Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01009820.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124541, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 39611
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.18, T:0.35
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:861 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 224--1132 Score: 815
Period size: 153 Copynumber: 6.0 Consensus size: 153
214 TTAACTCCTT
* * *
224 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTG-TCA-GTAATAGTTTATATTTTTAAT
1 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTTGACG--ATGGTTTATATTTTTAAT
* * * * **
287 AAAAGAGCTAATC-ATTTGAGATTAAA-GGAAGTGGTTCAAATGCTATATTTATTAGGTAGCGGC
64 AAAAGAGGTAA-CAATTTGAGATTAAAGGGAA---GTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGC
* * * *
350 AAGAATTGAACGAGTTAAACTATAAGTTA
125 AAGAATTGATCAAGTTAAGCTATAAGTTC
* * * * * * *
379 TCAAAGA--CATATTAGTAGCTCATTAATCTTAATTTT-TTCAACAATTGTTTTTAATTTTAAT-
1 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTT-GACGATGGTTTATATTTTTAATA
** * * * * * * *
440 AAATTGGTAATAATTTGTGATTAAGGGGCAGTCGAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAA
65 AAAGAGGTAACAATTTGAGATTAAAGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAA
* *
505 TCGATCAAGTTAATCTACT-AGTTC
130 TTGATCAAGTTAAGCTA-TAAGTTC
* * * * * * * *
529 TCAAAGACGTATATTAGCAGCAAATTAATTTTGATATTGTCGATGATGCTTTATATTTTTAATAA
1 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTTGACGATGGTTTATATTTTTAATAA
* * * * *
594 ATGAGATAATAATTTGAGATTAAA-GGAAGTCGAATTG-TAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAA
66 AAGAGGTAACAATTTGAGATTAAAGGGAAGTCCAATTGCT-ATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAA
** * *
657 TCAATCAAGTTAATCAACT-AGTTC
130 TTGATCAAGTTAAGCTA-TAAGTTC
*** * * *
681 TCAAAGACATTTATTAGCAGCAAATTAATCTTAATTTTGTTGATGATGGTTTTTATTTTTAATAA
1 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTTGACGATGGTTTATATTTTTAATAA
* * **
746 AAGAGGTAACAATTT-ATGATTAAAGGGAAGTCCAATTGCTATATTTAGTAGCAAGTTGCATCAA
66 AAGAGGTAACAATTTGA-GATTAAAGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAA
*
810 TTGATCGAGTTAAGCTATAAGTTC
130 TTGATCAAGTTAAGCTATAAGTTC
* *
834 TCAAAGACGCATATTAGCAACACATTAATCTTGAATTTT-TTTACGATGGTTTATATTTTTAATA
1 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTT-AATTTTGTTGACGATGGTTTATATTTTTAATA
* * * * *** * * *
898 AAAGCGGTAATAATTTGAGGTTAAGGGGAAGTCCAACAACTTTATTTATTAGCTAGTTGTATGAA
65 AAAGAGGTAACAATTTGAGATTAAAGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAA
* * * *
963 TTGATCTAGTTAAGTTACAAGTAC
130 TTGATCAAGTTAAGCTATAAGTTC
* * * * *
987 -CAAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAACCTTAATTTTGTCGGCGAAGGTTTTTATTTTTAATA
1 TC-AAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTTGACGATGGTTTATATTTTTAATA
* * * * *
1051 AAAGAGGTAACAATTTGAGATTAATGGGAAGTCCAACTACTATATTTATTAGCAAGTTGCATGAA
65 AAAGAGGTAACAATTTGAGATTAAAGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAA
*
1116 TTGATAAAG-TAAGCTAT
130 TTGATCAAGTTAAGCTAT
1133 TATAGCAGCA
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 118, Indels: 41
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
150 51 0.08
151 2 0.00
152 203 0.33
153 345 0.56
154 9 0.01
155 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (153 bp):
TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTTGACGATGGTTTATATTTTTAATAA
AAGAGGTAACAATTTGAGATTAAAGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAAT
TGATCAAGTTAAGCTATAAGTTC
Found at i:1054 original size:306 final size:305
Alignment explanation
Indices: 224--3309 Score: 2378
Period size: 305 Copynumber: 10.1 Consensus size: 305
214 TTAACTCCTT
*
224 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTC-A-GTAATAGTTTATATTTTTAAT
1 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTT-TCGACG--ATGGTTTATATTTTTAAT
* * * * * ***
287 AAAAGAGCTAATCATTTGAGATTAA-AGGAAGTGGTTCAA-ATGCTATATTTATTAGGTAGCGGC
63 AAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAA---GTCCAATA-GCTATATTTATTAGCTAGTTAC
* * * * *
350 AAGAATTGAACGAGTTAAACTATAAGTTATCAAAGA--CATATTAGTAGCTCATTAATCTTAATT
124 AAGAATTGATCGAGTTAAACTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATT
* ** * * * ** * * *
413 TTTTCAAC-AATTGTTTTTAATTTTAAT-AAATTGGTAATAATTTGTGATTAAGGGGCAG-TCGA
189 TTGTCGGCGAA-GGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAAGGGAAGTTC-A
* * * * *
475 ATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATCGATCAAGTTAATCTACT-AGTTC
252 ATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATTGATCGAGTTAAGCTA-TAAGTTC
* * * * * *
529 TCAAAGACGTATATTAGCAGCAAATTAATTTTGATATTGTCGATGATGCTTTATATTTTTAATAA
1 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGAT-TTTTCGACGATGGTTTATATTTTTAATAA
* * * * *
594 ATGAGATAATAATTTGAGATTAA-AGGAAGTCGAATTG-TAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAA
65 AAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATAGCT-ATATTTATTAGCTAGTTACAAGAA
** * * * *** * *
657 TCAATCAAGTTAATCAACT-AGTTCTCAAAGACATTTATTAGCAGCAAATTAATCTTAATTTTGT
129 TTGATCGAGTTAAACTA-TAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGT
* ** * * * *
721 TGATGATGGTTTTTATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATTT-ATGATTAAAGGGAAGTCCAATTGC
193 CGGCGAAGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGA-GATTAAAGGGAAGTTCAATTGC
* * **
785 TATATTTAGTAGCAAGTTGCATCAATTGATCGAGTTAAGCTATAAGTTC
257 TATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATTGATCGAGTTAAGCTATAAGTTC
* **
834 TCAAAGACGCATATTAGCAACACATTAATCTTGAATTTTTTTACGATGGTTTATATTTTTAATAA
1 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTG-ATTTTTCGACGATGGTTTATATTTTTAATAA
* * * * * ** *
899 AAGCGGTAATAATTTGAGGTTAAGGGGAAGTCCAACAACTTTATTTATTAGCTAGTTGTATGAAT
65 AAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTACAAGAAT
* ** * * * *
964 TGATCTAGTTAAGTTACAAGTAC-CAAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAACCTTAATTTTGTC
130 TGATCGAGTTAAACTATAAGTTCTC-AAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTC
* * * * * *
1028 GGCGAAGGTTTTTATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAATGGGAAGTCCAACTACTA
194 GGCGAAGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAAGGGAAGTTCAATTGCTA
* *
1093 TATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGAT--A---AAG---TAAG--C
259 TATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATTGATCGAGTTAAGCTATAAGTTC
* * ** *
1130 T-----A---TTA-TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTATCGGTGATGGTTTATATTTTTATTAA
1 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTT-TCGACGATGGTTTATATTTTTAATAA
* * * * *
1186 AAGATGTAATAATTTGAGATTAAGGAGAAGTTCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAAT
65 AAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTACAAGAAT
* * * * * * ** *
1251 CGATCGAGTGAAACTATAAATTCTAAAAGAGGAATGCTAGCAGCACATTTAATCTTGATTTTATC
130 TGATCGAGTTAAACTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACA-TTAATCTTGATTTTGTC
* * * *
1316 GGCGACGGTTTATATTGTTAATAAAAGAGGTCATCATTTGAGATT-AAGGGAAGTGGTTCAGA-T
194 GGCGAAGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAAGGGAA---GTTCA-ATT
* * * * *
1379 GCTATATTTATTAGGTAGCTGCAAGAATTGAACGAGCTAAGCTATAAGATC
