Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01009368.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124075, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1851
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.13, T:0.42
Found at i:1529 original size:354 final size:346
Alignment explanation
Indices: 752--1838 Score: 1318
Period size: 356 Copynumber: 3.1 Consensus size: 346
742 ATATTTTGTT
*
752 TCGATTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATC--TTTTCAATTTTAATATAGTAATATAATTT
1 TCGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATCTTTTTTCAATTTTAATATAGTAATATAATTT
* * *
815 GATTTTCAAGAGTATCCTAAATAAGTTTATTG-CCTATTGATATTATTTACTTAGTTATGTCTTT
66 GATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTTCTTGTCC-ATTGATATTATTTACTTAGTTATTTC-TT
* * * * * * *
879 TTTTAATTAAAAAATTAATTATCTCATGCTTTTATGCAACTAATGACTTCAGATGGAGCTTCCAA
129 ATTAAATTAAAAAAATAATTATCCCTTTCTTTTATGCAACTAATGACTTCAGA-GGAACTT-CAA
* * * * * * * * * * *
944 TGAATGAATTAGATTCTATGCAAGTGTATGAGATGGCTCCAATGGTAATTTAAAAGCATTGCTAT
192 CGAATGAATCAGATTCTATGCAACTAT-TTATATGACTTCAGT-GTAATTGAAAAGTATTGCTAT
* *
1009 TATTTTCAATGTTTATAGTTGATTAAC--TA--TTATTATTAGAATAGTAATTCGATTCAAATT-
255 TATTTTAAATGTTTATAGTCGATTAACTTTATTTTATTATTAGAATAGTAATTCGATTCAAATTG
**
1069 GATTTATCGTGAATT--ATTTTTTAGGC
320 GA-TTATTTTGAATTAAATTTTTTAGGC
* * * *
1095 TCGACTTTAAATGAATTATATTTAAAAGATAATCTTTTTTTCAATTTTAATAAAGTAATATAATT
1 TCGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATC-TTTTTTCAATTTTAATATAGTAATATAATT
1160 TGATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTTCTTGTCCATTGATATTATTTACTTATGTT-TTTCTT
65 TGATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTTCTTGTCCATTGATATTATTTACTTA-GTTATTTCTT
* *
1224 ATTAAATTAAAAAAATAATTATCCCTTTCTTTTATGCAACTAATGGCTTCAGGAGTAACTTCTAA
129 ATTAAATTAAAAAAATAATTATCCCTTTCTTTTATGCAACTAATGACTTCA-GAGGAACTTC-AA
* * * * *
1289 GGAATGAATCAGATTCTATGTCAACTATTTATATGACTTCTAGTGTAATTGAAAAATTTTACTGT
192 CGAATGAATCAGATTCTATG-CAACTATTTATATGACTTC-AGTGTAATTGAAAAGTATTGCTAT
*
1354 TATTTTAAATGTTTATAGTCGGTTAACTATTATTTTTATTATTAGAATAGTAATTCGATTCAAAT
255 TATTTTAAATGTTTATAGTCGATTAACT-TTA-TTTTATTATTAGAATAGTAATTCGATTCAAAT
1419 TGGATTATTTTGAATTAAATTCTTTTAGGC
318 TGGATTATTTTGAATTAAATT-TTTTAGGC
*
1449 TCGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATCGTTTTTTCAATTCTAATATAGTAATATAATT
1 TCGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATC-TTTTTTCAATTTTAATATAGTAATATAATT
* *
1514 TGATTTTCAAGTGTATCCTAAAAAAGTTTCTTGTCCATTGATATTATTTAATTAGTTATGTTCTT
65 TGATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTTCTTGTCCATTGATATTATTTACTTAGTTAT-TTCTT
* *
1579 CTTAAATTAAAAAAATTAATTATACCATGTT-TTTT-TGCAACTAATGACTTCAAGAGGAACTTC
129 ATTAAATTAAAAAAA-TAATTAT-CCCT-TTCTTTTATGCAACTAATGACTTC-AGAGGAACTTC
* * * * * * * *
1642 AACAAAGGAACCATATTCTATACAAACTACTTATATGACTTCATGGGTAATTGAAAAGTCTTGCT
190 AACGAATGAATCAGATTCTATGC-AACTATTTATATGACTTCA-GTGTAATTGAAAAGTATTGCT
* * * *
1707 ATTATTTTAAATGTTTATAGCCTAATTAATTGTTGTTATTATTATTAGAATAGTAATTCGATTCA
253 ATTATTTTAAATGTTTATAGTC-GATTAACT-TTATT-TTATTATTAGAATAGTAATTCGATTCA
*
1772 AATTGAATTATTTTGAATTAAATTTTTTTAGGC
315 AATTGGATTATTTTGAATTAAA-TTTTTTAGGC
*
1805 TTGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATC
1 TCGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATC
1839 ATAATTTGAT
Statistics
Matches: 645, Mismatches: 69, Indels: 47
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
343 30 0.05
344 1 0.00
345 118 0.18
346 88 0.14
347 5 0.01
348 2 0.00
351 41 0.06
352 2 0.00
353 6 0.01
354 122 0.19
355 91 0.14
356 127 0.20
357 10 0.02
358 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (346 bp):
TCGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATCTTTTTTCAATTTTAATATAGTAATATAATTT
GATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTTCTTGTCCATTGATATTATTTACTTAGTTATTTCTTAT
TAAATTAAAAAAATAATTATCCCTTTCTTTTATGCAACTAATGACTTCAGAGGAACTTCAACGAA
TGAATCAGATTCTATGCAACTATTTATATGACTTCAGTGTAATTGAAAAGTATTGCTATTATTTT
AAATGTTTATAGTCGATTAACTTTATTTTATTATTAGAATAGTAATTCGATTCAAATTGGATTAT
TTTGAATTAAATTTTTTAGGC
Done.