Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: chrUn_random
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.28, C:0.14, G:0.14, T:0.28
Warning! 1662808 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 9 of 30
Found at i:3007200 original size:121 final size:121
Alignment explanation
Indices: 3006982--3007202 Score: 289
Period size: 121 Copynumber: 1.8 Consensus size: 121
3006972 TGGGTTTACA
* * *
3006982 TGGTTTTATAATCTTACAAATGATTTTAAACTAAAAACTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATCAT
1 TGGTTTAATAATCTTACAAATGATTTTAAACTAAAAACTTTTCAGTTTTGGTTAAAACAGATCAT
* *** **
3007047 AATTGGATGTTTGCATTAGAAAGTGCTTAGCGAAAGCCCTTGTTACTTACTTTAAG
66 AATTGGATGTTTGCATAAGAAAACACGAAGCGAAAGCCCTTGTTACTTACTTTAAG
* * * * ***
3007103 TGGTTTAATAATCTTATAAATGATTTTACATTGAAGTTTTTTCAGTTTTGGTTAAAACAGATCAT
1 TGGTTTAATAATCTTACAAATGATTTTAAACTAAAAACTTTTCAGTTTTGGTTAAAACAGATCAT
*
3007168 AATTTGATGTTTGCATAAGAAAACACGAAGCGAAA
66 AATTGGATGTTTGCATAAGAAAACACGAAGCGAAA
3007203 TCCATCCATT
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121 83 1.00
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TGGTTTAATAATCTTACAAATGATTTTAAACTAAAAACTTTTCAGTTTTGGTTAAAACAGATCAT
AATTGGATGTTTGCATAAGAAAACACGAAGCGAAAGCCCTTGTTACTTACTTTAAG
Found at i:3007806 original size:28 final size:29
Alignment explanation
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3007755 GTCTATGGGC
* *
3007765 AATTTTTCAGTTTT-TGGGGCAAAAATGT
1 AATTTTTCACTTTTAGGGGGCAAAAATGT
* *
3007793 AATTTTTGACTTTTACGGGGGCAAAAGTGT
1 AATTTTTCACTTTTA-GGGGGCAAAAATGT
3007823 AA
1 AA
3007825 ATTTCAAAAA
Statistics
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28 12 0.46
30 14 0.54
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Consensus pattern (29 bp):
AATTTTTCACTTTTAGGGGGCAAAAATGT
Found at i:3013801 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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3013502 TTGAAGTGGT
* * * * * * *
3013512 TTTATAA-CTTTATAAATGA-TTTAAATTGA-ATTTTTTCATTTTT-GTTCAAACAAATTACAAT
1 TTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAAA
* * * * * * * *
3013573 TTAACGTTTGCATCT-AGAAAC-GTGAAGCGAGAGCCAACCATTGACTAGAAAAGTCCATTTAAA
65 TTGATGTTTGCAT-TGGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
3013636 GTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTCAAATGG
129 GTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGG
* * * * * * *
3013678 TTTATAA-CTTTGTAAATGATTTTAAATTGGATTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAAGATAACAAAA
1 TTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATT-GATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAA
* * * * * *
3013742 ATTGTTGTTTCCATTGGGAAACAGTGAAGCGAAAGCTATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTAAA
64 ATTGATGTTTGCATTGGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
3013807 GTCATTCA-ACCTTTTGAAAGTCTAGTTACTCGCTTTAAATGG
129 GTCACTCATGCC-TTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGG
*
3013849 TTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATTG----------A--TTT-GTTAAAATAGAACATAA
1 -TTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAA
* * * * * *
3013900 ATTGTTGTTTGCATTAGGAAACAATGAAGCGAAAGCCATCCATTGGGC-AGAAAAGTTCATTTAT
64 ATTGATGTTTGCATTGGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * * * *
3013964 TGTCACTCATGCCTACGAAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATAG
128 AGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGG
* ** * * *
3014007 TTATATAATCTTATAAATAATTCTT-AATCAAATTTTTTTTCATTTTTGATTGAAACAGATCATA
1 TT-TATAATCTTATAAATGATT-TTAAAT-TGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATA
* * * * * * * * * *
3014071 ATTTGTTGTTTGCATTAGGAAA-GGTGAAGCGAAAGCAATCCATTGGCATGAAATGTCGATTTAT
63 AATTGATGTTTGCATTGGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
**
3014135 AGTCACTCATAACTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGG
128 AGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGG
* * * * *
3014178 TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAATTCAATTTTTCTCATTTTTGGTTAAAACAGATCGT-A
1 -TTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAA
* * * * * *
3014242 ATATGATGCTTGCATTGGGAAACA-TGAAGTAAAAGCCATCCATTAATAAGAAAACTCCGTTTAT
64 AT-TGATGTTTGCATTGGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
3014306 TGTCACTTATACCTTTGAAAGCTTAGTTACTCACTTTAAATGG
128 AGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGG
* * ** * * *
3014349 TTTGTAATCTTATAAAT-AATTTAAATAAACTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGAACATAAAT
1 TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAAAT
* ** *
3014413 T-ATTGTTTGCATCGGGAAACA-TGAAGCAAAAGTTATGCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
66 TGA-TGTTTGCATTGGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
3014476 TCACTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTGAAATGCT
130 TCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATG-G
* *
3014518 TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATC-TTAA
1 TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGA-TTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAAA
* **
3014582 TTGATGTTTACA-TCAGAAAC-GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TTGATGTTTGCATTGGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
3014645 TCACTCATGCCATTAAAAGCTTAGTTACTCA-TTATAAATGG
130 TCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTT-TAAATGG
*
3014686 TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTG-GTTTTTTTC-TCTTTTGGTTAAAATAGATCAT-A
1 -TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTCAT-TTTTGGTTAAAATAGATCATAA
* *** * ** * *
3014748 ATGGGATGTTTGCATCCAGAAAC-GTGAACCGTAAGCCATCCATTGACAAGAAAATTCTATTTAT
64 AT-TGATGTTTGCATTGGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
3014812 AGTCAATTATGCC-TTCAATGGCCTTGTTACTAACTTTAAAAGG
128 AGTCACTCATGCCTTTGAA-AGCCTAGTTACTCACTTTAAATGG
* * * ** * ** ** * * * *
3014855 TTTTATAATCTTGTAAATGGTTTTGAATCAAAATCATCATCACTTTAGGTTAAAAT-TAT-TTAT
1 -TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-TGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATA-
* * * * *
3014918 AATTAGATGTTTGCCTTGAGAAACA-TGATGCAGATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
63 AATT-GATGTTTGCATTGGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * **
3014982 TAGACACCCATGCCATTG-AAGCATTGTTACTTGCTTTAAATGG
127 TAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGG
* * * *
3015025 TTTTATAATCTTTTAAATGATTTTAAATAGA-TTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAATATATCATAAT
1 -TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAAA
* * * *
3015088 TTGATGTTTACATCGAGAAA-TGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TTGATGTTTGCATTGGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
3015152 TTACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCTCTTTAAATGG
130 TCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGG
* * * * *
3015193 TTTTATATTCTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTT-AGTTTTAGTTAAAACAGATCATAAT
1 -TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAAA
* * * *
3015257 TTGATATTTGCATTGGGAAA-TGTCATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TTGATGTTTGCATTGGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
3015321 TCAC-CTATGCCTTCGAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAGTGCT
130 TCACTC-ATGCCTTTGAAAGCC-TAGTTACTCACTTTAAATG-G
* * * *
3015363 TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTCATATTTGGTTCAAACAGATCATAATT
1 TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAAAT
* *
3015428 TGATTTTTGCATTGAGAAAC-GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
66 TGATGTTTGCATTGGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * **
3015492 CACTCATGTCTTCGAAAGCCGAGTTACTGGCTTTAAAT
131 CACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT
3015530 ACAAGACTTC
Statistics
Matches: 1525, Mismatches: 259, Indels: 132
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
157 2 0.00
158 118 0.08
159 9 0.01
161 1 0.00
166 19 0.01
167 115 0.08
168 192 0.13
169 395 0.26
170 232 0.15
171 375 0.25
172 67 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAAAT
TGATGTTTGCATTGGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGG
Found at i:3014014 original size:158 final size:159
Alignment explanation
Indices: 3013722--3014033 Score: 371
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3013712 TTTTTTATTT
* * * *
3013722 TTTGTTAAAAGATAACAAAAATTGTTGTTTCCATTGGGAAACAGTGAAGCGAAAGCTATCCATTA
1 TTTGTTAAAAGAGAACAAAAATTGTTGTTTCCATTAGGAAACAATGAAGCGAAAGCCATCCATTA
* ** ** * *
3013787 ACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCATTCAACCTTTTGAAAGTCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTT
66 ACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCAACCTTACGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATAGTTA
*
3013852 TATAA-CTTTATAAATGATT-TTAAATTGA
131 TATAATC-TTATAAATAATTCTTAAATTGA
* * *
3013880 TTTGTTAAAATAGAACATAAATTGTTGTTTGCATTAGGAAACAATGAAGCGAAAGCCATCCATTG
1 TTTGTTAAAAGAGAACAAAAATTGTTGTTTCCATTAGGAAACAATGAAGCGAAAGCCATCCATT-
** * ** * *
3013945 GGC-AGAAAAGTTCATTTATTGTCACTCATGCC-TACGAAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATAGT
65 AACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCA-ACCTTACGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATAGT
3014008 TATATAATCTTATAAATAATTCTTAA
129 TATATAATCTTATAAATAATTCTTAA
3014034 TCAAATTTTT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 22, Indels: 7
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
158 120 0.94
159 8 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (159 bp):
TTTGTTAAAAGAGAACAAAAATTGTTGTTTCCATTAGGAAACAATGAAGCGAAAGCCATCCATTA
ACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCAACCTTACGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATAGTTA
TATAATCTTATAAATAATTCTTAAATTGA
Found at i:3014496 original size:339 final size:338
Alignment explanation
Indices: 3013508--3015529 Score: 1808
Period size: 339 Copynumber: 6.0 Consensus size: 338
3013498 TTGCTTGAAG
* * * *
3013508 TGGTTTTATAA-CTTTATAAATGA-TTTAAATTGAATTTTT-TCATTTTT-GTTCAAACAAATTA
1 TGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTCTCATTTTTGGTTAAAACAGATCA
* * * * * * * * *
3013569 CAATTTAACGTTTGCATCT-AGAAACGTGAAGCGAGAGCCAACCATTGACTAGAAAAGTCCATTT
65 TAA-TTGATGTTTGCAT-TGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
3013633 AAAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTCAAATGGTTTATAA-CTTTGTAAATGA
128 ATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCTTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATC-TTATAAATGA
** * * * * * * * * * * *
3013697 TTTTAAATTGGATTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAAGATAACAAAAATTGTTGTTTCCATTGGGAA
192 TTTTAAA-TAAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTATTGTTTGCATCGAGAA
* * * * * * *
3013762 ACAGTGAAGCGAAAGCTATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCATTCA-ACCTTTTGAAA
256 AC-GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCGAAA
* *
3013826 GTCTAGTTACTCGCTTTAAA
319 GCCTAGTTACTCACTTTAAA
* * *
3013846 TGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTT--A---AA----T-TGA--TTT-GTTAAAATAGAACA
1 TGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTCTCATTTTTGGTTAAAACAGATCA
* * * * *
3013897 TAAATTGTTGTTTGCATTAGGAAACAATGAAGCGAAAGCCATCCATTGGGC-AGAAAAGTTCATT
65 T-AATTGATGTTTGCATTGGGAAAC-ATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATT
* ** * *
3013961 TATTGTCACTCATGCCTACGAAAACCTT-GTTACTCGCTTTAAATAGTTATATAATCTTATAAAT
127 TATAGTCACTCATGCCTTTG-AAAGCTTAGTTACTCGCTTTAAATGGTT-TATAATCTTATAAAT
* * * * * *
3014025 AATTCTT-AATCAAATTTTTTTTCATTTTTGATTGAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCAT-TA
190 GATT-TTAAAT-AAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTATTGTTTGCATCGA
* * * * * * * ** *
3014088 GGAAAGGTGAAGCGAAAGCAATCCATTGGCATGAAATGTCGATTTATAGTCACTCATAACTTTGA
253 -GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA
3014153 AAGCCTAGTTACTCACTTTAAA
317 AAGCCTAGTTACTCACTTTAAA
*
3014175 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAATTCAATTTTTCTCATTTTTGGTTAAAACAGATCG
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAATTCAATTTTTCTCATTTTTGGTTAAAACAGATCA
* * * * * *
3014240 TAATATGATGCTTGCATTGGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAATAAGAAAACTCCGTTTA
65 TAAT-TGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
3014305 TTGTCACTTATACCTTTGAAAGCTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTGTAATCTTATAAAT-AAT
129 TAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCTTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTTATAAATGATT
* * * * * *
3014369 TTAAATAAACTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGAACATAAATTATTGTTTGCATCGGGAAACA
194 TTAAATAAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTATTGTTTGCATCGAGAAACG
** * *
3014434 TGAAGCAAAAGTTATGCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTA
259 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTA
* *
3014499 GTTACTCGCTTGAAA
324 GTTACTCACTTTAAA
* * * * * * *
3014514 TGCTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATCT
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCA-ATTTTTCTCATTTTTGGTTAAAACAGATCA
* ** *
3014579 TAATTGATGTTTACA-TCAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
65 TAATTGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
3014643 AGTCACTCATGCCATTAAAAGCTTAGTTACTC-ATTATAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAT
130 AGTCACTCATGCCTTTGAAAGCTTAGTTACTCGCTT-TAAATGG-TTTATAATCTTATAAATGAT
*** ** *
3014707 TTTAAAT-TGGTTTTTTTC-TCTTTTGGTTAAAATAGATCATAATGGGA-TGTTTGCATCCAGAA
193 TTTAAATAAATTTTTTTTCAT-TTTTGGTTAAAATAGATCATAAT-TTATTGTTTGCATCGAGAA
* ** * * * * *
3014769 ACGTGAACCGTAAGCCATCCATTGACAAGAAAATTCTATTTATAGTCAATTATGCCTTC-AATGG
256 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA-AG
* *
3014833 CCTTGTTACTAACTTTAAA
320 CCTAGTTACTCACTTTAAA
* * * * * ** * * * *
3014852 AGGTTTTATAATCTTGTAAATGGTTTTGAA-TCAAAATCATCATCACTTTAGGTTAAAATTA-TT
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTC-AATTTTTC-TCATTTTTGGTTAAAA-CAGAT
* * * * * *
3014915 TATAATTAGATGTTTGCCTTGAGAAACATGATGCAGATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
63 CATAATT-GATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
3014980 TATAGACACCCATGCCATTG-AAGCATT-GTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTTTAAAT
127 TATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGC-TTAGTTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTTATAAAT
* * *
3015043 GATTTTAAATAGA-TTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAATATATCATAATTTGA-TGTTTACATCGAG
190 GATTTTAAATAAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTT-ATTGTTTGCATCGAG
* * *
3015105 AAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTTGAAA
254 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
*
3015170 GCCTAGTTACTCTCTTTAAA
319 GCCTAGTTACTCACTTTAAA
* * * * * *
3015190 TGGTTTTATATTCTTATAAATGATTTTAAATT-GATTTTTTTTAGTTTTAGTTAAAACAGATCAT
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTCTCATTTTTGGTTAAAACAGATCAT
* ** * *
3015254 AATTTGATATTTGCATTGGGAAATGTCATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
66 AA-TTGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
3015319 AGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAGTGCTTTTATAATCTTATAAATGA
130 AGTCACTC-ATGCCTTTGAAAG-CTTAGTTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTTATAAATGA
** * * * *
3015382 TTTTAAATTGATTTTTTTTCATATTTGGTTCAAACAGATCATAATTTGATT-TTTGCATTGAGAA
192 TTTTAAATAAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTT-ATTGTTTGCATCGAGAA
*
3015446 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTCGAAAGC
256 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGC
* **
3015511 CGAGTTACTGGCTTTAAA
321 CTAGTTACTCACTTTAAA
3015529 T
1 T
3015530 ACAAGACTTC
Statistics
Matches: 1371, Mismatches: 252, Indels: 121
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
327 1 0.00
328 27 0.02
329 156 0.11
330 72 0.05
331 3 0.00
332 1 0.00
334 2 0.00
335 4 0.00
336 83 0.06
337 134 0.10
338 340 0.25
339 360 0.26
340 70 0.05
341 20 0.01
342 69 0.05
343 29 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTCTCATTTTTGGTTAAAACAGATCAT
AATTGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACTCATGCCTTTGAAAGCTTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTTATAAATGATTTT
AAATAAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTATTGTTTGCATCGAGAAACGTG
AAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGT
TACTCACTTTAAA
Found at i:3021683 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 3021574--3021683 Score: 130
Period size: 41 Copynumber: 2.6 Consensus size: 41
3021564 GGCTATGTAG
* * * *
3021574 GAGTAGGAGTGTACATAAGCTGATGATGATCGGCTATGTGC
1 GAGTAGGAGTGCACATAAGCTGATGATGACCAGCCATGTGC
* *
3021615 GAGTTGGAGTGCACATAAGCCGATGATGACCCAGCCATGTGC
1 GAGTAGGAGTGCACATAAGCTGATGATGA-CCAGCCATGTGC
* *
3021657 TAGTAGGGAGTGCACATGAGCTGATGA
1 GAGTA-GGAGTGCACATAAGCTGATGA
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** ** * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * *
3027184 AGATTATAAATGAATTAATAAATCATCTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTAACT
65 AAATTATAAATGAATTAATATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTAACT
* * *
3027249 TTAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATAGAATCCACTTCACATTTCCCAATG
130 TAAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAATG
* * *
3027300 CAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACCAAGAAAAACATAGATTTTAATTTATAATCATTTATA
1 CAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAA-AAAAACAAAGATTTCAATTTATAATCATTTATA
** * * * ** * *
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65 AAATTATAAATGAAT-TAATATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTAAC
* * * * *
3027428 TTTAAATGGTCTTTTCATGTCAATGGATTGCATCCACTTCACGTTTCCCAAAG
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* * * ** * * *
3027481 CAAATATTCAATTATGACACTTTTTAA-C-AAATAACGATAAAATTTCAATTTATAATCAATTAT
1 CAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAAAAC-A-AAGATTTCAATTTATAATCATTTAT
* * *
3027544 AAAAATATAAATGAATTAATATATC-TGTTCAAGTGAGTAACAAATCTTTCGATGGCATGA-TAA
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* * *
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AATTATAAATGAATTAATATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTAACTT
AAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAATG
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* * *
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* *
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* * *
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GCAACGGCTTATGTGCACTACCACTCGCACATAGCCAGGTCA
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*
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* *
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* *
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*
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Statistics
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*
3033758 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AA AT AT
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AT
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*
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* * *
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* * *
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*
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*
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AGAGAAAAGGA
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3045733 TATAATGTGG
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1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
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AT
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*
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*
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* * *
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*
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1 TATTAATA
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*
3057416 AAGAGAAAAAAGAAAGAAAAG
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*
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1 AAGAAAAAAAAGAAAGAAAAG
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AAGAAAAAAAAGAAAGAAAAG
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* *
3057596 AAGGCTAAAAGGACCAGCTTTGACTACTGATTTTTAAGGTTTTAGTTGCCAGTTTTGAGGGTGAG
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*
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* * * * * *
3057688 AAGGCTAAATGGAGCAACTTTGGCTGCTGATTTTTTGAGGTTTTAGCTAT-CGA-TTTTGAGGGT
1 AAGGCTAAAAGGACCAACTTTGACTACTGA-TTTTTAAGGTTTTAG-T-TGCCAGTTTTGAGGGT
** *
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63 GAAATGAACAGCTTTACCTGCTGATTTTT
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AAGGCTAAAAGGACCAACTTTGACTACTGATTTTTAAGGTTTTAGTTGCCAGTTTTGAGGGTGAA
ATGAACAGCTTTACCTGCTGATTTTTA
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3057731 TAGCTATCGA
* ** *
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* *
3057776 TTTTGAGGTTGAAATGAACAGTTTTTGCTACTAAT
1 TTTTGAGGTTGAAATGAACAGCTTTGGCTACTAAT
*
3057811 TTTTTAGGTTGAAA
1 TTTTGAGGTTGAAA
3057825 GGGGTAGAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Indices: 3058775--3058805 Score: 62
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3058765 TATAATGTGG
3058775 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
3058806 CTATGTCATA
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1.00 0.00 0.00
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AT
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3058765 TATAATGTGG
*
3058775 ATATATATATAT-A-TATATATATATATATATACTATGTCATAAATGGTACCATTGTGTGACA
1 ATATATATATATAATTATATATA-ATATAT-TACTATGTCATAAATGGAACCATTGTGTGACA
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3058898 A
1 A
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ATATATATATATAATTATATATAATATATTACTATGTCATAAATGGAACCATTGTGTGACA
Found at i:3059145 original size:53 final size:53
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Indices: 3059064--3059213 Score: 232
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3059054 CAGCTATGTG
3059064 GCACGATGTGAGGGGGATGCACATGAGCTGGGTGA-ATGGGGTGTCCGACTATAT
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*
3059118 GCACGATGTGGGGGGATGCACATGAGCT-GGTGAGATGGGGTGTCCGCTATGT
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* *
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Statistics
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Found at i:3059174 original size:52 final size:52
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Indices: 3059056--3059213 Score: 237
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3059046 GATGACTACA
3059056 GCTATGTGGCACGATGTGAGGGGGATGCACATGAGCTGGGTGA-ATGGGGTGTCC
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*
3059110 GACTATATGCACGATGTGGGGGGATGCACATGAGCTGGTGAGATGGGGTGTCC
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*
3059163 GCTATGTGCACGATGTGGGGGGATGCACATGAAGCTGGATGAGATGTGGTG
1 GCTATGTGCACGATGTGGGGGGATGCACATG-AGCTGG-TGAGATGGGGTG
3059214 ATATACTAGT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 3, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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3059157 GTGTCCGCTA
*
3059167 TGTGCACGATGTGGGGGGATGCACATGAAGCTGGATGAGATGTGGTGATATACTAGTTGATATAT
1 TGTGCACGATGTGGAGGGATGCACATGAAGCTGGATGAGATGTGGTGATATACTAGTTGATATAT
* *
3059232 GCTAAAGTATATGTATATGCAATAGAAAGATCATGATTATAATATGTGGTTATATGGCATGATGA
66 GCTAAAGTATATGTATATGCAATAGAAAGATCATGATTATAATATGTGATTATATGGCAAGATGA
3059297 ATCTTGAAAATTTCCCATTTACT
131 ATC-TGAAAATTTCCCATTTACT
*
3059320 TGTGCACGATGTGGAGGGATGCACATG-AGTTGGATGAGATGTGGTGATATACTAGTTGATATAT
1 TGTGCACGATGTGGAGGGATGCACATGAAGCTGGATGAGATGTGGTGATATACTAGTTGATATAT
* *
3059384 GCTTAAGTATATGTATATGCAATAGAAAGATTATGATTATAATATGTGATTATATGGCAAGATGA
66 GCTAAAGTATATGTATATGCAATAGAAAGATCATGATTATAATATGTGATTATATGGCAAGATGA
3059449 ATCTGAAAATTTCCCATTTACT
131 ATCTGAAAATTTCCCATTTACT
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1 TGTG
3059475 AATTGATTTT
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 6, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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* * * *
3060229 CATTTATAAGTTTATAAATGAACTAAAATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGC-TTCTATGGCAT
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* * * * ** *** * * *
3060293 GATTAACTT-AAATGGTCTTTTCTTTTCATTGGATAGAATCCACCTCACATTTATGAAAGCGAAT
66 GATTAACTTAAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAAAC
* * * * *
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131 ATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAACAAAAACAAAGATTTTGATTTATAAT
* * * * * * * * *
3060409 CATTTATGAGATTACAAAAGAATTACTATA-CATTTTAAGCGACTAAAAAAGCTTTCAATGGCAT
1 CATTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCAT
* * * *
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66 GATTAACTTAAAATGGTCTTTTCTTGTC-AATGGAT-AGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAA
* ** * * ** * *
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129 ACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAACAAAAACA-AAGATTTTGATTTATAAT
* * * * * *
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1 CATTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCAT
* * * * * *
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66 GATTAACTTAAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAAAC
* * * * *
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131 ATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAACAAAAACAAAGATTTTGATTTATAAT
* * * * *
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1 CATTTATAAGATTATAAATGAAT-TAATATATCATTTAAAG-TGAGTAACAAAGCTTTCGATGGC
* *
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* * *** ** *
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129 ACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAACAAAAACAAAGATTTTGATTTATAAT
* * ** ** *
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* * * ** *
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* *** **
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* * * *
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1 CATTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCAT-TTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCA
* * * * *
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65 TGATTAACTTAAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAAA
** * * *
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130 CATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAACAAAAACA-AAGATTTTGATTTATAAT
* * * * * * * * **
3061312 TATTTATAAGTTTGTAATTGAACTAAAATATTATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCTATCACAT
1 CATTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCAT
* ** * * * * *
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66 GATTAACTTAAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGGATAGCATCCA-CTTCATGTTTCCCAATGCAAA
* ** * * * **
3061440 CATCTAATTATGATAAATTTTCACCACCAACAACAAAGATTTCAATTTATAAT
130 CATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAACAAAAACAAAGATTTTGATTTATAAT
* ** * * * * *
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1 CATTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCAT
* * * * * * * *
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66 GATTAACTTAAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAAAC
* * * * **
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131 ATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAACAAAAACA-AAGATTTTGATTTATAAT
* * *
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1 CATTTATAAGA-TTATAAATGAATTAATATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCA
* * ** * * **
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65 TGATTAACTTAAAATGGTCTTTTCTTGTCAAT-GGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAA
* * * *
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129 ACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAACAAAAACAAAGATTTT-GATTTATAAT
* ** *
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1 CATTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCAT
* * * *** * *
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66 GATTAACTTAAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAAAC
** * *** ** * * *
3061984 ATTTAATAATGATAGGTTTTATTGAACAATTACAAAGCTTTGGATTTATAAC
131 ATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAACAAAAACAAAGATTTTGATTTATAAT
* ** ** * * * *
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1 CATTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCAT
* ** * * ** * * * * * ** *
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* * *
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* ** * *
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1 CATTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCAT
* * * *** * *
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** * *** ** * * *
3062358 ATTTAATAATGATAGGTTTTATTGAACAATTACAAAGCTTTGGATTTATAAC
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* ** ** * * * *
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1 CATTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCAT
* ** * * ** * * * * * ** *
3062475 CATTAACTTAAAATTATCTTCTGTAATCAATGCATAGCATGCACATAACGTTTATCGATGCAAAC
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** * *** * ** *
3062540 ATCCAATTATGATTTGTTTTAAACATA-AAGTCCAAGGATTTCAATTTACAAT
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* * * * **
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* * * *
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* ** * * * *
3062721 CATCAAATTATGATAGGTTTTAAATAAGAAATACATAGCTTTTGATTTATAAT
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* * * * * * *
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* ** *
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* * ** *
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* * * * ** ** * *
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1 CATTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCAT
* * * * **
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* * ** * *
3063084 ACCCAATTATGATTGGTTTTAACCAACAGCAACAAAGATTTTCATTGATAAT
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* ** ** ** *
3063136 TATTTATAAG-TTCATAAATGAATTAATACGTCATTTATTGCAAGTAACAAAGCTTTTGATGGCA
1 CATTTATAAGATT-ATAAATGAATTAATATATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCA
* * * * ** * * * * ** *
3063200 TCATCAACTT-AAATTGTCTTTTGTCATCTATGGATAGCAACCACATAACATTTACCAATGCAAA
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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*
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*
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260 AATATATCATTTGTAGCAAGTAACTATGCTTTCAATAGCATCATTAACTTAAAATTATCTTCTGT
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* * *** * * * * * *
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1 TATCCAATTATGATAGGTTTTAACCA-ACAACAACAAAGTTTTCAAATTATAATCATTTATAAGA
* * * * * * * * *
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65 TTACAAATGAATTAATATATCATTTAAAGAAACTAACAAAGCTTTTGATGGCATCATTAATTTTA
*** * * * * * * ** *
3062667 AATGGTCTTTTCTTGACAATGGATAGCATGCAACTTCACGTTTCCCAATCCAAACATCAAATTAT
130 AACAATCTTTTCTTGTCAATGAATAGCAT-CCACTTCATGTTTCCTAATGCAAACATTTAATAAT
* * * * * * * * * * *
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* ** ** * * * * * * * ** *
3062796 CTAATAT-TCATTTAAAGTGAGTAACAAAGATTTCCATGGCATGACTAACTT-AAATGGTCTTTT
258 TTAATATATCATTTGTAGCAAGTAACTATGCTTTCAATAGCATCATTAACTTAAAATTATCTTCT
* ** * * * * *
3062859 CTTGTCAATGGATAGCATTG-ACTTCATGTTT-TCCAATGC-AA-A--C----
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* ** * * *
3062902 -ATCCAATTATGATAGGGTTTAACCAACAACAATGAAGATTTT-AATTTACT-ATCAATTATAAA
1 TATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAACAACAACAAAG-TTTTCAAATTA-TAATCATTTATAAG
* * * * * * * * * * *
3062964 ATTATAAATAAATTAATATATCATTTACAGCAACAAACCAAGCTTTCGATGGTATGATTAACTTA
64 ATTACAAATGAATTAATATATCATTTAAAGAAACTAACAAAGCTTTTGATGGCATCATTAATTTT
*** * * * *** *
3063029 AAATTGTCTTTTCTTGCCAATGAATAGCATCCACCTCATGTTTTAC-AATGCAAACACCCAATTA
129 AAACAATCTTTTCTTGTCAATGAATAGCATCCACTTCATG-TTTCCTAATGCAAACATTTAATAA
* *** *** * ** * ** *
3063093 TGATTGGTTTTAACCAACAGCAACAAAGATTTTCATTGATAATTATTTATAAG-TTCATAAATGA
193 TGATAGGTTTTATTGAACAATTACAAAGCTTTGGATTTATAACCATTTATAAGATT-ATAAATTA
** * * * * ** * * * *
3063157 ATTAATACGTCATTTATTGCAAGTAACAAAGCTTTTGATGGCATCATCAACTT-AAATTGTCTTT
257 ATTAATATATCATTTGTAGCAAGTAACTATGCTTTCAATAGCATCATTAACTTAAAATTATCTTC
* * * ** * * *
3063221 TGTCATCTATGGATAGCAACCACATAACATTTACCAATGC-AA-A--C----
322 TGTAATCAATGCATAGCATGCACATAACGTTTATCGATGCAAACATCCAATT
* * * * * * * *
3063265 -ATCCAATTATGATATGTTTTAAACATA-AAGTCTAGACA--TTTGAATTTACAATCATTT-TAA
1 TATCCAATTATGATAGGTTTTAACCA-ACAA--CAACAAAGTTTTCAAATTATAATCATTTATAA
* ** * * * *
3063325 AATTACAAATGAATTAATATATCATTTAAAGTGATTAACAAAGCTTTCGATGCCATAATTAATTT
63 GATTACAAATGAATTAATATATCATTTAAAGAAACTAACAAAGCTTTTGATGGCATCATTAATTT
* ** * * * * ** *
3063390 AAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGGATAGCATCCATTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATT
128 TAAA-CAATCTTTTCTTGTCAATGAATAGCATCCACTTCATGTTTCCTAATGCAAACATTTAATA
3063454 ATGATAGGTTTTA
192 ATGATAGGTTTTA
3063467 ACCAAGAAAA
Statistics
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375 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.11, T:0.36
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TATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAACAACAACAAAGTTTTCAAATTATAATCATTTATAAGAT
TACAAATGAATTAATATATCATTTAAAGAAACTAACAAAGCTTTTGATGGCATCATTAATTTTAA
ACAATCTTTTCTTGTCAATGAATAGCATCCACTTCATGTTTCCTAATGCAAACATTTAATAATGA
TAGGTTTTATTGAACAATTACAAAGCTTTGGATTTATAACCATTTATAAGATTATAAATTAATTA
ATATATCATTTGTAGCAAGTAACTATGCTTTCAATAGCATCATTAACTTAAAATTATCTTCTGTA
ATCAATGCATAGCATGCACATAACGTTTATCGATGCAAACATCCAATT
Found at i:3069510 original size:5 final size:5
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1 TTAAC TTAAC TTAAC TTAAC TTAAC TTAAC TT
3069533 TGGTCACGTA
Statistics
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TTAAC
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3069492 CTAACCTGAT
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1 TTAACTTAACTTAAC
3069516 TTAACTTAACTTAAC
1 TTAACTTAACTTAAC
3069531 TT
1 TT
3069533 TGGTCACGTA
Statistics
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* *
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1 A
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3071786 ACCAAAACGG
* *
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* * * **
3071856 AAGGTTTCTCGCTGCAGCAAGATTCTTTCTCACTGCAGCGAAATT-CAGCTGATGAAACA
1 AAGGTTTTTCGCTGCAGCGAGATTCTTTCTCACTGCAGCGAAATTGCAACCCA-GAAACA
* *
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* * *
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* * *
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*
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3072385 GGGCACTATC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TGTACATCCCCCCACATTGTGCACATAGTCAGCACCATAG
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3079452 ACCCGGCTCA
*
3079462 TGTACATCCCCCCACATCGTGCACATAGCCGGCACCATCG
1 TGTACATCCCCCCACATCGTGCACATAGCAGG-ACCATCG
* *
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TGTACATCCCCCCACATCGTGCACATAGCAGGACCATCG
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3084183 ATGCAACTCA
* * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
* * * * ** * **
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** * * * * * * *
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* * *
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* *
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66 ATGATTTTAAATAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT-GATGTTTGCATCGGG
* * *
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* * * * * * *
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1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATA
* * * * * *
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* **
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* * *** *
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1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
* * * *
3084936 ATAATTTTATATCAAAATGTTCTTT-ATTTCTTGG-TAAAACAGATCATAGTTGGATGTTTG-AG
66 ATGATTTTAAAT--AAAT-TTTTTTCATTT-TTGGTTAAAACAGATCATAATT-GATGTTTGCA-
** * *
3084998 TCATGAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTCACAAGAAAAGTCC
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* * * * * *
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* * * * * *
3085107 ATGATTTTCAATTGAATGTTTTTTCAATTTTGGTTAAAACATATCATAACTTGATTTTTGGAAT-
66 ATGATTTT-AAATAAAT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTT-GCATC
* * *
3085171 GAGAAACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
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* * ** * * * * * *
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1 --ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCT--AGT--TACTCA--C-TTTA-AATG----GT-
** * * * ** * *
3085272 AATTTATAGTCACTCATGCCCTCGAAAGCCTAGCTACTCACCTTAAATGGTTTTGTAATCTTAGA
51 --TTTATA---A-TC-T----TATAAA---T-GAT-TTTA-AATAAAT--TTTTTTCAT-TT---
* * * * * * * ** **** *
3085337 AATGGTTTTAAAC---TGA-AATT--T-TTTTCATTTTTGGTTAAA-AT-AGATCTTAATTTGTT
93 -TTGG-TTAAAACAGATCATAATTGATGTTTGCA---TCGG-GAAACATGA-AGCGAAAGCCATC
* * * *
3085393 CTTTGCATCAGGAAACGT-G
151 CATTG-A-CAAGAAAAGTCC
**** * **** * *
3085412 AAAGCTA-TC-C-AATG-AAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCGTTTAAAAGTCTTGTT
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AAAG-CC-----TAGTTACTCA--C-TTT-AAA---TGGTT
* * *
3085473 CCTTACTTCAAATGGTTTTATAAT--TTTGGAAATGATTTTAGATTGATTTTTTTTACATTTTTG
52 --TTA--T--AAT-CTTATA-AATGATTT--TAA--A---TA-A---A-TTTTTTT-CATTTTTG
* * * * ** * * ** *
3085536 GGTAAAAAATATCATAATTTGTTGTTCACCTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAA
96 GTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAA
*
3085601 GAAAAG-CGT
160 GAAAAGTC-C
* * * * * *
3085610 ATATTATAGTTACTCATGCCTTCGAAACCCTAGCTACTCACTCTAAATGGTTGTATAATCTTGT-
1 AT-TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
* * * **
3085674 -A--A---TCAAT---TTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCATCAA
65 AATGATTTTAAATAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT-GATGTTTGCATCGG
* * * * *
3085730 AAAACATGAAGCGAAAGCAATCTATTGATAAAAAAAGTCC
129 GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * *
3085770 ATTTATAGTTACTCATGGCTTCGAGAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTACAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
** * * *
3085835 ATGATTTTAAATTGGATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATAGG
66 ATGATTTTAAA-TAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATCGG
* * * * *
3085900 AAAACGTAAAGCAAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
129 GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * *
3085940 ATTTATCGTCGCTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
*** * *** ** * * *
3086005 ATGATTTTAAATCAAAATCACTTTCGTTTCCAGTTAAAGTAGATCATAGTTGGATGTTTACATCA
66 ATGATTTTAAAT--AAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT-GATGTTTGCATCG
* ** ** ** *
3086070 TGAAATGTGAAATGAAAGCCATTTATTTACAAGAAAAGTCC
128 GGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * * * * ** *
3086111 GTTCATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTGTTGCTTGC-TTAAAGTGGTTTTATAA-CTTTGT
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATC-TTAT
* ** * * *
3086174 AAGTGATTTTAAATTGGATTTGTTTTCATTATTGGTTAAAATAGATCATAATTTCATGTTTGCAT
64 AAATGATTTTAAA-TAAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCAT
* * * * * *
3086239 CAGAAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTTC
126 CGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * *
3086282 ATTTATAATCACTCATGTCTTCGAGAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTTAAAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
* * * * * * * *
3086347 AAGACTTTAAATTAGATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATCATAATTTAATGTTTTCATTGG
66 ATGATTTTAAA-TAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATCGG
* * * *
3086412 GAAACATAAAG-TAGAAGGCATCCATTGACAAAAAAAGTCC
129 GAAACATGAAGCGA-AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
** * * **
3086452 ATTTATAGTCACTTTTGCCTTCGAGAGCCTAGTTACTTACTTTAAACAGTTTTATAATCTTATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
* * ** * * * * *
3086517 ATGATTTTAATTCAAAATAATTTTT-GGTTCTAGTTAAAACATATCATAGTTGGATGTTTTCATC
66 ATGATTTTAAAT--AAAT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT-GATGTTTGCATC
** * * *
3086581 ATGAAGCATGAAG-GAAAAGCCATCCATTCACCAA-AAAAGTGC
127 GGGAAACATGAAGCG-AAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCC
* * * * *
3086623 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAA-CTTTGTA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATA
* * * *
3086687 AATGATTTTAAATTGAATTTGTTTTCATTATTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATA
65 AATGATTTTAAA-TAAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATC
* * * *
3086752 GGAAAACTTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCT
127 GGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* *** * * * * *
3086794 ATTTATAGTTACTCATGTAATCGAATA-CCTACTTCCTCACTTTAAATTGTCTTATAATCCTATA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA-AGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
* * * * *
3086858 AATGATTTTGAATTGAATTTCTTTTTTCATTTTTCGTTAAAATAGATCATAATTTGTTGTTTGCA
65 AATGATTTT-AAAT-AA-AT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCA
** * *
3086923 TAAGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCC
125 TCGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * ** *
3086967 ATTTATAGTCACTAATACCTTCGAAAGGCTAGTTATTGGCTTTAAA-GGATTTTATAACCTTATA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGG-TTTTATAATCTTATA
3087031 AATGATTTTAAAT
65 AATGATTTTAAAT
3087044 CAAAATTGTT
Statistics
Matches: 2010, Mismatches: 503, Indels: 334
0.71 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
159 54 0.03
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205 1 0.00
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ATGATTTTAAATAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGATGTTTGCATCGGGA
AACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
Found at i:3085062 original size:340 final size:335
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Indices: 3084193--3087043 Score: 1495
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3084183 ATGCAACTCA
* * * *
3084193 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTTACAA
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** * *
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66 ATAATTTTAAA-T-AAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGGATGTTTGCA-TC
* * * * * * *
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128 AGAAACATGAAGCGAAAGCAATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCCTTCGA
* * * * * * *
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193 AAGCCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTC
* * * * * * * * * *
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* *
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* *
3084533 ATTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAA
* * * *
3084598 ATGATTTTAAATAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATGATAATTGGATGTTTGCATCGGG
66 ATAATTTTAAATAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGGATGTTTGCATC-AG
* * * ** *
3084663 TAACATGAAGCGAAAGCAATGCATTGACAAGAAAAGTCCACTTGTAGCCACTCATGCCTTCGAAA
130 AAACATGAAGCGAAAGCAATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCCTTCGAAA
* * *
3084728 GCCTATTTACTTATTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA
195 GCCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA
*
3084792 TTTTTGTTTAAAGAGATCATAATTTGTTGTTTGAATCTGGCAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATT
259 TTTTTGTTTAAA-AGATCATAATTTGTTGTTTGAAT-TGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATT
3084857 GACAAGAAAAGTCC
322 GACAAGAAAAGTCC
* * ** *
3084871 ATTTATAGTTACTTATGCCTTCGAAAATGTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAA
* * * *
3084936 ATAATTTTATATCAAAATGTTCTTT-ATTTCTTGG-TAAAACAGATCATAGTTGGATGTTTG-AG
66 ATAATTTTAAAT--AAAT-TTTTTTCATTT-TTGGTTAAAACAGATAATAATTGGATGTTTGCA-
* *
3084998 TCATGAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTCACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCCTT
126 TCA-GAAACATGAAGCGAAAGCAATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCCTT
* ** * * * *
3085063 CGAAAGTCTAGTTACTCGCTCTAAATGGCTTCATAATCTTATAAATGATTTTCAATTGAATGTTT
190 CGAAAGCCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTT
* * * * * *
3085128 TTTCAATTTTGGTTAAAACATATCATAACTTGATT-TTTGGAA-TGAGAAACGTGAAGTGAAAGC
254 TTTC-ATTTTTGTTTAAA-AGATCATAATTTG-TTGTTT-GAATTG-GAAATGTGAAGCGAAAGC
3085191 CATCCATTGACAAGAAAAGTCC
314 CATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * ** * * * *
3085213 TAATTTGTTGTTTC-CA-G---TGGAAAACGTGAAGTGAAAGTCATC-CATTGACAA-GAAAAGT
1 --ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCT--AGT--TA--C-TCGC-TTTA-AATG---A-T
** * * * ** * *
3085271 CAATTTATAGTCACTCATGCCCTCGAAAGCCTAGCTACTCACCTTAAATGGTTTTGTAATCTTAG
51 ---TTTATA---A-TC-T----TATAAA---TA-AT-TTTA-AATAAAT--TTTTTTCAT-TT--
* * * * ** *
3085336 AAATGGTTTTAAACTGA-AATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCTTAATTTGTTC-TTTGC
93 --TTGG-TTAAAACAGATAA------T-A--ATTGG-----AT-G-------TTTG--CATCAGA
* * * * * * * * **
3085399 ATCAGGAAACGTGAAAGCTATCCAATGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCGTTTAAA
131 AACATG-AA-GCGAAAGCAATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCCTTCGAA
* * * * * * * ** * *
3085464 AGTCTTGTTCCTTACTTCAAATGGTTTTATAATTTTGGAAATGATTTTAGATTGATTTTTTTTAC
194 AGCCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-C
** * * * * *
3085529 ATTTTTGGGTAAAAAATATCATAATTTGTTG-TTCACCTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCC
258 ATTTTT--GTTTAAAAGATCATAATTTGTTGTTTGA-AT-TGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCC
*
3085593 ATTGACAAGAAAAG-CGT
319 ATTGACAAGAAAAGTC-C
* * * * * * * *
3085610 ATATTATAGTTACTCATGCCTTCGAAACCCTAGCTACTCACTCTAAATGGTTGTATAATCTTGT-
1 AT-TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATA
* *
3085674 AATCAA---T---T---TTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCATCA
65 AAT-AATTTTAAATAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGGATGTTTGCATC-
* * * * * * *
3085729 AAAAACATGAAGCGAAAGCAATCTATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGGCTTCGA
128 AGAAACATGAAGCGAAAGCAATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCCTTCGA
* * * * *
3085794 GAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTACAAATGATTTTAAATTGGATTTTTTTC
193 AAGCCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTC
* * * * * * * * *
3085859 ATTTTTTGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATAGGAAAACGTAAAGCAAAAGGCATCCA
258 A-TTTTTGTTTAAA-AGATCATAATTTGTTGTTTGAATTGG-AAATGTGAAGCGAAAGCCATCCA
3085924 TTGACAAGAAAAGTCC
320 TTGACAAGAAAAGTCC
* * * *
3085940 ATTTATCGTCGCTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAA
* *** * *** ** * * *
3086005 ATGATTTTAAATCAAAATCACTTTCGTTTCCAGTTAAAGTAGATCATAGTTGGATGTTTACATCA
66 ATAATTTTAAAT--AAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGGATGTTTGCATCA
** ** * ** * * * * * * *
3086070 TGAAATGTGAAATGAAAGCCATTTATTTACAAGAAAAGTCCGTTCATAGTCACTCAAGCTTTCAA
129 -GAAACATGAAGCGAAAGCAATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCCTTCGA
* * * * * *
3086135 AAGCCTTGTTGCT--TGCTTAAAGTGGTTTTATAA-CTTTGTAAGTGATTTTAAATTGGATTTGT
193 AAGCCTAGTTACTCAT-TTTAAA-TGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-T
* * ** * * * *
3086197 TTTCATTATTGGTTAAAATAGATCATAATTTCATGTTTGCATCAGAAAACT-TGAAGCAAAAGCC
254 TTTCATT-TTTGTTTAAA-AGATCATAATTTGTTGTTTGAAT-TGGAAA-TGTGAAGCGAAAGCC
* *
3086261 ATCCATTAACAAGAAAAGTTC
315 ATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * * * *
3086282 ATTTATAATCACTCATGTCTTCGAGAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTTA-AA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAA
* * * * * * ** * *
3086346 AAAGACTTTAAATTAGATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATCATAATTTAATGTTTTCATTG
66 ATA-ATTTTAAA-TAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGGATGTTTGCA-TC
* * * * * * **
3086411 GGAAACATAAAGTAGAAGGC-ATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTTTGCCTTCG
128 AGAAACATGAAG-CGAAAGCAATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCCTTCG
* * * ** * *
3086475 AGAGCCTAGTTACTTACTTTAAACAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT-AATTCAAAATAATT
192 AAAGCCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATT--GAAT-TTT
** * * * * * * * ** ***
3086539 TTTGGTTCTAGTTAAAACATATCATAGTTGGATGTTTTCATCAT-GAAGCATGAAG-GAAAAGCC
254 TTTCATTTTTGTTTAAA-AGATCATAATTTGTTGTTTGAAT--TGGAAATGTGAAGCG-AAAGCC
* *
3086602 ATCCATTCACCAA-AAAAGTGC
315 ATCCATTGA-CAAGAAAAGTCC
