Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01009238.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123943, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 976
Length: 1627
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.19, T:0.36
Found at i:355 original size:195 final size:194
Alignment explanation
Indices: 43--895 Score: 1130
Period size: 195 Copynumber: 4.4 Consensus size: 194
33 TGGTCATAAC
* * * * *
43 CTTTCCCTTTATGTTTCTGAAGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCCTCATATCCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCTTCATATCTT
* *
108 CGTGGTACTGGATTCGCCGTTGCAGCTTAAATCTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCA
66 CGTGGTACTGGATTCACCGTTGCGGCTTAAATCTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCA
* ** * *
173 CCGTTACGACTTAAACCTTTCCCTCATATCCTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTTAAT
131 CCGTTACGACTTAAACCTTTCCCTCATATCCTCGTGGTACTAGATTCACCGTTACGACTTAAAT
* * *
237 CTTTCCCTTCATGTTTCTAAGGCACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAATCTTTCCTTTCATATCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCC-TTCATATCT
*
302 TCGTGGTACTGGATTCACCGTTGCGGCTTAAATCGTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTC
65 TCGTGGTACTGGATTCACCGTTGCGGCTTAAATCTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTC
* * * * *
367 ACCGTTACGACTTAAATCTTTCTCTCATATCCTCATTGTACTAGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
130 ACCGTTACGACTTAAACCTTTCCCTCATATCCTCGTGGTACTAGATTCACCGTTACGACTTAAAT
* * *
432 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGTCGTTGCGACTTAAATCTTTCCCTCCATATCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTT-CCTTCATATCT
* * ** * * * *
497 TTGTGGTACTAGATTCGTCGTTGCGACTTAAATCTTTCCCTTCATGCTTATGAGGTACAAGGTTC
65 TCGTGGTACTGGATTCACCGTTGCGGCTTAAATCTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTC
* * * * *
562 ACCATTGCGACTTAAACCTTTCCCTCCATATCTTTGTGGTACTAGATTCACCGTTACGGCTTAAA
130 ACCGTTACGACTTAAACCTTTCCCT-CATATCCTCGTGGTACTAGATTCACCGTTACGACTTAAA
627 T
194 T
* ** * * *
628 CTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCTTTTGCGACTTAAACTTTTCCCTCATATCCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCTTCATATCTT
* * * * *
693 CGTGATACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGCACAAGGTTCG
66 CGTGGTACTGGATTCACCGTTGCGGCTTAAATCTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCA
* * * * * * *
758 CTGTTACAACTTAAACCTTTCCCTCTATGTCTTCGTGGTACTGGATTCGCCGTTGCGACTTAAAT
131 CCGTTACGACTTAAACCTTTCCCTC-ATATCCTCGTGGTACTAGATTCACCGTTACGACTTAAAT
* * **
823 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTATGACTTAAACCTTTCCTTTCATATCT
1 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCC-TTCATATCT
888 TCGTGGTA
65 TCGTGGTA
896 TTGAAACCTG
Statistics
Matches: 571, Mismatches: 83, Indels: 8
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
194 50 0.09
195 422 0.74
196 99 0.17
ACGTcount: A:0.20, C:0.25, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (194 bp):
CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCTTCATATCTT
CGTGGTACTGGATTCACCGTTGCGGCTTAAATCTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCA
CCGTTACGACTTAAACCTTTCCCTCATATCCTCGTGGTACTAGATTCACCGTTACGACTTAAAT
Found at i:628 original size:293 final size:290
Alignment explanation
Indices: 45--895 Score: 1227
Period size: 293 Copynumber: 2.9 Consensus size: 290
35 GTCATAACCT
* * *
45 TTCCCTTTATGTTTCTGAAGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCCTCATATCCTCG
1 TTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA-CTTTCCCTCATATCCTC-
* * * * * *
110 TGGTACTGGATTCGCCGTTGCAGCTTAAATCTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCACC
64 TTGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTC-GC
* *
175 GTTACGACTTAAACCTTTCCCT-CATATCCTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTTAATCT
128 GTTACGACTTAAACCTTTCCCTCCATATCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTAAATCT
* * * *
239 TTCCCTTCATGTTTCTAAGGCACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAATCTTTCCTTTCATATCTTC
193 TTCCCTTCATGCTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCTTTCATATCTTC
* *
304 GTGGTACTGGATTCACCGTTGCGGCTTAAATCG
258 GTGGTACTAGATTCACCGTTACGGCTTAAATCG
* * *
337 TTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCACCGTTACGACTTAAATCTTTCTCTCATATCCTCA
1 TTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA-CTTTCCCTCATATCCTC-
*
402 TTGTACTAGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGTC
64 TTGTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCG-C
* * * *
