Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01009018.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123716, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 24144
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.35
Found at i:8740 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 8593--8811 Score: 164
Period size: 43 Copynumber: 5.1 Consensus size: 43
8583 AAGATAATGC
* * ** * *
8593 CGCTAAAGAACATGGTCTTTAGCGGTGC-TTTCCTCACAAACGC
1 CGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCAGCACTTTTAC-CACAAACGT
* * *
8636 CACTAAAGAACATGGTT-TTTAGC-GACAC-TTTACCAAAAATGT
1 CGCTAAAGAACAT-GTTCTTTAGCAG-CACTTTTACCACAAACGT
* * *
8678 CGTTAAAGAACATGGTCTTTAGCAGCACTTTTACCACAAACGC
1 CGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCAGCACTTTTACCACAAACGT
* * *
8721 CGCTAAA-AACCATGTTCTTTAGTAGCGCTTTT-CTCACAAATGT
1 CGCTAAAGAA-CATGTTCTTTAGCAGCACTTTTAC-CACAAACGT
** * * *
8764 CGCTGTAGAACATGTTCTTTAGCAGC-GTTTTTCTACAAACGT
1 CGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCAGCACTTTTACCACAAACGT
8806 CGCTAA
1 CGCTAA
8812 CAGTAACAGA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 28, Indels: 19
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.01
42 45 0.32
43 88 0.63
44 4 0.03
ACGTcount: A:0.30, C:0.24, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (43 bp):
CGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCAGCACTTTTACCACAAACGT
Found at i:15051 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 14953--15095 Score: 207
Period size: 64 Copynumber: 2.2 Consensus size: 64
14943 ATTAAATATT
*
14953 TAATTAAATATAATTAAATAATTAAATATTTTGAA-ATAAATATTTGAGTTGTTTTTAATAAATA
1 TAATTAAATAT--TTAAATAATTAAATATTTTGAATA-AAATATTTGAGTTGATTTTAATAAATA
**
15017 GC
63 AA
* *
15019 TAATTAAATATTTAAATAATTAAATATTTTGAATAAAATATTTGGGTTGATTTTAATAATTAAA
1 TAATTAAATATTTAAATAATTAAATATTTTGAATAAAATATTTGAGTTGATTTTAATAAATAAA
15083 TAATTAAATATTT
1 TAATTAAATATTT
15096 GGAATTAAAT
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 5, Indels: 4
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
64 59 0.83
65 1 0.01
66 11 0.15
ACGTcount: A:0.47, C:0.01, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (64 bp):
TAATTAAATATTTAAATAATTAAATATTTTGAATAAAATATTTGAGTTGATTTTAATAAATAAA
Found at i:15086 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 15025--15380 Score: 198
Period size: 48 Copynumber: 7.3 Consensus size: 48
15015 TAGCTAATTA
* *
15025 AATATTTAAATAATTAAATATTTTGAATAAAATATTTGGGTTGATTTT
1 AATAATTAAATAATTAAATATTTTGAATTAAATATTTGGGTTGATTTT
* *
15073 AATAATTAAATAATTAAATATTTGGAATTAAATATTTAGGTTGTTTTAATATTT
1 AATAATTAAATAATTAAATATTTTGAATTAAATATTT-GG--G--TTGAT-TTT
* * *
15127 AACTAATTAAATAATTAAATATTCTGAATTAAATATTTAGGTTGTTTTT
1 AA-TAATTAAATAATTAAATATTTTGAATTAAATATTTGGGTTGATTTT
* * * **
15176 AATATTTAACTAATT-AA-A---T-AATTAAATATTTGGATTCTTTTT
1 AATAATTAAATAATTAAATATTTTGAATTAAATATTTGGGTTGATTTT
** *
15218 AATAATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATATTTAAATATTTGGATTG-TTTT
1 AATAATT-AA-A--TAATTAAATAT--TTTGA-A-TTAAATATTTGGGTTGATTTT
* * ** * *
15273 --TAA-TAAATAGTTAATTA-AAT-AATTAAATATTTGAGTTGTTTTT
1 AATAATTAAATAATTAAATATTTTGAATTAAATATTTGGGTTGATTTT