* * * * * *
3086623 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAA-CTTTGTA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC-TTATA
* * * * * *
3086687 AATGATTTTAAATTGAATTTGTTTTCATTATTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCAT-
65 AATAATTTTAAA-TAAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGGATGTTTGCATC
* * * * * * ***
3086751 AGGAAAACTTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTTACTCATGTAATC
128 A-G-AAACATGAAGCGAAAGCAATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCCTTC
* * * * * * *
3086816 GAATA-CCTACTTCCTCACTTTAAATTGTCTTATAATCCTATAAATGATTTTGAATTGAATTTCT
191 GAA-AGCCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA--T-T
* * * * **
3086880 TTTTTCATTTTTCGTTAAAATAGATCATAATTTGTTGTTTGCATAAGAAAACATGAAGCGAAAGC
252 TTTTTCATTTTT-GTTTAAA-AGATCATAATTTGTTGTTTGAAT-TGGAAATGTGAAGCGAAAGC
*
3086945 CATCCATTGATAAGAAAAGTCC
314 CATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * ** * * * *
3086967 ATTTATAGTCACTAATACCTTCGAAAGGCTAGTTATTGGCTTTAAAGGATTTTATAACCTTATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAA
*
3087032 ATGATTTTAAAT
66 ATAATTTTAAAT
3087044 CAAAATTGTT
Statistics
Matches: 1941, Mismatches: 409, Indels: 319
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
329 62 0.03
330 56 0.03
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332 4 0.00
333 8 0.00
335 1 0.00
338 150 0.08
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340 222 0.11
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349 1 0.00
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388 1 0.00
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399 2 0.00
401 7 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (335 bp):
ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAA
ATAATTTTAAATAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGGATGTTTGCATCAGA
AACATGAAGCGAAAGCAATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
CCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATT
TTTGTTTAAAAGATCATAATTTGTTGTTTGAATTGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACA
AGAAAAGTCC
Found at i:3085534 original size:166 final size:166
Alignment explanation
Indices: 3085243--3086526 Score: 457
Period size: 170 Copynumber: 7.6 Consensus size: 166
3085233 AAAACGTGAA
* * *
3085243 GTGAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCCTCGAAAGCCTAGCTA
1 GTGAAAGTCATCCAATGAAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCCTCAAAAGCCTAGCTA
* * *
3085308 CTCACCTTAAATGGTTTTGTAATCTTAGAAATGGTTTTAAACTGAAATTTTTTTCATTTTTGGTT
66 CTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTTAGAAATGATTTTAAACTGAAATTTTTTTCATTTTTGGGT
* *
3085373 AAAATAGATCTTAATTTGTTCTTTGCATCAGGAAAC
131 AAAAAAGATCATAATTTGTTCTTTGCATCAGGAAAC
* ** * * * *
3085409 GTGAAAG-CTATCCAATGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCGTTTAAAAGTCTTGTT
1 GTGAAAGTC-ATCCAATGAAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCCTCAAAAGCCTAGCT
* * * * * * *
3085473 CCTTA-CTTCAAATGGTTTTATAATTTTGGAAATGATTTTAGATTG-ATTTTTTTTACATTTTTG
65 ACTCACCTT-AAATGGTTTTATAATCTTAGAAATGATTTTAAACTGAAATTTTTTT-CATTTTTG
* * ** * *
3085536 GGTAAAAAATATCATAATTTGTTGTTCACCTCAGGAAAT
128 GGTAAAAAAGATCATAATTTGTTCTTTGCATCAGGAAAC
* * * * * * * *
3085575 GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG-CGTATATTATAGTTACTCATGCCTTCGAAACC
1 GT---G--AAAGTCATCCAATGAAAAGAAAAGTC-AAT-TTATAGTCACTCATGCCCTCAAAAGC
* * * *
3085639 CTAGCTACTCA-CTCTAAATGGTTGTATAATC-T-----TG----T-AA-TCAATTTTTTTTTAT
59 CTAGCTACTCACCT-TAAATGGTTTTATAATCTTAGAAATGATTTTAAACTGAAATTTTTTTCAT
* * * * * * **
3085691 TTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCATCAAAAAAC
123 TTTTGGGTAAAAAAGATCATAATTTGTTCTTTGCATCAGGAAAC
* * * * * * * * *
3085735 ATGAAGCGAAAG-CAATCTATTGATAAA-AAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGGCTTCGAGAGC
1 -----GTGAAAGTC-ATCCAATGA-AAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCCTCAAAAGC
* * * * * *
3085798 CTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTACAAATGATTTTAAATTG-GATTTTTTTCATT
59 CTAGCTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTTAGAAATGATTTTAAACTGAAATTTTTTTCATT
* * * * * *
3085862 TTTTGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCAT-AGGAAAAC
124 TTTGGGTAAAAAAGATCATAATTTGTTCTTTGCATCAGG-AAAC
* * * * * * * *
3085905 GTAAAGCAAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATCGTCGCTCATGCCTTCGAAAGCCT
1 GT---G--AAAGTCATCCAATGAAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCCTCAAAAGCCT
* * * * * *** *
3085970 AGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TCAAAATCACTTTCGTTT
61 AGCTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTTAGAAATGATTTTAAACT-GAAATTTTTTTCATTT
*** * ** * * * * * * *
3086034 CCAGTTAAAGTAGATCATAGTTGGATGTTTACATCATGAAAT
125 TTGGGTAAAAAAGATCATAATTTGTTCTTTGCATCAGGAAAC
** * * * ** * * **
3086076 GTGAAATGAAAGCCATTTATTTACAAGAAAAGTCCGTTCATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCT
1 GTGAAA-GTCATCCA---A-TGAAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCCTCAAAAGCCT
* * * ** * * * *
3086141 TGTTGCT-TGCTTAAAGTGGTTTTATAA-CTTTGTAAGTGATTTTAAATTG-GATTTGTTTTCAT
61 AGCTACTCACCTTAAA-TGGTTTTATAATCTTAG-AAATGATTTTAAACTGAAATTT-TTTTCAT
* * * ** * *
3086203 TATTGGTTAAAATAGATCATAATTTCATGTTTGCATCAGAAAAC
123 TTTTGGGTAAAAAAGATCATAATTTGTTCTTTGCATCAGGAAAC
* * * * * * * *
3086247 TTGAAGCAAAAGCCATCC-ATTAACAAGAAAAGTTC-ATTTATAATCACTCATGTCTTCGAGAGC
1 --G-TG--AAAGTCATCCAATGAA-AAGAAAAG-TCAATTTATAGTCACTCATGCCCTCAAAAGC
* * * * * * * *
3086310 CTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTTAAAAAAGACTTTAAA-TTAGATTTTTTTCATT
59 CTAGCTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTTAGAAATGATTTTAAACTGAAATTTTTTTCATT
* * * ** * * **
3086374 TTTGGTTAAAATATATCATAATTTAATGTTTTCATTGGGAAAC
124 TTTGGGTAAAAAAGATCATAATTTGTTCTTTGCATCAGGAAAC
* * * * ** * * *
3086417 ATAAAGTAGAAGGCATCCATTGACAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTTTGCCTTCGAGAGCC
1 GT---G-A-AAGTCATCCAATGA-AAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCCTCAAAAGCC
* * * ** *
3086481 TAGTTACTTACTTTAAACAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAA
60 TAGCTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTTAGAAATGATTTTAA
3086527 TTCAAAATAA
Statistics
Matches: 857, Mismatches: 190, Indels: 138
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
159 49 0.06
160 58 0.07
161 13 0.02
162 2 0.00
165 16 0.02
166 130 0.15
167 5 0.01
168 2 0.00
169 9 0.01
170 274 0.32
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172 58 0.07
173 2 0.00
174 1 0.00
175 4 0.00
176 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (166 bp):
GTGAAAGTCATCCAATGAAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCCTCAAAAGCCTAGCTA
CTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTTAGAAATGATTTTAAACTGAAATTTTTTTCATTTTTGGGT
AAAAAAGATCATAATTTGTTCTTTGCATCAGGAAAC
Found at i:3085550 original size:397 final size:398
Alignment explanation
Indices: 3084836--3085606 Score: 860
Period size: 397 Copynumber: 1.9 Consensus size: 398
3084826 ATCTGGCAAT
* * * * **
3084836 GTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTTATGCCTTCGAAAATGT
1 GTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCCTCGAAAACCT
* * * * *
3084901 AGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTATATCAAAATGTTCTTTATTTC
66 AGCTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTTAGAAATAATTTTAAATCAAAATGTTCTTTATTTC
* * * * *
3084966 TTGGTAAAACAGATCATAGTTGGATGTTTGAGTCATGAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTCAC
131 TTGGTAAAACAGATCATAATTGGATCTTTGAGTCAGGAAAC----AGCGAAAGCTATCCAATCAA
* *
3085031 AAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTCTAGTTACTCGCTCTAAATGGCTTCA
192 AAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTCACTCTAAATGGCTTCA
* * *
3085096 TAATCTTATAAATGATTTTCAATTGAATGTTTTTTCAATTTTGGTTAAAACATATCATAACTTGA
257 TAATCTTAGAAATGATTTTCAATTGAATGTTTTTTCAATTTTGGGTAAAAAATATCATAACTTG-
* * * **
3085161 TTTTTGGA-ATGA-GAAACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCTAATTTGTTGT
321 TTGTT-CACATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCTAATTTGTTGT
3085224 TTCCAGTGGAAAAC
385 TTCCAGTGGAAAAC
* * *
3085238 GTGAAGTGAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCCTCGAAAGCCT
1 GTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCCTCGAAAACCT
* ** * *
3085303 AGCTACTCACCTTAAATGGTTTTGTAATCTTAGAAATGGTTTTAAA-CTGAAAT-TTTTTTCATT
66 AGCTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTTAGAAATAATTTTAAATC-AAAATGTTCTTT-ATT
* * * * * *
3085366 T-TTGGTTAAAATAGATCTTAATTTGTTCTTTGCA-TCAGGAAAC-GTGAAAGCTATCCAATGAA
129 TCTTGG-TAAAACAGATCATAATTGGATCTTTG-AGTCAGGAAACAGCGAAAGCTATCCAATCAA
* * * * * * * *
3085428 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCGTTTAAAAGTCTTGTTCCTTACT-TCAAATGGTTTT
192 AAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTCACTCT-AAATGGCTTC
* * * * *
3085492 ATAATTTTGGAAATGATTTT-AGATTG-ATTTTTTTTACATTTTTGGGTAAAAAATATCATAATT
256 ATAATCTTAGAAATGATTTTCA-ATTGAATGTTTTTT-CAATTTTGGGTAAAAAATATCATAACT
* *
3085555 TGTTGTTCACCTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
319 TGTTGTTCACATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
3085607 CGTATATTAT
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 55, Indels: 23
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
395 1 0.00
396 16 0.05
397 147 0.48
401 10 0.03
402 130 0.43
403 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (398 bp):
GTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCCTCGAAAACCT
AGCTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTTAGAAATAATTTTAAATCAAAATGTTCTTTATTTC
TTGGTAAAACAGATCATAATTGGATCTTTGAGTCAGGAAACAGCGAAAGCTATCCAATCAAAAGA
AAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTCACTCTAAATGGCTTCATAAT
CTTAGAAATGATTTTCAATTGAATGTTTTTTCAATTTTGGGTAAAAAATATCATAACTTGTTGTT
CACATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCTAATTTGTTGTTTCCAG
TGGAAAAC
Found at i:3086359 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 3085678--3087049 Score: 1728
Period size: 512 Copynumber: 2.7 Consensus size: 511
3085668 TCTTGTAATC
* * * * * *
3085678 AATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCATCAAAAAACATGAAGCG
1 AATTTGTTTTCATTATTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACTTGAAGCG
* * * * * * *
3085743 AAAGCAATCTATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGGCTTCGAGAGCCTTGTTACTC
66 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCATGTCTTCGAGAGCCTAGTTACTC
* *
3085808 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTACAAATGATTTTAAATTGGATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAA
131 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAAATGATTTTAAATTGGATTTTTTTCATTTTTCGTTAAAA
* *
3085873 CATATCATAATTTGATGTTTGCATAGGAAAACGTAAAGCAAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGT
196 TATATCATAATTTGATGTTTGCATAGGAAAACATAAAGCAAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * *
3085938 CCATTTATCGTCGCTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
261 CCATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAA-GGTTTTATAATCTTAT
* * **
3086003 AAATGATTTTAAATCAAAATCACTTTCGTTTCCAGTTAAAGTAGATCATAGTTGGATGTTTACAT
325 AAATGATTTTAAATCAAAATAACTTTCGGTTCCAGTTAAAACAGATCATAGTTGGATGTTTACAT
** * ** * * *
3086068 CATGAAATGTGAAATG-AAAGCCATTTATTTA-CAAGAAAAGTCCGTTCATAGTCACTCAAGCTT
390 CATGAAACATG-AAGGAAAAGCCATCCATTCACCAA-AAAAGTCCATTCATAGTCACTCAAGCCT
* ** * *
3086131 TCAAAAGCCTTGTTGCTTGCTTAAAGTGGTTTTATAACTTTGTAAGTGATTTTAAATTG
453 TCAAAAGCCTTGTTACTCACTTAAAGTGATTTTATAACTTTGTAAATGATTTTAAATTG
* * * * *
3086190 GATTTGTTTTCATTATTGGTTAAAATAGATCATAATTTCATGTTTGCATCAGAAAACTTGAAGCA
1 AATTTGTTTTCATTATTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACTTGAAGCG
* * *
3086255 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTTCATTTATAATCACTCATGTCTTCGAGAGCCTAGTTACTC
66 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCATGTCTTCGAGAGCCTAGTTACTC
* * * * *
3086320 ACTTTAAATGGTTTTACAATCTTAAAAAAGACTTTAAATTAGATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
131 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAAATGATTTTAAATTGGATTTTTTTCATTTTTCGTTAAAA
* * * * * * *
3086385 TATATCATAATTTAATGTTTTCATTGGGAAACATAAAGTAGAAGGCATCCATTGACAAAAAAAGT
196 TATATCATAATTTGATGTTTGCATAGGAAAACATAAAGCAAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGT
** * ** *
3086450 CCATTTATAGTCACTTTTGCCTTCGAGAGCCTAGTTACTTACTTTAAACAGTTTTATAATCTTAT
261 CCATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAA-GGTTTTATAATCTTAT
* * * * * *
3086515 AAATGATTTTAATTCAAAATAATTTTTGGTTCTAGTTAAAACATATCATAGTTGGATGTTTTCAT
325 AAATGATTTTAAATCAAAATAACTTTCGGTTCCAGTTAAAACAGATCATAGTTGGATGTTTACAT
* * *
3086580 CATGAAGCATGAAGGAAAAGCCATCCATTCACCAAAAAAGTGCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
390 CATGAAACATGAAGGAAAAGCCATCCATTCACCAAAAAAGTCCATTCATAGTCACTCAAGCCTTC
* *
3086645 GAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAACTTTGTAAATGATTTTAAATTG
455 AAAAGCCTTGTTACTCACTTAAAGTGATTTTATAACTTTGTAAATGATTTTAAATTG
3086702 AATTTGTTTTCATTATTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCAT-AGGAAAACTTGAAGC
1 AATTTGTTTTCATTATTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAAACTTGAAGC
* ** * * *
3086766 GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-ATCTATTTATAGTTACTCATGTAATCGA-ATACCTACTTC
65 GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTTACTCATGTCTTCGAGA-GCCTAGTTA
* * * * * *
3086829 CTCACTTTAAATTGTCTTATAATCCTATAAATGATTTTGAATTGAATTTCTTTTTTCATTTTTCG
128 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAAATGATTTTAAATTGGA--T-TTTTTTCATTTTTCG
* * * * * * *
3086894 TTAAAATAGATCATAATTTGTTGTTTGCATAAGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAG
190 TTAAAATATATCATAATTTGATGTTTGCATAGGAAAACATAAAGCAAAAGGCATCCATTGACAAG
* * * *
3086959 AAAAGTCCATTTATAGTCACTAATACCTTCGAAAGGCTAGTTATTGGCTTTAAAGGATTTTATAA
255 AAAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAAGG-TTTTATAA
*
3087024 CCTTATAAATGATTTTAAATCAAAAT
319 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAAT
3087050 TGTTGGCTCC
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 123, Indels: 15
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
511 7 0.01
512 573 0.79
513 3 0.00
514 2 0.00
515 143 0.20
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
AATTTGTTTTCATTATTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACTTGAAGCG
AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCATGTCTTCGAGAGCCTAGTTACTC
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAAATGATTTTAAATTGGATTTTTTTCATTTTTCGTTAAAA
TATATCATAATTTGATGTTTGCATAGGAAAACATAAAGCAAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAAGGTTTTATAATCTTATA
AATGATTTTAAATCAAAATAACTTTCGGTTCCAGTTAAAACAGATCATAGTTGGATGTTTACATC
ATGAAACATGAAGGAAAAGCCATCCATTCACCAAAAAAGTCCATTCATAGTCACTCAAGCCTTCA
AAAGCCTTGTTACTCACTTAAAGTGATTTTATAACTTTGTAAATGATTTTAAATTG
Found at i:3097845 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 3097793--3097877 Score: 134
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 41
3097783 TGATGTGGTC
* *
3097793 CCGGCTATGTGCGAGTAGGAGTGCGCATAAGCCGATGATGA
1 CCGGCTATGTGCAAGTAGGAGTGCACATAAGCCGATGATGA
*
3097834 CCGGACTATGTGCAAGTGGGAGTGCACATAAGCCGATGATGA
1 CCGG-CTATGTGCAAGTAGGAGTGCACATAAGCCGATGATGA
3097876 CC
1 CC
3097878 CAACCATATG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 1
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.10
42 36 0.90
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CCGGCTATGTGCAAGTAGGAGTGCACATAAGCCGATGATGA
Found at i:3097894 original size:42 final size:43
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Indices: 3097810--3097915 Score: 133
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3097800 TGTGCGAGTA
* ** * *
3097810 GGAGTGCGCATAAGCCGATGATGACCGGACTATGTGCAAGT-G
1 GGAGTGCACATAAGCCGATGATGACCCAACCATATGCAAGTGG
*
3097852 GGAGTGCACATAAGCCGATGATGACCCAACCATATGCTAGTGG
1 GGAGTGCACATAAGCCGATGATGACCCAACCATATGCAAGTGG
* *
3097895 GGAGTGCACATGAGCTGATGA
1 GGAGTGCACATAAGCCGATGA
3097916 CGATGGGAGA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 8, Indels: 1
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
42 35 0.64
43 20 0.36
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.33, T:0.19
Consensus pattern (43 bp):
GGAGTGCACATAAGCCGATGATGACCCAACCATATGCAAGTGG
Found at i:3112179 original size:171 final size:168
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Indices: 3111441--3112821 Score: 1087
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3111431 TTGTTTCCTA
* * * ** * * * *
3111441 TTAAAACATATCATAGTTCGATGTTTGTATCATGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTCACTAG
1 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG
* * * * * ** *
3111506 AAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGCGATTTTATAA
66 AAAAGT-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
3111571 -CTT-TGCAAATGATTTTAAATTGAATTTGTTTTCACTATTGG
130 TCTTAT---AATGATTTGAAATTGAA-TTGTTTTCATTTTTGG
* * * ** * *
3111612 TTAAAACATATCAGAATTTGGTGTTTGCATTGGGAAACT-ACAAACGAAAGCCATCCATTAACAA
1 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGGGAAA-TGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAA
* * *
3111676 GAAAAGTCCATTTATAGGT-ACTCAT-CCATCGAAAA-CCTAGTTACTTGCTTTAAATTGTTTTA
65 GAAAAGT-CATTTATA-GTCACTCATGCCTTC-AAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTA
3111738 TAATCTTATAAATGATTTTG-AATTGAATTTGTTTTCATTTTTGG
127 TAATCTTAT-AATGA-TTTGAAATTGAA-TTGTTTTCATTTTTGG
* * * ** **
3111782 CTAAAACAGATCATAA-TTGTTTGTTTGCATAAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAA
1 TTAAAACATATCATAATTTG-ATGTTTGCATCGGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAA
* * * * *
3111846 GAAAAGTCCA-CTA-A-T-A--CA----TTCGAAAGGCTAGTT-GTTGGCTTTAAA-GGATTTTA
65 GAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTT-ACTTTAAATGG-TTTTA
* *
3111899 TAACCTTATGAATGATTTCAAATTGAATTTGTTTTCATTTTTGG
127 TAATCTTAT-AATGATTTGAAATTGAA-TTGTTTTCATTTTTGG
* * * **
3111943 TTAAAACAGATTATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG
1 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG
** * * * **
3112008 AAACCTGCATTTATGGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTGGAATGGTTTTATAA
66 AAAAGT-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAA
3112073 TCTTATATATGATTTGAAATTGAATTCGTTTTCATTTTTGG
130 TCTTATA-ATGATTTGAAATTGAATT-GTTTTCATTTTTGG
* * *
3112114 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGGATCAGAAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG
1 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG
* * *
3112179 AAAAGACCATTTATAGGCACTCATGCCTTCAAAAG-CTAAGTTACTTACTTTAAATGGTTATATA
66 AAAAG-TCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCT-AGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
3112243 ATCTTATCAATGATTTTAAATTAAAATT-TTTTTATTTCTT-G
129 ATCTTAT-AATGATTTGAAATT-GAATTGTTTTCATTT-TTGG
* * * * * * * * * *
3112284 TTTAACCATATCATAGTTGGATGTTTACAAT-GGGAAACGTGAAGTGACAGTCATCCATTGAGAA
1 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGC-ATCGGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAA
** * * * *
3112348 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAACCCTTCGAAGGCCTTA-TTACTCACTTTAAGTGGTTTTAT
65 GAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC-TAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
3112412 AA-CTTTATAACTGA-TTGAAAATTAAATTATTTTCATTTTTTG
128 AATC-TTATAA-TGATTTG-AAATTGAATTGTTTTCATTTTTGG
** * * * *
3112454 TTAAAATGTATCATAATTTGTTGTTTGCATGGGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATAGACAAA
1 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG
* * * ** * * **
3112519 AAAAGTCTAGTTATAGCCACTTATGTGTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAATTTTATAA
66 AAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
3112584 TCTTGTAAATGATTGTG-AATTG-ACTGTTTTAACGTTTTTGG
130 TCTTAT-AATGATT-TGAAATTGAATTGTTTT--CATTTTTGG
* * ** * * *
3112625 GTAAAAAATATCATAATTT-ATTGTTTGCATCAAGAAATATGAAGTGAAAGCCATCTATTGACAA
1 TTAAAACATATCATAATTTGA-TGTTTGCATCGGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAA
* * * * ** *
3112689 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCTTGCCTTCAAAAGCTTTGTTACTTATTTTACGTGGTTTTGTA
65 GAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
3112754 A-CTTTATAAATGATTTTAGATTGAGTTTTTTTCATTTTTGG
129 ATC-TTAT-AATGATTTGAAATTGAATTGTTTTCATTTTTGG
*
3112795 TTAAAACTTATCATAATTTGATGTTTG
1 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTG
3112822 TGCCAGGAAA
Statistics
Matches: 970, Mismatches: 185, Indels: 111
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 9 0.01
161 120 0.12
162 5 0.01
164 3 0.00
165 1 0.00
166 2 0.00
167 2 0.00
168 1 0.00
169 27 0.03
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171 400 0.41
172 18 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG
AAAAGTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTTATAATGATTTGAAATTGAATTGTTTTCATTTTTGG
Found at i:3112585 original size:340 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3111441--3112821 Score: 990
Period size: 341 Copynumber: 4.1 Consensus size: 342
3111431 TTGTTTCCTA
* * * * * ** *
3111441 TTAAAACATATCATAGTTCGATGTTTGTATCATG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTCACTA
1 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATAGACAA
* * * * * * ** **
3111505 GAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT-TGTTACTCACTTTAAGCGATTTTAT
65 AAAAAGACCAGTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAG-CTAAGTTACTTGCTTTAAATGATTTTAT
* * * * * *
3111569 AA-CTT-TGCAAATGATTTTAAATTGAATTTGTTTTCACTATTGGTTAAAACATATCAGAATTTG
129 AATCTTAT--AAATGATTTCAAATTAAATTTGTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTG
* * * * * *
3111632 G-TGTTTGCATTGGGAAAC-TACAAACGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGGT
191 GATGTTTACAATGGGAAACAT-GAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAACTCCATTTATA-GT
* ** ** * *
3111695 -ACTCAT-CCATCGAAAA-CCTAGTTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT
254 CACTCATACCTTC-AAAAGCCTAGTTACTCACTTGGAATGGTTTTATAATCTTATATATGA-TTT
* **
3111757 G-AATTGAATTTGTTTTCATTTTTGG
317 GAAATTAAATTCATTTTCATTTTTGG
* * * * * ** *
3111782 CTAAAACAGATCATAA-TTGTTTGTTTGCATAAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAA
1 TTAAAACATATCATAATTTG-ATGTTTGCATCAGAAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATAGACAA
* * * * * * * *
3111846 GAAAAGTCCACTAATA--CA-T--T--C--GAAAGGCT-AGTT-GTTGGCTTTAAAGGATTTTAT
65 AAAAAGACCAGTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCTAAGTTACTT-GCTTTAAATGATTTTAT
* * * * *
3111900 AACCTTATGAATGATTTCAAATTGAATTTGTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTTGAT
129 AATCTTATAAATGATTTCAAATTAAATTTGTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGAT
* * * * *
3111965 GTTTGCATTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAACCTGCATTTATGGTCACTC
194 GTTTACAATGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTC
*
3112030 ATACCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTGGAATGGTTTTATAATCTTATATATGATTTGAAATTG
259 ATACCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTGGAATGGTTTTATAATCTTATATATGATTTGAAATTA
*
3112095 AATTCGTTTTCATTTTTGG
324 AATTCATTTTCATTTTTGG
* * *
3112114 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGGATCAGAAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG
1 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATAGACAAA
* * * * *
3112179 AAAAGACCATTTATAGGCACTCATGCCTTCAAAAGCTAAGTTACTTACTTTAAATGGTTATATAA
66 AAAAGACCAGTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCTAAGTTACTTGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * *
3112244 TCTTATCAATGATTTTAAATTAAAATTT-TTTT-ATTTCTT-GTTTAACCATATCATAGTTGGAT
131 TCTTATAAATGATTTCAAATT-AAATTTGTTTTCATTT-TTGGTTAAAACAGATCATAATTGGAT
* * * * * *
3112306 GTTTACAATGGGAAACGTGAAGTGACAGTCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
194 GTTTACAATGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTC
* * *
3112371 A-ACCCTTCGAAGGCCTTA-TTACTCACTT-TAAGTGGTTTTATAA-CTT-TATAACTGA-TTGA
259 ATA-CCTTCAAAAGCC-TAGTTACTCACTTGGAA-TGGTTTTATAATCTTATAT-A-TGATTTG-
*
3112430 AAATTAAATT-ATTTTCATTTTTTG
318 AAATTAAATTCATTTTCATTTTTGG
** * ** *
3112454 TTAAAATGTATCATAATTTGTTGTTTGCATGGGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATAGACAAA
1 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATAGACAAA
* * * ** * *
3112519 AAAAGTCTAGTTATAGCCACTTATGTGTTCAAAAGCCT-TGTTACTTGCTTTAAATAATTTTATA
66 AAAAGACCAGTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAG-CTAAGTTACTTGCTTTAAATGATTTTATA
* * * * * * * * *
3112583 ATCTTGTAAATGATTGT-GAATT-GA-CTGTTTTAACGTTTTTGGGTAAAAAATATCATAATT-T
130 ATCTTATAAATGATT-TCAAATTAAATTTGTTTT--CATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGG
* ** * * * * *
3112644 ATTGTTTGC-ATCAAGAAATATGAAGTGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
192 A-TGTTTACAAT-GGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTC
* * * * * ** * * * *
3112708 ACTCTTGCCTTCAAAAGCTTTGTTACTTA-TTTTACGTGGTTTTGTAA-CTTTATAAATGATTTT
255 ACTCATACCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTGGA-ATGGTTTTATAATC-TTATATATGATTTG
* * * *
3112771 AGATTGAGTT-TTTTTCATTTTTGG
318 AAATTAAATTCATTTTCATTTTTGG
*
3112795 TTAAAACTTATCATAATTTGATGTTTG
1 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTG
3112822 TGCCAGGAAA
Statistics
Matches: 840, Mismatches: 153, Indels: 94
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
330 6 0.01
331 129 0.15
332 135 0.16
333 4 0.00
334 3 0.00
335 1 0.00
337 2 0.00
338 6 0.01
339 6 0.01
340 155 0.18
341 334 0.40
342 50 0.06
343 9 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATAGACAAA
AAAAGACCAGTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCTAAGTTACTTGCTTTAAATGATTTTATAA
TCTTATAAATGATTTCAAATTAAATTTGTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGT
TTACAATGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCAT
ACCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTGGAATGGTTTTATAATCTTATATATGATTTGAAATTAAA
TTCATTTTCATTTTTGG
Found at i:3113024 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 3112985--3113043 Score: 54
Period size: 9 Copynumber: 6.8 Consensus size: 9
3112975 AACTAGGCAT
3112985 AATG-AATA
1 AATGAAATA
3112993 AAT-AAATA
1 AATGAAATA
3113001 ATAT-ATAAT-
1 A-ATGA-AATA
3113010 AATGAAATA
1 AATGAAATA
*
3113019 AATGAAAAA
1 AATGAAATA
*
3113028 AATGAAAAA
1 AATGAAATA
3113037 AATGAAA
1 AATGAAA
3113044 ATAATAATAA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 1, Indels: 9
0.82 0.02 0.16
Matches are distributed among these distances:
8 13 0.29
9 29 0.64
10 3 0.07
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.08, T:0.22
Consensus pattern (9 bp):
AATGAAATA
Found at i:3113044 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 3113010--3113044 Score: 61
Period size: 9 Copynumber: 3.9 Consensus size: 9
3113000 AATATATAAT
*
3113010 AATGAAATA
1 AATGAAAAA
3113019 AATGAAAAA
1 AATGAAAAA
3113028 AATGAAAAA
1 AATGAAAAA
3113037 AATGAAAA
1 AATGAAAA
3113045 TAATAATAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
9 25 1.00
ACGTcount: A:0.74, C:0.00, G:0.11, T:0.14
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AATGAAAAA
Found at i:3114412 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 3114369--3114452 Score: 125
Period size: 36 Copynumber: 2.4 Consensus size: 36
3114359 ATGTGTCCTA
* *
3114369 GGAGTGCACATGATGATATT-GCCATGTGCAGTGTG
1 GGAGTGCACATGATGACATTAGCCATGTGCAGTATG
* *
3114404 GGAGTGCACATGATGACATTAGCTATGTGCGGTATG
1 GGAGTGCACATGATGACATTAGCCATGTGCAGTATG
3114440 GGAGTGCACATGA
1 GGAGTGCACATGA
3114453 GTTGGATTGA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 4, Indels: 1
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
35 19 0.43
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ACGTcount: A:0.25, C:0.14, G:0.35, T:0.26
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GGAGTGCACATGATGACATTAGCCATGTGCAGTATG
Found at i:3114779 original size:62 final size:61
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Indices: 3114674--3114892 Score: 242
Period size: 62 Copynumber: 3.5 Consensus size: 61
3114664 TTTTCGCTGT
*
3114674 AGCCAAATTGATTCTCG-CTGCAGCGAGAAACATTTTGTTTTGGGAGTCACTGTTCTCGCCGC
1 AGCCAAATTGATTCTCGTC-GCAGCGAGAAAC-TTTTGTCTTGGGAGTCACTGTTCTCGCCGC
* * * * * *
3114736 AGCTAAATTGATTTTCGTCGCAACGAGAAACTTTCTGTCTTGGGAATCACTGTTCTTGTCGC
1 AGCCAAATTGATTCTCGTCGCAGCGAGAAACTTT-TGTCTTGGGAGTCACTGTTCTCGCCGC
* * * * * * *
3114798 AGCCAAATTGATTTTTGCCACAGTGAGAAACTTTTTGCCTTGGGAGTCACTGTTCTCGCTGC
1 AGCCAAATTGATTCTCGTCGCAGCGAGAAAC-TTTTGTCTTGGGAGTCACTGTTCTCGCCGC
**
3114860 AGCCAAATTTGATTCTCGTCGCAGTTAGAAACT
1 AGCCAAA-TTGATTCTCGTCGCAGCGAGAAACT
3114893 CTCTATCTTG
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 23, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
61 3 0.02
62 104 0.80
63 23 0.18
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.22, T:0.33
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AGCCAAATTGATTCTCGTCGCAGCGAGAAACTTTTGTCTTGGGAGTCACTGTTCTCGCCGC
Found at i:3115822 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3115797--3115835 Score: 78
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
3115787 CCATTGGCAA
3115797 AGAAAACTACATTTATAGTT
1 AGAAAACTACATTTATAGTT
3115817 AGAAAACTACATTTATAGT
1 AGAAAACTACATTTATAGT
3115836 CACTCATGCC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 19 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (20 bp):
AGAAAACTACATTTATAGTT
Found at i:3116178 original size:170 final size:171
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Indices: 3115826--3117312 Score: 1333
Period size: 170 Copynumber: 8.8 Consensus size: 171
3115816 TAGAAAACTA
* * *
3115826 CATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAAGG-TTTATAATCTTATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
* * * *
3115890 AATGATTTTGAATAGAATTTTTTT-ATGTTTTTGGGTAAAA-AAGATCATAATTGGATGTTTGCA
66 AATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA--TTTTTGGTTAAAACAA-ATCATAATTTGATGTTTGCA
* ** * *
3115953 TTAGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGAAAAG-AATAGTC
128 TCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAATAGTC
* * * *
3115996 CATTTATAGTCACTCATGGCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTTATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
* * * * ** *
3116061 AATTATTTTAAATTTAATTTTTGTTCATTTTTAGTTAAAACATATCATAATTTTTTATTTGCATC
66 AATGATTTTAAATTGAATTTTT-TTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATC
* * *
3116126 AGGAAACATGATGCAAAAGCCATCGATTGACAA-AAATAGCC
130 AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAATAGTC
* * ** *
3116167 CATTT-TAGTCACTTATGGCTTCGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
* ** * * * *
3116231 AATGATTTTAAATTGAATTGTATTTCATTCATGGTTAAAACATATCATAATTTGATATTTTCATT
66 AATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATC
* * * * * * *
3116296 GGGAACCGTGAAACGAAGGCCATCCATTGACAAGAAAT-GTT
130 AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAATAGTC
* **
3116337 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATAATTTTATAAAT-TTA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCA-CTTTAAATGGTTTTAT-AATCTTA
*** * * *
3116400 CCGATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTT-ATGTTTGCA
64 TAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCA
** * * * * *
3116464 TTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAGAA-AAAAAATA
128 TCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAATAGTC
* * * * * ** *
3116507 TATTAACAGTCACTCATGCCTTCGGAAGCCTAGGTACAT-GTTTTAAATGGTTTTATTATCTTAT
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
* * * * * * *
3116571 AAATGATTTGAAATCG-A--TTTTT--TTTTTGGTTGAAACAAACCATAATTTGTTATTTTCATC
65 AAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATC
* * *** * *
3116631 -GACAAACGTGAAGTGTAAGCCATCCATTAACAATAAAT-GTC
130 AG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAATAGTC
* * * *
3116672 CATTTATAGTCACTCGTGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCCTATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
* * ** * *
3116737 AATGATTTTAACTTGAGTGTTTTTT-ATTTTTTATTAAAACAGAA-CATAAATTGTTGTTTGCAT
66 AATGATTTTAAATTGAAT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA-AATCATAATTTGATGTTTGCAT
* * * *
3116800 -TGTGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTCATAAGAAA-AGTC
129 CAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAATAGTC
* * * *
3116842 CATTTATAG-CAACTCATGCCTTCGCAAGCCTAGCTACACAATTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
1 CATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
* * * * *
3116906 AATTAATTTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTATGGTTGAAACAAATCATAATTT-ATTTTTTGCA
65 AAATGATTTTAAATTG-AATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGA-TGTTTGCA
* * * *
3116970 T-AGGGAAACATGAAGCAAATGCAATGCATTGGCAAGAAAT-GTC
128 TCA-GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAATAGTC
** *
3117013 CATTTATAGTCACTCATAACTTCGAAAGCCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
* * * * * *
3117078 AGTTA-TTTAAATCGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTTTATGTTTGCATC
66 AATGATTTTAAATTGAAT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATC
* * * * * * *
3117142 GGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCATTGGCAAGAGA-AGTT
130 AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAATAGTC
* * * ** **
3117183 TATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTGGCTTTGCATGGTTTTATAAT-TCTAT
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-TAT
** * * * *
3117247 AAATGATTTTAAATCAAAATTGTTTTCATTTTTGGTGAAAACAAACCATAATTGGATGTTTGCAT
65 AAATGATTTTAAAT-TGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCAT
3117312 C
129 C
3117313 GAAAAGTGCA
Statistics
Matches: 1072, Mismatches: 204, Indels: 81
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 23 0.02
165 98 0.09
166 8 0.01
169 16 0.01
170 548 0.51
171 365 0.34
172 13 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
AATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATCA
GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAATAGTC
Found at i:3116520 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3115826--3117299 Score: 1451
Period size: 341 Copynumber: 4.3 Consensus size: 339
3115816 TAGAAAACTA
* * * *
3115826 CATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAAGG-TTTATAATCTTATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
* * * * * * * *
3115890 AATGATTTTGAATAGAATTTTTTTATGTTTTTGGGTAAAA-AAGATCATAATTGGATGTTTGCAT
66 AATGATTTTAAATTGAATTTTTTCA--TTTATGGTTAAAACAA-ATCATAATTTGATATTTTCAT
* * * *
3115954 TAGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGAAAAG-AATAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTT
128 TGGGAAACGTGAAGCG-AAGCCATCCATTGACAAGAAAT-GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* * * * *
3116018 TGAAAGCCTTGTTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTTATAAATTATTTTAAATTTAATTTTT
191 CGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTT
* * * * * * *
3116083 GTTCATTTTT-AGTTAAAACATATCATAATTTTTTATTTGCATCAGGAAACATGATGCAAAAGCC
256 TTTCATTTTTGA-TTAAAACAGATAATAATTTTATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCC
* * * *
3116147 ATCGATTGACAAAAATAGCC
320 ATCCATTGAGAAAAAAAGTC
* * * *
3116167 CATTT-TAGTCACTTATGGCTTCGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
* *
3116231 AATGATTTTAAATTGAATTGTATTTCATTCATGGTTAAAACATATCATAATTTGATATTTTCATT
66 AATGATTTTAAATTGAATT-T-TTTCATTTATGGTTAAAACAAATCATAATTTGATATTTTCATT
* * * *
3116296 GGGAACCGTGAAACGAAGGCCATCCATTGACAAGAAATGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
129 GGGAAACGTGAAGCGAA-GCCATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG
** ***
3116361 AAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATAATTTTATAAAT-TTACCGATGATTTTAAATTGAATTTTT
193 AAAGCCTAGTTACTCA-CTTTAAATGGTTTTAT-AATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTT
* *
3116424 TTTCATTTTTGATTAAAACAGATAATAA-TTTATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCA
256 TTTCATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTTTATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* *
3116488 TCCATTGAGAAAAAAAATA
321 TCCATTGAGAAAAAAAGTC
* * * * * * *
3116507 TATTAACAGTCACTCATGCCTTCGGAAGCCTAGGTACAT-GTTTTAAATGGTTTTATTATCTTAT
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
* * * * * *
3116571 AAATGATTTGAAATCG-ATTTTTT--TTT-TGGTTGAAACAAACCATAATTTGTTATTTTCATCG
65 AAATGATTTTAAATTGAATTTTTTCATTTATGGTTAAAACAAATCATAATTTGATATTTTCATTG
** * * * * *
3116632 ACAAACGTGAAGTGTAAGCCATCCATTAACAATAAATGTCCATTTATAGTCACTCGTGCCTTCAA
130 GGAAACGTGAAGCG-AAGCCATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA
* * * * *
3116697 AAGCCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCCTATAAATGATTTTAACTTGAGTGTTTTTT
194 AAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTT
* * * *
3116762 -ATTTTTTATTAAAACAGA-ACATAAATTGT-TGTTTGCATTGTGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
259 CATTTTTGATTAAAACAGATA-AT-AATTTTATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * *
3116824 TCATTCATAAGAAAAGTC
322 CCATTGAGAAAAAAAGTC
* * * **
3116842 CATTTATAG-CAACTCATGCCTTCGCAAGCCTAGCTACACAATTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
1 CATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
* * * *
3116906 AATTAATTTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTATGGTTGAAACAAATCATAATTT-ATTTTTTGCA
65 AAATGATTTTAAATTG-AA-TTTTTTCATTTATGGTTAAAACAAATCATAATTTGATATTTT-CA
* * * * * * **
3116970 TAGGGAAACATGAAGCAAATGCAATGCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATAACTT
127 TTGGGAAACGTGAAGCGAA-GCCATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* * * * *
3117035 CGAAAGCCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAGTTA-TTTAAATCGAATATTT
191 CGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTT
* * * * *
3117099 TTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTTTATGTTTGCATCGGGAAACGTGAAGCAAAAGCTA
256 TTTCATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTTTATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * *
3117164 TTCATTG-GCAAGAGAAGTT
321 TCCATTGAG-AAAAAAAGTC
* * * * **
3117183 TATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTGGCTTTGCATGGTTTTATAAT-TCTAT
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-TAT
** * * *
3117247 AAATGATTTTAAATCAAAATTGTTTTCATTTTTGGTGAAAACAAACCATAATT
65 AAATGATTTTAAAT-TGAATT-TTTTCATTTATGGTTAAAACAAATCATAATT
3117300 GGATGTTTGC
Statistics
Matches: 928, Mismatches: 170, Indels: 70
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
334 23 0.02
335 239 0.26
336 7 0.01
337 1 0.00
338 9 0.01
339 1 0.00
340 120 0.13
341 511 0.55
342 12 0.01
343 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
AATGATTTTAAATTGAATTTTTTCATTTATGGTTAAAACAAATCATAATTTGATATTTTCATTGG
GAAACGTGAAGCGAAGCCATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
GCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCA
TTTTTGATTAAAACAGATAATAATTTTATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
TGAGAAAAAAAGTC
Found at i:3117214 original size:676 final size:676
Alignment explanation
Indices: 3115962--3117261 Score: 1547
Period size: 676 Copynumber: 1.9 Consensus size: 676
3115952 ATTAGGAAAT
* * **
3115962 GTGAAGCGAAAGCCATCCATTGAAAAGAATAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTTTGAAAGCCT
1 GTGAAGCGAAAGCCATCCATTGAAAAAAATAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCT
* * * *
3116027 TGTTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTTATAAATTATTTTAAATTTAATTTTTGTTCATTTT
66 AGTTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCCTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTGTTCATTTT
* * * * * *
3116092 TAGTTAAAACATATCATAATTTTTTATTTGCATCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCGATTGAC
131 TAGTTAAAACAGAACATAAATTGTTATTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCGATTCAC
* * * ****
3116157 AAAAATAGCCCATTTTAGTCACTTATGGCTTCGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
196 AAAAATAGCCCATTTTAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGCTACACAATTTAAATAGTTTTAT
* *
3116222 AATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTGTATTTCATTCATGGTTAAAACATATCATAATTTGAT
261 AATCTTATAAATAATTTTAAATTGAATTGTATTTCATTCATGGTTAAAACAAATCATAATTTGAT
* * * * * *
3116287 ATTTTCATTGGGAACCGTGAAACGAAGGCCATCCATTGACAAGAAATGTTCATTTATAGTCACCC
326 ATTTTCATAGGGAAACATGAAACAAAGGCAATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCC
** ** *
3116352 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATAATTTTATAAATTTACCGATGATTTTAAATTG
391 ATAACTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATAATTTTATAAATTTAAAGATGATTTTAAATCG
* * * * *
3116417 AATTTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTTATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCGA
456 AATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTTATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAA
* **
3116482 AAGCCATCCATTGAGAAAAAAAATATATTAACAGTCACTCATGCCTTCGGAAGCCTAGGTACAT-
521 AAGCCATCCATTGAGAAAAAAAATATATTAACAATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGGTAC-TG
* *
3116546 GTTTTAAATGGTTTTATTA-TCTTATAAATGATTTGAAATCGATTTTTTTTTTGGTTGAAACAAA
585 GCTTTAAATGGTTTTATAATTC-TATAAATGATTTGAAATCGATTTTTTTTTTGGTTGAAACAAA
3116610 CCATAATTTGTTATTTTCATCGACAAAC
649 CCATAATTTGTTATTTTCATCGACAAAC
* * *
3116638 GTGAAGTGTAAGCCATCCATT-AACAATAAAT-GTCCATTTATAGTCACTCGTGCCTTCAAAAGC
1 GTGAAGCGAAAGCCATCCATTGAA-AA-AAATAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGC
* * * *
3116701 CTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCCTATAAATGATTTTAACTTGAGTGTTTT-TT-AT
64 CTAGTTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCCTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTTTGTTCA-
* *
3116764 TTTTTA-TTAAAACAGAACATAAATTGTTGTTTGCAT-TGTGAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-
127 TTTTTAGTTAAAACAGAACATAAATTGTTATTTGCATCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCG
* * *
3116826 ATTCATAAGAAA-AGTCCATTTATAG-CAACTCATGCCTTCGCAAGCCTAGCTACACAATTTAAA
190 ATTCACAA-AAATAGCCCATTT-TAGTC-ACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGCTACACAATTTAAA
* * * * *
3116889 TGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAATTGAAATT-TTTTTCATTTATGGTTGAAACAAATC
252 TAGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTG-AATTGTATTTCATTCATGGTTAAAACAAATC
* * * * *
3116953 ATAATTT-ATTTTTTGCATAGGGAAACATGAAGCAAATGCAATGCATTGGCAAGAAATGTCCATT
316 ATAATTTGATATTTT-CATAGGGAAACATGAAACAAAGGCAATCCATTGACAAGAAATGTCCATT
* * **
3117017 TATAGTCACTCATAACTTCGAAAGCCTAGTTACTCA-TTTTAAATGGTTTTAT-AATCTTATAAG
380 TATAGTCACCCATAACTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATAATTTTATAAAT-TTA-AAG
* *
3117080 -TTA-TTTAAATCGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTTTATGTTTGCATCG
442 ATGATTTTAAATCGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATAA-TTTATGTTTGCATCG
* * * * * * * * *
3117143 GGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCATTG-GCAAGAGAAGTTTATTTATAATCACTCATGCCTTCA
506 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAG-AAAAAAAATATATTAACAATCACTCATGCCTTCA
* ** *
3117207 AAAGCCTAGTTACTGGCTTTGCATGGTTTTATAATTCTATAAATGATTTTAAATC
570 AAAGCCTAGGTACTGGCTTTAAATGGTTTTATAATTCTATAAATGATTTGAAATC
3117262 AAAATTGTTT
Statistics
Matches: 521, Mismatches: 85, Indels: 36
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
674 1 0.00
675 112 0.21
676 393 0.75
677 15 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (676 bp):
GTGAAGCGAAAGCCATCCATTGAAAAAAATAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCT
AGTTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCCTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTGTTCATTTT
TAGTTAAAACAGAACATAAATTGTTATTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCGATTCAC
AAAAATAGCCCATTTTAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGCTACACAATTTAAATAGTTTTAT
AATCTTATAAATAATTTTAAATTGAATTGTATTTCATTCATGGTTAAAACAAATCATAATTTGAT
ATTTTCATAGGGAAACATGAAACAAAGGCAATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCC
ATAACTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATAATTTTATAAATTTAAAGATGATTTTAAATCG
AATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTTATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAA
AAGCCATCCATTGAGAAAAAAAATATATTAACAATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGGTACTGG
CTTTAAATGGTTTTATAATTCTATAAATGATTTGAAATCGATTTTTTTTTTGGTTGAAACAAACC
ATAATTTGTTATTTTCATCGACAAAC
Found at i:3117590 original size:461 final size:462
Alignment explanation
Indices: 3116890--3117747 Score: 1083
Period size: 461 Copynumber: 1.9 Consensus size: 462
3116880 CAATTTAAAT
*
3116890 GGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTATGGTTGAAACAAATCAT
1 GGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTATGGTTGAAACAAATCAT
* * * *
3116955 AATTTATTTTTTGCATAGGGAAACATGAAGCAAATGCAATGCATTGGCAAGAAATGTCCATTTAT
66 AATTTATTCTTTACATAGGGAAACATGAAGCAAATGCAATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTAT
* ** *
3117020 AGTCACTCATAACTTCGAAAGCCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAGTTATT
131 AGTCACTCATAACTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGAATTTATAATCTTATAAATTATT
* * * *
3117085 TAAATCGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTTTATGTTTGCATCGGGAAACG
196 TAAATAGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTTAATGTTTGCATCGAGAAACA
* * ** *
3117150 T-GAAGCAAAAGCTATTCATTGGCAAGAGAAGTTTATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAGCCT
261 TAG-AGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
** *
3117214 AGTTACTGGCTTTGCATG-GTTTTATAA-TTCTATAAATGATTTTAAATCAAAATTG-TTTTCAT
325 AGTTACTCACTTT--ATGTGTTTTATAACTT-TATAAATAATTTTAAAT-AAAATTGTTTTTCAT
3117276 TTTTGGTGAAAACAAACCATAATTGGATGTTTGCATCGAAAAGTGCATAGCGAAAGCCCTTGTTA
386 TTTTGGTGAAAACAAACCATAATTGGATGTTTGCATCGAAAAGTGCATAGCGAAAGCCCTTGTTA
3117341 CTCACTTTAAGA
451 CTCACTTTAAGA
* * * * * * *
3117353 GGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTGAATTG-AATTTTTTTCATTT-TTGTTTAACCAGATTA
1 GGTTTTATAATC-TTATAAATAATTTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTATGGTTGAAACAAATCA
* * * *
3117415 TAATTTGA-TCTTTACAGT-GGGAAACATGATGCTGAA-GCCATCCATTGACAAG-AATAGTCTA
65 TAATTT-ATTCTTTACA-TAGGGAAACATGAAGC-AAATGCAATCCATTGACAAGAAAT-GTCCA
** * *
3117476 TTTATAGTCACTCATGGCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAAT-AATTTATAATCTTATAAA
126 TTTATAGTCACTCATAACTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGAATTTATAATCTTATAAA
* * * *
3117540 TTATTTTAAATAGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTAATGTTTGCATCTA
191 TTA-TTTAAATAGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTTAATGTTTGCATCGA
* ** **
3117605 GAAACATAGAGCGAAAGCCATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATGGTCACCCATGTTTTCAAA
255 GAAACATAGAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCAAA
** **
3117670 AGCCTTTTTACTCACTTTATGTGTTTTATAACTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTGTTTTTCA
320 AGCCTAGTTACTCACTTTATGTGTTTTATAACTTTATAAATAATTTTAAATAAAATTGTTTTTCA
*
3117735 TTTTTGGTTAAAA
385 TTTTTGGTGAAAA
3117748 TTGATCATAG
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 50, Indels: 23
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
459 8 0.02
460 64 0.19
461 216 0.64
462 20 0.06
463 27 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (462 bp):
GGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTATGGTTGAAACAAATCAT
AATTTATTCTTTACATAGGGAAACATGAAGCAAATGCAATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTAT
AGTCACTCATAACTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGAATTTATAATCTTATAAATTATT
TAAATAGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTTAATGTTTGCATCGAGAAACA
TAGAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTA
GTTACTCACTTTATGTGTTTTATAACTTTATAAATAATTTTAAATAAAATTGTTTTTCATTTTTG
GTGAAAACAAACCATAATTGGATGTTTGCATCGAAAAGTGCATAGCGAAAGCCCTTGTTACTCAC
TTTAAGA
Found at i:3117611 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3117326--3120158 Score: 2343
Period size: 170 Copynumber: 16.6 Consensus size: 171
3117316 AAGTGCATAG
* * *
3117326 CGAAAGCCCTTGTTACTCACTTTAAGA-GGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTGAATTGAATT
1 CGAAAG-CCTAGTTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATT
* * * * * ** *
3117389 TTTTTCATTTTT-GTTTAACCAGATTATAATTTGATCTTTACAGT-GGGAAACATGATGCTG-AA
63 TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAAGAAACATGAAGCTGAAA
* * *
3117451 GCCATCCATTGACAAGAATAGTCTATTTATAGTCACTCATGGCTT
127 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* ** * *
3117496 TGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAAT-AATTTATAATCTTATAAATTATTTTAAATAGAATATTT
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTT
* * * *
3117560 TTACATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTAATGTTTGCATCTAGAAACAT-AGAGC-GAAAGC
65 TTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGA-AGCTGAAAGC
* * * * **
3117623 CATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATGGTCACCCATGTTTT
129 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* ** * *
3117666 CAAAAGCCTTTTTACTCACTTT--ATGTGTTTTATAA-CTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTG
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATT-
** * *
3117728 TTTTTCATTTTTGGTTAAAATTGATCATAGTTTGATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAG-TGAAAG
63 TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCTGAAAG
* **
3117792 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTTTTGCCTTT
128 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TT
** *
3117837 C-AAAATCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTT
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTT
* *** *
3117901 CTACATTTTTGGTTAAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACCT-ATAGC-GAAAG
66 -TTCATTTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGA-AGCTGAAAG
* * * *
3117964 CCATCCATTCACAAGAAAATTCAATTTATAGTCATTCATGCCTT
128 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* * * * * ** * * **
3118008 CGAAAACCTAGTTAGTCACTTTGAATGGTTCTATAATCCCATAAATAATTTTGAATCAAATTTTT
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTT
*** * * * *
3118073 TTCATTTTTAACTAAAACAGAGCTTAAATT-ATTGTTTGCATCAAAAAACATGAAG-TGAAAGCC
66 TTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGA-TGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCTGAAAGCC
** * *
3118136 ATCTTTTGACAACAAAAGTCCATTTATTA-TCACTTATGCCTT
130 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATGCCTT
* * * * * * *
3118178 CGAAAGCCTAGTTGCTCGCTATAAATGGCTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATATTT
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTT
* * * * * ** *
3118243 TTTCAGTTTTGGTTAAAGCATACCATAATTTGATGTTTTCAT-TGGAAACATCATA-C-GAAAGC
65 TTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGA-AGCTGAAAGC
* *
3118305 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATACCTT
129 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* * * * *
3118348 CCAAAGCCTAATTACTTGC-TTAGAAT-GTTTTCTTAATCTTATAAATGATTTTGAATTGAATTT
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTA-AATGGTTTT-ATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT
* * * * ** * *
3118411 TTTTCATTTTCT-ATTAAAACAGATCGTAATTTGATGTTTACGT-AGAGAAATGTGAAAC-AAAA
64 TTTTCATTTT-TGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCA-AGAAACATGAAGCTGAAA
* * * * *
3118473 GGCATCCATAGATAA-ACAATGTCCATTTATAGTCACTCATACCTT
127 GCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* ** *
3118518 CGAAAGGCTAGTTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTGAATTGAACTTTT
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA---TT
** * * *
3118583 TTTTTCATTTTTGGCAAAAATAGATCA-AAATT--TGTTTGCATCAAGAAACATGAAACATG--A
63 TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGC-TGAAA
* **
3118643 GCCATCCATTGACAAGGAATCTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
127 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* * * **
3118688 CGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTCAAA-GGTTTTATAATCCTATAAATTA-TTTAAATCAAATTCT
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-T
* * * * ** *
3118751 TTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGTTGTTTGCATCAAGAAACGT-AAACCCAAAGT
64 TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCTGAAAGC
* ** * *
3118815 AATCCATTGACAAGAAACTTCCATTTTTAGTCACTCATGCGTT
129 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* * ** * * * * *
3118858 TGAAAACCTAAATACTAGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAATTTCA
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-T
* ** * * * * * * *
3118923 TTTAAACTTTGATTAAAATAGATCATAATTAGATGTTTGCATCGAGCAACATGAAAC-GAAAGCA
65 TTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCTGAAAGCC
* ** * * * *
3118987 ATCCATTGACAAGAAGAGTCCACCTGTAGTCTCTCATACTTT
130 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* * * * * *
3119029 TGAAACCCTAGTTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATTATTTTAAA-TCATATTGT
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGA-ATT-T
* * * * * *
3119093 TTTCTCTTTTTTTGGTTAAAACAGATGATAATTGGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAG-TGCAA
64 TTT-TC-ATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCTGAAA
** * *
3119157 GTAATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCACGCCTT
127 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* * * * *
3119202 TGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAGATTGAA-TTT
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTT
* * * * *
3119265 TTTCATTTTT-GTTTAAAGAGATCAGAATTTGATGTTTGCATCGAGAAATATGAAG-TGAAAGCC
65 TTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCTGAAAGCC
* * * * * *
3119328 ATCCATTAATAGGAAAACTCCATTTATAGTAACTCGTGCCTT
130 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* *
3119370 CAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTTATAAATGATTTTAAATTGAATGTTT
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTT
* ** * * * * *
3119435 TTTTAGTTTTT-GTTAAAGTAGAACGTAAATTGTTATTTGCATCAAGAAACA-GCTAAG-TGAAA
65 TTTCA-TTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATG--AAGCTGAAA
*
3119497 GTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
127 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* * * * * * * *
3119542 CAAAAGCCCAGTTTCTTGCTTTTAATGGTTTTATAATCTAATAAAT-ATTTTCAACTGAATTTTT
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTT
* * * * * * *** **
3119606 TTTTATTTTTTGTTAAAGA-AGAACATAAATTGTTGTTTACATTGGGAAAGGTGAAGC-GAAAGC
65 TTTCATTTTTGGTTAAA-ACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCTGAAAGC
* * *
3119669 CATCCATTCACAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCATGCCTT
129 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
** * * * *
3119712 TAAAAGCCTACTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTTATAAAT-ATTTTTGAATTGAATTGT
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAATTGAATT-T
* * * * * *
3119776 TTTTCATTTTTTGTTGAAACAGATCATAATTT-ATTGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGC-AAAAA
64 TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGA-TGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCTGAAAG
* * * **
3119839 CAATTCATT-AGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATAACTT
128 CCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* * * * **
3119883 CAAAAGCCTTGTTACT--C--TAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTACATCAAATATTT
1 CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTT
* * * *
3119944 TTAT-ATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATC-TGAAA-ATGTGAAGC-AAAA
65 TT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACA--TGAAGCTGAAA
* * * * *
3120005 GTCATTCATCGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTT
127 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* * * ** *
3120050 C-AGAAGCCTAGTTACTAGCTTTACATGGTTTGATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATTC
1 CGA-AAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-TGAATTT
* * *
3120114 TTTT-ATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTGCTTCAA
64 TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAA
3120159 AAAGCGTGTA
Statistics
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0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
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TTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCTGAAAGCCA
TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
Found at i:3118147 original size:512 final size:505
Alignment explanation
Indices: 3117337--3120131 Score: 2283
Period size: 512 Copynumber: 5.5 Consensus size: 505
3117327 GAAAGCCCTT
* *
3117337 GTTACTCACTTTAAGA-GGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTCATTTT
1 GTTACTCACTTTAA-ATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTT
* * * * * * *
3117400 TGTTTAACCAGATTATAATTTGATCTTTACAGT-GGGAAACATGATGCTG-AAGCCATCCATTGA
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* * * * * **
3117463 CAAGAATAGTCTATTTATAGTCACTCATGGCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAAT-AATTT
127 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
3117527 ATAATCTTATAAATTATTTTAAAT-AGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTT
192 ATAATCTTATAAATTATTTTAAATCA-AAT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAA-AGAGCTTAAATT
* * * * * *
3117591 AATGTTTGCATCTAGAAACAT-AGAGCGAAAGCCATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATGGTC
254 ATTGTTTGCATCAAGAAACATGA-AGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * ** *
3117655 ACCCATGTTTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTATGTGTTTTATAACTTTATAAATAATTTTAAA
318 ACTCATGCTTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATG-GTTTTATAACTTTATAAATAATTTTAAA
* *
3117720 TTGAATTGTTTTTCATTTTTGGTTAAAATTGATCATAGTTTGATGTTTGCATCAAGAAACGTGAA
382 TTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACGTGAA
* * ** *
3117785 GTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTTTTGCCTTTCAAAATCTA
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1 GTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTT-TACATTTTT
* * * *
3117911 GGTTAAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACCT-ATAGCGAAAGCCATCCATTCA
65 -GTT-AAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGA-AGCGAAAGCCATCCATTGA
* * * * * * *
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127 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTT
** * * ***
3118040 ATAATCCCATAAATAATTTTGAATCAAATTTTTTTCATTTTTAACTAAAACAGAGCTTAAATTAT
192 ATAATCTTATAAATTATTTTAAATCAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAA-AGAGCTTAAATTAT
* ** *
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256 TGTTTGCATCAAGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCAC
* * * * * * * * * *
3118169 TTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTGCTCGCTATAAATGGCTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAAT
320 TCATGCTTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCT-T-TATGGTTTTATAACTTTATAAATAATTTTAAAT
* * * * * ** * *
3118234 TGAATATTTTTTCAGTTTTGGTTAAAGCATACCATAATTTGATGTTTTCAT-TGGAAACATCATA
383 TGAAT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAA-AAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACGTGA-A
* * * *
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445 GCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAACCTA
* ** * * *
3118358 ATTACTTGC-TTAGAAT-GTTTTCTTAATCTTATAAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTCATTTT
1 GTTACTCACTTTA-AATGGTTTT-ATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTT
* * * * * ** * * * * *
3118421 CTATTAAAACAGATCGTAATTTGATGTTTACGTAGAGAAATGTGAAACAAAAGGCATCCATAGAT
64 -TGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAC
* * ** **
3118486 AA-ACAATGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGGCTAGTTACTCGCTTTAAAAAGTTTT
128 AAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * *
3118550 ATAATCTTATAAATGATTTTGAATTGAACTTTTTTTTTCATTTTTGG-CAAAAATAGATCAAAAT
192 ATAATCTTATAAATTATTTT-AAATCAA--ATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAAGAGCTTAAATT
* * **
3118614 -TTGTTTGCATCAAGAAACATGAAACATG--AGCCATCCATTGACAAGGAATCTCCATTTATAGT
254 ATTGTTTGCATCAAGAAACATG-AA-GTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
3118676 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTCAAAGGTTTTATAA-TCCTATAAATTA-TTT
317 CACTCATGCTTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTT--ATGGTTTTATAACT-TTATAAATAATTTT
** *
3118739 AAATCAAATTCTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGTTGTTTGCATCAAGAAACGT
379 AAATTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACGT
* * * ** ** * * *
3118804 AAACCCAAAGTAATCCATTGACAAGAAACTTCCATTTTTAGTCACTCATGCGTTTGAAAACCTA
442 GAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAACCTA
** * * * **
3118868 AATACT-AGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAATTTCATTTA-AACT
1 GTTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT--TTTACATTT
* * * * *
3118931 TTGATTAAAATAGATCATAATTAGATGTTTGCATCGAGCAACATGAAACGAAAGCAATCCATTGA
63 TTG-TTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA
* ** * * * * * * * *
3118996 CAAGAAGAGTCCACCTGTAGTCTCTCATACTTTTGAAACCCTAGTTAGTTGCTTTAAATGGTTTT
127 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
3119061 ATAATCTTATAAATTATTTTAAATCATATTGTTTTCTCTTTTTTTGGTTAAAACAGA--TGATAA
192 ATAATCTTATAAATTATTTTAAATCAAATT-TTTT-TC-ATTTTTGGTTAAAA-AGAGCTTA-AA
* * * ** *
3119124 TTGGA-TGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGTGCAAGTAATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATA
252 TT--ATTGTTTGCATCAAGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
3119188 GTCACTCACGCCTTT-GAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATT
315 GTCACTCATG-CTTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTT-A-TGGTTTTATAACTTTATAAATAATT
* * * * * **
3119252 TTAGATTGAA-TTTTTTCATTTTTGTTTAAAGAGATCAGAATTTGATGTTTGCATCGAGAAATAT
377 TTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACGT
* * * * * * *
3119316 GAAGTGAAAGCCATCCATTAATAGGAAAACTCCATTTATAGTAACTCGTGCC-TTCAAAAGCCTA
442 GAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAA-CCTA
* * **
3119380 GTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTTATAAATGATTTTAAATTGAATGTTTTTTTAGTTTT
1 GTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTTTTACA-TTTT
** * * * * * * * *
3119445 TGTTAAAGTAGAACGTAAATTGTTATTTGCATCAAGAAACA-GCTAAGTGAAAGTCATCCATTGA
64 TGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATG--AAGCGAAAGCCATCCATTGA
* * * *
3119509 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCCCAGTTTCTTGCTTTTAATGGTTT
127 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
3119573 TATAATCTAATAAA-TATTTTCAACTGAATTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAGAAGAACATAAATT
191 TATAATCTTATAAATTATTTT-AAATCAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAA-AAGAGCTTAAATT
* * *** ** * * * *
3119637 GTTGTTTACATTGGGAAAGGTGAAGCGAAAGCCATCCATTCACAAGAAAAGTCCATCTATAGTTA
254 ATTGTTTGCATCAAGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
3119702 CTCATGCCTTT-AAAAGCCTACTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-TGTTATAAATATTTTTG
319 CTCATG-CTTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTT--ATGGTTTTATAACT-TTATAAATAATTTTA
* * *
3119765 AATTGAATTGTTTTTCATTTTTTGTTGAAACAGATCATAATTT-ATTGTTTGCATCAGGAAACGT
380 AATTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTT-AAAAAGATCATAATTTGA-TGTTTGCATCAAGAAACGT
* * * * * **
3119829 GAAGCAAAAACAATTCATT-AGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATAAC-TTCAAAAGCCT
442 GAAGCGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAA-CCT
*
3119892 T
505 A
* * ** *
3119893 GTTACT--C--TAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTACATCAAATATTTTTATATTTTT
1 GTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTTTTACA-TTTT
* ** * * * *
3119954 TGTTAAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATCTGA-AAATGTGAAGCAAAAGTCATTCATCGAC
64 TGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATC-GAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAC
* * * * * *
3120018 AAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTC-AGAAGCCTAGTTACTAGCTTTACATGGTTTG
128 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA-AAACCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
3120082 ATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATTCTTTT-ATTTTTGGTTAAAA
192 ATAATCTTATAAATTATTTTAAATC-AAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
3120132 CAAATCATAA
Statistics
Matches: 1814, Mismatches: 390, Indels: 166
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
507 1 0.00
508 100 0.06
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514 97 0.05
515 12 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (505 bp):
GTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTG
TTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTTATAAATTATTTTAAATCAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAAGAGCTTAAATTATTGTTT
GCATCAAGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
TTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATGGTTTTATAACTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTTT
TTTCATTTTTGGTTAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAGCGAAAGCCAT
CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAACCTA
Found at i:3120585 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3120563--3120626 Score: 59
Period size: 19 Copynumber: 3.6 Consensus size: 19
3120553 ATTTTTGGAC
3120563 TAAAATAATATTTTATTAA
1 TAAAATAATATTTTATTAA
3120582 T--AA-AATA--TTATTAA
1 TAAAATAATATTTTATTAA
*
3120596 -AATATTAATATTTTATTAA
1 TAA-AATAATATTTTATTAA
*
3120615 TAAAATATTATT
1 TAAAATAATATT
3120627 AAAATATTAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 14
0.67 0.06 0.27
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.20
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ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (19 bp):
TAAAATAATATTTTATTAA
Found at i:3120587 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 3120568--3120645 Score: 156
Period size: 33 Copynumber: 2.4 Consensus size: 33
3120558 TGGACTAAAA
3120568 TAATATTTTATTAATAAAATATTATTAAAATAT
1 TAATATTTTATTAATAAAATATTATTAAAATAT
3120601 TAATATTTTATTAATAAAATATTATTAAAATAT
1 TAATATTTTATTAATAAAATATTATTAAAATAT
3120634 TAATATTTTATT
1 TAATATTTTATT
3120646 CAGTATCGAA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 45 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (33 bp):
TAATATTTTATTAATAAAATATTATTAAAATAT
Found at i:3120590 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 3120576--3120638 Score: 81
Period size: 11 Copynumber: 5.7 Consensus size: 11
3120566 AATAATATTT
3120576 TATTAATAAAA
1 TATTAATAAAA
*
3120587 TATTATTAAAA
1 TATTAATAAAA
***
3120598 TATTAATATTT
1 TATTAATAAAA
3120609 TATTAATAAAA
1 TATTAATAAAA
*
3120620 TATTATTAAAA
1 TATTAATAAAA
3120631 TATTAATA
1 TATTAATA
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Statistics
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Consensus pattern (11 bp):
TATTAATAAAA
Found at i:3122581 original size:52 final size:53
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Indices: 3122441--3122595 Score: 186
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3122431 ATGACTATGG
* * ** * * *
3122441 CTATGTGCATGAGTGGGGGGCATATACATGAGCTAGGTGAGATGGGATGTTCGG
1 CTATGTGCACGTGTGGGGGG-ATGCACATGAGCTGGGTGAGATGGGGTGTTCGA
*
3122495 CTATGTGCACGATATGGGGGGATGCACATGAGCTGGGTGAGATGGGGTG-TCGA
1 CTATGTGCACG-TGTGGGGGGATGCACATGAGCTGGGTGAGATGGGGTGTTCGA
* * *
3122548 CTATGTGCACGTGTGGGGGGATGCATATGAGCTGGATGAGATGTGGTG
1 CTATGTGCACGTGTGGGGGGATGCACATGAGCTGGGTGAGATGGGGTG
3122596 GTATACTAAT
Statistics
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CTATGTGCACGTGTGGGGGGATGCACATGAGCTGGGTGAGATGGGGTGTTCGA
Found at i:3126584 original size:40 final size:38
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3126519 ACCCAGCTCA
*
3126529 TGTGCATTCCCCCACATCGTGCACATAGCTGGAGT-CATCG
1 TGTGCATCCCCCCACATCGTGCACA-AG-T-GAGTCCATCG
*
3126569 TGTGCATCCCCCCACATTGTGCAC-AGTGAGTGCCATCG
1 TGTGCATCCCCCCACATCGTGCACAAGTGAGT-CCATCG
*
3126607 TGTACATCCCCCCACATCGTGCACA
1 TGTGCATCCCCCCACATCGTGCACA
3126632 CGGGCACTAT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 4, Indels: 7
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Consensus pattern (38 bp):
TGTGCATCCCCCCACATCGTGCACAAGTGAGTCCATCG
Found at i:3128516 original size:170 final size:169
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Indices: 3128172--3129721 Score: 1370
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3128162 AATAGTGGAA
* * * * * * *
3128172 CGAAGGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTTATGGCTTCGGAAGCCTAGTTAC
1 CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAC
* * * * ** * *
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66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA-TGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTA
*
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* * * * * **
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1 CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAC
* * * * *
3128408 TCATTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATATATAATTTGAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGATTA
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATA-ATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTA
* * * * *
3128472 AAACATATCATAATTTAATGATTGCATCAGAAAACATAAAG
129 AAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAG
* * ** *
3128513 CAAAAGCCATACATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTTTGCCTTC-AATAGCCTTGTTA
1 CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA-AGCCTAGTTA
** * * * ** *
3128577 CTTGCTTTAAGTGGATTTATAA-CTTTATAAAGATTTTAAATCAAATTTTTTTTCATTTCTGGTT
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTT
** * * * * * *
3128641 AAAACGGATAATAGTTGGATGTTTGCGTC---AAACATGTAG
128 AAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAG
* * * * *
3128680 CGAAAGCCATCTAATGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAGGCCTTGTTAC
1 CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAC
* * *
3128745 TCACTTTAAGTGGTTTTTTAA-CTTTATAACTGATTTTAAATTGAATTTTTTTCACTTTT-GTTA
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAA-TGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTA
* * * * *
3128808 AAATAGATCATAATTTGTTATTTGCATCAGGAAACGTAAAG
129 AAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAG
* * * * * * *
3128849 CGAAAGTCGTCCATCGACAATAAAAGTCCGTTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGCCTAGTTAC
1 CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAC
* * * * * *
3128914 TCAATTTAAATGGTTTTGTAATCTTGTAAATGGTTTTAAATTTAATTTTTTTTCATTTTTTGTTA
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT-AATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTA
* * * * * *
3128979 ACACAAATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGATATGTGTAG
129 AAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAG
* * * * * * *
3129020 CGAAAGCCATCGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCTTTTGAAATCGTAGTTAC
1 CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAC
* * * * *
3129085 TCACTTTAAATGGATTTATAGTCATATAAATGATTTTAGATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAA
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT-AATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAA
* * * ** **
3129150 AATAGATTC-TAATTTGATGCTTGCATTGGGAAATATGAAG
130 AACATA-TCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAG
** * * *
3129190 CGAAAGCCATCCATTGA-TTGAAAAACTCCATTTATAGTAACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTA
1 CGAAAGCCATCCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTA
* ** * * * *
3129254 CTCGCTAAAAATGGTTTTGTAATCTGATAAATGATTTTAAATTGAAATCTCTTTCATTTCTTGG-
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT-AATGATTTTAAATTG-AATTTTTTTCATTT-TTGGT
* * * *
3129318 TAAAAC-TGATCATAGTTGGATGTTTG-AGTCATGAAAGGTGAAG
127 TAAAACAT-ATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGGAAACGTGAAG
* * * **
3129361 CAAAAGCCAT-CATTCACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAATCTAGTTAC
1 CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAC
* * * * * *
3129425 TCACTCTAAA-GGCTTCATAATGTTATAAATGATTTTCAATTAAATGTTTTTTCATTTTTGGTTA
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT-AATGATTTTAAATTGAAT-TTTTTTCATTTTTGGTTA
* * * * * *
3129489 AAACATATCATAATTTGATTTTTGGAACAAGAAATGTGGAG
129 AAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAG
* * * * *
3129530 CAAAAGCTATCCATTGACAACAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTAC
1 CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAC
** *
3129595 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTGCATTGAATTTTTTTCATTTTTGATTAA
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA-TGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAA
* ** * * * * *
3129660 ATCAGT-TTGTAATTTTATTTTTGCATTAGGAAACATAAAG
130 AACA-TATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAG
*
3129700 TGAAAGCCATCCATTGACAAGA
1 CGAAAGCCATCCATTGACAAGA
3129722 GATGTAAAAC
Statistics
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0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 24 0.02
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAC
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAA
ACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAG
Found at i:3129501 original size:510 final size:503
Alignment explanation
Indices: 3128147--3129721 Score: 1522
Period size: 510 Copynumber: 3.1 Consensus size: 503
3128137 TGGGACCAAC
* * * *
3128147 ATGTTTGCATTGGGAAATAGTGGAA-CGAAGGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGTC
1 ATGTTTGCATTGGGAAACA-T-GAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * *
3128211 ACTTATGGCTTCGGAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTAATTTTGA
64 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAA
* * * *
3128276 ACTGAACAGTTTCTAATTTTTGGTTAAAACTGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAATGTGA
129 ATTGAA-A-TTTTTCATTTTTGG-TAAAACTGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGA
* * * **
3128341 AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCAACTTATAGTTACTCATGTCTTCGAAAGCCTTTTT
191 AGCAAAAGCCATCCATTCACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGTCTTCGAAAGCCTAGTT
* * * * * * *
3128406 ACTCATTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATATATAATTTGAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGATT
256 ACTCAATTTAA-AGGTTTTATAA-TTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTCATTTTTGGTT
* * ** *
3128471 AAAACATATCATAATTTAATGATTGCATC-AGAAAACATAAAGCAAAAGCCATACATTGACAAGA
319 AAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAAG-AAATGTGAAGCAAAAGCCAT-CATTGACAAGA
** * * * ** * *
3128535 AAAGTCCATTTATAGTCACTTTTGCCTTCAATAGCCTTGTTACTTGCTTTAAGTGGATTTATAAC
382 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CTTTAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGATTTATATC
* ** * ** * * *
3128600 TTTATAAA-GATTTTAAATCAAATTTTTTTTCATTTCTGGTTAAAACGGATAATAGTTGG
446 -TTATAAATGATTTTAGAT-TGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTTG
** * * * *
3128659 ATGTTTGC---GTCAAACATGTAGCGAAAGCCATCTAATGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
1 ATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
3128721 TCAAGCCTTCGAAGGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTTTAA-CTTTATAACTGATTTTAAA
66 TCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAA
* * * * * *
3128785 TTGAATTTTTTTCACTTTTGTTAAAA-TAGATCATAATTTGTTATTTGCATCAGGAAACGTAAAG
130 TTGAA-ATTTTTCATTTTTGGTAAAACT-GATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAG
* * * * ** *
3128849 CGAAAGTCGTCCA-TCGACAATAAAAGTCCGTTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGCCTAGTTA
193 CAAAAGCCATCCATTC-ACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGTCTTCGAAAGCCTAGTTA
* * * * *
3128913 CTCAATTTAAATGGTTTTGTAATCTTGTAAATGGTTTTAAATTTAATTTTTTTTCATTTTTTGTT
257 CTCAATTTAAA-GGTTTTATAAT-TTATAAATGATTTTAAA-TTAAATTTTTTTCATTTTTGGTT
* * * * * *
3128978 AACACAAATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGATATGTGTAGCGAAAGCCATCGATTGAGAAGAA
319 AAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATC-ATTGACAAGAA
* * * *
3129043 AAGTCCATTTAAAGTCACTCATGCTTTTGAAATCGTAGTTACTCACTTTAAATGGATTTATAGTC
383 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGC-TTTAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGATTTATA-TC
* *
3129108 ATATAAATGATTTTAGATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATTCTAATTTG
446 TTATAAATGATTTTAGATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTTG
* * * * *
3129166 ATGCTTGCATTGGGAAATATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAT-TGAAAAACTCCATTTATAGTAA
1 ATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** * *
3129230 CTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTAAAAATGGTTTTGTAATCTGATAAATGATTTTAAA
65 CTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA
* * * *
3129295 TTGAAATCTCTTTCATTTCTTGGTAAAACTGATCATAGTTGGATGTTTG-AGTCATGAAAGGTGA
130 TTGAAAT-T-TTTCATTT-TTGGTAAAACTGATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGGAAACGTGA
* * **
3129359 AGCAAAAGCCAT-CATTCACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAATCTAGTT
191 AGCAAAAGCCATCCATTCACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGTCTTCGAAAGCCTAGTT
* * * * *
3129423 ACTCACTCTAAAGGCTTCATAATGTTATAAATGATTTTCAATTAAATGTTTTTTCATTTTTGGTT
256 ACTCAATTTAAAGGTTTTATAAT-TTATAAATGATTTTAAATTAAAT-TTTTTTCATTTTTGGTT
* * * * * *
3129488 AAAACATATCATAATTTGATTTTTGGAACAAGAAATGTGGAGCAAAAGCTATCCATTGACAACAA
319 AAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCAT-CATTGACAAGAA
* * *
3129553 AAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
383 AAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CTTTAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGATTTAT-ATC
* * * * * *
3129618 TTATAACTGATTTT-GCATTGAATTTTTTTCATTTTTGATT-AAATCAGTTTGTAATTTT
446 TTATAAATGATTTTAG-ATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAT-AGATTATAATTTG
* * * * *
3129676 ATTTTTGCATTAGGAAACATAAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGA
1 ATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGA
3129722 GATGTAAAAC
Statistics
Matches: 855, Mismatches: 178, Indels: 62
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
505 3 0.00
506 119 0.14
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510 323 0.38
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513 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (503 bp):
ATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
TCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
TGAAATTTTTCATTTTTGGTAAAACTGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGCAA
AAGCCATCCATTCACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGTCTTCGAAAGCCTAGTTACTCA
ATTTAAAGGTTTTATAATTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAT
ATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCATTGACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACTCATGCTTTAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGATTTATATCTTATAAATGA
TTTTAGATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTTG
Found at i:3138150 original size:28 final size:30
Alignment explanation
Indices: 3138109--3138168 Score: 79
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
3138099 GTCTATGGGC
*
3138109 AATTTTTCAGTTTT-T-GGGGCAAAAATGT
1 AATTTTTCACTTTTATAGGGGCAAAAATGT
* *
3138137 AATTTTTGACTTTTATAGGGGCAAAAGTGT
1 AATTTTTCACTTTTATAGGGGCAAAAATGT
3138167 AA
1 AA
3138169 ATTTCAAAAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
28 12 0.44
29 1 0.04
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ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.22, T:0.40
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AATTTTTCACTTTTATAGGGGCAAAAATGT
Found at i:3141698 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 3141680--3141704 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
3141670 TTCCAAAAAA
3141680 TTTATAAAATCAT
1 TTTATAAAATCAT
3141693 TTTATAAAATCA
1 TTTATAAAATCA
3141705 CAATTTCTCT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.08, G:0.00, T:0.44
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TTTATAAAATCAT
Found at i:3143099 original size:19 final size:19
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Indices: 3143075--3143111 Score: 65
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3143065 TTGCTAAACC
*
3143075 CTCAAATTATACTCCAATA
1 CTCAAATCATACTCCAATA
3143094 CTCAAATCATACTCCAAT
1 CTCAAATCATACTCCAAT
3143112 CAGTTAAATG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.30, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
CTCAAATCATACTCCAATA
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Indices: 3143477--3147794 Score: 2244
Period size: 171 Copynumber: 25.5 Consensus size: 169
3143467 CCGAGTCGCG
* * * * * * * * * *
3143477 ACAAGAGAGGTCCATTCATAGTCTCTCATGCCTT-TAAAAGCCTAGTTATTCGCTTCAAATGGTC
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTAGTTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * * *
3143541 TTATAATCTTATAAATGATTTCAAATCAAATGTTTTTTCATTTTTGGTCAAAATAGATCATAATT
65 TTATAATCTTATAAATGTTTTTAAAT-TAAT-TTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT
* * * * * * *
3143606 TGATATTTGGA-TCGAGAAACGTGAA--GAAAGTGCAATCCATTG
128 TGTTGTTTGCATTAGA-AAACGTGAAGCGAAA--ACCATCCATTA
* * * * * * *
3143648 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTT-TAAAAGCATTGTTACTCACTTTAAGTAGTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTAGTTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * * * *
3143712 TTATAA-CTTTAGAAATGATTTAAAATTGAATTTTATATCATTTTTGGTTAAAACAGATCTTAGT
65 TTATAATC-TTATAAATGTTTTTAAATT-AATTTT-TTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
* * * *
3143776 TTGATGTTTGCATTTAG-ATATGTGAAGCGAAAGCCATCCATT-
127 TTGTTGTTTGCA-TTAGAAAACGTGAAGCGAAAACCATCCATTA
* * * ** * ** *
3143818 ACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTATACCTTCGAATGCCT-GTTAGTCACTCAAAATGGTTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * *
3143882 TATAATCTTAT-AA------TCAA--AATTTCTTTCATTTCTT-GTT--AA-A-A-CA-AA-TGG
66 TATAATCTTATAAATGTTTTTAAATTAATTTTTTTTATTT-TTGGTTAAAACAGATCATAATTTG
* * ** * *
3143930 ATGTTTGCA-TCGAAAAATATGAAGC-AAAAGCAATCCATTG
130 TTGTTTGCATTAG-AAAACGTGAAGCGAAAA-CCATCCATTA
* ** * * * *
3143970 ACAATAAAAGTCCATTTGCAGTCATTCATTG-CTTC-AAAACCCAAGTTACTCACTTGAAATGGT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TGCCTTCGAAAA-CCTAGTTACTCACTTTAAATAGT
* *
3144033 TTTATAATCTTATAAATGATTTTTAATTTAATTTTTATTTATTTTTGGTTAAAACATATCATAAT
64 TTTATAATCTTATAAATG-TTTTTAAATTAATTTTT-TTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
* * * * *
3144098 TTGTTTTTTACATTAGGAAACGTGATGCGAAAACCATCTATTA
127 TTGTTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAACCATCCATTA
* * * * ** *
3144141 ACAATAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTTGTTACTCGTTTTAAATAATTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * * *
3144206 TATAATCTCATAAATGTTTTTAAATTAAATTTATTTTTATTTTTGATTCAAATAGATAATAATTT
66 TATAATCTTATAAATGTTTTTAAATT-AATTT-TTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTT
* * * * * *
3144271 GCTATTTGCA-TATGAAAATGTGAAACGAAAGCCATCCATTG
129 GTTGTTTGCATTA-GAAAACGTGAAGCGAAAACCATCCATTA
* * * * *
3144312 ATAAGAAAAGTCCATTTGTTGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-GGTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * * * * **
3144376 TGTAATTTTATAAATGGTTTTAAACTATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCTTAATAGG
66 TATAATCTTATAAATGTTTTTAAATTAATTTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTG
* * * *
3144441 TTGTTTGCATCAGGAAA--T---GTGAAAGCCATCCATTA
130 TTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAACCATCCATTA
* * * *
3144476 AAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCGTTC-AAAAGCATTGTTACTCA-TTTAAAATAGT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTAGTTACTCACTTT-AAATAGT
* * * * * *
3144539 TTTATAATCTTGTAAATGATTTTAGATTGATTTTTTTTACGTTTTTGGGTAAAAAAGATCATAAT
64 TTTATAATCTTATAAATGTTTTTAAATTAATTTTTTTTA--TTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
* * * *
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* * * *
3144647 ATAAAAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTT
1 ACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * * * ** *
3144711 GTATAATCTTAT-AA-----TCAAA--CA-TTTTTTCATATTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGG
65 TTATAATCTTATAAATGTTTTTAAATTAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTG
* * * * * * * * *
3144767 ATGTTTGCATCAGGAAACGAGTAGCGAAAGCGA-CTAATTG
130 TTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAACCATC-CATTA
* * * * * * *
3144807 ATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAA-CGATT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCACTTTAAATAG-TT
* * * * *
3144871 TTATAATCTTATAAATGATTTTAGATTGGA-TTTTTTTATTTATGGTTAAAACATATCATAATTT
65 TTATAATCTTATAAATGTTTTTAAATT-AATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTT
* * ** * * * * ** * *
3144935 GATGTTTGTACAAGGAACCGTAAAGTGAAAGGCATCCACTG
129 GTTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAACCATCCATTA
* ** * * * *
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1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTT
* * ** * * * * * *
3145040 TATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCATTTCTGTTTCCT-ATTAAAACAAATCATAGTT
66 TATAATCTTATAAATGTTTTTAAAT--TAATTTTTTTTATTT-TTGGTTAAAACAGATCATAATT
* ** ** * * * * *
3145104 GGAGGTTTGTGTCATAAAACATAAAGC-AAAAGCCATCCATTC
128 TGTTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAA-CCATCCATTA
* * * * * * * * * *
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1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCGAAAA-CCTAGTTACTCACTTTAAATAGT
* ** * * *
3145209 TTTATAA-CTTTGTAAATGACTTTAAATTGAATTTGATTTCATTATTGGTTAAAA-AGGATCATA
64 TTTATAATC-TTATAAATGTTTTTAAATT-AATTT-TTTTTATTTTTGGTTAAAACA-GATCATA
** * * *
3145272 ATTTCATGTTTGCATCA-AGAAACTTGAAGC-AAAAGCCATCCATTG
125 ATTTGTTGTTTGCATTAGA-AAACGTGAAGCGAAAA-CCATCCATTA
* * * ** ** * *
3145317 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTAATATCTTCGAAAGGCTAGTTAGT-AGCTTTAAA-GGAT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCA-CTTTAAATAG-T
* * * *
3145380 TTTATAACCTTATAAATGATTTCT-AATTGAATTTGTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAA
64 TTTATAATCTTATAAATG-TTTTTAAATT-AATTT-TTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA
* * ** * * * *
3145444 -TTGATGTATGCATCGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTG
126 TTTGTTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAACCATCCATTA
* * * * * * * ** *
3145487 ACAACAAAACTGCATTTA-CGATCATTCATGCCTTC-AAAAGCCTAGTTGCTCGCTTGCAATGGT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTAGTTACTCACTTTAAATAGT
* * * *
3145550 TTCATAATCTTATATATGATTTGAAATTGAATTATTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
64 TTTATAATCTTATAAATGTTTTTAAATT-AATT-TTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
* * * ** *
3145615 TTGATGTTTACATTAGAAAACGTGAAGCGAAAGCCATTTATTG
127 TTGTTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAACCATCCATTA
* * * * *
3145658 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACTTATGCCTTC-AAAAGTCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTAGTTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * * *
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65 TTA-TAATCTTATAAATGTTTTTAAATTAATTTTTTTTATTT-TTGGTTAAAACAGATCATAATT
* * ** * * * *
3145785 GGATGTTTAAATT-GAAAAATGTGAAGCGAAAGCTATCCATTG
128 TGTTGTTTGCATTAG-AAAACGTGAAGCGAAAACCATCCATTA
* * ** ** ** * *
3145827 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGGCTTCGAAGGCCTTTTTACTTGCTTTAAGTGGTTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * *
3145892 TATAA-CTTTATAACTAATTTTT-AATTAAATTTTTTGCATTTTAACGTTTTTGGGTAAAAAAGA
66 TATAATC-TTATAAAT-GTTTTTAAATT-AA--TTTT---TTTT-A--TTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * *
3145955 TCATAATTTATTGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTG
120 TCATAATTTGTTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAACCATCCATTA
* * * * ** * * * *
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1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTAGTTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * * *
3146069 TTGTAA-CTTTATAAATGATTTTAGATTGTATTCGTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAA
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* * * * *
3146133 TTTGATGTTTGCACTA-AGAAACGTGAAGCGAAAACTATCTATTC
126 TTTGTTGTTTGCATTAGA-AAACGTGAAGCGAAAACCATCCATTA
* * * * * *
3146177 AGAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACTCATGGCTTCGAAAACCTTA-TTTCTCGCTTTAAA-AGGT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACC-TAGTTACTCACTTTAAATA-GT
* * * * * * *
3146240 TTTATAATCTTATAAATGATTTTGAATAGAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAAAAGATCATAGT
64 TTTATAATCTTATAAATGTTTTTAAAT-TAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
* * * * * * * *
3146305 TGGATGTTTGCATTGGGAAACATTAAGCGAAAGCTATCCATTGA
127 TTGTTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAACCATCCATT-A
* * * * * *
3146349 A-AAGAATAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * * * * *
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66 TATAATCTTATAAATGTTTTTAAA-TTAATTTTT-TTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTT
* * * * **
3146478 GTTATTTGCATGAGGAAACGTGAAGC-AAAGGCCATCCATGC
129 GTTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAA-ACCATCCATTA
* * * * * * *
3146519 ACAATAAATGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGATTTAGAT-GAT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCA-CTTTAAATAG-T
* ** * ** * *
3146582 TTTATCATCTTCCAAATGATTTTAAATGGCA-TTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGGTAATAA-T
64 TTTATAATCTTATAAATGTTTTTAAAT-TAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT
* * * * * * *
3146645 TGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTG
128 TGTTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAACCATCCATTA
* * * * * * *
3146687 ACAAAAAAAGTTCACTGACAGTCACTCATGCCTTCAGAAGAA--TAGTTACACATTTTAAAT-GA
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAA-AACCTAGTTACTCACTTTAAATAG-
* * * * * *
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** * * * * * ** * * *
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126 TTTGTTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAACCATCCATTA
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
3147027 ACAAGAAAAGTTCACTTATACTCACTCATGCCTTAGAAAGCCTAATTACTTATTTTAAGTGGTTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * *
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** * * * * *
3147154 AATGTTTACATCGAAAAAAC-TGAAGTGAAAGA-CATCCATTG
129 GTTGTTTGCAT-TAGAAAACGTGAAGCGAAA-ACCATCCATTA
* * * * * * *
3147195 ACAGGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCACGCCTTC-AAAAGCCTATTTTCTCATTTTAAATGGTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTAGTTACTCACTTTAAATAGTT
* * ** * * *
3147259 TTATAATCTTATAAATGATTTTAGATTGAATTTTTTTTATTTTTTTATTAAAACAAAACATAAAT
65 TTATAATCTTATAAATGTTTTTAAATT-AATTTTTTTTA-TTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT
* * * * * *
3147324 TATTGTTTGGATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTC
128 TGTTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAACCATCCATTA
* * * *
3147366 ACAATAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGCAAACCTAGTTACTCGA-TTTAAAT-GAT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTC-ACTTTAAATAG-T
* ** ** * * * *
3147429 TTTATAATTTTATAAATAATTTTGTATTGACTTTTTTTCATTTTTGGTTGAAATAGATCATAATT
64 TTTATAATCTTATAAATGTTTTTAAATT-AATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT
* * * * *
3147494 TATTGTTTGCACTGGGAAACGTGAAGC-AAAAACATTCCATTA
128 TGTTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAACCA-TCCATTA
* * * ** *
3147536 ACAAGAAATGTCCATTGT-TATTCACTTATAACTTCGAAAGCCTAGTTACTCA-TATTAAAT-GA
1 ACAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCACT-TTAAATAG-
* * * *
3147598 TTTTATAATCTTACAAAT-TATTTTAAATCAATTATTTTTGCATTTTTGGTTAAAACATATCATA
63 TTTTATAATCTTATAAATGT-TTTTAAATTAATT-TTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATCATA
* * * * * * *
3147662 ATTTGATGTTTGCAATGGGAAACGTGAAGC-AAAAGTCATTCATTG
125 ATTTGTTGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAA-CCATCCATTA
* * * * * ** *
3147707 ATAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCGTGCCTTC-AGAAGCCTAATTACTGGCTTTACAA-GGT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA-AAACCTAGTTACTCACTTTA-AATAGT
* * *
3147770 TTTGTAATTTTATAAATGATTTTAA
64 TTTATAATCTTATAAATGTTTTTAA
3147795 GTCAAAATTA
Statistics
Matches: 3217, Mismatches: 741, Indels: 378
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
149 2 0.00
150 3 0.00
151 30 0.01
152 29 0.01
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158 10 0.00
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176 3 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
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TGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGCGAAAACCATCCATTA
Found at i:3145354 original size:341 final size:332
Alignment explanation
Indices: 3143495--3147844 Score: 1499
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3143485 GGTCCATTCA
* * * * * * *
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** * * * * *
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64 ATTT-AAATTGAAT-TTGATTTCATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTT-ATGTTTGCATCAAG
* * * * * * * **
3143622 AAACGTGAA--GAAAGTGCAATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTTAA
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* * * * * * ** *
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188 AAGC-TAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTT-T
* * * * * * **
3143748 ATCATTTTTGGTTAAAACAGATCTTAGTTTGATGTTTGCATTTAGATATGTGAAGCGAAAGCCAT
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* *
3143813 CCATT-ACAAGAAAAGCCCATTTA
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* * * * * * *
3143836 TAGTCACTTATA-CCTTCGAATGCC-TGTTAGTC-ACTCAAAATGGTTTTATAA-TCTTAT--A-
1 TAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCT-TAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAAT
* * **
3143894 -A--TCAA---AATTT-CTTTCATTTCTT-GTT--AAA-A-CA-AATGGATGTTTGCATCGAA-A
63 GATTTAAATTGAATTTGATTTCATTT-TTGGTTAAAAAGATCATAATTTATGTTTGCATC-AAGA
* * * * ** * * * *
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126 AACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACT-AATGCCTTCGAAA
* * * * * * ** * *
3144009 CCCAAGTTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTTAATTTAATTTTTATTTA
190 -GCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAATCAAAATCT-TTTC
* * * * * *
3144074 TTTTTGGTTAAAACATATCATAATT---TGTTTTTTACATTAGGAAACGTGATGCGAAAACCATC
252 TTTTT-GTTAAAACAAATCATAGTTGGATGTTTGTT-CA--A--AAACATGAAGCGAAAGCCATC
* * *
3144136 TATTAACAATAAAAGT-CTATTT
311 CATTGACAAGAAAAGTCCT-TTT
* * ** * ** *
3144158 ACAGTCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTTGTTACTCGTTTTAAATAATTTTATAA-TCTCATAAAT
1 -TAGTCACTCAAGCCTTC-AAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAAT
* * * * * * * * *
3144221 GTTTTTAAATTAAATTT-ATTTTTATTTTTGATTCAAATAGATAATAATTTGCTATTTGCAT-AT
63 G-ATTTAAATTGAATTTGA-TTTCATTTTTGGTT-AAAAAGATCATAATTT-ATGTTTGCATCAA
* * * * * *
3144284 GAAA-ATGTGAAACGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTGTTGTCACTCATGCCTTCG
124 GAAACA--TGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTAATGCCTTCG
* * * * *** *
3144348 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGG-TTTGTAATTTTATAAATGGTTTTAAA-CTATTTTTTTT
187 AAAG-CTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATC-AAAATCTTT
* * * * * * ** *
3144411 TCATTTTTGGTTAAAACAGATCTTAATAGGTTGTTTGCATCAGGAA-AT---GTGAAAGCCATCC
250 TC-TTTTT-GTTAAAACAAATCATAGTTGGATGTTTG-TTCAAAAACATGAAGCGAAAGCCATCC
* * *
3144472 ATTAAAAAGAAAAGTCCATTTA
312 ATTGACAAGAAAAGTCC-TTTT
* * * ** * * *
3144494 TAGTCACTCATGCGTTCAAAAGCATTGTTACTC-ATTTAAAATAGTTTTATAA-TCTTGTAAATG
1 TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCTT-AAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATG
* ** * *
3144557 ATTTTAGATTG-ATTTTTTTTACGTTTTTGGGTAAAAAAGATCATAATTCGT-TGTTTGCA--AT
64 A-TTTAAATTGAATTTGATTT-CATTTTT-GGTTAAAAAGATCATAATT--TATGTTTGCATCA-
* * * * *
3144618 AGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC
123 AG-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGCCACTAATGCCTTC
* * * *
3144682 GAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTGTATAATCTTAT--A--A--TCAAA-C---ATTTTT
186 GAAAG-CTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTT
* * * ** * * * * *
3144737 TCATATTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGGATGTTTGCATCAGGAAACGA-GTAGCGAAAGCGA-
250 TC-T-TTTTGTTAAAACAAATCATAGTTGGATGTTTG-TTCA-AAAAC-ATGAAGCGAAAGCCAT
* * * *
3144800 CTAATTGATATGAAAAGTCCATTTA
310 C-CATTGACAAGAAAAGTCC-TTTT
* * * ** * ** *
3144825 TAGTCACTCATGGCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAA-TCTTATAAATGA
1 TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGA
* * * * * *
3144889 TTTTAGATTGGATTT--TTTTATTTATGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGTA-CAAGGA
65 -TTTAAATTGAATTTGATTTCATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTT-ATGTTTGCATCAA-GA
* * * * * * * * *
3144951 ACCGTAAAGTGAAAGGCATCCACTGACAAGAAAAGTCTATTTATAACCACTGATGCCTTCGAAAG
126 AACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTAATGCCTTCGAAAG
* * *
3145016 CTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCATTTCTGTT
191 CTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTCT-TT
* * * *
3145081 TCCTATTAAAACAAATCATAGTTGGAGGTTTGTGTCATAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTC
255 T--TGTTAAAACAAATCATAGTTGGATGTTTGT-TCA-AAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT-
3145146 G-CAAGAAAAGTCCTTTTT
315 GACAAGAAAAGTCC-TTTT
* *
3145164 TAGT-AGCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACTTTGTAAATGA
1 TAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGA
*
3145228 CTTTAAATTGAATTTGATTTCATTATTGGTTAAAAAGGATCATAATTTCATGTTTGCATCAAGAA
65 -TTTAAATTGAATTTGATTTCATTTTTGGTTAAAAA-GATCATAATTT-ATGTTTGCATCAAGAA
* * * * * **
3145293 ACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTAATATCTTCGAAAGG
127 ACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTAATGCCTTCGAAA-G
* * * * * ** *
3145358 CTAGTTAGTAGCTTTAAA-GGATTTTATAACCTTATAAATGATTTCTAATTGAATTTGTTTTCAT
191 CTAGTTACTCGCTTTAAATGG-TTTTATAATCTTATAAATGATTT-TAAATCAAAATCTTTTC-T
* * * **
3145422 TTTTGGTTAAAACAAATCATAATT-GATGTATGCATCGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
253 TTTT-GTTAAAACAAATCATAGTTGGATGTTTG-TTC-AAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