467 GTTGCGACTTAAATCTTTCCCTCCATATCTTTGTGGTACTAGATTCGTCGTTGCGACTTAAATCT
128 GTTACGACTTAAACCTTTCCCTCCATATCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTAAATCT
* * * * * *
532 TTCCCTTCATGCTTATGAGGTACAAGGTTCACCATTGCGACTTAAACCTTTCCCTCCATATCTTT
193 TTCCCTTCATGCTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCTTTCATATCTTC
*
597 GTGGTACTAGATTCACCGTTACGGCTTAAATCT
258 GTGGTACTAGATTCACCGTTACGGCTTAAATCG
** *
630 TTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCTTTTGCGACTTAAACTTTTCCCTCATATCCTCG
1 TTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAC-TTTCCCTCATATCCTCT
*
695 TGATACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGCACAAGGTTCGCT
65 TG-TACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGC-
* * * *
760 GTTACAACTTAAACCTTTCCCTCTATGTCTTCGTGGTACTGGATTCGCCGTTGCGACTTAAATCT
128 GTTACGACTTAAACCTTTCCCTCCATATCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTAAATCT
* **
825 TTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTATGACTTAAACCTTTCCTTTCATATCTTC
193 TTCCCTTCATGCTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCTTTCATATCTTC
890 GTGGTA
258 GTGGTA
896 TTGAAACCTG
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 59, Indels: 9
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
292 138 0.28
293 357 0.72
ACGTcount: A:0.20, C:0.25, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (290 bp):
TTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACTTTCCCTCATATCCTCTT
GTACTGGATTCACCGTTACGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCGTT
ACGACTTAAACCTTTCCCTCCATATCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGCGACTTAAATCTTTC
CCTTCATGCTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAACCTTTCCTTTCATATCTTCGTG
GTACTAGATTCACCGTTACGGCTTAAATCG
Found at i:883 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 43--883 Score: 498
Period size: 49 Copynumber: 17.2 Consensus size: 49
33 TGGTCATAAC
* * * *
43 CTTTCCCTTTATGTTTCTGAAGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAC
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * *
92 CTTTCCC-TCAT-ATCCTCGTGGTACT--GGATTCGCCGTTGC-AGCTTAAAT
1 CTTTCCCTTCATGCTTCT-GAGGTA-TAAGG-TTCGCCGTTGCGA-CTTAAAT
* * * * * *
140 CTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCACCGTTACGACTTAAAC
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * *
189 CTTTCCC-TCAT-ATCCTCGTGGTACT--GGATTCGTCGTTGCGACTTTAAT
1 CTTTCCCTTCATGCTTCT-GAGGTA-TAAGG-TTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * *
237 CTTTCCCTTCATGTTTCTAAGGCACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * *
286 CTTTCCTTTCATATCTTC-GTGGTACT--GGATTCACCGTTGCGGCTTAAAT
1 CTTTCCCTTCAT-GCTTCTGAGGTA-TAAGG-TTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * * *
335 CGTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCACCGTTACGACTTAAAT
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * * * * * *
384 CTTTCTC-TCAT-ATCCTCATTGTACT-AGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGA-GGTA-TAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * *
432 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGTCGTTGCGACTTAAAT
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * *
481 CTTTCCCTCCATATCTT-TGTGGTACT-AGATTCGTCGTTGCGACTTAAAT
1 CTTTCCCTTCAT-GCTTCTGAGGTA-TAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * *
530 CTTTCCCTTCATGCTTATGAGGTACAAGGTTCACCATTGCGACTTAAAC
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * * * *
579 CTTTCCCTCCATATCTT-TGTGGTACT-AGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
1 CTTTCCCTTCAT-GCTTCTGAGGTA-TAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * **
628 CTTTCCCTTAATGTTTCTGAGGTACAAGGTTCGCTTTTGCGACTTAAA-
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * *
676 CTTTTCCC-TCATATCCTCGTGA--TACT--GGATTCACCGTTACGGCTTAAAT
1 C-TTTCCCTTCAT-GCTTC-TGAGGTA-TAAGG-TTCGCCGTTGCGACTTAAAT
* * * * * * *
725 CTTTCCCTTCATGTTTCTGAGGCACAAGGTTCGCTGTTACAACTTAAAC
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
*
774 CTTTCCC-TCTATGTCTTC-GTGGTACT--GGATTCGCCGTTGCGACTTAAAT
1 CTTTCCCTTC-ATG-CTTCTGAGGTA-TAAGG-TTCGCCGTTGCGACTTAAAT
** *
823 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTATGACTTAAAC
1 CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
*
872 CTTTCCTTTCAT
1 CTTTCCCTTCAT
884 ATCTTCGTGG
Statistics
Matches: 598, Mismatches: 140, Indels: 108
0.71 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
47 20 0.03
48 141 0.24
49 400 0.67
50 37 0.06
ACGTcount: A:0.20, C:0.25, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (49 bp):
CTTTCCCTTCATGCTTCTGAGGTATAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAAT
Done.