Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01009512.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124223, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5508
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.16, T:0.34
Found at i:1279 original size:498 final size:497
Alignment explanation
Indices: 342--1338 Score: 1807
Period size: 498 Copynumber: 2.0 Consensus size: 497
332 TCAAGTTCTC
*
342 TATTAAGCATAAAAAAATGAATTGAAAGAATTAGGATCATAAAATTCACAATGAACACCGAATAA
1 TATTAAGCATAAAAAAATGAATTGAAAGAATTAGGAGCATAAAATTCACAATGAACACCGAATAA
* *
407 TCACAATTTAAGCACATATAATTTAGAAAGAAAACTAAGTTTTTGTTGCACAAATAAAAATCGAA
66 TCACAATTTAAGCACATATAATTGAGAAAGAAAACTAAGTCTTTGTTGCACAAATAAAAATCGAA
* *
472 AGACATATTCTATCATAGGGTTCATATCCCCTAGGTATATGATACTCTCCTATCAAATCAAATAA
131 AGACACATTCTATCATAGGGTTCATATCCCCTAGGTATATGATAATCTCCTATCAAATCAAATAA
*
537 GAATCTATAATCTTGACGGAAATCTGCTTCAAAGTCAGCTTCAATGGATTTTTTTGAGTTGTTTT
196 GAATCTATAATCTTGAAGGAAATCTGCTTCAAAGTCAGCTTCAATGGATTTTTTTGAGTTGTTTT
602 CTTGAATATTCTTTGATGGCCCCCTCCTAGTTTCTTATTTTTGTCATATATATGTCTTAAAATGC
261 CTTGAATATTCTTTGATGGCCCCCTCCTAGTTTCTTATTTTTGTCATATATATGTCTTAAAATGC
* *
667 CCGAAAAGCTTAAAATTTGTGATTTTCCACTGTTTGGTGTGCAATTCTGTGATATCGATATGGCC
326 CCGAAAAGCTTAAAATTTGTGATTTTCCACTGTTTGGTGTGCAATTCCGTGATATCAATATGGCC
732 TACCACATGGTCGTGTGGTCACACAATCATGTGGTTAGGTCGTGTGGAATGCTTTAGCTTGTGCG
391 TACCACATGGTCGTGTGGTCACACAATCATGTGGTTAGGTCGTGTGGAATGCTTTAGCTTGTGCG
* *
797 GATCATATGGCCATGTGGAATGGTCCAGTCCATGTGGCCCCTG
456 GATCATATAGCCATGTGGAATGGTCCAGCCCATGTGG-CCCTG
* *
840 TATTAAGCATAAAAAAATGAATTGAAAGAATTAGGAGCATAAAATTGACAATGAACATCGAATAA
1 TATTAAGCATAAAAAAATGAATTGAAAGAATTAGGAGCATAAAATTCACAATGAACACCGAATAA
905 TCACAATTTAAGCACATATAATTGAGACAA-AAAACTAAGTCTTTGTTGCACAAATAAAAATCGA
66 TCACAATTTAAGCACATATAATTGAGA-AAGAAAACTAAGTCTTTGTTGCACAAATAAAAATCGA
* *
969 ACGACACATTCTATCATAGGGTTCATATCCCCTAGGTATATGATAATCTCCTATTAAATCAAATA
130 AAGACACATTCTATCATAGGGTTCATATCCCCTAGGTATATGATAATCTCCTATCAAATCAAATA
* *
1034 AGAATCTATAATCTTGAAGGAAATTTGCTTCAAAGTCGGCTTCAATGGATTTTTTTGAGTTGTTT