* * * *
3145486 GACAACAAAACTGC-ATT
315 GACAAGAAAAGTCCTTTT
* * * * * *
3145503 TACGATCATTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTGCTCG-CTTGCAA-TGGTTTCATAA-TCTTATAT
1 TA-G-TCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCTT--AAGTGGTTTTATAACT-TTATAA
* * *
3145565 ATGATTTGAAATTGAATTAT-TTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTACAT-
61 ATGATTT-AAATTGAATT-TGATTTCATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTT-ATGTTTGCATC
* * ** * *
3145628 TAGAAAACGTGAAGCGAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACTTATGCCTTC
122 AAG-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTAATGCCTTC
* * * ** *
3145693 AAAAGTCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTACT-ATCTTATCAATGATTTTATATCAATTTTTT
186 GAAAG-CTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTT
* * * * * ** *
3145757 TTATTTATTGTTCAAACAGATCATAGTTGGATGTTTAAATTGAAAAATGTGAAGCGAAAGCTATC
249 TTCTTT-TTGTTAAAACAAATCATAGTTGGATGTTT--GTTCAAAAACATGAAGCGAAAGCCATC
*
3145822 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
311 CATTGACAAGAAAAGTCC-TTTT
* * * * * * * *
3145845 TAGTCACTCAAGGCTTCGAAGGCCTTTTTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAACTAAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGA-
* * * *
3145910 TTTTAATTAAATTTTTTGCATTTTAACGTTTTTGGGTAAAAAAGATCATAATTTATTGTTTGCAT
65 TTTAAATTGAA---TTTG-A-TTT--CATTTTT-GGTTAAAAAGATCATAATTTA-TGTTTGCAT
* * * * ** **
3145975 CAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAACTCTATATATATTCACTTTTGCCTTC
121 CAAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTAATGCCTTC
* * * * * * * *** *
3146040 AAAAGCCTTGTTTCTCACTTTAAGTGGTTTTGTAA-CTTTATAAATGATTTTAGATTGTATTCGT
186 GAAAG-CTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATCAAAATC--
* * * * ** * * *
3146104 TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTTGATGTTTGCACTAAGAAACGTGAAGCGAAAACT
247 TTTTC-TTTTT-GTTAAAACAAATCATAGTTGGATGTTTGTTC-AA-AAACATGAAGCGAAAGCC
* * *
3146169 ATCTATTCAGAAGAAAAGT-CTATTT
308 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCT-TTT
* * * * * * **
3146194 AAAGTCACTCATGGCTTCGAAAA-CCTTATTTCTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA-TCTTATAAAT
1 -TAGTCACTCAAGCCTTC-AAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAAT
* * * * * * ***
3146257 GATTTTGAATAGAATTT-TTTTACATTTTTGGGTAAAAAAGATCATAGTTGGATGTTTGCATTGG
63 GA-TTTAAATTGAATTTGATTT-CATTTTT-GGTTAAAAAGATCATAATT-TATGTTTGCATCAA
* * * * * * * *
3146321 GAAACATTAAGCGAAAGCTATCCATTGAAAAGAATAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAA
124 GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTAATGCCTTCGAA
* * * * * ** * *
3146386 AGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTCATTATCTGATAAATGATTTTAAATTTAATTTTTATTC
189 AG-CTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTT-TTC
* * * * * * * * *
3146451 ATTTTTAGTTAAAACATATCATAATTTGTTATTTGCATGAGGAAACGTGAAGC-AAAGGCCATCC
252 -TTTTT-GTTAAAACAAATCATAGTTGGATGTTTG-TTCA-AAAACATGAAGCGAAA-GCCATCC
* * * *
3146515 A-TGCACAATAAATGTCAATTTA
312 ATTG-ACAAGAAAAGTC-CTTTT
* * * * * * * * * **
3146537 TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAG-ATTTAGATGATTTTATCA-TCTTCCAAATG
1 TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAAG-TGGTTTTATAACT-TTATAAATG
* * * * * * ***
3146600 ATTTTAAATGGCATTT--TTTTATTTTTGGTTAAAACAGGTAATAATTGATGTTTGCATTGGGAA
64 A-TTTAAATTGAATTTGATTTCATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTTATGTTTGCATCAAGAA
* * * * * * * *
3146663 ACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTTCACTGACAGTCACTCATGCCTTC-AGAAG
127 ACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTAATGCCTTCGA-AAG
* * ** * * * * ** * *
3146727 AATAGTTACACATTTTAAATGATTTTATTATTTTATAAATGATTTGAAATTGAATTTTTTTCATT
191 -CTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTC-TT
* * * ** * * * * * * *
3146792 TTTGGTTAAAACTAATTATAATTTAATGTTTGCATCAGGAAACATAAAACGAAAGGCAGCAATTG
254 TTT-GTTAAAACAAATCATAGTTGGATGTTTG-TTCA-AAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTG
*
3146857 ATAAGAAAAGTCCATTTT
316 ACAAGAAAAGTCC-TTTT
* * * * * *
3146875 TAGTTAGTCATGCCTTCACGAA-CCTAGTTACTCG-CTTGAAATGGTTTTATAA-TCTTATAAAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTCA-AAAGCCTTGTTACTCGCCTT-AAGTGGTTTTATAACT-TTATAAAT
* * ** * * * *
3146937 GATTTTAAA-TCATTTTTTTTTCATTTTTGCTTAAAACAGATGATAATTGGATGTTTGCATCGAG
63 GA-TTTAAATTGAATTTGATTTCATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATT-TATGTTTGCATCAAG
* * * * * * * *
3147001 TAACATGAAGCGGAAGCAATGCATTGACAAGAAAAGTTCACTTATA-CTCACTCATGCCTTAGAA
125 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGC-CACTAATGCCTTCGAA
* *** * * ** *
3147065 AGCCTAATTACTTATTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTGAAT-TGAATTTTTTC
189 AG-CTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTC
* * * ** ** * *
3147128 ATTTTTGTTTAAACAGATCATAATTTAATGTTTACATCGAAAAA-ACTGAAGTGAAAGACATCCA
252 -TTTTTGTTAAAACAAATCATAGTTGGATGTTT-GTTC-AAAAACA-TGAAGCGAAAGCCATCCA
* * *
3147192 TTGACAGGAAAAGTCCACTTA
313 TTGACAAGAAAAGTCC-TTTT
* * *** *
3147213 TAGTCACTCACGCCTTCAAAAGCCTAT-TTTCTCATTTTAAATGGTTTTATAA-TCTTATAAATG
1 TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCT-TGTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATG
* * * ** * * * * * *
3147276 ATTTTAGATTGAATTT-TTTTTATTTTTTTATTAAAACAAAACATAAATTATTGTTTGGATTAGG
64 A-TTTAAATTGAATTTGATTTCA-TTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTTA-TGTTTGCATCAAG
* * * * * *
3147340 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTCACAATAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGCAA
125 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTAATGCCTTCG-AA
* * * * * ** ** ** *
3147405 ACCTAGTTACTCGATTTAAATGATTTTATAATTTTATAAATAATTTTGTATTGACTTTTTTTCAT
189 AGCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTC-T
* * * * * * *** * **
3147470 TTTTGGTTGAAATAGATCATAATT-TATTGTTTGCACTGGGAAACGTGAAGC-AAAAACATTCCA
253 TTTT-GTTAAAACAAATCATAGTTGGA-TGTTTG--TTCAAAAACATGAAGCGAAAGCCA-TCCA
* * *
3147533 TTAACAAGAAATGTCCATTGT
313 TTGACAAGAAAAGTCC-TTTT
* * * * * *** * * * *
3147554 TATTCACTTATA-ACTTCGAAAGCCTAGTTACTCATATTAAATGATTTTATAA-TCTTACAAATT
1 TAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATG
* * * *
3147617 ATTTTAAA-TCAATTAT-TTTTGCATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCAAT-G
64 A-TTTAAATTGAATT-TGATTT-CATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTT-ATGTTTGC-ATCA
* * * * * * * * **
3147679 GGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGATAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCGTGCCTTC-A
123 AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTAATGCCTTCGA
* * * * * *
3147743 GAAGCCTAATTACTGGCTTTACAA-GGTTTTGTAATTTTATAAATGATTTTAAGTCAAAATTATT
188 -AAG-CTAGTTACTCGCTTTA-AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAA-TCTT
* *
3147807 TTCATTTTT-TATGAAAACAAACCATAATTGGATGTTTG
249 TTC-TTTTTGT-T-AAAACAAATCATAGTTGGATGTTTG
3147845 CATCGGAAAG
Statistics
Matches: 3097, Mismatches: 694, Indels: 435
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (332 bp):
TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
TTAAATTGAATTTGATTTCATTTTTGGTTAAAAAGATCATAATTTATGTTTGCATCAAGAAACAT
GAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTAATGCCTTCGAAAGCTAGT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTCTTTTTGTTA
AAACAAATCATAGTTGGATGTTTGTTCAAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
TCCTTTT
Found at i:3145596 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3144732--3147850 Score: 2384
Period size: 171 Copynumber: 18.3 Consensus size: 169
3144722 TAATCAAACA
* * ** * *
3144732 TTTTTTCATATTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGGATGTTTGCATCAGGAAACGA-GTAGCGAAA
1 TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT-GATGTTTGCATCGGGAAAC-ATGAAGCGAAA
* * * * * * *
3144796 GCGA-CTAATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTTCGAAAGCCTAATTACTCGC
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* * * *
3144860 TTTAAACGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGATTGGAT
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * * * * * *
3144902 TTTTTT-ATTTATGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGTA-CAAGGAACCGTAAAGTGAAA
1 TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATC-GGGAAACATGAAGCGAAA
* * * ** * * *
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64 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCT
* ** *
3145029 TTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAA
129 TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
** * * * * ** *** * *
3145070 TCATTTC-TGTTTCCT-ATTAAAACAAATCATAGTTGGAGGTTTGTGTCATAAAACATAAAGCAA
1 TTTTTTCAT-TTT--TGGTTAAAACAGATCATAATT-GATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCGA
* * * * *
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* * * *
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125 CGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * ** * *
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1 TT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACA-GATCATAA-TTGATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCGAA
* * * ** * * * *
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*
3145370 TTTAAA-GGATTTTATAACCTTATAAATGATTTCT-AATTGAAT
128 TTTAAATGG-TTTTATAATCTTATAAATGATTT-TAAATTGAAT
* *
3145412 TTGTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTGATGTATGCATCGGGAAACATGAAGCGAAAG
1 TT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCGAAAG
* * * * * *
3145477 CCATCCATTGACAACAAAACTGCATTTA-CGATCATTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTGCTCGCT
65 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCT
** * * *
3145541 TGCAATGGTTTCATAATCTTATATATGATTTGAAATTGAAT
129 TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * ** * *
3145582 TATTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTACATTAGAAAACGTGAAGCGAAA
1 T-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCGAAA
** * * *
3145647 GCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACTTATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTCGCT
64 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCT
* * *
3145712 TTAAATGGTTTTACT-ATCTTATCAATGATTTTATA-TCAAT
129 TTAAATGGTTTTA-TAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * ** * ** **
3145752 TTTTTTTATTTATT-GTTCAAACAGATCATAGTTGGATGTTTAAATTGAAAAATGTGAAGCGAAA
1 TTTTTTCATTT-TTGGTTAAAACAGATCATAATT-GATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCGAAA
* * * * * ** *
3145816 GCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGGCTTCGAAGGCCTTTTTACTTGCT
64 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCT
* * * * *
3145881 TTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAACTAATTTTTAATTAAATTTT
129 TTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAA---T
* * * * *
3145925 TTGCATTTTAACGTTTTTGGGTAAAAAAGATCATAATTTATTGTTTGCATCAGGAAACATGAAGC
1 TT---TTTT--CATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGA-TGTTTGCATCGGGAAACATGAAGC
* * * * ** * *
3145990 GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAACTCTATATATATTCACTTTTGCCTTCAAAAGCCTTGTTTCT
60 GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACT
* * * * *
3146055 CACTTTAAGTGGTTTTGTAA-CTTTATAAATGATTTTAGATTGTAT
125 CGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* ** *
3146100 TCGTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTTGATGTTTGCA-CTAAGAAACGTGAAGCGA
1 T--TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATC-GGGAAACATGAAGCGA
* * * * * * * * *
3146164 AAACTATCTATTCAGAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACTCATGGCTTCGAAAA-CCTTA-TTTCT
62 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCC-TAGTTACT
* * *
3146227 CGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTGAATAGAAT
125 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * * *
3146272 TTTTTTACATTTTTGGGTAAAAAAGATCATAGTTGGATGTTTGCATTGGGAAACATTAAGCGAAA
1 TTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT-GATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCGAAA
* * * * ** * *
3146337 GCTATCCATTGAAAAGAATAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACT
64 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCT
* * * *
3146402 TTAAATGGTTTCATTATCTGATAAATGATTTTAAATTTAAT
129 TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * * *
3146443 TTTTATTCATTTTTAGTTAAAACATATCATAATTTGTTATTTGCAT-GAGGAAACGTGAAGC-AA
1 TTTT-TTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATCG-GGAAACATGAAGCGAA
* * * * * *
3146506 AGGCCATCCA-TGCACAATAAATGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTA
63 A-GCCATCCATTG-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC
* * * * ** * *
3146570 GATTTAGATGATTTTATCATCTTCCAAATGATTTTAAATGGCAT
126 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * *
3146614 TTTTTT-ATTTTTGGTTAAAACAGGTAATAATTGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGAAAGC
1 TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCGAAAGC
* * * * * * ** * **
3146678 CATCCATTGACAAAAAAAGTTCACTGACAGTCACTCATGCCTTCAGAAGAATAGTTACACATTTT
66 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTT
* * * *
3146743 AAATGATTTTATTATTTTATAAATGATTTGAAATTGAAT
131 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * * *
3146782 TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACTA-ATTATAATTTAATGTTTGCATCAGGAAACATAAAACGAAA
1 TTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC-AGATCATAA-TTGATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCGAAA
* * * * * * * *
3146846 GGCAGCAATTGATAAGAAAAGTCCATTTTTAGTTAGTCATGCCTTCACGAA-CCTAGTTACTCGC
64 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA-AAAGCCTAGTTACTCGC
* * *
3146910 TTGAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TCATTT
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGA-AT
* * * * *
3146952 TTTTTTCATTTTTGCTTAAAACAGATGATAATTGGATGTTTGCATCGAGTAACATGAAGCGGAAG
1 TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT-GATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCGAAAG
* * * * * * ***
3147017 CAATGCATTGACAAGAAAAGTTCACTTATACTCACTCATGCCTT-AGAAAGCCTAATTACTTATT
65 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA-AAAGCCTAGTTACTCGCT
* *
3147081 TTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTGAATTGAA-
129 TTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * * * *
3147121 TTTTTTCATTTTT-GTTTAAACAGATCATAATTTAATGTTTACATC-GAAAAAACTGAAGTGAAA
1 TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATCGGGAAACA-TGAAGCGAAA
* * * * * * **
3147184 GACATCCATTGACAGGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCACGCCTTCAAAAGCCTATTTTCTCATT
64 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCT
*
3147249 TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGATTGAAT
129 TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* ** * * * **
3147290 TTTTTTTATTTTTTTATTAAAACAAAACATAAATT-ATTGTTTGGATTAGGAAACATGAAGCGAA
1 TTTTTTCA-TTTTTGGTTAAAACAGATCAT-AATTGA-TGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCGAA
* * *
3147354 AGCCATCCATTCACAATAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGC-AAA-CCTAGTTACTC
63 AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TT-CAAAAGCCTAGTTACTC
* * * * ** *
3147417 GATTTAAATGATTTTATAATTTTATAAATAATTTTGTATTGACT
126 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * *
3147461 TTTTTTCATTTTTGGTTGAAATAGATCATAATTTATTGTTTGCA-CTGGGAAACGTGAAGC-AAA
1 TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGA-TGTTTGCATC-GGGAAACATGAAGCGAAA
** * * * * ** *
3147524 AACATTCCATTAACAAGAAATGTCCATTGT-TATTCACTTATAACTTCGAAAGCCTAGTTACTC-
64 GCCA-TCCATTGACAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCG
* * * * *
3147587 ATATTAAATGATTTTATAATCTTACAAATTATTTTAAA-TCAAT
127 CT-TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * *
3147630 TATTTTTGCATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCAAT-GGGAAACGTGAAGCAA
1 T-TTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGC-ATCGGGAAACATGAAGCGA
* * * * * * * *
3147694 AAGTCATTCATTGATAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCGTGCCTTCAGAAGCCTAATTACTGG
62 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCG
* * * **
3147759 CTTTACAA-GGTTTTGTAATTTTATAAATGATTTTAAGTCAAAAT
127 CTTTA-AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-TGAAT
* ** * * *
3147803 TATTTTCATTTTTTATGAAAACAAACCATAATTGGATGTTTGCATCGG
1 TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT-GATGTTTGCATCGG
3147851 AAAGCGCATA
Statistics
Matches: 2326, Mismatches: 514, Indels: 217
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 284 0.12
169 310 0.13
170 597 0.26
171 810 0.35
172 169 0.07
173 18 0.01
174 4 0.00
175 2 0.00
176 4 0.00
177 4 0.00
178 121 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCGAAAGC
CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
Found at i:3146937 original size:509 final size:498
Alignment explanation
Indices: 3143541--3157203 Score: 3188
Period size: 508 Copynumber: 27.2 Consensus size: 498
3143531 TCAAATGGTC
* * * *
3143541 TTATAATCTTATAAATGATTTCAAAT-CAAATGTTTTTTCATTTTTGGTCAAAATAGATCATAAT
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAATGC--AT-TTTTTT-ATTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
* * * * * * *
3143605 TTGATATTTGGATCGAGAAACGTGAA--GAAAGTGCAATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
61 TTGATGTTTGCAT-GGGAAACATGAAGTGAAAG-AC-ATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATA
* * * * * * * * * * *
3143668 GTCATTCATACCTTTAAAAGCATTGTTACTCACTTTAAGTAGTTTTATAA-CTTTAGAAATGATT
123 GTCACTCATGCCTTCAGAAGAATAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATT
* * * * * * *
3143732 TAAAATTGAATTTTATATCATTTTTGGTTAAAACAGATCTTAGTTTGATGTTTGCATTTA-GATA
187 TGAAATTGAATTTT-TTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCA-TTAGGAAA
** * * * * * *
3143796 TGTGAAGCGAAAGCCATCCATT-ACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTATACCTTCGAATGCC
250 CATAAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA--CC
* * ** * *
3143860 T-GTTAGTCACTCAAAATGGTTTTATAATCTTAT--A--A---TCAA---AATTTCTTTCATTTC
313 TAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTT-
* * * ** *
3143914 TTGTT--AA-A-A-CA-AA-TGGATGTTTGCATCGA-AAAATATGAAGCAAAAGCAATCCATTGA
377 TTGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCAT-GAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCATCCA-TGA
* * ** * * * * * * * *
3143971 CAATAAAAGTCCATTTGCAGTCATTCATTG-CTTCAAAACCCAAGTTACTCACTTGAAATGGTT
439 CAAGAAATGT-CATTTATACTCACTCA-TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AATT-TAATGATT
* * ** *
3144034 TTATAATCTTATAAATGATTTTTAATTTAATTTTTATTTATTTTTGGTTAAAACATATCATAATT
1 TTAT-ATCTTACAAATGA-TTTTAAATGCA-TTTT-TTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT
* * * * * * * * * * * * *
3144099 TGTTTTTTACATTAGGAAACGTGATGCGAAA-ACCATCTATTAACAATAAAAGTCTATTTACAGT
62 TGATGTTTGCA-TGGGAAACATGAAGTGAAAGA-CATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGT
* * * ** * *
3144163 CACTCATGCCTTC-GAA-AACCTTGTTACTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGTTTT
125 CACTCATGCCTTCAGAAGAA--TAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTT
* * * * * * * * ** * *
3144226 TAAATTAAATTTATTTTTATTTTTGATTCAAATAGATAATAATTTGCTATTTGCA-TATGAAA-A
188 GAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAACA
* * * *
3144289 TGTGAAA-CGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTGTTGTCACTCATGCCTTCGAAAGC
252 --T-AAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AA-C
* * * * * *
3144353 CTAGTTACTCACTTTAAATGG-TTTGTAATTTTATAAATGGTTTTAAACT-ATTTTTTTTTCATT
312 CTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCA-ATTTTTTTCATT
* ** * * *
3144416 TTTGGTTAAAACAGATCTTAATAGGTTGTTTGCATCAGGAAA--TG-TG-AAAGCCATCCATTAA
376 TTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATGAGGAAACGTGAAGCAAAGCCATCCA-TGA
* * * * * * * *
3144477 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCGTTCAAAAGCATTGTTACTCATTTAAAAT-AGTT
439 CAAGAAATGT-CATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAATTT--AATGA-TT
** * * *
3144540 TTATAATCTTGTAAATGATTTTAGATTG-ATTTTTTTTACGTTTTTGGGTAAAAAAGATCATAAT
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTA-AATGCA-TTTTTTTA--TTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
* * * * ** * * * *
3144604 TCGTTGTTTGCAATAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAAG-CCTATTTATAG
61 TTGATGTTTGC-ATGGGAAACATGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCC-ACTTATAG
** * * *
3144668 TCACTCATGCCTTC-GAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTGTATAATCTTAT--A--A--T
124 TCACTCATGCCTTCAG-AAGAATAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTT
* * * * * ** ** *
3144726 CAAA---CA-TTTTTTCATATTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGGATGTTTGCATCAGGAAACGA
188 GAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAAC-A
* * * *
3144787 GT--AGCGAAA-GCGA-CTAATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTTCGAAAGC
252 -TAAAGCGAAAGGC-ATC-CATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AA-C
* * * * **
3144848 CTAATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGATTGGATTTTTTT-ATTT
312 CTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTT
* * * * ** * * * *
3144912 ATGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGTACAAGGAACCGTAAAGTGAAAGGCATCCACTGA
377 -TTGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATGAGGAAACGTGAAG-CAAAGCCATCCA-TGA
* * * **
3144977 CAAGAAAAGTCTATTTATAAC-CACTGATGCCTTCGAAAG-CTAATTACTCGCTTTAAAT-AGTT
439 CAAGAAATGTC-ATTTAT-ACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AATTT-AATGA-TT
* * * * * * * *
3145039 TTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-CAAAATCATTTCTGTTTCCT-ATTAAAACAAATCATAG
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAATGC---AT-TTTTTTATTT-TTGGTTAAAACAGATCATAA
* * * * ** * ** *
3145102 TTGGAGGTTTGTGTCAT--AAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTCG-CAAGAAAAGTCCTTTTT
60 TTTGATG-TT-TG-CATGGGAAACATGAAGTGAAAGACATCCATT-GACAAGAAAAGTCCACTTA
* * * ** * * *** * *
3145164 TAGT-AGCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTGTAAATG
121 TAGTCA-CTCATGCCTTCAGAAGAATAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATG
* * * * * *
3145227 ACTTT-AAATTGAATTTGATTTCATTATTGGTTAAAA-AGGATCATAATTTCATGTTTGCATCAA
184 A-TTTGAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACA-AATCATAATTTAATGTTTGCATTAG
* * * * * * * **
3145290 GAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTAATATCTTCGAA
246 GAAACATAAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-A
* * * * *
3145355 AGGCTAGTTAGTAGCTTTAAA-GGATTTTATAACCTTATAAATGATTTCT-AATTGAATTTGTTT
310 A-CCTAGTTACTCGCTTTAAATGG-TTTTATAATCTTATAAATGATTT-TAAATTCAATTT-TTT
* * * *
3145418 TCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAA-TTGATGTATGCATCG-GGAAACATGAAGCGAAAGCCAT
371 TCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCAT-GAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * * * * ** *
3145481 CCATTGACAACAAAACTG-CATTTACGA-TCATTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTGCTCGCTTGC
433 CCA-TGACAA-GAAA-TGTCATTTA-TACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AATT-T
*
3145544 AATGGTT
492 AATGATT
* * * * *
3145551 TCATAATCTTATATATGATTTGAAATTGAATTATTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAA-TGCA-T-TTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT
* * * * * * ** * *
3145616 TGATGTTTACATTAGAAAACGTGAAGCGAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGC
62 TGATGTTTGCA-TGGGAAACATGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTC
* * ** * ** * *
3145681 ACTTATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTACT-ATCTTATCAATGATTTTA
126 ACTCATGCCTTCAGAAGAATAGTTACACATTTTAAATGGTTTTA-TAATCTTATAAATGATTTGA
* * * * * * ** ** *
3145745 TA-TCAATTTTTTTTATTTATT-GTTCAAACAGATCATAGTTGGATGTTTAAATT--GAAAAATG
190 AATTGAATTTTTTTCATTT-TTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAACA--
* * * *
3145806 TGAAGCGAAA-GCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGGCTTCGAAGGCCT
252 TAAAGCGAAAGGC-ATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA--CCT
** * * * * * *
3145870 TTTTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAACTAATTTTTAATTAAATTTTTTGCATTTT
314 AGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTCAA---TTT---TTTT
* * * * * *
3145934 AACGTTTTTGGGTAAAAAAGATCATAATTTATTGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGCCAT
372 --CATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATGAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
** * * ** * * * *
3145999 CCATTGACAAGAAAACTCTATATATATTCACTTTTGCCTTCAAAAGCCTTGTTTCTCACTTTAAG
433 CCA-TGACAAGAAATGTC-ATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AATTTAA-
*
3146064 TGGTT
494 TGATT
* * * * * *
3146069 TTGTAACTTTATAAATGATTTTAGATTGTATTCGTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAAT
1 TTATATC-TTACAAATGATTTTA-AATGCATT--TTTTT-ATTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
** * * * * * * * *
3146134 TTGATGTTTGCACTAAGAAACGTGAAGCGAAA-ACTATCTATTCAGAAGAAAAGTCTATTTAAAG
61 TTGATGTTTGCA-TGGGAAACATGAAGTGAAAGAC-ATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAG
* * * ** *
3146198 TCACTCATGGCTTC-GAA-AACCTTA-TTTCTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTTATAAATGAT
124 TCACTCATGCCTTCAGAAGAA---TAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGA-
* * * ** *
3146260 TTTG-AATAGAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAA-AAGATCATAGTTGGATGTTTGCATTGGGA
185 TTTGAAATTGAATTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAA-ATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGA
* * * *
3146323 AACATTAAGCGAAA-GCTATCCATTGAAAAGAATAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAA
248 AACATAAAGCGAAAGGC-ATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AA
* * * * * *
3146387 GCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTCATTATCTGATAAATGATTTTAAATTTAATTTTTATTCA
311 -CCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTT-TTCA
* *
3146452 TTTTTAGTTAAAACATATCATAATTTGTTATTTGCATGAGGAAACGTGAAGCAAAGGCCATCCAT
374 TTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATGAGGAAACGTGAAGCAAA-GCCATCCAT
* * *
3146517 GCACAATAAATGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGATTTAGATGAT
437 G-ACAAGAAATGTC-ATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTA-ATTTA-ATGAT
3146582 T
498 T
* * *
3146583 TTATCATCTTCCAAATGATTTTAAATGGCATTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGGTAATAA-TTG
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAAT-GCATTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTG
* * * * *
3146647 ATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTTCACTGACAGTCAC
64 ATGTTTGCA-TGGGAAACATGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCAC
* * *
3146712 TCATGCCTTCAGAAGAATAGTTACACATTTTAAATGATTTTATTATTTTATAAATGATTTGAAAT
128 TCATGCCTTCAGAAGAATAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTGAAAT
* * * *
3146777 TGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACTAATTATAATTTAATGTTTGCATCAGGAAACATAAAAC
193 TGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAACATAAAGC
* * * * * *
3146842 GAAAGGCAGCAATTGATAAGAAAAGTCCATTTTTAGTTAGTCATGCCTTCACGAACCTAGTTACT
258 GAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT--CGAACCTAGTTACT
* *
3146907 CGCTTGAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TCATTTTTTTTTCATTTTTGCTTAA
321 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCA-ATTTTTTTCATTTTTG-TTAA
* * * * * * * *
3146971 AACAGATGATAATTGGATGTTTGCATCGA-GTAACATGAAGCGGAAGCAATGCATTGACAAGAAA
384 AACAGATCATAATTTGTTGTTTGCAT-GAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCATCCA-TGACAAGAAA
* * * * * *
3147035 AGTTCACTTATACTCACTCATGCCTTAGAAAGCCTAATTACTTATTTTAAGTGGTT
446 TG-TCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAC-TAATTTAA-TGATT
* * * * * * *
3147091 TTATAACTTTATAAATGATTTTGAATTGAATTTTTTCATTTTT-GTTTAAACAGATCATAATTTA
1 TTATATC-TTACAAATGATTTT-AAATGCATTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTG
* * * * *
3147155 ATGTTTACATCGAAAAAACTGAAGTGAAAGACATCCATTGACAGGAAAAGTCCACTTATAGTCAC
64 ATGTTTGCATGGGAAACA-TGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCAC
* * ** * * * * *
3147220 TCACGCCTTCAAAAGCCTATTTTCTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAT
128 TCATGCCTTCAGAAGAATAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTGAAAT
* ** * * * * *
3147285 TGAATTTTTTTTATTTTTTTATTAAAACAAAACATAAATTATTGTTTGGATTAGGAAACATGAAG
193 TGAATTTTTTTCA-TTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAACATAAAG
* * * * * *
3147350 CGAAAGCCATCCATTCACAATAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGCAAACCTAGTTAC
257 CGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TT-CGAACCTAGTTAC
* * * * ** * * *
3147415 TCGATTTAAATGATTTTATAATTTTATAAATAATTTTGTATTGACTTTTTTTCATTTTTGGTTGA
320 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTTTT-GTTAA
* * ** *
3147480 AATAGATCATAATTTATTGTTTGCACTG-GGAAACGTGAAGCAAAAACATTCCATTAACAAGAAA
384 AACAGATCATAATTTGTTGTTTGCA-TGAGGAAACGTGAAGCAAAGCCA-TCCA-TGACAAGAAA
* * ** *
3147544 TGTCCATTGT-TATTCACTTATAACTTCGAAAGCCTAGTTACTCATATTAAATGATT
446 TGT-CATT-TATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-A-ATTTAATGATT
* *
3147600 TTATAATCTTACAAATTATTTTAAAT-CAATTATTTTTGCATTTTTGGTTAAAACATATCATAAT
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAATGC-ATT-TTTTT--ATTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
* ** * * * * *
3147664 TTGATGTTTGCAATGGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGATAAGAGAAGTCCATTTATAGT
61 TTGATGTTTGC-ATGGGAAACATGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGT
* ** * **** * * *
3147729 CACTCGTGCCTTCAGAAGCCTAATTACTGGCTTTACAA-GGTTTTGTAATTTTATAAATGATTTT
125 CACTCATGCCTTCAGAAGAATAGTTACACATTTTA-AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTG
* ** * ** * * ** * *
3147793 AAGTCAAAATTATTTTCATTTTTTATGAAAACAAACCATAATTGGATGTTTGCA-TCGGAAAGCG
189 AAAT-TGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAA-CA
* * * ** * *** * ** * *
3147857 CATAGC-AAA-TC-T-C-TT-----G-TTATTCTC-TTTA-AGTGGTTTTATAACTT-TATAACT
252 TAAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTC-CATTTATAGT-CACTCATGCCTTCGA-ACCT
* ** * * * * * * * ** * *
3147908 -GATT--TTGAATTGAAT-TTTTTTTATTTTTGTTTAAATAGATTAT-AATTTGA-TGTTTGCA-
314 AG-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-ATCT-TATAAAT-GATTTTAAATTCAATTTTTTTCAT
* ** *** * * * **
3147966 --TCG-GGAAACATGATGCGA-AA------ACCTCCAT--TG--AC---AAGAAAAGTCCATTTA
375 TTTTGTTAAAACA-GAT-C-ATAATTTGTTGTTTGCATGAGGAAACGTGAAGCAAAG-CCATCCA
* *** * * * *
3148014 TAGTC-ACTCATGGC-TTTAATA-GC-CT-A-G--TT----A--CTAGCTT--TAA-ATGAT--T
436 T-GACAAGAAATGTCATTT-ATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAG-TTACTAATTTAATGAT
3148060 T
498 T
* * ** * *
3148061 TATA-ACCTTATAAATATTTTGAATAAAAT--ATTTTTTTATTTTTGATTAAAATAGATCATAAT
1 T-TATATCTTACAAATGATTT---T-AAATGCATTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
* * ** * * * *
3148123 TTGTTGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTA-ATCCGTTTG-CATGAAATGTCCATTTATA
61 TTGATGTTTGCA-TGGGAAACATGAAGTGAAAG-ACATCC-ATTGACAAGAAAAGTCCACTTATA
* ** * * * * *
3148186 GTCGA-TCATAACC-TC-GTAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAAATTA
123 GTC-ACTCAT-GCCTTCAG-AAGAATAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGA
* ** * * * * * * *
3148248 TTTTAAATAAAAATTTTTAT-ATTTTTAGTTAAAATATATCATAATTTGAT-TTTAGCATCAAGA
185 TTTGAAAT-TGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTT-GCATTAGGA
* * * * * * *
3148311 AACGTGAAGCGAAAGCCATTCATT-AACAAGAGAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAA
248 AACATAAAGCGAAAGGCATCCATTGAA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAA
** * * *
3148375 GCCTTTTTACTTGCTTT--ATGTGTTTTATAA-CTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTGTTTTT
311 -CCTAGTTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTCAATT-TTTTT
* * * * * *
3148437 CGTTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGACT-TTTACATCAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATC
372 CATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTG-TTGTTTGCATGAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCATC
* * * * * * *
3148501 CATAGACAAGAAATGTCTGTTTATAGTTAGTCATGTCTTCTAAAACCTAGTTACTCAATTTAAAT
434 CAT-GACAAGAAATGTC-ATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AATTT-AAT
*
3148566 GGTT
495 GATT
* *
3148570 TTATAATCTTACAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAATAGATCATAATT
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAA-TGCATTTTTTTA--TTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT
** * * * ** * *
3148635 TGATGTTTGCATCTAGAAACAGGTAA-AGAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTTAATTTATGGT
62 TGATGTTTGCAT-GGGAAACATG-AAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGT
* ** * * * * * * *
3148699 CATTCATGCCTTC-GAA-AACCTAGTTAGTCACTTTGAATTGTTCTATAATCATACAAATAATTT
125 CACTCATGCCTTCAGAAGAA--TAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTT
** * * * * *
3148762 CG-AATCAAATTTTTTTCATTTTT-CTTAAAACAAAGCATAAATTATTGTTTGCATCAGGAAACA
188 -GAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAACA
* * * * * * * *
3148825 TGATGCGAAAGCCATCCACTGATAACAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTA
252 TAAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAA-CCTA
* ** * * * * * * **
3148890 GTTGCTTACTCTAAATGGTTTTACAATTTTATGAATGATTTTAAATTGAATTTGTTTCAGTTTCG
315 GTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCA-TTTTT
* * * * * *
3148955 GTTAAAACAAACCATAATTTGATGTTTGCATTG-GGAAACGTCATA-CAAAAGCTATCCATTGAT
379 GTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCA-TGAGGAAACGTGA-AGC-AAAGCCATCCA-TGAC
* * * ** * *
3149018 AAGAAAAT-TCAATTTATAGTCACTCATGCCTTCTAAAGTCTAGTTACTCGCTTGGAATGGTT
440 AAG-AAATGTC-ATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AATT-TAATGATT
* * ** *
3149080 TTATAATCTTATAATTGATTTTGAATTGAATGTTTTTTTTTTGTTTTTGGTTAAAACAGATCATA
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTT--A---AATG-CATTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATA
* * * *
3149145 ATTTGTTGTTTGCATTGGGAAACATTAAG-GCAAAG-CAATCCATTGACAAGAAATGTCCA-TTT
59 ATTTGATGTTTGCA-TGGGAAACATGAAGTG-AAAGAC-ATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTA
* * * * * *
3149207 TAGGCACTAATACCTTTA-AA-AACCTAGTTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATG
121 TAGTCACTCATGCCTTCAGAAGAA--TAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATG
** * ** *
3149269 ATTTGAAATCAAATTTTTTTC-TCTCTCTTGGTTAAAACAAATGATAATTGGATGTTTGCA-TCG
184 ATTTGAAATTGAATTTTTTTCAT-T-T-TTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAG
* * ** * * * * * *
3149332 TGAAGCATGAAGCGAAAGTAATCCATTGACAAGAAAAG-CTCACTTATGGTCCCTCGTGCCTACA
246 -GAAACATAAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCATGCCTTC-
* * * * * ** ** * * *
3149396 AAAGCCCAATTACTTGCTCTATGTCATTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAATTTGAA-TTTTC
308 GAA-CCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTT
* * * * * * * *
3149459 TCATTTTTGTTTAAACATG-TCAGAATTTGATGTATGCATTG-TGAAATGTGAAGTGAAAGCCAC
371 TCATTTTTGTTAAAACA-GATCATAATTTGTTGTTTGCA-TGAGGAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* * ** * * * * **
3149522 CCATTGATAGGAAAACTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAA
433 CCA-TGACAAGAAATGT-CATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AATTT-AA
*
3149587 TGGTT
494 TGATT
* * ** * * * *
3149592 TTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATGTTTTTTCATTTTTTATTAAAGCAAAACATAAAT
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAA-TGCAT-TTTTTT-ATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT
* * * * * * * * * * * *
3149657 TGTTATTTGTATCGAGAAATAGTAAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAAT
62 TGATGTTTGCAT-GGGAAACA-TGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGT
* * ** * * * * *
3149722 CACTCATTCCTT-TGAAAGCCTAGTTTCTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTTATAAAT-ATTTT
125 CACTCATGCCTTCAG-AAGAATAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTG
* ** ** * * * *
3149785 AAACTG-ATTTTTTT-ATTTTTTCTTAAAAACAAAAAATAAATTATTGTTTGCATTGGGAAACGT
189 AAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTT-AAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAACAT
* * * * * * *
3149848 GAAGTGAAAGTCATCCATTCAAAAGAAAAGTCCATTTTTAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTAG
253 AAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAA-CCTAG
* * * ** * * *
3149913 TTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAAACAATTTTCAATTGATTTTTTTTCATTTTTGG
316 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTTTT-G
* * * * * * * * *
3149978 TTGAAACAGATCATAATTGGTTGTTTGTATCG-GGAAGCATGAAGCAAAAACAATCCATTGGCAG
380 TTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCAT-GAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCATCCA-TGACAA
** ** * *
3150042 GAAATGTCCATTTATGGTCACTCATAACTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-AGTT
442 GAAATGT-CATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AATTT-AATGA-TT
* * * *
3150102 TTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-CAAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATCATAAT
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAATGC--AT-TTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
* * * * * * *
3150166 TGGATGTTTGCATCGGGAAACATGAAG-CAGAAGTCATTCATTGATAA-AAGAAGTCCATTTGTA
61 TTGATGTTTGCAT-GGGAAACATGAAGTGA-AAGACATCCATTGACAAGAA-AAGTCCACTTATA
* ** * ** *
3150229 GTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTGGTTATTGGC-TTTT-CATGGTTTTATAATCTTATAAATGAT
123 GTCACTCATGCCTTCAGAAGAATAGTTA--CACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAT
* * ** * ** * * *
3150292 TTTAAA-TCAA---TTTT--TTTTT-ACTAAAA-AGATCATAATTGGATGTTTACATCAGAAAAC
186 TTGAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAAC
* ** ** ** * ** * ** ** **
3150349 GTGTAGCGAAA-GC--CC-TT-----GTTACTTTC-TTTA-AGTGGCTTTAT-AATTTTATAAAT
251 ATAAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATGCCTTCGA-ACCT
* *** * *
3150402 -G-T--T-GC--TAAATTGATTTT-T--T-TTCATTTTTG--TTTAAA--CAGATTATAATTTGA
314 AGTTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTT-ATAAATGATTTTAAATTCA-ATT-T-TTTTCA
* * * * * ** * * ** *
3150452 TGTTTGCATCGAGAAATATGAAGCGA-AAGTCATCT-TTTGACA--A-GAAAAGTTAATTTATAG
374 TTTTTG--T-TA-AAACA-G-ATC-ATAATTTGT-TGTTTG-CATGAGGAAACGTGAA-GCAAAG
* ** * * ** **
3150512 TCA-CTCAT-ACCTTTGAAA-G-C--CTA-GCT-ACT--TG--TTTTAAATG-CT--TTTGTAAT
429 CCATC-CATGA-C-AAGAAATGTCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAA-GCCTAGTTACTAAT
**
3150562 CTT-AT-AAA
490 -TTAATGATT
* * * * *** ** ** * **
3150570 TTAT-T-TGA-AATTGAATTTT--TTTCATTTTTTCT-TAAAATGGAGCATAAATTGTTGTTTAC
1 TTATATCTTACAAATG-ATTTTAAATGCATTTTTT-TAT-TTTTGG-TTA-AAACAGAT-CATA-
* **** * * ** * * * * * ** *
3150629 ATTGGGAAACAATG-AAGCGAAAGCCATTTATTAACAAAAAAAGTCCATTTAC-AG-TCACTCGT
59 ATT-TG-ATGTTTGCATGGGAAA--CATGAAGT--GAAAGACA-TCCATTGACAAGAAAAGTC--
* * ** * * * * *
3150691 GACTT-T-G--A---AAGCC-T-AG-TTACTTGCTTTAAATGATTTTATAA---TCTTATAA---
115 CACTTATAGTCACTCATGCCTTCAGAAGAATAG--TTACA-CATTTTA-AATGGTTTTATAATCT
** * * * *
3150740 -AT-AAT--TTTG-AATCAAATATTTTCTCATTTTTGGTGAAAACAGATCATAATTTGATGTTTG
176 TATAAATGATTTGAAATTGAAT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTG
* ** * * ** * * * * * * *
3150800 CATAAAAAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCAACTTATA---AATAAT---
240 CATTAGGAAACATAAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* * ** ** * * * * ** *
3150859 TT-GAA-ATTGATTTTTTTCATT-ATTGG--TTA-AAAC--AT--ATCA---T-AATTTGA-TGT
305 TTCGAACCTAG-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTT
* ** * * * **** *** * * * *** ** *
3150909 TTGCA--TAAG--GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-AT-AAGAAAAGTCCATTTATTGTC
369 TTTCATTTTTGTTAAAACA-G-ATCATAATTTGTTGTTTGCATGAGGAAACGT-GAAGCAAAGCC
* * * *** * * * * *** *
3150968 ATTCTTGCCTTCAAAAG-C-CTTGT-C-C-CT--TG-CTT--TAAGTGGATTTAC-AACTTT-AT
431 ATCCATGACAAGAAATGTCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAA-TTTAAT
*
3151021 GA-A
495 GATT
* * * * * * * *
3151024 TGAT-T-TT--AAA--A---CAAAT--TTTTTTTTCATTTCTAGTTAAAACGGATCATAGTCTGA
1 TTATATCTTACAAATGATTTTAAATGCATTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGA
* ** * * ** * * * * * * *
3151078 TGTTTACATTGAAAAACGTGTAGCAAAAGCCATCGAATGATAAGAAAAGTTCATTTATATTCACT
65 TGTTTGCA-TGGGAAACATGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACT
* ** * ** * * *
3151143 CAAGCCTTCA-AAGGCCTTGTTACACGCTTTAAGA-GGTTTTATAA-CTTTATAACTAATTTTAA
129 CATGCCTTCAGAA-GAATAGTTACACATTTTAA-ATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTGAA
* * ** *
3151205 ATTGAATTTTTTTCACTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATT-GAGAAACGTCA
191 ATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAG-GAAACAT-A
* * * * * * *
3151269 AA-CAAAAGCCATCCATGGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTAGT
254 AAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAA-CCTAGT
** * * * *
3151333 TACTCTATTTGAATGGTTTTATAATCTTATAAATGGTTTTAAATT-TATTTTTTTTATTTTTGGT
317 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTTTT-GT
* * * * ** * * * *
3151397 GAAAATAGGTCATAATTTGATGTTTTGCACCAGAAAACATGTAGCGAAAGCCATCCATTGAGAAG
381 TAAAACAGATCATAATTTGTTG-TTTGCATGAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCATCCA-TGACAAG
* * * * * **
3151462 AAAAGTCCATTTAAAGGT-ACTCATGCCTTTTGAAATCCTAGTTACTTGCTTTAAGTGGA-T
443 AAATGT-CATTTATA-CTCACTCATGCC-TTCGAAAGCCTAGTTAC-TAATTTAA-T-GATT
* * * *
3151522 TTATAATCTTATAAATGATTTTAGATTG-ATTTTTTTTTCATTTTTGGCTAAAATAGATTC-TAA
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTA-AATGCA--TTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAACAGA-TCATAA
* * ** ** * * * *
3151585 TTTGATGCTT-CTATTAGGAAATGTGAAGCCAAAGCCATCCATTGA-TAGAAAACTCCATTTATA
60 TTTGATGTTTGC-A-TGGGAAACATGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATA
* * **** * *
3151648 GTAACTCATGCCTT-TGAA-AACCTAGTTACTTGGTTTACATAGTTTTATAATCTTATAAATGAT
123 GTCACTCATGCCTTCAGAAGAA--TAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAT
* * * * * *
3151711 TTTAAATTGAATGTTTTTTCATTTTTTGTTCAAACTAAA-CATAAATTATTGTTTGCATTGGGAA
186 TTGAAATTGAAT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC-AAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAA
* * * *** **
3151775 ACATGAAGCGAAA-GCTATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATATATTTAAAAC
249 ACATAAAGCGAAAGGC-ATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-GCCTTCGAA-
* * * *
3151839 CCTAGTTACTCG-TTCTAAATGGCTTTATAATATTATAAATGATTTT-GATTGAATTTTTTTACA
311 CCTAGTTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTT-CA
* * *
3151902 TTTTTGATTAAAACAGATCATCATTTGATGCTTGCATTG-GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA
374 TTTTTG-TTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCA-TGAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCATCCA
* * * * **
3151966 TTGATAAGAAA-GTCCA-TT-TAGTCACTCATGCCTTTGATAA--CTGACTTACTTGCTTTAAAT
436 -TGACAAGAAATGT-CATTTATACTCACTCATGCCTTCGA-AAGCCT-AGTTAC-TAATTT-AAT
*
3152026 GGTT
495 GATT
* * * * ** ** *
3152030 TTATAATCTTATAAAAGATTTTGAATTGAATTTTTTTACATTTGGTTAAAACAGATTGTAATATG
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTT-AAATGCATTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTG
* * * ** *
3152095 ATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCAC
64 ATGTTTGCA-TGGGAAACATGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCAC
* ** * * * *
3152160 TCATACCTTC-GAAAGTCTCGATACTAGC--TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA
128 TCATGCCTTCAG-AAGAATAGTTAC-A-CATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTGA
* ** ** * * ** *
3152222 AGTCAAAAGGTTTTTCATTTTTGGCTAAAACAGATCATAATTGGATGGTTTGCATTA-GAAAGCT
190 AAT-TGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAAT-GTTTGCATTAGGAAA-CA
* * * * * * *
3152286 TACAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCAAAACCCTT
252 TAAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAA-CCTA
* ** * * * * *
3152351 GTAACTCATTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTTTAAATGATTTTACATTGAATTTTTTTTATTTTT
315 GTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTTTT
* * * * ** * *
3152415 GTTTAAACAGATTATAATTTGATGCTTGCATTTGGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAA
379 GTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATGAGGAAACGTGAAG-CAAAGCCATCCA-TGACAA
* * * * * * * * ** ** *
3152480 CAAAAGCCCATTTGTAGCT-ACTCATACCTTCCAAAGCTTAATTACTCGCTCGGAATG-GT
442 GAAATG-TCATTTATA-CTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AAT-TTAATGATT
** * * * *
3152539 TTATAATCTTATGAATGATTTTAAATTCAATTTTGTTCATTTTTGGTTAAAACATATCGTAATTT
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAATGC-ATTTT-TTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTT
* * ** * * * *
3152604 GATGTTGGCATTGGGAAACGTGAAACGAAAGGCATCCATTGATC-AGAAATGTCTATTTATAGTC
63 GATGTTTGCA-TGGGAAACATGAAGTGAAAGACATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCACTTATAGTC
* * * ** *
3152668 ACTAATTCCTT-TGAAAGGCTAGTTACTAGC--TTTAAAAGGTTTTATAATCTTATAAATGATTT
126 ACTCATGCCTTCAG-AAGAATAGTTAC-A-CATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTT
* ** * * *
3152730 TAAATTGAA-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATTGTAATTTAATGTTTACATCAAGAAATGC
188 GAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAA--C
* * * *
3152794 -GAAA-TGAAAGGCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCT
251 ATAAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AA-CCT
*** * * * * * * ** *
3152857 AGTTAAAAGATTTAAATTGTTTTATAATCCTACAAATAATTTTGAATAGAATTATTTTCATTTTT
314 AGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCA--TTT
* * *
3152922 TTGTTAAAACAGAGCATAAATTGTTGTTTGCAT-AGAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCGTTGA
377 TTGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATGAG-GAAACGTGAAGC-AAAGCCATCC-ATGA
* * ** * * * ** * *
3152986 TAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTATTTATTCGCTTGAAATGGTT
439 CAAGAAATGT-CATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AATT-TAATGATT
* * * * * * * *
3153049 ATT-TAATCTTATAAAAGATATTGAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGATCATAATC
1 -TTAT-ATCTTACAAATGAT-TTTAAATGCATTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT
** * ** * ** *
3153113 TGATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCAAACATTGACAAGAAAAGCCCA-TTAATAGT
62 TGATGTTTGCAT-GGGAAACATGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTT-ATAGT
* * * * ** *
3153177 CACTCATACCTT-TGAA-ATACTCGTTACTCGCTTTATATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTT
125 CACTCATGCCTTCAGAAGA-A-TAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTT
* * ** * * * * ** * *
3153240 TAAGTCAAAATGTTTTCATTTTCGGTTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCA-TCGAAAAGC
188 GAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGG-TTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAA-C
* * * * * * * * *
3153304 TTATAGCGAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCGTTTATACTTACTCATGCCTTCAAAACCCT
251 ATAAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAA-CCT
* * * * *
3153369 TGTTACTCGATTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-ATTTT
314 AGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTTT
* * * * * * * * * * * *
3153432 TATTTAAAGAGATTATAATTCGATGTTTTCATCAGGAAACATAAAGTGAAAGCAATCCAATGACA
378 TGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATGAGGAAACGTGAAG-CAAAGCCATCC-ATGACA
* * * * * ** * *
3153497 AGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCATGCCTTTC-AAGGCTTAGTTACTCGCTTAGAATGGTT
441 AGAAATGT-CATTTATACTCACTCATGCC-TTCGAAAGCCTAGTTACT-AATT-TAATGATT
* ** * * * * * **
3153558 TTGTAATCTTATGAATAATTTTAAACTGAATTTTGTTCATTTTTGGTTTAAACATATTGTAATTT
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAA-TGCATTTT-TTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTT
* * * ** * * *
3153623 GATGTTTGCATTAGGAAACGTAAAACGAAAGGCATCCATTGATAAGAAATA-TCCATTTATAGTC
63 GATGTTTGCA-TGGGAAACATGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAA-AGTCCACTTATAGTC
* * * ** * * * * * *
3153687 ACTAATTCCTTCAAAAGGCTACTTACTAGC-TTTAAAAT-GTCTTACAATCTTATAAATAATTTT
126 ACTCATGCCTTCAGAAGAATAGTTAC-A-CATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTG
* * * * *
3153750 AAATT-AATTTTTTTTCTTTTTTGATTAAAACAAATCGTAATTTGATGTTTGCA-TCGAGAAACA
189 AAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAG-GAAACA
* ** *
3153813 TGAAA-TGAAAGGCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGGAAGCCT
252 T-AAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAA-CCT
* * * * * * * *
3153877 ATTTATTCACTTGAAATGGTTATATAATCTTATAAGA-GATATTGAATTGAATTTTTTTCATTTT
314 AGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA-ATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCA-TTT
* * * * * * **
3153941 TTGTT-AAATAGATCATAATCTGATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAGCGAAATCCAAACATTGAC
377 TTGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATGAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCATCCA-TGAC
* * * * * ** *
3154005 AAGAAAAGCTCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGACTCG-TACTCGTCTTACATGGTT
440 AAGAAATG-TCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAAT-TTA-ATGATT
* * * * * * * * *
3154066 TTATAATTTTATAAATGATTTTAAGT-CAAAATTTTTCACTTTCGATTTAAAATAGATCATAATT