* * * * *
15316 ATTAAATAACTAATTAAATATTTAAAT-AATTAAATATTTGAGTTGTTTTT
1 AATAATTAAATAATTAAATATTT---TGAATTAAATATTTGGGTTGATTTT
* * *
15366 ATTAAATAACTAATT
1 AATAATTAAATAATT
15381 TGTTTTTATT
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 30, Indels: 56
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
42 40 0.16
43 8 0.03
44 1 0.00
45 3 0.01
46 17 0.07
47 4 0.02
48 54 0.22
49 7 0.03
50 43 0.17
51 3 0.01
52 2 0.01
53 7 0.03
54 7 0.03
55 38 0.15
56 15 0.06
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (48 bp):
AATAATTAAATAATTAAATATTTTGAATTAAATATTTGGGTTGATTTT
Found at i:15140 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 15030--15209 Score: 259
Period size: 55 Copynumber: 3.4 Consensus size: 55
15020 AATTAAATAT
* * *
15030 TTAAATAATTAAATATTTTGAATAAAATATTT-GG--G--TTGAT-TTTAA-TAA
1 TTAAATAATTAAATATTTGGAATTAAATATTTAGGTTGTTTTAATATTTAACTAA
15078 TTAAATAATTAAATATTTGGAATTAAATATTTAGGTTGTTTTAATATTTAACTAA
1 TTAAATAATTAAATATTTGGAATTAAATATTTAGGTTGTTTTAATATTTAACTAA
15133 TTAAATAATTAAATATTCT-GAATTAAATATTTAGGTTGTTTTTAATATTTAACTAA
1 TTAAATAATTAAATATT-TGGAATTAAATATTTAGGTTG-TTTTAATATTTAACTAA
15189 TTAAATAATTAAATATTTGGA
1 TTAAATAATTAAATATTTGGA
15210 TTCTTTTTAA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 3, Indels: 12
0.89 0.02 0.09
Matches are distributed among these distances:
48 30 0.25
49 2 0.02
51 1 0.01
53 4 0.03
54 5 0.04
55 40 0.34
56 37 0.31
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (55 bp):
TTAAATAATTAAATATTTGGAATTAAATATTTAGGTTGTTTTAATATTTAACTAA
Found at i:15202 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 15153--15343 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 4.2 Consensus size: 42
15143 AAATATTCTG
**
15153 AATTAAATATTTAGG-TTGTTTTTAATATTTAACTAATTAAAT
1 AATTAAATATTT-GGATTGTTTTTAATAAATAACTAATTAAAT
* * *
15195 AATTAAATATTTGGATTCTTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATATAATT
1 AATTAAATATTTGGATT-GTTTT--TAA-T-AA-A--TAACT-AAT-TAAAT
**
15247 AAATATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAATAGTTAATTAAAT
1 -AAT---TAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAATAACTAATTAAAT
*
15293 AATTAAATATTT-GAGTTGTTTTTATTAAATAACTAATTAAAT
1 AATTAAATATTTGGA-TTGTTTTTAATAAATAACTAATTAAAT
*
15335 ATTTAAATA
1 AATTAAATA
15344 ATTAAATATT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 12, Indels: 32
0.73 0.07 0.19
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.03
42 55 0.45
43 4 0.03
45 6 0.05
46 5 0.04
47 4 0.03
48 4 0.03
50 5 0.04
51 5 0.04
52 5 0.04
53 6 0.05
55 4 0.03
56 14 0.12
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.06, T:0.49
Consensus pattern (42 bp):
AATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAATAACTAATTAAAT
Found at i:15237 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 15220--15256 Score: 60
Period size: 12 Copynumber: 3.2 Consensus size: 12
15210 TTCTTTTTAA
15220 TAATTAAATATT
1 TAATTAAATATT
15232 TAATTAAATA--
1 TAATTAAATATT
15242 TAATTAAATATT
1 TAATTAAATATT
15254 TAA
1 TAA
15257 ATATTTGGAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
10 10 0.43
12 13 0.57
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (12 bp):
