Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01009135.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123839, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 8564
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.34


Found at i:33 original size:19 final size:20

Alignment explanation


    Indices: 9--47  Score: 71
    Period size: 19  Copynumber: 2.0  Consensus size: 20

          1 TTTATTAT

                                
          9 TATTATTAATTA-TTAATAA
          1 TATTATTAATTATTTAATAA

                                
         28 TATTATTAATTATTTAATAA
          1 TATTATTAATTATTTAATAA

         48 ATATCATCTT


Statistics
Matches: 19,  Mismatches: 0, Indels: 1
        0.95            0.00        0.05

Matches are distributed among these distances:
  19   12  0.63
  20    7  0.37

ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54


Consensus pattern (20 bp):   
TATTATTAATTATTTAATAA

Found at i:413 original size:6 final size:6

Alignment explanation


    Indices: 387--467  Score: 80
    Period size: 6  Copynumber: 14.0  Consensus size: 6

        377 TTTTGGACTT

                 *        *   *                                     
        387 TTTAAT TTTAAA ATTATA TTTAAA TTTAAA -TTAAA TTTAAA TTTAAGA
          1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAA-A

                                  *      *           
        435 -TT-AA TTTAAA TTTAAA -ATAAA TCTAAA TTTAAA
          1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA

        468 ATAAATTAAA


Statistics
Matches: 62,  Mismatches: 8, Indels: 10
        0.77            0.10        0.12

Matches are distributed among these distances:
   4    1  0.02
   5   12  0.19
   6   48  0.77
   7    1  0.02

ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.01, T:0.47


Consensus pattern (6 bp):   
TTTAAA

Found at i:419 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 387--474  Score: 106
    Period size: 17  Copynumber: 5.1  Consensus size: 17

        377 TTTTGGACTT

                 *          * 
        387 TTTAATTTTAAAATTATA
          1 TTTAAATTT-AAATTAAA

                             
        405 TTTAAATTTAAATTAAA
          1 TTTAAATTTAAATTAAA

                              
        422 TTTAAATTTAAGATT-AA
          1 TTTAAATTTAA-ATTAAA

                        *    
        439 TTTAAATTTAAAATAAA
          1 TTTAAATTTAAATTAAA

             *          *    
        456 TCTAAATTTAAAATAAA
          1 TTTAAATTTAAATTAAA

              
        473 TT
          1 TT

        475 AAAGGGGCCT


Statistics
Matches: 63,  Mismatches: 5, Indels: 5
        0.86            0.07        0.07

Matches are distributed among these distances:
  16    2  0.03
  17   50  0.79
  18   11  0.17

ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.01, T:0.47


Consensus pattern (17 bp):   
TTTAAATTTAAATTAAA

Found at i:420 original size:11 final size:11

Alignment explanation


    Indices: 406--477  Score: 67
    Period size: 11  Copynumber: 6.5  Consensus size: 11

        396 AAAATTATAT

                       
        406 TTAAATTTAAA
          1 TTAAATTTAAA

                       
        417 TTAAATTTAAA
          1 TTAAATTTAAA

                        *
        428 TTTAAGA-TTAAT
          1 -TTAA-ATTTAAA

                       
        440 TTAAATTTAAA
          1 TTAAATTTAAA

            *     *    
        451 ATAAATCTAAA
          1 TTAAATTTAAA

                   *    
        462 TTTAAA-ATAAA
          1 -TTAAATTTAAA

                 
        473 TTAAA
          1 TTAAA

        478 GGGGCCTGGT


Statistics
Matches: 51,  Mismatches: 6, Indels: 9
        0.77            0.09        0.14

Matches are distributed among these distances:
  10    6  0.12
  11   32  0.63
  12   12  0.24
  13    1  0.02

ACGTcount: A:0.56, C:0.01, G:0.01, T:0.42


Consensus pattern (11 bp):   
TTAAATTTAAA

Found at i:2801 original size:13 final size:13

Alignment explanation


    Indices: 2783--2807  Score: 50
    Period size: 13  Copynumber: 1.9  Consensus size: 13

       2773 CCCCAAATCC

                         
       2783 AATCTTAAACCCA
          1 AATCTTAAACCCA

                        
       2796 AATCTTAAACCC
          1 AATCTTAAACCC

       2808 TAAACACTAA


Statistics
Matches: 12,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
  13   12  1.00

ACGTcount: A:0.44, C:0.32, G:0.00, T:0.24


Consensus pattern (13 bp):   
AATCTTAAACCCA
Done.