195 AGAATCTATAATCTTGAAGGAAATCTGCTTCAAAGTCAGCTTCAATGGATTTTTTTGAGTTGTTT
*
1099 TCTTGAATATTCTTTGATGGCTCCCTCCTAGTTTCTTATTTTTGTCATATATATGTCTTAAAATG
260 TCTTGAATATTCTTTGATGGCCCCCTCCTAGTTTCTTATTTTTGTCATATATATGTCTTAAAATG
1164 CCCGAAAAGCTTAAAATTTGTGATTTTCCACTGTTTGGTGTGCAATTCCGTGATATCAATATGGC
325 CCCGAAAAGCTTAAAATTTGTGATTTTCCACTGTTTGGTGTGCAATTCCGTGATATCAATATGGC
*
1229 CTACCACATGGTCGTTTGGTCACACAATCATGTGGTTAGGTCGTGTGGAATGCTTTAGCTTGTGC
390 CTACCACATGGTCGTGTGGTCACACAATCATGTGGTTAGGTCGTGTGGAATGCTTTAGCTTGTGC
1294 GGATCATATAGCCATGTGGAATGGTCCAGCCCATGTGGCCCTG
455 GGATCATATAGCCATGTGGAATGGTCCAGCCCATGTGGCCCTG
1337 TA
1 TA
1339 GCTTGCTCCA
Statistics
Matches: 480, Mismatches: 18, Indels: 3
0.96 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
497 7 0.01
498 471 0.98
499 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (497 bp):
TATTAAGCATAAAAAAATGAATTGAAAGAATTAGGAGCATAAAATTCACAATGAACACCGAATAA
TCACAATTTAAGCACATATAATTGAGAAAGAAAACTAAGTCTTTGTTGCACAAATAAAAATCGAA
AGACACATTCTATCATAGGGTTCATATCCCCTAGGTATATGATAATCTCCTATCAAATCAAATAA
GAATCTATAATCTTGAAGGAAATCTGCTTCAAAGTCAGCTTCAATGGATTTTTTTGAGTTGTTTT
CTTGAATATTCTTTGATGGCCCCCTCCTAGTTTCTTATTTTTGTCATATATATGTCTTAAAATGC
CCGAAAAGCTTAAAATTTGTGATTTTCCACTGTTTGGTGTGCAATTCCGTGATATCAATATGGCC
TACCACATGGTCGTGTGGTCACACAATCATGTGGTTAGGTCGTGTGGAATGCTTTAGCTTGTGCG
GATCATATAGCCATGTGGAATGGTCCAGCCCATGTGGCCCTG
Found at i:2432 original size:628 final size:628
Alignment explanation
Indices: 1008--2541 Score: 1956
Period size: 629 Copynumber: 2.4 Consensus size: 628
998 CCCTAGGTAT
* * *
1008 ATGATAATCTCCTATTAAATCAAATAAGAATCTAT-AATCTTGAAGGAAATTTGCTTCAAAGTCG
1 ATGATAATCTCCTATCAAATCAATTGAGAATCT-TCAATCTTGAAGGAAATTTGCTTCAAAGTCG
* *
1072 GCTTCAATGGAT-TTTTTTGAGTTGTTTTCTTGAATATTCTTTGATGGCTCCCTCCTAGTTTCTT
65 GCTTCAATGG-TGTTTTTCGAGTTGTTTTCTTGAATATTCTCTGATGGCTCCCT-CTAGTTTCTT
* * * *
1136 ATTTTTGTCATATATATGTCTTAAAATGCCC-GAAAAGCTTAAAATTTGTGATTTTCCACTGTTT
128 ATTTTTGTCATATATACGTCTTAGAATGCCCGGAAAA-CCTAAAATTTGTGATTTTCCATTGTTT
* *
