Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01009848.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124575, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1764
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.23, T:0.29
Found at i:197 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 119--554 Score: 515
Period size: 59 Copynumber: 7.4 Consensus size: 59
109 GATGCACGGA
* * * *
119 GGGGCAAAATGGT-AGTTTTGGAAGGTTCGGAATCAAAAATAGGATTTTTGGAAGTTCG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
* * *
177 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGAGAA-GTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTACG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTG-GAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
* * * *
236 GGGGTAAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTC-GAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGCTCG
1 GGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGA-GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
* * * * *
296 GGTGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTC-AAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGA-GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
* * *
355 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
* * * * * * **
414 GGGATAAAATGGGATTTTTTGGAAAGTTTAGG-GTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGG-AAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
* *
473 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTC-GAGGTCAAATATGGGATTTTTGGAAGTTCG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGA-GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
532 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGA
555 GAGTTTAAGG
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 44, Indels: 17
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
57 1 0.00
58 15 0.05
59 254 0.78
60 55 0.17
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (59 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
Found at i:561 original size:118 final size:118
Alignment explanation
Indices: 118--559 Score: 570
Period size: 118 Copynumber: 3.7 Consensus size: 118
108 GGATGCACGG
* * * * * *
118 AGGGGCAAAATGGT-AGTTTTGGAAGGTTCG-GAATCAAAAATAGGATTTTTGGAAGTTCGAGGG
1 AGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAG-GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGG
* * *
181 TAAAATGGTAATTTTT-GAGAAGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTAC
65 TAAAATGGTAATTTTTGGAG-AGTTCAGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
* * * * *
235 GGGGGTAAAAATGGTAATTTTTAG-AAGATTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGCTCGGGT
1 AGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAAG-TTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGG
* *
299 GTAAAATGGTAATTTTTAGA-AGATTCAAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
64 GTAAAATGGTAATTTTTGGAGAG-TTCAGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
* * * *
354 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGAT
1 AGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* * * * *
419 AAAATGGGATTTTTTGGAAAGTTTAGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
66 AAAATGGTAATTTTTGGAGAGTTCAGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
*
472 AGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAATATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
1 AGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
537 AAAATGGTAATTTTTGGAGAGTT
66 AAAATGGTAATTTTTGGAGAGTT
560 TAAGGACCTC
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 36, Indels: 15
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
117 4 0.01
118 184 0.65
119 90 0.32
120 3 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (118 bp):
AGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
AAAATGGTAATTTTTGGAGAGTTCAGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
Done.