genome.fa.s9644.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01009644.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124362, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  362035

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4585--4724	30	4.7	30	82	5	169	31	4	29	35	1.77
4560--4724	59	2.8	59	80	5	181	35	4	25	35	1.76
20926--20990	22	3.3	19	74	14	51	44	1	15	38	1.56
25939--26006	15	4.5	15	71	0	55	25	25	29	20	1.99
27404--27447	21	2.2	20	84	12	54	29	11	20	38	1.87
28130--28476	42	8.2	42	76	8	321	27	26	9	36	1.88
28130--28476	85	4.1	82	80	6	345	27	26	9	36	1.88
28130--28475	127	2.7	126	88	3	480	27	26	9	36	1.88
43733--43811	39	2.0	39	95	0	140	32	26	8	31	1.87
46386--46693	42	7.3	42	82	2	339	26	25	10	37	1.89
46376--46693	85	3.8	83	83	2	339	27	25	11	36	1.89
46379--46692	127	2.5	127	85	1	414	27	25	10	36	1.89
51150--51207	31	1.9	30	92	3	98	32	15	18	32	1.93
52387--52441	15	3.7	15	82	4	58	27	21	30	20	1.98
53275--53326	22	2.3	23	75	18	56	69	7	0	23	1.14
53324--53366	17	2.5	17	79	20	54	58	30	0	11	1.34
57540--57590	21	2.4	21	74	6	50	27	33	13	25	1.94
61894--61918	13	1.9	13	100	0	50	20	0	8	72	1.10
64619--64667	23	2.2	22	85	3	62	22	22	10	44	1.82
67319--67692	101	3.8	100	80	9	424	37	18	17	27	1.93
67271--67704	197	2.2	195	84	6	565	38	17	16	27	1.91
69109--69279	90	1.9	90	87	0	252	29	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73412--73966	201	2.8	199	87	1	788	34	17	20	28	1.95
74292--74325	16	2.1	16	88	0	50	70	14	0	14	1.17
74635--74668	17	1.9	18	88	5	52	41	23	11	23	1.87
74701--74959	116	2.2	116	88	0	392	37	29	7	25	1.83
77508--77589	4	19.5	4	70	16	51	23	2	8	65	1.32
79641--79675	18	2.0	18	88	5	54	71	0	0	28	0.86
79919--79982	20	3.2	20	71	20	62	26	7	3	62	1.38
82309--82360	15	3.4	16	80	15	65	28	23	15	32	1.95
82583--82654	14	5.1	14	74	0	54	26	29	23	20	1.99
82586--82651	28	2.4	28	79	5	80	27	27	22	22	1.99
84710--84847	50	2.7	51	79	11	158	37	11	15	34	1.84
84693--84840	50	2.9	50	81	7	156	37	12	14	35	1.85
85042--85074	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
87202--87226	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
88498--88528	16	1.9	16	100	0	62	48	12	0	38	1.42
94701--94807	18	5.8	18	69	15	67	56	1	2	39	1.25
95678--95748	20	3.5	20	75	17	58	29	1	23	45	1.62
98308--98409	31	3.3	31	78	10	118	30	20	17	31	1.96
98308--98409	16	6.5	16	69	17	79	30	20	17	31	1.96
98441--98517	22	3.5	22	80	3	102	23	1	27	48	1.59
98599--98655	28	2.0	28	82	0	69	29	22	21	26	1.99
99362--99401	20	2.0	20	90	0	62	65	0	25	10	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102383--102464	35	2.3	35	85	4	112	18	3	15	62	1.47
103746--103935	30	6.6	29	76	15	103	38	23	3	34	1.72
103737--103899	81	2.0	81	84	7	215	38	25	3	33	1.73
103818--103935	60	2.0	60	86	0	164	38	23	4	33	1.75
112912--112943	12	2.7	12	90	0	55	28	6	12	53	1.62
113521--113627	50	2.1	50	85	0	142	34	18	22	24	1.96
113675--114096	40	10.5	40	79	6	392	30	26	17	25	1.97
113684--114095	119	3.4	118	83	6	454	30	25	17	25	1.97
114251--114465	50	4.3	48	70	11	137	33	16	22	26	1.95
114727--114756	16	1.9	16	93	6	53	13	10	0	76	1.01
115969--116178	30	7.0	30	79	5	190	43	22	2	30	1.68
116351--116404	18	2.9	19	71	15	51	24	1	7	66	1.27
117916--117953	20	1.9	20	88	0	58	31	18	15	34	1.92
118038--118143	19	5.6	18	66	17	54	53	1	2	41	1.26
119250--119342	7	13.4	7	68	15	50	20	0	33	46	1.51