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAATGC--ATTTTTTTATTTTTG-GTTAAAACAGATCATAATT
* * * * * * ** * *
3154130 GGATGTTTGCATTGAAAAGC-TTATAGCGAAAG-CTATTCATCAACAAGAAAAGTCCATTTATAC
62 TGATGTTTGCATGGGAAA-CATGA-AGTGAAAGAC-ATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAG
* *** * *** * * * * *
3154193 TTACTCATATTTTCAAAACCCTTGTTAC-TATCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTTTAAGTGATT
124 TCACTCATGCCTTCAGAAGAATAGTTACACAT-TTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATT
* * * * * * * *
3154256 TTAAATTGAATTTTTTT-ATTTTT-ATTTAAATAGATTATAATTTAATGTTTACATTGGGGAAAC
187 TGAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATT-AGGAAAC
* * * * * * * * *
3154319 ATAAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTACAATTGTAGTCGCTCATGCCTTCCAAAGCTT
251 ATAAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-CGAA-CCT
** * * * *
3154384 AGTTACTCG-TGTGGAATGGTTTTAAAATCTTATGAATGATTTTAAATTGAATTTTCTTCATTTT
314 AGTTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTTT
* * * * * * *
3154448 TCGTTAAAACATATCGTAATTTGATGTTTACATTG-GGAAACATGAAACGAAAGGCATCCATTGA
378 T-GTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCA-TGAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCATCCA-TGA
* * * * * * * * * * * *
3154512 TAAGAAATGTTCATTTATAGTCATTAATTCCTTTGAAAGGCTATTTACTAGCTTTAAAAGGTC
439 CAAGAAATG-TCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTA-ATTT-AATGATT
* * * * * * * ** *
3154575 TTATAATCTTATAAAGGATTTTAAATTGAATTTTTTCATTTCTGGTTAAAATAAATTGTAATTTC
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAA-TGCATTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTG
* *** *** * *
3154640 ATGTTTGCATCGAGAAACGCCAAACCAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
64 ATGTTTGCAT-GGGAAACATGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCAC
* * ** * * * * * **
3154705 TCATACCTTCAAAAGCTTATTTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTTATAAA-GAAATTG-GC
128 TCATGCCTTCAGAAGAATAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATG-ATTTGAAA
* * * * ** * * * * *
3154768 TTGAATTCTTTT-ATTTTTTGTTAAAACATATCACAATTGGATGTGTGTATCAAGAAACATAATG
192 TTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAACATAAAG
* * *
3154832 -TAAATGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTA
257 CGAAAGGC-ATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AA-CCTAGTTA
* * * * * * **
3154896 GTCACTTTGAATGGTTTTATAATCCTATAAATAATTTTGAATAGAATTTTTTTCATTTTTTGTTA
319 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCA-TTTTTGTTA
* * * * *
3154961 AAACAGAGCATAAATTGTTGTTTGCATCAAG-AAC-TCGAAGCAAAAGCCATCCGTTGACAAGAA
383 AAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATGAGGAAACGT-GAAGC-AAAGCCATCC-ATGACAAGAA
* ** ** * * * *
3155024 AAGTCCATTTATTGTCACAAATGGCTTCGAAAGCCTAATTGCTAGCTCTTAAT-AGTT
445 ATGT-CATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTA-AT-TTAATGA-TT
** ** * *
3155081 TTATAATCTTGTAAATGATTGCAAATGGAATTTTTTTCAGTTTTGGTTAAAAACAGATCATAATT
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAAT-GCATTTTTTT-ATTTTTGGTT-AAAACAGATCATAATT
* *** * * * * * * * *
3155146 TCATGTTTGCATCAAAAAACGTCATGCGAATGCCATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAG-C
62 TGATGTTTGCAT-GGGAAACATGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTC
* * * * * * *
3155210 TACTTATGCCTTC-GAA-AACCTATTTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTAATAAA-GAAAT
126 -ACTCATGCCTTCAGAAGAA--TAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATG-ATT
* * * * * * * * *
3155272 T-CACTTGAATTTGTTTTTCATTTTTTGTTAAAAGAGATTACAATTTGATGTTTGCATCAGGAAA
187 TGAAATTGAA-TT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAA
* * * * * * * *
3155336 CGTCATGC-AAATGCCATGCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGC
250 CATAAAGCGAAA-GGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AA-C
* * * * * * * * *
3155400 CTATTTATTCGCTTGAGATGGTTATATAATCTTATAAAAGATATTCAATTGAATTTTTTTCATTT
312 CTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCA-TT
* * ** * ** * **
3155465 TTTGTTAAAATAGATCATAATCTAATGTTTGCATCAAAAAACATGAAGCGAAAGCCAAACATTGA
376 TTTGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATGAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCATCCA-TGA
* * * * * * * * *
3155530 GAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGACTCGTTAGTCACTTTACATGATT
439 CAAGAAATG-TCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AATTTA-ATGATT
* * * * * **** *
3155593 TTATAATTTTATAAATAATTTTAAGT-CAAAATTTTTTCACTTTCCATTTAAAACAGGTCATAA-
1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAATGC---ATTTTTTTA-TTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
* * ** * * *
3155656 TTGCATGTTTGCATTGAAAAGCTTAT-AA-CAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
61 TTG-ATGTTTGCATGGGAAA-C--ATGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTAT
* * * * *** * * ** * * *
3155719 ACTTACTCATGACTTCAAAACCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTTAAACGATT
122 AGTCACTCATGCCTTCAGAAGAATAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATT
* * * * * * *
3155783 TTAAATTGAATTTTTTT-ATTTTT-GTTTAAACAGATTATAATTTGATGATTGCATCAGGAAACA
187 TGAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAACA
* * * * * * *
3155846 TGAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCTTA
252 TAAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-CGAA-CCTA
* ** ** * * *
3155911 CTTACTCGCTTGGAATTATTTTATAATCTTATGAATGATTTTAAATTGAATTTTGTTCATTTTTG
315 GTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTTTT-
* * * * * * *
3155976 GTTAAAACATATCGTAATTTGATGTTTGTATTG-GGAAACGTGAAACGAAAGGCATCCATTGATA
379 GTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCA-TGAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCATCCA-TGACA
* * * * ** * * * *
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441 AGAAATGTC-ATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AATTT-AATGATT
* * * * * *
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1 TTAT-ATCTTACAAATGATTTTAAA-TGCATTTTT-TTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTT
** * * * * *
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63 GATGTTTGCAT-GGGAAACATGAAGTGAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCA
* ** * ** * * * * *
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127 CTCATGCCTTCAGAAGAATAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGA-TTTGAA
* * * ** * * ** * *
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191 ATTGA-AT-TTTTTTC-ATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAG-GAAACA
* ** * * * *
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252 TAAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATGCCTTCG-AA-CCT
* * * * *
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314 AGTTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCA-TTT
* * ** * * ** * * * *
3156478 TGGTTAAAAACAAATCATAATTTCATGTTTTCATCATAAAACGTCATGCGAATG-CATCCATTGG
377 TTGTT-AAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATGAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCATCCA-TGA
* * * * * *
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439 CAAGAAATGTC-ATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AATTTA-ATGATT
* * **** * * * *
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1 TTAT-ATCTTACAAATG-ATTTTAAATGCA-TTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT
* ** * * * *
3156668 TGAATGTGTGCATCAAGAAACGT-CA-TGCAAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
62 TG-ATGTTTGCAT-GGGAAACATGAAGTG-AAA-GACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATA
* * ** * ** ** * * * *
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123 GTCACTCATGCCTTCAGAAGAATAGTTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAT-T
* * * * * * * * * *
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187 TGAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAACA
* ** ** * * * * * *
3156860 TGAAGCGAAAACCAAACATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACTCATACCTTCGAAAGACTC
252 TAAAGCGAAAGGCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AA-CCTA
* * * * *
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315 GTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTC-AATTTTTTTCA-TTT-
* * * * * * * *
3156989 AAT-TTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATCA--AAAAGCTTATAGCAAAAACCATTCATT
377 -TTGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATGAGGAAACG-TGA-AGC-AAAGCCATCCA-T
* * * ** * * * *
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437 GACAAGAAATGT-CATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTA-ATTT-AATGATT
* ** * * * * *
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1 TTATATC-TTACAAATGATTTTAAA-TGCATTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTG
* *
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TAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGAT
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Found at i:3148351 original size:170 final size:165
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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* ** * ** * ** *
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* * *
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* * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAA-CTTATAAATGATTTTAAAT-AAAATTTTTTTATTTTT-GTTAAAAT
* * * * *
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* ** **
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* ** *
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* * *
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** * * *
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* * **
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1 CTTTAAATGGTTTTATAA-CTTATAAATGATTTTAAATAAAATTTTTTTA--TTTTT-GTTAAAA
* * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * ** *
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* * ** * * * * *
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* * * *
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** * * ** *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAA-CTTATAAATGATTTT-AAAT-AA---AATTTTTTTATTTTT-GTTA
* * ** * * *
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** * * * *
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* * * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAA-CTTATAAATGATTTTAAATAAAATTTTTTTAT-T-T-TT-GTTAAA
* * * * * * ** * *
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61 ATAGATCATAATTTGAT-TTTGCATCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAT
* * ** * * * * **
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124 GTC-CATTTATAGTTACTCATGCCT-CTAAAGCCTAGTTACTCA
* ** ** * ** * *
3149412 CTCTATGTCATTTTATAACTTTATAAATGATTTTAATTTGAATTTTCTCATTTTTGTTTAAACAT
1 CTTTAAATGGTTTTATAAC-TTATAAATGATTTTAAATAAAATTTTTTTATTTTTG-TTAAA-AT
* * * ** ** * * * * **
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* * * *
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** * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAA-CTTATAAATGATTTTAAATAAAAT-TTTTTT-A-TTTTTGTTAAAA
* * * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAA-CTTATAAATGATTTTAAA-TAAAATTTTTTTA-TTTTTGTT-AAAA
* * ** * ** * ** * *
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* * *
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124 GTCCATTTATAGTTACTCATGCC-TCTAAAGCCTAGTTACTCA
* ** * ** * * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAA-CTTATAAATGATTTTAAATAAAATTTTTTT-ATTTTT-GTTAAAAT
* * * * * * * ** *
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* * * * *
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* **
3150090 CTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAA
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* * * * * * * *
3150155 CATATCATAATTGGATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAGAAGTCATTCATTGATAAAAG-AA-
62 TAGATCATAATTTGAT-TTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-A-ACAAGAAAT
* * * * * **
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** * *
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3150310 TACTAAAAAG
Statistics
Matches: 1766, Mismatches: 398, Indels: 195
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (165 bp):
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TCATAATTTGATTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAATGTCCATT
TATAGTTACTCATGCCTCTAAAGCCTAGTTACTCA
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Alignment explanation
Indices: 3147880--3150309 Score: 1653
Period size: 340 Copynumber: 7.1 Consensus size: 337
3147870 TTGTTATTCT
* * * * *
3147880 CTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAACTGATTTTGAATTGAATTTTTTTTATTTTT-GTTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATT-AAATTTTTTTATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
3147943 TAGATTATAATTTGATGTTTGCATCGGGAAACATGATGCGAAAACC-TCCATTGACAAGAAAAGT
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* * * * ** *
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** * * *
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** * * * * *
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* *
3148199 TCGT-AAGCCTAATTACTCA
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* * * * *
3148218 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAAATTATTTTAAATAAAAATTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-TAAATTTTTTTATTTTTGGTTAAAAT
* * * * *
3148283 ATATCATAATTTGAT-TTTAGCATCAAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATTCATTAACAAGAGAAGT
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* ** *
3148347 CCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTTGCTTTATGTGTTTTATAACTTTATA
129 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATGTGTTTTATAACTTTATA
* * * *
3148412 AATAATTTTAAATTGAATTGTTTTTCGTTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGACT-TTTACAT
194 AATAATTTTGAATTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTG-TTGTTTGCAT
* * ** * * * *
3148476 CAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATAGACAAGAAATGTCTGTTTATAGTTAGTCATGTCTTC
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* * *
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* * * *
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** * * * * *
3148686 GTTAATTTATGGTCATTCATGCCTTCGAAAA-CCTAGTTAGTCACTTTGAAT-TGTTCTATAA-T
127 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCCTAGTTACTCGCTTT--ATGTGTTTTATAACT
* * * ** * * * * *
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189 -TTATAAATAATTTTGAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTT
* * * * * * * * * *
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* *
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318 CTCT-AAAA-CCTAGTTACTCA
* * * * * * * * *
3148898 CTCTAAATGGTTTTACAATTTTATGAATGATTTTAAATTGAATTTGTTTCAGTTTCGGTTAAAAC
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTT-TTTTATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * * *
3148963 AAACCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACGTCATA-CAAAAGCTATCCATTGATAAGAAAATT
65 AAATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACGTGA-AGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * * *
3149027 CAATTTATAGTCACTCATGCCTTCTAAAGTCTAGTTACTCGCTTGGAATG-GTTTTATAA-TCTT
129 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTT--TATGTGTTTTATAACT-TT
* * **
3149090 ATAATTGATTTTGAATTGAATGTTTTTTTTTTGTTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTT
191 ATAAATAATTTTGAATTGAA----TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTT
** * * *
3149155 TGCATTGGGAAACATTAAGGC-AAAGCAATCCATTGACAAGAAATGTCCATTT-TAGGCACTAAT
252 TGCATCAGGAAACA-TAAAGCAAAAGCAATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCAT
*
3149218 ACCTTTAAAAACCTAGTTACTC-
316 ACCTCT-AAAACCTAGTTACTCA
* * * *
3149240 GTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTGAAATCAAATTTTTTTCTCTCTCTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTAT-T-T-TTGGTTAAA
* * * * * * **
3149305 ACAAATGATAATTGGATGTTTGCATCGTGAAGCATGAAGCGAAAGTAATCCATTGACAAGAAAAG
63 ATAAATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * * * * * * * *
3149370 -CTCACTTATGGTCCCTCGTGCCTACAAAAGCCCAATTACTTGCTCTATGTCATTTTATAACTTT
128 TC-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATGT-GTTTTATAACTTT
* * * * * *
3149434 ATAAATGATTTT-AATTTGAA-TTTTCTCATTTTT-GTTTAAACATG-TCAGAATTTGATGTATG
191 ATAAATAATTTTGAA-TTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA-GATCATAATTTGTTGTTTG
* ** * ** * * * * ** * * *
3149495 CAT-TGTGAAATGTGAAGTGAAAGCCACCCATTGATAGGAAAACTCCATTTATAGTAACCCATGC
254 CATCAG-GAAACATAAAGCAAAAGCAATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATAC
* * *
3149559 CTTTGAAAGCCTAGTTACTCG
318 CTCT-AAAACCTAGTTACTCA
* ** *
3149580 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATGTTTTTTCATTTTTTATTAAAG
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAAT-TTTTTT-ATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * * *
3149645 CAAAACATAAATTGTTATTTGTATCGAGAAATAGTAAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAG
64 TAAATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAA-CGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * ** * *
3149710 TTCATTTATAATCACTCATTCCTTTGAAAGCCTAGTTTCTCACTTTCAATG-GTTTTATAA-TCT
128 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTT--ATGTGTTTTATAACT-T
* * ** * ** * *
3149773 TATAAAT-ATTTTAAACTG-ATTTTTTT-ATTTTTTCTTAAAAACAAAAAATAAATTATTGTTTG
190 TATAAATAATTTTGAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGTTGTTTG
** * * ** * * * * * *
3149835 CATTGGGAAACGTGAAGTGAAAGTC-ATCCATTCAAAAGAAAAGTCCATTTTTAGTTACTCATGC
254 CATCAGGAAACATAAAGCAAAAG-CAATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATAC
*
3149899 CT-TCAAAAGCCTAGTTATTCA
318 CTCT-AAAA-CCTAGTTACTCA
* ** * * * * *
3149920 CTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAAACAATTTTCAATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTGAAAC
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * * * * * * * *
3149985 AGATCATAATTGGTTGTTTGTATCGGGAAGCATGAAGCAAAAACAATCCATTGGCAGGAAATGTC
65 AAATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * **
3150050 CATTTATGGTCACTCATAACTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA-TCTTAT
130 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATGT-GTTTTATAACT-TTAT
* * ** * * * * *
3150114 AAATGATTTTAAATCAAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCAT
193 AAATAATTTTGAATTGAAT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCAT
* * * * * * * *
3150179 CGGGAAACATGAAGCAGAAGTC-ATTCATTGATAA-AAGAAGTCCATTTGTAGTCACTCATGCCT
257 CAGGAAACATAAAGCAAAAG-CAATCCATTGACAAGAA-ATGTCCATTTATAGTCACTCATACCT
* * **
3150242 -TCAAAAGCCTGGTTATTGG
320 CT-AAAA-CCTAGTTACTCA
** * *
3150261 CTTTTCATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAATTTTTTTT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTT
3150310 TACTAAAAAG
Statistics
Matches: 1644, Mismatches: 375, Indels: 143
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 4 0.00
338 195 0.12
339 333 0.20
340 545 0.33
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342 90 0.05
343 39 0.02
344 179 0.11
345 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTATTTTTGGTTAAAATA
AATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATGTGTTTTATAACTTTATAAA
TAATTTTGAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATCAGG
AAACATAAAGCAAAAGCAATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATACCTCTAAAA
CCTAGTTACTCA
Found at i:3150825 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3150416--3150827 Score: 434
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 169
3150406 CTAAATTGAT
* * * *
3150416 TTTTTTTCATTTTTGTTTAAACAGATTATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAATATGAAGCGAAAG
1 TTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATAGAGAAACATGAAGCGAAAG
* * * * * *
3150481 TCATCTTTTGACAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAGCTACTTGTTT
66 CCATCTTTTAACAAAAAAAGTCAATTTACAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAGCTACTTGCTT
* * * **
3150546 TAAATGCTTTTGTAATCTTATAAATTATTTGAAATTGAA
131 TAAATGATTTTATAATCTTATAAATAATTTGAAATCAAA
* ** * * * * * *
3150585 TTTTTTTCATTTTTTCTTAAAATGGAGCATAAATTGTTGTTTACATTGGGAAACAATGAAGCGAA
1 TTTTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATAGAGAAAC-ATGAAGCGAA
* * *
3150650 AGCCAT-TTATTAACAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACTCGTGA-CTTTGAAAGCCTAGTTACTT
64 AGCCATCTT-TTAACAAAAAAAGTCAATTTACAGTCACTCAT-ACCTTTGAAAGCCTAGCTACTT
3150713 GCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATAATTTTG-AATCAAA
127 GCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATAA-TTTGAAATCAAA
* * * * * **
3150756 TATTTTCTCATTTTTGGTGAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATAAAAAAACGTGAAGTAAA
1 T-TTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATAGAGAAACATGAAGCGAA
3150821 AGCCATC
64 AGCCATC
3150828 CATTGACAAG
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 42, Indels: 13
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.05
170 34 0.18
171 111 0.58
172 39 0.20
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATAGAGAAACATGAAGCGAAAG
CCATCTTTTAACAAAAAAAGTCAATTTACAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAGCTACTTGCTT
TAAATGATTTTATAATCTTATAAATAATTTGAAATCAAA
Found at i:3150987 original size:283 final size:286
Alignment explanation
Indices: 3150562--3151125 Score: 616
Period size: 284 Copynumber: 2.0 Consensus size: 286
3150552 CTTTTGTAAT
* * * ** *
3150562 CTTATAAATTATTTGAAATTGAATTTTTTTCATTTTTTCTTAAAATGGAGCATAAATTGTTGTTT
1 CTTATAAATAATTTGAAATTGAATTTTTTTCATTATTGCTTAAAACAGAGCATAAATTGATGTTT
** * **
3150627 ACATTGGGAAACAATGAAGCGAAAGCCATTTATTAACAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACTCGTG
66 ACATAAGGAAACAATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACTCGTG
** * * * *
3150692 ACTTTGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAA-TCTTATAAATAATTTTGAATCAA
131 ACTTCAAAAGCCTAGTCACTTGCTTTAAATGGA-TTTACAACT-TTATAAATAATTTTAAAACAA
* * * * *
3150755 A-TATTTTCTCATTTTTGGTGAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATAAAAAAACGTGAAGTA
194 ATTATTTTCTCATTTCTAGTGAAAACAGATCATAATCTGATGTTTACATAAAAAAACGTGAAGCA
*
3150819 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCAA
259 AAAGCCATCCAATGACAAGAAAAATCAA
* * * *
3150847 CTTATAAATAATTTGAAATTG-ATTTTTTTCATTATTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTT
1 CTTATAAATAATTTGAAATTGAATTTTTTTCATTATTGCTTAAAACAGAGCATAAATTGATGTTT
* * * * ** * *
3150911 GCATAAGGAAAC-ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATTGTCATTCTTG
66 ACATAAGGAAACAATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACTCGTG
* * * * * *
3150975 CCTTCAAAAGCCTTGTCCCTTGCTTTAAGTGGATTTACAACTTTATGAATGATTTTAAAACAAAT
131 ACTTCAAAAGCCTAGTCACTTGCTTTAAATGGATTTACAACTTTATAAATAATTTTAAAACAAAT
* * * * * ** *
3151040 TTTTTTTTCATTTCTAGTTAAAACGGATCATAGTCTGATGTTTACATTGAAAAACGTGTAGCAAA
196 TATTTTCTCATTTCTAGTGAAAACAGATCATAATCTGATGTTTACATAAAAAAACGTGAAGCAAA
* *
3151105 AGCCATCGAATGATAAGAAAA
261 AGCCATCCAATGACAAGAAAA
3151126 GTTCATTTAT
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 51, Indels: 7
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
283 89 0.40
284 116 0.52
285 20 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (286 bp):
CTTATAAATAATTTGAAATTGAATTTTTTTCATTATTGCTTAAAACAGAGCATAAATTGATGTTT
ACATAAGGAAACAATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACTCGTG
ACTTCAAAAGCCTAGTCACTTGCTTTAAATGGATTTACAACTTTATAAATAATTTTAAAACAAAT
TATTTTCTCATTTCTAGTGAAAACAGATCATAATCTGATGTTTACATAAAAAAACGTGAAGCAAA
AGCCATCCAATGACAAGAAAAATCAA
Found at i:3151162 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3150868--3151329 Score: 434
Period size: 172 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
3150858 TTTGAAATTG
* * * * * *
3150868 ATTTTTTTCA-TTATTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCA-T-AAGGAAACATGAAGC
1 ATTTTTTTCACTT-TTAGTTAAAACAGATCATAATCTGATGTTTACATTGAA--AAACGTCAAGC
* * ** *
3150930 AAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT-TGTCATTCTTGCCTTCAAAAGCCTTGTCCC
63 AAAAGCCAT-CAATGATAAGAAAAGTCCATTTATAT-TCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTCAC
** * *
3150994 TTGCTTTAAGTGGATTTACAACTTTATGAA-TGATTTTAAAACAA
126 ACGCTTTAAGAGGATTTACAACTTTAT-AACTAATTTTAAAACAA
* * **
3151038 ATTTTTTTTTCA-TTTCTAGTTAAAACGGATCATAGTCTGATGTTTACATTGAAAAACGTGTAGC
1 A--TTTTTTTCACTTT-TAGTTAAAACAGATCATAATCTGATGTTTACATTGAAAAACGTCAAGC
* * *
3151102 AAAAGCCATCGAATGATAAGAAAAGTTCATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAGGCCTTGTTACA
63 AAAAGCCATC-AATGATAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTCACA
* * ***
3151167 CGCTTTAAGAGGTTTTATAACTTTATAACTAATTTTAAATTGA
127 CGCTTTAAGAGGATTTACAACTTTATAACTAATTTTAAAACAA
* * * * * *
3151210 ATTTTTTTCACTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATTGAGAAACGTCAAACAAA
1 ATTTTTTTCACTTTTAGTTAAAACAGATCATAATCTGATGTTTACATTGAAAAACGTCAAGCAAA
* * * *
3151275 AGCCATCCATGGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCT
66 AGCCATCAAT-GATAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCT
3151330 AGTTACTCTA
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 41, Indels: 22
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 95 0.40
171 8 0.03
172 131 0.55
173 2 0.01
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ATTTTTTTCACTTTTAGTTAAAACAGATCATAATCTGATGTTTACATTGAAAAACGTCAAGCAAA
AGCCATCAATGATAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTCACACGCT
TTAAGAGGATTTACAACTTTATAACTAATTTTAAAACAA
Found at i:3152210 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3150847--3162096 Score: 5048
Period size: 170 Copynumber: 65.8 Consensus size: 169
3150837 GAAAAATCAA
* * *
3150847 CTTATAAATAATTTGAAATTG-ATTTTTTTCATTATTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATT-TTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * * * * *
3150911 GCATAAGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATTGTCATTCTTG
65 GCAT-TGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * ** * * * *
3150975 CCTTCAAAAGCCTTGTCCCTTGCTTTAAGTGGATTTACAA-
129 CCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* *** * * * *
3151015 CTTTATGAATGATTTTAAAACAAATTTTTTTTTCATTTCTAGTTAAAACGGATCATAGTCTGATG
1 C-TTATAAATGATTTTAAATTGAA--TTTTTTTCATTT-TGGTTAAAACAGATCATAATTTGATG
* * * * * * * * * *
3151080 TTTACATTGAAAAACGTGTAGCAAAAGCCATCGAATGATAAGAAAAGTTCATTTATATTCACTCA
62 TTTGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* *
3151145 AGCCTTC-AAAGGCCTTGTTAC-ACGCTTTAAGA-GGTTTTATAA-
127 TGCCTTCGAAA-GCCTAGTTACTA-GCTTTAA-ATGGTTTTATAAT
* * *
3151187 CTTTATAACTAATTTTAAATTGAATTTTTTTCACTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGTTGTT
1 C-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * * * *
3151252 TGCATT-GAGAAACGTCAAACAAAAGCCATCCATGGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCAT
64 TGCATTGGA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * *** *
3151316 ACCTTCAAAAGCCTAGTTACTCTATTTGAATGGTTTTATAAT
128 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
3151358 CTTATAAATGGTTTTAAATT-TATTTTTTTTATTTTTGGTGAAAATAGGTCATAATTTGATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATG-TT
*** * * *
3151422 TGCACCAGAAAACATGTAGCGAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAAAGGT-ACTCAT
64 TGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACTCAT
* * * * *
3151486 GCCTTTTGAAATCCTAGTTACTTGCTTTAAGTGGATTTATAAT
128 GCC-TTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
3151529 CTTATAAATGATTTTAGATTGATTTTTTTTTCATTTTTGGCTAAAATAGATTC-TAATTTGATGC
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGA-ATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGA-TCATAATTTGATGT
** * * * *
3151593 TT-CTATTAGG-AAATGTGAAGCCAAAGCCATCCATTGA-TAGAAAACTCCATTTATAGTAACTC
63 TTGC-ATT-GGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * *
3151655 ATGCCTTTGAAAACCTAGTTACTTGGTTTACATAGTTTTATAAT
126 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3151699 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATGTTTTTTCATTTTTTGTTCAAACTA-AACATAAATT-ATTG
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTTTTTCA-TTTTGGTTAAAAC-AGATCATAATTTGA-TG
* * *
3151762 TTTGCATTGGGAAACATGAAGCGAAAGCTATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
62 TTTGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
*** ** * * *
3151827 TATATTTAAAACCCTAGTTACTCG-TTCTAAATGGCTTTATAAT
127 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTT-TAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
3151870 ATTATAAATGATTTT-GATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATCATCATTTGATGCT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-CA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * *
3151934 TGCATTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAG-AAAGTCCA-TT-TAGTCACTCATG
64 TGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * *
3151996 CCTTTGATAA--CTGACTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
129 CCTTCGA-AAGCCT-AGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * ** *
3152037 CTTATAAAAGATTTTGAATTGAATTTTTTTACA-TTTGGTTAAAACAGATTGTAATATGATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-CATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
** *
3152101 GCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACTCATAC
65 GCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* * * *
3152166 CTTCGAAAGTCTCGATACTAGCTTTAAATAGTTTTATAAT
130 CTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** ** * *
3152206 CTTATAAATGATTTTAAGTCAAAAGGTTTTTCATTTTTGGCTAAAACAGATCATAATTGGATGGT
1 CTTATAAATGATTTTAAAT-TGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGAT-GT
* * * * *
3152271 TTGCATTAGAAAGC-TTACAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCA
63 TTGCATTGGAAAACATGA-AGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * *
3152335 TGCCTTCAAAACCCTTGTAACTCA-TTTTAAGTGGTTTTATAA-
127 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
3152377 CTTTTTAAATGATTTTACATTGAATTTTTTTTATTTTTGTTTAAACAGATTATAATTTGATGCTT
1 C-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * * *
3152442 GCATTTGG-AAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAACAAAAGCCCATTTGTAG-CTACTCAT
65 GCA-TTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCAT
* * * * * ***
3152505 ACCTTCCAAAGCTTAATTACTCGCTCGGAATGG-TTTATAAT
128 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
3152546 CTTATGAATGATTTTAAATTCAATTTTGTTCATTTTTGGTTAAAACATATCGTAATTTGATGTTG
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * * * * * * *
3152611 GCATTGGGAAACGTGAAACGAAAGGCATCCATTGATC-AGAAATGTCTATTTATAGTCACTAATT
65 GCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * *
3152675 CCTTTGAAAGGCTAGTTACTAGCTTTAAAAGGTTTTATAAT
129 CCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** *
3152716 CTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATTGTAATTTAATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * ** * * *
3152780 ACA-T-CAAGAA-ATGCGAAATGAAAGGCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
65 GCATTGGAA-AACAT--GAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
** * *
3152842 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTAAAAGATTTAAATTGTTTTATAAT
127 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * * *
3152885 CCTACAAATAATTTTGAATAGAATTATTTTCATTTTTTTGTTAAAACAGAGCATAAATTGTTGTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA--TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * * *
3152950 TGCA-TAGAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCGTTGATAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAT
64 TGCATTGGA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * *
3153014 GCCTTCAAAAGCCTATTTATTCGCTTGAAATGGTTATT-TAAT
128 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTT-TTATAAT
* * * * * *
3153056 CTTATAAAAGATATTGAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGATCATAATCTGATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
** * * ** * * *
3153121 GCA-TCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCAAACATTGACAAGAAAAGCCCATTAATAGTCACTCATA
65 GCATTGGA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* ** * * *
3153185 CCTTTGAAATACTCGTTACTCGCTTTATATGGTTTTATAAT
129 CCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** * * *
3153226 CTTATAAATGATTTTAAGTCAAAATGTTTTCATTTTCGGTTTAAAACAGATCATAATTGGATGTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTT-GG-TTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * * * * *
3153291 TGCA-TCGAAAAGC-TTATAGCGAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCGTTTATACTTACTCA
64 TGCATTGGAAAA-CATGA-AGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * *
3153354 TGCCTTCAAAACCCTTGTTACTCGATTTAAGTGGTTTTATAA-
127 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** * * * *
3153396 CTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-ATTTTTATTTAAAGAGATTATAATTCGATGTTT
1 C-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * * * * * *
3153460 TCATCAGG-AAACATAAAGTGAAAGCAATCCAATGACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCATG
65 GCAT-TGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * *
3153524 CCTTTC-AAGGCTTAGTTACTCGC-TTAGAATGGTTTTGTAAT
129 CC-TTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTA-AATGGTTTTATAAT
* * * * * * **
3153565 CTTATGAATAATTTTAAACTGAATTTTGTTCATTTTTGGTTTAAACATATTGTAATTTGATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * * * * *
3153630 GCATTAGG-AAACGTAAAACGAAAGGCATCCATTGATAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTAAT
65 GCATT-GGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * *
3153693 TCCTTCAAAAGGCTACTTACTAGCTTTAAAAT-GTCTTACAAT
128 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTT-AAATGGTTTTATAAT
* * * * *
3153735 CTTATAAATAATTTTAAATT-AATTTTTTTTCTTTTTTGATTAAAACAAATCGTAATTTGATGTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTC-ATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* ** * **
3153799 TGCA-TCGAGAAACATGAAATGAAAGGCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
64 TGCATTGGA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * *
3153863 GCCTTCGGAAGCCTATTTATTCA-CTTGAAATGGTTATATAAT
128 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
3153905 CTTATAAGA-GATATTGAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTT-AAATAGATCATAATCTGATGTT
1 CTTATAA-ATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
** * * **
3153968 TGCA-TCAAGAAACGTGAAGCGAAATCCAAACATTGACAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACTCA
64 TGCATTGGA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCA
* * * * *
3154031 TACCTTCGAAAGACTCG-TACTCG-TCTTACATGGTTTTATAAT
127 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCT-TTAAATGGTTTTATAAT
* * * ** * * * *
3154073 TTTATAAATGATTTT-AAGTCAAAATTTTTCACTTTCGATTTAAAATAGATCATAATTGGATGTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTG-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * ** * *
3154137 TGCATT-GAAAAGC-TTATAGCGAAAGCTATTCATCAACAAGAAAAGTCCATTTATACTTACTCA
64 TGCATTGGAAAA-CATGA-AGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
*** * * * * *
3154200 TATTTTCAAAACCCTTGTTACTATCTTTAAGTGGTTTTATAA-
127 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * ** * * * *
3154242 CTTTTTAAGTGATTTTAAATTGAATTTTTTT-ATTTTTATTTAAATAGATTATAATTTAATGTTT
1 C-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * * * * * * *
3154306 ACATTGGGGAAACATAAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTACAATTGTAGTCGCTCATG
65 GCATT-GGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * ** *
3154371 CCTTCCAAAGCTTAGTTACTCG-TGTGGAATGGTTTTAAAAT
129 CCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCT-TTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
3154412 CTTATGAATGATTTTAAATTGAATTTTCTTCATTTTTCGTTAAAACATATCGTAATTTGATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * * * * * * * * *
3154477 ACATTGGGAAACATGAAACGAAAGGCATCCATTGATAAGAAATGTTCATTTATAGTCATTAATTC
65 GCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* * * * *
3154542 CTTTGAAAGGCTATTTACTAGCTTTAAAAGGTCTTATAAT
130 CTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * ** *
3154582 CTTATAAAGGATTTTAAATTGAA-TTTTTTCATTTCTGGTTAAAATAAATTGTAATTTCATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTT-TGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* *** * * * *
3154646 GCA-TCGAGAAACGCCAAACCAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA
65 GCATTGGA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * *
3154710 CCTTCAAAAGCTTATTTACTCA-CTTGAAATGGTTTTATAAT
129 CCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
** *** * * * * * *
3154751 CTTATAAA-GAAATTGGCTTGAATTCTTTT-ATTTTTTGTTAAAACATATCACAATTGGATGTGT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* ** * *
3154814 GTA-TCAAGAAACAT-AATG-TAAATGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
65 GCATTGGA-AAACATGAA-GCGAAA-GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* *
3154876 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTAGTCA-CTTTGAATGGTTTTATAAT
127 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * *
3154919 CCTATAAATAATTTTGAATAGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGAGCATAAATTGTTGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * * * **
3154984 GCA-T-CAAGAAC-TCGAAGCAAAAGCCATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACAAAT
65 GCATTGGAA-AACAT-GAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * *
3155046 GGCTTCGAAAGCCTAATTGCTAGCTCTT-AATAGTTTTATAAT
128 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCT-TTAAATGGTTTTATAAT
* ** * *
3155088 CTTGTAAATGATTGCAAATGGAATTTTTTTCAGTTTTGGTTAAAAACAGATCATAATTTCATGTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATGTT
*** * * * * * *
3155153 TGCATCAAAAAACGTCATGCGAATGCCATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAG-CTACTTAT
64 TGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCAT
* * *
3155217 GCCTTCGAAAACCTATTTACTCA-CTTGAAATGGTTTTATAAT
128 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** * * * * * *
3155259 CTAATAAA-GAAATTCACTTGAATTTGTTTTTCATTTTTTGTTAAAAGAGATTACAATTTGATGT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TT-TTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * * * *
3155323 TTGCATCAGG-AAACGTCATGC-AAATGCCATGCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
63 TTGCAT-TGGAAAACATGAAGCGAAA-GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * * *
3155386 ATACCTTCGAAAGCCTATTTATTCGCTTGAGATGGTTATATAAT
126 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
3155430 CTTATAAAAGATATTCAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGATCATAATCTAATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
*** ** * * *
3155495 GCATCAAAAAACATGAAGCGAAAGCCAAACATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATAC
65 GCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* * * * *
3155560 CTTCGAAAGACTCGTTAGTCA-CTTTACATGATTTTATAAT
130 CTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * ** * *** *
3155600 TTTATAAATAATTTTAAGTCAAAATTTTTTCACTTTCCATTTAAAACAGGTCATAA-TTGCATGT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTT-TGGTTAAAACAGATCATAATTTG-ATGT
* * * *
3155664 TTGCATT-GAAAAGCTTAT-AA-CAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTTACT
63 TTGCATTGGAAAA-C--ATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * *
3155726 CATGACTTCAAAACCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAA-
125 CATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
3155770 CTTTTAAACGATTTTAAATTGAATTTTTTT-ATTTTTGTTTAAACAGATTATAATTTGATGATTG
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTG
* * *
3155834 CATCAGG-AAACATGAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCATGC
66 CAT-TGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* * * * ** **
3155898 CTTCCAAAGCTTACTTACTCGCTTGGAATTATTTTATAAT
130 CTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3155938 CTTATGAATGATTTTAAATTGAATTTTGTTCATTTTTGGTTAAAACATATCGTAATTTGATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * * * * * * * * *
3156003 GTATTGGGAAACGTGAAACGAAAGGCATCCATTGATAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTAATTC
65 GCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* ** * *
3156068 CTTTGAAAGGTTAGCTACTCA-CTTTAAAAGGTTTTATAAT
130 CTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3156108 CTTATAAATGACTTTAAATTGAATTTTTCTCATTTTTTGTTAAAA-AAATCATAATTTGATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
** * ** * *
3156172 GCA-TCAAGAAACGTGAAATGAAAGGCATCCATTGAC-----AAGTCCATTTATTGTCACTCATG
65 GCATTGGA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * *
3156231 CCTTCAAAAGCCTAATTAGTCA-CTTTGAATCGTTTTATAAT
129 CCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * *
3156272 CCTATAAATAATTTTGAATAGATTTGTTTTTTCAATATTT--TTAAAACGGAGCATAAATTGTTG
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGA-AT-TTTTTTC-AT-TTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATG
* * * ** * *
3156335 TTTGCA-TCGAGAATC-TAAAGCGAAAGCCATCTGTTGACAAGAAAATTCCATTTACT-GTCAGT
62 TTTGCATTGGA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACT
* * *
3156397 AATGCCTTCGAAAGCCTAGTTGCTAGCTCTT-AATAGTTTTATAAT
125 CATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCT-TTAAATGGTTTTATAAT
* * *
3156442 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTGTTTTCAGTTTTGGTTAAAAACAAATCATAATTTCATGTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATGTT
* *** * * * * * * * *
3156507 TTCATCATAAAACGTCATGCGAATG-CATCCATTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTTATG
64 TGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * *
3156571 CCTTCGAAAGCCTATTTACTCA-CTTGAGATGGTTTTATAAT
129 CCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
** *** * * *
3156612 CTTATAAA-GAAATTCGCTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACATATCACAA-TTGAATGT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTG-ATGT
* ** * * *
3156675 GTGCA-TCAAGAAACGTCATGC-AAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
63 TTGCATTGGA-AAACATGAAGCGAAA-GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
** * * * * *
3156738 ATGCCTTAAAAAGCCTATTTATTCGCTTGAAATGGTTATATAAT
126 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * * *
3156782 CTTACAAAAGATATTGATTTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTACAATAGATCATGATCTGATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
** * ** * * *
3156847 GCA-TCAAGAAACATGAAGCGAAAACCAAACATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACTCATA
65 GCATTGGA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * *
3156911 CCTTCGAAAGACTCGTTACTCGCTTTACATGGTTTTATAAT
129 CCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * ** * *** *
3156952 CCTATGAATGATTTTAAGTCAAAATTTTTTCACTTTCAATTTAAAACAGATCATAATTGGATGTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTT-TGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
** * * * * * * *
3157017 TGCA-TCAAAAAGC-TTATAGCAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCGTTTATACTTACTCA
64 TGCATTGGAAAA-CATGA-AGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
** * *
3157080 TGCCTTTAAAACCCTTGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA-
127 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** * * *
3157122 CATTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-ATTTTTATTTAAACAGATTATAATTTAATGTTT
1 C-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * **** ** * * * **
3157186 ACATT-GAGAAACATGAAGNTTGAATTTTTTTATTTTTATTTAAACAGATTAAAATTGAATGTT-
65 GCATTGGA-AAACATGAAG--CGAA---AGCCA--TCCA-TT-GACA-A-GAAAAGTCCAT-TTA
* ** *** * * *** **
3157249 TACCTCGAGAAACATGGAGT-GAAAGCC-A-TCCACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACTC
117 TA-GTC---ACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGT-TACTAGC-TTTAAA-T-GGTTT-TA--TA---
3157311 AT
168 AT
** * * ** ** * * * ** *
3157313 GCCTTCCAAA-GCTTAGTTACTCAATCGGAATGGTTTT-ATAAT-CTTATGAA-TGATTTTAAAT
1 --CTTATAAATGATT--TTA---AAT-TGAATTTTTTTCATTTTGGTTA-AAACAGATCATAATT
* * ***
3157374 TGAAT-TTTGTTCATTTTGGGTTAAAACAT--ATCGTAATTTGATGTACGCATTGGGAAACGTGA
57 TG-ATGTTTG--CA--TT-GG--AAAACATGAAGCG-AA--AGCCAT-C-CATT--G--AC----
* * *
3157436 AATGAAAAGCATCCATTGATAAGAACTATCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCGAAAGGCTAGTT
101 AA-GAAAAG------T-------------CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTT
* *
3157501 ACTAGCTTTAAAAGGTCTTATAAT
146 ACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* **
3157525 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATTGTAATTTGATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
** * * * *
3157590 GCA-TCAAGAAACATGAAACGAAAGGCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATG
65 GCATTGGA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * *
3157654 CCTTCGAAAGCCTATTTACTCA-CTTGAAACGATTTTATAAT
129 CCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
** *** * *
3157695 CTTATAAA-GAAATTGGCTTGAATTTTGTTTTCATTTTTTGTTAAAACAAATCATAAATTT-ATG
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTT-TTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCAT-AATTTGATG
* * *
3157758 TTTACATTAGG-AAACATCATGC-AAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
62 TTTGCATT-GGAAAACATGAAGCGAAA-GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * *
3157821 CATGCTTTCAAAAGCCTAGTTAGTCGCTTTGAATGGTTTTATAAT
125 CATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * ** *
3157866 CCTATAAATAATTTTGAATAGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGAGAATAAATT-ATTGTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGA-TGTT
* *** *
3157930 TGTATCCAAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTATTA-TCACTCAT
64 TGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAT
* * * *
3157994 GCCTTTGAAAGCCTAGTTGCTAGCTTTTAATAGTTTTATAAT
128 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3158036 CTTATAAATAATTTTAAATTGAATTTGTTTCAGTTTTGGTTAAAAACATATCATAATTTCATGTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATGTT
* ** * * * * * * * * * *
3158101 TGCATTAGAAAATGTCATGTGAATGCAATCCATTAACAACAAATGTCCATTTATAGTCACTAATA
64 TGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * *
3158166 CCTTCAAAAGCCTATTTACTCA-CTTGAAATGGTTTTAT--T
129 CCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *** ** *** * ***** ** *** ** *** * * *
3158205 GTCATGACCCGGAACTCCCATCGAGCCCGTGACA-ACCGCCGCGACGTCTCGATCGA-CA-TTCA
1 CTTAT-A-AATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTG--GTTAAAAC-AGATC-ATAATTTGA
* * * ** * * * * * ** * ***** * ** *
3158267 T-TACCTGGAATGTCAACCA-AAAGCCCGCAAGGCTTTAATATCAGC-TTCTTATTCCCCTTGTG
60 TGT--TTGCATTGGAAAACATGAAG--CGAAAGCCATCCAT-TGA-CAAGAAAAGTCCATTTAT-
* * * * * * * ** * * *
3158329 GGT-A-AC-TG-TTTCCAAATACCACATTTTAAAAGATTTTAAACT-GTTTCCAACTTAAA
118 AGTCACTCATGCCTTCGAAA-GCC-TA-GTTACTAG-CTTTAAA-TGGTTT--TA--TAAT
** * *** * *** * **
3158385 CAAATAAAATAATAATTTTCGTCTCATAGGGTTATTTTGGTCATTTATCTCAAAA-ATCTCA-AA
1 CTTAT-AAATGAT--TTTAAAT-TGA-A---TT-TTTT--TCATTTTGGTTAAAACAGATCATAA
* * * *** * * ** * * * * * *
3158448 -ATCAT-CTAAAAAT--ATAGTATGTAAGTGGCAAA-CACAT--ATTTCATAATCAAAAAT-AAT
55 TTTGATGTTTGCATTGGAAAACATG-AAG-CG-AAAGC-CATCCA-TTGACAA-GAAAAGTCCAT
** * * ** * **** * *
3158505 TT-TGGATGTCTAAAACATTCGTTTAAAATG--TAATTA-T-GACTGTTATAATAAAATAAAAAT
114 TTAT--A-GTC--ACTCATGCCTTCGAAA-GCCTAGTTACTAG-CT-TTA-AATGGTTTTATAAT
* * * ** *******************************
3158565 -AT-TAAAT-A---AAATATTCAA-TTTTCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 CTTATAAATGATTTTAA-ATTGAATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
*****************************************************************
3158623 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
65 GCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
**** * * * ** *
3158688 NNNNG-TACCTCTAGGTACAATA-C--CGACT--TTTGTA-AAT
130 CTTCGAAAGC-CTAGTTAC--TAGCTTTAAATGGTTT-TATAAT
**** * * ** * * **** ** * * ** *
3158725 -TT-TTCGGGACTCT-CCTAGCA-TGCAATCATGCT-ATCATCACATGTATGTCATGAA-TAGTA
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACA-G-A--TCAT-AATTTG-A
* **** * * * *
3158784 T-TTT--ATAAGGTCGGGCTTTACA-CGAAAGCCATCCATTGACAACAAAAGTCCACTTT-TACT
60 TGTTTGCAT-TGG-AAAACATGA-AGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTTATAGT
* * * * * *
3158844 CACACATGCCTTCGAAAACCTTGTCACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAAT
121 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * **
3158893 TTTGTAAATGATTTTCAAGTGAATTGTTTTAATTTTTGGTTGAAACAGATCATAATTTGATGTGG
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
** * * * * * *
3158958 GCATTGG-AAATGTGAAGTGAGAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCCATTTGTAGTCATTTATGC
65 GCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
3159022 CTTCGAAAGCCTAGTTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAAT
130 CTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3159062 CTCATAAATGATTTTGAGTTGAATTTGATTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTAGATG-
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT--TTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * *
3159125 TT-CACCTCGAGAAACATGAAGCGACA-CCATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
63 TTGCA-TTGGA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * **
3159188 ATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTAGCTTTATGTGGTTTTATAA-
126 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* **
