Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000096.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_110724, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3688
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.17, T:0.33
Found at i:2317 original size:10 final size:11
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Indices: 2281--2318 Score: 51
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
2271 GAAGTTGAAA
2281 TTAAAATTACAT
1 TTAAAATTA-AT
2293 TTAAAATTAAT
1 TTAAAATTAAT
*
2304 TTAACATT-AT
1 TTAAAATTAAT
2314 TTAAA
1 TTAAA
2319 TAAAAACAAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
10 6 0.25
11 9 0.38
12 9 0.38
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (11 bp):
TTAAAATTAAT
Found at i:2417 original size:95 final size:94
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Indices: 2303--3266 Score: 1401
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2293 TTAAAATTAA
*
2303 TTTAACATTATTTAAATAAAAACAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGAT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAA-AATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGAT
** *
2368 TTGACAATAAATTATTTACCAAATTCAAAT
65 TTGACAATACTTTTTTTACCAAATTCAAAT
*
2398 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGATTATTATAATATTTAAATTTTTATCAAATAATGTGTTGAT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAA-ATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGAT
** *
2463 TTGACAATAAATTATTTACCAAATTCAAAT
65 TTGACAATACTTTTTTTACCAAATTCAAAT
*
2493 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGATTATTATAATATTTAAATTTTTATCAAATAATGTGTTGAT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAA-ATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGAT
* * * *
2558 TTAACAATTCTTTTTTTATCAAATTCAAAA
65 TTGACAATACTTTTTTTACCAAATTCAAAT
*
2588 TTTAAAATTATTTAAAT----AAA--ATTATAATATTTTAATTTTTATCGAATAATGTGTTGATT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
* * * *
2647 TGATAAAATTTTTTTTCATCAAATTCAAAT
66 TGACAATACTTTTTTT-ACCAAATTCAAAT
* * *
2677 TTTATAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATGATGTGTTGATT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
*
2742 TGACAATTCTTTTTCTTACCAAATTCAAAT
66 TGACAATACTTTTT-TTACCAAATTCAAAT
2772 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
* * *
2837 TGACAATACATTATTTACCAAATTCAAAA
66 TGACAATACTTTTTTTACCAAATTCAAAT
* * * *
2866 TTTAAAAGTATTTAAAT-AAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATATATTGATT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
* * *
2930 TGACAATTCTTTCTTTATCAAATTCAAAT
66 TGACAATACTTTTTTTACCAAATTCAAAT
*
2959 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTATAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
*
3024 TG---ATAATTTTTTTACCAAATTCAAAT
66 TGACAATACTTTTTTTACCAAATTCAAAT
*
3050 TTTAAAATTATTTAAAT-AAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
* * *
3114 TGACAATACATTATTTACTAAATTCAAAT
66 TGACAATACTTTTTTTACCAAATTCAAAT
* *
3143 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGTTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGATT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
* * * *
3208 TTACAATTCCTTTTTTACCAAATTCAAAA
66 TGACAATACTTTTTTTACCAAATTCAAAT
3237 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAATATTATT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAA-ATTATT
3267 GTCGAAACCA
Statistics
Matches: 787, Mismatches: 67, Indels: 30
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
88 48 0.06
89 28 0.04
90 48 0.06
91 39 0.05
93 124 0.16
94 166 0.21
95 332 0.42
96 2 0.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (94 bp):
TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
TGACAATACTTTTTTTACCAAATTCAAAT
Found at i:2791 original size:184 final size:183
Alignment explanation
Indices: 2303--3266 Score: 1298
Period size: 184 Copynumber: 5.2 Consensus size: 183
2293 TTAAAATTAA
* *
2303 TTTAACATTATTTAAATAAAAACAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGAT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAA-AATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATGTGTTGAT
***
2368 TTGACAATAAATTATTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGATTATTATAAT
65 TTGACAATTCTTTATTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAAT---AAA-A-TATTATAAT
* * * *
2433 ATTTAAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATAAATTATTTACCAAATTCAAAT
125 ATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGATAA-AATTTTTTTACCAAATTCAAAT
*
2493 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGATTATTATAATATTTAAATTTTTATCAAATAATGTGTTGAT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAA-ATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATGTGTTGAT
* * * *
2558 TTAACAATTCTTTTTTTATCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAAT-AAA-ATTATAATATTTT
65 TTGACAATTCTTTATTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAATATTATAATATTTT
* *
2621 AATTTTTATCGAATAATGTGTTGATTTGATAAAATTTTTTTTCATCAAATTCAAAT
130 AATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGATAAAA-TTTTTTT-ACCAAATTCAAAT
* *
2677 TTTATAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATGATGTGTTGATT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
*
2742 TGACAATTCTTTTTCTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATA
66 TGACAATTCTTTAT-TTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAAT---AAAA-TATTATAATA
* * *
2807 TTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATACA-TTATTTACCAAATTCAAAA
