Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01009885.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124621, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2350
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.19, T:0.32
Found at i:1463 original size:622 final size:622
Alignment explanation
Indices: 1--2350 Score: 3981
Period size: 626 Copynumber: 3.8 Consensus size: 622
*
1 CAGGGATGAAAATGAGGCGGGTTTCGTAGAGTCCTGTTTCACTTCGCACCTAATTTGGTGGAGAT
1 CAGGGATGAAAATGAGGCGGGTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTCGCACCTAATTTGGTGGAGAT
*
66 AAATACAGGTTTCGTGGAT-AGTGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACTT
66 AAATACAGGTTTCGTGGATGA-TGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGT
* *
130 GAGTATGACTTTGTACACGCTTCATCCCCGCTTACCCCGTATAATGTAATCCATCGCGGGGTGGA
130 GAGTATGACTTTGTACACGCTTCATCCCTGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGA
* *
195 TATAGCAAGGATTATATGGATTTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTT
195 TATAGCAAGGATTAGATGGATCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTT
* * *
260 ACGGGTCGCAGGACAAGAATAATTTTGAATTTTGTACGCACAACTAATCACAAAGCAAAGATAAA
260 ACGGGTAGCAAGACAAGAATAATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCAAAGATAAA
* * *
325 AATAAAAACTCTTAGCTAAAATGAATATAAAAAAAAGTATCCTTGCATATTCATTCCGCCCAATT
325 AATAAAAACTCTTAGCAAAAATGGATATAAAAAAAAGTATCCTTGCATATCCATTCCGCCCAATT
*
390 TACATTCCTACCTGCAGCTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGACATGTT
390 TACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGACATG-T
455 TTAAGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGAATAATTTGTGATC
454 TTAAGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGAATAATTTGTGATC
*
520 ATATATATTGTATTTCAAAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCCTCTTCCCGAT----
519 ATATATATTCTATTTC-AAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCCTCTTCCCGATAGCG
*
581 -----AGCTTGATATTATGTATTTATATACATAACCTTAC
583 AAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTAC
** * *
616 CAGGGATGTCAATGAGGCGGGTTTCGAAGAGTCCCGTTTCACTTCGCACCTAATTGGGTGGAGAT
1 CAGGGATGAAAATGAGGCGGGTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTCGCACCTAATTTGGTGGAGAT
* *
681 AAATACAGGTTTCGTGGATAATGGAGATAAAAATGAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTG
66 AAATACAGGTTTCGTGGATGATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTG
746 AGTATGACTTTGTACACGCTTCAT-CCTCGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGA
131 AGTATGACTTTGTACACGCTTCATCCCT-GCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGA
810 TATAGCAAGGATTAGATGGATCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTT
195 TATAGCAAGGATTAGATGGATCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTT
* * *
875 ACGGGTCGTAAGACGAGAATAATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCAAAGATAAA
260 ACGGGTAGCAAGACAAGAATAATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCAAAGATAAA
*
940 AATAAAAACTCTTAGCAAAAATGGATATAAAAAAGAGTATCCTTGCATATCCATTCCGCCCAATT
325 AATAAAAACTCTTAGCAAAAATGGATATAAAAAAAAGTATCCTTGCATATCCATTCCGCCCAATT
1005 TACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGACATGTT
390 TACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGACATG-T
* *
1070 TTAAGTTATTTTTCTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGATTAATTTGTGATC
454 TTAAGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGAATAATTTGTGATC
* *
1135 ATTTATATTCTATTTC-AAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCATCTTCCCGATAGCGA
519 ATATATATTCTATTTCAAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCCTCTTCCCGATAGCGA
*
1199 AAAAAGCTTGATATTATGTATATATATAAATAACCTTAC
584 AAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTAC
** *
1238 CAGGGATGTCAATGAGGCGGGTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTTGCACCTAATTTGGTGGAGAT
1 CAGGGATGAAAATGAGGCGGGTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTCGCACCTAATTTGGTGGAGAT
1303 AAATACAGGTTTCGTGGATGATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTG
66 AAATACAGGTTTCGTGGATGATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTG
1368 AGTATGACTTTGTACACGCTTCATCCCTGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGAT
131 AGTATGACTTTGTACACGCTTCATCCCTGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGAT
* *
1433 ATAACAAGGATTAGATAGATCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTA
196 ATAGCAAGGATTAGATGGATCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTA
* *
1498 CGGGTAGC-AGAACAAGAATAATTTTGAATTTTGTACCTACAACTAATCACAAAGCGAAGATAAA
261 CGGGTAGCAAG-ACAAGAATAATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCAAAGATAAA
**
1562 AATAAAAACTCTTAGCAAAAATGGATATAAAAAAAAGTATTGTTGCATATCCATTCCGCCCAATT
325 AATAAAAACTCTTAGCAAAAATGGATATAAAAAAAAGTATCCTTGCATATCCATTCCGCCCAATT
1627 TACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGACATGTT
390 TACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGACATGTT
* *
1692 TATGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGAATGATTTGTGATCA
455 TAAGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGAATAATTTGTGATCA
* *
1757 TATATA-TCGTATTTCAACAACAAAAAAAAAGTCAGAAATCTAATTGCTGGCCCTCTTCCCGAGA
520 TATATATTC-TATTT---CAA-AAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCCTCTTCCCGATA
*
1821 GCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTAA
580 GCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTAC
**
1864 CAGGGATGAAAATGAGGCGGGTTTCGTAGAGTCATGTTTCACTTCGCACCTAATTTGGTGGAGAT
1 CAGGGATGAAAATGAGGCGGGTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTCGCACCTAATTTGGTGGAGAT
*
1929 AAATACAGGTTTCGTGGATGGTGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTG
66 AAATACAGGTTTCGTGGATGATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTG
*
1994 AGTATGACTTTGTACACGCTTCATCCCTGCTTACCCTGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGAT
131 AGTATGACTTTGTACACGCTTCATCCCTGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGAT
*
2059 ATAGCAAGGATTAGATGGATCTGAGGACACACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTA
196 ATAGCAAGGATTAGATGGATCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTA
* ** * *
2124 CGGGTAGCAGGATGAGAATAATTTTGAATTTTGTACCTACAACTAATCACAAAGCGAAGATAAAA
261 CGGGTAGCAAGACAAGAATAATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCAAAGATAAAA
* *
2189 ATAAAAACTCTTAGAAAAAATGGATATAAAAAAAAGTATCCTTGCATATCCATTCTGCCCAATTT
326 ATAAAAACTCTTAGCAAAAATGGATATAAAAAAAAGTATCCTTGCATATCCATTCCGCCCAATTT
*
2254 ACATTCCTACCTACAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGACATGTTT
391 ACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGACATGTTT
*
2319 ATGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCAT
456 AAGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCAT
Statistics
Matches: 1645, Mismatches: 70, Indels: 29
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
613 42 0.03
614 2 0.00
615 506 0.31
616 1 0.00
620 2 0.00
621 75 0.05
622 463 0.28
623 3 0.00
624 1 0.00
625 1 0.00
626 548 0.33
627 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (622 bp):
CAGGGATGAAAATGAGGCGGGTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTCGCACCTAATTTGGTGGAGAT
AAATACAGGTTTCGTGGATGATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTG
AGTATGACTTTGTACACGCTTCATCCCTGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGAT
ATAGCAAGGATTAGATGGATCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTA
CGGGTAGCAAGACAAGAATAATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCAAAGATAAAA
ATAAAAACTCTTAGCAAAAATGGATATAAAAAAAAGTATCCTTGCATATCCATTCCGCCCAATTT
ACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGACATGTTT
AAGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGAATAATTTGTGATCAT
ATATATTCTATTTCAAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCCTCTTCCCGATAGCGAAA
AAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTAC
Done.