genome.fa.s9612.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01009612.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124328, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  229655

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11062--11157	29	3.3	29	68	8	86	31	7	26	35	1.84
11009--11274	59	4.5	59	81	7	240	34	6	24	34	1.80
11138--11277	29	4.8	29	67	23	69	36	2	24	36	1.70
11138--11235	30	3.3	30	67	24	75	38	2	24	34	1.67
11155--11245	28	3.1	30	67	17	84	38	2	21	37	1.66
11276--11707	29	14.8	29	75	11	355	37	3	26	33	1.73
11277--11707	59	7.4	59	86	3	509	37	3	26	33	1.73
12234--12281	17	2.9	16	90	6	69	54	2	2	41	1.24
12719--13278	49	11.5	49	71	11	187	17	25	18	38	1.92
12798--13278	49	9.9	49	74	9	360	17	24	19	39	1.92
12708--13272	98	5.8	97	79	7	445	17	25	18	38	1.92
12709--13192	147	3.3	146	74	8	437	17	24	18	39	1.92
25075--25224	30	5.1	29	71	18	123	34	3	26	36	1.73
25025--25287	59	4.5	58	88	4	332	35	3	26	33	1.75
25092--25244	30	5.2	29	70	20	104	35	2	27	34	1.71
25299--25563	30	8.9	29	77	11	225	39	0	25	33	1.62
25299--25563	60	4.5	56	81	7	287	39	0	25	33	1.62
25299--25563	119	2.2	118	86	5	356	39	0	25	33	1.62
26685--26727	19	2.3	19	87	0	59	44	0	0	55	0.99
26685--26790	9	11.3	9	74	16	56	35	3	1	58	1.27
26757--26804	3	15.3	3	91	8	78	35	0	0	64	0.94
27455--27527	17	4.6	15	80	16	76	53	1	1	43	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27465--27508	6	8.0	6	76	19	51	54	0	0	45	0.99
27465--27533	17	4.2	17	83	14	90	52	2	1	43	1.25
27455--27527	32	2.3	32	81	13	96	53	1	1	43	1.17
27716--27770	25	2.2	25	86	3	74	16	9	9	65	1.46
27684--27758	37	2.0	38	81	5	89	10	12	9	68	1.41
27722--27785	25	2.5	25	82	5	65	18	10	10	59	1.60
27914--27938	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
38148--38177	12	2.5	12	94	0	51	10	20	46	23	1.80
41187--41234	23	2.1	23	96	0	87	58	6	0	35	1.23
50869--50929	29	2.1	29	96	0	113	36	16	26	21	1.94
52852--53314	29	15.7	29	76	9	256	32	3	28	35	1.73
52880--53319	59	7.5	57	81	7	420	31	2	29	35	1.73
52880--53318	118	3.7	115	83	6	472	31	2	29	35	1.73
53914--54073	79	2.0	79	84	5	209	15	42	24	18	1.88
55092--55169	6	13.5	6	70	22	60	48	1	2	47	1.23
55092--55200	17	6.4	17	72	13	80	50	2	1	44	1.26
55110--55166	23	2.5	22	85	5	78	52	1	3	42	1.28
55110--55168	11	5.2	11	80	13	66	50	1	3	44	1.28
55686--56174	218	2.2	218	96	0	888	23	19	20	36	1.95
56043--56296	120	2.1	120	94	0	454	22	19	21	36	1.95
57615--57662	18	2.8	17	87	6	69	50	0	2	47	1.12
57612--57702	46	2.0	45	85	6	121	48	2	1	48	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58339--58363	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
61723--62010	141	2.0	138	80	5	308	27	9	12	51	1.70
63061--63088	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
69479--69533	20	2.7	20	86	8	67	12	25	23	38	1.90
71255--71369	57	2.0	57	100	0	230	38	14	22	24	1.92
73349--73393	23	2.0	23	86	8	65	26	2	6	64	1.30
83489--83549	32	1.9	32	100	0	122	32	27	9	29	1.89
86478--86538	21	2.9	21	82	2	68	40	13	14	31	1.84
91227--91275	21	2.3	21	96	0	89	22	22	34	20	1.97
91515--91548	13	2.5	14	90	4	52	20	2	8	67	1.31
91515--91553	14	2.9	13	88	3	51	23	2	10	64	1.37
92093--92125	17	1.9	17	88	11	50	18	12	3	66	1.36
101112--101221	54	2.0	54	96	0	202	46	28	3	21	1.68
108103--108141	17	2.3	17	86	0	51	38	2	17	41	1.64
