Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01009119.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123821, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3938
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.20, T:0.33
Found at i:312 original size:26 final size:24
Alignment explanation
Indices: 273--320 Score: 62
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
263 GAAAGTTTGA
273 TTTTTCATTAAAATATT-AGGTTAT
1 TTTTTCATTAAAAT-TTAAGGTTAT
297 TTTTTCCATATAAAATTTAAGGTT
1 TTTTT-CAT-TAAAATTTAAGGTT
321 TTGCTTATCG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
24 5 0.24
25 5 0.24
26 11 0.52
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.08, T:0.52
Consensus pattern (24 bp):
TTTTTCATTAAAATTTAAGGTTAT
Found at i:2314 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 2204--2892 Score: 861
Period size: 59 Copynumber: 11.7 Consensus size: 59
2194 AAGGTTCGAA
* * * *
2204 AAAAAAGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAA-TTTTCGAAAGGTTTGGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAA-GTTTGGGGTC
* * * *
2263 AAAAATGGGGTTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAT-GTAATTATTAGAAGGTTTTGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTGGGGTC
* * * *
2321 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAGTGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTGGGGTC
* * * * *
2380 TAAAATGGGATTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAAT-GTAATTTTTGGAAAGTTTGAGGTA
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTGGGGTC
* *
2438 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAATTTTTAG-AAGATTCGGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAG-TTTGGGGTC
* *
2497 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAATTTTAGGGT-
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTGGGGTC
* * * * * ** * * ** *
2555 TAATATGGGATTTTTGGAAATTCGGGGCTAAAATAATAATTTTTAGAAGGTTCGATGTT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTGGGGTC
* *
2614 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGAGGTAAAATGGTAATTTTTTA-AAAGTTTGGGGTAA
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAA-TTTTTAGAAAGTTTGGGGT-C
*
2674 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTGGGGTC
* * * * * *
2733 AAAAATGAGATTTTTGAAAGTTTTGGGGT-AAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGATC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTGGGGTC
* * *
2791 AAAAATGGGATTTTTGGAAATTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTAGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTGGGGTC
* * *
2850 AAAAATGAGATTTTTGGAAATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTT
2893 GGAGAGTTTA
Statistics
Matches: 539, Mismatches: 81, Indels: 20
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
58 193 0.36
59 288 0.53
60 58 0.11
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.29, T:0.36
Consensus pattern (59 bp):
AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTGGGGTC
Found at i:2317 original size:30 final size:28
Alignment explanation
Indices: 2273--2892 Score: 295
Period size: 30 Copynumber: 21.1 Consensus size: 28
2263 AAAAATGGGG
*
2273 TTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGTAA
1 TTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAATGTAA
* * **
2301 TTATTAGAAGGTTT-TGGGTCAAAAATGGGA
1 TTTTTAGAA-GTTTGGGGGT--AAAATGTAA
* *
2331 TTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAA
1 TTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAAT-GTAA
* * ** **
2360 TTTTTGGAAAGTTTAGTGTCTAAAATGGGA
1 TTTTTAG-AAGTTT-GGGGGTAAAATGTAA
2390 TTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAATGTAA
1 TTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAATGTAA
* * **
2418 TTTTTGGAAAGTTT-GAGGTAAAAAATGGGA
1 TTTTTAG-AAGTTTGGGGGT--AAAATGTAA
* *
2448 TTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAA
1 TTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAAT-GTAA
* * **
2477 TTTTTAGAAGATTCGGGGTCAAAAATGGGA
1 TTTTTAGAAGTTTGGGGGT--AAAATGTAA
*
2507 TTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAA
1 TTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAAT-GTAA
* * * * **
