genome.fa.s9967.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01009967.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124716, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  294732

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 106 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
464--590	23	5.4	23	78	9	105	12	22	19	44	1.84
498--637	69	2.0	66	82	13	167	13	21	19	45	1.84
6519--6574	25	2.2	25	83	0	76	25	28	7	39	1.82
6536--6587	25	2.1	25	82	7	61	28	25	5	40	1.78
6779--6840	28	2.2	28	85	0	79	20	17	22	38	1.93
6865--6977	58	1.9	58	83	0	145	28	24	15	31	1.95
6823--7088	29	9.3	28	68	11	110	26	23	16	33	1.95
6893--7088	57	3.4	57	78	3	205	26	22	16	33	1.96
8291--8316	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
14504--14578	31	2.4	31	84	8	91	26	9	18	45	1.80
22672--22781	53	2.1	53	96	0	202	30	28	12	29	1.93
32565--32622	22	2.6	22	86	0	80	39	18	31	10	1.85
32588--32646	22	2.5	24	78	16	68	42	18	25	13	1.87
32972--33040	36	1.9	36	82	5	86	5	37	1	55	1.33
33845--33897	26	2.0	26	96	0	97	35	18	3	41	1.69
41545--41598	21	2.5	22	81	3	56	27	20	7	44	1.78
45215--45275	21	2.9	22	90	7	99	21	26	9	42	1.84
45218--45284	22	3.1	22	89	2	100	19	23	10	46	1.81
45648--45681	11	2.9	12	86	8	52	47	0	0	52	1.00
46089--46120	9	3.6	9	100	0	64	68	9	21	0	1.17
47166--47278	40	2.8	40	91	0	181	38	22	21	17	1.93
47293--47400	41	2.6	41	82	0	126	30	18	28	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53254--53281	9	3.1	9	100	0	56	57	0	21	21	1.41
55031--55148	48	2.5	48	94	2	193	40	14	6	38	1.72
61254--61399	52	2.8	52	89	2	222	31	21	15	32	1.94
63337--63378	21	2.0	21	95	0	75	40	14	21	23	1.90
68052--68088	12	3.0	13	76	15	51	43	0	0	56	0.99
87777--88041	43	6.3	42	83	4	293	34	11	26	27	1.91
87772--88041	84	3.2	84	81	5	278	34	11	26	27	1.90
88557--88614	24	2.4	24	94	0	98	32	10	25	31	1.89
92174--92209	15	2.4	14	86	13	54	61	0	0	38	0.96
92546--92604	6	10.0	6	77	15	61	47	0	3	49	1.18
100442--100471	15	1.9	16	93	6	53	43	16	6	33	1.74
104992--105046	24	2.2	24	87	3	74	27	14	10	47	1.78
110057--110104	14	3.1	15	80	17	53	0	31	0	68	0.90
110057--110092	15	2.4	15	90	9	56	0	30	0	69	0.89
110065--110112	18	2.6	20	75	24	52	2	31	0	66	1.03
124292--124335	19	2.2	21	84	11	58	77	2	15	4	1.04
125920--126021	44	2.3	45	91	6	172	34	23	7	34	1.84
128296--128340	18	2.6	17	78	3	54	28	15	15	40	1.88
135453--135525	19	3.7	20	77	5	60	60	5	1	32	1.28
135466--135518	19	2.7	19	79	2	61	58	1	1	37	1.20
147038--147076	20	1.9	21	85	15	55	12	10	7	69	1.37
148773--148814	12	3.8	12	84	12	54	59	0	38	2	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149253--149294	18	2.4	18	84	4	59	14	21	14	50	1.78
155291--155327	17	2.2	17	90	0	56	24	18	5	51	1.67
158331--158409	3	26.7	3	94	2	124	67	3	0	29	1.08
159071--159327	30	8.6	29	76	13	186	34	26	5	34	1.78
159071--159329	91	2.9	88	80	6	270	33	26	5	34	1.78
159071--159298	60	3.8	60	83	2	237	34	28	4	33	1.77
164071--164109	4	9.8	4	83	10	53	76	0	23	0	0.78