126 TTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGATAA-A-ATTTTTTTACCAAATTCAAAT
* * *
2866 TTTAAAAGTATTTAAAT-AAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATATATTGATT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
* *
2930 TGACAATTCTTTCTTTATCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATAT
66 TGACAATTCTTTATTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAAT---AAAA-TATTATAATAT
*
2995 TATAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGAT--AATTTTTTTACCAAATTCAAAT
127 TTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGATAAAATTTTTTTACCAAATTCAAAT
3050 TTTAAAATTATTTAAAT-AAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
* * *
3114 TGACAATACATTATTTACTAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGTTATTATAATAT
66 TGACAATTCTTTATTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAAT--AAAA--TATTATAATAT
* * *
3179 TTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTT--TACAATTCCTTTTTTACCAAATTCAAAA
127 TTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGATA-AAAT--TTTTTTACCAAATTCAAAT
3237 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAATATTATT
1 TTTAAAATTATTTAAATAAAAAA-ATTATT
3267 GTCGAAACCA
Statistics
Matches: 704, Mismatches: 49, Indels: 43
0.88 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
182 3 0.00
183 107 0.15
184 224 0.32
185 3 0.00
186 2 0.00
187 116 0.16
188 65 0.09
189 33 0.05
190 149 0.21
191 1 0.00
192 1 0.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (183 bp):
TTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATT
TGACAATTCTTTATTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAATATTATAATATTTTA
ATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGATAAAATTTTTTTACCAAATTCAAAT
Found at i:2827 original size:278 final size:275
Alignment explanation
Indices: 2301--3266 Score: 1340
Period size: 278 Copynumber: 3.4 Consensus size: 275
2291 ATTTAAAATT
* *
2301 AATTTAACATTATTTAAATAAAAACAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTG
1 AATTTAAAATTATTTAAAT---AA-AA-TATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTG
* ** *
2366 ATTTG-ACAATAAATTATTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGATTATTAT
61 ATTTGTAAAAT-TCTTTTTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGATTATTAT
* *
2430 AATATTTAAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATAAATTATTTACCAAATTCAAATTT
125 AATATTT-AATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAAT--TTTTTTTACCAAATTCAAATTT
2495 TAAAATTATTTAAATAAAAAAGATTATTATAATATTTAAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTT
187 TAAAATTATTTAAATAAAAAA-ATTATTATAATATTTAAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTT
* * * *
2560 AACAATTCTTTTTTTATCAAATTCAA
251 GACAATACATTATTTA-CAAATTCAA
* *
2586 AATTTAAAATTATTTAAAT-AAA-ATTATAATATTTTAATTTTTATCGAATAATGTGTTGATTTG
1 AATTTAAAATTATTTAAATAAAATATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTG
* *
2649 ATAAAATT-TTTTTTCATCAAATTCAAATTTTATAATTATTTAAATAAAAAA-ATTATTATAATA
66 -TAAAATTCTTTTTT-ACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGATTATTATAATA
*
2712 TTTCAATTTTTATCAAATGATGTGTTGATTTGACAATTCTTTTTCTTACCAAATTCAAATTTTAA
129 TTT-AATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAA-T-TTTTT-TTACCAAATTCAAATTTTAA
*
2777 AATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACA
190 AATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTAAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACA
2842 ATACATTATTTACCAAATTCAA
255 ATACATTATTTA-CAAATTCAA
* * *
2864 AATTTAAAAGTATTTAAATAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATATATTGAT
1 AATTTAAAATTATTTAAAT--AAAA-TATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGAT
* *
2929 TTG-ACAATTCTTTCTTTATCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAA-ATTATTATAA
63 TTGTAAAATTCTTT-TTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGATTATTATAA
*
2992 TATTATAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGATAA-TTTTTTTACCAAATTCAAATTTTAAA
127 TATT-TAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATTTTTTTTACCAAATTCAAATTTTAAA
*
3056 ATTATTTAAAT-AAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAA
191 ATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTAAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAA
3120 TACATTATTTACTAAATTCAA
256 TACATTATTTAC-AAATTCAA
*
3141 ATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGTTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGA
1 AATTTAAAATTATTTAAAT--AAAA--TATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGA
* * *
3206 TTT-TACAATTCCTTTTTTACCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAATAAAAAATATTATT
62 TTTGTAAAATT-CTTTTTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGATTATT
3267 GTCGAAACCA
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 34, Indels: 42
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
276 1 0.00
277 94 0.15
278 290 0.46
279 88 0.14
280 6 0.01
281 9 0.01
282 82 0.13
283 41 0.07
285 18 0.03
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Consensus pattern (275 bp):
AATTTAAAATTATTTAAATAAAATATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTG
TAAAATTCTTTTTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGATTATTATAATATT
TAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATTTTTTTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTAT
TTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTAAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATACAT
TATTTACAAATTCAA
Done.