Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01008935.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123627, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2342
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.17, T:0.31


Found at i:1732 original size:30 final size:29

Alignment explanation


    Indices: 1668--1874  Score: 161
    Period size: 30  Copynumber: 7.0  Consensus size: 29

       1658 CAAGAATTTG

                       *             *     
       1668 GGGTTAAAATATAATTTTATA-AAAATTT-A
          1 GGGTTAAAAT-GAATTTT-TAGAAAGTTTAA

                           *              
       1697 GGGTTAAAATGAGATCTTTAGAAAGTTTAA
          1 GGGTTAAAATGA-ATTTTTAGAAAGTTTAA

                               *         *
       1727 GGGTTAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTT-G
          1 GGGTTAAAATG-AATTTTTAGAAAGTTTAA

               *     * *       *          
       1756 GGGCTAAATCTAAATTTTTTGAAAGTTTAA
          1 GGGTTAAA-ATGAATTTTTAGAAAGTTTAA

                               *    *   * 
       1786 GGGTTAAAATGTAATTTTTGGAAAATTTTA
          1 GGGTTAAAATG-AATTTTTAGAAAGTTTAA

                 *  *  *                  
       1816 GGGTTGAATTCAAATTTTTAGAAAGTTTAA
          1 GGGTTAAAAT-GAATTTTTAGAAAGTTTAA

                        *                 
       1846 GGGTTAAAATGTGATTTTT-GAAAAGTTTA
          1 GGGTTAAAATG-AATTTTTAG-AAAGTTTA

       1875 GGGAGTAATA


Statistics
Matches: 141,  Mismatches: 27, Indels: 19
        0.75            0.14        0.10

Matches are distributed among these distances:
  28    3  0.02
  29   44  0.31
  30   93  0.66
  31    1  0.01

ACGTcount: A:0.38, C:0.02, G:0.20, T:0.40


Consensus pattern (29 bp):   
GGGTTAAAATGAATTTTTAGAAAGTTTAA

Found at i:1735 original size:59 final size:58

Alignment explanation


    Indices: 1668--1877  Score: 260
    Period size: 59  Copynumber: 3.6  Consensus size: 58

       1658 CAAGAATTTG

                      *              *              * *  *              
       1668 GGGTTAAAATATAATTTTAT-AAAAATTTAGGGTTAAAATGAGATCTTTAGAAAGTTTAA
          1 GGGTTAAAATGTAATTTT-TGAAAAGTTTAGGGTT-AAATCAAATTTTTAGAAAGTTTAA

                                *       *   *               *          
       1727 GGGTTAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTTGGGGCTAAATCTAAATTTTTTGAAAGTTTAA
          1 GGGTTAAAATGTAATTTTTGAAAAGTTTAGGGTTAAATC-AAATTTTTAGAAAGTTTAA

                                     *            *                     
       1786 GGGTTAAAATGTAATTTTTGGAAAATTTTAGGGTTGAATTCAAATTTTTAGAAAGTTTAA
          1 GGGTTAAAATGTAATTTTT-GAAAAGTTTAGGGTT-AAATCAAATTTTTAGAAAGTTTAA

                        *                   
       1846 GGGTTAAAATGTGATTTTTGAAAAGTTTAGGG
          1 GGGTTAAAATGTAATTTTTGAAAAGTTTAGGG

       1878 AGTAATAAAC


Statistics
Matches: 130,  Mismatches: 17, Indels: 8
        0.84            0.11        0.05

Matches are distributed among these distances:
  58    5  0.04
  59   74  0.57
  60   47  0.36
  61    4  0.03

ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.21, T:0.40


Consensus pattern (58 bp):   
GGGTTAAAATGTAATTTTTGAAAAGTTTAGGGTTAAATCAAATTTTTAGAAAGTTTAA

Found at i:1863 original size:60 final size:60

Alignment explanation


    Indices: 1713--1877  Score: 246
    Period size: 60  Copynumber: 2.8  Consensus size: 60

       1703 AAATGAGATC

                                                       *                
       1713 TTTAGAAAGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGG-AAAGTTTGGGGCTAAATCTAAATT
          1 TTTAGAAAGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAAAAGTTTAGGGCTAAATCTAAATT

               *                                   *       * *           
       1772 TTTTGAAAGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAAAATTTTAGGGTTGAAT-TCAAATT
          1 TTTAGAAAGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAAAAGTTTAGGGCTAAATCT-AAATT

                                      *                    
       1832 TTTAGAAAGTTTAAGGGTTAAAATGTGATTTTT-GAAAAGTTTAGGG
          1 TTTAGAAAGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAAAAGTTTAGGG

       1878 AGTAATAAAC


Statistics
Matches: 96,  Mismatches: 8, Indels: 4
        0.89            0.07        0.04

Matches are distributed among these distances:
  59   47  0.49
  60   49  0.51

ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.22, T:0.41


Consensus pattern (60 bp):   
TTTAGAAAGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAAAAGTTTAGGGCTAAATCTAAATT
Done.