genome.fa.s9613.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01009613.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124329, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123871

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1184--1315	17	7.8	17	75	13	78	52	1	3	43	1.26
1199--1337	6	23.2	6	78	8	149	55	0	2	42	1.12
1212--1337	25	5.4	25	83	16	182	56	0	2	41	1.12
1199--1337	67	2.1	65	94	2	242	55	0	2	42	1.12
2015--2119	51	2.1	51	96	0	192	36	8	10	44	1.69
2473--2555	42	2.0	41	81	11	98	32	0	19	48	1.49
2972--3015	17	2.6	17	82	10	63	38	0	4	56	1.20
3002--3046	23	2.0	23	82	8	56	55	0	0	44	0.99
3752--3851	3	33.3	3	76	9	80	60	2	2	36	1.20
3752--3791	16	2.5	16	91	0	62	65	0	0	35	0.93
4840--5206	29	12.6	27	68	15	135	33	26	2	36	1.71
4840--5043	59	3.5	59	74	11	161	34	25	2	36	1.70
4939--5329	88	4.4	89	71	10	259	31	26	3	38	1.74
4940--5206	147	1.8	147	88	1	410	32	26	2	37	1.71
5045--5299	59	4.3	58	80	4	244	31	25	3	39	1.73
5053--5299	118	2.1	118	81	4	284	31	25	3	39	1.72
5053--5242	59	3.2	59	85	3	247	31	26	2	39	1.70
5135--5229	30	3.2	30	72	14	97	32	22	3	42	1.69
5093--5241	29	5.0	30	66	12	83	31	25	2	40	1.70
5053--5323	117	2.3	119	81	8	306	31	25	4	39	1.74
5281--5341	28	2.2	28	85	5	79	32	27	9	29	1.89
5282--5351	28	2.5	28	81	9	72	32	25	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6772--6842	24	3.0	24	87	0	97	28	9	7	54	1.59
8636--8674	12	3.3	12	82	3	53	61	0	20	17	1.34
11159--11310	28	5.5	27	81	5	142	23	16	9	50	1.73
11159--11308	56	2.7	55	83	3	174	23	16	9	50	1.74
11175--11345	28	6.1	28	81	6	132	26	17	8	47	1.75
12469--12500	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
12762--12825	30	2.1	30	85	5	85	29	7	31	31	1.86
14144--14181	17	2.2	17	86	9	51	52	2	0	44	1.14
14142--14182	18	2.3	18	83	4	57	51	2	0	46	1.14
14557--14650	48	2.0	48	91	4	154	22	22	15	39	1.92
14491--15142	123	5.3	123	90	1	1011	21	21	17	39	1.92
14803--14896	48	2.0	48	91	0	152	21	23	15	39	1.92
14928--15019	48	1.9	48	93	0	157	22	21	15	40	1.91
15050--15179	48	2.7	48	87	0	188	20	21	13	44	1.85
14928--15314	172	2.3	171	86	4	530	21	19	16	42	1.89
14804--15437	295	2.2	294	89	1	964	21	19	17	41	1.90
15099--15445	123	2.8	123	88	1	507	20	17	18	42	1.89
15345--15437	48	1.9	48	93	0	159	19	19	18	43	1.89
16251--16331	37	2.2	38	84	2	101	12	19	17	50	1.77
27183--27275	42	2.2	42	100	0	186	49	4	6	39	1.48
27538--27649	30	3.9	28	79	12	111	39	10	19	30	1.86
27538--27649	59	1.9	59	81	7	138	39	10	19	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29689--29892	88	2.3	85	86	7	275	41	16	9	32	1.81
30015--30090	29	2.6	29	85	4	100	59	1	3	35	1.24
30413--30505	19	4.8	19	77	12	91	37	2	1	59	1.17
30610--30828	95	2.4	91	80	6	235	30	10	18	40	1.85
30694--30874	95	2.0	89	81	8	211	32	11	17	39	1.85
35420--35497	36	2.2	36	88	0	111	35	25	11	26	1.90
48900--48973	37	2.0	37	100	0	148	21	13	16	48	1.80
49669--49743	32	2.3	32	86	4	107	30	2	17	49	1.60
51608--51760	29	5.2	29	77	10	123	34	5	25	34	1.78
51630--51758	30	4.4	29	77	13	104	34	3	25	35	1.75
51644--51791	30	5.0	30	80	4	131	37	3	23	35	1.72
52872--52922	26	2.0	25	88	3	75	58	1	0	39	1.09
56756--56826	29	2.4	29	85	4	88	52	14	12	21	1.74
56935--57055	36	3.4	36	78	3	120	68	14	4	12	1.36
56934--57049	12	9.8	12	80	1	108	68	12	5	12	1.35
56934--57046	24	4.8	24	81	6	131	69	12	5	13	1.35
57034--57098	21	3.1	21	91	4	96	67	18	4	9	1.35
57040--57100	22	2.9	21	92	2	95	68	18	3	9	1.31
61838--61903	31	2.1	31	83	10	82	37	0	0	62	0.96
61838--61914	32	2.4	32	81	10	86	35	0	1	63	1.03
65256--65295	21	1.9	21	85	10	55	15	7	0	77	0.98
70036--70120	44	1.9	44	87	0	125	23	18	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71772--71808	18	2.1	18	94	0	65	48	2	29	18	1.62
73173--73240	27	2.5	27	74	9	66	69	4	1	25	1.16
73925--73973	24	2.0	24	84	0	62	32	8	14	44	1.74
82443--82472	9	3.3	9	95	0	51	26	0	6	66	1.16
83048--83113	25	2.6	25	83	4	80	65	1	1	31	1.11
83070--83112	8	5.2	8	83	5	59	69	0	2	27	1.00
83064--83117	25	2.2	25	86	3	83	70	0	1	27	0.98
83830--83865	15	2.5	14	91	8	63	77	2	0	19	0.88
87855--87904	17	3.0	16	77	8	55	56	10	12	22	1.65
103866--103939	5	13.6	5	73	19	51	21	2	4	71	1.15
103866--103944	38	2.2	37	82	13	94	22	2	3	70	1.15
104014--104051	18	2.1	18	85	9	51	21	10	2	65	1.35
113891--113930	15	2.6	15	85	14	55	67	0	32	0	0.91
113892--113939	18	2.6	17	76	23	53	66	0	31	2	1.03
114295--114320	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
116670--116697	12	2.3	12	100	0	56	28	39	0	32	1.57
118403--118428	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
119877--119927	16	3.2	16	97	0	93	52	13	11	21	1.72
123707--123742	11	3.3	11	88	0	54	0	52	0	47	1.00
123702--123742	22	1.9	21	90	5	64	0	56	0	43	0.99
123736--123778	18	2.4	18	88	0	59	9	13	6	69	1.35

Tables:   1

The End!