genome.fa.s9595.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01009595.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124311, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  164564

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 108 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4646--4693	23	2.1	23	81	11	55	47	10	0	41	1.37
5712--5771	18	3.4	17	88	4	75	25	16	41	16	1.89
10342--10424	17	5.1	17	69	16	59	43	2	4	49	1.37
10385--10438	28	2.0	27	85	3	72	46	1	9	42	1.46
11136--11214	21	3.8	20	76	14	70	53	0	2	44	1.14
11163--11214	22	2.4	21	90	3	77	51	0	1	46	1.12
11142--11174	3	11.0	3	87	12	50	63	0	3	33	1.10
12221--12392	59	2.9	58	83	7	211	36	29	2	31	1.70
12221--12399	30	6.0	30	80	7	195	35	30	2	30	1.72
16051--16087	15	2.5	15	100	0	74	35	27	18	18	1.95
24304--24850	205	2.7	205	90	2	837	36	19	22	22	1.96
25185--25237	6	8.8	6	75	8	54	39	3	1	54	1.29
25177--25236	17	3.4	17	84	8	84	40	3	1	55	1.27
25184--25236	19	2.9	19	88	8	83	37	3	1	56	1.28
26008--26056	22	2.3	22	89	3	73	53	2	2	42	1.24
27104--27363	30	8.8	29	82	6	301	36	29	2	31	1.70
27104--27363	59	4.4	58	83	5	324	36	29	2	31	1.70
27418--27488	30	2.4	30	75	15	58	29	26	5	38	1.79
30689--30722	10	3.1	11	87	12	52	35	0	2	61	1.11
34294--34325	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
34612--34663	24	2.2	24	82	6	61	65	3	1	28	1.21
34983--35301	149	2.2	146	79	5	356	37	7	9	45	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36370--36444	22	3.4	21	80	10	80	5	6	18	69	1.30
36367--36433	23	2.8	24	82	13	77	2	5	17	73	1.17
36381--36419	11	3.5	11	82	6	51	5	7	7	79	1.05
36476--36536	24	2.6	25	84	10	83	8	6	18	67	1.38
36500--36559	15	3.9	15	72	12	50	8	6	18	66	1.40
36524--36594	20	3.3	20	76	14	70	7	4	22	66	1.34
36444--36551	12	9.5	12	69	12	59	7	7	17	67	1.38
36533--36578	24	2.0	24	86	4	67	4	6	26	63	1.38
36476--36534	12	4.9	12	78	0	64	8	6	18	66	1.41
43300--43342	21	2.0	21	86	8	61	32	11	25	30	1.91
51597--51623	5	5.4	5	100	0	54	62	0	0	37	0.95
62972--63049	37	2.1	37	100	0	156	38	26	0	34	1.57
63598--63636	18	2.1	19	85	4	53	23	5	0	71	1.05
66898--67038	49	2.8	50	79	6	169	36	20	28	14	1.92
66873--67208	50	6.8	50	72	6	225	36	18	29	15	1.92
66835--67272	99	4.4	100	81	3	413	36	18	28	16	1.93
67056--67199	49	2.9	49	70	12	132	36	17	29	16	1.92
68103--68148	2	23.0	2	81	0	56	45	2	6	45	1.41
68147--68189	15	2.9	15	83	13	52	20	2	2	74	1.04
73329--73389	31	2.0	31	84	12	81	42	27	6	22	1.78
74210--74248	20	1.9	21	89	5	62	64	5	12	17	1.46
74269--74295	13	2.1	13	100	0	54	92	0	7	0	0.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75079--75340	29	8.9	29	73	15	191	34	29	3	32	1.76
75076--75340	59	4.5	59	90	0	397	34	29	4	31	1.77
87028--87493	206	2.3	206	94	0	806	36	22	21	19	1.95
87834--87888	17	3.2	17	80	10	67	41	0	3	54	1.18
87930--88011	15	5.5	15	78	11	96	36	29	15	18	1.92
87926--88011	45	1.9	45	92	4	147	38	29	15	17	1.90
88483--88533	15	3.4	15	70	8	50	54	3	3	37	1.37
88822--88863	21	2.0	21	90	0	66	59	4	16	19	1.54
