Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01009237.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123942, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 43--895 Score: 1087
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33 TGGTCATAAC
* * * * * *
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1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCTGTTGCGACTTAAACCTTTCCTTCATATCTT
* * * *
108 CGTGGTACTGGATTCGCCGTTGCAGCTTAAATCTTTCCCTTAATGTTTCTAAGGTACAAGGTTCA
66 CGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCA
* *
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131 CCGTTACGACTTAAACCTTTCCCTCATATCCTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTAAAT
* * * *
237 CTTTCTCTTCATGTTTCTAAGGCACAAGGTTCGCTGTTGCGACTTAAATCTTTCCTTTCATATCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCTGTTGCGACTTAAACCTTTCC-TTCATATCT
* *
302 TTGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCGTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTC
65 TCGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTC
* * * * * * *
367 ACCGTTACGACTTAAATCTTTCCCTCATATCCTCATTGTACTAGATTCATCGTTACGGCTTAAAT
130 ACCGTTACGACTTAAACCTTTCCCTCATATCCTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTAAAT
* *
432 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCG-TCGTTGCGACTTAAATCTTTCCCTCCATATC
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCT-GTTGCGACTTAAACCTTT-CCTTCATATC
* * ** * * * *
496 TTTGTGGTACTAGATTCGTCGTTGCGACTTAAATCTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTACAAGGTT
64 TTCGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTT
* * * * * ** * *
561 CACCATTGCGACTTAAACCTTTCCCTCCATATCTTTGTGGTACTAGATTCACCGTTACGGCTTAA
129 CACCGTTACGACTTAAACCTTTCCCT-CATATCCTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTAA
626 AT
193 AT
* * * * *
628 CTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCTTTTGCGACTTAAACTTTTCCCTCATATCCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCTGTTGCGACTTAAACCTTTCCTTCATATCTT
* * * * *
693 CGTGATACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTTTTTGAGGCACAAGGTTCG
66 CGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCA
* * * *
758 CTGTTACAACTTAAACCTTTCCCTCTATATCTTCGTGGTACTGGATTCGCCGTTGCGACTTAAAT
131 CCGTTACGACTTAAACCTTTCCCTC-ATATCCTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTAAAT
* * * *
823 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTACGACTTAAACCTTTCCTTTCATATCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCTGTTGCGACTTAAACCTTTCC-TTCATATCT
888 TCGTGGTA
65 TCGTGGTA
896 TTGAAACCTG
Statistics
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0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
194 49 0.09
195 422 0.74
196 98 0.17
197 1 0.00
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CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCTGTTGCGACTTAAACCTTTCCTTCATATCTT
CGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCA
CCGTTACGACTTAAACCTTTCCCTCATATCCTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTAAAT
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33 TGGTCATAAC
* * * *
43 CTTTCCCTTTATGTTTCTGAAGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCCTCATATCCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCCTCATATCTT
* * *
108 CGTGGTACTGGATTCGCCGTTGCAGCTTAAAT
66 CGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
* * * * *
140 CTTTCCCTTAATGTTTCTAAGGTACAAGGTTCACCGTTACGACTTAAACCTTTCCCTCATATCCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCCTCATATCTT
** ** * *
205 CGTGGTACTGGATTCGTCGTTGTGACTTTAAT
66 CGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
* * * * * *
237 CTTTCTCTTCATGTTTCTAAGGCACAAGGTTCGCTGTTGCGACTTAAATCTTTCCTTTCATATCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCC-CTCATATCT
*
302 TTGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
65 TCGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
* * * * * *
335 CGTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCACCGTTACGACTTAAATCTTTCCCTCATATCCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCCTCATATCTT
* * * *
400 CATTGTACTAGATTCATCGTTACGGCTTAAAT
66 CGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
* *
432 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGTCGTTGCGACTTAAATCTTTCCCTCCATATCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCCT-CATATCT
* * ** * *
497 TTGTGGTACTAGATTCGTCGTTGCGACTTAAAT
65 TCGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
* * *
530 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTACAAGGTTCACCATTGCGACTTAAACCTTTCCCTCCATATCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCCT-CATATCT
* *
595 TTGTGGTACTAGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
65 TCGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
* ** * *
628 CTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCTTTTGCGACTTAAACTTTTCCCTCATATCCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCCTCATATCTT
*
693 CGTGATACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
66 CGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
* * * * *
725 CTTTCCCTTCATGTTTTTGAGGCACAAGGTTCGCTGTTACAACTTAAACCTTTCCCTCTATATCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCCTC-ATATCT
* * *
790 TCGTGGTACTGGATTCGCCGTTGCGACTTAAAT
65 TCGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
* * * *
823 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTACGACTTAAACCTTTCCTTTCATATCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCC-CTCATATCT
888 TCGTGGTA
65 TCGTGGTA
896 TTGAAACCTG
Statistics
Matches: 660, Mismatches: 92, Indels: 7
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
97 308 0.47
98 350 0.53
99 2 0.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.25, G:0.17, T:0.38
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CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCCTCATATCTT
CGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
