Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000973.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_112157, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3086
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.21, T:0.30
Found at i:2223 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 2146--2674 Score: 634
Period size: 59 Copynumber: 8.9 Consensus size: 59
2136 TTCGGATGCA
* * *
2146 CGGGGGCAAAATGATAA-TTTTGGAAGGTTCGGAGTTAAAAATTGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGAGTTAAAAA-TGGGATTTTTGGAAGTT
** * * * ** *
2205 CAAGGGTAAAATGGTAATTTTTTGAAGGTTAGGGGTCGAAAATGAGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGAGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
2264 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC-GAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGA-GTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * * **
2323 CGAGGGTAAAGTGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTTGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGAGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * * *
2382 CGAGGGTAAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGAGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
** * * ** * *
2442 TAGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGCCAAAAATAGGATTTTTGGATGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGAGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
**
2501 TTGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC-GAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGA-GTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
** ** * * *
2560 TAGGGGTAAAAATGGTACCTTTTAAAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAATT
1 CGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGAGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
*
2620 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGG-GCTAAAAAATGGGATTTTTGGA
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGAG-TTAAAAATGGGATTTTTGGA
2675 CAATTTAGGG
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 53, Indels: 16
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
58 3 0.01
59 284 0.69
60 120 0.29
61 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.34
Consensus pattern (59 bp):
CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGAGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
Found at i:2451 original size:119 final size:118
Alignment explanation
Indices: 2146--2684 Score: 713
Period size: 119 Copynumber: 4.5 Consensus size: 118
2136 TTCGGATGCA
* * * * * *
2146 CGGGGGCAAAATGATAA-TTTTGGAAGGTTCGGAGTTAAAAATTGGGATTTTTGGAAGTTCAAGG
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAA-TGGGATTTTTGGAAGTTTAGGG
* * * *
2210 GTAAAATGGTAATTTTTTGAAGGTTAGGGGTCGAAAATGAGATTTTTGGAAGTT
65 GTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* *
2264 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAG-TTCGAGG
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAG-GG
* * **
2328 GTAAAGTGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTTGATTTTTGGAAGTT
65 GTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * *
2382 CGAGGGTAAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGG
1 CGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGG
* * * *
2447 GTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGCCAAAAATAGGATTTTTGGATGTT
65 GTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
** *
2501 TTGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGG
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGG
** * * *
2566 TAAAAATGGTACCTTTTAAAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAATT
66 T-AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * *
2620 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGCTAAAAAATGGGATTTTTGGACAATTTAGGG
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGA-AGTTTAGGG
2685 ACCTGCAGGA
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 48, Indels: 10
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
117 1 0.00
118 141 0.38
119 214 0.58
120 11 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.34
Consensus pattern (118 bp):
CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGG
TAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
Found at i:2458 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 2148--2674 Score: 718
Period size: 178 Copynumber: 3.0 Consensus size: 177
2138 CGGATGCACG
* * * *
2148 GGGGCAAAATGATAA-TTTTGGAAGGTTCGGAGTTAAAAATTGGGATTTTTGGAAGTTCAAGGGT
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATT-GGATTTTTGGAAGTTCAAGGGT
* * *
2212 -AAAATGGTAATTTTTTGAAGGTTAGGGGTCGAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAT
65 AAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTAGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAT
*
2276 GGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAG-TTC
130 GGTAATTTTTAGAAGGTTCG-GGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTC
* * *
2324 GAGGGTAAAGTGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTGGATTTTTGGAAGTTCAAGGGT
* **
2389 AAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAAT
65 AAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTAGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAT
* ** * * *
2454 GGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGCCAAAAATAGGATTTTTGGATGTTTT
130 GGTAATTTTTAGAAGG-TTCGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTC
* * * *
2503 GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTGGATTTTTGGAAGTTCAAGGGTA
** * * * *
2568 AAAATGGTACCTTTTAAAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAATTCGGGGGTAAAATG
66 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTAGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATG
2633 GTAATTTTTAGAAGGTTCGGGCTAAAAAATGGGATTTTTGGA
131 GTAATTTTTAGAAGGTTCGGG-TAAAAAATGGGATTTTTGGA
2675 CAATTTAGGG
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 38, Indels: 10
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 36 0.12
178 264 0.86
179 6 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.34
Consensus pattern (177 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTGGATTTTTGGAAGTTCAAGGGTA
AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTAGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATG
GTAATTTTTAGAAGGTTCGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTC
Done.