genome.fa.s9398.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01009398.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124105, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  247437

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
675--751	23	3.4	22	89	7	93	10	23	23	42	1.84
770--819	23	2.2	23	92	3	84	16	16	28	40	1.89
717--819	45	2.3	46	76	8	104	12	21	27	38	1.89
2750--2863	60	1.9	60	94	0	201	53	0	1	43	1.17
16973--17015	23	2.0	21	86	9	59	67	4	9	18	1.36
17817--17858	22	1.9	22	90	0	66	64	16	9	9	1.49
18153--18327	92	1.9	93	81	11	216	39	20	6	33	1.79
18386--18439	19	2.8	19	75	10	56	62	1	1	33	1.16
18386--18442	20	2.9	20	72	12	55	61	1	1	35	1.17
18358--18492	45	3.0	44	78	11	130	60	0	2	36	1.14
20386--20525	23	5.9	24	76	14	121	36	20	30	13	1.91
20414--20571	23	6.9	23	78	11	128	37	22	26	13	1.91
20386--20547	48	3.4	45	79	12	150	38	20	28	12	1.90
20514--20590	22	3.5	22	90	0	118	41	25	20	11	1.86
20514--20604	44	2.0	45	89	2	139	40	25	20	13	1.89
20514--20604	22	4.1	22	85	4	103	40	25	20	13	1.89
26140--26308	89	1.9	88	88	1	257	40	21	7	30	1.81
26879--26971	28	3.3	27	79	13	107	33	6	1	59	1.30
26830--27001	10	17.9	10	66	20	57	30	4	1	63	1.25
26855--26971	57	2.0	57	85	8	157	29	5	1	62	1.29
26930--27001	19	3.7	19	79	3	63	29	5	1	63	1.25
27063--27236	91	2.0	88	82	8	210	42	8	6	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29680--29722	17	2.5	17	80	3	50	69	2	2	25	1.12
29625--29720	27	3.6	26	76	4	84	67	2	2	28	1.13
29642--29739	19	5.3	19	72	18	55	65	2	2	30	1.15
29625--29739	10	12.7	9	71	14	76	66	1	1	30	1.12
29854--29903	18	2.8	19	85	11	63	72	0	2	26	0.96
29918--30033	49	2.4	47	73	12	110	27	7	2	62	1.36
29923--29978	19	3.0	18	82	12	60	25	10	3	60	1.45
30066--30109	20	2.2	20	84	4	54	25	9	2	63	1.35
30097--30160	29	2.2	29	86	5	85	35	1	0	62	1.05
30105--30166	29	2.2	30	88	8	94	35	0	0	64	0.94
30763--30816	27	2.0	27	100	0	108	25	29	14	29	1.95
32079--32113	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
36460--36517	9	6.1	9	75	25	57	51	0	0	48	1.00
36452--36517	20	3.3	20	76	21	68	51	0	1	46	1.10
36461--36519	28	2.1	28	93	6	102	54	0	0	45	0.99
36458--36498	19	2.0	21	90	9	68	48	0	0	51	1.00
37229--37294	31	2.2	30	86	5	98	51	1	0	46	1.10
37262--37309	17	2.9	17	84	3	62	52	0	0	47	1.00
37604--37629	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
42344--42434	26	3.5	26	81	3	94	37	15	23	24	1.93
42402--42451	26	1.9	26	91	0	82	34	14	24	28	1.93
42401--42465	26	2.5	26	82	5	78	33	16	23	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49429--49486	13	4.2	13	73	16	53	32	6	1	58	1.35
49473--49510	20	1.9	20	94	0	67	31	2	2	63	1.22
51659--51710	21	2.5	21	100	0	104	25	26	13	34	1.93
59104--59407	26	11.7	26	79	2	290	35	14	24	26	1.93
62034--62069	18	2.0	18	94	0	63	58	0	8	33	1.28
62035--62073	18	2.2	18	90	0	60	56	2	10	30	1.46
64315--64387	21	3.3	22	69	10	60	32	2	4	60	1.30
64842--64909	30	2.3	29	85	5	84	50	0	1	48	1.10
69949--69989	21	2.0	21	90	0	64	34	17	17	31	1.93
71658--71700	23	1.9	22	81	13	52	27	16	2	53	1.55
76121--76363	120	2.0	119	91	0	396	28	17	26	27	1.97
77086--77141	21	2.7	21	85	0	76	30	7	25	37	1.82
86000--86225	9	24.6	9	68	17	60	62	2	3	31	1.24
85989--86048	18	3.4	18	80	15	63	75	1	0	23	0.90
85989--86038	24	2.0	26	88	7	77	78	2	0	20	0.86
86025--86060	10	3.7	10	96	3	65	66	0	0	33	0.92