TAATTAAATATT
Found at i:15247 original size:167 final size:167
Alignment explanation
Indices: 14963--15265 Score: 382
Period size: 167 Copynumber: 1.8 Consensus size: 167
14953 TAATTAAATA
* *
14963 TAATTAAATAATTAAATATTTTGAAATAAATATTTGAGTTGTTTTTAATAAATAGCTAATTAAAT
1 TAATTAAATAATTAAATATTCTGAAATAAATATTTGAGTTGTTTTTAATAAATAACTAATTAAAT
* ** **
15028 ATTTAAATAATTAAATATTTTGAATAAAATATTTGGGTTGATTTTAATAATTAAATAATTAAATA
66 AATTAAATAATTAAATATTTTGAATAAAATATTTGAATTGATAATAATAATTAAATAATTAAATA
15093 TTTGGAATTAAATATTTAGGTTGTTTTAATATTTAAC
131 TTTGGAATTAAATATTTAGGTTGTTTTAATATTTAAC
* **
15130 TAATTAAATAATTAAATATTCTGAATTAAATATTT-AGGTTGTTTTTAATATTTAACTAATTAAA
1 TAATTAAATAATTAAATATTCTGAAATAAATATTTGA-GTTGTTTTTAATAAATAACTAATTAAA
* * * * * *
15194 TAATTAAATATTTGGATTCTTTTTAATAATTAAATATTT-AATT-A-AAT-ATAATTAAATATTT
65 TAATTAAATAATT-AAATATTTTGAAT-A--AAATATTTGAATTGATAATAATAATTAAATAATT
15255 AAATATTTGGA
126 AAATATTTGGA
15266 TTGTTTTTAA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 16, Indels: 10
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.01
167 92 0.80
168 10 0.09
169 2 0.02
170 2 0.02
171 8 0.07
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (167 bp):
TAATTAAATAATTAAATATTCTGAAATAAATATTTGAGTTGTTTTTAATAAATAACTAATTAAAT
AATTAAATAATTAAATATTTTGAATAAAATATTTGAATTGATAATAATAATTAAATAATTAAATA
TTTGGAATTAAATATTTAGGTTGTTTTAATATTTAAC
Found at i:15270 original size:98 final size:92
Alignment explanation
Indices: 15153--15380 Score: 273
Period size: 98 Copynumber: 2.4 Consensus size: 92
15143 AAATATTCTG
** *
15153 AATTAAATATTTAGG-TTGTTTTTAATATTTAACTAATTAAATAATTAAATATTTG-GATTCTTT
1 AATTAAATATTT-GGATTGTTTTTAATAAATAACTAATTAAATAATTAAATATTTGAG-TT-GTT
**
15216 TTAATAATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAAT
63 TT--T-ATTAAATAACTAATTAAATAT--TTAAAT
* **
15251 ATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAATAGTTAATTAAATAATTAAATATTTGAGTTGTTTTT
1 AATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAATAACTAATTAAATAATTAAATATTTGAGTTGTTTTT
15316 ATTAAATAACTAATTAAATATTTAAAT
66 ATTAAATAACTAATTAAATATTTAAAT
*
15343 AATTAAATATTT-GAGTTGTTTTTATTAAATAACTAATT
1 AATTAAATATTTGGA-TTGTTTTTAATAAATAACTAATT
15381 TGTTTTTATT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 12, Indels: 12
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
91 2 0.02
92 37 0.32
94 19 0.17
95 1 0.01
97 6 0.05
98 49 0.43
99 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.07, T:0.49
Consensus pattern (92 bp):
AATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAATAACTAATTAAATAATTAAATATTTGAGTTGTTTTT
ATTAAATAACTAATTAAATATTTAAAT
Found at i:15280 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 15190--15286 Score: 76
Period size: 30 Copynumber: 3.3 Consensus size: 29
15180 TTTAACTAAT
*
15190 TAAATAATTAAATATTTGGATTCTTTTTAA
1 TAAAT-ATTAAATATTTGGATTATTTTTAA
* ** *
15220 T--A-ATTAAATATTT-AATTAAATATAA
1 TAAATATTAAATATTTGGATTATTTTTAA
*
15245 TTAAATATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAA
1 -TAAATA-TTAAATATTTGGATTATTTTTAA
15276 TAAATAGTTAA
1 TAAATA-TTAA
15287 TTAAATAATT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 11, Indels: 12
0.68 0.15 0.16