1200 GGTGTGCAATTCCGTGATATCAATATGGCCTACCACATGGTCGTTTGGTCACACAA-TCATGTGG
192 GGTGTGCAATTCCGTGATATCGATATGGCCTACCACATGGTCGTTGGGTCACACAACT-ATGTGG
* * * * *
1264 T-TAGG-TCGTGTGGAATGCTTTAGCTTGTGCGGATCATATAGCCATGTGGAATGGTCCAGCCCA
256 TCT-GGCT-ATGTGGAATGGTTTAGCTCGTGCGGATCATATAGCCAAGTGGAATGGTCCAACCCA
1327 TGTGGCCCTGTAGCTTGCTCCAATTTTTTGATTTTCACTCATTTTTCACTCCTTTTGATTTCAAG
319 TGTGGCCCTGTAGCTTGCTCCAATTTTTT-ATTTTCACTCATTTTTCACTCCTTTTGATTTCAAG
* * *
1392 TGCCTTATTAGGCATAAAATATGTATTGAAAAGATTAAGAGCATAAAATTCACAATGAACATCGA
383 TGCCTTATTAAGCATAAAACATGAATTGAAAAGATTAAGAGCATAAAATTCACAATGAACATCGA
* *
1457 ATAACCACAATTTAAGTAATCATAATTGAGAGAAAAAACTAAGCATTTTTTGCGCAAAATAAAAA
448 ATAACCACAATTTAAGTAAACATAATTGAGAGAAAAAACTAAGCATTTGTTGCGCAAAATAAAAA
* *
1522 TCAAACAACATAATCTATTACAAGGTTCATCTCCCCTAGGTATTTAGGAAATTAGTTCATTCTTG
513 TCAAACAACATAATCCATTACAAGGTTCATCTCCCCTAGGTATTTAGAAAATTAGTTCATTCTTG
*
1587 AAAGGAAAAAACATCAAGGAGACAATATAACCGAAAGAAATAAAGAAACTC
578 AAAGGAAAAAACATCAAGGAGACAATATAACCGAAAAAAATAAAGAAACTC
* * *
1638 ATGATAATCTCCTATCAAATCAAATCG-GAATATTCAATCTT-AATGGAAATTTGCTACAAAGTC
1 ATGATAATCTCCTATCAAATC-AATTGAGAATCTTCAATCTTGAA-GGAAATTTGCTTCAAAGTC
* * *
1701 GGCTTCAATGGTGCTTTTCGATTTGTTTTCTTGAATATTCTCT-ATTGGCTCACTTCTAGTTTCT
64 GGCTTCAATGGTGTTTTTCGAGTTGTTTTCTTGAATATTCTCTGA-TGGCTC-CCTCTAGTTTCT
* * * *
1765 TA-TTTTGTCATATGTACGTCTTAGAATGCTCGAAAAACCTAAAATTTGTGATTTTCCTTTGTTT
127 TATTTTTGTCATATATACGTCTTAGAATGCCCGGAAAACCTAAAATTTGTGATTTTCCATTGTTT
* * *
1829 GGTGTGCAATTACATGATATCGATATGGCTTACCACATGGTCGTATGGGTCACACAACTATGTGG
192 GGTGTGCAATTCCGTGATATCGATATGGCCTACCACATGGTCGT-TGGGTCACACAACTATGTGG
* * * *
1894 TCTGGCTATGTGGAATGGTTTTGCTCGTGCGGATCATATGGCCAAGTGGAATGGTTCAACCCGTG
256 TCTGGCTATGTGGAATGGTTTAGCTCGTGCGGATCATATAGCCAAGTGGAATGGTCCAACCCATG
* * * * *
1959 TGGATCCTGTAGCTTGCTCCGA-TTTTT-TTTTCCCTCATTTTTCTCTCCTTTTGATTTCTAGTG
321 TGG-CCCTGTAGCTTGCTCCAATTTTTTATTTTCACTCATTTTTCACTCCTTTTGATTTCAAGTG
* * * *
2022 -CTATATTAAGCATAAAAACATGAATTGAAAGGATTAGGAGCATAACATTTACAATGAACATCGA
385 CCT-TATTAAGCAT-AAAACATGAATTGAAAAGATTAAGAGCATAAAATTCACAATGAACATCGA