255 GCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATTGATCGAGTTAAGCTATAAGTTC
* * ** * *
1430 TCAAATACGCATATTAACAGCACATTAATCTTTTTTTTTTTTTTTG-CAATGGTTTATATTTTTA
1 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATC-----TTGATTTTTCGACGATGGTTTATATTTTTA
* * * * * * * *
1494 ATAAAAGTA-GTAATAATTTGGGATTAGGGGGAAGTCCAATTGCAAAAATTATTAACTAGGTACA
61 ATAAAAG-AGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTACA
* * * ** * *
1558 ATAATTGATCGAGTTAAGCTATTAGTTCAAAAAGACGCATATTAGCATCAAATTAATCTTGATTT
125 AGAATTGATCGAGTTAAACTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTT
* * * * *
1623 TG-CTTG-TAATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAGTTT-ATGATTAAGGGGAAGTCCA
190 TGTC-GGCGAA-GGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGA-GATTAAAGGGAAGTTCA
* * * *
1685 ATAGCTATATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATCAAGTTAAGCTATAAGTTC
252 ATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATTGATCGAGTTAAGCTATAAGTTC
* * * *
1739 TCAAAGACGCATACTGGCAGCATATTAATCTTGATTTTTTCGATGATGGTTTATATTTTTAATAA
1 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGA-TTTTTCGACGATGGTTTATATTTTTAATAA
* * * * *
1804 AAGAGGTAATAATTTGAGATTCAGTGGAAGTCCACA-A-CTATATTTATTAGCAAGTTGCATGAA
65 AAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCA-ATAGCTATATTTATTAGCTAGTTACAAGAA
* * * * *
1867 TCGATGGAGTTAAGCTATAAATTCCAAAAGACATATTAGCAGCACAATAAAGACATATTAGCAGC
129 TTGATCGAGTTAAACTATAAGTT-C-----TC--A--A--AG-AC------G-CATATTAGCAGC
* * * * *
1932 ACATTAATCTTGGTTTTATCGG-TAATGGTTTATATTTTAAAAAAAAGAGGTAATAATTTGAGAT
174 ACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGAA-GGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGAT
* * * * *
1996 TAAA-GGAAGTTCAATTGCAATATTTATTATG-GAGTTACAAGAACTGATCGTGTTAAGCTATAA
238 TAAAGGGAAGTTCAATTGCTATATTTATTA-GCTAGTTGCAAGAATTGATCGAGTTAAGCTATAA
2059 GTTC
302 GTTC
** * * *
2063 TCAAAGATACATATTAGTAGCACATTATTCTTTATTTGTTCGACGATGGTTTATATTTTTAATAA
1 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTT-TTCGACGATGGTTTATATTTTTAATAA
* * * * * *
2128 AAGAGGTAATACTTTGATATTAAGGGGAAGTTCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAAC
65 AAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTACAAGAAT
* *
2193 TGATCGAGTTAAACTATAAGTTCTCAAAGATGAATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCG
130 TGATCGAGTTAAACTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCG
* * ** * * *
2258 GTGATGACTTATATTTTTAATAAAAGAGGAAATAATTTGAGATT-AGGGGAATTGGTTCAAATGC
195 GCGAAGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAAGGGAA---GTTCAATTGC
* * * * *
2322 TATATTTATTATG-TAGCTGCAAGAATCGAACGAATTAAGCAATAAGTTC
257 TATATTTATTA-GCTAGTTGCAAGAATTGATCGAGTTAAGCTATAAGTTC
* * * * * *
2371 TCAAAGACTCATATTAGCAACGCATTAATCTTAATTTTGTCAACGAT-ATTTATATTTTTAATAA
1 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTT-TCGACGATGGTTTATATTTTTAATAA
* * * * * ** **
2435 AAGAGGTAACAA----AG----A--CGCA-T--ATTAGC-AGA-ACATTA---A--T-CTTG-AT
65 AAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTACAAGAAT
* *
2478 TGATCGAGTTAACCTATAAGTTCTCAAATACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCG
130 TGATCGAGTTAAACTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCG
* * * *
2543 GTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATCATTTGAGATT-AAGGGAAGTGTTTCAAATGC
195 GCGAAGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAAGGGAA--G-TTCAATTGC
* * * * * *
2607 TATATTTATTTGGTAGCTGCAAGAATTGAACAAGTTAAGCGATAAGTTC
257 TATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATTGATCGAGTTAAGCTATAAGTTC
* * * * * * * *
2656 TCAAATACGCATATTAGTAGCACATTAATC-TAATTTTTTTGGCAATGGATTATATTTTTAAAAA
1 TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGA-TTTTTCGACGATGGTTTATATTTTTAATAA
* * * ** * * *
2720 AAGTGTTAATAATTTGTGATTAAGGGGAAGTGGAATATCAATATTTATTATCTAGTTACAAGAAT
65 AAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTACAAGAAT
* * * *
2785 CT-ATCGAGTTAAACTATTAGTTCTCAAAGA--CACATTAGTAGCACATTAATCCTGATTTTGTC
130 -TGATCGAGTTAAACTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTC
* * * * *
2847 GGC-ATTGATTTATATTTTTTATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAAGGAAAGTTCAATTGCA
194 GGCGA-AGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAAGGGAAGTTCAATTGCT
* * ** * * *
2911 ATATTCATTATCTAGTAACATGAATTGAACGAGTTAAGCAATAAGTTC
258 ATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATTGATCGAGTTAAGCTATAAGTTC
* * *
2959 TCAAAGACGCATAGTT-GCAGCACATTAATCTAGATTTTGTCGAGGATGGTTTATATTTTTAGTA
1 TCAAAGACGCATA-TTAGCAGCACATTAATCTTGATTTT-TCGACGATGGTTTATATTTTTAATA
* * * * * *
3023 AAAGAGGTAACAATTTGAGATTAAGGGGAAGTTCAATTGCTATATTTATTAGCCAGTTGCAGGAA
64 AAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTACAAGAA
* * * * * * *
3088 TCGATCGGGTTAAGCTATAAGTTCTCAAATACGCTTATTAGCAGCAAATTAATCATGATTTTGTC
129 TTGATCGAGTTAAACTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTC
** * *
3153 --CGTAATTATTTATATTTTTAATAAAAGAGGCT-ATAATTTGAGATTAAGGGGAAATTCAATTG
194 GGCG-AA-GGTTTATATTTTTAATAAAAGAGG-TAATAATTTGAGATTAAAGGGAAGTTCAATTG
* * * * * *
3215 CGATATTTACTT-TCTAGTTGCAAGAATCGATTGAGTTATGCAATAAGTTC
256 CTATATTTA-TTAGCTAGTTGCAAGAATTGATCGAGTTAAGCTATAAGTTC
* *
3265 AT-AAATACGCATATTAGTAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGACG
1 -TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTT-TCGACG
3310 GTTGTGTCGA
Statistics
Matches: 2218, Mismatches: 429, Indels: 267
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
284 9 0.00
285 211 0.10
286 7 0.00
287 130 0.06
288 55 0.02
289 2 0.00
290 31 0.01
291 2 0.00
292 5 0.00
293 3 0.00
294 4 0.00
295 5 0.00
296 4 0.00
297 2 0.00
298 12 0.01
299 3 0.00
300 6 0.00
301 4 0.00
302 47 0.02
303 78 0.04
304 146 0.07
305 403 0.18
306 376 0.17
307 62 0.03
308 89 0.04
309 86 0.04
310 3 0.00
311 49 0.02
312 115 0.05
313 6 0.00
314 6 0.00
315 2 0.00
317 3 0.00
318 2 0.00
319 1 0.00
323 4 0.00
324 135 0.06
325 108 0.05
326 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (305 bp):
TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTTCGACGATGGTTTATATTTTTAATAAA
AGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATT
GATCGAGTTAAACTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGG
CGAAGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAAGGGAAGTTCAATTGCTATA
TTTATTAGCTAGTTGCAAGAATTGATCGAGTTAAGCTATAAGTTC
Found at i:1187 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 1001--1242 Score: 333
Period size: 134 Copynumber: 1.8 Consensus size: 134
991 AGACGCATAT
* * *
1001 TAGCAGCACATTAACCTTAATTTTGTCGGCGAAGGTTTTTATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATT
1 TAGCAGCAAATTAACCTTAATTTTATCGGCGAAGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATT
*
1066 TGAGATTAATGG-GAAGTCCAACTACTATATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATAAAGTAAGC
66 TGAGATTAA-GGAGAAGTCCAACTACAATATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATAAAGTAAGC
1130 TATTA
130 TATTA
* * * * * * *
1135 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTATCGGTGATGGTTTATATTTTTATTAAAAGATGTAATAATT
1 TAGCAGCAAATTAACCTTAATTTTATCGGCGAAGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATT
* * * *
1200 TGAGATTAAGGAGAAGTTCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTT
66 TGAGATTAAGGAGAAGTCCAACTACAATATTTATTAGCAAGTT
1243 ACAAGAATCG
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 15, Indels: 2
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
133 2 0.02
134 90 0.98
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (134 bp):
TAGCAGCAAATTAACCTTAATTTTATCGGCGAAGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATT
TGAGATTAAGGAGAAGTCCAACTACAATATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATAAAGTAAGCT
ATTA
Found at i:1678 original size:153 final size:152
Alignment explanation
Indices: 1135--3302 Score: 1147
Period size: 153 Copynumber: 14.2 Consensus size: 152
1125 TAAGCTATTA
* * *
1135 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTATCGGTGATGGTTTATATTTTTATTAAAAGATGTAATAATT
1 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTAT-TGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* * * * *
1200 TGAGATTAAGGAGAAGTTCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATCGATCGAGTGAAAC
65 TGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATTGATCGAGTTAAGC
* * * *
1265 TATAAATTCTAAAAGAGGAATGC
130 TATAAGTTCTAAAAGACGCATAC
* * * * * * *
1288 TAGCAGCACATTTAATCTTGATTTTATCGGCGACGGTTTATATTGTTAATAAAAGAGGTCATCAT
1 TAGCAGCA-AATTAATCTTGATTTTAT-TGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAAT
* * * * * * *
1353 TTGAGATTAA-GGGAAGTGGTTCAGA-TGCTATATTTATTAGGTAGCTGCAAGAATTGAACGAGC
64 TTGAGATTAAGGGGAA---GTCCA-ATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATTGATCGAGT
* * * *
1416 TAAGCTATAAGATCTCAAATACGCATAT
125 TAAGCTATAAGTTCTAAAAGACGCATAC
* * ** * *
1444 TAACAGCACATTAATCTTTTTTTTTTTTTTTGCAATGGTTTATATTTTTAATAAAAGTA-GTAAT
1 TAGCAGCAAATTAATC--TTGATTTTATTGTG--ATGGTTTATATTTTTAATAAAAG-AGGTAAT
* * * * * * *
1508 AATTTGGGATTAGGGGGAAGTCCAATTGCAAAAATTATTAACTAGGTACAATAATTGATCGAGTT
61 AATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATTGATCGAGTT
* * *
1573 AAGCTATTAGTTCAAAAAGACGCATAT
126 AAGCTATAAGTTCTAAAAGACGCATAC
* * * *
1600 TAGCATCAAATTAATCTTGATTTTGCTTGTAATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAGTT
1 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTT-ATTGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* * * * * *
1665 T-ATGATTAAGGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATCAAGTTAAG
65 TGA-GATTAAGGGGAAGTCCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATTGATCGAGTTAAG
*
1729 CTATAAGTTCTCAAAGACGCATAC
129 CTATAAGTTCTAAAAGACGCATAC
* *
1753 TGGCAGCATATTAATCTTGATTTT-TTCGATGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAAT
1 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTATT-G-TGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAAT
* * * * * * * * *
1817 TTGAGATTCAGTGGAAGTCCACA--ACTATATTTATTAGCAAGTTGCATGAATCGATGGAGTTAA
64 TTGAGATTAAGGGGAAGTCCA-ATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATTGATCGAGTTAA
* * *
1880 GCTATAAATTCCAAAAGA--CATAT
128 GCTATAAGTTCTAAAAGACGCATAC
* * * *
1903 TAGCAGCACAATAAAGACATATTAGCAGCACATTAATCTTGGTTTTATCGGTAATGGTTTATATT
1 TAGCAGCA-AAT---TA-ATCTT----G---ATT-TTATT-G--T-----G--ATGGTTTATATT
* * * * *
1968 TTAAAAAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAA-AGGAAGTTCAATTGCAATATTTATTATG-GAGT
43 TTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCAATATTTATTA-GCTAGT
* * * ** *
2031 TACAAGAACTGATCGTGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGATACATAT
107 TACAAGAATTGATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTAAAAGACGCATAC
* * * * * * *
2077 TAGTAGCACATTATTCTTTATTTGT-TCGACGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATACT
1 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTT-TATTG-TGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAAT
* * * *
2141 TTGATATTAAGGGGAAGTTCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAACTGATCGAGTTAAA
64 TTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATTGATCGAGTTAAG
* * * *
2206 CTATAAGTTCTCAAAGATGAATAT
129 CTATAAGTTCTAAAAGACGCATAC
* * * ** *
2230 TAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGACTTATATTTTTAATAAAAGAGGAAATAATT
1 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTAT-TGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* * * * * * * *
2295 TGAGATT-AGGGGAATTGGTTCAAATGCTATATTTATTATG-TAGCTGCAAGAATCGAACGAATT
65 TGAGATTAAGGGGAA---GTCCAATTGCAATATTTATTA-GCTAGTTACAAGAATTGATCGAGTT
* * * *
2358 AAGCAATAAGTTCTCAAAGACTCATAT
126 AAGCTATAAGTTCTAAAAGACGCATAC
* ** * * *** * *
2385 TAGCAACGCATTAATCTTAATTTTGTCAACGAT-ATTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAA--
1 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTAT-TGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* * ** * * * * * * *
2447 AGACGCATATTAGCAGAA---C-ATT--AATCTTGATTGATCGAGTTAACCTATAAGTT-CTC-A
65 TGA-G-AT-TAAGGGGAAGTCCAATTGCAATATTTATT-AGCTAGTT-A-CAAGAA-TTGATCGA
** * ** *
2504 AATACGC-AT-A--T-TAGCAG-CACAT--
123 GTTAAGCTATAAGTTCTAAAAGACGCATAC
* * * * * *
2526 TA--ATC---TTGATTTTG-TCGGTGA-TG-G-T--TTAT--ATTTTTAATAAAAGAGGTAATCA
1 TAGCAGCAAATTAATCTTGAT--TTTATTGTGATGGTT-TATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAA
* * * * * * * * *
2578 TTTGAGATTAA-GGGAAGTGTTTCAAATGCTATATTTATTTGGTAGCTGCAAGAATTGAACAAGT
63 TTTGAGATTAAGGGGAA--G-TCCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATTGATCGAGT
* * * *
2642 TAAGCGATAAGTTCTCAAATACGCATAT
125 TAAGCTATAAGTTCTAAAAGACGCATAC
* * * * * * * *
2670 TAGTAGCACATTAATC-TAATTTTTTTG-GCAATGGATTATATTTTTAAAAAAAGTGTTAATAAT
1 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTATTGTG--ATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAAT
* ** *
2733 TTGTGATTAAGGGGAAGTGGAATAT-CAATATTTATTATCTAGTTACAAGAATCT-ATCGAGTTA
64 TTGAGATTAAGGGGAAGTCCAAT-TGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAAT-TGATCGAGTTA
* * * *
2796 AACTATTAGTTCTCAAAGACACAT--
127 AGCTATAAGTTCTAAAAGACGCATAC
* * * * * * *
2820 TAGTAGCACATTAATCCTGATTTTGTCG-GCATTGATTTATATTTTTTATAAAAGAGGTAATAAT
1 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTATTGTG-A-TGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAAT
* * * * * * * *
2884 TTGAGATTAAAGGAAAGTTCAATTGCAATATTCATTATCTAGTAACATGAATTGAACGAGTTAAG
64 TTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATTGATCGAGTTAAG
* * *
2949 CAATAAGTTCTCAAAGACGCATAG
129 CTATAAGTTCTAAAAGACGCATAC
* * * * * * * *
2973 TTGCAGCACATTAATCTAGATTTTGTCGAGGATGGTTTATATTTTTAGTAAAAGAGGTAACAATT
1 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTATTG-TGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* * * * * * *
3038 TGAGATTAAGGGGAAGTTCAATTGCTATATTTATTAGCCAGTTGCAGGAATCGATCGGGTTAAGC
65 TGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATTGATCGAGTTAAGC
* * * *
3103 TATAAGTTCTCAAATACGCTTAT
130 TATAAGTTCTAAAAGACGCATAC
* * * * **
3126 TAGCAGCAAATTAATCATGATTTTGTCCGTAATTATTTATATTTTTAATAAAAGAGGCT-ATAAT
1 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTAT-TGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGG-TAATAAT
* * * * * * * *
3190 TTGAGATTAAGGGGAAATTCAATTGCGATATTTACTT-TCTAGTTGCAAGAATCGATTGAGTTAT
64 TTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCAATATTTA-TTAGCTAGTTACAAGAATTGATCGAGTTAA
