Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01000916.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_112060, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1840
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.36


Found at i:1464 original size:6 final size:6

Alignment explanation


    Indices: 1455--1513  Score: 52
    Period size: 6  Copynumber: 10.2  Consensus size: 6

       1445 CTTTTTAATT

                        *                    *      *              
       1455 TTAAAA TTAAAT TTAAAA TT-AAA TTAAAT TTAAAT TTAAAA -T-AAA
          1 TTAAAA TTAAAA TTAAAA TTAAAA TTAAAA TTAAAA TTAAAA TTAAAA

                  *         
       1500 TCTAAAT TTAAAA T
          1 T-TAAAA TTAAAA T

       1514 AAATTATAAA


Statistics
Matches: 43,  Mismatches: 6, Indels: 8
        0.75            0.11        0.14

Matches are distributed among these distances:
   4    3  0.07
   5    6  0.14
   6   31  0.72
   7    3  0.07

ACGTcount: A:0.58, C:0.02, G:0.00, T:0.41


Consensus pattern (6 bp):   
TTAAAA

Found at i:1480 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 1448--1523  Score: 98
    Period size: 17  Copynumber: 4.4  Consensus size: 17

       1438 TTTTGGACTT

                 *            
       1448 TTTAATTTTAAAATTAAA
          1 TTTAAATTTAAAA-TAAA

                  *     *    
       1466 TTTAAAATTAAATTAAA
          1 TTTAAATTTAAAATAAA

                             
       1483 TTTAAATTTAAAATAAA
          1 TTTAAATTTAAAATAAA

             *               
       1500 TCTAAATTTAAAATAAA
          1 TTTAAATTTAAAATAAA

                   
       1517 TTATAAA
          1 TT-TAAA

       1524 GGGACCAGTT


Statistics
Matches: 50,  Mismatches: 7, Indels: 2
        0.85            0.12        0.03

Matches are distributed among these distances:
  17   36  0.72
  18   14  0.28

ACGTcount: A:0.57, C:0.01, G:0.00, T:0.42


Consensus pattern (17 bp):   
TTTAAATTTAAAATAAA

Found at i:1481 original size:23 final size:22

Alignment explanation


    Indices: 1455--1511  Score: 87
    Period size: 23  Copynumber: 2.5  Consensus size: 22

       1445 CTTTTTAATT

                 *                 
       1455 TTAAAATTAAATTTAAAATTAAA
          1 TTAAATTTAAATTTAAAA-TAAA

                                  
       1478 TTAAATTTAAATTTAAAATAAA
          1 TTAAATTTAAATTTAAAATAAA

                        
       1500 TCTAAATTTAAA
          1 T-TAAATTTAAA

       1512 ATAAATTATA


Statistics
Matches: 32,  Mismatches: 1, Indels: 2
        0.91            0.03        0.06

Matches are distributed among these distances:
  22    5  0.16
  23   27  0.84

ACGTcount: A:0.58, C:0.02, G:0.00, T:0.40


Consensus pattern (22 bp):   
TTAAATTTAAATTTAAAATAAA
Done.