** * *
2086 ATATTCACGATTTAAG-AACACATAATTGAGAG-AAAAACTAAGTATTTGTTGCGCAAAATAAAA
448 ATAACCACAATTTAAGTAA-ACATAATTGAGAGAAAAAACTAAGCATTTGTTGCGCAAAATAAAA
* *
2149 ATCAAACATCATAATCCA-T-CATAGGTTTCATCTCCCTTAGGTATTTAGAAAATTAGTTCATTC
512 ATCAAACAACATAATCCATTACA-AGG-TTCATCTCCCCTAGGTATTTAGAAAATTAGTTCATTC
* *
2212 TTGAAA-GTAAAAACATCCAA-GAGACAATATAACTGAAAAAAATAAAGAAACTC
575 TTGAAAGGAAAAAACAT-CAAGGAGACAATATAACCGAAAAAAATAAAGAAACTC
* * * * * *
2265 ATGAGAATCTGCTATCAAATCAATTGAGAATCTTCAATCTTGACGCAAATATGCTTCAAAGTTGG
1 ATGATAATCTCCTATCAAATCAATTGAGAATCTTCAATCTTGAAGGAAATTTGCTTCAAAGTCGG
* * * *
2330 CTTCAATGGTGTTTTTCAAGTTATTTTCTTGAATGTTCTCTGATGTCTCCCTCTAAGTTTCTTAT
66 CTTCAATGGTGTTTTTCGAGTTGTTTTCTTGAATATTCTCTGATGGCTCCCTCT-AGTTTCTTAT
* * * * *
2395 TTTTGTCATATATACATCTTAGTATGCCCGGAAAACCTAAAAAAATT-TGATTTTTCGTTGTTTG
130 TTTTGTCATATATACGTCTTAGAATGCCCGGAAAACCT--AAAATTTGTGATTTTCCATTGTTTG
* * * * * * * **
2459 GTGTGCAATTCCGTGAAATCGATTTGGCCTATCACGTGGTTGTGTGGGTCACAGAGCCGTGTGGT
193 GTGTGCAATTCCGTGATATCGATATGGCCTACCACATGGTCGT-TGGGTCACACAACTATGTGGT
* *
2524 CTGGCCATGAGGAATGGT
257 CTGGCTATGTGGAATGGT
2542 CCAGCTCATG
Statistics
Matches: 782, Mismatches: 97, Indels: 51
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
626 10 0.01
627 145 0.19
628 168 0.21
629 246 0.31
630 190 0.24
631 23 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (628 bp):
ATGATAATCTCCTATCAAATCAATTGAGAATCTTCAATCTTGAAGGAAATTTGCTTCAAAGTCGG
CTTCAATGGTGTTTTTCGAGTTGTTTTCTTGAATATTCTCTGATGGCTCCCTCTAGTTTCTTATT
TTTGTCATATATACGTCTTAGAATGCCCGGAAAACCTAAAATTTGTGATTTTCCATTGTTTGGTG
TGCAATTCCGTGATATCGATATGGCCTACCACATGGTCGTTGGGTCACACAACTATGTGGTCTGG
CTATGTGGAATGGTTTAGCTCGTGCGGATCATATAGCCAAGTGGAATGGTCCAACCCATGTGGCC
CTGTAGCTTGCTCCAATTTTTTATTTTCACTCATTTTTCACTCCTTTTGATTTCAAGTGCCTTAT
TAAGCATAAAACATGAATTGAAAAGATTAAGAGCATAAAATTCACAATGAACATCGAATAACCAC
AATTTAAGTAAACATAATTGAGAGAAAAAACTAAGCATTTGTTGCGCAAAATAAAAATCAAACAA
CATAATCCATTACAAGGTTCATCTCCCCTAGGTATTTAGAAAATTAGTTCATTCTTGAAAGGAAA
AAACATCAAGGAGACAATATAACCGAAAAAAATAAAGAAACTC
Done.