genome.fa.s9515.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01009515.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124226, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  311129

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
577--622	16	3.0	15	84	12	58	76	0	10	13	1.03
590--628	16	2.3	17	82	8	53	74	2	10	12	1.17
12987--13021	18	1.9	18	88	0	52	14	31	28	25	1.95
25908--25956	18	2.7	18	93	0	80	18	12	28	40	1.86
37829--37875	6	8.2	6	80	15	55	85	2	10	2	0.78
37829--37875	11	4.1	11	84	13	60	85	2	10	2	0.78
37845--37874	10	2.9	10	95	5	51	90	0	10	0	0.47
37844--37877	16	2.2	15	94	5	59	91	0	8	0	0.43
40070--40094	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
48329--48391	23	2.7	24	85	2	67	47	20	17	14	1.82
48338--48448	23	4.9	23	84	1	125	45	23	16	14	1.83
53854--53885	15	2.1	15	94	0	55	6	12	0	81	0.87
59707--59784	27	2.9	26	77	5	84	44	10	17	26	1.81
65909--65965	28	2.0	28	86	0	78	26	19	21	33	1.97
65942--65986	21	2.1	21	87	0	63	28	15	20	35	1.93
65963--66037	28	2.7	28	76	0	78	32	17	18	32	1.94
69539--69594	28	2.0	29	82	6	71	23	10	7	58	1.56
75925--75963	21	1.9	21	89	5	62	12	12	7	66	1.43
78869--78926	24	2.2	27	82	14	77	74	0	20	5	1.01
78886--78926	12	3.3	13	80	10	50	78	0	19	2	0.87
85043--85275	52	4.5	52	91	0	331	38	23	11	26	1.88
89565--89803	52	4.6	52	89	2	336	36	23	12	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100902--100956	21	2.6	21	82	5	67	25	14	25	34	1.94
101482--101618	57	2.5	55	83	8	174	34	24	13	27	1.93
102921--103061	70	2.0	70	100	0	282	27	21	24	26	1.99
113549--113612	33	2.1	32	82	11	80	54	3	32	9	1.48
113739--113784	23	2.0	23	100	0	92	26	0	30	43	1.55
114514--114616	23	4.4	23	79	9	93	12	26	17	43	1.84
114534--114617	23	3.6	23	81	10	100	13	25	19	42	1.86
114534--114642	48	2.3	45	79	13	119	15	25	17	41	1.89
127096--127417	158	2.0	158	85	4	436	24	22	23	30	1.99
129088--129136	21	2.3	21	92	0	80	34	16	12	36	1.86
132125--132154	15	2.0	15	93	0	51	43	6	30	20	1.77
138623--138675	24	2.2	25	86	3	72	60	11	26	1	1.41
148470--148511	22	2.0	22	85	4	59	33	16	11	38	1.86
151428--151507	31	2.8	28	77	7	81	18	15	6	60	1.56
151503--151562	19	3.2	20	79	13	65	26	3	3	66	1.23
151554--151601	19	2.6	18	80	9	51	37	2	2	58	1.22
152351--152507	49	3.2	49	81	0	170	38	14	26	20	1.91
159086--159146	22	2.8	22	84	0	77	27	19	21	31	1.97
159523--159576	14	3.8	14	85	2	63	51	1	3	42	1.30
159523--159576	28	1.9	28	84	0	72	51	1	3	42	1.30
159551--159590	20	2.0	20	90	9	64	45	5	5	45	1.47
159585--159609	11	2.3	11	100	0	50	44	8	24	24	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159724--159756	16	2.0	17	94	5	59	42	21	0	36	1.53
159826--159875	22	2.3	22	82	0	64	36	20	10	34	1.86
159901--159944	22	2.0	22	91	4	72	27	18	18	36	1.94
165046--165079	17	2.0	17	88	0	50	32	14	2	50	1.58
166206--166241	14	2.3	17	86	13	51	38	2	2	55	1.29
176225--176265	12	3.4	12	83	16	50	80	2	0	17	0.82
179244--179307	16	4.1	15	74	20	51	62	1	1	34	1.14
193472--193602	50	2.6	50	84	6	156	36	12	15	35	1.85
197298--197667	99	3.7	98	75	9	322	35	17	20	26	1.95
197252--197667	198	2.1	198	81	1	485	34	18	21	25	1.95
197664--197948	50	5.7	50	80	1	266	38	19	22	19	1.94
197664--197989	150	2.2	149	79	5	361	38	18	22	19	1.93
197978--198292	49	6.4	49	78	2	249	37	11	26	24	1.89
197979--198292	98	3.2	97	80	1	279	37	11	26	24	1.89
202402--202434	17	1.9	17	88	11	50	30	0	3	66	1.06
202427--202462	16	2.2	16	90	0	54	27	11	0	61	1.30
203489--203514	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
204809--204930	60	2.0	61	95	1	219	54	6	9	28	1.58
211714--211763	24	2.1	23	82	10	57	34	6	2	58	1.34
211728--211889	57	2.7	58	82	10	177	44	2	1	51	1.25
211741--211889	58	2.6	58	81	7	178	44	2	2	51	1.24
211741--211906	58	2.9	57	78	9	176	43	2	1	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212071--212117	16	2.9	16	80	0	67	27	27	8	36	1.86
217141--217270	38	3.4	39	82	4	131	32	16	20	31	1.94
217127--217270	76	1.9	76	82	0	180	30	16	20	32	1.95
219386--219422	14	2.5	16	83	16	53	51	13	0	35	1.41
221247--221315	22	3.1	22	100	0	138	5	46	21	26	1.74
222633--222719	38	2.3	38	84	5	106	32	11	20	35	1.89
222671--222742	37	1.9	37	83	5	92	31	16	20	30	1.95
222733--222804	37	1.9	37	91	0	117	25	18	30	26	1.98
227137--227213	37	2.1	37	90	0	118	28	16	27	27	1.97
230941--231250	103	3.0	102	91	2	478	31	17	11	39	1.86
235172--235245	37	2.0	37	100	0	148	29	18	8	43	1.79
237710--237806	28	3.5	28	76	5	97	31	23	16	27	1.96
237788--237986	28	7.1	28	66	8	91	35	20	19	25	1.96
237764--237992	56	4.1	56	77	4	176	34	21	18	25	1.96
244891--244929	21	1.9	21	89	5	62	12	15	5	66	1.41
249799--249872	37	2.0	37	100	0	148	29	18	8	43	1.79
252337--252433	28	3.5	28	76	5	97	31	23	16	27	1.96
252415--252613	28	7.1	28	66	8	91	35	20	19	25	1.96
252391--252619	56	4.1	56	77	4	176	34	21	18	25	1.96
259518--259556	21	1.9	21	89	5	62	12	15	5	66	1.41
268809--268834	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
270585--270803	24	9.1	24	84	2	260	28	22	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271791--271829	21	1.9	20	84	5	51	43	23	0	33	1.54
290676--290706	16	1.9	16	93	0	53	32	9	19	38	1.84
293576--293636	30	2.0	30	100	0	122	19	19	14	45	1.85
293818--293850	14	2.4	14	100	0	66	51	0	30	18	1.46
300645--300691	18	2.8	16	76	20	51	19	10	2	68	1.30
310750--310785	17	2.1	18	94	5	65	16	11	11	61	1.57

Tables:   1

The End!