genome.fa.s9890.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01009890.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124626, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  220235

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 129 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21--161	23	6.4	23	77	14	154	45	21	22	10	1.82
224--271	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53
1965--2184	30	7.3	30	82	4	255	32	4	28	35	1.76
1965--2184	59	3.7	59	82	3	244	32	4	28	35	1.76
4261--4480	30	7.3	30	82	4	255	32	4	28	35	1.76
4261--4480	59	3.7	59	82	3	244	32	4	28	35	1.76
5494--5713	30	7.3	30	82	4	255	32	4	28	35	1.76
5494--5713	59	3.7	59	82	3	244	32	4	28	35	1.76
12386--12573	96	2.0	95	84	1	250	26	10	23	39	1.87
18829--18862	16	2.1	17	88	5	52	32	0	0	67	0.91
23067--23112	9	5.3	9	76	10	51	67	0	2	30	1.03
24734--24962	83	2.8	82	80	3	235	29	16	22	31	1.95
25302--25513	56	3.7	56	81	6	228	37	7	9	45	1.64
25319--25529	115	1.8	115	79	6	248	37	8	8	45	1.64
26149--26263	51	2.3	51	80	10	130	53	8	0	38	1.32
27648--27696	24	2.0	24	100	0	98	48	22	12	16	1.79
31237--31298	20	3.3	20	70	21	62	51	11	12	24	1.72
31260--31356	43	2.3	43	94	0	167	45	13	12	28	1.80
32700--32762	28	2.2	28	88	2	90	49	15	0	34	1.45
32840--32896	25	2.5	23	83	11	64	71	7	0	21	1.08
33400--33425	12	2.2	12	100	0	52	15	7	19	57	1.62
37196--37241	17	2.7	18	83	16	62	58	0	2	39	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44789--44828	19	2.1	19	100	0	80	25	12	15	47	1.80
47336--47366	14	2.2	14	100	0	62	45	0	0	54	0.99
48957--49010	16	3.4	16	84	0	72	44	3	20	31	1.69
54060--54099	21	2.0	20	85	5	53	42	5	20	32	1.73
54200--54230	16	1.9	16	93	0	53	48	16	6	29	1.70
55388--55589	25	8.0	25	81	2	172	22	16	24	36	1.94
55388--55589	75	2.7	75	77	1	197	22	16	24	36	1.94
55518--55606	26	3.5	26	86	4	128	23	19	23	33	1.97
55501--55606	52	2.1	51	85	5	142	23	17	25	33	1.97
56030--56423	43	9.2	42	81	3	428	30	28	17	23	1.97
56031--56423	129	3.1	128	83	1	500	30	28	16	23	1.97
56708--56748	21	2.0	21	85	0	55	2	43	19	34	1.64
60886--60936	25	2.0	25	88	0	75	27	17	19	35	1.94
60984--61115	42	3.2	40	79	3	138	25	24	21	28	1.99
60965--61156	83	2.3	82	75	6	199	26	23	25	24	2.00
63303--63677	41	9.1	41	81	2	380	22	21	24	30	1.99
64636--64684	21	2.3	21	96	0	89	34	24	20	20	1.96
64678--64707	9	3.3	9	90	0	51	43	20	10	26	1.83
65372--65420	25	2.0	25	84	8	64	26	10	8	55	1.61
66726--66782	21	2.7	21	86	0	78	14	36	5	43	1.67
67740--67794	23	2.4	24	84	6	69	43	21	3	30	1.70
68130--68167	18	2.1	18	90	0	58	21	5	50	23	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68223--68268	24	1.9	24	86	0	65	39	10	39	10	1.76
68370--68531	21	7.3	21	69	29	83	56	18	1	23	1.52
68364--68545	44	4.1	44	73	22	168	55	18	1	24	1.51
68391--68545	12	12.7	13	69	25	81	55	18	1	24	1.50
68393--68547	37	4.4	33	76	14	125	55	18	1	24	1.50
68338--68547	37	5.9	36	73	24	121	56	19	1	22	1.49
68655--68718	30	2.1	30	91	0	101	64	1	7	26	1.30
69164--69202	19	2.1	19	85	0	51	23	7	2	66	1.30
73522--73557	7	5.4	7	93	6	58	27	0	0	72	0.85
74868--74936	31	2.3	31	87	12	99	21	13	18	46	1.83
83204--83228	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
86283--86308	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
89838--89883	24	1.9	24	81	0	56	67	2	26	4	1.21
92663--92749	28	3.2	28	80	6	81	36	0	9	54	1.33