* * *
3254 GCAATAAGTTC-ATAAATACGCATAT
128 GCTATAAGTTCTA-AAAGACGCATAC
* *
3279 TAGTAGCACATTAATCTTGATTTT
1 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTT
3303 GTCGACGGTT
Statistics
Matches: 1565, Mismatches: 333, Indels: 234
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
129 3 0.00
130 2 0.00
131 23 0.01
132 3 0.00
133 4 0.00
134 3 0.00
135 7 0.00
136 13 0.01
137 6 0.00
138 8 0.01
139 2 0.00
140 1 0.00
141 4 0.00
142 4 0.00
143 4 0.00
144 5 0.00
145 1 0.00
146 2 0.00
147 9 0.01
148 10 0.01
149 13 0.01
150 36 0.02
151 111 0.07
152 154 0.10
153 586 0.37
154 132 0.08
155 106 0.07
156 136 0.09
157 8 0.01
158 35 0.02
159 7 0.00
160 1 0.00
161 1 0.00
162 7 0.00
163 1 0.00
164 3 0.00
165 1 0.00
169 3 0.00
170 3 0.00
171 8 0.01
172 84 0.05
173 3 0.00
174 12 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (152 bp):
TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTATTGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTT
GAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATTGATCGAGTTAAGCT
ATAAGTTCTAAAAGACGCATAC
Found at i:1921 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1893--1934 Score: 84
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
1883 ATAAATTCCA
1893 AAAGACATATTAGCAGCACAAT
1 AAAGACATATTAGCAGCACAAT
1915 AAAGACATATTAGCAGCACA
1 AAAGACATATTAGCAGCACA
1935 TTAATCTTGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.19, G:0.14, T:0.17
Consensus pattern (22 bp):
AAAGACATATTAGCAGCACAAT
Found at i:2053 original size:172 final size:174
Alignment explanation
Indices: 1755--2086 Score: 406
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 174
1745 ACGCATACTG
* * * * *
1755 GCAGCATATTAATCTTGATTTTTTCGATGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTG
1 GCAGCACATTAATCTTGATTTTATCGATAATGGTTTATATTTTAAAAAAAAGAGGTAATAATTTG
** * * * *
1820 AGATTCAGTGGAAGTCCACAACTATATTTATTAGCAAGTTGCATGAATCGATGGAGTTAAGCTAT
66 AGATTCAAAGGAAGTCCACAACAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATCGAGTTAAGCTAT
1885 AAATTC-CAAA-AGACATATTAGCAGCACAATAAAGACATATTA
131 AAATTCTCAAAGAGACATATTAGCAGCACAATAAAGACATATTA
* *
1927 GCAGCACATTAATCTTGGTTTTATCGGTAATGGTTTATATTTTAAAAAAAAGAGGTAATAATTTG
1 GCAGCACATTAATCTTGATTTTATCGATAATGGTTTATATTTTAAAAAAAAGAGGTAATAATTTG
* * * *
1992 AGATT-AAAGGAAGTTCA-ATTGCAATATTTATTATG-GAGTTACAAGAA-CTGATCGTGTTAAG
66 AGATTCAAAGGAAGTCCACA--ACAATATTTATTA-GCAAGTTACAAGAATC-GATCGAGTTAAG
* * *
2053 CTATAAGTTCTCAAAGATACATATTAGTAGCACA
127 CTATAAATTCTCAAAGAGACATATTAGCAGCACA
2087 TTATTCTTTA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 20, Indels: 10
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 10 0.07
172 102 0.76
173 5 0.04
174 16 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (174 bp):
GCAGCACATTAATCTTGATTTTATCGATAATGGTTTATATTTTAAAAAAAAGAGGTAATAATTTG
AGATTCAAAGGAAGTCCACAACAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATCGAGTTAAGCTAT
AAATTCTCAAAGAGACATATTAGCAGCACAATAAAGACATATTA
Found at i:2711 original size:285 final size:285
Alignment explanation
Indices: 2193--2722 Score: 782
Period size: 285 Copynumber: 1.9 Consensus size: 285
2183 TTACAAGAAC
*
2193 TGATCGAGTTAAACTATAAGTTCTCAAAGATGAATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCG
1 TGATCGAGTTAAACTATAAGTTCTCAAAGACGAATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCG
* *
2258 GTGATGACTTATATTTTTAATAAAAGAGGAAATAATTTGAGATTAGGGGAATTGGTTCAAATGCT
66 GTGATGACTTATATTTTTAATAAAAGAGGAAATAATTTGAGATTAAGGGAAGTGGTTCAAATGCT
*
2323 ATATTTATTATGTAGCTGCAAGAATCGAACGAATTAAGCAATAAGTTCTCAAAGACTCATATTAG
131 ATATTTATTATGTAGCTGCAAGAATCGAACGAATTAAGCAATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAG
* * * *
2388 CAACGCATTAATCTTAATTTTGTCAACGATATTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAAAGACGC
196 CAACACATTAATCTTAATTTTGGCAACGAGATTTATATTTTTAAAAAAAGAGGTAACAAAGACGC
2453 ATATTAGCAGAACATTAATCTTGAT
261 ATATTAGCAGAACATTAATCTTGAT
* * *
2478 TGATCGAGTTAACCTATAAGTTCTCAAATACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCG
1 TGATCGAGTTAAACTATAAGTTCTCAAAGACGAATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCG
** * * *
2543 GTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATCATTTGAGATTAAGGGAAGTGTTTCAAATGCT
66 GTGATGACTTATATTTTTAATAAAAGAGGAAATAATTTGAGATTAAGGGAAGTGGTTCAAATGCT
* * *
2608 ATATTTATT-TGGTAGCTGCAAGAATTGAAC-AAGTTAAGCGATAAGTTCTCAAATACGCATATT
131 ATATTTATTAT-GTAGCTGCAAGAATCGAACGAA-TTAAGCAATAAGTTCTCAAAGACGCATATT
* * *
2671 AGTAGCACATTAATC-TAATTTTTTTGGCAATG-GA-TTATATTTTTAAAAAAAG
194 AGCAACACATTAATCTTAA---TTTTGGCAACGAGATTTATATTTTTAAAAAAAG
2723 TGTTAATAAT
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 22, Indels: 10
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
284 6 0.03
285 202 0.93
286 1 0.00
287 9 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (285 bp):
TGATCGAGTTAAACTATAAGTTCTCAAAGACGAATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCG
GTGATGACTTATATTTTTAATAAAAGAGGAAATAATTTGAGATTAAGGGAAGTGGTTCAAATGCT
ATATTTATTATGTAGCTGCAAGAATCGAACGAATTAAGCAATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAG
CAACACATTAATCTTAATTTTGGCAACGAGATTTATATTTTTAAAAAAAGAGGTAACAAAGACGC
ATATTAGCAGAACATTAATCTTGAT
Found at i:4192 original size:29 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4150--4742 Score: 346
Period size: 29 Copynumber: 20.5 Consensus size: 27
4140 TTTCAAAAAG
* *
4150 AGTTTGGGGTTAAAATGTGATTTTTGAAA
1 AGTTTGGGG-TAAAATGTAATTTTTG-GA
* *
4179 AGTTTTGGGGTAAAATGTGATTTTGGGA
1 AG-TTTGGGGTAAAATGTAATTTTTGGA
* * **
4207 AGTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTAAA
1 AGTTTG-GGGT-AAAATGTAATTTTTGGA
* * *
4236 AGTTCGAGGGCAGAAATGTAATTTTTTAGA
1 AGTTTG-GGGTA-AAATGTAA-TTTTTGGA
** * * *
4266 AGTTCAAGGG-AAATTTTTAATTTTTGAA
1 AGTT-TGGGGTAAA-ATGTAATTTTTGGA
* * *
4294 AGTTTGGGGAAAAAAAGGTGATTTTTGGA
1 AGTTTGGGG--TAAAATGTAATTTTTGGA
*
4323 AGTTTGAGGGTAAAAATGTTATTTTTGGA
1 AGTTTG-GGGT-AAAATGTAATTTTTGGA
* * *
4352 AGTTCGAGAGTAAAAATGTATTTTTTGAGA
1 AGTTTG-GGGT-AAAATGTAATTTTTG-GA
*
4382 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGAA
1 AGTTTG-GGGT-AAAATGTAATTTTTGGA
* *
4411 AGTTTGGGGGCAAAATGTGATTTTTGGA
1 AGTTT-GGGGTAAAATGTAATTTTTGGA
* *
4439 AGTTCGAGGGTAAAATGTGATTTTTGGA
1 AGTTTG-GGGTAAAATGTAATTTTTGGA
* *
4467 AGTTCAGGGGTAAAAAATGTAATTTTTGAGT
1 AGTT-TGGGGT--AAAATGTAATTTTTG-GA
*
4498 AGTTTGGGGTAAAATG-AATCTTTGGA
1 AGTTTGGGGTAAAATGTAATTTTTGGA
* * * *
4524 AGTTCGAGGGCAAAATGCAATTTTTTGA
1 AGTTTG-GGGTAAAATGTAATTTTTGGA
** * *
4552 AGTTTAAGGGCAAAAATGTGATTTTTTGA
1 AGTTT--GGGGTAAAATGTAATTTTTGGA
* * * *
4581 AGTTCGGGGGCAAAATATAATTTTTTAGA
1 AGTT-TGGGGTAAAATGTAA-TTTTTGGA
* *
4610 AGTTTAAGGGTAAAAATGTAATTTTTGAA
1 AGTTT-GGGGT-AAAATGTAATTTTTGGA
*
4639 AGTTTAGGGGCAAAATTGTAATTTTTGAGA
1 AGTTT-GGGGTAAAA-TGTAATTTTTG-GA
*
4669 AGTTCAT-GGCTAAAATTGTAATTTTTGAGA
1 AGTT--TGGGGTAAAA-TGTAATTTTTG-GA
* *
4699 GGTTTGGGGTCAAAATGTAATTTTAGAGA
1 AGTTTGGGGT-AAAATGTAATTTTTG-GA
4728 AGTTTGGGAGTAAAA
1 AGTTTGGG-GTAAAA
4743 ATGGGATTTT
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 74, Indels: 68
0.76 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
26 6 0.01
27 23 0.05
28 100 0.22
29 204 0.45
30 117 0.26
