genome.fa.s9689.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01009689.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124407, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  355750

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4367--4542	88	2.0	88	96	0	325	37	19	11	31	1.88
5834--5867	15	2.3	15	89	0	50	44	0	5	50	1.26
6671--6734	23	2.8	23	81	9	69	40	12	12	34	1.81
6688--6756	12	5.7	12	75	6	59	43	10	14	31	1.79
8376--8430	22	2.5	22	85	5	58	36	5	5	52	1.48
8403--8510	33	3.2	34	69	19	100	34	7	7	50	1.58
8550--8585	18	2.0	18	88	0	54	38	0	5	55	1.23
11054--11732	352	1.9	352	95	0	1234	34	15	23	26	1.95
12437--12505	32	2.2	32	94	2	122	30	18	18	31	1.96
20658--20781	50	2.5	50	81	2	133	38	19	20	20	1.93
20697--20806	50	2.2	50	83	6	143	38	20	20	20	1.94
20839--21037	78	2.5	79	82	9	224	33	23	16	26	1.95
20839--21009	39	4.3	40	70	13	122	32	25	14	27	1.95
32736--32831	39	2.5	39	82	3	113	23	2	47	26	1.62
34603--34659	29	1.9	30	85	3	80	31	5	14	49	1.65
35898--35936	17	2.2	19	86	9	55	66	2	5	25	1.25
43143--43219	30	2.6	30	73	20	72	49	5	1	44	1.33
48323--48369	24	2.0	24	95	0	85	42	29	8	19	1.80
48749--48785	3	12.3	3	100	0	74	0	0	32	67	0.91
57556--57600	22	2.0	22	100	0	90	26	13	26	33	1.93
57872--57926	28	2.0	28	88	0	83	23	21	29	25	1.99
62960--62992	2	16.5	2	93	0	57	0	54	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69409--69453	23	2.0	23	95	0	81	51	0	4	44	1.21
82132--82181	21	2.4	22	83	16	70	46	0	2	52	1.12
86775--86834	26	2.4	25	81	13	61	40	6	6	46	1.56
89546--89595	12	4.2	12	76	20	52	38	6	0	56	1.24
93133--93178	21	2.4	18	78	21	58	52	15	13	19	1.75
93142--93183	21	2.0	21	100	0	84	47	19	9	23	1.78
99639--99720	26	3.3	24	75	11	78	15	25	18	40	1.90
102296--102342	18	2.8	16	81	12	58	70	4	0	25	1.05
106872--106936	23	2.7	24	84	13	73	38	10	1	49	1.47
113620--113653	17	1.9	18	94	5	61	41	26	2	29	1.70
116132--116235	10	10.5	10	68	10	61	32	3	0	63	1.12
116155--116215	21	3.0	20	79	15	79	34	4	0	60	1.18
116106--116235	19	6.7	19	75	11	95	31	4	1	62	1.25
116106--116235	20	6.7	20	72	18	87	31	4	1	62	1.25
130130--130178	26	1.9	25	83	4	62	46	2	6	44	1.39
132960--133002	21	2.0	21	90	0	68	25	11	6	55	1.60
133044--133075	13	2.5	13	100	0	64	18	9	28	43	1.81
136822--136876	23	2.3	23	75	9	58	65	0	0	34	0.93
136839--136880	7	6.0	7	83	10	59	57	0	0	42	0.99
136830--136898	23	3.1	21	75	8	57	63	0	0	36	0.94
153473--153510	14	2.5	15	83	12	51	31	0	0	68	0.90
153449--153500	24	2.2	24	86	10	72	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154114--154144	12	2.6	12	94	0	53	35	41	22	0	1.54
154569--154621	20	2.6	21	82	5	65	37	1	13	47	1.54
154731--154767	18	2.1	18	89	0	56	51	8	8	32	1.61
155228--155299	32	2.2	32	83	9	85	25	19	19	36	1.95
155452--155513	26	2.3	26	88	2	88	64	1	1	32	1.13
155453--155506	18	2.9	19	86	5	67	68	1	0	29	1.00
155649--155678	10	2.9	10	95	5	51	40	0	0	60	0.97
159203--159268	31	2.2	28	84	12	80	56	3	6	34	1.40
158200--159776	519	3.0	522	92	3	2559	38	11	20	29	1.88
159743--159809	17	3.9	17	76	16	66	58	7	1	32	1.35
159751--159797	21	2.3	21	82	7	62	59	6	2	31	1.34
159783--159825	2	21.5	2	80	0	50	46	4	4	44	1.45
162775--162827	20	2.6	21	88	8	74	32	13	16	37	1.88
171870--171927	12	4.9	12	75	8	57	3	1	22	72	1.09
171865--171923	29	1.9	29	83	16	75	5	1	20	72	1.12
171868--171931	17	3.6	17	70	17	51	4	1	20	73	1.09
