Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01009950.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124695, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12099
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.18, T:0.34
Found at i:8686 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 8375--8674 Score: 432
Period size: 59 Copynumber: 5.1 Consensus size: 59
8365 GAATGCACGG
* * * *
8375 GGGTAAAATGGT-AGTTTTGGAAGGTTCG-GAATAAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAG-GT-CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA
*
8434 GGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGGTTCGAGGTCATAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTAG-AAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA
* * *
8493 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGGAGTTCGA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA
* * *
8552 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC-AGGTCAAAAATGAGATTTTTGGGAGTTCGG
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA
8610 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTCAAAAAT-GGATTTTTGGAAGTTCG-
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA
8667 GGGTAAAA
1 GGGTAAAA
8675 AATGGGATTT
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 14, Indels: 12
0.90 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
57 8 0.04
58 70 0.32
59 128 0.58
60 15 0.07
61 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.32, T:0.32
Consensus pattern (59 bp):
GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA
Found at i:8735 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 8410--8774 Score: 176
Period size: 59 Copynumber: 6.3 Consensus size: 58
8400 TCGGAATAAA
* * * *
8410 AAAATGG-GATTTTTGGAAGTTCGAGGGT--AAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGTCAT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGA-GGTAAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTC-AGG-GAT
* * * * *
8470 -AAATGG-GATTTTTGGAAGTTCGAGGGT--AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTT-TGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGA-GGTAAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCAGGGAT
* * * * *
8526 CAAAAATGG-GATTTTTGGGAGTTCGAGGGT--AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCAGGTCA-
1 --AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGA-GGTAAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCAGG-GAT
* * * * *
8586 AAAAT-G-AGATTTTTGGGAGTTCGGGGGT--AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTCA-
1 AAAATGGTA-ATTTTTGGAAGTTC-GAGGTAAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTC-AGG-GAT
* *
8645 AAAATGG--ATTTTTGGAAGTTCGGGGTAAAAAATGGGATTTTTGTAAGTTCAAGGG-T
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-AGGGAT
* * *
8701 AAAATGGTAATTTTTGGAGAGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAATTTCGGGGAT
1 AAAATGGTAATTTTTGGA-AGTTCGAGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGGAT
8760 AAAATGGTAATTTTT
1 AAAATGGTAATTTTT
8775 TGAAAGTTTA
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 22, Indels: 33
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
56 8 0.03
57 15 0.06
58 79 0.30
59 162 0.61
60 3 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.30, T:0.34
Consensus pattern (58 bp):
AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGGAT
Found at i:8764 original size:87 final size:88
Alignment explanation
Indices: 8410--8766 Score: 378
Period size: 87 Copynumber: 4.1 Consensus size: 88
8400 TCGGAATAAA
* *
8410 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGGTTCGAGGTCATAAAT
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAGGTTCGAGGTCAAAAAT
8474 GGGATTTTTGGAAGTTCGAGGG-T
66 GGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGAT
* * * *
8497 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTG-GGGTCAAAAATGG-GATTTTTGG-GA-GTTCGAGGGT--
1 AAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAGAGGTTCGA-GGTCA
* * **
8556 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCAGGTCA-
61 AAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTC-GGGGAT
* * * *
8586 AAAATGAGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGA-AGGTTCGAGGTCAAAAAT
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAGGTTCGAGGTCAAAAAT
*
8650 -GGATTTTTGGAAGTTCGGGGTAA
66 GGGATTTTTGGAAGTTCGGGG-AT
* *
8673 AAAATGGGATTTTTGTAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGA-GTTCGAGGTCAAAAAT
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAGGTTCGAGGTCAAAAAT
*
8737 GGGATTTTTGGAATTTCGGGGAT
66 GGGATTTTTGGAAGTTCGGGGAT
8760 AAAATGG
1 AAAATGG
8767 TAATTTTTTG
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 29, Indels: 40
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
85 2 0.01
86 12 0.05
87 101 0.46
88 67 0.30
89 30 0.14
90 9 0.04
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (88 bp):
AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAGGTTCGAGGTCAAAAAT
GGGATTTTTGGAAGTTCGGGGAT
Found at i:10093 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 10072--10109 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
10062 GTATTATTAA
*
10072 TAATATTAA-AACAGTTAT
1 TAATATTAATAAAAGTTAT
10090 TAATATTAATAAAAGTTAT
1 TAATATTAATAAAAGTTAT
10109 T
1 T
10110 GAAACGTTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.50
19 9 0.50
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (19 bp):
TAATATTAATAAAAGTTAT
Found at i:10748 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 10713--10830 Score: 88
Period size: 6 Copynumber: 20.0 Consensus size: 6
10703 ATTTATTTAT
* *
10713 TTTAAA CTTTAAA TTTGAAA -ATAAA TTTAAA CTTAAA -TTAAA TTTAAA
1 TTTAAA -TTTAAA TTT-AAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
* * *
10761 TTTTAAA -ATAAA TTTAAA TTTAAA -ATAAA TTTAAAA TTTTAAA --CAAA
1 -TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTT-AAA -TTTAAA TTTAAA
*
10808 TTTAAA TTTAAA -ATAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
10831 AGGGAATATG
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 11, Indels: 23
0.72 0.09 0.19
Matches are distributed among these distances:
4 3 0.03
5 20 0.22
6 42 0.47
7 21 0.24
8 3 0.03
ACGTcount: A:0.55, C:0.03, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:10756 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10715--10830 Score: 160
Period size: 17 Copynumber: 6.6 Consensus size: 17
10705 TTATTTATTT
10715 TAAACTTTAAATTTGAAAA
1 TAAA-TTTAAATTT-AAAA
* *
10734 TAAATTTAAACTTAAAT
1 TAAATTTAAATTTAAAA
10751 TAAATTTAAATTTTAAAA
1 TAAATTTAAA-TTTAAAA
10769 TAAATTTAAATTTAAAA
1 TAAATTTAAATTTAAAA
*
10786 TAAATTTAAAATTTTAAA
1 TAAATTT-AAATTTAAAA
*
10804 CAAATTTAAATTTAAAA
1 TAAATTTAAATTTAAAA
10821 TAAATTTAAA
1 TAAATTTAAA
10831 AGGGAATATG
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 8, Indels: 6
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 45 0.52
18 38 0.44
19 4 0.05
ACGTcount: A:0.56, C:0.03, G:0.01, T:0.41
Consensus pattern (17 bp):
TAAATTTAAATTTAAAA
Found at i:10759 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 10715--10830 Score: 160
Period size: 35 Copynumber: 3.3 Consensus size: 34
10705 TTATTTATTT
* *
10715 TAAACTTTAAATTTGAAAATAAATTTAAACTTAAAT
1 TAAA-TTTAAATTT-AAAATAAATTTAAATTTAAAA
10751 TAAATTTAAATTTTAAAATAAATTTAAATTTAAAA
1 TAAATTTAAA-TTTAAAATAAATTTAAATTTAAAA
* *
10786 TAAATTTAAAATTTTAAACAAATTTAAATTTAAAA
1 TAAATTT-AAATTTAAAATAAATTTAAATTTAAAA
10821 TAAATTTAAA
1 TAAATTTAAA
10831 AGGGAATATG
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 4, Indels: 6
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
34 3 0.04
35 61 0.82
36 10 0.14
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Consensus pattern (34 bp):
TAAATTTAAATTTAAAATAAATTTAAATTTAAAA
Done.