Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01009729.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124448, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 834
Length: 1391
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.15, T:0.42
Found at i:405 original size:215 final size:216
Alignment explanation
Indices: 4--1390 Score: 1820
Period size: 215 Copynumber: 6.4 Consensus size: 216
1 CAT
* * * *
4 TTTTTTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACA-TCAGA-TTGTTTCTCTTTTG
1 TTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTA-AGTGAGACTTGTTTCTCTTTTG
* *
67 GTTCTTGGACGAACTTATAAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAA
65 GTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAA
* * *
132 AGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACCTTCCATGTTTGGGAAATCGCATC
130 AGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATC
* *
197 GTTTTGTCCAAATAGTTTGTCA
195 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA
* *
219 -TTTCTAAACTACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGG
1 TTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGG
** * * * * * * * *
283 TTCTTGGGTGAACTTACGAGCTTGTCAAAATGTTGCGAGTTCTTTTATAACCTCGATTCCTTAAA
66 TTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAA
* * * * * * * *
348 GTATTCAAAATGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTTGAGCATTCAATGCTCGGGAAATCGCACCA
131 GTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCA
413 TTTGGTCCAAAATAGTTTGTCA
196 TTTGGTCC-AAATAGTTTGTCA
*
435 TTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGC
1 TTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGG
*** * *
500 TTCTTGGACGAACTTCCAAACTAGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAT
66 TTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAA
* * * * * * * *
565 GTATTCATGATGATCCATTCCTTCAAGCCATTTTTCAAACATTCCCTTCTTGGGAAATTGCATCA
131 GTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCA
*
630 TTTGGTCCAAATGGTTTGTCA
196 TTTGGTCCAAATAGTTTGTCA
* * * * *
651 TTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTACA-TTAGAATTGTTTCTCTTTTG
1 TTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTA-AGTGAGACTTGTTTCTCTTTTG
* * *
715 TTTCTTGGACGACCTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAA
65 GTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAA
* * * *
780 AGTATTCAAGACGATTCATTCCTTCGAGTAATTTTTCAAACATTCCATGCTTGTGAAATCGCATC
130 AGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATC
845 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA
195 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA
* *
867 -TTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAGAACTTATATAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGG
1 TTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGG
** * * ** * *
931 TTCTTGGATAAACTTATGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAA
66 TTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAA
* * * * * * *
996 GTGTTCAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCATTCGATGCTCGGGAAATCGCATCA
131 GTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCA
*
1061 TTTGGTCCAAATGGTTTGTCA
196 TTTGGTCCAAATAGTTTGTCA
** * * * *
1082 TTTTTGTAAA-AACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAACTTATTTGCA-TCAGA-TTGTTTCTCTTTT
1 -TTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTT-AAGTGAGACTTGTTTCTCTTTT
*
1144 GGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTA
64 GGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTA
* * * *
1209 AAGTATTCAAGACGATTCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGTGAAATAAGCA
129 AAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAAT-CGCA
1274 TCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA
193 TCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA
* * *
1298 -TTTGTGAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAGAACTTATATAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGG
1 TTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGG
** *
1362 TTCTTGGATAAACTTATGAGCTTGTCAAA
66 TTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTCAAA
1391 A
Statistics
Matches: 1002, Mismatches: 157, Indels: 25
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
213 1 0.00
214 50 0.05
215 459 0.46
216 310 0.31
217 182 0.18
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (216 bp):
TTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGG
TTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAA
GTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCA
TTTGGTCCAAATAGTTTGTCA
Found at i:1053 original size:431 final size:431
Alignment explanation
Indices: 9--1391 Score: 1905
Period size: 431 Copynumber: 3.2 Consensus size: 431
1 CATTTTTT
* * * *
9 TAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACA-TCAGA-TTGTTTCTCTTTTGGTTCT
1 TAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATATA-AGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCT
* * *
72 TGGACGAACTTATAAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTAT
65 TGGACAAACTTATAAACTTGTCAAAATTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTAT
* * * * *
137 TCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACCTTCCATGTTTGGGAAATCGCATCGTTTT
130 TCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTG
* * * * * * *
202 GTCCAAATAGTTTGTCA-TTTCTAAACTACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTA-AGTGA
195 GTCCAAATGGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTACA-TCA
* ** * * * * * *
265 GACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGGTGAACTTACGAGCTTGTCAAAATGTTGCGAGTTCTTTTA
259 GAATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTA
* * * * * * * * * * *
330 TAACCTCGATTCCTTAAAGTATTCAAAATGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTTGAGCATTCAAT
324 TAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATTCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCAT
* * *
395 GCTCGGGAAATCGCACCATTTGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTG
389 GCTTGTGAAATCGCATCATTTGGTCC-AAATAGTTTGTCA-TTTG
* *
440 TAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGCTTCTT
1 TAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATATAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTT
* ** * * *
505 GGACGAACTTCCAAACTAGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAATGTATT
66 GGACAAACTTATAAACTTGTCAAAATTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATT
* * * * * * * *
570 CATGATGATCCATTCCTTCAAGCCATTTTTCAAACATTCCCTTCTTGGGAAATTGCATCATTTGG
131 CAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGG
*
635 TCCAAATGGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTACATTAGA
196 TCCAAATGGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTACATCAGA
* *
700 ATTGTTTCTCTTTTGTTTCTTGGACGACCTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATA
261 ATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATA
*
765 ACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATTCATTCCTTCGAGTAATTTTTCAAACATTCCATGC
326 ACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATTCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGC
830 TTGTGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTG
391 TTGTGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTG
*
871 TAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAGAACTTATATAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTT
1 TAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATATAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTT
* * * ** * * *
936 GGATAAACTTATGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTGTT
66 GGACAAACTTATAAACTTGTCAAAATTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATT
* * * * * *
1001 CAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCATTCGATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGG
131 CAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGG
* *
1066 TCCAAATGGTTTGTCATTTTTGTAAA-AACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAACTTATTTGCATCAG
196 TCCAAATGGTTTGTCA-TTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTACATCAG
1130 -ATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTAT
260 AATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTAT
1194 AACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATTCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATG
325 AACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATTCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATG
*
1259 CTTGTGAAATAAGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTG
390 CTTGTGAAAT-CGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTG
* *
1302 TGAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAGAACTTATATAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTT
1 TAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATATAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTT
* * *
1367 GGATAAACTTATGAGCTTGTCAAAA
66 GGACAAACTTATAAACTTGTCAAAA
Statistics
Matches: 852, Mismatches: 94, Indels: 12
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
430 137 0.16
431 378 0.44
432 168 0.20
433 168 0.20
434 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (431 bp):
TAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATATAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTT
GGACAAACTTATAAACTTGTCAAAATTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATT
CAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGG
TCCAAATGGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTACATCAGA
ATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATA
ACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATTCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGC
TTGTGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTG
Done.