164058--164109	24	2.2	24	87	12	74	75	0	25	0	0.81
164069--164117	15	3.4	15	84	15	68	75	0	24	0	0.80
164069--164117	20	2.6	18	78	15	55	75	0	24	0	0.80
164166--164210	20	2.2	20	88	11	65	82	4	13	0	0.82
165679--165892	49	4.4	49	76	4	153	37	16	24	20	1.93
165732--165923	98	2.0	98	83	4	244	35	21	24	18	1.95
165732--165894	49	3.3	49	77	8	170	38	20	24	16	1.93
165740--165947	98	2.1	96	79	8	222	38	20	22	18	1.93
166207--166382	45	3.9	46	80	3	180	32	25	15	26	1.96
166212--166412	45	4.5	45	78	8	135	32	26	14	26	1.95
166641--167054	85	4.9	85	70	14	242	38	17	21	23	1.93
166727--166862	48	2.8	48	89	0	200	40	14	19	25	1.90
166775--167185	208	2.0	209	91	1	673	39	17	20	22	1.92
166563--167072	256	2.0	253	88	3	747	39	18	19	22	1.93
166898--167064	85	2.0	85	87	2	246	40	17	20	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166983--167376	124	3.2	124	84	1	495	39	17	20	23	1.92
167227--167319	48	1.9	48	88	0	141	38	16	22	22	1.92
168402--168445	3	14.7	3	95	0	79	68	2	0	29	1.02
169089--169463	30	12.6	29	78	8	226	36	25	3	34	1.72
169097--169429	60	5.6	59	76	8	257	36	25	2	35	1.70
169336--169411	29	2.6	29	83	4	82	36	31	2	28	1.71
172592--172630	18	2.2	19	90	9	64	25	0	7	66	1.18
195445--195485	21	1.9	22	90	5	66	48	12	7	31	1.68
200224--200928	42	16.9	42	84	4	843	36	23	19	20	1.95
201341--201379	20	2.0	20	89	0	60	2	10	2	84	0.81
201339--201368	11	2.7	11	94	0	51	0	10	0	90	0.47
209535--209567	4	8.8	4	87	12	52	48	0	27	24	1.51
214382--215163	148	5.3	147	85	7	977	43	9	4	41	1.58
214779--214826	22	2.2	22	85	10	64	43	6	0	50	1.27
215030--215070	19	2.2	18	86	4	55	53	4	2	39	1.35
215612--215664	6	8.8	6	93	0	61	49	0	16	33	1.47
215627--215661	3	11.7	3	87	0	52	40	0	25	34	1.56
215667--216116	224	2.0	225	99	0	884	43	22	14	20	1.87
218114--218182	20	3.3	20	79	4	66	46	10	7	36	1.65
218900--218949	17	3.1	16	81	18	59	2	18	6	74	1.12
223231--223265	18	1.9	18	88	0	52	68	0	2	28	1.04
224261--224295	2	17.5	2	87	0	52	48	2	2	45	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224650--224679	15	2.0	15	93	0	51	16	0	43	40	1.48
228487--228791	163	1.9	161	82	4	380	34	14	14	36	1.87
228487--228921	158	2.7	160	77	7	411	33	13	15	37	1.87
232467--232515	24	2.0	24	84	7	64	2	40	0	57	1.10
237416--237490	37	2.0	37	94	0	132	25	21	13	40	1.89
243196--243264	24	2.9	24	86	0	93	24	47	1	26	1.60
248498--248569	37	1.9	37	91	5	119	31	6	15	45	1.72
249046--249105	20	2.9	20	85	5	66	50	10	10	30	1.69
255180--255210	6	5.2	6	100	0	62	64	16	19	0	1.29
263163--263513	175	2.0	175	90	0	558	28	13	21	36	1.92
263555--263650	41	2.3	41	96	0	174	27	6	30	36	1.81
265820--265907	46	1.9	46	90	0	140	40	21	9	28	1.84
270484--270520	6	6.2	6	100	0	74	32	0	67	0	0.91
271555--271603	23	2.1	24	84	3	64	44	6	2	46	1.39
273435--273468	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
273469--273511	16	2.7	16	88	0	59	30	2	0	67	1.03
286779--286957	50	3.6	49	74	10	155	36	19	21	21	1.95
287086--287268	50	3.6	51	68	16	130	34	15	21	28	1.94

Tables:   1

The End!