31 5 0.01
32 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.27, T:0.36
Consensus pattern (27 bp):
AGTTTGGGGTAAAATGTAATTTTTGGA
Found at i:4224 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 4150--4745 Score: 476
Period size: 58 Copynumber: 10.3 Consensus size: 58
4140 TTTCAAAAAG
* * * * * *
4150 AGTTTG-GGGTTAAAATGTGATTTTTGAAAAGTTTTGGGGTAAAATGTGA-TTTTGGGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTG-AAAGTTTCGGGGCAAAATGTAATTTTTGAGA
* * * *
4207 AGTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTAAAAG-TTCGAGGGCAGAAATGTAATTTTTTAGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTCG-GGGCA-AAATGTAATTTTTGAGA
** ** * * * *
4266 AGTTCAAGGG-AAATTTTTAATTTTTGAAAGTTT-GGGGAAAAAAAGGTGATTTTTG-GA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTCGGGG--CAAAATGTAATTTTTGAGA
* * ** *
4323 AGTTTGAGGGTAAAAATGTTATTTTTGGAAG-TTCGAGAGTAAAAATGTATTTTTTGAGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTCG-G-GGCAAAATGTAATTTTTGAGA
* *
4382 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTGGGGGCAAAATGTGATTTTTG-GA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTCGGGGCAAAATGTAATTTTTGAGA
* * * * *
4439 AGTTCGAGGGT-AAAATGTGATTTTTGGAAG-TTCAGGGGTAAAAAATGTAATTTTTGAGT
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTC-GGGG--CAAAATGTAATTTTTGAGA
* * * *
4498 AGTTTG-GGGT-AAAATG-AATCTTTGGAAG-TTCGAGGGCAAAATGCAATTTTT-TGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTCG-GGGCAAAATGTAATTTTTGAGA
* * * * *
4552 AGTTTAAGGGCAAAAATGTGATTTTTTG-AAG-TTCGGGGGCAAAATATAATTTTTTAGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGT-AATTTTTGAAAGTTTC-GGGGCAAAATGTAATTTTTGAGA
* *
4610 AGTTTAAGGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTAGGGGCAAAATTGTAATTTTTGAGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTCGGGGCAAAA-TGTAATTTTTGAGA
* * * * *
4669 AG-TTCATGGCTAAAATTGTAATTTTTGAGAGGTTT-GGGGTCAAAATGTAATTTTAGAGA
1 AGTTTGA-GGGTAAAAATGTAATTTTTGA-AAGTTTCGGGG-CAAAATGTAATTTTTGAGA
4728 AGTTTG-GGAGTAAAAATG
1 AGTTTGAGG-GTAAAAATG
4746 GGATTTTTAA
Statistics
Matches: 437, Mismatches: 70, Indels: 62
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
54 6 0.01
55 18 0.04
56 31 0.07
57 85 0.19
58 163 0.37
59 118 0.27
60 16 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.27, T:0.36
Consensus pattern (58 bp):
AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTCGGGGCAAAATGTAATTTTTGAGA
Found at i:6884 original size:39 final size:38
Alignment explanation
Indices: 6830--7356 Score: 158
Period size: 39 Copynumber: 13.6 Consensus size: 38
6820 AGCAATATGC
*
6830 CCCAGGCTC-AGGGTAAGAGATTGACTGATGGTGATCTG
1 CCCAGGCTCGA-GGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCTG
* * *
6868 CCCTAGGGTCGAGGTAAGAGATCGGTTGATGGTGATCTG
1 CCC-AGGCTCGAGGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCTG
* **
6907 CCCCAGGCTC-AGGTAAAAGA-T--CAAATGGCTGCAATCTG
1 -CCCAGGCTCGAGGTAAGAGATTGGCTGATGG-TG--ATCTG
* *
6945 CCGCAGGCTCGGGGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCAG
1 CC-CAGGCTCGAGGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCTG
* * * * * *
6984 CCCCAAGCTTGGGGTAAAAGA-T--C-GAATGGCTACAATCTAC
1 -CCCAGGCTCGAGGTAAGAGATTGGCTG-ATGG-T--GATCT-G
* * * ** * *
7024 CCCAGGCTCGGGGTAAAACA-T--CAAATTGCTACAATCTG
1 CCCAGGCTCGAGGTAAGAGATTGGCTGA-TGGT--GATCTG
* * * * *
7062 CCCCACGCTCGGGGTAAAAGATTGGCTTATGGTGATTTG
1 -CCCAGGCTCGAGGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCTG
* * ** *
7101 CCCCAAGCTCG-GGATAATAGATCAGTTGATGGTGATCTG
1 -CCCAGGCTCGAGG-TAAGAGATTGGCTGATGGTGATCTG
* * * * *
7140 CCCCAAGCTC-AGGGTAAAAGA-T--CGGATGGCTACAATCTAC
1 -CCCAGGCTCGA-GGTAAGAGATTGGCTGATGG-T--GATCT-G
* *
7180 CCCAGGCTCGGGGTAAGAGATTGG-TCGATGGTGATCTA
1 CCCAGGCTCGAGGTAAGAGATTGGCT-GATGGTGATCTG
* * *
7218 CCTCAGGCTCGGGGTAAGAGATCGGTTGATGGTGATCTG
1 CC-CAGGCTCGAGGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCTG
* * * ** * *
7257 CCCTAGGCTCGGGGTAAAAGATCGAATGGCT-GTAATCTG
1 CCC-AGGCTCGAGGTAAGAGATTGGCT-GATGGTGATCTG
* * *
7296 CCCGAAGCTCGGGGTAAGAGATTGGTTGATGGTGATCTG
1 CCC-AGGCTCGAGGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCTG
7335 CCCCAGGCTC-AGGGTAAGAGAT
1 -CCCAGGCTCGA-GGTAAGAGAT
7357 CAGTATCTTC
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 70, Indels: 83
0.71 0.13 0.16
Matches are distributed among these distances:
35 5 0.01
36 12 0.03
37 4 0.01
38 32 0.08
39 287 0.76
40 19 0.05
41 6 0.02
42 12 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.31, T:0.23
Consensus pattern (38 bp):
CCCAGGCTCGAGGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCTG
Found at i:7084 original size:117 final size:116
Alignment explanation
Indices: 6822--7360 Score: 575
Period size: 117 Copynumber: 4.6 Consensus size: 116
6812 TGAATGACAG
* * * * * * * *
6822 CAATATGCCCCAGGCTCAGGGTAAGAGATTGACTGATGGTGATCTGCCCTAGGGTCGAGGTAAGA
1 CAATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCAGCCCCAAGCTCGGGGTAAGA
* * *
6887 GATCGGTTGATGGTGATCTGCCCCAGGCTC-AGGTAAAAGATCAAATGGCTG
66 GATCAG-TGATGGTGATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAAAGATCAAATGGCTA
* * *
6938 CAATCTGCCGCAGGCTCGGGGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCAGCCCCAAGCTTGGGGTAAAA
1 CAATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCAGCCCCAAGCTCGGGGTAAGA
* * * * *
7003 GATC-G-AATGGCTACAATCTACCCCAGGCTCGGGGTAAAACATCAAATTGCTA
66 GATCAGTGATGG-T--GATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAAAGATCAAATGGCTA
* * * ** * *
7055 CAATCTGCCCCACGCTCGGGGTAAAAGATTGGCTTATGGTGATTTGCCCCAAGCTCGGGATAATA
1 CAATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCAGCCCCAAGCTCGGGGTAAGA
* * **
7120 GATCAGTTGATGGTGATCTGCCCCAAGCTCAGGGTAAAAGATCGGATGGCTA
66 GATCAG-TGATGGTGATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAAAGATCAAATGGCTA
* * *
7172 CAATCTACCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATTGG-TCGATGGTGATCTA-CCTCAGGCTCGGGGTAA
1 CAATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATTGGCT-GATGGTGATC-AGCCCCAAGCTCGGGGTAA
* * * *
7235 GAGATCGGTTGATGGTGATCTGCCCTAGGCTCGGGGTAAAAGATCGAATGGCTG
64 GAGATCAG-TGATGGTGATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAAAGATCAAATGGCTA
* * * * * * *
7289 TAATCTGCCCGAAGCTCGGGGTAAGAGATTGGTTGATGGTGATCTGCCCCAGGCTCAGGGTAAGA
1 CAATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCAGCCCCAAGCTCGGGGTAAGA
7354 GATCAGT
66 GATCAGT
7361 ATCTTCAATT
Statistics
Matches: 352, Mismatches: 60, Indels: 22
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
113 4 0.01
114 1 0.00
115 1 0.00
116 74 0.21
117 265 0.75
118 2 0.01
119 1 0.00
120 4 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.31, T:0.23
Consensus pattern (116 bp):
CAATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCAGCCCCAAGCTCGGGGTAAGA
GATCAGTGATGGTGATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAAAGATCAAATGGCTA
Found at i:7242 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 6880--7242 Score: 331
Period size: 78 Copynumber: 4.7 Consensus size: 78
6870 CTAGGGTCGA
* * ** *
6880 GGTAAGAGATCGGTTGATGGTGATCTGCCCCAGGCTC-AGGTAAAAGATCAAATGGCTGCAATCT
1 GGTAAGAGATCGGTTGATGGTGATCTGCCCCAAGCTCGGGGTAAAAGATCGGATGGCTACAATCT
* *
6944 GCCGCAGGCTCGG
66 ACCCCAGGCTCGG