92698--92749	26	2.0	26	84	0	68	32	0	7	59	1.26
92907--92952	17	2.8	17	86	3	67	28	0	21	50	1.49
94014--94109	43	2.2	43	86	0	138	44	10	12	32	1.76
95435--95483	24	2.0	26	84	8	66	40	2	0	57	1.10
95432--95483	26	2.0	26	85	11	70	40	1	0	57	1.10
95826--95865	21	1.9	21	89	0	62	60	10	0	30	1.30
95913--95953	12	3.4	12	86	0	64	70	4	0	24	1.06
95914--95969	24	2.2	26	90	6	89	73	7	0	19	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98249--98293	14	2.9	16	80	16	58	46	0	0	53	1.00
99726--99756	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
108887--109075	59	3.2	58	76	11	188	40	4	23	31	1.74
108975--109051	28	2.6	29	75	6	75	40	0	23	36	1.55
109897--109949	26	2.0	27	85	10	74	16	16	3	62	1.47
110253--110332	3	26.0	3	88	9	117	30	1	1	67	1.06
111005--111074	6	12.2	6	78	14	76	52	1	0	45	1.09
111005--111074	23	3.0	23	85	8	81	52	1	0	45	1.09
111024--111074	11	4.4	12	82	9	61	54	1	0	43	1.11
111025--111075	17	3.0	17	94	0	84	56	1	0	41	1.10
111228--111343	59	2.0	57	91	3	187	18	19	23	37	1.94
111602--112093	49	10.0	48	73	9	244	15	25	20	38	1.92
111559--111993	98	4.5	97	74	11	336	16	25	20	37	1.93
111591--112097	147	3.4	146	82	4	592	15	25	20	38	1.91
111682--112106	98	4.3	97	70	12	269	15	24	20	39	1.91
122544--122570	14	1.9	14	100	0	54	44	22	18	14	1.86
123489--123670	29	6.2	30	71	12	128	40	1	22	35	1.64
123485--123670	58	3.2	56	82	6	219	39	1	22	36	1.64
124447--124500	26	2.1	26	86	6	74	18	14	3	62	1.46
124812--124883	3	23.0	3	79	13	74	30	1	2	65	1.15
125559--125664	17	6.2	17	78	9	90	52	2	0	44	1.15
125573--125636	6	11.0	6	80	6	78	50	1	0	48	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125569--125636	23	2.9	24	80	6	86	50	1	0	48	1.10
132844--132925	23	3.6	23	76	3	85	8	25	21	43	1.81
135171--135214	21	2.1	21	82	0	52	50	2	6	40	1.42
137232--137679	29	15.5	28	73	13	277	36	3	26	33	1.75
137321--137538	57	3.8	55	78	11	188	39	5	25	29	1.78
137493--137680	57	3.2	57	87	5	252	34	1	27	36	1.67
137232--137655	86	4.9	85	75	11	281	37	4	26	32	1.75
138869--138913	3	14.7	3	86	4	63	37	2	0	60	1.09
138848--138915	12	5.7	12	82	10	86	38	2	0	58	1.13
139646--139709	17	3.8	17	82	0	74	48	3	1	46	1.27
160572--160597	9	2.9	9	100	0	52	0	30	23	46	1.53
163272--163384	56	2.0	56	100	0	226	38	21	7	32	1.80
164665--164702	17	2.1	18	85	9	51	26	0	5	68	1.11
165425--165473	19	2.5	19	81	15	55	36	0	2	61	1.08
168228--168299	21	3.4	21	86	3	92	36	23	9	30	1.87
173685--173713	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
173675--173722	25	2.0	24	84	12	62	68	0	0	31	0.90
175283--175316	10	3.5	10	88	8	52	88	0	11	0	0.52
176075--176132	24	2.4	24	88	0	89	41	17	22	18	1.90
176622--176668	22	2.2	22	92	3	78	74	2	8	14	1.15
176622--176682	22	2.8	22	82	7	72	70	1	13	14	1.24
177482--177524	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178081--178113	12	2.8	12	86	4	50	15	6	0	78	0.93
179049--179106	19	3.2	16	83	13	62	77	0	3	18	0.91
184667--184724	21	2.7	22	84	7	75	77	1	10	10	1.06
185532--185574	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
190424--190598	67	2.7	66	87	7	263	44	0	4	52	1.20
193028--193093	31	2.1	31	91	0	105	28	21	9	40	1.83
196285--196507	111	2.0	111	91	0	356	46	17	18	17	1.85
197011--197084	38	1.9	39	86	5	107	45	12	28	13	1.79
197985--198113	50	2.6	50	81	2	152	36	17	24	21	1.95
197985--198161	50	3.6	50	75	8	139	36	16	23	22	1.94

Tables:   1   2