3159231 CTTTATAAATGATTTTAAACTGAATTTTTTGTTTCAATTTTTTTTTAAAACAGATCATAATTTGA
1 C-TTATAAATGATTTTAAATTGAA--TTTT-TTTC-A-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGA
** * ** * *
3159296 TGTTTGCATTAGG-AAAC-----GCG-AAG-CA-GAATTAACAAGATCAGTCCATTTAGATTCAC
60 TGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** **
3159352 TCATGCCTTTAAAAGCCTAGTTTACTCA-CTTTACGTGGTTTTATAA-
124 TCATGCCTTCGAAAGCCTAG-TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * ** *
3159398 CTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTACTTCCATTTTTCATCAAAA-AGAAATCATAATTTGAT
1 C-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCA-TTTTGGTTAAAACAG--ATCATAATTTGAT
* ** * * * * * *
3159462 GGTCACATAGGGAAACTTGACGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC
61 GTTTGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * **
3159527 ATGCGTTTGAAAGCTTTGTTACTAGCTTTACGTGGTTTTATAA-
126 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** * *
3159570 CTTTATAAATGATTTTAAACTGAATTTTTTGTTTCAATTTTCTTTAAAACAAATTATAATTTGAT
1 C-TTATAAATGATTTTAAATTGAA--TTTT-TTTC-ATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGAT
** * * * *
3159635 AATTGCATTAGAAAACATGAAGCG--A---A---ATTAACAAGAATAGTCCATTTATATTCACTC
61 GTTTGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * ** * *
3159692 ATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCA-TTTTATGTGATTTTATAAAG
126 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTAT-AAT
** ** *
3159737 C-TATAAATGATTTTAAATTGAATATACTTTCATTTTTCATTAAAAACAAATCATAATTTGATGT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTTTTTCA-TTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATGT
* ** * * *
3159801 ATATAATGGGAAACTTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAA-ACAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
63 TTGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* *
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127 TGCCTTCGAAAGCCT-AGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** ** *
3159908 CTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTCATACCTATTTAAAACAGATCATAATTGGATGTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCAT-TTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATG-T
* * * * *
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63 TTGCATTGGA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * *
3160035 ATGCCTTCGGAAGCCTTGTTACTCGCTTTTAGTGGTTGTATAA-
126 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** * * *
3160078 CTTTGTAAATGATTTTAAATTGAATTTATTTTTCATTTTTCTTTAAGATAGATCATAATTTTATG
1 C-TTATAAATGATTTTAAATTGAA-TT-TTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATG
* * ** * *
3160143 TTTGCATTAGG-AAACATGAAGCTAAAGCTATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTT
62 TTTGCATT-GGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* ** * * *
3160207 ATGCTTTTAAAAGCCTAGTAACTCGCTTTAATTGGTTTTATAAT
126 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * *
3160251 CTCATAAATTATTTTAAGTTGAATATTTTTAATAATTGGTTAAAACATATCATAATTGGACGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCAT-TTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * * * * * *
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* * * *
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128 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * *
3160421 CTCATAAATTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAATTTTTGGTTAGAACAAATCATACTTGGATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * * *
3160485 GTC-TCAT-G-AAACATGAAGCAAAAGGCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA
65 G-CAT--TGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * *
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127 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* **
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1 C-TTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* ** *
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* * * *
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127 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * ***
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1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTT-TT-TCA-TT-TTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATG
* * * *
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* * * * * *
3160887 ATGCCTTTGAAAGCCTTA-TCACTCGCTTTAAGTAGTTTTAT-AG
126 ATGCCTTCGAAAGCC-TAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3160930 CTTTGTAAATGATTTTATATTGAATTGTTTTAATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
1 C-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * * *
3160995 TGCATT-GAGAAACGTGAAGCGAGAGCCATCAATTGATAAGATAAGTCCATTTATAGT-ACTCAT
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* * * * *
3161058 GCTTTTGAAAGCTTAGTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAAT
128 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3161100 CTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT-AGTTTTGGTTAAAAATATATCATAATTAGATGT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCA-TTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATGT
* * ** * * * * * *
3161164 TTGCCTTGGGAAATGTCAACCGAAAGCCCTCCATTGATAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTAAT
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* * * * *
3161229 GCCTTTGAAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGT
128 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3161271 CTTATATATGGATTTAAAATTGAATGTTTCTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
1 CTTATAAAT-GATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * * ** *
3161336 TGCA-TCGACAAACGTGTAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAT
64 TGCATTGGA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
** *
3161400 GCCTTTAAAAGCCTAGTTAATCA-CTTTAAATGGTGTTT-TAAT
128 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGT-TTTATAAT
* * * * * * *
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1 CTTATAAATGATTTTAAATTGA-ATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * * * * * *
3161507 GC-CTCGAGAAACATGAAGGGAAAGCCATCAATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATA
65 GCATTGGA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* *
3161571 CCTTCGAAAGCCTTGTTACTCA-CTTTATGA-GGTTTTATAA-
129 CCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTA-AATGGTTTTATAAT
* * * * *
3161611 CTTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTAATCTTAGGTCAAAACAGATAATAATTTGATGTT
1 C-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCAT-TTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * **
3161676 TGCATCAGG-AAACATGAAGCAAAAGTTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
64 TGCAT-TGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * *
3161740 GCCTTCGATAGCCTTGTTTCTCA-TTTTAAATGGTTTTGTAA-
128 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
3161781 CTTTATTAATAATTTTAAATTAAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAACAATAGATCAT-TTTTCAAT
1 C-TTATAAATGATTTTAAATT-GAATTTTTTTCA-TTTTGGTTAA-AACAGATCATAATTT-GAT
* * * ** * *
3161845 GCTTGCACCT-GAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCTTTTTGTAGTCCCT
61 GTTTGCA-TTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
** * * ** *
3161909 TGTACCGTCGAAAGCCTAGTTACTCATTTTTAAATAGTTTTATAAT
125 CATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
3161955 CTTAGAAATGATTTTAAATTTAATTTTTTTCCTTTTCTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATATT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-CATTT-TGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * ** ** * *
3162020 TACATCGGGAAATGTGAAATGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATG
64 TGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* *
3162085 GCTTGGAAAGCC
129 CCTTCGAAAGCC
3162097 CAATTACTTT
Statistics
Matches: 8343, Mismatches: 2192, Indels: 1090
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161 2 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTG
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Found at i:3152325 original size:508 final size:501
Alignment explanation
Indices: 3150847--3157196 Score: 4418
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3150837 GAAAAATCAA
* * * *
3150847 CTTATAAATAATTTGAAATTG-ATTTTTTTCATTATTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTT
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* * * *
3150911 GCATAAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATTGTCATTCTTGC
65 GCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA--GTCACTCATGC
** ** ** * * * * * ***
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128 CTTTGAAAG-CTACTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAA-
* * * * * * * *
3151040 TTTTTTTTCATTTCTAGTTAAAACGGATCATAGTCTGATGTTTACATTGAAAAACGTGTAGCAAA
190 -TTTTTTTCATTT-TGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGCGAA
* * * * * *
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253 AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAA-GCCTAGTTACTA
* * * *
3151167 CGCTTTAAGA-GGTTTTATAA-CTTTATAACTAATTTTAAATTGAATTTTTTTCACTTTTGGTTA
316 -GCTTTAA-ATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATT-AAATTTTTTCATTTTTGGTTA
* * * *
3151230 AAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATTGAGAAACGTCAAACAAAAGCCATCCATGGACAAGAAA
377 AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATT-AGAAAC-TTAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAA
* * * *
3151295 AGTCCATCTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTAGTTACTCTATTTGAATGGTTTTATAAT
440 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
3151358 CTTATAAATGGTTTTAAATT-TATTTTTTTTATTTTTGGTGAAAATAGGTCATAATTTGATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATG-TT
* * * *
3151422 TGCACCAGAAAACATGTAGCGAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAAAGGT-ACTCAT
64 TGCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTT--A-GTCACTCAT
* * * * * *
3151486 GCCTTTTGAAATCCTAGTTACTTGCTTTAAGTGGATTTATAATCTTATAAATGATTTTAGATTGA
126 GCC-TTTGAAA-GCTACTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGA
* * * * *
3151551 TTTTTTTTTCATTTTTGGCTAAAATAGATTC-TAATTTGATGCTT-CTATTAGG-AAATGTGAAG
189 -ATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGA-TCATAATTTGATGTTTGC-ATT-GGAAAACGTGAAG
* * * * * * *
3151613 CCAAAGCCATCCATTGA-TAGAAAACTCCATTTATAGTAACTCATGCCTTTGAAAACCTAGTTAC
249 CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTAGTTAC
* * * * * * *
3151677 TTGGTTTACATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATGTTTTTTCATTTTTTGTTC
314 TAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATT-AA-ATTTTTTCATTTTTGGTTA
* * * * * * *
3151742 AAACTA-AACATAAATT-ATTGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCGAAAGCTATCTATTGACAAGA
377 AAAC-AGATCATAATTTGA-TGTTTGCATT-AGAAAC-TTAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGA
*** * * *
3151805 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATATATTTAAAACCCTAGTTACTCGTTCTAAATGGCTTTATAAT
438 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGTT-TAAATGGTTTTATAAT
* * * *
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1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-CATTTTTG-TTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
** * *
3151934 TGCATTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAG-AAAGTCCATTTAGTCACTCATGCC
64 TGCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAGTCACTCATGCC
* * *
3151998 TTTGATAA-CTGACTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAAAGATTTTGAATTGAATT
129 TTTGA-AAGCT-ACTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATT
** * *
3152062 TTTTTACA-TTTGGTTAAAACAGATTGTAATATGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGC
192 TTTTT-CATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGCGAAAGC
** * * *
3152126 CATCCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGTCTCGATACTAGCTTT
256 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTT
* * * * *
3152191 AAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTCAAAAGGTTTTTCATTTTTGGCTAAAACAGA
321 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-TAAA-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGA
*
3152256 TCATAATTGGATGGTTTGCATTAGAAAGCTTACAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
384 TCATAATTTGAT-GTTTGCATTAGAAA-CTTA-AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
3152321 TTTATACTCACTCATGCCTTCAAAACCCTTGTAACTCATTTTAAGTGGTTTTATAA-
446 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
3152377 CTTTTTAAATGATTTTACATTGAATTTTTTTTATTTTTGTTTAAACAGATTATAATTTGATGCTT
1 C-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
** * * * * *
3152442 GCATTTGGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAACAAAAGCCCATTT-GTAGCTACTCATA
65 GCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAGT--C-ACTCATG
** * *** * *
3152506 CCTTCCAAAGCTTAATTACTCGCTCGGAATGG-TTTATAATCTTATGAATGATTTTAAATTCAAT
127 CCTTTGAAAGC-TACTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * * * *
3152570 TTTGTTCATTTTTGGTTAAAACATATCGTAATTTGATGTTGGCATTGGGAAACGTGAAACGAAAG
191 TTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGCGAAAG
* * * * * * *
3152635 GCATCCATTGATC-AGAAATGTCTATTTATAGTCACTAATTCCTTTGAAAGGCTAGTTACTAGCT
255 CCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCT
* * *
3152699 TTAAAAGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAA
319 TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGA
** * * * ** * * *
3152764 TTGTAATTTAATGTTTACATCAAGAAATGCGAAATG--AAAGGCATCCATTGATAAGAAAAGTCT
384 TCATAATTTGATGTTTGCAT-TAGAAA--CTTAA-GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* *** *
3152827 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAAAAGATTTAAATTGTTTTATAAT
445 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * *
3152885 CCTACAAATAATTTTGAATAGAATTATTTTCATTTTTTTGTTAAAACAGAGCATAAATTGTTGTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA--TTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* *
3152950 TGCAT-AGAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCGTTGATAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAT
64 TGCATCAG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA--GTCACTCAT
** * * * * * *
3153014 GCCTTCAAAAGCCTATTTATTCGCTTGAAATGGTTATT-TAATCTTATAAAAGATATTGAATTGA
126 GCCTTTGAAAG-CTACTTACTCGCTTTAAATGGTT-TTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGA
* * * ** *
3153078 ATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGATCATAATCTGATGTTTGCA-TCAAGAAACGTGAAGCAA
189 ATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGA-AAACGTGAAGCGA
** * * * ** * *
3153142 AAGCCAAACATTGACAAGAAAAGCCCATTAATAGTCACTCATACCTTTGAAATACTCGTTACTCG
252 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTAGTTACTAG
* * * * *
3153207 CTTTATATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTCAAAATGTTTTCATTTTCGGTTTAAAA
317 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-TAAATTTTTTCATTTTTGG-TTAAAA
* * * * *
3153272 CAGATCATAATTGGATGTTTGCA-TCGAAAAGCTTATAGCGAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAG
380 CAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAG-AAA-CTTA-AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * * * *
3153336 TCCGTTTATACTTACTCATGCCTTCAAAACCCTTGTTACTCGATTTAAGTGGTTTTATAA-
442 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
3153396 CTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-ATTTTTATTTAAAGAGATTATAATTCGATGTTT
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* * * * * *
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* * * * * * *
3153525 CTTTCAAGGCTTAGTTACTCGC-TTAGAATGGTTTTGTAATCTTATGAATAATTTTAAACTGAAT
128 CTTTGAAAGC-TACTTACTCGCTTTA-AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * ** * *
3153589 TTTGTTCATTTTTGGTTTAAACATATTGTAATTTGATGTTTGCATTAGG-AAACGTAAAACGAAA
191 TTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATT-GGAAAACGTGAAGCGAAA
* * * * * * *
3153653 GGCATCCATTGATAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCTACTTACTAGC
254 GCCATCCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGC
* * * * * *
3153717 TTTAAAAT-GTCTTACAATCTTATAAATAATTTTAAATTAATTTTTTTTCTTTTTTGATTAAAAC
318 TTT-AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAA-ATTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * * *** * **
3153781 AAATCGTAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAATGAAAGGCATTTATTGACAAGAAAAGTC
381 AGATCATAATTTGATGTTTGCAT-TAGAAAC-TTAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
** * * * * *
3153846 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGGAAGCCTATTTATTCACTTGAAATGGTTATATAAT
444 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3153905 CTTATAAGA-GATATTGAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTT-AAATAGATCATAATCTGATGTT
1 CTTATAA-ATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * ** *
3153968 TGCATCAAGAAACGTGAAGCGAAATCCAAACATTGACAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACTCAT
64 TGCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTC-CA-TT-TAGTCACTCAT
* * * * * * *
3154032 ACCTTCGAAAGACT-CGTACTCG-TCTTACATGGTTTTATAATTTTATAAATGATTTT-AAGTCA
126 GCCTTTGAAAG-CTACTTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGA
** * * * * *
3154094 AAATTTTTCACTTTCGATTTAAAATAGATCATAATTGGATGTTTGCATT-GAAAA-GCTTATAGC
189 ATTTTTTTCA-TTTTG-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGAAAACG-TGA-AGC
* * ** * * ** * * *
3154157 GAAAGCTATTCATCAACAAGAAAAGTCCATTTATACTTACTCATATTTTCAAAACCCTTGTTACT
250 GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTAGTTACT
* * * * * * * *
3154222 ATCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTTTAAGTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATTTTT-ATTTAA
315 AGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTCATTTTTGGTTAAA
* * * * * * **
3154285 ATAGATTATAATTTAATGTTTACATTGGGGAAACATAAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA
379 ACAGATCATAATTTGATGTTTGCATT--AGAAAC-TTAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA
* * * * * * ** *
3154350 GTACAATTGTAGTCGCTCATGCCTTCCAAAGCTTAGTTACTCGTGTGGAATGGTTTTAAAAT
441 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGT-TTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3154412 CTTATGAATGATTTTAAATTGAATTTTCTTCATTTTTCGTTAAAACATATCGTAATTTGATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* ** * * * * * * *
3154477 ACATTGGGAAACATGAAACGAAAGGCATCCATTGATAAGAAATGTTCATTTATAGTCATTAATTC
65 GCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCA-TT-TAGTCACTCATGC
* * * * *
3154542 CTTTGAAAGGCTATTTACTAGCTTTAAAAGGTCTTATAATCTTATAAAGGATTTTAAATTGAA-T
128 CTTTGAAA-GCTACTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATT
* * ** * * ** * *
3154606 TTTTTCATTTCTGGTTAAAATAAATTGTAATTTCATGTTTGCA-TCGAGAAACGCCAAACCAAAG
192 TTTTTCATTT-TGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGA-AAACGTGAAGCGAAAG
* * * *
3154670 GCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCTTATTTACTCA-CT
255 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGCT
* ** *** * * *
3154734 TGAAATGGTTTTATAATCTTATAAA-GAAATTGGCTTGAATTCTTTT-ATTTTTTGTTAAAACAT
319 TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * * * *
3154797 ATCACAATTGGATGTGTGTATCAAGAAACATAATGTAAATGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
383 ATCATAATTTGATGTTTGCAT-TAGAAACTTAA-GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * *
3154862 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAGTCACTTTGAATGGTTTTATAAT
446 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
3154919 CCTATAAATAATTTTGAATAGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGAGCATAAATTGTTGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * * * **
3154984 GCATCAAG-AAC-TCGAAGCAAAAGCCATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACAAATG
65 GCATCAGGAAACAT-GAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA--GTCACTCATG
* * * * * * * ** *
3155047 GCTTCGAAAGCCTAATTGCTAGCTCTT-AATAGTTTTATAATCTTGTAAATGATTGCAAATGGAA
127 CCTTTGAAAG-CTACTTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA
* *** * *
3155111 TTTTTTTCAGTTTTGGTTAAAAACAGATCATAATTTCATGTTTGCATCAAAAAACGTCATGCGAA
190 TTTTTTTCA-TTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGCGAA
* * * * * *
3155176 TGCCATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAG-CTACTTATGCCTTCGAAAACCTATTTACTCA
253 AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATACCTTCGAAAGCCTAGTTACT-A
* * ** * * * *
3155240 -CTTGAAATGGTTTTATAATCTAATAAA-GAAATTCACTTGAATTTGTTTTTCATTTTTTGTTAA
316 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATT-AA-AT-TTTTTCATTTTTGGTTAA
* * * * * * * * *
3155303 AAGAGATTACAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTCATGCAAATGCCATGCATTCACAAGAAAA
378 AACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTA-GAAAC-TTAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA
* * * * * * *
3155368 GTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTATTTATTCGCTTGAGATGGTTATATAAT
441 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
3155430 CTTATAAAAGATATTCAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGATCATAATCTAATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
** ** * * *
3155495 GCATCAAAAAACATGAAGCGAAAGCCAAACATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATAC
65 GCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCA-TT-TAGTCACTCATGC
* * * * * * * * ** *
3155560 CTTCGAAAGACT-CGTTAGTCACTTTACATGATTTTATAATTTTATAAATAATTTTAAGTCAAAA
128 CTTTGAAAG-CTAC-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
*** * * * *
3155624 TTTTTTCACTTTCCATTTAAAACAGGTCATAA-TTGCATGTTTGCATT-GAAAA-GCTTATAACA
191 TTTTTTCA-TTT-TGGTTAAAACAGATCATAATTTG-ATGTTTGCATTGGAAAACG-TGA-AGCG
* * * * * *
3155686 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTTACTCATGA-CTTCAAAACCCTTGTTACT
251 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-ACCTTCGAAAGCCTAGTTACT
* * * * * * *
3155750 CGCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTTAAACGATTTTAAATTGAATTTTTTTATTTTT-GTTTAAA
315 AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
3155813 CAGATTATAATTTGATGATTGCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGT
380 CAGATCATAATTTGATGTTTGCATTA-GAAAC-TTAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * * * ** **
3155878 CCATTTGTAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCTTACTTACTCGCTTGGAATTATTTTATAAT
443 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3155938 CTTATGAATGATTTTAAATTGAATTTTGTTCATTTTTGGTTAAAACATATCGTAATTTGATGTTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* ** * * * * * * *
3156003 GTATTGGGAAACGTGAAACGAAAGGCATCCATTGATAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTAATTC
65 GCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCA-TT-TAGTCACTCATGC
* * * *
3156068 CTTTGAAAGGTTAGC-TACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTTATAAATGACTTTAAATTGAAT
128 CTTTGAAA-GCTA-CTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * ** **
3156132 TTTTCTCATTTTTTGTTAAAA-AAATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAAGAAACGTGAAATGAAA
191 TTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGA-AAACGTGAAGCGAAA
* * * * * *
3156195 GGCATCCATTGAC-----AAGTCCATTTATTGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTAGTCA-C
254 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTAGTTACT-AGC
* * * * ** *
3156254 TTTGAATCGTTTTATAATCCTATAAATAATTTTGAATAGATT-TGTTTTTTCAATATTT--TTAA
318 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT--A-A-ATTAAATTTTTTC-ATTTTTGGTTAA
* * * * * * * * ** *
3156316 AACGGAGCATAAATTGTTGTTTGCATCGAGAATCTAAAGCGAAAGCCATCTGTTGACAAGAAAAT
378 AACAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-TAGAAACTTAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * * * *
3156381 TCCATTTACT-GTCAGTAATGCCTTCGAAAGCCTAGTTGCTAGCTCTT-AATAGTTTTATAAT
442 TCCATTTA-TAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCG-T-TTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3156442 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTGTTTTCAGTTTTGGTTAAAAACAAATCATAATTTCATGTT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTTGTT-AAAACAGATCATAATTTGATGTT
* ** * * * * ** * * *
3156507 TTCATCATAAAACGTCATGCGAATG-CATCCATTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTTATG
64 TGCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCA-TT-TAGTCACTCATG
* * * * * ** ***
3156571 CCTTCGAAAGCCTATTTACTCACTTGAGATGGTTTTATAATCTTATAAA-GAAATTCGCTTGAAT
127 CCTTTGAAAG-CTACTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-
* * * * ** * *
3156635 TTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACATATCACAA-TTGAATGTGTGCA-TCAAGAAACGTCATGC-A
190 TTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTG-ATGTTTGCATTGGA-AAACGTGAAGCGA
* ** * * *
3156697 AATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTAAAAAGCCTATTTATTC
252 AA-GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTAGTTACTA
* * * * * * * * * *
3156762 GCTTGAAATGGTTATATAATCTTACAAAAGATATTGATTTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTACAA
316 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATT-AAATTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
* * * * * **
3156827 TAGATCATGATCTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCGAAAA-CCAAACATTGACAAGAAAAG
380 CAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-TAGAAAC-TTAAGC-AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * * * * *
3156891 CCCATTTATAGTTACTCATACCTTCGAAAGACTCGTTACTCGCTTTACATGGTTTTATAAT
442 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAT
* * * ** * * *
3156952 CCTATGAATGATTTTAAGTCAAAATTTTTTCACTTTCAAT-TTAAAACAGATCATAATTGGATGT
1 CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTT--TTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * * * * *
3157016 TTGCATCA-AAAAGC-TTATAGCAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCGTTTA-TACTTACT
63 TTGCATCAGGAAA-CATGA-AGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAGT-C--ACT
* * ** * *
3157078 CATGCCTTTAAAACCCTTGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA-CATTTTAAATGATTTTAAAT
123 CATGCCTTTGAAA-GCTACTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAAT
** * * * *
3157142 TGAATTTTTTT-ATTTTTATTTAAACAGATTATAATTTAATGTTTACATTGAGAAA
186 TGAATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTG-GAAA
3157197 CATGAAGNTT
Statistics
Matches: 4598, Mismatches: 1027, Indels: 429
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
501 49 0.01
502 11 0.00
503 10 0.00
504 211 0.05
505 122 0.03
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514 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (501 bp):
CTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTG
CATCAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAGTCACTCATGCCTT
TGAAAGCTACTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTT
TCATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGCGAAAGCCATCC
ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATG
GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
TTGATGTTTGCATTAGAAACTTAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGTTTAAATGGTTTTATAAT
Found at i:3157223 original size:64 final size:63
Alignment explanation
Indices: 3157141--3157264 Score: 203
Period size: 64 Copynumber: 2.0 Consensus size: 63
3157131 TGATTTTAAA
* * *
3157141 TTGAATTTTTTTATTTTTATTTAAACAGATTATAATTTAATGTTTACATTGAGAAACATGAAG
1 TTGAATTTTTTTATTTTTATTTAAACAGATTAAAATTGAATGTTTACATCGAGAAACATGAAG
*
3157204 NTTGAATTTTTTTATTTTTATTTAAACAGATTAAAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATG
1 -TTGAATTTTTTTATTTTTATTTAAACAGATTAAAATTGAATGTTTACATCGAGAAACATG
3157265 GAGTGAAAGC
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 4, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
64 56 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (63 bp):
TTGAATTTTTTTATTTTTATTTAAACAGATTAAAATTGAATGTTTACATCGAGAAACATGAAG
Found at i:3157892 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 3157269--3158203 Score: 963
Period size: 341 Copynumber: 2.7 Consensus size: 336
3157259 AACATGGAGT
* * * *
3157269 GAAAGCCATCCACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACTCATGCCTTCCAAAGCTTAGTTACT
1 GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT
* * * * * *
3157334 CAATCGGAATGGTTTTATAATCTTATGAATGATTTTAAATTGAATTTTG-TTCATTTTGGGTTAA
65 CACT-TGAA-AGTTTTATAATCTTAT-AAAGAATTTAAATTGAATTTTGTTTCATTTTTGGTTAA
* * ** * * * *
3157398 AACATATCGTAATTTGATGTACGCATTGGGAAACGTGAAATGAAAAG-CATCCATTGATAAGAAC
127 AACATATCATAATTTCATGTTTGCATTAGGAAACGT--CATGAAATGCCATCCATTGACAAGAA-
* * * * * * * *
3157462 TA-TCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCGAAAGGCTAGTTACTAGCTTTAAAAGGTCTTATAATC
189 AAGTCCATTTATAGTCACTAATACCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATC
* * * *** *
3157526 TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATTGTAATTTGA-TGTTT
254 CTATAAATAATTTTAAATAGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAAGAATAAATT-ATTGTTT
3157590 GCAT-CAAGAAACATGAAAC
318 GCATCCAA-AAACATGAAAC
* * *
3157609 GAAAGGCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATGCCTTCGAAAGCCTATTTACT
1 GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT
* *** *
3157674 CACTTGAAACGATTTTATAATCTTATAAAGAAATTGGCTTGAATTTTGTTTTCATTTTTTGTTAA
65 CACTTGAAA-G-TTTTATAATCTTATAAAGAATTTAAATTGAATTTTG-TTTCATTTTTGGTTAA
* * *
3157739 AACAAATCATAAATTT-ATGTTTACATTAGGAAACATCATGCAAATGCCATCCATTGACAAGAAA
127 AACATATCAT-AATTTCATGTTTGCATTAGGAAACGTCATG-AAATGCCATCCATTGACAAGAAA
* * * *
3157803 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAAGCCTAGTTAGTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCC
190 AGTCCATTTATAGTCACTAATACCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCC
* * * * *
3157868 TATAAATAATTTTGAATAGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGAGAATAAATTATTGTTTGT
255 TATAAATAATTTTAAATAGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAAGAATAAATTATTGTTTGC
*
3157933 ATCCAAAAACATGAAGC
320 ATCCAAAAACATGAAAC
* * *
3157950 GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTATTA-TCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTGC
1 GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGT-ACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAC
* * *
3158014 T-AGCTTTTAATAGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAA-TTTGTTTCAGTTTTGGTT
64 TCA-C-TTGAA-AGTTTTATAATCTTATAAAGAA-TTTAAATTGAATTTTGTTTCATTTTTGGTT
* * * * * *
3158077 AAAAACATATCATAATTTCATGTTTGCATTAGAAAATGTCATGTGAATGCAATCCATTAACAACA
125 -AAAACATATCATAATTTCATGTTTGCATTAGGAAACGTCATG-AAATGCCATCCATTGACAAGA
* * *
3158142 AATGTCCATTTATAGTCACTAATACCTTCAAAAGCCTATTTACTCAC-TTGAAATGGTTTTAT
188 AAAGTCCATTTATAGTCACTAATACCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTG-AATGGTTTTAT
3158204 TGTCATGACC
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 84, Indels: 37
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 24 0.05
340 100 0.20
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342 22 0.04
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (336 bp):
GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTC
ACTTGAAAGTTTTATAATCTTATAAAGAATTTAAATTGAATTTTGTTTCATTTTTGGTTAAAACA
TATCATAATTTCATGTTTGCATTAGGAAACGTCATGAAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACTAATACCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCCTATAAA
TAATTTTAAATAGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAAGAATAAATTATTGTTTGCATCCAA
AAACATGAAAC
Found at i:3160198 original size:680 final size:670
Alignment explanation
Indices: 3158806--3162723 Score: 2753
Period size: 680 Copynumber: 5.8 Consensus size: 670
3158796 GGGCTTTACA
* * * * * * *
3158806 CGAAAGCCATCCATTGACAACAAAAGTCCACTTT-TACTCACACATGCCTTCGAAAACCTTGTCA
1 CGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTA
* * * * * *
3158870 CTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATTTTGTAAATGATTTTCAAGTGAATTGT-TTTAATTTTTGGTT
65 CTAGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTGTTTAATTTTT--TT
* * ** * * * *
3158934 GAAACAGATCATAATTTGATGTGGGCATTGGAAATGTGA-AGTGAGAGCCATCCATTGACAAGAA
128 AAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTAGAAA----ACA-TGA-AGCGA-CAATTAACAAGAA
* * * *
3158998 AAGCCCATTTGTAGTCATTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
186 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATC
* *
3159063 TCATAAATGATTTTGAGTTGAATTTGATTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTAGATGTT
250 TCATAAATGATTTTAAGTTGAA-TT-ATTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTAGATGTT
* * * *
3159127 CA-CCTCGAGAAACATGAAGCGACA-CCATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
313 -ATCAT-GGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * ** *
3159190 GCCTTCAAAAGCCTTGTTACTAGCTTTATGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAACTGAA
376 GCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA
* * * * **
3159255 TTTTTTGTTTCAATTTTTTTTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACGCGAAGC
441 --TCTT-TTTC-ATTTTTATTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTCCATGA-GAAACATGAAGC
* * * * *
3159320 ---AG--A---ATTAAC-AAGATCAGTCCATTTAGATTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTAGTTTA
501 AAAAGCCATCCATTGACTAAGA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAG-TTA
* * * * * *
3159376 CTCACTTTACGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTACTTCCATTTTTCAT
564 CTCACTTTAAGTGGTTGTATAA-TATTATAAATGATTTCAAATTGAATTTATTTTCATTTTTCGT
* * ** * *
3159440 CAAAA-AGAAATCATAATTTGATGGTCACA-TAGGGAAACTTGACG
628 TAAAACAG--ATCATAATTTGATGTTTGCATTA-GGAAACATGAAG
* * *
3159484 CGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCGTTTGAAAGCTTTGTTAC
1 CGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTAC
* *
3159549 TAGCTTTACGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAACTGAATTTTTTGTTTCAATTTTCTT
66 TAGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA--TTTTGTTT-AATTTT-TT
* ** *
3159614 TAAAACAAATTATAATTTGATAATTGCATTAGAAAACATGAAGCGA-AATTAACAAGAATAGTCC
127 TAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGCGACAATTAACAAGAAAAGTCC
* * * ** *
3159678 ATTTATATTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCATTTTATGTGATTTTATAAAGCT-ATA
192 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATG-TTTTAT-AATCTCATA
* * ** * *
3159742 AATGATTTTAAATTGAATATACTTTCATTTTTCATTAAAAACAAATCATAATTTGATGTATATAA
255 AATGATTTTAAGTTGAAT-TATTTTCATTTTTGGTT-AAAACAAATCATAATTAGATGT-TATCA
*
3159807 TGGGAAACTTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAA-ACAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
317 TGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* *
3159871 CGAAAG-C-TGAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATT
381 CGAAAGCCTTG--TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAA-T
*** * * *
3159933 CTTTTTCATACCTATTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTTCCATGAGAAACATGAAGCGACAG
442 CTTTTTCATTTTTATTTAAAACAGATCATAATTTGATG-TTTCCATGAGAAACATGAAGCAAAAG
* * * * ** * *
3159998 CTATCCTTTGACAAAGAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGGAAGCCTTGTTACTCGCTT
506 CCATCCATTGACTAAGAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTT
* * * * * *
3160063 TTAGTGGTTGTATAACT-TTGTAAATGATTTTAAATTGAATTTATTTTTCATTTTTCTTTAAGAT
571 TAAGTGGTTGTATAA-TATTATAAATGATTTCAAATTGAATTTA-TTTTCATTTTTCGTTAAAAC
*
3160127 AGATCATAATTTTATGTTTGCATTAGGAAACATGAAG
634 AGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAG
* * * * * * * * *
3160164 CTAAAGCTATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCTTTTAAAAGCCTAGTAAC
1 CGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTAC
* * * * * * **
3160229 TCGCTTTAATTGGTTTTATAA-TCTCATAAATTATTTTAAGTTGAATATT-TTTAATAATTGGTT
66 TAGCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTGTTTAAT--TTTTTT
* * * * * *
3160292 AAAACATATCATAATTGGACGTTTGCCTCATG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGA
128 AAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTA-GAAAACATGAAGC----G--A-CAATTAACAAGA
* * * * * * *
3160356 AAATTCTATTTATAGTCAATTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAAT-AGCTTTAATTTGTTTAATAA
185 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCA-CTTTAA-ATGTTTTATAA
* * * * *
3160420 TCTCATAAATTATTTTAAGTTGAATT-TTTTAATTTTTGGTTAGAACAAATCATACTTGGATGTT
248 TCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTATTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTAGATG--
* * * * *
3160484 TGTCTCAT--GAAACATGAAGCAAAAGGCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA
311 T-TATCATGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * *
3160547 TGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTACATGATTTTATAACTTTAAAAATGATTTTAAATTGA
375 TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGA
* * *
3160612 ATCTTTTTTCATTTTTCTTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAA
440 ATC-TTTTTCATTTTTATTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT-CCATGAGAAACATGAAGCAA
* *
3160677 AAGCCATCCATTGA-TAAG-AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCCAATTACTCA
503 AAGCCATCCATTGACTAAGAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCA
* * * *
3160740 CTTTAAGTGGTTTTATAATATTATAAATGATTTCAAGTAGAATTT-TGTTCTCAGTTCTT-GTTA
568 CTTTAAGTGGTTGTATAATATTATAAATGATTTCAAATTGAATTTAT-TT-TCA-TTTTTCGTTA
* *** *
3160803 AAACATATCATAATGCCATGTTTCCATTAGGAAACATGAAG
630 AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAG
* * * * * *
3160844 CGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACACATGCCTTTGAAAGCCTTATCAC
1 CGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTAC
* * * * * *
3160909 TCGCTTTAAGTAGTTTTATAGCTTTGTAAATGATTTTATATTGAATTGT-TTTAATTTTTGGTTA
66 TAGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTGTTTAATTTTT--TTA
* * * * *
3160973 AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATT-GAGAAACGTGAAGCGAGAGCCATCAATTGATAAGAT
129 AAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTAGA-AAACATGAAGC----G--A-CAATTAACAAGAA
* * * *
3161037 AAGTCCATTTATAGT-ACTCATGCTTTTGAAAGCTTAGTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATC
186 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATC
* * * *
3161101 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTAGTTTTGGTTAAAA-ATATATCATAATTAGATGTT
250 TCATAAATGATTTTAAGTTGAATTATTTTCATTTTTGGTTAAAACA-A-ATCATAATTAGATGTT
* ** * * * * * *
3161165 -TGCCTTGGGAAATGTCAACCGAAAGCCCTCCATTGATAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTAAT
313 AT--CATGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * *
3161229 GCCTTTGAAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AGTCTTATATATGGATTTAAAATTG
376 GCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAAT-GATTTTAAATTG
* * ** * * * *
3161293 AATGTTTCTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCGACAAACGTGTAGCAA
439 AATCTTTTTCATTTTTATTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTCCAT-GAGAAACATGAAGCAA
* * * *
3161358 AAGCCATCCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTAGTTAATC
503 AAGCCATCCATTGACTAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC
* * * * * * *
3161422 ACTTTAAATGG-TGTTTTAATCTCATAAATGATTTCAAGTTGATATTTA-TTTC-GTTTTAGTTA
567 ACTTTAAGTGGTTG-TATAATATTATAAATGATTTCAAATTGA-ATTTATTTTCATTTTTCGTTA
* * *
3161484 AAACAGATCATAATTGGATGTTTGC-CTCGAGAAACATGAAG
630 AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAG
* * * * *
3161525 GGAAAGCCATCAATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCGAAAGCCTTGTTAC
1 CGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTAC
* * * ** *
3161590 TCA-CTTTATGAGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTT-TTTAATCTTAGGTC
66 T-AGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTGTTTAAT-TT-TTTT
* * * * * *
3161653 AAAACAGATAATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGTTATCCATTGACAAGAA
128 AAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGC----G--A-CAATTAACAAGAA
* * * * *
3161718 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGATAGCCTTGTTTCTCATTTTAAATGGTTTTGTAA-C
186 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATC
* * * * * * * * **
3161782 TTTATTAATAATTTTAAATTAAAATTTTTTTCATTTTTGGTTAACAATAGATCATTTTTCA-ATG
250 -TCATAAATGATTTTAAGTT-GAATTATTTTCATTTTTGGTTAA-AACAAATCATAATT-AGATG
* * * ** * *
3161846 CTTGCA-CCT-GAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCTTTTTGTAGTCCCT
311 -TT--ATCATGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
** * * * ** * *
3161909 TGTACCGTCGAAAGCCTAGTTACTCATTTTTAAATAGTTTTATAA-TCTTAGAAATGATTTTAAA
373 CATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAA
* * * ** * * * * **
3161973 TTTAATTTTTTTCCTTTTCTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATATTTACATCGGGAAATGTGAA
436 TTGAATCTTTTTCATTTT-TATTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTCCAT-GAGAAACATGAA
*** * * **
3162038 ATGAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGGCTT-GGAA----AG--
499 GCAAAAGCCATCCATTGACTAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTT
* * *
3162095 -C-C-C---AA-------T-TACT-TTATAAATGATTTTAAATT-AATTT-TTTTGA----T--T
563 ACTCACTTTAAGTGGTTGTATAATATTATAAATGATTTCAAATTGAATTTATTTTCATTTTTCGT
* * * * * * *
3162137 AAAAACATATCATATTTTAATATTTGGATTGGGAAACATGAAG
628 TAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAG
* * * * *
3162180 TGAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAG-CTAAGTAA
1 CGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCT-TGTTA
* * ** ***
3162244 CTCA-CTTTAAATAGTTTTATAA-TATTATAAATGATTTTAGGTTGAA-TTT-TTT--TTTGGGT
65 CT-AGCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTGTTTAATTTTTTT
* ** * * * * *
3162303 AAAACAGATCATTGTTAGATGTTTTCCA-T-GACAAGCATGAAGTGAAAAGATATCCACTGACAA
128 AAAACAAATCATAATTTGATG-TTTGCATTAGA-AAACATGAAGCG-ACA-AT-T--A---ACAA
* * * * * *
3162366 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCTAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATA
183 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-GTTTTATA
* * ** ** * * * *
3162431 ATCTTATAAATGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTTTTGTTTTTTATCAAAATAGATCATAACTGGA
247 ATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTATTTTCATT-TTTGGT-T-AAAACAAATCATAATTAGA
* * * * *
3162495 TGTT-TGCCTTGGGAAACATGAAACAAAATCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
309 TGTTAT--CATGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
3162559 TCATGTCTTTGAAAGCCTTATTTCTCGTTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTGAAT
372 TCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAAT
* * * **
3162624 TGAATTCTTTCTCATTTTTCA-TTGAAACATATCATAATTTGATGTTTGAATTG-GAAA-ATGTG
437 TGAA-TCTTTTTCATTTTT-ATTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTCCA-TGAGAAACA--TG
*
3162686 AAGCAAAAGCCATCCATTGA-TGAGAAAAGTCCATTTAT
497 AAGCAAAAGCCATCCATTGACTAAG-AAAGTCCATTTAT
3162724 GAAGCGAAAG
Statistics
Matches: 2601, Mismatches: 507, Indels: 292
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
645 3 0.00
646 2 0.00
649 15 0.01
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654 9 0.00
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661 1 0.00
662 16 0.01
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673 51 0.02
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677 46 0.02
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686 2 0.00
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Consensus pattern (670 bp):
CGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTAC
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ACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGCGACAATTAACAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCATAAATGAT
TTTAAGTTGAATTATTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTAGATGTTATCATGGGAAACA
TGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTT
GTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATCTTTTTCATTTTTA
TTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTCCATGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACTAA
GAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAGTGGTTGTATAA
TATTATAAATGATTTCAAATTGAATTTATTTTCATTTTTCGTTAAAACAGATCATAATTTGATGT
TTGCATTAGGAAACATGAAG
Found at i:3160590 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 3158808--3162723 Score: 2667
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3158798 GCTTTACACG
* * * * * * *
3158808 AAAGCCATCCATTGACAACAAAAGTCCACTTT-TACTCACA-CATGCCTTCGAAAACCTTGTCAC
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* * * * ** * *
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64 TAGCTTTAATTTGTTTTATAATCTCATAAATGATTTT-AAGTTGAATT-TTTTAATTTTTAGTTA
* * * ** ** * * *
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127 AAACAGATCATAATTGGATGTTTGTC-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAA
* * * * * * *
3158999 AGCCCATTTGTAGTCATTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-TC
191 AGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTT-AATGATTTTATAACT-
* * * * ** *
3159063 TCATAAATGATTTTGAGTTGAATTTGATTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTAGATG-T
254 TTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTTCATTTTTCTTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * * * *
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318 TGCA-TTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * *
3159189 TGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTAGCTTT-ATGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAACT
381 TGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAT-TGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATT
* ** * * * * **
3159252 GAATTTTTTGTTTCAATTTTTTTTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACGCGA
444 GAA--TATT-TTT-AATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTT-CATCATGAAACATGA
3159317 AGC-
504 AGCA
** * * * ** *
3159320 --AG--A---ATTAACAAGATCAGTCCATTTAGATTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTAGTTTACT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATGCCTTCGAAAGCCTAG-TTAAT
** * * * **
3159378 CA-CTTTACGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTACTTCCATTTTTCA-T
65 -AGCTTTAATTTGTTTTATAATC-TCATAAATGATTTTAAGTTGAATTT--TTTAATTTTT-AGT
* * * * *
3159440 CAAAA-AGAAATCATAATTTGATG---GTCACATAGGGAAACTTGACGCGAAAGCCATCCATTGA
125 TAAAACAG--ATCATAATTGGATGTTTGTCTC--A--GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA
* * * * * * *
3159501 TAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCGTTTGAAAGCTTTGTTACTAGCTTTACGTGGTTTT
184 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTA-ATGATTTT
* * * *
3159566 ATAACTTTATAAATGATTTTAAACTGAATTTTTTGTTTCAATTTTCTTTAAAACAAATTATAATT
248 ATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTT-TTTCATTTTTCTTTAAAACAGATCATAATT
** * * * *
3159631 TGATAATTGCATTAGAAAACATGAAGCGAAA--T-T--A---ACAAGAATAGTCCATTTATATTC
311 TGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
3159688 ACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC-ATTTTATGTGATTTTATAAAGC-TATAAATGATTTT
376 ACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAT-TGGTTTTAT-AATCTTATAAATGATTTT
* * ** * * * *
3159751 AAATTGAATATACTTTCATTTTTCATTAAAAACAAATCATAATTTGATGTAT-ATAATGGGAAAC
439 AAATTGAATAT-TTTTAATTTTTGGTT-AAAACATATCATAATTGGATGTTTCATCAT--GAAAC
* *
3159815 TTGAAGCG
500 ATGAAGCA
* * * *
3159823 AAAGCCATCCATTGACAA-ACAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CTGAATTAC
1 AAAGCCATCCATTAACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCAATCATGCCTTCGAAAGCCT-AGTTAA
* * * * * *** *
3159886 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTCATACCTATTTA
64 TAGCTTTAATTTGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTAATTTTTAGTTA
* * * * *
3159951 AAACAGATCATAATTGGATGTTT-TCCATGAGAAACATGAAGCGACAGCTATCCTTTGACAA-AG
127 AAACAGATCATAATTGGATGTTTGT-C-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGA-
* * * * *
3160014 AAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGGAAGCCTTGTTACTCGCTTTTAGTGGTTGTATAAC
189 AAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTTAATGATTTTATAAC
* * * *
3160079 TTTGTAAATGATTTTAAATTGAATTTATTTTTCATTTTTCTTTAAGATAGATCATAATTTTATGT
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* ** * *
3160144 TTGCATTAGGAAACATGAAGCTAAAGCTATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAT
317 TTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * *
3160209 GCTTTTAAAAGCCTAGTAACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAAATTATTTTAAGTTGAA
382 GCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA
** * *
3160274 TATTTTTAATAATTGGTTAAAACATATCATAATTGGACGTTTGCCTCATGAAACATGAAGCA
447 TATTTTTAATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTT-CATCATGAAACATGAAGCA
* * *
3160336 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAATTCTATTTATAGTCAATTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAATA
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAATA
* * * *
3160401 GCTTTAATTTGTTTAATAATCTCATAAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTAATTTTTGGTTAGAAC
66 GCTTTAATTTGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * *
3160466 AAATCATACTTGGATGTTTGTCTCATGAAACATGAAGCAAAAGGCATCCATTAACAAGAAAAGTC
131 AGATCATAATTGGATGTTTGTCTCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTC
*
3160531 CATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTACATGATTTTATAACTTTAAA
195 CATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTA-ATGATTTTATAACTTTATA
* *
3160596 AATGATTTTAAATTGAATCTTTTTTCATTTTTCTTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCCTT
259 AATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTCTTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATT
* * *
3160661 -GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAAG--AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
324 AG-GAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * * * * * * *
3160723 AAAAGCCCAATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAATATTATAAATGATTTCAAGTAGAATTTTGT
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* * * * * *
3160788 TCTCAGTTCTT-GTTAAAACATATCATAA-TGCCATGTTTCCATTAGGAAACATGAAGCG
452 T-T-AATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTG-GATGTTT-CATCATGAAACATGAAGCA
* * * *
3160846 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACA-CATGCCTTTGAAAGCCTTA-TCAC
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-ATCATGCCTTCGAAAGCC-TAGTTAA
* * * * ** *
3160909 TCGCTTTAAGTAGTTTTAT-AGCTTTGTAAATGATTTTATA-TTGAATTGTTTTAATTTTTGGTT
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* * * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
3161099 -TCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT-AGTTTTGGTTAAAAATATATCATAATTAGAT
252 CT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCA-TTTTTCTTTAAAACAGATCATAATTTGAT
* * ** * * * ** * * *
3161162 GTTTGCCTTGGGAAATGTCAACCGAAAGCCCTCCATTGATAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTA
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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443 TGAATATTTTTAATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTT-CATC-ATGAAACATGAAG
3161355 CA
506 CA
*** * * **
3161357 AAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTAGTTAATC
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAAT-
* * * **
3161422 A-CTTTAAATGGTGTTT-TAATCTCATAAATGATTTCAAGTTGATATTTATTT-CGTTTTAGTTA
65 AGCTTTAATTTGT-TTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGA-ATTT-TTTAATTTTTAGTTA
* * *
3161484 AAACAGATCATAATTGGATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGGGAAAGCCATCAATTGATAAGAAA
127 AAACAGATCATAATTGGATGTTTGTCTC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAA
* * *
3161549 AGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTT-ATGAGGTTTTATAACT
191 AGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAATGA--TTTTATAACT
* * * *** * *
3161613 TTATAAATGATTTTAAATT-AAATTTTTTTAATCTTAGGTCAAAACAGATAATAATTTGATGTTT
254 TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTCTTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* *
3161677 GCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGTTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
319 GCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* * * * ** * * * * *
3161742 CTTCGATAGCCTTGTTTCTCATTTTAAATGGTTTTGTAA-CTTTATTAATAATTTTAAATTAAAA
384 CTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATT-GAA
* * * * ** ** * * *
3161806 TTTTTTTCATTTTTGGTTAACAATAGATCATTTTTCAATGCTTGCA-CCTGAAAACATGAAGCG
447 TATTTTTAATTTTTGGTTAA-AACATATCATAATTGGATG-TTTCATCATG-AAACATGAAGCA
* * ** * ** ** * * *
3161869 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCTTTTTGTAGTCCCTTGTACCGTCGAAAGCCTAGTTACTC
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAAT-
** * * * * * * ** *
3161934 ATTTTTAAATAGTTTTATAATCTTAGAAATGATTTTAAATTTAATTTTTTTCCTTTTCTGGTTAA
65 AGCTTTAATTTGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAATTTT-TAGTTAA
* * * ** **
3161999 AACAGATCATAATTGGATATTT-ACATCGGGAAATGTGAAATGAAAGCCATCCATTGATAAGAAA
128 AACAGATCATAATTGGATGTTTGTC-TC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAA
* * * *
3162063 AGTTCATTTATAGTCACTCATGGCTTGGAAA-----G---C-C-C----A--A---T-T-ACTTT
191 AGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAATGATTTTATAACTTT
* * * * * * *
3162107 ATAAATGATTTTAAATT-AA-TTTTTTTGA------TTAAAAACATATCATATTTTAATATTTGG
256 ATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTCTTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGC
* ** * *
3162164 ATTGGGAAACATGAAGTGAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
321 ATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
** * * * * * **
3162229 TTGAAAG-CTAAGTAACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATTATAAATGATTTTAGGTTG-A-A-
386 TCAAAAGCCT-AGTTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATAT
* * ** * *
3162290 TTTT--TTTTTGGGTAAAACAGATCATTGTTAGATGTTT--TCCATGACAAGCATGAAGTGA
450 TTTTAATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTCAT-CATGA-AA-CATGAAG-CA
** * * * * * * * * *
3162348 AAAGATATCCACTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCTAAAGCCTAATTACTC
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAATA
* * * * * ** **
3162413 GCTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTTTGTTTTTTATCAA
66 GCTTTAATTTGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATT-TTTAGT-T-AA
* * * ** * * *
3162478 AATAGATCATAACTGGATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAACAAAATCCATCCATTGATAAGAAAA
128 AACAGATCATAATTGGATGTTTGTC-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAA
* * * * * *
3162543 GTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGCCTTATTTCTCGTTTTAAGTGGTTTTATAACTTT
192 GTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAA-TGATTTTATAACTTT
* * * * * * *
3162608 ATAAATGATTTTGAATTGAATTCTTTCTCATTTTTCATTGAAACATATCATAATTTGATGTTTGA
256 ATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTCTTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGC
* **
3162673 ATT-GGAAA-ATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATGAGAAAAGTCCATTTAT
321 ATTAGGAAACA--TGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
3162724 GAAGCGAAAG
Statistics
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0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (507 bp):
AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAATA
GCTTTAATTTGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATTTTTAGTTAAAAC
AGATCATAATTGGATGTTTGTCTCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAATGATTTTATAACTTTATAAA
TGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTCTTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAG
GAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
AGCCTAGTTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATATTTTTAA
TTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTCATCATGAAACATGAAGCA
Found at i:3162721 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3162159--3162723 Score: 440
Period size: 172 Copynumber: 3.3 Consensus size: 172
3162149 TATTTTAATA
* * *** * *
3162159 TTTGGATTGGGAAACATGAAGTGAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
1 TTTGAATTGGAAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * *
3162224 TGCCTT-TGAAAG-CTAAGTAACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATTATAAATGATTTTAGGTT
66 TGCCTTCT-AAAGCCTAA-TTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTT
*** *** *
3162287 GA-A-T-TTT-T--TTTTGGGT-AAAACAGATCATTGTTAGATG
129 GATATTCTTTCTCATTTTTCATCAAAACAGATCATAACTGGATG
** * ** ** * * *
3162324 TTTTCCA-T-GACAAGCATGAAGTGAAAAGATATCCACTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
1 -TTTGAATTGGA-AAACATGAA-ACAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
*
3162387 TTATGCCTTCTAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGT
63 TCATGCCTTCTAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGT
* * * ** * *
3162452 TGATTTTTTTTTTTGTTTTTTATCAAAATAGATCATAACTGGATG
128 TGATATTCTTTCTCATTTTTCATCAAAACAGATCATAACTGGATG
** * *
3162497 TTTGCCTTGGGAAACATGAAACAAAATCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
1 TTTGAATTGGAAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * *
3162562 TGTCTT-TGAAAGCCTTATTTCTCGTTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTGAA-T
66 TGCCTTCT-AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATC-TTATAAATGATTTT-AAGT
** * * *
3162624 TGA-ATTCTTTCTCATTTTTCATTGAAACATATCATAATTTGATG
128 TGATATTCTTTCTCATTTTTCATCAAAACAGATCATAACTGGATG
** * *
3162668 TTTGAATTGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATGAGAAAAGTCCATTTAT
1 TTTGAATTGGAAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT
3162724 GAAGCGAAAG
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 67, Indels: 27
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 9 0.03
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168 1 0.00
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
TTTGAATTGGAAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
TGCCTTCTAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGA
TATTCTTTCTCATTTTTCATCAAAACAGATCATAACTGGATG
Found at i:3162931 original size:209 final size:210
Alignment explanation
Indices: 3162524--3162932 Score: 481
Period size: 210 Copynumber: 2.0 Consensus size: 210
3162514 GAAACAAAAT
* * ** * * *
3162524 CCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGCCTTATTTCTCGTTT
1 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAACCTCATTACTCGTTT
* * * * *
3162589 TAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTGAATTGAATTCTTTCTCATTTTTCATTGAAACAT
66 TAAATGGTTTTATAACTTTAAAAATGATTTTGAATAGAATTCTTTCTCATTTTTCATTAAAACAA
* * **
3162654 ATCATAATTTGATGTTTGAATTGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATGAGAAAAGTCCA
131 ATCATAATTGGATGCTTGAATTGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
3162719 TTTATGAAGCGAAAG
196 TTTATGAAGCGAAAG
* ** *
3162734 CCATCCTTTGACAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAACCTCGTTACTC-TCT
1 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAACCTCATTACTCGT-T
3162798 TTAAATGGTTTTATAA-TCTTAAAAATGA-TTT-AAGGTAGAATT-TGTT-TCA-TTTTCAGTTA
65 TTAAATGGTTTTATAACT-TTAAAAATGATTTTGAA--TAGAATTCT-TTCTCATTTTTCA-TTA
** * * *
3162857 AAACAAATCATAATTGGATGCTTGCCTTGGGAAATGTGAAGCGAAAGGCATCCATTGACAAGAAA
125 AAACAAATCATAATTGGATGCTTGAATTGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAA
*
3162922 TGTCCATTTAT
190 AGTCCATTTAT
3162933 ACCTTTATAA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 26, Indels: 13
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
208 8 0.05
209 76 0.46
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (210 bp):
CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAACCTCATTACTCGTTT
TAAATGGTTTTATAACTTTAAAAATGATTTTGAATAGAATTCTTTCTCATTTTTCATTAAAACAA
ATCATAATTGGATGCTTGAATTGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
TTTATGAAGCGAAAG
Found at i:3163234 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3162935--3163944 Score: 775
Period size: 170 Copynumber: 5.9 Consensus size: 169
3162925 CCATTTATAC
* ** ** * * *
3162935 CTTTATAAATGATTTTAAGGTT-AATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATCTGACG
1 CTTTATAAATGATTTTAA-ATTGAA-TTTTTTTCATTTTACGTTAAAGCATATCATAATTTGATG
* * * * * * * * * * * *
3162999 TTAGTACTGAGAAACGGGAAGTGAAAGCCCTCCCTTAACAACAAAAGACTATTTATAGTCACTCA
64 TTTGCATTGGGAAACGTGAAG-CAAAGACATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
* * * * *
3163064 AGCTTTCGAAAACCTAGTAACTCACTTCAAGTGGTTTTTTAA
128 TGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTTTAA
* * * *
3163106 CTTTATTAATGATTTTAAATTGAACTTTCTTTCATTTTCCATT-AAGACATATCATAATTTGATG
1 CTTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTACGTTAAAG-CATATCATAATTTGATG
* * * * * * * *
3163170 TTTTCTTTGGGAAATGTGAATCGAAAGCCATCTAGTGACAAAAAAAGTCTATTTATATTCACTCA
64 TTTGCATTGGGAAACGTGAAGC-AAAGACATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
* * * * * * *
3163235 TGCCCTT-GAAACCCAAGTTAGTCACTTTAAATGG-CTTTAAA
128 TG-CCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTTTAA
* ** * ** * *
3163276 ATCTTATAAATGATTTTACGTTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGT
1 CT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTACGTTAAAGCATATCATAATTTGATGT
* * * * *
3163341 TTGCCTTGGGAAACGTGAAGCACATGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
65 TTGCATTGGGAAACGTGAAGCA-AAGACATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
* * * *
3163406 GCCTTC-AAAAGCCTTGTTAGTCGCTTTAAGTGGTTTTATAT
129 GCCTTCGAAAA-CCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTTTAA
* * *
3163447 CTTTACAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTAGGTTAAAGCAAATCATAATTTGATGTT
1 CTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTACGTTAAAGCATATCATAATTTGATGTT
*** * * * * * *
3163512 TGCATCAAGAAACATGAAGCGAAAGTCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
66 TGCATTGGGAAACGTGAAGC-AAAGACATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG
* * * * *
3163577 CCTTCGAAAGCCTTA-TTACTTGCTTTAAGAGATTTTATAA
130 CCTTCGAAAACC-TAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTTTAA
* * * *
3163617 CATTATAAATGATTTTAAATTGACTTTTTTATCATTTTACGTTAAAGCATATAATAATTTTATGT
1 CTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTT-TCATTTTACGTTAAAGCATATCATAATTTGATGT
* * * *
3163682 TTGCATTGGGAAACGTGAAGCAACAAATATCCATTGA-AAATAAGAGTCTATTTATAGTTACTCA
65 TTGCATTGGGAAACGTGAAGCAA-AGACATCCATTGACAAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
* * * **
3163746 TGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGCTTCGTT-A
128 TGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAGTGG-TTTTTTAA
* * ** * * * *
3163788 CTTTATTAATGATTTTCAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTATAA-TAGATCAT-ACTTGATGC
1 CTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTACGTTA-AAGCATATCATAATTTGATGT
* * * * * *
3163851 TTGCATTGGGAAATGTAAAGCTAAAGTCATCCATTCACAAGAAAAGT-TCATTTATAATCACTCA
65 TTGCATTGGGAAACGTGAAGC-AAAGACATCCATTGACAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCA
** * *
3163915 TGAATTC-AAAAGCCTAGTTAGTCACTTTAA
128 TGCCTTCGAAAA-CCTAGTTACTCGCTTTAA
3163945 ACAGTTTTGT
Statistics
Matches: 661, Mismatches: 155, Indels: 48
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 79 0.12
170 298 0.45
171 274 0.41
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTACGTTAAAGCATATCATAATTTGATGTT
TGCATTGGGAAACGTGAAGCAAAGACATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGC
CTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTTTAA
Found at i:3163654 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 3163049--3165241 Score: 948
Period size: 341 Copynumber: 6.3 Consensus size: 338
3163039 ACAAAAGACT
* * * * * *
3163049 ATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAA-CCTAGTAACTCACTTCAAGTGGTTTTTTAACTTTATT
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGG-TTTTT-ACTTTATT
* *** * * *
3163113 AATGATTTTAAATTGAACTTTCTTTCATTTTCCATT-AAGACATATCATAATTTGATGTTTTCTT
63 AATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTAGGTTAAAG-CAAATCATAATTTGATGTTTGCAT
* * * * * * *
3163177 TGGGAAATGTGAATCGAAAGCCATCTAGTGACAAAAAAAGTCTATTTATATTCACTCATGCCCTT
126 TGGGAAATGTGAAGCGAAAGTCATCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCCTT
* * ** *
3163242 GAAACCCAAGTTAGTCACTTTAAATGGCTTTAAAATCTTATAAATGATTTTACGTTGATTTTTTT
191 GAAACCCAAGTTACTCACTTTAAATGACTTTAAAATCTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTA
** * * *
3163307 TCATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGC-ACATGATAT
256 TCATTTTACGTTAAAACATATAATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGCAACA-AATAT
*
3163371 CCATTGACAAGAAAAGTCC
320 CCATTGAAAAGAAAAGTCC
* **
3163390 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTAGTCGCTTTAAGTGGTTTTATATCTTTACAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTT-TA-CTTTATTA
***
3163455 ATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTAGGTTAAAGCAAATCATAATTTGATGTTTGCATCAA
64 ATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTAGGTTAAAGCAAATCATAATTTGATGTTTGCATTGG
** * *
3163520 GAAACATGAAGCGAAAGTCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CCTTCGA
129 GAAATGTGAAGCGAAAGTCATCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCCTT-GA
** ** * *
3163584 AAGCCTTA-TTACTTGCTTTAAGA-GATTTTATAA-CATTATAAATGATTTTAAATTGACTTTTT
193 AA-CCCAAGTTACTCACTTTAA-ATGACTTTAAAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGA-TTTTT
* **
3163646 TATCATTTTACGTTAAAGCATATAATAATTTTATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGCAACAAATA
254 TATCATTTTACGTTAAAACATATAATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGCAACAAATA
* * *
3163711 TCCATTGAAAATAAGAGTCT
319 TCCATTGAAAAGAAAAGTCC
* ** *
3163731 ATTTATAGTTACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGCTTCGTTACTTTATTA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGG-TT-TTTACTTTATTA
* * * * * *
3163796 ATGATTTTCAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTATAA-TAGATCAT-ACTTGATGCTTGCATTG
64 ATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTAGGTTA-AAGCAAATCATAATTTGATGTTTGCATTG
* * * * * ** *
3163859 GGAAATGTAAAGCTAAAGTCATCCATTCACAAGAAAAGTTCATTTATAATCACTCATG-AATTCA
128 GGAAATGTGAAGCGAAAGTCATCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCCTT-G
* * * * * ** * * * *
3163923 AAAGCCTAGTTAGTCACTTTAAA-CAGTTTTGTAATCCTACAAATGAGTTTCAAA-AGCCTAGTT
192 AAACCCAAGTTACTCACTTTAAATGA-CTTTAAAATCTTATAAATGA-TTTTAAATTG---A-TT
* * * * * *
3163986 ACTCGCTTTACATGATTTTATAACTTTATAAATTATTTAA-AATTGAATTGTTTTCATTTTTCGT
251 --T---TTT--ATCA-TTT-T-ACGTTA-AAA-CATATAATAATTGGA-TGTTTGCA---TT-G-
** * * * ** ** *
3164050 TAAAAACATATCATAATTTG-ATGTTTGGATCGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTTACAA
298 -GGAAAC--GT--GAA---GCA-------A-C---AAATATCCATTGAAA---AG----------
3164114 GAAAAGTCC
331 -AAAAGTCC
* * * * * *
3164123 ATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTACGTGATTTTATAACTTTATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTT-T-ACTTTATTA
* *** * **
3164188 ATGATTTGAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTCTTTAAAAACAGGTCATAATTTGATGTTTGCATT
64 ATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTAGGTT-AAAGCAAATCATAATTTGATGTTTGCATT
* * *
3164253 GGGAAACT-TGAAGCGAAAG-CTTTCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CCT
127 GGGAAA-TGTGAAGCGAAAGTC-ATCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCCT
* * * ** * * * * *
3164315 TCGAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTTAGTTGAATAT
190 T-G-AAACCCAAGTTACTCACTTTAAATGACTTTAAAATCTTATAAATGATTTTAAATTG-ATTT
** * * *
3164380 TTT-TCAATTTTTGGTT-AAAC-TGATCATAATTGGATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGCAA-A
252 TTTATC-ATTTTACGTTAAAACAT-ATAATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGCAACA
** *
3164441 AGCCATCCA-TGCACAAGAAAAGTCC
315 A-ATATCCATTG-AAAAGAAAAGTCC
* * * *
3164466 ATTTATAGCCACTCATGCCTT-ATAAAGCCTTGTTACTC-ATTGTAAATGGTTTTATAACTTTAG
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCA-AAAGCCTTGTTACTCGCTT-TAAGTGGTTTT-T-ACTTTAT
* * *** * * * *
3164529 TAATGA-TTTAGATTGAAGTTTTATTCATTTTTCATTAAAAACAGATCATAATTTCATGTTCGCA
62 TAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTAGGTT-AAAGCAAATCATAATTTGATGTTTGCA
* * * * * * * * * * *
3164593 TTGGGAAACT-T-AAGCGATAGCCATTCATTGGCAAAAAAAATCAATTTATAGTCATTCTTG-CC
125 TTGGGAAA-TGTGAAGCGAAAGTCATCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCC
* * * * * * *
3164655 TTCAAAAGCTAAGTTACTCACTTTAAATGTA-ATTAGAATCTTAAAAATGATTTTAAGTTGAATT
189 TT-GAAACCCAAGTTACTCACTTTAAATG-ACTTTAAAATCTTATAAATGATTTTAAATTG-ATT
* ** * * *
3164719 TTTTCTCATTTTTGGTTAAAA-ATATCATAATTGGATGTTTGCCA-TGAGAAACGTGAAATGAAA
251 TTTTATCATTTTACGTTAAAACATATAATAATTGGATGTTTG-CATTGGGAAACGTG-AA-GCAA
* * *
3164782 GC-CAT-T-CATTGACAAGAAAAGTAC
313 -CAAATATCCATTGAAAAGAAAAGTCC
* * * * **
3164806 ATTTATAGTCACTCATGCCTT-AAATGACCTTTTTACTCGCTTTATGTGATTTTATACCTTTACA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG-CCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTT-TA-CTTTATT
* * * * * *
3164870 AATAATATTAAATTGATTTTTTTTTCATTTTTGATTAAAGAAAATCATAATTT-ATTGTTTGCAT
63 AATGATTTTAAATTGA-ATTTTTTTCATTTTAGGTTAAAGCAAATCATAATTTGA-TGTTTGCAT
** ** * ** * * * *
3164934 CAGGAAACCTGAAGCGAAAGCCATCCGTTGACAATGAACA-TCCATTTATAGTCACTCGT-ACCT
126 TGGGAAATGTGAAGCGAAAGTCATCCACTGACAA-GAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCCT
**** * * ** * **
3164997 TCGAAAGGTTAGTTACTCACCTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTGGAATTGAATTT
190 T-GAAACCCAAGTTACTCACTTTAAATGACTTTAAAATC-TTATAAATGATTTTAAATTG-ATTT
* * * * ** * * *
3165061 GTTTTTGC-TTTT-GGTTAAAACAGATCATAATTTCATATTTACATTGGGAAATGTGAAGCAA-A
252 -TTTAT-CATTTTACGTTAAAACATATAATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGCAACA
** * *
3165123 AGCCATCTATT-AACAAGAAAAGTCT
315 A-ATATCCATTGAA-AAGAAAAGTCC
** * ** * * *
3165148 ATTTATAGTCACTCATG-CTATTGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTTA-T
1 ATTTATAGTCACTCATGCCT-TCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTT-TACT-TTATT
* *
3165211 AACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTT
63 AA-TGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTT
3165242 CGATTAAAAA
Statistics
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0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (338 bp):
ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTTACTTTATTAAT
GATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTAGGTTAAAGCAAATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGA
AATGTGAAGCGAAAGTCATCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCCTTGAAAC
CCAAGTTACTCACTTTAAATGACTTTAAAATCTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTATCATT
TTACGTTAAAACATATAATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGCAACAAATATCCATTG
AAAAGAAAAGTCC
Found at i:3164469 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3163971--3165262 Score: 1112
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 168
3163961 ACAAATGAGT
* * * *
3163971 TTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTACATGATTTTATAACTTTATAAATTATTTAAAATTGAATTG
1 TTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-
* * * * *
3164036 TTTTCATTTTTCGTTAAAAACATATCATAATTTGATGTTTGGATCGGGAAACATGAAGCGAAAGC
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* *
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* ** * *
3164142 TTCAAAAGCCTTA-TTACTCGCCTTACGTGATTTTATAACTTTATAAATGATTTGAAATTGAATT
1 TTCAAAAGCC-TAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA--
** * *
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**
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* * *
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1 TTC-AAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * * *
3164378 ATTTTTCAATTTTTGGTT-AAACTGATCATAATTGGATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAA
64 -TTTTTC-ATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGCGAAA
*
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* * *
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1 TTCA-AAAGCCTAGTTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAACTTTA-TAAATGATTTTAAATTGAA
** * * *
3164546 GTTTTATTCATTTTTCATTAAAAACAGATCATAATTTCATGTTCGCATTGGGAAAC-TTAAGCGA
63 -TTTT-TTCATTTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGCGA
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * **
3164717 TTTTTTCTCATTTTTGGTTAAAA-ATATCATAATTGGATGTTTGCCA-TGAGAAACGTGAAATGA
63 -TTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTG-CATTGGGAAACGTGAAGCGA
* *
3164780 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATGCC
125 AAGCCATCCA-TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* ** ** * * * * * *
3164825 TT-AAATGACCTTTTTACTCGCTTTATGTGATTTTATACCTTTACAAATAATATTAAATTGATTT
1 TTCAAAAG-CCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGA--A
* * ** *
3164889 TTTTTTCATTTTTGATTAAAGA-AAATCATAATTT-ATTGTTTGCATCAGGAAACCTGAAGCGAA
63 TTTTTTCATTTTTGGTTAAA-ACAGATCATAATTTGA-TGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGCGAA
* * * *
3164952 AGCCATCCGTTGACAATGAACA-TCCATTTATAGTCACTCGTACC
126 AGCCATCC-ATGACAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* ** * * * **
3164996 TTCGAAAGGTTAGTTACTCACCTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTGGAATTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT
* * * * * *
3165061 GTTT-TTGCTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTCATATTTACATTGGGAAATGTGAAGCAAAAG
66 -TTTCAT--TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGCGAAAG
* * *
3165125 CCATCTATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG-C
128 CCATCCA-TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
** ** * * *
3165166 TATTGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATAGTTTTATAA-TCTTATAACTGATTTTAAGTTGAAT
1 T-TCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAA-
* * * *
3165230 TTTTTTTATTTTCGATTAAAAAAGATCATAATT
63 TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT
3165263 GTCACAACCC
Statistics
Matches: 906, Mismatches: 164, Indels: 103
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 58 0.06
170 245 0.27
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172 122 0.13
173 56 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT
TTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGCGAAAGCCA
TCCATGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
Found at i:3164956 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 3163975--3165263 Score: 1259
Period size: 511 Copynumber: 2.5 Consensus size: 507
3163965 ATGAGTTTCA
* * * * * *
3163975 AAAGCCTAGTTACTCGCTTTACATGATTTTATAACTTTATAAATTATTTAAAATTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTGTTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTT-AGATTGAATTGTTTT
* * * * * *
3164040 CATTTTTCGTTAAAAACATATCATAATTTGATGTTTGGATCGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATC
64 CATTTTTCGTTAAAAACAGATCATAATTTCATGTTTGCATTGGGAAAC-TTAAGCGAAAGCCATT
* * * * * **
3164105 CATTTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCGCCTTACG
128 CATTAACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC-TAGTTACTCACTTTAAA
* * **
3164169 TG-ATTTTATAA-CTTTATAAATGATTTGAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTCTTTAAAAACAGG
192 TGTA-TTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTCATTTTTGATTAAAAACA--
* * * * * *
3164232 TCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACTTGAAGCGAAAGCTTTCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
252 TCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAACGAAAGCATTCCATTGACAAGAAAAGTACAT
* *
3164297 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA
317 TTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCACAAA
* * * * * *** * **
3164362 TGATTTTTAGTTGAATATTTTTCAATTTTTGGTTAAACTGATCATAATTGGATGTTTACCTTGGG
381 TAATATTAAATTGAATATTTTTCAATTTTTGATTAAAAAAATCATAATTGGATGTTTACATCAGG
* * *
3164427 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCC-ATGCACAA-GAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTAT
446 AAACCTGAAGCAAAAGCCATCCGATG-ACAATGAAAA-TCCATTTATAGCCACTCATACCTTAG
3164489 AAAGCCTTGTTACTCATTGTAAATGGTTTTATAACTTTAGT-AATGATTTAGATTGAAGTT-TTA
1 AAAGCCTTGTTACTCATT-TAAATGGTTTTATAACTTTA-TAAATGATTTAGATTGAA-TTGTT-
* * *
3164552 TTCATTTTTCATTAAAAACAGATCATAATTTCATGTTCGCATTGGGAAACTTAAGCGATAGCCAT
62 TTCATTTTTCGTTAAAAACAGATCATAATTTCATGTTTGCATTGGGAAACTTAAGCGAAAGCCAT
** * * * *
3164617 TCATTGGCAAAAAAAATCAATTTATAGTCATTCTTGCCTTCAAAAG-CTAAGTTACTCACTTTAA
127 TCATTAACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCT-AGTTACTCACTTTAA
* * * * *
3164681 ATGTAATTAGAATCTTAAAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTCTCATTTTTGGTTAAAAATATCA
191 ATGTATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TCATTTTTGATTAAAAACATCA
*
3164746 TAATTGGATGTTTGCCA-TGAGAAACGTGAAATGAAAGCCATT-CATTGACAAGAAAAGTACATT
255 TAATTGGATGTTTG-CATTGAGAAACGTGAAACGAAAG-CATTCCATTGACAAGAAAAGTACATT
* ** ** * *
3164809 TATAGTCACTCATGCCTT-AAATGACCTTTTTACTCGCTTTATGTGATTTTAT-ACCTTTACAAA
318 TATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG-CCTAGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC-TCACAAA
* * * *
3164872 TAATATTAAATTGATTTTTTTTTC-ATTTTTGATTAAAGAAAATCATAATT-TATTGTTTGCATC
381 TAATATTAAATTGA-ATATTTTTCAATTTTTGATTAAA-AAAATCATAATTGGA-TGTTTACATC
* * * * * *
3164935 AGGAAACCTGAAGCGAAAGCCATCCGTTGACAATGAACATCCATTTATAGTCACTCGTACCTTCG
443 AGGAAACCTGAAGCAAAAGCCATCCGATGACAATGAAAATCCATTTATAGCCACTCATACCTTAG
* * * *
3165000 AAAG-GTTAGTTACTCACCTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTGGAATTGAATTTGTT
1 AAAGCCTT-GTTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTAG-ATTGAA-TTGTT
*** * * * *
3165064 TTTGCTTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTCATATTTACATTGGGAAA-TGTGAAGCAAAAGCC
62 TTCATTTTTCGTTAAAAACAGATCATAATTTCATGTTTGCATTGGGAAACT-T-AAGCGAAAGCC
* ** *
3165127 A-TCTATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG-CTATTGAAAGCCTAGTTACTTACTT
125 ATTC-ATTAACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCT-TCAAAAGCCTAGTTACTCACTT
* * * *
3165190 TAAATAGT-TTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTCGATTAAAAAAG
188 TAAAT-GTATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGATT-AAAAAC
3165254 ATCATAATTG
251 ATCATAATTG
3165264 TCACAACCCA
Statistics
Matches: 637, Mismatches: 108, Indels: 62
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
509 6 0.01
510 55 0.09
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515 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
AAAGCCTTGTTACTCATTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTAGATTGAATTGTTTTCA
TTTTTCGTTAAAAACAGATCATAATTTCATGTTTGCATTGGGAAACTTAAGCGAAAGCCATTCAT
TAACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGTA
TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGATTAAAAACATCATAATTG
GATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAACGAAAGCATTCCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCA
CTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCACAAATAATATTAAA
TTGAATATTTTTCAATTTTTGATTAAAAAAATCATAATTGGATGTTTACATCAGGAAACCTGAAG
CAAAAGCCATCCGATGACAATGAAAATCCATTTATAGCCACTCATACCTTAG
Found at i:3166048 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3165997--3166050 Score: 81
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
3165987 CATCATCTGT
* *
3165997 ACGAGGGTTCCTTTCAACTGC
1 ACGAGGGTTTCTTTCAACTAC
*
3166018 ACAAGGGTTTCTTTCAACTAC
1 ACGAGGGTTTCTTTCAACTAC
3166039 ACGAGGGTTTCT
1 ACGAGGGTTTCT
3166051 CGTTAAAACC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 29 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.24, G:0.22, T:0.31
Consensus pattern (21 bp):
ACGAGGGTTTCTTTCAACTAC
Found at i:3169146 original size:165 final size:164
Alignment explanation
Indices: 3168851--3169150 Score: 413
Period size: 165 Copynumber: 1.8 Consensus size: 164
3168841 CCATCCGTTG
* * * *
3168851 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTTGTTACTAGCTTTATACGATTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTAGCTTTACACGATTT
** * * *
3168916 TATAACTTTATAAATGATTTTAAACTGAATTTTTTGTTTAAATTTTCTTTAAAATATATCATAAT
66 TATAACTTTATAAATGATTTTAAACTGAA-TTTTACTTCAAATTTTCTTAAAAATAAATCATAAT
3168981 TTGATGTTTGCATTAGGAAATGCGAAGCGAAATTA
130 TTGATGTTTGCATTAGGAAATGCGAAGCGAAATTA
** * **
3169016 ACAAGAACGGTCCATTTAGATTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTTACTAGCTTTACGTGATT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAG-TTACTAGCTTTACACGATT
* * *
3169081 TTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTACTTCCATTTTTCATTAAAAATAAATCATAA
65 TTATAACTTTATAAATGATTTTAAACTGAATTTTACTTCAAATTTTC-TTAAAAATAAATCATAA
3169145 TTTGAT
129 TTTGAT
3169151 TGTCACATAG
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 17, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
164 11 0.09
165 60 0.52
166 45 0.39
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (164 bp):
ACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTAGCTTTACACGATTT
TATAACTTTATAAATGATTTTAAACTGAATTTTACTTCAAATTTTCTTAAAAATAAATCATAATT
TGATGTTTGCATTAGGAAATGCGAAGCGAAATTA
Found at i:3169381 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3168242--3178064 Score: 5422
Period size: 171 Copynumber: 57.3 Consensus size: 170
3168232 TTTAATAACT
* * * *
3168242 TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTT-CTCTAAAACATATCATAATTTGATGTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGT-TAAAACAGATCATAATTTGATATT
* * * * * * * *
3168306 TGCCTCGAGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAATAAAAATTCATTTATAGTCA-ACATG
65 TTCCTTGAGAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * * * *
3168370 CCTTTAAAAGCCCAATTGCTCTCTTTAAGTGGTTTTACAATA
129 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * ** * * * *
3168412 TTATAAATGATTTCAAGTTGAATTTTGTTCTCATTTTTTTTTCAAACAAATCATGA--TGAGATG
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATAT-
** * * * * *
3168475 TTTGTTTCAAGAAA-ATTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAATAAAAGTCCATTTTTACTCACAC
64 TTTCCTT-GAGAAATA-TGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * *
3168539 ATGCCTTCGAATGCCTTA-TCACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAA-C
126 ATGCCTTTGAAAGCC-TAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * ** * *
3168583 TTTGTAAATAATTTTCTAG-TG-ATTTGATTTAATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGAT-T
1 -TTATAAATGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATAT
* * * * * *
3168645 TTTACATTG-GAAATGTGAAGTGAGAGCCATCCATTGACAAGAAAAG-CCGATTTGTAGTCACTT
64 TTT-CCTTGAGAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTC
* * * *
3168708 ATTCCTTCGAAAGCCTAGTTAC-CAGGTTTAAATGGTTTTATAATC
126 ATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTC-GCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * ** * * *
3168753 TCATAAATAATTTTGAGTTGAATTTGACTTTCATTTTTCGTT-AAACAGATCATAATTAGATGTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATT
** * * * *
3168817 CGCCTCGAGAAACATGAAGCGACA-CCATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
65 TTCCTTGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
** * * * * *
3168881 CCTTCAAAAGTCTTGTTACTAGCTTTATA-CGATTTTATAA-C
129 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTA-AGTGGTTTTATAATC
** * * ** * * *
3168922 TTTATAAATGATTTTAAACTGAATTTTTTGTTTAAATTTTCTTTAAAATATATCATAATTTGATG
1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTTTT-TTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATA
* * * * * * * ** * *
3168987 TTTGCATT-AGGAA-AT---GCGAAGCGA--AATTAACAAGAACGGTCCATTTAGATTCACTCAT
63 TTTTCCTTGAGAAATATGAAGCAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
** * * *
3169045 GCCTTCAAAAGCCTAGTTTACTAGCTTTACGTGATTTTATAA-C
128 GCCTTTGAAAGCCTAG-TTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* ** * ** * *
3169088 TTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTACTTCCATTTTTCATTAAAAATAAATCATAATTTG--AT
1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATAT
* * * * *
3169151 TGTCACATAGGGAAACT-TGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT
64 TTTC-C-TTGAGAAA-TATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
** * * * *
3169215 CATGCCTTTGAAAATCGAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
125 CATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * *
3169261 TTATAAATGATGTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTCTTGTTTAAAACAAATCATAATTGGACATTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATTT
* * * * **
3169326 TTCTTGAGAAATAGGAAGCAATAGCCATCTATTGACAAGGAAAGTTTATTTATAGTCACTCATGC
66 TCCTTGAGAAATATGAAGCAA-AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
** * *
3169391 CTTTGAAAGCCTTCTTAATCGCTTTTAGTGGTTTTATAA-C
130 CTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * ** * * *
3169431 TTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTGTTTTCCATTTTTCTTTAAGATAGATCATAATTTGATCT
1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATAT
* * * * * *
3169496 TTGCATTGGGAAACT-TGAAGTGAAATCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
64 TTTCCTTGAGAAA-TATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
** * * *
3169560 TGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGTTTTAATTGGTTTTATATTC
127 TGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * *
3169604 TCATAAATTATTTTGAA-TTGAA--TTTTTTAATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATATT
1 TTATAAATGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATT
* ** * * * *
3169666 TGCCTT-ATGAAACGTGTAGCGAAATCCATCTATTAACAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
65 TTCCTTGA-GAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * *
3169730 TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTATGTGATTTTATAA-C
127 TGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * *
3169773 TTTAAAAATGATTTTAAATTGAATCTTTTTTCTTTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTT
1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATT
* * * *
3169838 TTCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCTTTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATG
65 TTCCTTGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
** * * *
3169903 CCTTCAAAAGCCCAATTACT-GACTTTAAGTGGTTTTATAATA
129 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCG-CTTTAAGTGGTTTTATAATC
** * * ** * * *
3169945 TTATAAATGATTTCGAGTTGAATTTTGTTCTT-AGTTTTCGTCCAAACATATCATAATGTGAT-G
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTT-TT-TTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATAT
* * * * * * * * *
3170008 TTTGCATCAGGAAACATGAAGTGAAAGCCATCTATTGACAACAAAAGTCCATTTATATTCACACA
64 TTTCCTTGA-GAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * *
3170073 AGCCTTTGAAAGCCTTGTCACTCTCTTTAAGTGGTTTTATAA-C
127 TGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * ** * *
3170116 TTTATAAATGATTTTATA-TTGAA-TTGTTTTAATTTTTTATTAAAACAAATCATAATTTGATGT
1 -TTATAAATGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATAT
* * * * * * * *
3170179 CTGCATTGGGAAATGTGAAGCCAAAGTCAT-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTGATTCAT
64 TTTCCTTGAGAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
** * ** * *
3170243 GCCTTCAAAAGCTTAGTTGTTTGCTTTATA-TGGTTTCATAATC
128 GCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTA-AGTGGTTTTATAATC
* * * * *
3170286 TTATAAATGAATTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTTGGTTAAAAATAGATCATAATTGGATGTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATATT
* ** ** * * * * *
3170351 TGCCTTGCCAAACGTCAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATATTCACTCATA
65 TTCCTTGAGAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
** * * *
3170416 CCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGGTTTAATTAGTTTTATAATC
129 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * * * *
3170458 TCATAAATTATGTTAAGTTGAA--TTTTTTAATTTTTGATTAAAACATATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATTT
* * ** * * * *
3170521 GCC-TCATGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCATA
66 TCCTTGA-GAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * *
3170585 CCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGCATTACA-TGATTTTATAATT
129 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTA-AGTGGTTTTATAATC
* * ** * * ** * * *
3170627 TTAAAAATGATTTTAAATTGAACCATTTGTTGATTTTTCTTTAAAATAGATCTTAATTTGATGTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATT
* * * * *
3170692 TTCCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
65 TTCCTTGAGAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * *
3170757 CCTTTAAAAGCCCAATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAATA
129 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * * ** *
3170799 TTATAAATGATTTCAACTTGAATTTCTTCTCAGTTTTT-GTTCAAACAGATCATTATGCGATGTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA-TTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATT
** * * * * * * * *
3170863 CGCATTAAGAAACT-TGAAGCGAAAGCCATCCATTGAGAACAAAAGTGCATTTACACTCACACAT
65 TTCCTTGAGAAA-TATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * *
3170927 GCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCTCTTTACGTGATTTTATAA-C
128 GCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * * *
3170969 TGTAAAAATGATTTTAAATTGAATCTTTTTTCTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTTGATGTT
1 T-TATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATT
* * * *
3171034 TTCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCTTTGACAAGAAAAATACATTTATAGTCACTCATG
65 TTCCTTGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
** * *
3171099 CCTTCAAAAGCCTAATTACT-GACTTTAAGTGGTTTTATAATA
129 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCG-CTTTAAGTGGTTTTATAATC
** * ** * * * *
3171141 TTATAAATGATTTCGAGTTGAATTTTGTTCTT-AGTTTTCATTCAAACATATCATAATGTGAT-G
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTT-TT-TTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATAT
* * * * * * * *
3171204 TTTACATCAGGAAATATGAAGTGAAAGCCATCAATTGACAACAAAAGTCCATTTATATTCACACA
64 TTTCCTTGA-GAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * *
3171269 AGCCTTTGAAAGCCTTGTCACTCTCTTTAAGTGGTTTTATAA-C
127 TGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * ** * *
3171312 TTTATAAATGATTTTATA-TTGAA-TTGTTTTAATTTTTTATTAAAACAAATCATAATTTGATGT
1 -TTATAAATGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATAT
* * * * * * * *
3171375 CTGCATTGGGAAATGTGAAGCCAAAGACAT-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTGATTCAT
64 TTTCCTTGAGAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
** * ** * *
3171439 GCCTTCAAAAGCTTAGTTGTTTGCTTTATA-TGGTTTCATAATC
128 GCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTA-AGTGGTTTTATAATC
* * * * *
3171482 TTATAAATGAATTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTTGGTTAAAAATAGATCATAATTGGATGTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATATT
* ** ** * * * * * ** *
3171547 TGCCTTGCCAAACGTCAAGTGAAAGCCATCCATTAACAACAAAAGTCCATTTCTAGTTGCTTATG
65 TTCCTTGAGAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
** * * *
3171612 CCTTCAAAAGCCTAATTACTAGCTTTAATTGGTTTTATAATC
129 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * *
3171654 TCATAAATTATTTTAAGTTGAA--TTTTTTAATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGAT-TTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATTT
* * * * * *
3171716 GCCTTGTGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCTTGC
66 TCCTTGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* * * * *
3171781 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTATGTGATTTTATAATT
130 CTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * ** * * *
3171822 TTCA-AAATGATTTTAAATTGAATCTTTTTTCATTTTTCTTTAAAATAGATCTTAATTTGATGTT
1 TT-ATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATT
* * * * *
3171886 TTCCTAGAGAAATGTGCAGCAAAAGTCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
65 TTCCTTGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
** * * *
3171951 CCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAATA
129 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * * ** *
3171993 TTATAAATGATTTCAACTTAAATTTTCTTCTCAGTTTTT-GTTCAAACAGATCATTATGCGATGT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTTCA-TTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATAT
** * * * * * *
3172057 TCGCATTGAGAAACT-TGAAGCGAAAGCCATCCATTGAGAACAAAAGTGCATTTACACTCACAT-
64 TTTCCTTGAGAAA-TATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TC
* * *
3172120 ATGCCTTTGAAAGCCTTGTCACTCGTTTTAAGTGG-TTTATAA-C
126 ATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * *
3172163 TTTATAAATGATTTTATA-TCGAA-TTGTTTTAATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTTGATGT
1 -TTATAAATGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATAT
* * * * * * * *
3172226 TTGCATTGGGAAACATGAAGCGAGAGCCATCCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTGACTCAT
64 TTTCCTTGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * *
3172291 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATC
128 GCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * ** * *
3172334 TTATATATGATTTTAAATTGAA-TTTTTCTCATTTTTGACTAAAACAGATAATAATTTGATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATTT
* ** * *
3172398 TGCATT-AGGAAACGTGAAGCAAAGCCATCCATTGACAAGAAATA-TCCATTTGTAGTCAATCAT
66 T-CCTTGA-GAAATATGAAGCAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAT
** * * *
3172461 GCCTTAAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAATTAGTTTTATAATC
128 GCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * *
3172504 TCATAAATTATTTTTAGTTGAA-TTTTTTTAATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATTT
* * * *
3172568 GT-CTT-AGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTTAT
66 -TCCTTGA-GAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* ** * * *
3172631 GTCTTCCAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAATTGCTTTTATAATC
128 GCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * * *
3172674 TCATAAATTATGTTAAGTTGAA--TTTTTTAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATTT
* * * *
3172737 GCCTT-ATGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
66 TCCTTGA-GAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * *
3172801 CCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTATGTGATTTTATAATT
129 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * ** * * * *
3172843 TTAAAAATGATTTTAAATTGAATCTTTTTTCATTTTTCTTTAAAATAGATCTTGATTTGATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATTT
** * * * *
3172908 TCCTCAAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATCC
66 TCCTTGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* * * * *
3172973 CTTTAAAAGCCCAATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAATA
130 CTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * ** * * * *
3173014 TTATAAATGATTTCAACTTGAATTTTCTTCTT-AGTTTTCATTCAAACAGATCATTATGTGATGT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTT-TT-TTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATAT
* * * * * * * * * * *
3173078 TTACATTGGGAAATGTGAAGCGAAATCCATCCATTGAGAACAAAAGTCTATTTACACTCACACAT
64 TTTCCTTGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * *
3173143 ACCTTCGAAAGCCTTGTCACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATT
128 GCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * *
3173186 TTATAAATGATTTTATA-TTGAA-TTGTTTTAATTTTTGGTTAAAATAAATCATAATTTGATGTT
1 TTATAAATGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATT
* * * * * *
3173249 TTCATTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTGACTCATG
65 TTCCTTGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* ** * *
3173314 CCTTCGAAAGCCTAGTTACTAACTTTAAATGCTTTTATAATC
129 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * *
3173356 TTCTATATGATTTTAAAATTGAA-TTTTTCTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
1 TTATAAATGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATT
* * * ** * * * * *
3173420 TTCATCGGGAAACGTGAGGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAGACTCCATTTTTATTCACTCATG
65 TTCCTTGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
** * *
3173485 CCTTCAAAAGCCTAGTTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
129 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * * * *
3173527 TCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTTTGTTCACACATATTATAATTGGATCA-T
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGAT-ATT
* * * * ** * * * *
3173591 TGCCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGTTAT-CGTTGACAAGAGGAA-TCCATTTATAGTCAATTAT
65 TTCCTTGAGAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * *
3173654 GCCTTTGAAAGCCTCGTTACTAGCTTTAAGAGGTTTTATAA-C
128 GCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * ** * * *
3173696 TTTATAAATGATTTTAA-ATGAATTTTGTTTAATCCTAGGTTAAAACAGATAATAATTTGATGTT
1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATT
* * * ** * *
3173760 TT-CATAAAAAATGATGAAGCAAAAGTTATCCATTGACAAGAAGAGTCCATTTACAGTCACTCAT
65 TTCCTTGAGAAAT-ATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * * *
3173824 GCCTTCGAAAGTCTTGTTGCTCACTTTAAGTAGTTTTGTAA-C
128 GCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * * * ** * *
3173866 TTTATTAATGACTTCAAATT-AATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTCAAGCAGAGCATTTTTTAATG
1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATA
* * * * * *
3173930 TTTGCATCT-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-CTTTGTGTAGTCCCT
63 TTTTCCT-TGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACT
* * * * * *
3173993 CGTGCCTTCGAAAGCCTAGTTAGTCACTTTAAATTGTTTTATAATC
125 CATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * * * * *
3174039 TTACAAATGATTTCAAATTGAAATTTTTTCCATTTCTAGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATTT
* ** * * * * * *
3174104 ACAAT-AGGAAATGTGAAGTGAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTTATAGTCACTCTT
66 TCCTTGA-GAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCAT
* * * * *
3174168 GGCTTGGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
128 GCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * **
3174211 TTATAAATGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTTATTTTTGGTTCAAACAGAACATAATTTGATGCTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATTT
* * * * * * * * *
3174276 GCCTTAAGAAATGTGAAGTAAAACCCACCCATTGACAATAAAAGTCCATTCATAGTCACTCAAGC
66 TCCTTGAGAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
** * *
3174341 CTTCAAAAGCCTAGTAACTCACTTTAAGTGGTTTTATAA-C
130 CTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* ** * *
3174381 TCTATAAATGATTTTAAATTG-ATTTTTTTTCATTTTTCATTAAACCAGATCATAATTTGATGTT
1 T-TATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATT
* * * * *
3174445 TGT-ATTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCAATGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCATTCAT
65 T-TCCTTGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * *
3174509 GCCTTCGAAAG-CTAAATTGCTCACTTTAAATGGTTTTA-AAGTC
128 GCCTTTGAAAGCCT-AGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAA-TC
* * * * * *