172061--172153	49	1.9	47	84	6	123	31	0	2	66	1.03
172074--172157	22	3.6	22	71	22	64	32	0	2	65	1.05
186420--186460	4	9.8	4	84	10	55	46	0	2	51	1.14
189624--189728	52	2.0	52	96	0	192	37	10	24	27	1.88
194841--194990	41	3.6	41	83	6	151	26	23	9	41	1.84
202820--203188	123	3.0	123	93	0	621	28	25	8	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206681--206995	139	2.3	138	90	1	495	39	7	5	47	1.54
211340--211369	15	2.0	15	93	0	51	33	23	0	43	1.54
215643--215831	42	4.5	42	86	2	245	35	10	26	26	1.89
222094--222140	24	2.0	24	83	8	60	72	4	6	17	1.22
230293--230343	25	2.0	27	85	14	72	78	0	17	3	0.90
230285--230342	13	4.5	13	75	18	50	75	0	20	3	0.94
230285--230343	20	3.1	19	74	16	59	76	0	20	3	0.93
234887--234930	23	2.0	22	86	4	61	45	15	0	38	1.47
236215--236375	41	3.9	41	84	7	193	24	26	9	39	1.86
238851--239055	102	2.0	102	89	3	315	27	26	13	32	1.94
242770--242986	41	5.2	41	80	8	208	23	27	10	39	1.87
254707--254895	42	4.5	42	86	2	245	36	11	27	24	1.89
255434--255577	66	2.2	66	88	2	218	22	10	23	43	1.84
256450--256501	12	4.4	12	79	9	54	9	32	17	40	1.82
257532--257617	34	2.5	34	83	10	104	4	5	23	66	1.33
257589--257703	11	10.5	11	73	13	51	6	4	21	67	1.30
257598--257684	11	7.9	11	74	14	56	6	5	20	66	1.36
257597--257716	43	2.8	43	83	1	132	7	4	20	67	1.33
257589--257716	23	5.9	21	74	14	68	7	3	21	67	1.32
257580--257726	43	3.3	41	75	9	114	7	4	20	67	1.34
262931--262956	13	2.0	13	100	0	52	38	23	15	23	1.92
263065--263429	138	2.6	138	89	0	561	40	8	4	46	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263357--263513	77	2.0	77	85	0	206	40	8	7	42	1.65
263238--263647	211	1.9	211	89	3	624	40	7	6	45	1.59
263081--263790	349	2.0	352	87	1	1025	41	7	5	45	1.57
263434--263829	137	2.9	136	88	2	573	41	7	6	44	1.58
268998--269054	21	2.5	24	86	8	75	38	28	5	28	1.78
269663--269897	51	4.6	51	89	0	326	30	23	13	31	1.93
273512--273652	51	2.7	51	78	3	149	29	21	16	31	1.95
279797--279830	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
282861--282930	37	1.9	36	82	8	88	65	2	0	31	1.07
283619--283696	31	2.5	31	84	11	99	67	2	0	29	1.03
284588--284656	34	2.0	34	91	0	111	44	23	8	23	1.80
285745--285796	22	2.3	23	96	3	97	46	7	11	34	1.69
287406--287446	20	2.2	20	86	8	59	34	2	2	60	1.23
289071--289099	11	2.7	11	94	5	51	65	0	17	17	1.27
292550--292574	12	2.1	12	100	0	50	8	0	32	60	1.26
292556--292601	21	2.2	21	84	0	56	10	0	23	65	1.24
292570--292603	11	3.2	11	83	8	52	8	0	20	70	1.13
292570--292627	20	2.8	20	86	2	71	12	6	17	63	1.49
292621--292709	24	3.8	24	82	7	110	7	7	16	67	1.39
292627--292713	12	7.3	12	71	7	61	6	6	18	67	1.36
292843--292927	39	2.2	38	79	10	91	27	0	8	64	1.21
293474--293556	42	2.0	42	97	0	157	33	9	15	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293629--293854	114	2.0	114	81	5	267	27	8	12	50	1.70
296574--296623	21	2.4	21	86	0	64	32	28	14	26	1.94
297341--297423	28	3.0	28	94	0	148	24	30	15	30	1.96
297397--297495	36	2.8	36	90	0	171	22	27	17	33	1.96
312449--312494	15	3.1	15	93	0	83	21	34	23	19	1.96
312613--312646	18	1.9	17	88	5	50	17	38	14	29	1.90
313333--313375	19	2.3	19	88	4	61	55	6	0	37	1.27
319266--319291	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
322678--322900	40	5.6	40	80	3	234	36	19	17	26	1.94
322678--322900	120	1.9	120	81	3	279	36	19	17	26	1.94

Tables:   1   2