* * * * *
6957 GGTAAGAGATTGGCTGATGGTGATCAGCCCCAAGCTTGGGGTAAAAGATCGAATGGCTACAATCT
1 GGTAAGAGATCGGTTGATGGTGATCTGCCCCAAGCTCGGGGTAAAAGATCGGATGGCTACAATCT
7022 ACCCCAGGCTCGG
66 ACCCCAGGCTCGG
* * ** * *** * * *
7035 GGTAAAACATCAAATTGCT-ACAATCTGCCCCACGCTCGGGGTAAAAGATTGGCTTATGG-T--G
1 GGTAAGAGATC-GGTTGATGGTGATCTGCCCCAAGCTCGGGGTAAAAGATCGG---ATGGCTACA
* * *
7096 ATTTGCCCCAAGCTCGG
62 ATCTACCCCAGGCTCGG
* * * *
7113 GATAATAGATCAGTTGATGGTGATCTGCCCCAAGCTCAGGGTAAAAGATCGGATGGCTACAATCT
1 GGTAAGAGATCGGTTGATGGTGATCTGCCCCAAGCTCGGGGTAAAAGATCGGATGGCTACAATCT
7178 ACCCCAGGCTCGG
66 ACCCCAGGCTCGG
* * * * * *
7191 GGTAAGAGATTGGTCGATGGTGATCTACCTCAGGCTCGGGGTAAGAGATCGG
1 GGTAAGAGATCGGTTGATGGTGATCTGCCCCAAGCTCGGGGTAAAAGATCGG
7243 TTGATGGTGA
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 54, Indels: 17
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
75 4 0.02
76 1 0.00
77 37 0.17
78 173 0.78
79 3 0.01
80 1 0.00
81 4 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.30, T:0.22
Consensus pattern (78 bp):
GGTAAGAGATCGGTTGATGGTGATCTGCCCCAAGCTCGGGGTAAAAGATCGGATGGCTACAATCT
ACCCCAGGCTCGG
Found at i:7265 original size:78 final size:77
Alignment explanation
Indices: 6855--7357 Score: 305
Period size: 78 Copynumber: 6.5 Consensus size: 77
6845 AGAGATTGAC
* * * * * *
6855 TGATGGTGATCTGCCCTAGGGTCGAGGTAAGAGATCGGTTGATGGTGATCTGCCCCAGGCTC-AG
1 TGATGGTGATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATCGGTCGATGGTGATCTG-CCCAAGCTCGGG
6919 GTAAAAGATC---
65 GTAAAAGATCGGT
** * * *
6929 AAATGGCTGCAATCTGCCGCAGGCTCGGGGTAAGAGATTGG-CTGATGGTGATCAGCCCCAAGCT
1 TGATGG-TG--ATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATCGGTC-GATGGTGATCTG-CCCAAGCT
*
6993 TGGGGTAAAAGATC-G-
61 CGGGGTAAAAGATCGGT
* * * * * ** * * *** *
7008 -AATGGCTACAATCTACCCCAGGCTCGGGGTAAAACATCAAATTGCT-ACAATCTGCCCCACGCT
1 TGATGG-T--GATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATC-GGTCGATGGTGATCTG-CCCAAGCT
*
7071 CGGGGTAAAAGATTGGCT
61 CGGGGTAAAAGATCGG-T
* * * * * * *
7089 T-ATGGTGATTTGCCCCAAGCTCGGGATAATAGATCAGTTGATGGTGATCTGCCCCAAGCTCAGG
1 TGATGGTGATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATCGGTCGATGGTGATCTG-CCCAAGCTCGGG
7153 GTAAAAGATC-G-
65 GTAAAAGATCGGT
* * * * *
7164 -GATGGCTACAATCTACCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATTGGTCGATGGTGATCTACCTCAGGCTC
1 TGATGG-T--GATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATCGGTCGATGGTGATCTGCC-CAAGCTC
*
7228 GGGGTAAGAGATCGGT
62 GGGGTAAAAGATCGGT
* * * * * *
7244 TGATGGTGATCTGCCCTAGGCTCGGGGTAAAAGATCGAATGGCT-GTAATCTGCCCGAAGCTCGG
1 TGATGGTGATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATCG-GTCGATGGTGATCTGCCC-AAGCTCGG
* *
7308 GGTAAGAGATTGGT
64 GGTAAAAGATCGGT
*
7322 TGATGGTGATCTGCCCCAGGCTCAGGGTAAGAGATC
1 TGATGGTGATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATC
7358 AGTATCTTCA
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 72, Indels: 46
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
74 4 0.01
75 6 0.02
76 1 0.00
77 53 0.16
78 250 0.75
79 7 0.02
80 2 0.01
81 9 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.31, T:0.23
Consensus pattern (77 bp):
TGATGGTGATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATCGGTCGATGGTGATCTGCCCAAGCTCGGGG
TAAAAGATCGGT
Found at i:17823 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 17617--17850 Score: 414
Period size: 117 Copynumber: 2.0 Consensus size: 117
17607 CTTCATGTCA
* * * *
17617 TTATCCCAATTGTCCTATATCTCTTTCAATTCTTGCACATTGTTCTAAGCTGTACTAATCCTAGT
1 TTATCCCAACTGTCCTATATCTCTTTCAATCCCTACACATTGTTCTAAGCTGTACTAATCCTAGT
*
17682 ATAATCCCAAAAGTCTGACTCATGTCCTTCTACTAAGCTATCCCCTTTTTGG
66 ATAATCCAAAAAGTCTGACTCATGTCCTTCTACTAAGCTATCCCCTTTTTGG
*
17734 TTATCCCAACTGTCCTATATCTCTTTCAATCCCTACACATTGTTCTGAGCTGTACTAATCCTAGT
1 TTATCCCAACTGTCCTATATCTCTTTCAATCCCTACACATTGTTCTAAGCTGTACTAATCCTAGT
17799 ATAATCCAAAAAGTCTGACTCATGTCCTTCTACTAAGCTATCCCCTTTTTGG
66 ATAATCCAAAAAGTCTGACTCATGTCCTTCTACTAAGCTATCCCCTTTTTGG
17851 CATTCATTTT
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 6, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
117 111 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.27, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (117 bp):
TTATCCCAACTGTCCTATATCTCTTTCAATCCCTACACATTGTTCTAAGCTGTACTAATCCTAGT
ATAATCCAAAAAGTCTGACTCATGTCCTTCTACTAAGCTATCCCCTTTTTGG
Found at i:19530 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 19397--19952 Score: 472
Period size: 29 Copynumber: 19.2 Consensus size: 29
19387 AGTTTTGAAG
* *
19397 AGTTTG-GGGTTAAAATGTGATTTTTAGAA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTAG-A
* * * *
19426 AGTTTTAGGGCTTAAAATGTGATTTTTGGA
1 AGTTTGAGGG-TAAAAATGTAATTTTTAGA
* * *
19456 AGTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTAGA
* *
19485 AGTTCGAGGGCAAAAATGTAATTTTTAAGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTT-AGA
*
19515 AGTTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTTAAGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTT-AGA
* * *
19545 AGTTTG-GGG-GAAAATGTGATTTTTGGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTAGA
* * * *
19572 TGTTCGA-GGTAAAAATATGATTTTTAGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTAGA
** *
19600 AGTTCAAGGGCAAAAATGTAATTTTTGAGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTT-AGA
*
19630 AGTTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTT-GAA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTAG-A
* * * *
19659 AGTTTGAGGG-CAAAATGTGATATTTGGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTAGA
* * *
19687 AGTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTAGA
19716 AGTTTG-GGG-AAAAATGTAATTTTTGAGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTT-AGA
** *
19744 AGTTCAAGGGTAAGAATGTAATTTTTAGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTAGA
* * *
19773 AGTTCGAGGGTAAAAATGCGAA-TTTTGGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATG-TAATTTTTAGA
* * *
19802 AGTTTGGGGGCAAAAATGTGATTTTT-GCA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTAG-A
*
19831 AGTTTGAGGG-CAAAATGTAATTTTTGAGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTT-AGA
* *
19860 AATTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTT-GAA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTAG-A
** *
19889 AGTTCAAGGG-CAAAATGTAATTTTTGAGA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTT-AGA
* * *
19918 AGTTTAAGAGTAAAAATGTAATTTTTGAAA
1 AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTT-AGA
19948 AGTTT
1 AGTTT
19953 CGAGTCAAAA
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 63, Indels: 45
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
27 22 0.05
28 95 0.22
29 179 0.41
30 128 0.29
31 17 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.03, G:0.27, T:0.35
Consensus pattern (29 bp):
AGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTAGA
Found at i:19610 original size:115 final size:116
Alignment explanation
Indices: 19379--19980 Score: 652
Period size: 115 Copynumber: 5.2 Consensus size: 116
19369 AAACGGAGTT
* * * * *
19379 AAAAATG-AAGTTTTGA-AGAGTTT-GGGGTTAAAATGTGATTTTTAGAAAGTTTTAGGGCTTAA
