genome.fa.s9396.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01009396.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124103, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  249870

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
504--544	10	3.7	11	81	18	50	0	36	0	63	0.95
6701--6762	18	3.4	18	100	0	124	25	12	17	43	1.85
10743--10815	3	24.3	3	94	0	128	69	0	30	0	0.88
26191--26234	11	3.9	11	79	5	52	59	0	0	40	0.98
26646--26676	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
31845--31881	17	2.2	17	100	0	74	35	16	0	48	1.46
32471--32499	15	2.0	15	93	6	51	31	0	13	55	1.39
33949--33995	21	2.2	20	85	14	60	29	14	25	29	1.95
44532--44829	149	2.0	149	87	1	427	25	19	18	36	1.94
49007--49056	18	2.8	18	78	0	55	18	14	26	42	1.87
55120--55150	16	1.9	16	93	0	53	0	19	0	80	0.71
55119--55170	6	9.0	6	79	12	56	1	19	0	78	0.84
55119--55170	24	2.3	22	86	6	68	1	19	0	78	0.84
73420--73454	15	2.3	15	86	13	54	82	0	17	0	0.66
78450--78510	21	3.0	21	83	7	72	32	0	19	47	1.50
80170--80199	13	2.4	13	94	5	53	53	3	0	43	1.17
95071--95152	23	3.5	22	78	5	74	34	10	14	40	1.81
95117--95164	23	2.1	23	84	7	62	39	10	16	33	1.83
95657--95737	31	2.6	31	86	7	103	24	24	28	22	1.99
98496--98541	21	2.2	21	85	11	60	65	2	2	30	1.16
98503--98586	31	2.7	31	83	9	100	59	3	2	34	1.28
100136--100325	26	7.3	26	74	4	141	38	16	18	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100182--100322	53	2.7	53	93	3	232	39	17	19	24	1.92
102412--102489	27	2.9	26	83	9	95	17	16	28	37	1.92
102416--102513	27	3.6	28	79	6	94	17	18	29	34	1.94
102785--102879	49	1.9	49	100	0	190	23	13	14	48	1.80
105489--105533	13	3.5	13	77	17	58	64	2	0	33	1.06
106021--106064	18	2.3	19	88	7	63	61	4	0	34	1.16
106034--106099	18	3.7	18	73	13	55	57	4	0	37	1.19
106020--106100	19	4.3	18	76	16	76	60	4	0	34	1.18
106422--106519	27	3.6	27	97	0	178	18	23	31	26	1.97
106492--106581	45	2.0	45	91	0	144	18	35	23	22	1.96
117501--117548	24	2.0	24	95	0	87	27	16	8	47	1.75
120026--120067	21	2.0	21	85	0	57	26	14	7	52	1.67
122872--122921	20	2.5	20	86	3	64	42	12	0	46	1.41
123207--123340	51	2.7	50	79	9	148	34	20	20	24	1.97
124847--124890	23	1.9	23	81	9	54	13	4	6	75	1.17
124860--124906	24	2.0	23	88	12	69	14	6	4	74	1.17
125084--125170	39	2.2	39	100	0	174	22	12	10	54	1.68
128636--128660	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
128592--128662	16	4.3	16	70	18	56	21	2	2	73	1.09
128860--128982	4	29.8	4	69	22	51	21	3	5	69	1.23
128863--128893	11	2.8	11	95	0	53	25	0	3	70	1.02
128860--128969	15	7.3	15	68	22	61	20	3	5	70	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128920--128961	21	2.0	22	90	4	68	21	0	4	73	1.01
128922--128987	26	2.4	28	78	14	75	21	0	6	72	1.05
128920--128982	22	2.9	22	83	9	76	20	0	6	73	1.05
128862--129009	71	2.1	69	81	5	163	20	4	5	68	1.28
128951--128988	17	2.2	17	86	9	51	18	0	5	76	0.97
133035--133064	15	2.0	15	93	0	51	70	0	30	0	0.88
134108--134672	100	5.7	99	80	7	520	38	16	21	23	1.92
