	3	70	7	50	52	1	6	39	1.35
207460--207538	9	8.7	9	72	8	61	51	1	6	40	1.35
208533--208643	29	3.8	29	77	11	102	36	24	1	36	1.66
208529--208672	57	2.5	58	82	10	161	34	27	3	34	1.74
208564--208671	29	3.8	29	79	10	107	36	26	3	33	1.74
208569--208732	29	5.6	28	73	14	86	33	25	4	35	1.78
208598--208847	60	4.3	59	76	8	192	32	24	6	37	1.80
209077--209257	96	1.9	96	84	6	242	31	16	12	39	1.85
210712--211068	102	3.5	102	79	7	377	51	10	18	20	1.75
210670--211083	204	2.0	205	81	5	473	52	10	18	19	1.73
210985--211154	87	2.0	88	89	4	265	53	10	15	20	1.71
210884--211370	193	2.5	190	82	8	590	52	10	15	21	1.73
211179--211368	92	2.1	90	83	10	246	52	11	13	22	1.72
212422--212447	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
213863--213905	12	3.6	12	90	0	50	16	30	48	4	1.66
213863--213900	18	2.1	18	90	0	58	15	31	50	2	1.58
213863--213891	6	4.8	6	100	0	58	17	31	51	0	1.45
227260--227325	20	3.3	20	72	4	62	43	0	4	51	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235018--235153	67	2.0	67	87	2	193	24	20	19	35	1.96
235156--235296	76	1.9	76	92	0	237	27	16	22	33	1.95
238000--238056	26	2.2	26	81	12	64	43	1	1	52	1.21
239684--239722	16	2.5	16	83	4	53	51	30	2	15	1.57
260160--260290	63	2.1	63	94	0	226	22	17	15	45	1.85
263290--263369	31	2.6	30	77	15	90	63	3	2	30	1.25
264801--264855	24	2.4	23	77	16	60	54	5	0	40	1.23
267230--267292	18	3.2	20	79	18	71	55	1	0	42	1.09
269567--269614	19	2.5	19	80	6	53	39	2	6	52	1.39
292455--292497	17	2.5	17	84	0	59	62	0	0	37	0.95
296915--296978	21	3.0	21	97	0	119	15	18	46	18	1.84
296956--297135	87	2.1	85	94	0	261	20	12	42	24	1.87
297059--297666	72	8.4	72	88	0	822	23	14	38	24	1.92
297062--297644	216	2.7	216	93	0	968	23	15	37	23	1.92
297617--297711	45	2.1	45	86	3	129	23	14	36	25	1.93
297734--297819	45	1.9	45	87	0	127	20	16	37	25	1.93
297662--297798	72	1.9	72	83	5	179	22	16	37	24	1.93
297545--297801	117	2.2	117	98	0	496	22	16	36	24	1.94
301198--301245	24	2.0	25	91	4	80	43	8	22	25	1.81
316947--316977	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
324761--324808	24	2.0	24	96	4	89	43	22	0	33	1.54
328134--328169	3	12.0	3	87	0	54	36	61	0	2	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
328851--328902	22	2.4	22	80	6	61	61	0	0	38	0.96
330079--330124	24	2.0	23	82	4	56	28	0	4	67	1.10
341667--341703	19	1.9	19	94	0	65	13	5	13	67	1.39
341708--341750	12	3.6	12	87	0	68	13	4	9	72	1.26
341683--341756	24	3.0	24	86	5	96	14	5	10	68	1.35
341907--341957	26	1.9	26	92	4	84	25	0	5	68	1.12
344100--344561	227	2.0	226	86	4	644	29	16	22	32	1.95
345902--345944	22	1.9	22	85	4	59	46	0	2	51	1.13
346944--347028	28	3.1	27	68	24	77	52	1	0	45	1.08
354822--354864	2	21.0	2	95	4	77	48	2	0	48	1.14

Tables:   1   2