Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01009798.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124519, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5845
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:556 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 503--1352 Score: 1144
Period size: 45 Copynumber: 18.7 Consensus size: 45
493 ATAAGATGAT
* * *
503 TATTATTTGATTGATTATGTTATACAATATGTATGATATGATAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
* * * * *
548 TATGATTTGATTGATTATGTTATACGATATGCATGACATGGTCAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
*
593 TATTATTTGATTAATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
* * *
638 TATTATTGGATTGATTATGCTATATGATATGCATGATATGGTAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
* *
683 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGCATGACATGGTAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
* *
728 TATTATTTGATTAATCATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
*
773 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATTGTAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
* * * **
818 TATTATTTGATTGATTATGCTACACGATATGCATGACACAGTAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
*
863 TATTATTTGATTGATTATGTTATACGATATGTATGATATGGTAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
* * *
908 TATTATTGGATTGATTATGCTATATGATATGCA-GATATGGTAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
* *
952 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTGTGACATGGTAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
* * * *
997 TATTATTTGATTGATTATGTTATACGATATGAATGACATGATAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
1042 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
* * * **
1087 TATTATTGGATTGATTATGTTATATGATATGTATGATATTATAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
* * *
1132 TATTATTTGATTGATTATGCTACACGATATGCATGACATGGTAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
* * **
1177 TATTATTTGATTGATTACGCTATACGATATATAAAATATGGTAAA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
* * *
1222 TATTATTGGATTGATTATGCTATACGATATGTAAGATATTGTAAATATTA
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGT--A-A--A
* * *
1272 TTTGATTGATTATGATTGATTATGCTACACGATATGCATGACATGGTAAA
1 --T-ATT-ATT-TGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
*
1322 TATTATTTGATTGATTGTGCTATACGATATG
1 TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATG
1353 GTAAATATTA
Statistics
Matches: 707, Mismatches: 87, Indels: 22
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 40 0.06
45 618 0.87
46 3 0.00
47 4 0.01
48 2 0.00
50 2 0.00
52 2 0.00
53 4 0.01
54 3 0.00
55 29 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.17, T:0.43
Consensus pattern (45 bp):
TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGTATGATATGGTAAA
Found at i:1294 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 1230--1337 Score: 171
Period size: 55 Copynumber: 2.0 Consensus size: 55
1220 AATATTATTG
* * * *
1230 GATTGATTATGCTATACGATATGTAAGATATTGTAAATATTATTTGATTGATTAT
1 GATTGATTATGCTACACGATATGCAAGACATGGTAAATATTATTTGATTGATTAT
*
1285 GATTGATTATGCTACACGATATGCATGACATGGTAAATATTATTTGATTGATT
1 GATTGATTATGCTACACGATATGCAAGACATGGTAAATATTATTTGATTGATT
1338 GTGCTATACG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 48 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.18, T:0.43
Consensus pattern (55 bp):
GATTGATTATGCTACACGATATGCAAGACATGGTAAATATTATTTGATTGATTAT
Found at i:4712 original size:59 final size:60
Alignment explanation
Indices: 4646--4768 Score: 178
Period size: 60 Copynumber: 2.1 Consensus size: 60
4636 TGATTAAATT
* *
4646 GAATAATTCAAACTATTTAA-TAAAAATTTAAATTTTTT-TCAAATTTTTTTAATCGAAAC
1 GAATAATTCAAACTATTTAATTAAAAATTTAAATTTTTTATCAAATTTTTCTAAT-AAAAC
* * *
4705 GAATAATTCTAACTATTTAATTAAAATTTTAAATTTTTTATCGAATTTTTCTAATAAAAC
1 GAATAATTCAAACTATTTAATTAAAAATTTAAATTTTTTATCAAATTTTTCTAATAAAAC
4765 GAAT
1 GAAT
4769 TTTACCCAGA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 5, Indels: 3
0.88 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
59 19 0.33
60 25 0.44
61 13 0.23
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.04, T:0.45
Consensus pattern (60 bp):
GAATAATTCAAACTATTTAATTAAAAATTTAAATTTTTTATCAAATTTTTCTAATAAAAC
Done.