1 AAAAATGTAATTTTTGAGA-AGTTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTTAG-AAGTTTGAGGG--AAA
19441 AATGTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGC
62 AATGTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGC
* *
19496 AAAAATGTAATTTTTAAGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTTAAGAAGTTTG-GGGGAAAAT
1 AAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTT-AGAAGTTTGAGGGAAAAAT
* * * *
19560 GTGATTTTTGGATGTTCGA-GGTAAAAATATGATTTTTAGAAGTTCAAGGGC
65 GTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGC
* * *
19611 AAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTT-GAAAGTTTGAGGGCAAAAT
1 AAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTTAG-AAGTTTGAGGGAAAAAT
* *
19675 GTGATATTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTG-GGG-
65 GTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGC
*** * *
19725 AAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTCAAGGGTAAGAATGTAATTTTTAGAAGTTCGAGGGTAAAAAT
1 AAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTTAGAAGTTTGAGGG-AAAAAT
* * * * * * *
19790 GCGAATTTTGGAAGTTTGGGGGCAAAAATGTGATTTTTGCAAGTTTGAGGGC
65 GTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGC
* ** *
19842 -AAAATGTAATTTTTGAGAAATTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTT-GAAAGTTCAAGGGCAAAAT
1 AAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTTAG-AAGTTTGAGGGAAAAAT
* ** * * * *
19905 GTAATTTTTGAGAAGTTTAAGAGTAAAAATGTAATTTTTGAAAAGTTTCGA-GTC
65 GTGATTTTTG-GAAGTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTG-GAAG-TTCGAGGGC
* *
19959 -AAAATGCAATTTTGGAGAAGTT
1 AAAAATGTAATTTTTGAGAAGTT
19981 CAGGATTAAA
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 52, Indels: 30
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
113 1 0.00
114 60 0.14
115 158 0.38
116 122 0.29
117 31 0.07
118 19 0.05
119 25 0.06
120 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.03, G:0.27, T:0.35
Consensus pattern (116 bp):
AAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTTAGAAGTTTGAGGGAAAAATG
TGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGC
Found at i:19972 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 19403--19981 Score: 577
Period size: 58 Copynumber: 10.0 Consensus size: 58
19393 GAAGAGTTTG
* * * *
19403 GGGTTAAAATGTGATTTTTAGAAAGTTTTAGGGCTTAAAATGTGATTTTTG-GAAGTTCGA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTT-GAAAGTTTGAGGGC--AAAATGTAATTTTTGAGAAGTTCGA
* * * * * *
19463 GGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGCAAAAATGTAATTTTTAAGAAGTTTGG
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTGAGGGC-AAAATGTAATTTTTGAGAAGTTCGA
* * * *
19522 GGGTAAAAATGTAATTTTTAAGAAGTTTG-GGGGAAAATGTGATTTTTG-GATGTTCGA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGA-AAGTTTGAGGGCAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTCGA
* * **
19579 -GGTAAAAATATGATTTTT-AGAAGTTCAAGGGCAAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTCGA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGA-AAGTTTGAGGGC-AAAATGTAATTTTTGAGAAGTTCGA
* *
19637 GGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTGAGGGCAAAATGTGATATTTG-GAAGTTCGA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTGAGGGCAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTCGA
* * * *
19694 GGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTG-GGGAAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTCAA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTGAGGGCAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTCGA
* * * * * *
19751 GGGTAAGAATGTAATTTTT-AGAAGTTCGAGGGTAAAAATGCGAA-TTTTG-GAAGTTTGG
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGA-AAGTTTGAGGG-CAAAATG-TAATTTTTGAGAAGTTCGA
* * * * * *
19809 GGGCAAAAATGTGATTTTTGCAAGTTTGAGGGCAAAATGTAATTTTTGAGAAATTTGG
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTGAGGGCAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTCGA
** **
19867 GGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTCAAGGGCAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTTAA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTGAGGGCAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTCGA
* * * *
19925 GAGTAAAAATGTAATTTTTGAAAAGTTTCGA-GTCAAAATGCAATTTTGGAGAAGTTC
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTG-AAAGTTT-GAGGGCAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTC
19982 AGGATTAAAA
Statistics
Matches: 433, Mismatches: 69, Indels: 35
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
55 7 0.02
56 37 0.09
57 97 0.22
58 159 0.37
59 105 0.24
60 28 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.27, T:0.35
Consensus pattern (58 bp):
GGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTGAGGGCAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTCGA
Found at i:22472 original size:306 final size:306
Alignment explanation
Indices: 21689--23003 Score: 1355
Period size: 306 Copynumber: 4.3 Consensus size: 306
21679 GAACAGGTTA
** * **
21689 TTTATATTTTTAATAAAAGATTTAATAATTTGAGATTAA-GTGAAGTGGTT-TGAATGCTATATT
1 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAA--GGTTCAAAAT-CTATATT
* * * * *
21752 TATCAGATAGTTGCAAGAATTGAATGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACACATATTAGTAGCA
63 TATCAGGTAGCTGCAAGAATCGAATGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACACATATTAGCAACA
* * * * *
21817 TATTAGTCTTAATTTTGTCGACAATGGTTTATATTATTAATAAAAGATGTAACAATTTGAGATTA
128 CATTAATCTTAATTTTGTCAACAATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTA
* * *
21882 AGGGGAAG-CTTAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATCGATCGAGTTAAACTATAAAT
193 AGGGGAAGTC-CAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATCGATCGAGTTAAGCTATAAGT
* * * * *
21946 TCTCAAAGA--CATATTAGTAGCACATTAATCATGATTTTGTTTGTGATTGG
257 TCTCAAAGACGCATATTAGCAACACATTAATCTTGATTTTG-TCGGGATT-G
* * * * * **
21996 CTTATATTTTTCATAAAAGAGGTAATCATTTGACACTAA-GGGAAGTGGTTCAAACGCTATATTT
1 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAA--GGTTCAAAATCTATATTT
* * * * **
22060 ATTAGGTAGCTGCAAGAATCGAATGAGTTAAACTATAAGTTTTTAAAGACGTATATTAGCAACAC
64 ATCAGGTAGCTGCAAGAATCGAATGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACACATATTAGCAACAC
* **** * * * *
22125 TTTAATCTTAATTTTGTTGGTAATGGTTTACATTTTTAATAAAAGTGGTAACAATTTAAGATCAA
129 ATTAATCTTAATTTTGTCAACAATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAA
* * * * * * *
22190 GGGGAAGTCCAACTACTATATTTATTAGCAAGTTACATGAATCAATCGAGTTAAGCTATAAGCTC
194 GGGGAAGTCCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATCGATCGAGTTAAGCTATAAGTTC
*
22255 TCAAATACGCATATTAGCAACACATTAATCTTGATTTTGTCGGGAATTG
259 TCAAAGACGCATATTAGCAACACATTAATCTTGATTTTGTCGGG-ATTG
* *
22304 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTTATAATTTGAGATTAAGGGGAA-GTCCAACAAT-TATATTTA
1 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGGTTCAA-AATCTATATTTA
* * * * * * * * *
22367 TTAGCTAGTTGCATGAATTG-ATCGAGTTAAGCTATAAATTCCCAAATACACGTATTAGCAACAC
65 TCAGGTAGCTGCAAGAATCGAAT-GAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACACATATTAGCAACAC
* * *
22431 ATTAATCTTAATTTTCTCAAAAATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAA
129 ATTAATCTTAATTTTGTCAACAATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAA
*
22496 GGGGAAGAT-CAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATTGATCGAGTTAAGCTATAAGTT
194 GGGGAAG-TCCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATCGATCGAGTTAAGCTATAAGTT
* * ** *
22560 CTCAAAGATGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCAACGATGG
258 CTCAAAGACGCATATTAGCAACACATTAATCTTGATTTTGTC-GGGATTG
* * * *
22610 TTTATTTTTTTAATAAAAGAAGTAAGAATTTGAGATT-AGGGGAAGTGGTTCAAATTCTATATTT
1 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAA--GGTTCAAAATCTATATTT
* * ****
22674 ATCAGGTAGCTGCAAGAATCGAGTGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGATTA-ATATTAATTGCA
64 ATCAGGTAGCTGCAAGAATCGAATGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGA-CACATATTAGCAACA
* * * *
22738 CATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAAGTAATAATTTGAGATTA
128 CATTAATCTTAATTTTGTCAACAATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTA
* * * * *
22803 A-GGGAAGTGGTTCAAATGCTATATTTATTAAGC-AGTTGCAAGAATCGATCGATTTAAGCTATA
193 AGGGGAA---GTCCAATTGCAATATTTATT-AGCTAGTTACAAGAATCGATCGAGTTAAGCTATA
* * * * * *
22866 AGTTTTCAAAGACGAATATTAACAACACATTAATCTTGATTTAGTTGGTGATAG
254 AGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAACACATTAATCTTGATTTTGTCGG-GATTG
* * * * *
22920 TTTATATTTTTAGTAAAAGAGGTAATCATTTGTGATTAAGGGTAGTGGTTC-AAATGCTATATTT
1 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGA-AGGTTCAAAAT-CTATATTT
* * * *
22984 ATTAGATAGTTACAAGAATC
64 ATCAGGTAGCTGCAAGAATC
23004 AATCGAATTT
Statistics
Matches: 831, Mismatches: 152, Indels: 47
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
305 9 0.01
306 244 0.29
307 226 0.27
308 157 0.19
309 41 0.05
310 146 0.18
311 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (306 bp):
TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGGTTCAAAATCTATATTTAT
CAGGTAGCTGCAAGAATCGAATGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACACATATTAGCAACACAT
TAATCTTAATTTTGTCAACAATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAAGG
GGAAGTCCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATCGATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTC
AAAGACGCATATTAGCAACACATTAATCTTGATTTTGTCGGGATTG
Found at i:22739 original size:155 final size:154
Alignment explanation
Indices: 21689--23009 Score: 1231
Period size: 153 Copynumber: 8.6 Consensus size: 154
21679 GAACAGGTTA
** * * **
21689 TTTATATTTTTAATAAAAGATTTAATAATTTGAGATTAAGTGAAGTGGTTTGAATGCTATATTTA
1 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAGGGGAAGTGGTTCAAATGCTATATTTA
* * * * * * *
21754 TCAGATAGTTGCAAGAATTGAAT-GAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACACATATTAGTAGCAT
66 TTAGCTAGTTGCAAGAATCG-ATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGAGA-ATATTAGCAACAC
* *
21818 ATTAGTCTTAATTTTGTC-GACAATGG
129 ATTAATCTTAATTTTGTCAG-CGATGG
* * * * * *
21844 TTTATATTATTAATAAAAGATGTAACAATTTGAGATTAAGGGGAA--GCTT-AATTGCAATATTT
1 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATT-AGGGGAAGTGGTTCAAATGCTATATTT
* * * * * *
21906 ATTAGCTAGTTACAAGAATCGATCGAGTTAAACTATAAATTCTCAAAGA-CATATTAGTAGCACA
65 ATTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGAGAATATTAGCAACACA
* * ** *
21970 TTAATCATGATTTTGTTTGTGATTGG
130 TTAATCTTAATTTTGTCAGCGA-TGG
* * * * * * *
21996 CTTATATTTTTCATAAAAGAGGTAATCATTTGACACTAAGGGAAGTGGTTCAAACGCTATATTTA
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* * * * * *
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66 TTAGCTAGTTGCAAGAATCG-ATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGA-GAATATTAGCAACAC
* ** **
22125 TTTAATCTTAATTTTGTTGGTAATGG
129 ATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGG
* * * * * * * *
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1 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGAT-TAGGGGAAGTGGTTCAAATGCTATATTT
* * * * * * *
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65 ATTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGA-GAATATTAGCAACAC
* * *
22278 ATTAATCTTGATTTTGTC-GGGAATTG
129 ATTAATCTTAATTTTGTCAGCG-ATGG
* ****
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1 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATT-AGGGGAAGTGGTTCAAATGCTATATTT
* * * * * * *
22366 ATTAGCTAGTTGCATGAATTGATCGAGTTAAGCTATAAATTCCCAAATACACGTATTAGCAACAC
65 ATTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGAGA-ATATTAGCAACAC
* ***
22431 ATTAATCTTAATTTTCTCAAAAATGG
129 ATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGG
* * *
22457 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAA---GATCAATTGCAATATTT
1 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATT-AGGGGAAGTGGTTCAAATGCTATATTT
* * * *
22519 ATTAGCTAGTTACAAGAATTGATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGATGCATATTAGCAGCAC
65 ATTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGA-GAATATTAGCAACAC
* *
22584 ATTAATCTTGATTTTGTCAACGATGG
129 ATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGG
* * * *
22610 TTTATTTTTTTAATAAAAGAAGTAAGAATTTGAGATTAGGGGAAGTGGTTCAAATTCTATATTTA
1 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAGGGGAAGTGGTTCAAATGCTATATTTA
* * * * ****
22675 TCAGGTAGCTGCAAGAATCGAGT-GAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGATTAATATTAATTGCAC
66 TTAGCTAGTTGCAAGAATCGA-TCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGA-GAATATTAGCAACAC
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129 ATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGG
* *
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1 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAGGGGAAGTGGTTCAAATGCTATATTTA
* * *
22830 TTAAGC-AGTTGCAAGAATCGATCGATTTAAGCTATAAGTTTTCAAAGACGAATATTAACAACAC
66 TT-AGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGA-GAATATTAGCAACAC
* * ** * *
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129 ATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGG
* * * * *
22920 TTTATATTTTTAGTAAAAGAGGTAATCATTTGTGATTAAGGGTAGTGGTTCAAATGCTATATTTA
1 TTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAGGGGAAGTGGTTCAAATGCTATATTTA
* * *
22985 TTAGATAGTTACAAGAATCAATCGA
66 TTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGA
23010 ATTTATTTAA
Statistics
Matches: 962, Mismatches: 174, Indels: 60
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
150 2 0.00
151 35 0.04
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153 413 0.43
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Consensus pattern (154 bp):
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TTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGAGAATATTAGCAACACAT
TAATCTTAATTTTGTCAGCGATGG
Found at i:34686 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 34643--34689 Score: 67
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
34633 TAAAGTTTTT
*
34643 TTTATTTGTTTCAATTAAACTCTA
1 TTTATTTGTTTCAATCAAACTCTA
* *
34667 TTTATTTGTTTTAGTCAAACTCT
1 TTTATTTGTTTCAATCAAACTCT
34690 TATTAGTTTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
24 20 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.13, G:0.06, T:0.55
Consensus pattern (24 bp):
TTTATTTGTTTCAATCAAACTCTA
Done.