89679--90233	59	9.5	60	84	5	708	36	29	3	30	1.75
89679--90233	117	4.7	118	87	5	781	36	29	3	30	1.75
89675--90198	234	2.2	234	95	1	953	36	29	4	30	1.76
94054--94083	10	2.9	10	95	5	51	13	6	0	80	0.91
100012--100259	29	8.4	29	74	10	164	34	27	2	35	1.70
100005--100217	62	3.6	60	75	11	172	36	26	1	35	1.68
112132--112418	39	7.4	38	72	12	194	24	32	18	24	1.97
112093--112430	78	4.4	78	81	3	344	24	32	18	24	1.97
112130--112417	155	1.9	155	85	2	409	24	32	18	24	1.97
112324--112449	39	3.3	38	72	17	107	26	32	16	23	1.96
112135--112449	155	2.0	155	81	3	366	25	31	18	25	1.97
113065--113126	27	2.3	27	97	0	115	40	29	11	19	1.86
113874--113903	12	2.5	12	94	0	51	70	0	6	23	1.11
114727--114904	30	6.1	28	70	15	110	34	22	3	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114716--114908	28	6.6	29	71	13	119	35	22	3	38	1.72
114696--114908	59	3.6	60	80	9	217	34	23	3	38	1.73
116074--116123	19	2.6	19	87	0	64	24	26	28	22	1.99
117006--117051	23	2.0	23	100	0	92	26	8	13	52	1.69
117179--117210	15	2.1	15	100	0	64	25	21	0	53	1.46
121693--121756	22	3.2	19	72	14	56	42	0	3	54	1.16
121697--121756	20	2.8	22	75	14	63	40	0	3	56	1.16
121938--121977	20	2.0	20	95	0	71	40	7	5	47	1.54
124715--124944	10	24.7	9	67	17	80	59	4	2	33	1.31
124749--124809	26	2.4	26	78	13	65	60	1	3	34	1.23
124863--124907	18	2.5	17	86	10	63	68	6	0	24	1.13
124846--124916	28	2.5	29	80	11	76	64	8	0	26	1.22
125160--125193	16	2.1	16	88	0	50	23	0	5	70	1.09
125800--125833	2	17.5	2	87	6	52	52	0	0	47	1.00
130088--130437	98	3.5	98	77	10	278	31	17	22	29	1.96
131491--131525	17	2.1	16	89	5	52	71	14	5	8	1.29
133616--133720	50	2.1	50	91	3	167	20	22	26	30	1.98
133616--133744	50	2.6	50	86	4	163	18	21	27	31	1.97
135420--135478	28	2.2	26	82	8	66	62	1	3	32	1.21
136785--136830	23	2.0	23	83	4	58	41	10	4	43	1.59
139872--139907	18	2.0	18	89	10	56	50	0	2	47	1.15
140328--140368	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148030--148340	156	2.0	154	93	1	532	30	19	15	34	1.93
149009--149033	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
153567--153637	32	2.3	31	87	2	97	40	2	1	54	1.23
155901--155955	28	2.0	28	85	3	76	29	10	34	25	1.90
156066--156201	30	4.6	29	76	11	132	29	1	27	41	1.65
157997--158063	34	2.0	34	84	0	89	53	8	5	31	1.56
158635--158760	49	2.6	49	84	2	173	23	22	15	38	1.93
158443--158958	250	2.1	249	95	0	915	23	22	18	35	1.95
158693--159686	201	4.9	200	86	3	1326	22	23	18	35	1.95
158686--159746	410	2.6	409	89	2	1570	22	23	18	36	1.95
160133--160286	50	3.1	49	70	9	123	16	25	18	39	1.91
160146--160330	100	1.8	99	83	3	237	16	25	16	42	1.88
160182--160627	49	9.0	49	74	12	256	13	26	19	40	1.89
160182--160586	150	2.7	149	90	2	607	14	25	19	40	1.89
160307--160664	49	7.2	49	78	12	340	13	27	19	39	1.89
161982--162044	12	5.5	11	79	9	63	1	14	3	80	0.90
161972--162053	7	11.1	7	71	19	51	2	17	2	78	0.98
161989--162053	17	3.7	17	80	12	62	1	18	1	78	0.91
161988--162043	22	2.4	23	85	5	69	1	16	1	80	0.88
162825--162894	35	2.0	35	82	2	86	11	21	17	50	1.77

Tables:   1

The End!