Matches are distributed among these distances:
25 7 0.14
26 12 0.24
28 2 0.04
29 1 0.02
30 21 0.42
31 7 0.14
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (29 bp):
TAAATATTAAATATTTGGATTATTTTTAA
Found at i:15401 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 15358--15402 Score: 90
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
15348 AATATTTGAG
15358 TTGTTTTTATTAAATAACTAAT
1 TTGTTTTTATTAAATAACTAAT
15380 TTGTTTTTATTAAATAACTAAT
1 TTGTTTTTATTAAATAACTAAT
15402 T
1 T
15403 AAATATTTAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 23 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.04, T:0.56
Consensus pattern (22 bp):
TTGTTTTTATTAAATAACTAAT
Found at i:15446 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 15398--15511 Score: 167
Period size: 43 Copynumber: 2.7 Consensus size: 43
15388 ATTAAATAAC
* *
15398 TAATTAAATATTTAAATAATTAAATATTTGGGTTG-ATTTTAA
1 TAATTAAATAATTAAATAATTAAATATTTGAGTTGTATTTTAA
* * * *
15440 TGATTAACTAATTAAATAATTAAATATTTGAGTTGTTTTTTAT
1 TAATTAAATAATTAAATAATTAAATATTTGAGTTGTATTTTAA
15483 TAATTAAATAATTAAATAATTAAATATTT
1 TAATTAAATAATTAAATAATTAAATATTT
15512 TGAATTAAAT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 8, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
42 31 0.49
43 32 0.51
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (43 bp):
TAATTAAATAATTAAATAATTAAATATTTGAGTTGTATTTTAA
Found at i:15448 original size:72 final size:72
Alignment explanation
Indices: 15308--15452 Score: 245
Period size: 72 Copynumber: 2.0 Consensus size: 72
15298 AATATTTGAG
* *
15308 TTGTTTTTATTAAATAACTAATTAAATATTTAAATAATTAAATATTTGAGTTGTTTTTATTAAAT
1 TTGTTTTTATTAAATAACTAATTAAATATTTAAATAATTAAATATTTGAGTTGATTTTAATAAAT
15373 AACTAAT
66 AACTAAT
* * *
15380 TTGTTTTTATTAAATAACTAATTAAATATTTAAATAATTAAATATTTGGGTTGATTTTAATGATT
1 TTGTTTTTATTAAATAACTAATTAAATATTTAAATAATTAAATATTTGAGTTGATTTTAATAAAT
15445 AACTAAT
66 AACTAAT
15452 T
1 T
15453 AAATAATTAA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 5, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
72 68 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (72 bp):
TTGTTTTTATTAAATAACTAATTAAATATTTAAATAATTAAATATTTGAGTTGATTTTAATAAAT
AACTAAT
Found at i:15496 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 15483--15508 Score: 52
Period size: 8 Copynumber: 3.2 Consensus size: 8
15473 TGTTTTTTAT
15483 TAATTAAA
1 TAATTAAA
15491 TAATTAAA
1 TAATTAAA
15499 TAATTAAA
1 TAATTAAA
15507 TA
1 TA
15509 TTTTGAATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 18 1.00
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (8 bp):
TAATTAAA
Found at i:15546 original size:99 final size:107
Alignment explanation
Indices: 15398--15635 Score: 314
Period size: 99 Copynumber: 2.3 Consensus size: 107
15388 ATTAAATAAC
* *
15398 TAATTAAATATTTAAAT-AATTAAATATTTGGGTTGATTTTAATGATTAACTAATTAAATAATTA
1 TAATTAAATATTT---TGAATTAAATATTTGGATTGATTTTAATAATTAACTAATTAAATAATTA
15462 AATATTTGAG-T-TGTTT-T-TT-AT-TAATT-AA-ATAATTAAA
63 AATATTTGAGCTATGTTTATATTAATATAATTAAATATAATTAAA
*
15499 TAATTAAATATTTTGAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAATTAACTAATTAAATAATTAAAT
1 TAATTAAATATTTTGAATTAAATATTTGGATTGATTTTAATAATTAACTAATTAAATAATTAAAT
* *
15564 ATTTGGGCTATTTTTAATAATTAAATATAATTAAATATAATTAAA
66 ATTTGAGCTATGTTT-AT-ATT-AATATAATTAAATATAATTAAA
15609 TAATTAAATATTTTGAATTAAATATTT
1 TAATTAAATATTTTGAATTAAATATTT
15636 AATTAACTAA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 5, Indels: 15
0.86 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
98 1 0.01
99 53 0.44
100 1 0.01
101 17 0.14
103 1 0.01
105 2 0.02
107 2 0.02
108 5 0.04
109 2 0.02
110 36 0.30
ACGTcount: A:0.45, C:0.01, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (107 bp):
TAATTAAATATTTTGAATTAAATATTTGGATTGATTTTAATAATTAACTAATTAAATAATTAAAT
ATTTGAGCTATGTTTATATTAATATAATTAAATATAATTAAA
Found at i:15554 original size:56 final size:57
Alignment explanation
Indices: 15457--15567 Score: 181
Period size: 56 Copynumber: 2.0 Consensus size: 57
15447 CTAATTAAAT
*
15457 AATTAAATATTTGAGTTGTTTTTTATTAATTAAATAATTAAATAATTAAATATTTTG
1 AATTAAATATTTGAGTTGTTTTTTAATAATTAAATAATTAAATAATTAAATATTTTG
*
15514 AATTAAATATTTG-GATTG-TTTTTAATAATTAACTAATTAAATAATTAAATATTT
1 AATTAAATATTTGAG-TTGTTTTTTAATAATTAAATAATTAAATAATTAAATATTT
15568 GGGCTATTTT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 2, Indels: 3
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
56 35 0.69
57 16 0.31
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.06, T:0.50
Consensus pattern (57 bp):
AATTAAATATTTGAGTTGTTTTTTAATAATTAAATAATTAAATAATTAAATATTTTG
Found at i:15564 original size:42 final size:46
Alignment explanation
Indices: 15489--15610 Score: 130
Period size: 42 Copynumber: 2.7 Consensus size: 46
15479 TTATTAATTA
* *
15489 AATAATT-AA-ATAATTAAATATTTTGAATTAAATATTTGGATTGTTTTT
1 AATAATTAAATATAATTAAATA---T-AATTAAATATTTGGACTATTTTT
* *
15537 AATAATT-AA-CTAATT-AA-ATAATTAAATATTTGGGCTATTTTT
1 AATAATTAAATATAATTAAATATAATTAAATATTTGGACTATTTTT
15579 AATAATTAAATATAATTAAATATAATTAAATA
1 AATAATTAAATATAATTAAATATAATTAAATA
15611 ATTAAATATT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 5, Indels: 10
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
42 27 0.42
43 3 0.05
44 5 0.08
45 2 0.03
46 12 0.18
47 2 0.03
48 14 0.22
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (46 bp):
AATAATTAAATATAATTAAATATAATTAAATATTTGGACTATTTTT
Found at i:15595 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 15580--15619 Score: 66
Period size: 10 Copynumber: 4.2 Consensus size: 10
15570 GCTATTTTTA
15580 ATAATTAAAT
1 ATAATTAAAT
15590 ATAATTAAAT
1 ATAATTAAAT
15600 ATAATT-AA-
1 ATAATTAAAT
15608 ATAATTAAAT
1 ATAATTAAAT
15618 AT
1 AT
15620 TTTGAATTAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 4
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
8 6 0.21
9 4 0.14
10 18 0.64
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (10 bp):
ATAATTAAAT
Found at i:15600 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 15580--15619 Score: 66
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
15570 GCTATTTTTA
15580 ATAATTAAATATAATTAAAT
1 ATAATTAAATATAATTAAAT
15600 ATAATT-AA-ATAATTAAAT
1 ATAATTAAATATAATTAAAT
15618 AT
1 AT
15620 TTTGAATTAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.60
19 2 0.10
20 6 0.30
