Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01000943.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_112107, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 5785
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.17, T:0.33


Found at i:5125 original size:52 final size:52

Alignment explanation


    Indices: 5058--5410  Score: 546
    Period size: 52  Copynumber: 6.8  Consensus size: 52

       5048 GCCATAAATG

                    *                *                          
       5058 AAGAGGTCTGATGACTAAGTGTCATTGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATT
          1 AAGAGGTCCGATGACTAAGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATT

                                         *                      
       5110 AAGAGGTCCGATGACTAAGTGTCATCGTGGGTATATGAATCCTTTACGGATT
          1 AAGAGGTCCGATGACTAAGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATT

                                                                
       5162 AAGAGGTCCGATGACTAAGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATT
          1 AAGAGGTCCGATGACTAAGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATT

                     *                   *                  *   
       5214 AAGAGGTCCAATGACTAAGTGTCATCGTGGGTATATGAATCCTTTACGAATT
          1 AAGAGGTCCGATGACTAAGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATT

                                             *             *     
       5266 AAGAGGTCCCGATGACTAAGTGTCATCGTGAGTTTATGAATCCTTTATGGATT
          1 AAGAGGT-CCGATGACTAAGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATT

                             *                        *  **     
       5319 AAGAGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCCTTGTGGATT
          1 AAGAGGTCCGATGACTAAGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATT

                          *   *            *         
       5371 ATA-AGGTCCGATGGCTATGTGTCATCGTGATTATATGAAT
          1 A-AGAGGTCCGATGACTAAGTGTCATCGTGAGTATATGAAT

       5411 GAAGTGAAAT


Statistics
Matches: 281,  Mismatches: 18, Indels: 4
        0.93            0.06        0.01

Matches are distributed among these distances:
  52  233  0.83
  53   48  0.17

ACGTcount: A:0.28, C:0.14, G:0.25, T:0.33


Consensus pattern (52 bp):   
AAGAGGTCCGATGACTAAGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATT

Done.