Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01009965.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124713, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* * ** * *
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* * * * * *
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65 TTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTG-TCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATA
* * ** * ** * *
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129 GATTCGGTTCCTTAAAGT-ATTCAAGGCGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATG
*
194 CGAGGGAAATCTAATCATTTAGT
193 CGAGGGAAATCTAATCATTTGGT
* * * *
217 CTAAATAGATTTCAATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTATGTGAGAA
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** * *
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65 TTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAG
* * * * * *
347 CTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCCAATCTTTCGAGCAATTTTTCGAACATTAGATGCT
130 ATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGGCGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC-
* * * *
412 CA-GGAAGTCGT-ATAATTTGAT
194 GAGGGAAATC-TAATCATTTGGT
*
433 CTAAA-AGGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAG
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* * * *
496 AATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTGT-
63 AATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTT-TA
* * * * * ** * *
560 TAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTACTTGTAATTTTTCGATCATTCCAT
127 TAGATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGGCGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACAT
* *
625 GCGAGGGAAATCTCATCATTTAGT
192 GCGAGGGAAATCTAATCATTTGGT
** * * *
649 CTAAATAG---------T-TAAACTTGTTTTGATCTTTCAATTATAATCTTATTTACGTGAGAAT
1 CTAAATAGTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAT
** * * *
704 TACTTCTTTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTAC-AGTTCTTTTTTA-A
66 TGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGA
* * * *
767 ATCTAGTTCCTTAAAGTGTTC-AGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC
131 TTC-GGTTCCTTAAAGTATTCAAGG-CGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC
* * *
831 AAGGGAAA-CCACATTATTTGGT
194 GAGGGAAATCTA-ATCATTTGGT
* * *
853 CTAAATAGTTTTTATTTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAA
1 CTAAATAGTTTTCATTTT-GTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAA
* * * ** *
917 CTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGACCTTTTGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAG
65 TTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAG
* * * * *
982 CTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTAGATGCT
130 ATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGGCGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC-
* * *
1047 CA-GGAAGTCGT-ATAATTTGGT
194 GAGGGAAATC-TAATCATTTGGT
* * *
1068 CTAAA-AGGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAATTTATTTAGGTGAG
1 CTAAATA-G-TTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATC-TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAG
* * * *
1131 AATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTGTTT-
63 AATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCT-TTTA
* * * * *
1195 TAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTC-AGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCA
127 TAGATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGG-CGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACA
1259 TGCGAGGGAAATC-ACATCATTTGGT
191 TGCGAGGGAAATCTA-ATCATTTGGT
* *
1284 CTAAATAGTTATTC-TTTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGA
1 CTAAATAGTT-TTCATTTT-GTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGA
* * * *
1347 ATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCTAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATA
64 ATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATA
* * * * * *
1412 GCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCCAATCTTTCGAGCAATTTTTCGAACATTAGATGC
129 GATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGGCGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC
* * * *
1477 TCA-GGAAGTCGT-ATAATTTGAT
194 -GAGGGAAATC-TAATCATTTGGT
*
1499 CTAAA-AGGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAG
1 CTAAATA-G-TTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATC-TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAG
* * * * * *
1562 AATTGTTTCTCTCTTGTTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTT
63 AATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTAT
* * * * * ** * *
1627 AAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTACTTGTAATTTTTCGAATATTCCATG
128 AGATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGGCGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATG
* *
1692 CGAGGGAAATCTCATCATTTAGT
193 CGAGGGAAATCTAATCATTTGGT
* * *
1715 CTAAATAG---------T-TAAACATGTTTTGATCTTTCAATTATAATA-TTATTTACGTGAGAA
1 CTAAATAGTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTA-AAAACTTATTTACGTGAGAA
** * *
1769 TTACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTAC-AGTTCTTTTTTAA
65 TTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAG
* * * *
1833 ATCCAGTTCCTTAAAGTGTTC-AGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC
130 ATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGG-CGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC
*
1897 AAGGGAAATC-ACATCATTTGGT
194 GAGGGAAATCTA-ATCATTTGGT
* * *
1919 CTAAATAGTTTTTATTTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAA
1 CTAAATAGTTTTCATTTT-GTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAA
* * *
1983 TTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAG
65 TTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAG
* * * * * * * *
2048 CTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCCAATCTTTCGGGCAATTTTTCAAACATTAGATGCT
130 ATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGGCGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC-
* * * *
2113 CA-GGAAGTCGT-ATAATTTGAT
194 GAGGGAAATC-TAATCATTTGGT
** *
2134 CTAAA-AGGTTTTTCATTTTGTAAACAAG-TTTGGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAT
1 CTAAATA-G-TTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATC-TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAG
* * * * *
2197 AATTGTTTCTCTCTTGGTTCATGGACAAACTTCCGAAATTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTT-T