86025--86066	19	2.2	19	83	8	50	66	0	4	28	1.12
86613--86652	21	1.9	21	85	10	55	32	2	0	65	1.06
86687--86758	19	3.9	19	78	5	67	37	0	2	59	1.12
86732--86834	19	5.4	18	72	14	66	37	0	0	60	1.10
86747--86786	20	2.0	20	85	9	55	42	0	2	55	1.13
86794--86829	18	2.1	17	89	5	54	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86742--86834	30	3.2	29	73	15	86	37	1	1	60	1.11
88367--88393	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
104903--104929	12	2.2	12	100	0	54	66	0	33	0	0.92
105338--105388	17	3.0	18	73	23	56	19	15	11	52	1.73
107685--109524	589	3.1	587	85	2	2372	37	13	16	32	1.87
108724--110323	825	1.9	827	84	4	2147	37	13	14	33	1.86
109529--113684	590	7.1	584	79	7	3868	37	12	16	34	1.86
113628--113746	59	2.0	59	98	0	229	32	18	14	34	1.91
115744--115791	16	2.8	17	90	6	71	2	18	2	77	0.97
124749--124778	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
131913--131963	2	24.5	2	84	7	66	49	3	3	43	1.39
131916--131963	21	2.3	21	100	0	96	47	4	4	43	1.41
137619--137656	12	3.2	12	85	14	60	68	0	31	0	0.90
144508--144533	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
148691--148954	30	8.8	29	74	6	161	32	26	3	36	1.75
148676--148953	60	4.6	58	77	7	202	32	27	4	35	1.76
157280--157932	39	16.7	39	70	0	372	23	29	20	27	1.98
157281--157892	117	5.2	115	75	11	412	23	30	20	26	1.98
157280--157580	156	1.9	156	85	2	417	22	29	20	27	1.99
157554--157914	156	2.3	156	89	0	535	23	30	19	27	1.98
157403--157956	117	4.7	117	74	5	445	24	29	19	26	1.98
157554--157931	78	4.8	78	83	1	418	23	29	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157996--158452	209	2.2	209	88	1	648	37	16	22	22	1.93
160068--160270	30	6.8	30	80	7	200	34	24	1	38	1.67
160070--160275	59	3.5	58	81	5	209	34	24	2	37	1.69
165908--166213	58	5.2	59	86	3	422	30	3	29	36	1.75
165908--166213	30	10.5	28	75	11	224	30	3	29	36	1.75
167405--167456	3	17.0	3	84	4	68	28	3	3	63	1.30
168111--168174	12	5.7	11	78	5	58	57	0	1	40	1.08
168101--168171	17	4.1	18	76	8	76	50	1	2	45	1.25
170809--171088	153	1.8	153	83	4	368	26	16	20	37	1.93
171146--171177	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
171621--171677	20	3.0	20	74	23	59	50	0	1	47	1.11
171630--171702	29	2.4	31	93	4	123	52	0	1	46	1.09
171630--171709	30	2.7	29	83	9	99	50	0	1	48	1.08
172514--172560	22	2.0	24	88	8	71	46	4	0	48	1.21
178710--178899	42	4.5	42	81	6	188	38	11	24	25	1.88
178710--178899	84	2.2	85	81	6	208	38	11	24	25	1.88
192567--192707	69	2.0	69	97	0	264	47	13	5	33	1.66
194131--194179	22	2.2	22	85	3	62	16	24	20	38	1.92
198332--198377	5	8.6	5	81	13	56	34	2	2	60	1.21
206989--207102	56	2.0	56	96	0	210	45	21	6	26	1.75
208549--208585	13	2.6	15	87	8	51	48	10	2	37	1.52
209582--209618	19	1.9	19	100	0	74	21	0	37	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210137--210177	15	2.8	14	88	7	55	34	2	0	63	1.08
216710--216808	52	1.9	52	85	4	137	49	16	12	22	1.78
217051--217130	40	2.0	40	87	0	115	28	13	16	41	1.86
220868--220907	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
221553--221604	18	2.9	18	88	0	77	40	11	11	36	1.78
222031--222347	72	4.4	72	92	0	526	23	5	15	55	1.61
224334--224364	13	2.4	13	94	0	53	45	19	6	29	1.75
226992--227048	22	2.6	22	88	0	87	17	19	17	45	1.86
230055--230079	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
232014--232042	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66

Tables:   1   2