Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01009498.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124209, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 600

Length: 1001
ACGTcount: A:0.16, C:0.25, G:0.20, T:0.39


Found at i:170 original size:98 final size:98

Alignment explanation


    Indices: 1--1001  Score: 1472
    Period size: 98  Copynumber: 10.2  Consensus size: 98

                       *                                                     
          1 CCTTTCCCTCTATGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGCT
          1 CCTTTCCCTCTGTGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGCT

                               **   *        
         66 TCTGAGGTACAAGGTTCGCTATTGTGACTTAAA
         66 TCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA

                 *             *              *                              
         99 CCTTTGCCTCTGTGTCTTCATGGTACTGGATTCGCCGTTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGCT
          1 CCTTTCCCTCTGTGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGCT

                     *          *            
        164 TCTGAGGTATAAGGTTCGCCATTGCGACTTAAA
         66 TCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA

                       *                        *   *                        
        197 CCTTTCCCTCTATGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTCTTTGCGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGCT
          1 CCTTTCCCTCTGTGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGCT

                            **  *    *       
        262 TCTGAGGTACAAGGTTTACCATTGCAACTTAAA
         66 TCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA

                                             *     *   *      *              
        295 CCTTTCCCTCTGTGTCTTCGTGGTACTGGATTCATCGTTATGGTTTAAATATTTCCCTTCATGCT
          1 CCTTTCCCTCTGTGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGCT

             *                               
        360 TTTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA
         66 TCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA

                       *                        *                            
        393 CCTTTCCCTCTATGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTCATTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGCT
          1 CCTTTCCCTCTGTGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGCT

                                    *       *
        458 TCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGTGACTTAAT
         66 TCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA

                 *                          * *     *                        
        491 CCTTTGCCTCTGTGTCTTCGTGGTACTGGATTTGCCGTTGCGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGTC
          1 CCTTTCCCTCTGTGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATG-C

                *             *       *       
        556 TT-TAAGGTACAAGGTTCACCGTTGCTACTTAAA
         65 TTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA

                                                      **                     
        589 CCTTTCTCCT-TGTGTCTTCGTGGTACTGGATTCG-CTGTTGCAGCTTAAATCTTTCCCTTCATG
          1 CCTTTC-CCTCTGTGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTC-GTTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATG

                 *            *                
        652 CTTCTTAGGTACAAGGTTTGCCGTTGCGACTTAAA
         64 CTTCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA

                                             *     *   *                  *  
        687 CCTTTCCCTCTGTGTCTTCGTGGTACTGGATTCATCGTTATGGTTTAAATCTTTCCCTTCATTCT
          1 CCTTTCCCTCTGTGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGCT

                                             
        752 TCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA
         66 TCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA

                       *                                                     
        785 CCTTTCCCTCTATGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGCT
          1 CCTTTCCCTCTGTGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGCT

                                    *       *
        850 TCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGTGACTTAAT
         66 TCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA

                              *        *            *                        
        883 CCTTTCCCTCTGTGTCTTTGTGGTACTAGATTCGTCGTTGCGGCTTAAATCTTTCCCTTCATG-T
          1 CCTTTCCCTCTGTGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGCT

                *             *       *       
        947 CTCTAAGGTACAAGGTTCCCCGTTGCTACTTAAA
         66 -TCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA

                        *         
        981 CCTTTCCC-CTTATGTCTTCGT
          1 CCTTTCCCTC-TGTGTCTTCGT


Statistics
Matches: 813,  Mismatches: 82, Indels: 16
        0.89            0.09        0.02

Matches are distributed among these distances:
  97    9  0.01
  98  797  0.98
  99    7  0.01

ACGTcount: A:0.16, C:0.25, G:0.20, T:0.39


Consensus pattern (98 bp):   
CCTTTCCCTCTGTGTCTTCGTGGTACTGGATTCGTCGTTGTGGCTTAAATCTTTCCCTTCATGCT
TCTGAGGTACAAGGTTCGCCGTTGCGACTTAAA

Done.