63 AATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTAT
* * * * *
2261 AGAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTC-AGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCA
128 AG-ATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGG-CGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACA
2325 TGCGAGGGAAATC-ACATCATTTGGT
191 TGCGAGGGAAATCTA-ATCATTTGGT
* *
2350 CTAAATAGTTATTC-TTTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGA
1 CTAAATAGTT-TTCATTTT-GTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGA
* * * * *
2414 ATTGTTGCTCTCTTGGTTCTTAGACAAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATA
64 ATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATA
* * * * * *
2479 GCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCTAATCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTAGATGC
129 GATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGGCGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC
* * ** *
2544 TCA-GGAAGTCGCATAATTTGGT
194 -GAGGGAAATCTAATCATTTGGT
* *
2566 CTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGA
1 CTAAATAGTTT-TCATTTTGTAAACAAGTTTTGATC-TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGA
* * * * * *
2630 ATTATTTCTCTCTTGGTTGTTGGACAAACTTCCGAATTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTT-TA
64 ATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATA
* * * * * * ** *
2694 AAATCTAGTTCCATAAAGTGTTC-AGGACGATCTATTCCTTAAAGTAATTTTTCGAACATTCCAT
129 GATTC-GGTTCCTTAAAGTATTCAAGG-CGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACAT
**
2758 GCGAGGGAAATCGCATCATTTGGT
192 GCGAGGGAAATCTAATCATTTGGT
*
2782 CTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAA
1 CTAAATAG-TTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAA
* * * * * *
2847 TTGTGTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTAGAAATTTTACGAGTTCTTTTATAG
65 TTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAG
* * * **
2912 CTTCGGTTCCTTAAAGTATT-AAGGACTATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTACATG-
130 ATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGG-CGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC
* *
2975 GTCGGGAAGTC-ACATCATTTGGT
194 G-AGGGAAATCTA-ATCATTTGGT
* * ** * *
2998 CTAAAAAGCTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGAA
1 CTAAATAG-TTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAA
* * *
3063 TTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATA
65 TTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATA
Statistics
Matches: 2408, Mismatches: 392, Indels: 220
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
203 9 0.00
204 171 0.07
205 161 0.07
206 7 0.00
213 2 0.00
214 123 0.05
215 478 0.20
216 1418 0.59
217 39 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (215 bp):
CTAAATAGTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAT
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GGGAAATCTAATCATTTGGT
Found at i:1833 original size:635 final size:640
Alignment explanation
Indices: 1--3123 Score: 3237
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* * * ** * *
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1 CTAAATAGTTT-TC-TTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAA
* * * * * * *
66 TTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACAAACTTCCAAACTTGATAAACTTTTATGAGTTCTTTTTTAA
64 TTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTTAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAA
* ** * ** * *
131 ATTCGGATCCTTAAAGTGAT-CAAGAAGATCCATTCCTACTTGTAATTTTTTGAACATTCCATGC
129 ATTCGGTTCCTTAAAGT-ATGCAAGGCGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC
* * * *
195 GAGGGAAATC-TAATCATTT-AGTCTAAATAG-ATTTCAATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTG
193 CAGGGAAATCGT-ATAATTTGA-TCTAAATAGTTTTTC-ATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTG
* * ** * *
257 AATTATAAACTTATTTATGTGAGAATTACTTCTCTCTTGGTTCATGGACGAACTTCCGAACTTGT
255 AATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGT
** * *
322 TGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCCAATCTTTCG
320 CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCG
* * * *
387 AGCAATTTTTCGAACATTAGATGCTCAGGAAGTCGTATAATTTGATCTAAAAGGTTTTTCATTTT
385 AGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCAGGAAATCGTATAATTTGGTCTAAAA-----TTCA-TGT
*
452 GTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGT
444 GTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
*
517 TGGACGAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTGTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGT
509 TGGACGAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGT
* * * ** * * * *
582 TCAAGACGATCCATTCCTACTTGTAATTTTTCGATCATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTA
574 TCAGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCACATCATTTG
647 GT
639 GT
* * * * *
649 CTAAATAG--------T-TAAACTTGTTTTGATCTTTCAATTATAATCTTATTTACGTGAGAATT
1 CTAAATAGTTTTCTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATT
* * * *
705 ACTT-CTTTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTAC-AGTTCTTTTTTAAA
66 -GTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTTAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAA
* * * *
768 -TCTAGTTCCTTAAAGTGTTC-AGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC
130 TTC-GGTTCCTTAAAGTATGCAAGG-CGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC
* * ** * * *
831 AAGGGAAACCACATTATTTGGTCTAAATAGTTTTT-ATTTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAA
193 CAGGGAAATCGTATAATTTGATCTAAATAGTTTTTCATTTT-GTAAACAAGTTTTGATCTTTGAA
* * * * *** **
895 TTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAACTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGACCTTTTGAACTTGTTG
257 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCA
*
959 AACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCCAATCCTTCGAG
322 AACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAG
* * *
1024 CAATTTTTCGAACATTAGATGCTCAGGAAGTCGTATAATTTGGTCTAAAAGGTTTTTCATTTTGT
387 CAATTTTTCGAACATTACATGCTCAGGAAATCGTATAATTTGGTCTAAAA-----TTCA-TGTGT
* * *
1089 AAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAATTTATTTAGGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTG
446 AAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTG
*
1154 GACGAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTGTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTC
511 GACGAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTC
*
1219 AGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCATTTGGT
576 AGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCACATCATTTGGT
1284 CTAAATAGTTATTCTTTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAA
1 CTAAATAGTT-TTCTTTT-GTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAA
* * * *
1348 TTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCTAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAG
64 TTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTTAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAA
* * * * *
1413 CTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCCAATCTTTCGAGCAATTTTTCGAACATTAGATGCT
129 ATTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC-
* *
1478 CA-GGAAGTCGTATAATTTGATCTAAA-AGGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGA
193 CAGGGAAATCGTATAATTTGATCTAAATA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATC-TTTGA
* * *
1540 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGTTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGAC
256 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTC
* ** * * * * * **
1605 AAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTACTT
321 AAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGA
* * * * * *
1670 GTAATTTTTCGAATATTCCATGC-GAGGGAAATC-TCATCATTTAGTCT-AAA-T-A-GT-TAAA
386 GCAATTTTTCGAACATTACATGCTCA-GGAAATCGT-ATAATTTGGTCTAAAATTCATGTGTAAA
* * * * **
1728 CATGTTTTGATC-TTTCAATTATAATA-TTATTTACGTGAGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGG
449 CAAGTTTTG-GCGTTTGAATTA-AAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGG
* * * * * *
1791 ACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTAC-AGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCA
512 ACGAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCA
*
1855 GGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCAAGGGAAATCACATCATTTGGT
577 GGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCACATCATTTGGT
*
1919 CTAAATAGTTTTTATTTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAA
1 CTAAATAG-TTTTCTTTT-GTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAA
* * *
1983 TTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAG
64 TTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTTAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAA
* * * * * * *
2048 CTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCCAATCTTTCGGGCAATTTTTCAAACATTAGATGCT
129 ATTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC-
* **
2113 CA-GGAAGTCGTATAATTTGATCTAAA-AGGTTTTTCATTTTGTAAACAAG-TTTGGGCGTTTGA
193 CAGGGAAATCGTATAATTTGATCTAAATA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATC-TTTGA
* * *
2175 ATTAAAAACTTATTTACGTGATAATTGTTTCTCTCTTGGTTCATGGACAAACTTCCGAAA-TTGT
256 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCC-AAACTTGT
* * * * * * * * *
2239 CAAACTTTTACTAGTTCTTTT-TAGAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTC
320 CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAG-CTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTC
* * * ** * * *
2303 GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGC-GAGGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTATTCTTT
384 GAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCA-GGAAATCGTATAATTTGGTCT-AA-A---ATTCATG
* * * *
2367 TCGTAAACATGTTTTGATC-TTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTGCTCTCTTGGT
443 T-GTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGT
* * * * *** * ** *
2431 TCTTAGACAAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAG
506 TCTTGGACGAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAG
* * * * * * * * *
2496 TATGCAAGG-CGATCTAATCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTAGATGCTCA-GGAAGTCGCATA
571 TGTTC-AGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC-GAGGGAAATCACATC
2559 ATTTGGT
634 ATTTGGT
* * * *
2566 CTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGA
1 CTAAATAGTTT-TC-TTTTGTAAACATGTTTTGATC-TTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGA
* * * * * * *
2630 ATTATTTCTCTCTTGGTTGTTGGACAAACTTCCGAATTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTT-TA
63 ATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTTAAACTTTTACGAGTTCTTTTATA
* * * * * * ** *
2694 AAATCTAGTTCCATAAAGTGTTC-AGGACGATCTATTCCTTAAAGTAATTTTTCGAACATTCCAT
128 AATTC-GGTTCCTTAAAGTATGCAAGG-CGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACAT
* * * * *
2758 GCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGA
191 GCCAGGGAAATCGTATAATTTGATCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGA
* * *
2823 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGT-
256 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTC
* * *
2887 AGAAATTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTAT-TAAGGACTATCCAATCCTTC
321 A-AACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAA-GACGATCCAATCCTTC
* * * * ** * *
2951 GAACAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCACATCATTTGGTCTAAAAAGCTTGTCATTT
384 GAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCAGGAAATCGTATAATTTGGTCT-AAAA---T-TCA-TG
** *
3016 TGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTC
443 TGTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTC
* ***
3081 TTGGACGAACTTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTT
508 TTGGACGAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTT
3124 ATA
Statistics
Matches: 2142, Mismatches: 261, Indels: 144
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
634 6 0.00
635 860 0.40
636 198 0.09
637 84 0.04
638 4 0.00
639 1 0.00
640 1 0.00
641 1 0.00
642 1 0.00
644 5 0.00
645 57 0.03
646 233 0.11
647 273 0.13
648 406 0.19
649 12 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (640 bp):
CTAAATAGTTTTCTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATT
GTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTTAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAAT
TCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCCAG
GGAAATCGTATAATTTGATCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAA
AAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACT
TTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAAT
TTTTCGAACATTACATGCTCAGGAAATCGTATAATTTGGTCTAAAATTCATGTGTAAACAAGTTT
TGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
CAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCT
ATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCACATCATTTGGT
Done.