2536 TTTTTAGAAATTTTAGGGTTAATATGGGA
1 TTTTTAG-AAGTTTGGGGGTAAAATGTAA
* * * * *
2565 TTTTTGGAAATTCGGGGCTAAAATAATAA
1 TTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAAT-GTAA
* ** * **
2594 TTTTTAGAAGGTTCGATGTTAAAAATGGGA
1 TTTTTAGAA-GTTTGGGGGT-AAAATGTAA
* *
2624 TTTTTGGAAGTTTGGAGGTAAAATGGTAA
1 TTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAAT-GTAA
* **
2653 TTTTTTAAAAGTTT-GGGGTAAAAAAATGGGA
1 -TTTTTAGAAGTTTGGGGGT---AAAATGTAA
*
2684 TTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAA
1 TTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAAT-GTAA
*
2713 TTTTTGGAAAGTTT-GGGGTCAAAAATG-AGA
1 TTTTTAG-AAGTTTGGGGGT--AAAATGTA-A
*
2743 TTTTT-GAAAGTTTTGGGGT-AAATGGTAA
1 TTTTTAG-AAGTTTGGGGGTAAAAT-GTAA
* * * **
2771 TTTTTAGAAGGTTCGGGATCAAAAATGGGA
1 TTTTTAGAAGTTTGGGGGT--AAAATGTAA
* * *
2801 TTTTTGGAAATTTGAGGGTAAAATGGTAA
1 TTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAAT-GTAA
*
2830 TTTTTAGAAAGTTT-AGGGTCAAAAATG-AGA
1 TTTTTAG-AAGTTTGGGGGT--AAAATGTA-A
* * *
2860 TTTTTGGAAATTCGGGGGTAAAATGGTAA
1 TTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAAT-GTAA
2889 TTTT
1 TTTT
2893 GGAGAGTTTA
Statistics
Matches: 449, Mismatches: 98, Indels: 89
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
27 4 0.01
28 94 0.21
29 139 0.31
30 169 0.38
31 38 0.08
32 5 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.02, G:0.29, T:0.37
Consensus pattern (28 bp):
TTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAATGTAA
Found at i:2350 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 2203--2892 Score: 819
Period size: 117 Copynumber: 5.9 Consensus size: 117
2193 GAAGGTTCGA
* * *
2203 AAAAAAAGGGATTTTTGGAAG-TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTCGAAAGGTTTGGGGTCAAAA
1 AAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAG-GGGTAAAATGGTAATTTTTGAAA-GTTTGGGGTCAAAA
* * *
2267 ATGGGGTTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAT-GTAATTATTAGAAGGTTTTGGGT
64 ATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTTGGGT
* * * *
2320 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAGTGTCTAAAA
1 AAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTGGGGTCAAAAA
* *
2385 TGGGATTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAAT-GTAATTTTTGGAAAG-TTTGAGGT
65 TGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTTG-GGT
*
2437 AAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAATTTTT-AGAAGATTCGGGGTCAAAA
1 AAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGA-AAG-TTTGGGGTCAAAA
2501 ATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAA-TTTTAGGGT
64 ATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTT-GGGT
* * * * ** * * ** *
2555 -TAATATGGGATTTTTGGAA-ATTCGGGGCTAAAATAATAATTTTTAGAAGGTTCGATGTTAAAA
1 AAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGG-TAAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTGGGGTCAAAA
* *
2618 ATGGGATTTTTGGAAGTTTGGAGGTAAAATGGTAATTTTTTA-AAAGTTTGGGGT
64 ATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAA-TTTTTAGAAAGTTTTGGGT
*
2672 AAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGGGGTCAAAA
1 -AAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTGGGGTCAAAA
* * * * *
2737 ATGAGATTTTTGAAAGTTTTGGGGT-AAATGGTAATTTTTAG-AAGGTTCGGGAT
64 ATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTTGGG-T
* * *
2790 CAAAAATGGGATTTTTGGAAATTT-GAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTAGGGTCAAAA
1 AAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAG-GGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTGGGGTCAAAA
* * *
2854 ATGAGATTTTTGGAAATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTT
64 ATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTT
2893 GGAGAGTTTA
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 57, Indels: 39
0.84 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
115 1 0.00
116 14 0.03
117 348 0.70
118 60 0.12
119 67 0.14
120 6 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.29, T:0.36
Consensus pattern (117 bp):
AAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTGGGGTCAAAAAT
GGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTTGGGT
Done.