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* * *
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* * * * * *
108 CGTGGTACTGGATTCGCCGTTGCAGCTTAAATCTTTCCCTTAATGTTTCTAAGGTACAAGGTTCA
65 C-TTGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTC-
* * * *
173 CCGTTACGACTTAAACCTTTCCCT-CATATCCTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGTGACTTTAAT
128 GCGTTACGACTTAAACCTTTCCCTCCATATCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTAAAT
* * * * * *
237 CTTTCTCTTCATGTTTCTAAGGCACAAGGTTCGCTGTTGCGACTTAAATCTTTCCTTTCATATCT
193 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCTTTCATATCT
*
302 TTGTGGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
258 TTGTGGTACTAGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
* * *
335 CGTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCACCGTTACGACTTAAATCTTTCCCTCATATCCT
1 CTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA-CTTTCCCTCATATCCT
* *
400 CATTGTACTAGATTCATCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCG
65 C-TTGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCG
* * * *
465 TCGTTGCGACTTAAATCTTTCCCTCCATATCTTTGTGGTACTAGATTCGTCGTTGCGACTTAAAT
129 -CGTTACGACTTAAACCTTTCCCTCCATATCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTAAAT
* * * *
530 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTACAAGGTTCACCATTGCGACTTAAACCTTTCCCTCCATATCT
193 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCTTTCATATCT
595 TTGTGGTACTAGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
258 TTGTGGTACTAGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
**
628 CTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCTTTTGCGACTTAAACTTTTCCCTCATATCCT
1 CTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAC-TTTCCCTCATATCCT
* * *
693 CGTGATACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTTTTTGAGGCACAAGGTTCG
65 CTTG-TACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCG
* * *
758 CTGTTACAACTTAAACCTTTCCCTCTATATCTTCGTGGTACTGGATTCGCCGTTGCGACTTAAAT
129 C-GTTACGACTTAAACCTTTCCCTCCATATCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTAAAT
* *
823 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTACGACTTAAACCTTTCCTTTCATATCT
193 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCTTTCATATCT
*
888 TCGTGGTA
258 TTGTGGTA
896 TTGAAACCTG
Statistics
Matches: 497, Mismatches: 59, Indels: 9
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
292 138 0.28
293 359 0.72
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TTGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCG
TTACGACTTAAACCTTTCCCTCCATATCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTAAATCTT
TCCCTTCATGCTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCTTTCATATCTTTG
TGGTACTAGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
Found at i:883 original size:49 final size:49
Alignment explanation
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Period size: 49 Copynumber: 17.2 Consensus size: 49
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* * * *
43 CTTTCCCTTTATGTTTCTGAAGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAC
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * *
92 CTTTCCC-TCAT-ATCCTCGTGGTACT--GGATTCGCCGTTGC-AGCTTAAAT
1 CTTTCCCTTCATGCTTCT-GAGGTA-TAAGG-TTCGCCGTTGCGA-CTTAAAT
* * * * * * *
140 CTTTCCCTTAATGTTTCTAAGGTACAAGGTTCACCGTTACGACTTAAAC
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * * *
189 CTTTCCC-TCAT-ATCCTCGTGGTACT--GGATTCGTCGTTGTGACTTTAAT
1 CTTTCCCTTCATGCTTCT-GAGGTA-TAAGG-TTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * * *
237 CTTTCTCTTCATGTTTCTAAGGCACAAGGTTCGCTGTTGCGACTTAAAT
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * * *
286 CTTTCCTTTCATATCTT-TGTGGTACT--GGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
1 CTTTCCCTTCAT-GCTTCTGAGGTA-TAAGG-TTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * * *
335 CGTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCACCGTTACGACTTAAAT
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * * ** * *
384 CTTTCCC-TCAT-ATCCTCATTGTACT-AGATTCATCGTTACGGCTTAAAT
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGA-GGTA-TAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * *
432 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGTCGTTGCGACTTAAAT
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * *
481 CTTTCCCTCCATATCTT-TGTGGTACT-AGATTCGTCGTTGCGACTTAAAT
1 CTTTCCCTTCAT-GCTTCTGAGGTA-TAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * *
530 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTACAAGGTTCACCATTGCGACTTAAAC
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * * * *
579 CTTTCCCTCCATATCTT-TGTGGTACT-AGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
1 CTTTCCCTTCAT-GCTTCTGAGGTA-TAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * **
628 CTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCTTTTGCGACTTAAA-
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * *
676 CTTTTCCC-TCATATCCTCGTGA--TACT--GGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
1 C-TTTCCCTTCAT-GCTTC-TGAGGTA-TAAGG-TTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * * * * *
725 CTTTCCCTTCATGTTTTTGAGGCACAAGGTTCGCTGTTACAACTTAAAC
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* *
774 CTTTCCC-TCTATATCTTC-GTGGTACT--GGATTCGCCGTTGCGACTTAAAT
1 CTTTCCCTTC-AT-GCTTCTGAGGTA-TAAGG-TTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* *
823 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTACGACTTAAAC
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
*
872 CTTTCCTTTCAT
1 CTTTCCCTTCAT
884 ATCTTCGTGG
Statistics
Matches: 589, Mismatches: 149, Indels: 108
0.70 0.18 0.13
Matches are distributed among these distances:
47 20 0.03
48 136 0.23
49 398 0.68
50 35 0.06
ACGTcount: A:0.20, C:0.25, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (49 bp):
CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
Done.