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (20 bp):
ATAATTAAATATAATTAAAT
Found at i:15764 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 15732--15786 Score: 110
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
15722 AGAATTTGTA
15732 TATATTATTAATTTATAATAAATTATTG
1 TATATTATTAATTTATAATAAATTATTG
15760 TATATTATTAATTTATAATAAATTATT
1 TATATTATTAATTTATAATAAATTATT
15787 CTTTCGACAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 27 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.02, T:0.55
Consensus pattern (28 bp):
TATATTATTAATTTATAATAAATTATTG
Found at i:18435 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18380--18419 Score: 80
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
18370 AGATAAGGGC
18380 TGAAGAAGAGAAGGGCGTGCA
1 TGAAGAAGAGAAGGGCGTGCA
18401 TGAAGAAGAGAAGGGCGTG
1 TGAAGAAGAGAAGGGCGTG
18420 TGTGACGGAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.45, T:0.10
Consensus pattern (21 bp):
TGAAGAAGAGAAGGGCGTGCA
Found at i:19695 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 19661--19711 Score: 61
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
19651 TACACAATTA
*
19661 AAATAGATTAT-AATATTTATATTTTAG
1 AAATAGATT-TCAAAATTTAT-TTTTAG
19688 AAAT-GATTTCAAAATTTATTTTTA
1 AAATAGATTTCAAAATTTATTTTTA
19712 TTTAAATTTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 4
0.81 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
25 6 0.27
26 12 0.55
27 4 0.18
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.06, T:0.49
Consensus pattern (26 bp):
AAATAGATTTCAAAATTTATTTTTAG
Found at i:20526 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 20493--20733 Score: 231
Period size: 41 Copynumber: 5.9 Consensus size: 41
20483 ATGATCATAT
20493 CTTTAGCGGCGTTTTCTAATAAACGCCGCTAATGCTCTGAC
1 CTTTAGCGGCGTTTTCTAATAAACGCCGCTAATGCTCTGAC
* * ** * * *
20534 ATTTAGCGGCATTTTCTTGTAAACACCGCTAATGCTTTAAC
1 CTTTAGCGGCGTTTTCTAATAAACGCCGCTAATGCTCTGAC
*
20575 CTTTAGCGGCGTTTAT-GAGA-AAACGCCGCTAATGCTCTGAC
1 CTTTAGCGGCGTTT-TCTA-ATAAACGCCGCTAATGCTCTGAC
* * **
20616 CTTTAGCGGCATTTTCTCATAAACGTTGCTAATGCTCTGAC
1 CTTTAGCGGCGTTTTCTAATAAACGCCGCTAATGCTCTGAC
* * *
20657 CTTTAGCGGCGTTTTTCCT-ATAAAAGCCGCTATTGCT-TTAC
1 CTTTAGCGGCG-TTTT-CTAATAAACGCCGCTAATGCTCTGAC
* * * *
20698 CTTTTGCGGCG-TTTATAGAGAAACGCCGCTATTGCT
1 CTTTAGCGGCGTTTTCTA-ATAAACGCCGCTAATGCT
20734 TTACCTTGCG
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 30, Indels: 17
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
38 1 0.01
39 3 0.02
40 18 0.11
41 119 0.73
42 19 0.12
43 2 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.24, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (41 bp):
CTTTAGCGGCGTTTTCTAATAAACGCCGCTAATGCTCTGAC
Found at i:20632 original size:123 final size:123
Alignment explanation
Indices: 20493--20733 Score: 335
Period size: 123 Copynumber: 2.0 Consensus size: 123
20483 ATGATCATAT
* * *
20493 CTTTAGCGGCGTTTTCTAATAAACGCCGCTAATGCTCTGACATTTAGCGGC-ATTTTCTTGTAAA
1 CTTTAGCGGCATTTTCTAATAAACGCCGCTAATGCTCTGACATTTAGCGGCGATTTTCCTATAAA
20557 CA-CCGCTAATGCTTTAACCTTTAGCGGCGTTTAT-GAGAAAACGCCGCTAATGCTCTGAC
66 -AGCCGCTAATGCTTT-ACCTTTAGCGGCGTTTATAGAG-AAACGCCGCTAATGCTCTGAC