134108--134628	197	2.6	199	82	4	554	38	16	21	22	1.92
134141--134672	50	10.7	48	74	9	365	38	16	21	23	1.92
135853--135883	16	1.9	16	93	0	53	25	0	3	70	1.02
140334--140380	25	1.9	24	91	4	76	38	0	2	59	1.09
140334--140388	25	2.3	25	84	6	69	41	0	1	56	1.10
140562--140596	14	2.5	14	90	0	52	62	11	5	20	1.48
147259--147300	16	2.6	16	88	0	57	54	11	0	33	1.37
149270--149338	36	1.9	36	96	0	129	28	21	11	37	1.89
155298--155555	128	2.0	128	94	0	453	32	16	18	32	1.93
166184--166582	140	2.9	137	78	8	357	31	15	20	32	1.94
166897--166957	22	2.9	21	73	11	61	49	37	0	13	1.42
167577--168059	36	13.5	36	80	5	512	27	22	12	37	1.89
167577--168059	71	6.7	71	81	4	565	27	22	12	37	1.89
167577--168080	108	4.7	107	82	4	568	27	22	12	37	1.90
169252--169287	15	2.3	16	90	9	65	66	0	11	22	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170892--170986	26	3.7	26	98	0	181	20	29	27	23	1.98
171751--171802	21	2.5	21	100	0	104	23	17	23	36	1.95
174701--174737	18	2.0	19	89	5	58	72	5	13	8	1.24
178871--179018	73	2.0	73	98	0	287	38	13	19	28	1.90
183134--183184	24	2.2	23	85	3	66	50	0	0	49	1.00
183089--183169	38	2.1	38	84	8	103	51	1	1	45	1.16
183116--183186	24	3.0	24	74	12	65	53	1	0	45	1.09
183261--183312	11	4.6	12	73	26	51	44	1	0	53	1.11
183268--183310	22	2.1	22	87	12	65	39	2	0	58	1.11
183251--183312	31	1.9	31	83	9	79	45	1	0	53	1.10
199850--199890	18	2.3	18	86	0	55	73	4	17	4	1.19
205998--206037	4	9.8	4	91	2	53	75	5	2	17	1.10
207081--207136	25	2.2	25	87	0	76	32	14	26	26	1.95
208892--208924	15	2.2	15	94	0	57	33	12	24	30	1.91
209022--209150	66	1.9	67	82	1	161	34	10	13	41	1.79
213776--213822	21	2.2	21	100	0	94	21	21	17	40	1.91
218579--218637	23	2.7	21	82	10	64	32	5	18	44	1.72
220539--220596	29	2.0	29	100	0	116	37	20	10	31	1.86
225002--225042	14	2.6	17	85	14	61	58	0	0	41	0.98
225272--225310	13	3.1	13	81	7	53	66	5	0	28	1.12
228090--228168	32	2.5	32	86	8	101	34	17	1	46	1.56
228098--228169	30	2.4	30	86	6	92	34	15	1	48	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229420--229475	18	3.2	18	73	12	62	46	3	0	50	1.19
229424--229481	18	3.3	18	72	11	57	46	3	0	50	1.18
229903--229936	15	2.2	15	89	5	50	50	5	11	32	1.63
232554--232680	58	2.2	56	80	9	132	29	20	11	37	1.88
232759--232896	55	2.5	55	76	5	152	36	17	7	39	1.77
235274--235325	27	1.9	27	88	7	79	36	0	3	59	1.16
235477--235539	17	3.8	16	83	10	72	46	7	1	44	1.42
236242--236286	24	1.9	24	90	4	74	24	35	2	37	1.68
236400--236456	29	1.9	30	89	3	89	21	31	3	43	1.69
243844--243955	60	1.9	59	92	1	188	54	12	20	12	1.70
244777--244814	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
244813--244847	12	3.0	12	91	4	54	82	0	17	0	0.66
245168--245575	112	3.6	112	87	3	534	31	21	10	36	1.87
245911--246299	99	3.9	98	80	5	392	35	15	30	19	1.92
246015--246306	49	5.9	49	70	15	172	35	15	29	19	1.93
246536--247624	42	26.8	42	78	8	852	33	24	16	26	1.96
246535--247624	246	4.5	245	80	7	994	33	24	16	26	1.96
248548--248574	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00

Tables:   1

The End!