108814--108992	43	4.1	43	75	13	161	34	10	20	35	1.86
108821--108982	86	1.9	87	86	8	233	34	11	17	37	1.85
113212--113257	20	2.2	22	77	18	53	23	0	2	73	0.94
113221--113263	16	2.6	17	85	7	61	30	0	0	69	0.88
116698--116741	23	1.9	23	86	9	63	18	4	6	70	1.27
121287--121325	21	1.9	21	89	5	62	30	15	5	48	1.66
124155--124207	12	4.1	13	75	15	56	60	0	37	1	1.08
124527--124552	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125505--125544	21	2.0	21	90	5	64	30	15	10	45	1.78
130714--130743	9	3.3	9	95	0	51	0	50	0	50	1.00
136874--136942	20	3.5	19	75	15	61	56	7	0	36	1.27
136876--136923	19	2.4	21	83	13	66	54	6	0	39	1.26
136874--136931	18	3.1	18	80	9	55	55	6	0	37	1.27
137527--137563	14	2.5	15	91	8	58	32	0	0	67	0.91
138054--138146	22	4.5	20	67	27	52	62	1	1	35	1.10
138049--138137	42	2.0	45	85	10	123	59	1	0	39	1.05
138488--138523	18	2.1	18	90	10	58	38	0	0	61	0.96
142331--142391	20	2.9	20	85	7	68	59	26	4	9	1.50
142331--142425	11	8.6	11	75	13	88	56	27	6	9	1.55
142332--142423	23	4.1	23	86	4	109	57	26	6	9	1.55
142363--142423	12	5.2	12	76	7	63	57	27	6	8	1.53
142362--142435	23	3.2	23	84	3	69	56	28	6	8	1.54
149609--149705	46	2.1	46	86	0	131	22	18	13	45	1.84
159584--159622	17	2.3	17	86	0	51	48	25	10	15	1.76
166113--166172	31	1.9	31	82	0	75	30	5	10	55	1.54
166122--166200	30	2.6	30	82	6	97	29	6	8	55	1.55
166124--166200	31	2.5	31	83	6	95	27	6	9	57	1.54
167492--167536	23	2.0	22	87	12	65	24	4	4	66	1.29
169507--169540	17	2.0	18	88	11	54	41	8	0	50	1.34
171570--171737	80	2.1	81	92	2	275	38	2	14	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172923--172971	19	2.6	19	93	0	89	38	2	10	48	1.48
172910--172969	19	3.2	18	90	0	66	38	3	13	45	1.60
175470--175511	21	2.0	22	85	4	59	11	19	4	64	1.44
185731--185806	30	2.5	30	84	0	98	28	30	15	25	1.96
187635--187675	15	2.9	15	75	24	52	36	17	7	39	1.77
188220--188338	54	2.4	47	74	20	107	52	8	4	35	1.51
189644--189731	26	3.4	26	74	1	79	27	18	20	34	1.96
190454--190479	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
190499--190586	40	2.2	39	84	4	113	29	26	15	28	1.96
196356--196450	3	31.0	3	68	12	50	38	3	3	54	1.32
197202--197230	10	2.7	11	94	5	51	51	13	0	34	1.42
197637--198308	49	13.7	47	74	9	346	16	24	19	39	1.92
197649--198158	99	5.2	98	81	4	456	16	24	19	39	1.91
197664--198308	148	4.4	147	76	8	533	16	24	19	39	1.92
198102--198371	99	2.7	99	90	0	425	18	25	18	38	1.92
198138--198288	50	3.0	50	63	9	119	18	23	19	38	1.93
206999--207262	131	2.0	131	100	0	528	22	21	16	39	1.92
210103--210328	59	3.8	59	76	10	228	39	3	25	31	1.71
210133--210235	30	3.4	30	76	11	104	41	2	21	33	1.68
210159--210322	29	5.6	30	72	10	99	40	3	25	31	1.73
211392--211483	18	5.4	17	73	20	59	36	3	3	56	1.32
211560--211665	55	1.9	55	98	0	203	55	8	9	26	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212219--212294	6	13.3	6	70	20	56	55	1	3	39	1.27
212219--212294	17	4.5	17	87	9	102	55	1	3	39	1.27
212232--212305	34	2.2	34	78	9	80	54	2	4	39	1.34
214497--214530	13	2.5	13	90	4	50	70	2	0	26	1.01
216225--216291	30	2.3	30	79	7	75	49	1	1	47	1.19
217228--217271	22	2.0	22	90	0	70	77	0	0	22	0.77
217229--217277	22	2.3	22	86	10	66	75	0	2	22	0.90
220637--220710	37	2.0	37	100	0	148	13	16	27	43	1.85
224003--224036	14	2.4	14	90	0	50	14	20	5	58	1.57
226808--226914	52	2.1	51	88	8	157	47	0	4	46	1.29

Tables:   1

The End!