119283--119341	21	2.8	21	85	10	84	22	0	33	44	1.53
119402--119428	14	1.9	14	100	0	54	29	22	22	25	1.99
119370--119450	42	1.9	42	82	5	101	29	27	20	22	1.99
119426--119463	14	2.7	14	83	0	58	31	26	21	21	1.98
122875--122976	16	6.4	16	70	10	75	31	24	15	28	1.96
122862--122953	31	2.9	30	76	13	96	28	26	17	28	1.98
123000--123059	21	2.7	22	75	14	61	13	0	35	51	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123090--123134	14	3.2	14	83	0	54	26	24	24	24	2.00
131750--131778	14	2.0	15	93	6	51	75	0	0	24	0.80
131765--131809	10	4.7	10	74	20	51	60	2	0	37	1.09
131782--131873	38	2.4	39	83	5	116	56	3	3	36	1.32
131860--131884	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
132053--132098	19	2.4	19	82	7	58	23	8	2	65	1.32
133464--133552	17	5.3	17	68	2	72	20	35	1	42	1.59
133463--133552	34	2.7	34	85	1	119	20	35	1	43	1.59
138902--138994	34	2.7	33	81	6	114	18	30	3	48	1.64
138968--139010	17	2.5	17	88	3	59	20	23	2	53	1.57
142357--142520	80	2.1	79	88	4	242	29	15	18	36	1.92
143032--143193	48	3.4	46	78	13	166	50	14	9	24	1.73
146404--146471	34	2.0	34	100	0	136	26	11	20	41	1.87
149563--149600	19	2.0	19	94	0	67	28	15	7	47	1.74
159233--159951	367	2.0	367	98	0	1402	33	11	22	31	1.90
160364--160793	42	10.5	42	84	4	518	30	27	16	26	1.96
160357--160771	81	5.1	81	87	2	580	30	25	17	26	1.97
160357--160793	123	3.6	120	82	5	527	30	26	16	26	1.97
161132--161165	13	2.8	12	86	8	50	82	14	0	2	0.79
161137--161166	13	2.3	13	94	0	51	83	16	0	0	0.65
161263--161292	14	2.1	15	93	6	53	50	36	0	13	1.42
162638--162821	29	6.2	30	80	7	198	36	22	3	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162638--162829	59	3.3	59	79	12	207	35	22	4	37	1.74
167243--167268	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
168470--168762	158	1.9	157	88	2	444	21	24	23	29	1.99
175280--175322	21	2.0	22	86	4	61	41	11	11	34	1.78
181643--181831	51	3.6	51	83	3	227	28	25	14	31	1.95
188733--188773	11	3.5	12	78	15	50	60	0	4	34	1.18
188733--188792	24	2.4	24	81	16	68	60	0	3	36	1.14
188766--188824	32	1.9	31	83	13	77	62	0	0	37	0.95
188726--188823	51	1.9	50	81	6	117	61	1	2	35	1.15
190503--190540	19	2.1	19	90	5	60	31	0	0	68	0.90
202111--202144	14	2.5	13	90	9	50	23	8	8	58	1.56
205790--205862	26	2.8	26	78	2	83	32	19	19	28	1.96
210913--210976	22	3.2	22	62	25	59	39	12	3	45	1.58
210901--210980	38	2.1	38	95	2	144	40	12	3	43	1.60
223208--223232	12	2.1	12	100	0	50	52	16	8	24	1.70
227033--227070	13	2.9	13	88	7	51	21	23	23	31	1.98
228175--228218	19	2.3	20	84	7	56	65	25	0	9	1.21
228537--228616	5	16.0	5	72	10	65	37	18	6	37	1.76
232262--232309	22	2.3	21	85	7	62	29	0	0	70	0.87
232900--232996	41	2.4	41	89	0	149	34	28	21	15	1.94
238303--238532	41	5.5	42	78	7	211	25	24	11	38	1.89
257497--257717	42	5.3	42	76	5	196	27	23	9	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258519--258562	20	2.2	20	83	4	52	34	15	2	47	1.58
262319--262580	23	11.7	23	82	5	295	35	4	12	46	1.63
262399--262433	17	2.1	17	88	0	52	34	8	8	48	1.64
262326--262580	85	2.9	86	81	4	260	34	4	13	47	1.64
262319--262524	108	1.9	109	92	1	351	36	4	11	47	1.60
262311--262584	131	2.1	131	81	7	342	35	4	13	46	1.63
262573--262685	10	10.5	10	69	18	50	34	3	18	43	1.67
262583--262654	23	3.0	25	71	22	64	34	5	19	40	1.75
262583--262641	26	2.4	26	75	16	63	35	6	18	38	1.78
283520--283562	17	2.5	17	88	0	59	16	11	16	55	1.68

Tables:   1   2