* ** * *
20616 CTTTAGCGGCATTTTCTCATAAACGTTGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGTTTTTCCTATAAA
1 CTTTAGCGGCATTTTCTAATAAACGCCGCTAATGCTCTGACATTTAGCGGCGATTTTCCTATAAA
* * *
20681 AGCCGCTATTGCTTTACCTTTTGCGGCGTTTATAGAGAAACGCCGCTATTGCT
66 AGCCGCTAATGCTTTACCTTTAGCGGCGTTTATAGAGAAACGCCGCTAATGCT
20734 TTACCTTGCG
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 11, Indels: 6
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
123 79 0.76
124 25 0.24
ACGTcount: A:0.22, C:0.24, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (123 bp):
CTTTAGCGGCATTTTCTAATAAACGCCGCTAATGCTCTGACATTTAGCGGCGATTTTCCTATAAA
AGCCGCTAATGCTTTACCTTTAGCGGCGTTTATAGAGAAACGCCGCTAATGCTCTGAC
Found at i:20700 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 20463--20707 Score: 257
Period size: 82 Copynumber: 3.0 Consensus size: 82
20453 TTAGTGGTGT
* * * *
20463 TTTTCCCATAAACGTTGTTAATGATCATATCTTTAGCGGCG-TTTTCTA-ATAAACGCCGCTAAT
1 TTTTCTCATAAACGTTGCTAATGCTC-TACCTTTAGCGGCGTTTTTCTATA-AAACGCCGCTAAT
*
20526 GCTCTGACATTTAGCGGCA
64 GCTCTGACCTTTAGCGGCA
** *** * * * *
20545 TTTTCTTGTAAACACCGCTAATGCTTTAACCTTTAGCGGCGTTTAT-GAGAAAACGCCGCTAATG
1 TTTTCTCATAAACGTTGCTAATGCTCT-ACCTTTAGCGGCGTTTTTCTATAAAACGCCGCTAATG
20609 CTCTGACCTTTAGCGGCA
65 CTCTGACCTTTAGCGGCA
*
20627 TTTTCTCATAAACGTTGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGTTTTTCCTATAAAA-GCCGCTATT
1 TTTTCTCATAAACGTTGCTAATGCTCT-ACCTTTAGCGGCGTTTTT-CTATAAAACGCCGCTAAT
* *
20691 GCT-TTACCTTTTGCGGC
64 GCTCTGACCTTTAGCGGC
20708 GTTTATAGAG
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 26, Indels: 10
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
81 1 0.01
82 111 0.84
83 15 0.11
84 5 0.04
ACGTcount: A:0.23, C:0.24, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (82 bp):
TTTTCTCATAAACGTTGCTAATGCTCTACCTTTAGCGGCGTTTTTCTATAAAACGCCGCTAATGC
TCTGACCTTTAGCGGCA
Found at i:20757 original size:35 final size:37
Alignment explanation
Indices: 20678--20766 Score: 112
Period size: 35 Copynumber: 2.4 Consensus size: 37
20668 TTTTTCCTAT
20678 AAAA-GCCGCTATTGCTTTACCTTTTGCGGCGTTTATAGA
1 AAAACGCCGCTATTGCTTTACC-TTT--GGCGTTTATAGA
* *
20717 GAAACGCCGCTATTGCTTTACC-TT-GCGTTTATGGA
1 AAAACGCCGCTATTGCTTTACCTTTGGCGTTTATAGA
20752 AAAACGCCGCTATTG
1 AAAACGCCGCTATTG
20767 ATTTGCTTTT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 6
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
35 24 0.52
38 2 0.04
39 3 0.07
40 17 0.37
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (37 bp):
AAAACGCCGCTATTGCTTTACCTTTGGCGTTTATAGA
Found at i:23408 original size:8 final size:7
Alignment explanation
Indices: 23373--23422 Score: 52
Period size: 7 Copynumber: 7.1 Consensus size: 7
23363 CTCTTTACAA
23373 AATACCC
1 AATACCC
23380 AATACCC
1 AATACCC
23387 AATTA--C
1 AA-TACCC
23393 AA-ACCC
1 AATACCC
23399 AATTACCC
1 AA-TACCC
23407 AATACCC
1 AATACCC
23414 AACTACCC
1 AA-TACCC
23422 A
1 A
23423 CCTAGCCCAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 11
0.77 0.00 0.23
Matches are distributed among these distances:
4 1 0.03
6 6 0.16
7 16 0.43
8 14 0.38
ACGTcount: A:0.44, C:0.40, G:0.00, T:0.16
Consensus pattern (7 bp):
AATACCC
Done.