3174552 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTCCTTTTTGGCTAAAACAAATTATAA-TTGCATGTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTG-ATATT
* ** * * * * *
3174616 TGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGACATCCATAGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTTACTCATG
65 TTCCTTGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * *
3174681 CCTTCGATAGCCTTGTTACTAGCTTTAAGTGGTATTATAA-C
129 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * ** *
3174722 TTTATAAGTGATTTTAAATTG-ATTTTTTTTCATTTTTCATTGAAAAAAGATCATAATTTG--AT
1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATAT
* * * * * * * **
3174784 GTTCATATAGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCGATTAACAAGAAAATTCAATTTATAAACACTC
64 TTTCCT-T-GAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * *
3174849 ATGGCTTCGAAAGCCTAGTTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC
126 ATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * *
3174894 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTCATTTTTGGCTAAAACAGATCATAATTAGATGTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATT
* * * * * * *
3174959 TGCCTCTGA-AAACATAAAGCAAAAGGCATCCATAGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
65 TTCCT-TGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
** *
3175023 GCCTTTGAAAGCCTTA-TTACTTACTTTAAGAGGTTTTATAA-C
128 GCCTTTGAAAGCC-TAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * *
3175065 ATTATAAATTATTTTAA-ATGTAA--TTTTTTCATTTTAGGTTAAAAAAGATAATAATTTGATGT
1 -TTATAAATGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATAT
* * ** ** * ** * * * *
3175127 TTGCATCAAGAAACGTGAAACAAAAGATATCCATTAACGAGAAGAGTCCATTTCTAGTCACTCAT
64 TTTCCTTGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
** * * *
3175192 GCCTTCAAAAGCCTTGTTTCTCGCTTTAAGTGGTTTTGTAA-C
128 GCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * **
3175234 TTTATTAATGATTTTAAATTG-ACTTTTTTTCATTATTGGTTAAAACAGATCAT-ATTCGGATGC
1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATT-TGATAT
* ** * *
3175297 TTGCAATG-GAAA-ATGTAATGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
64 TTTCCTTGAGAAATATG-AA-G-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * **
3175360 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTGA-TCACGTTAAATAATTTTATAATC
126 ATGCCTTTGAAAGCCTAGTT-ACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * *
3175405 TTACAAATGATTTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTACATGGTTTT-ATAACTTT-G-TAAATGA
1 TTATAAATGA-TTTT--AAG--T--TGA---A-TTT---T--TTTTCAT--TTTTGGTTAAA--A
*** ** * ** * * * * ** * ** **
3175467 TTTTAAAATATTTTTTTCATTTT-TTATTAAAAATAGATTATATTTTAATG-TTTGGATTGGGA-
46 -CAGATCATAATTTGAT-ATTTTCCT-TGAGAAAT--ATGA-A--GCAAAGCCATCCATT--GAC
* * * * * ** * * ** * ***
3175529 AACATGAAG-CGA---AT-GCCA-TCCATTGGC-AAGAAAAGTCC-ATTTA-TAGTCCCTCACAC
101 AAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACT-CA-TGCCTTTG-AAAG-CCTAGTTACTCG-CTTTAAGTG
* * *
3175585 CTTTGA-AAGC
160 GTTTTATAATC
** * * * * * * ** *
3175595 CAAGTTACTCATTTTAA-ATG-ATGTTATAATATTATAAATGATTTTAGGTT----GA-ATTTTT
1 TTA-TAAATGATTTTAAGTTGAAT-TT-T--T-TT-T-CAT--TTTT-GGTTAAAACAGATCATA
* * *** * * * * ** * *
3175653 TTTTCAT-TTTTGGGTAAAACAGATCATTATTAG--ATGTTTAT-CATGGGAAAAGTGAAGCGAA
55 ATTTGATATTTTCCTTGAGA-A-AT-ATGA--AGCAAAG-CCATCCAT-TGACAA--G-A---AA
* * * *** * * * * * * *
3175714 AG-CCATCTATTGACAAGAAAAGACTATTTATAG-TTATTTA-T-GCCTTTGAACGCCTAGTTAC
107 AGTCCATTTATAGTC-ACTCATGCCT-TTGAAAGCCTAGTTACTCG-CTTT-AA-G--T-GGT--
*
3175775 TTGCTTTAAATGCC
162 TT--TAT-AAT--C
* * ** * * * *
3175789 TTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTT-GTTTTTTGTCAAAACAAATCATAA
1 -TTATAA----AT-GAT-TTTAA--GTTGAATT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA
* * * * * * * * *
3175853 CTGGATGTTTGCCAT-AGGAAACATGGAGCGAAAGCCATCCACTAACAAGAAAAGTCCATTTATA
56 TTTGATATTTTCCTTGA-GAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
3175917 GTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACACACTTTAAGTGGTTTTATAA-C
119 GTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* ** * * *
3175968 TCTATAAATGATTTTGAA-TTGAATTATTTTTCATTTTTCATTAAAAAAAAATCATAATTTGATG
1 T-TATAAATGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATA
*** * * **
3176032 TTTAGATT-AGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGATGAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTC
63 TTTTCCTTGAG-AAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * * **
3176095 ATGCCTTCGGAAGCTTAGTTACCCCCTTTAAATTATTTTATAATC
126 ATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * ** * * * **
3176140 TCAAAAATGA-TTTAAGGTAGAATTTTTTTTTCATTTTCAGTTAAAATAGATCATAATTGGCTGC
1 TTATAAATGATTTTAA-GTTGAA-TTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATAT
* ** ** * * * *
3176204 TTGCCTTTTGAAACGTGAAGCCAAAGGCATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTTACTTAT
64 TTTCCTTGAGAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * *
3176269 ACCTTTTG-AACCCTTG-TATTTGCTTTAAGTGGTTTTAGAA-C
128 GCC-TTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * ** * * *
3176310 TTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCACTTTTAATTTAAACATATCACAATTTGATATT
1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATT
* * ** * * * *
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* * *
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129 CCTTTGAAAGCC-TAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * * * * * *
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1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATTT
* * * ** * * * * *
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** ** * *
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* * * * *
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1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATT
* ** * * * * * *
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65 T-TCCT-TGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * *
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* * ** * *
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1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAA-ACAGATCATAATTTGATAT
* * * * * * ** * *
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** * * *
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* * * ** * *
3176987 TTATAAATGATTTTAAGCTGAA-TTTTTCTCATTTTTTGTTAAAACTTATCATAATTGGAT-GTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATTT
* * * * * *
3177050 TCCTTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAATTCCA-TTATACTTAATTATG
66 TCC-TTGAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * *
3177114 CCTTTAAAAGCC-ATGTTACTCACTTTAAGTGGGTTTATAA-C
129 CCTTTGAAAGCCTA-GTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * ** * ** * *
3177155 TTTACAAATGGTTTTAAAATG-ATTTTTTTCTCATTTTAGGTTAAAGTAGATCTTAATTTGATGT
1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATAT
* * * * * * * * *
3177219 TTGCATT-AGGAAACATGGAGTGAAAGGCATCCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTTACTCA
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* *
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* * * * *
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1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTT--AAAACAGATCATAATTTGATA
* * * *
3177389 TTTTCATT-AGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGTAAAA-TACATTTGTAGTCACT
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** *
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* * * *
3177498 TCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGG-TCAAACAGATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATTT
* * ** * * * * *
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** * * * *
3177627 CTTCAAAAACCTTGTTACAT-GCTGTAAGTGGTTTTATGA-C
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* * * * ** * * * *
3177667 TTTATAAATGATTTTAAATTGAAGTTTTATTAATTTTTCATTAAAAATACATCATAATTTAATGT
1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATAT
* * * * * * * * *
3177732 TTGCATTGGGAAACATTAAGTGAAATCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAC
64 TTTCCTTGAGAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-
* * * * *
3177797 T-CCTTTAAAAGCCAAGTTACTTGCTTTAAATGGTGTTATAATC
127 TGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * * *
3177840 TTAAAAATGATTTTAAGTTGAATTTCTTCTCATTTTTGGTTAAAAAATATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATATTT
* * * * * * *
3177905 GCCATGGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATACATTTATAGTCACTCATGC
66 TCCTTGAGAAATATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
** * *
3177970 C-TT-AAATGACCTTCTTACTCGTTTTAAGTGGTTTTAT-ACC
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* * * * * *
3178010 TTTACAAATAATTTTAAATTTAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAGCATATCATAA
1 -TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA
3178065 AGCCATCCAT
Statistics
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Alignment explanation
Indices: 3168242--3178064 Score: 7269
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3168232 TTTAATAACT
* * *
3168242 TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTT-CTCTAAAACATATCATAATTTGATGTT
1 TTATAAATGATTTT-AATTGAA--TTTTTTCATTTTTGGT-TAAAACAGATCATAATTGGATGTT
* * * * * * * *
3168306 TGC-CTCGAGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAATAAAAATTCATTTATAGTCA-ACAT
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** *** * * * * *
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** * * ** * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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1 -TTATAAATGATTTT-AATTGAATTT--TTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTT
* * * * * *
3168647 TACATT-GGAAATGTGAAGTGAGAGCCATCCATTGACAAGAAAAG-CCGATTTGTAGTCACTTAT
62 TGCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAT
* * * * * * * *
3168710 TCCTTCGAAAGCCTAGTTAC-CAGGTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAAATAATTTTGAGTTG
126 GCCTTCGAAAGCCTTGTTACTC-GCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTG
* * * * * *
3168773 AATTTGACTTTCATTTTTCGTT-AAACAGATCATAATTAGATGTTCGCCTCGAGAAACATGAAGC
189 AATTT--TTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGC
* * * *
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* * *
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317 CGCTTTA-AGTGGTTTTATAATC
* * * ** * * *
3168922 TTTATAAATGATTTTAAACTGAATTTTTTGTTTAAATTTTCTTTAAAATATATCATAATTTGATG
1 -TTATAAATGATTTT-AATTGAA---TTT-TTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATG
* * * ** * *
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* * * * *
3169044 TGCCTTCAAAAGCCTAGTTTACTAGCTTTACGTGATTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTG
125 TGCCTTCGAAAGCCTTG-TTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTG
* * ** * * * * *
3169109 AATTTACTTCCATTTTTCATTAAAAATAAATCATAATTTGAT-TGT-CACATAGGGAAACTTGAA
189 AATTT-TTTTCATTTTTGGTT-AAAACAAATCATAATTTGATGTTTGC-C-TTGAGAAACATGAA
* * * * * *
3169172 GCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAA-TCGAATT
250 GCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCAAAAGCCTAGTT
* *
3169236 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
314 ACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * *
3169261 TTATAAATGATGTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTCTTGTTTAAAACAAATCATAATTGGACAT-T
1 TTATAAATGATTTTAA-TTGAA--TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGG--ATGT
* * * * **
3169325 TTTC-TT-GAGAAATAG-GAAGC-AATAGCCATCTATTGACAAGGAAAGTTTATTTATAGTCACT
61 TTGCATTAG-GAAA-CGTGAAGCGAA-AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * *
3169386 CATGCCTTTGAAAGCCTTCTTAATCGCTTTTAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATT
123 CATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATT
** * * * * * * *
3169451 GAATTTGTTTTCCATTTTTCTTTAAGATAGATCATAATTTGATCTTTGCATTGGGAAACTTGAAG
188 GAATTT-TTTT-CATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAG
* * *
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251 CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTAC
* * *
3169581 TCGTTTTAATTGGTTTTATATTC
316 TCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * *
3169604 TCATAAATTATTTTGAATTGAATTTTTTAATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATATTTGC
1 TTATAAATGATTTT-AATTGAATTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGC
* * * * * *
3169669 CTTATGAAACGTGTAGCGAAATCCATCTATTAACAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
65 ATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* * * *
3169734 TTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTATGTGATTTTATAACTTTAAAAATGATTTTAAATTGAATCT
129 TTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAAT-T
* * *
3169799 TTTTTCTTTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGC
193 TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGC
* * * * *
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*
3169928 TAAGTGGTTTTATAATA
322 TAAGTGGTTTTATAATC
* * * * ** *
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1 TTATAAATGATTT-TAATTGAATTTT-TTC--ATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTG-GATGT
* * * * * * * *
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61 TTGCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * *
3170074 GCCTTTGAAAGCCTTGTCACTCTCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTATATTGAA
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* * ** * * * ** *
3170139 TTGTTTTAATTTTTTATTAAAACAAATCATAATTTGATGTCTGCATTGGGAAATGTGAAGCCAAA
191 TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAA
* * * * ** *
3170204 GTCAT-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTGATTCATGCCTTCAAAAGCTTAGTTGTTTGCT
256 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCT
*
3170268 TTATA-TGGTTTCATAATC
321 TTA-AGTGGTTTTATAATC
* *
3170286 TTATAAATGAATTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTTGGTTAAAAATAGATCATAATTGGATGTT
1 TTATAAATGATTTTAA-TTGAA-TT-TTTTCATTTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTGGATGTT
* * * * * *
3170351 TGCCTT-GCCAAACGTCAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATATTCACTCAT
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* * * * * * * * * *
3170415 ACCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGGTTTAATTAGTTTTATAA-TCTCATAAATTATGTTAAGTTGA
126 GCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGA
* * * * * * *
3170479 A-TTTTTTAATTTTTGATTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCC-TCATGAAACGTGAAGCAA
190 ATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGCGA
* * * * * *
3170542 AAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTGTTACTCG
254 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCG
* * *
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* * * ** * * *
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1 TTATAAATGATTTT-AATTG-A--ATTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTT
* * * ** * *
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** *** * * *
3170756 GCCTTTAAAAGCCCAATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAA-TATTATAAATGATTTCAACTTGA
126 GCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGA
* * * * ** * * * *
3170820 ATTTCTTCTCAGTTTTT-GTTCAAACAGATCATTATGCGATGTTCGCATTAAGAAACTTGAAGCG
190 ATTT-TTTTCA-TTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCG
* * * * * * * *
3170884 AAAGCCATCCATTGAGAACAAAAGTGCATTTACACTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTC
253 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC
* * *
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* * * * *
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1 T-TATAAATGATTTT-AATTGAA--TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTT
* * * * * * *
3171034 TTCCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCTTTGACAAGAAAAATACATTTATAGTCACTCAT
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* ** ** *
3171098 GCCTTCAAAAGCCTAATTACT-GACTTTAAGTGGTTTTATAA-TATTATAAATGATTTCGAGTTG
126 GCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCG-CTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTG
* * ** * * * * * * *
3171161 AATTTTGTTCTTAGTTTTCATTCAAACATATCATAATGTGATGTTT-ACATCAGGAAATATGAAG
189 AATTTT-TT-TCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAG
* * * * * * ** * *
3171225 TGAAAGCCATCAATTGACAACAAAAGTCCATTTATATTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTGTCAC
251 CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTAC
*
3171290 TCTCTTTAAGTGGTTTTATAA-C
316 TCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* ** * * *
3171312 TTTATAAATGATTTTATATTGAATTGTTTTAATTTTTTATTAAAACAAATCATAATTTGATGTCT
1 -TTATAAATGATTTTA-ATTGAATT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTT
* * * * * *
3171377 GCATTGGGAAATGTGAAGCCAAAGACAT-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTGATTCATGC
63 GCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* ** * * * *
3171441 CTTCAAAAG-CTTAGTTGTTTGCTTTATA-TGGTTTCATAA-TCTTATAAATGAATTTAAGTTGA
128 CTTCGAAAGCCTT-GTTACTCGCTTTA-AGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGA
* ** * * *
3171503 ATTTGTTTTCATTTTTGGTTAAAA-ATAGATCATAATTGGATGTTTGCCTTGCCAAACGTCAAGT
190 ATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACA-A-ATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGC
* * * ** * *
3171567 GAAAGCCATCCATTAACAACAAAAGTCCATTTCTAGTTGCTTATGCCTTCAAAAGCCTAATTACT
252 GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACT
* *
3171632 AGCTTTAATTGGTTTTATAATC
317 CGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * *
3171654 TCATAAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTAATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGAT-TTTGC
1 TTATAAATGATTTTAA-TTGAATTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGC
* * * * *
3171718 CTT-GTGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCTTGCC
65 ATTAG-GAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* * *
3171782 TTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTATGTGATTTTATAATTTTCA-AAATGATTTTAAATTGAATC
129 TTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTT-ATAAATGATTTTAAATTGAAT-
** * * * * * ** * *
3171846 TTTTTTCATTTTTCTTTAAAATAGATCTTAATTTGATGTTTTCCTAGAGAAATGTGCAGCAAAAG
192 TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAG
* * * *
3171911 TCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTT
257 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTT
*
3171976 TAAGTGGTTTTATAATA
322 TAAGTGGTTTTATAATC
* * * *
3171993 TTATAAATGATTTCAACTTAAATTTTCTTCTCAGTTTTT-GTTCAAACAGATCATTA-TGCGATG
1 TTATAAATGATTTTAA-TTGAA-TTT-TT-TCA-TTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTG-GATG
* * * * * * *
3172056 TTCGCATT-GAGAAACTTGAAGCGAAAGCCATCCATTGAGAACAAAAGTGCATTTACACTCACAT
60 TTTGCATTAG-GAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-T
* * * * *
3172120 -ATGCCTTTGAAAGCCTTGTCACTCGTTTTAAGTGG-TTTATAACTTTATAAATGATTTTATATC
123 CATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATT
* * * * * * *
3172183 GAATTGTTTTAATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCG
188 GAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCG
* * * * *
3172248 AGAGCCATCCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTGACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTC
253 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC
* * *
3172313 ACTTTAAATGCTTTTATAATC
318 GCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* ** * *
3172334 TTATATATGATTTTAAATTGAATTTTTCTCATTTTTGACTAAAACAGATAATAATTTGATGTTTT
1 TTATAAATGATTTT-AATTGAATTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATG-TTT
* *
3172399 GCATTAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAATA-TCCATTTGTAGTCAATCATG
63 GCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATG
** * * * * * * * *
3172462 CCTTAAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAATTAGTTTTATAA-TCTCATAAATTATTTTTAGTTGAA
127 CCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAA
* * * *
3172526 TTTTTTTAATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGTCTT-AGGAAACATGAAGCGAA
191 TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGCGAA
* * * * * *
3172590 AGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTTATGTCTTCCAAAGCCTAGTTACTAGC
255 AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGC
* *
3172655 TTTAATTGCTTTTATAATC
320 TTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * *
3172674 TCATAAATTATGTTAAGTTGAATTTTTTAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGGATGTTTGC
1 TTATAAATGATTTTAA-TTGAATTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGC
* * * * *
3172739 CTTATGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
65 ATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
* * * *
3172804 TCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTATGTGATTTTATAATTTTAAAAATGATTTTAAATTGAATCTT
130 TCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TT
** * * * * * **
3172869 TTTTCATTTTTCTTTAAAATAGATCTTGATTTGATGTTTTCCTCAAGAAACATGAAGCGAAAGCC
194 TTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCC
* * * * * * *
3172934 ATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATCCCTTTAAAAGCCCAATTACTCACTTTA
259 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTA
*
3172999 AGTGGTTTTATAATA
324 AGTGGTTTTATAATC
* * ** * *
3173014 TTATAAATGATTTCAACTTGAATTTTCTTCTTAGTTTTCATTCAAACAGATCATTA-TGTGATGT
1 TTATAAATGATTTTAA-TTGAATTTT-TTC--ATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTG-GATGT
* * * * * * * * * *
3173078 TTACATTGGGAAATGTGAAGCGAAATCCATCCATTGAGAACAAAAGTCTATTTACACTCACACAT
61 TTGCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * *
3173143 ACCTTCGAAAGCCTTGTCACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATTTTATAAATGATTTTATATTGAA
126 GCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA
* * * * * *
3173208 TTGTTTTAATTTTTGGTTAAAATAAATCATAATTTGATGTTTTCATTGGGAAACATGAAGCGAAA
191 TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAA
* * * * **
3173273 GCCATCCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTGACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAACT
256 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCT
* *
3173338 TTAAATGCTTTTATAATC
321 TTAAGTGGTTTTATAATC
* * *
3173356 TTCTATATGATTTTAAAATTGAATTTTTCTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
1 TTATAAATGATTTT--AATTGAATTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTT
* ** * * * * * *
3173421 TCATCGGGAAACGTGAGGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAGACTCCATTTTTATTCACTCATGC
63 GCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* * * * * *
3173486 CTTCAAAAGCCTAGTTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAT
128 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * * * * ** * *
3173550 TTGTTTTCATTTTTTGTTCACACATATTATAATTGGATCATTGCCTCGAGAAACATGAAGAGAAA
192 TT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAA
** * * * * ** * *
3173615 GTTAT-CGTTGACAAGAGGAA-TCCATTTATAGTCAATTATGCCTTTGAAAGCCTCGTTACTAGC
256 GCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGC
*
3173678 TTTAAGAGGTTTTATAA-C
320 TTTAAGTGGTTTTATAATC
* * ** * * *
3173696 TTTATAAATGATTTTAAATGAATTTTGTTTAATCCTAGGTTAAAACAGATAATAATTTGATGTTT
1 -TTATAAATGATTTTAATTGAA-TTT-TTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTT
* ** * * ** * *
3173761 TCA-TAAAAAATGATGAAGCAAAAGTTATCCATTGACAAGAAGAGTCCATTTACAGTCACTCATG
63 GCATTAGGAAACG-TGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * * * * *
3173825 CCTTCGAAAGTCTTGTTGCTCACTTTAAGTAGTTTTGTAACTTTATTAATGACTTCAAATT-AAT
127 CCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA-
* * * * ** * * *
3173889 TTTTTTTTTCATTTTTGGTTCAAGCAGAGCATTTTTTAATGTTTGCATCT-AGAAACATGAAGCA
191 --TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCT-TGAGAAACATGAAGCG
* * * * * *
3173953 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-CTTTGTGTAGTCCCTCGTGCCTTCGAAAGCCTAGTTAGT
253 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACT
* * *
3174017 CACTTTAAATTGTTTTATAATC
317 CGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * *
3174039 TTACAAATGATTTCAAATTGAAATTTTTTCCATTTCTAGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTT-TAATTG-AATTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTT
* * * * * * * *
3174104 ACAATAGGAAATGTGAAGTGAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTTATAGTCACTCTTG
63 GCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCATG
* * * * * * *
3174169 GCTTGGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAGTTGAT
127 CCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGA-
* * * * * ** **
3174233 TTTTTTTTTATTTTTGGTTCAAACAGAA-CATAATTTGATGCTTGCCTTAAGAAATGTGAAGTAA
190 ATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA-AATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGA
* * * * * * *
3174297 AACCCACCCATTGACAATAAAAGTCCATTCATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTAGTAACTCA
254 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCG
3174362 CTTTAAGTGGTTTTATAA-C
319 CTTTAAGTGGTTTTATAATC
* ** * *
3174381 TCTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTCATTTTTCATTAAACCAGATCATAATTTGATGTTT
1 T-TATAAATGATTTT-AATTGA-ATTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTT
* * * * * *
3174446 GTATT-GAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCAATGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCATTCATG
63 GCATTAG-GAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
** * * * * *
3174510 CCTTCGAAAG-CTAAATTGCTCACTTTAAATGGTTTTA-AAGTCTTATAAATGATTTTAAGTTGA
127 CCTTCGAAAGCCT-TGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGA
* * * ** *
3174573 ATGTTTTTTCCTTTTTGGCTAAAACAAATTATAA-TTGCATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGCA
190 AT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTG-ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCG
* * * * * * * *
3174637 AAAGACATCCATAGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCGATAGCCTTGTTACTA
253 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC
*
3174702 GCTTTAAGTGGTATTATAA-C
318 GCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * ** * *
3174722 TTTATAAGTGATTTTAAATTGATTTTTTTTCATTTTTCATTGAAAAAAGATCATAATTTGATG-T
1 -TTATAAATGATTTT-AATTGA-ATTTTTTCATTTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTGGATGTT
** * * * * * **
3174786 T-CATATAGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCGATTAACAAGAAAATTCAATTTATAAACACTCA
62 TGCAT-TA-GGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * *
3174850 TGGCTTCGAAAGCCTAGTTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAGTTG
125 TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTG
* * * *
3174914 AATTTGTTTTTCATTTTTGGCTAAAACAGATCATAATTAGATGTTTGCCTCTGA-AAACATAAAG
189 AA-TT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCT-TGAGAAACATGAAG
* * * * * **
3174978 CAAAAGGCATCCATAGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TTA
251 CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC-TAGTTA
** *
3175042 CTTACTTTAAGAGGTTTTATAA-C
315 CTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * *
3175065 ATTATAAATTATTTTAAATGTAATTTTTTCATTTTAGGTTAAAAAAGATAATAATTTGATGTTTG
1 -TTATAAATGATTTTAATTG-AATTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTG
* * * * ** * * * *
3175130 CATCAAGAAACGTGAAACAAAAGATATCCATTAACGAGAAGAGTCCATTTCTAGTCACTCATGCC
64 CATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* * * * *
3175195 TTCAAAAGCCTTGTTTCTCGCTTTAAGTGGTTTTGTAACTTTATTAATGATTTTAAATTGACTTT
129 TTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT
* * * * ** *
3175260 TTTTCATTATTGGTTAAAACAGATCAT-ATTCGGATGCTTGCAATG-GAAA-ATGTAATGTGAAA
194 TTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATT-TGATGTTTGCCTTGAGAAACATG-AA-GCGAAA
* * *
3175322 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTGA-TCAC
256 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTT-ACTCGC
* * **
3175386 GTTAAATAATTTTATAATC
320 TTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * ** * *
3175405 TTACAAATGATTTTTGAA-AGCCTAGTTACTCACTTTACATGGTTTTATAACTTTGTAAATGATT
1 TTATAAATGA-TTTT-AATTG--AATTTTTTCA-TTT--TTGG--TTA-AA------ACA-GA--
* * ** ** * ** * * ** ** **
3175469 TTAAAATATTTTTTTCAT-TTTTTATTAAAAATAGATTATATTTTAATGTTTGGATTGGGAAACA
47 -T--CATA---ATTGGATGTTTGCATT----A-GGA--A-ACGTGAA-G---CGAAAGCCATCCA
* ** * *
3175533 -TGAAGCGAATGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCACACCTTTGAAAGCCA
94 TTG-A-C-AA-G---------------AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCT
* ** * * * **
3175597 AGTTACTCATTTTAAATGATGTTATAA-TATTATAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTTCATT
140 TGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAA--TTTTTTTCATT
* * * * ** * * *
3175661 TTTGGGTAAAACAGATCATTATTAGATGTTTATCATGGGAAA-AGTGAAGCGAAAGCCATCTATT
202 TTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACA-TGAAGCGAAAGCCATCCATT
* * * * * ** * * * **
3175725 GACAAGAAAAGACTATTTATAGTTATTTATGCCTTTGAACGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGCCT
266 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTT
3175790 TTATAATC
331 TTATAATC
* ** * * * *
3175798 TCATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTGTTTTTTGTCAAAACAAATCATAACTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAA-TTGAA-T-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTT
* * * *
3175863 GCCA-TAGGAAACATGGAGCGAAAGCCATCCACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
63 G-CATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * *
3175927 CCTTTGAAAGCCTTGTTACACACTTTAAGTGGTTTTATAACTCTATAAATGATTTTGAATTGAAT
127 CCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
** * * *
3175992 TATTTTTCATTTTTCATTAAAAAAAAATCATAATTTGATGTTTAG-ATT-AGAAAACATGAAGTG
192 T-TTTTTCATTTTTGGTT-AAAACAAATCATAATTTGATGTTT-GCCTTGAG-AAACATGAAGCG
** ** * *
3176055 AAAGCCATCCATTGATGAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGGAAGCTTAGTTACCC
253 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC
* * **
3176119 CCTTTAAATTATTTTATAATC
318 GCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * ** * * *
3176140 TCAAAAATGA-TTTAAGGTAGAATTTTTTTTTCATTTTCAGTTAAAATAGATCATAATTGGCTGC
1 TTATAAATGATTTTAA--TTGAA---TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGT
* ** * * * * *
3176204 TTGCCTTTTGAAACGTGAAGCCAAAGGCATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTTACTTAT
61 TTGCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * *
3176269 ACCTTTTG-AACCCTTG-TATTTGCTTTAAGTGGTTTTAGAACTTTATAAATGATTTTAAATTGA
126 GCC-TTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGA
* ** * * * * * * * * *
3176332 ATTTTTTTCACTTTTAATTTAAACATATCACAATTTGATATTTTCATCGAGAAACCTAAAGCGAA
190 ATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAA
* * * *
3176397 AGCTATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAA-CCTTAGTTACTCG
255 AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC-TAGTTACTCG
* *
3176461 CTTTAATTGATTTTATAATC
319 CTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * * *
3176481 TCATAAATG-TTTTAAGTAGAATTTTTTCTCATTCTTGTTTTAAACAAATCAAAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAA-TTGAA-TTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTT
* * * * * *
3176545 GCCA-TGGGAAACGTGAAGTGAAAACCATCCATTGACAAAAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAG
63 G-CATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * * * *
3176609 CCTTCAAAAGCCTTCTTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATACCTTTGTAAATAATTTTAAGTTGAA-
127 CCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* ** * * *
3176673 --TTTT-ATTTTTGGTTCAAACAAATCATAATTTGATGTTTGTATCT-AGAAACGTGGAGCAAAA
192 TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCT-TGAGAAACATGAAGCGAAA
* * * * * * * * *
3176734 GTCATCCATTCAAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCAGAAGCCTAGTAACTCACT
256 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCT
* *
3176799 TTAAGTGCTTTTATGA-C
321 TTAAGTGGTTTTATAATC
* ** * *
3176816 TTTATAAATGACTTTAAATTGAATTTTTTCATTTTTCATTAAAGACATATCATAATTTGATGTTT
1 -TTATAAATGA-TTTTAATTGAATTTTTTCATTTTTGGTTAAA-ACAGATCATAATTGGATGTTT
* * * * * ** * *
3176881 GCATTGGGAAATGTG-AGCCAAAAGTCATCTAGCGATAAGGAAAGTCCATTTATA-TCCACTCAT
63 GCATTAGGAAACGTGAAG-CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACTCAT
** ** * * **
3176944 GCCTTAAAAAGCCAAGTTACTCGCCTTAAATGGTTTTA-AACTCTTATAAATGATTTTAAGCTGA
126 GCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGA
* * ** *
3177008 ATTTTTCTCATTTTTTGTTAAAACTTATCATAATTGGATGTTT-CCTTTGAGAAACATGAAGCGA
190 ATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCC-TTGAGAAACATGAAGCGA
* * * * * *
3177072 AAGCCATCCATTGACAAGAAAATTCCA-TTATACTTAATTATGCCTTTAAAAGCC-ATGTTACTC
254 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTA-GTTACTC
* *
3177135 ACTTTAAGTGGGTTTATAA-C
318 GCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * * * * ** * *
3177155 TTTACAAATGGTTTTAAAATGATTTTTTTCTCATTTTAGGTTAAAGTAGATCTTAATTTGATGTT
1 -TTATAAATGATTTT-AATTGA-ATTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTT
* * * * * * *
3177220 TGCATTAGGAAACATGGAGTGAAAGGCATCCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTTACTCATG
62 TGCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * *
3177285 CCTTTGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAGTAGTTTTATAACTTTATAAATGATTTGAAATTGAAT
127 CCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * *
3177350 TTTTTTCATTTTT-CTTAAAAAACATATCATAATTTGATGTTTTCATT-AGAAAACATGAAGCGA
192 TTTTTTCATTTTTGGTT--AAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGCGA
* *
3177413 AAGCCATCCATTGACAAGTAAAA-TACATTTGTAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC
254 AAGCCATCCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC
*
3177477 ACTTTTAA-TGGTTTTATAATC
318 GC-TTTAAGTGGTTTTATAATC
* *
3177498 TCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGG-TCAAACAGATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAA-TTGAA--TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTT
* * * * * * * *
3177562 ACCTTGGGAAACGTAAAGCGAAAGCCATCCTTTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGC
63 GCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* * * *
3177627 CTTCAAAAACCTTGTTACAT-GCTGTAAGTGGTTTTATGACTTTATAAATGATTTTAAATTGAAG
128 CTTCGAAAGCCTTGTTAC-TCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA-
* * ** * * * * *
3177691 TTTTATTAATTTTTCATTAAAA-ATACATCATAATTTAATGTTTGCATTGGGAAACATTAAGTGA
191 TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA-A-ATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGA
* * * * * *
3177755 AATCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCACT-CCTTTAAAAGCCAAGTTACTT
254 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC
* *
3177819 GCTTTAAATGGTGTTATAATC
318 GCTTTAAGTGGTTTTATAATC
* * *
3177840 TTAAAAATGATTTTAAGTTGAATTTCTTCTCATTTTTGGTTAAAAAATATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAA-TTGAATTT-TT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTT
* * ** * *
3177905 GCCA-TGGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATACATTTATAGTCACTCATG
63 G-CATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * * *
3177969 CCTT--AAATGACCTTCTTACTCGTTTTAAGTGGTTTTATACCTTTACAAATAATTTTAAATTTA
127 CCTTCGAAA-G-CCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGA
* *
3178032 ATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAGCATATCATAA
190 ATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAA
3178065 AGCCATCCAT
Statistics
Matches: 7569, Mismatches: 1567, Indels: 691
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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377 1 0.00
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395 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
TTATAAATGATTTTAATTGAATTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCA
TTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
CGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTT
TTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCAT
CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAG
TGGTTTTATAATC
Found at i:3177171 original size:676 final size:671
Alignment explanation
Indices: 3175707--3178036 Score: 2022
Period size: 676 Copynumber: 3.4 Consensus size: 671
3175697 GGGAAAAGTG
* * * * * * * *
3175707 AAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGACTATTTATAGTTATTTATGCCTTTGAACGCC-TAG
1 AAGCGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATA-CTAATTATGCCTTTAAAAGCCAT-G
* ** * * * * * ** *
3175771 TTACTTGCTTTAAATGCCTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTGTTTTTT
64 TTACTCGCTTTAAATGGGTTTATAATCTTAAAAATGGTTTTAAGTAGAATT-TTTTCTCATTTTG
* * * * * * * *
3175836 GTCAAAACAAATCATAACTGGATGTTTGCCATAGGAAACATGGAGCGAAAGCCATCCACTAACAA
128 GTTAAAA-AAATCATAATTGGATGTTTGCCATGGGAAACATGAAGTGAAAACCATCCATTGACAA
* * * * * *
3175901 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACACACTTTAAGTGGTTTTATA
192 AAAAAGTACATTTATAGTCACTCATGCC-TTAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATA
* * * * *
3175966 ACTCTATAAATGATTTTGAATTGAATTATTTTTCATTTTTCATTAAAAAAAAATCATAATTTGAT
256 CCTTTATAAATAATTTTAAATTG-A--A-TTTTCATTTTTC-TTAAAAACAAATCATAATTTGAT
** ** * ** * *
3176031 GTTTAGATTAGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGATGAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTC
316 GTTTTCATTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTCAAAAGTAAAATACATTTATAGTCACTC
* ** * * * * * ** * * *
3176095 ATGCCTTCGGAAGCTTAGTTACCCCCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAAATGA-TTTAAGGTA
381 AAGCCTTCAAAAGCCTAGTAACTCACTTTTAATGCTTTTATAATCTCATAAATGACTTTAA-ATT
* * * * * * ** *
3176159 GAATTTTTTTTTCATTTTCAGTTAAAATAGATCATAATTGGCTGCTTGCCTTTTGAAACGTGAAG
445 GAA--TTTTTTTCATTTTTAG-TAAAACAGATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACGTAAAG
* * * * * ** * * *** * **
3176224 CCAAAGGCATCCAT-TGACAAGAAATGTCCATTTATAGTTACTTATACCTTTTGAACCCTTG-TA
507 CAAAAGCCATCC-TGCGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAACCAAGTTA
** * *
3176287 TTTGCTTTAAGTGGTTTTAGAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCACTTTTAATTT
571 CATGC-TTAAGTGGTTTTAGAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTCATTTTTAATTA
* * * * * *
3176352 AAACATATCACAATTTGATATTTTCATCGAGAAACCTA
634 AAACTTATCATAATTTGATGTTTCCATTGAGAAACATA
* * * * ** *
3176390 AAGCGAAAGCTATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAA-CCTTAG
1 AAGCGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATA-CTAATTATGCCTTTAAAAGCCAT-G
* ** * *
3176454 TTACTCGCTTTAATTGATTTTATAATCTCATAAAT-GTTTTAAGTAGAATTTTTTCTCATTCTTG
64 TTACTCGCTTTAAATGGGTTTATAATCTTAAAAATGGTTTTAAGTAGAATTTTTTCTCATT-TTG
* * * *
3176518 TTTTAAACAAATCAAAATTGGATGTTTGCCATGGGAAACGTGAAGTGAAAACCATCCATTGACAA
128 -GTTAAAAAAATCATAATTGGATGTTTGCCATGGGAAACATGAAGTGAAAACCATCCATTGACAA
* *
3176583 AAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATA
192 AAAAAGTACATTTATAGTCACTCATGCCTT-AAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATA
* * * *
3176648 CCTTTGTAAATAATTTTAAGTTGAATTTT-ATTTTTGGTT-CAAACAAATCATAATTTGATGTTT
256 CCTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTTTCATTTTT-CTTAAAAACAAATCATAATTTGATGTTT
* * * *
3176711 GT-ATCTAG-AAACGTGGAGCAAAAGTCATCCATTCAAAAG-AAAAGT-CAATTTATAGTCCCTC
320 -TCAT-TAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTCAAAAGTAAAA-TAC-ATTTATAGTCACTC
* * *
3176772 AAGCCTTCAGAAGCCTAGTAACTCAC-TTTAAGTGCTTTTATGA-CTTTATAAATGACTTTAAAT
381 AAGCCTTCAAAAGCCTAGTAACTCACTTTTAA-TGCTTTTATAATC-TCATAAATGACTTTAAAT
* * * * * *
3176835 TGAA-TTTTTTCATTTTTCATTAAAGACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGT-GAG
444 TGAATTTTTTTCATTTTT-AGTAAA-ACAGATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACGTAAAG
* * * *
3176898 CCAAAAGTCAT-CTAGCGATAAGGAAAGTCCATTTATATCCACTCATGCCTT-AAAAAGCCAAGT
507 -CAAAAGCCATCCT-GCGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAA-CCAAGT
* ** *
3176961 TAC-TCGCCTTAAATGGTTTTA-AACTCTTATAAATGATTTTAAGCTGAATTTTTCTCATTTTTT
569 TACAT-G-CTTAAGTGGTTTTAGAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTT-TCATTTTTA
* * * *
3177024 GTTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTCCTTTGAGAAACATG
630 ATTAAAACTTATCATAATTTGATGTTTCCATTGAGAAACATA
* *
3177066 AAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAATTCCA-TTATACTTAATTATGCCTTTAAAAGCCATGT
1 AAGCGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAC-TAATTATGCCTTTAAAAGCCATGT
* * * * *
3177130 TACTCACTTTAAGTGGGTTTATAA-CTTTACAAATGGTTTTAA-AATGATTTTTTTCTCATTTTA
65 TACTCGCTTTAAATGGGTTTATAATC-TTAAAAATGGTTTTAAGTA-GAATTTTTTCTCATTTT-
* * * * * * **
3177193 GGTTAAAGTAGATCTTAATTTGATGTTTG-CATTAGGAAACATGGAGTGAAAGGCATCCATTGAC
127 GGTTAAA-AAAATCATAATTGGATGTTTGCCA-TGGGAAACATGAAGTGAAAACCATCCATTGAC
* * * * * *
3177257 AACAAAAGT-CTATTTATAGTTACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAGTAGTTTT
190 AAAAAAAGTAC-ATTTATAGTCACTCATGCC-TTAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAGTGGTTTT
* * * *
3177321 ATAACTTTATAAATGATTTGAAATTGAATTTTTTTCATTTTTCTTAAAAAACATATCATAATTTG
253 ATACCTTTATAAATAATTTTAAATTGAA---TTTTCATTTTTCTT-AAAAACAAATCATAATTTG
* * * *
3177386 ATGTTTTCATTAGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGTAAAATACATTTGTAGTCAC
314 ATGTTTTCATTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTCAAAAGTAAAATACATTTATAGTCAC
* * * * *
3177451 TCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGT
379 TCAAGCCTTCAAAAGCCTAGTAACTCACTTTTAATGCTTTTATAATCTCATAAATGACTTTAAAT
* * *
3177516 TGAATTTTTTTTCATTTTTGGTCAAACAGATCATAATTGGATGTTTACCTTGGGAAACGTAAAGC
444 TGAA-TTTTTTTCATTTTTAGTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACGTAAAGC
* *** **
3177581 GAAAGCCATCCTTTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAACCTTGTTACA
508 AAAAGCCATCCTGCGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAACCAAGTTACA
* *
3177646 TGCTGTAAGTGGTTTTATG-ACTTTATAAATGATTTTAAATTGAAGTTTTATTAATTTTTCATTA
573 TGCT-TAAGTGGTTTTA-GAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTT-TTCATTTTTAATTA
* * * * * *
3177710 AAAATACATCATAATTTAATGTTTGCATTGGGAAACATT
634 AAACT-TATCATAATTTGATGTTTCCATTGAGAAACATA
* * * * *
3177749 AAGTGAAATCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCACT-CCTTTAAAAGCCAAG
1 AAGCGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATACTAATT-A-TGCCTTTAAAAGCCATG
* * * *
3177813 TTACTTGCTTTAAAT-GGTGTTATAATCTTAAAAATGATTTTAAGTTGAATTTCTTCTCATTTTT
64 TTACTCGCTTTAAATGGGT-TTATAATCTTAAAAATGGTTTTAAGTAGAATTTTTTCTCA-TTTT
3177877 GGTTAAAAAATATCATAATTGGATGTTTGCCATGGGAAACATGAAGT-AAAAGCCATCCATTGAC
127 GGTTAAAAAA-ATCATAATTGGATGTTTGCCATGGGAAACATGAAGTGAAAA-CCATCCATTGAC
* *
3177941 AAGAAAAA-TACATTTATAGTCACTCATGCCTTAAATGACCTTCTTACTCGTTTTAAGTGGTTTT
190 AA-AAAAAGTACATTTATAGTCACTCATGCCTTAAAAG-CCTTCTTACTCGCTTTAAGTGGTTTT
* *
3178005 ATACCTTTACAAATAATTTTAAATTTAATTTT
253 ATACCTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTTT
3178037 TTTCATTTTT
Statistics
Matches: 1327, Mismatches: 250, Indels: 142
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
673 1 0.00
674 23 0.02
675 131 0.10
676 301 0.23
677 68 0.05
678 9 0.01
679 7 0.01
680 12 0.01
681 235 0.18
682 181 0.14
683 170 0.13
684 176 0.13
685 13 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (671 bp):
AAGCGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATACTAATTATGCCTTTAAAAGCCATGTT
ACTCGCTTTAAATGGGTTTATAATCTTAAAAATGGTTTTAAGTAGAATTTTTTCTCATTTTGGTT
AAAAAAATCATAATTGGATGTTTGCCATGGGAAACATGAAGTGAAAACCATCCATTGACAAAAAA
AGTACATTTATAGTCACTCATGCCTTAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATACCTTT
ATAAATAATTTTAAATTGAATTTTCATTTTTCTTAAAAACAAATCATAATTTGATGTTTTCATTA
GAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTCAAAAGTAAAATACATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
AAGCCTAGTAACTCACTTTTAATGCTTTTATAATCTCATAAATGACTTTAAATTGAATTTTTTTC
ATTTTTAGTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCTG
CGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAACCAAGTTACATGCTTAAGTGGTT
TTAGAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTCATTTTTAATTAAAACTTATCATAATTTG
ATGTTTCCATTGAGAAACATA
Found at i:3178752 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 3178745--3178782 Score: 67
Period size: 2 Copynumber: 19.0 Consensus size: 2
3178735 ATAATAATAG
*
3178745 TA TA TA TA TA AA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
3178783 GATAAAGATA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 34 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:3196339 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3195998--3197588 Score: 1302
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 171
3195988 TCGTGACACG
* * * * *
3195998 TGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTATGAGGTTTTATAA-TGTTATAAATGATTTTAAATTG
1 TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTG
* * * * * * *
3196062 AATATTTTTTCATTTTAGGTTAAAACAAATAATAATTTAATGTTTGCA-TCAGGAA-ATGGGAAG
65 AATTTTTTTTCATTTTCGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACAT--GAAG
* ** * * * *
3196125 CAAAAGATATCCATTGATAAGAAGAGTCTAATTATAGTCACTCA
128 CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * * **
3196169 TACCTTCAAAAGCCTTGTTATTCACTTTAAGTGATTTTGTAACTTTATTAACAATTTTAAATTG-
1 TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGA
* ** * * *
3196233 ATTTTTTTTCAGTTTCCATTAAAAACATATCATAATTTGATGCTTGCATTGGGAAACACT-TAGC
66 ATTTTTTTTCATTTTCGGTT-AAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACA-TGAAGC
* *
3196297 GAAAGCCATCCCTTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
129 GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * ** * ** * *
3196340 CGTCTTCAAAAGCCAAGTTACTCACTTTAAATGGTGATATAA-TCTTATGAATGATTTTAAGTTG
1 TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTG
* * * * * *
3196404 AATTTTTTCTCATTTTTGTTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTTCCA-TAAGAAACATGAAGC
65 AATTTTTTTTCATTTTCGGTTAAAACATATCATAATTTGATG-TTTGCATTGAGAAACATGAAGC
* * *
3196468 GAAAGCCAACCATTGACAAGAAAAGTACATTTAT--T-AGTCA
129 GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * ** *
3196508 TGCCTTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATACCTTTGCAAATGATTTTAAGTTGA
1 TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGA
* * * * * * * * * * *
3196573 ATTTTTTTTCATTTTTGGCTAAAATAGATCGTAATTTGTTATTAGGATTGAGAAACAGGAAGTGA
66 ATTTTTTTTCATTTTCGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGCGA
* * *
3196638 AAGCCATCCATTGACAACAAAAGACAATTTATAGTCACTCA
131 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * * * *
3196679 AGCTTTCGGAAGCCTAGTAACTCACTTCAAGTGGTTTTATACCTTTATTAATGATTTTAAATTGA
1 TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGA
* ** * * *
3196744 ATTTTCTTTCATTTTCCATTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATCGA
66 ATTTTTTTTCATTTTCGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGCGA
* * * * *
3196809 AAGCCATCTAGTGACATGAAAAGTCCATTTATATTCACCCA
131 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* ** * ** * * * * **
3196850 TGCCCTCGAAAGCCAAGTTAGTTGCTTTAAATGGCTTTA-AAATCTTACAAATGATTTTATGTTG
1 TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTG
* **
3196914 -ATTTTTTTTCACTTTT-GGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCCCTGTA-AAACATGAAG
65 AATTTTTTTTCA-TTTTCGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATTG-AGAAACATGAAG
** ** *
3196976 CGGCAGATAGT-CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
128 CGAAAGCCA-TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * *
3197020 CGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAACTTTACAAATGATTTTAAATTGA
1 TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGA
* * * * * * *
3197085 A-TTTTCTTCA-TCTCAAGTTAAAGCAAATCATAATTTGATGTTTACATCGAGAAACATGAAGCG
66 ATTTTTTTTCATTTTC-GGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGCG
* * * *
3197148 AAAGCCATCCACT-AGCATGAAAAGTCCATTTATGGTCACTTA
130 AAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* ** * *
3197190 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGAGGTTTTACAA-TGTTATAAATGATTTTAAATTG
1 TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTG
* * ** * **
3197254 AATTATTTTTTCATTTTAGGTTAAAGCATAAAATAATTTTATGTTTGCATT-AGGAAATGTGAAG
65 AATT-TTTTTTCATTTTCGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGA-GAAACATGAAG
* * ** *
3197318 CCACAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA
128 CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * * *
3197362 TTCCTTCGAAAGCCTTGTCACTCGCTTTAAGTGGCTTTGTTACTTTATTAATGATTTTAAATTGA
1 TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGA
* * * * * * * *
3197427 A-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCAT-ATTTGATGTTTACATCGAGAAACGTAAAGCTA
66 ATTTTTTTTCATTTTCGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGCGA
* **
3197490 AAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCA
131 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
** * * * ** * *
3197531 TGAATTCGAAAGCCTAGTTAGTCATTTTAAACGGTTTTGTAA-TCTTAAAAATGATTTT
1 TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTT
3197589 TGAAAGCCTA
Statistics
Matches: 1113, Mismatches: 273, Indels: 70
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 129 0.12
169 107 0.10
170 303 0.27
171 410 0.37
172 155 0.14
173 5 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGA
ATTTTTTTTCATTTTCGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGCGA
AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
Found at i:3197373 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 3195998--3197526 Score: 1272
Period size: 510 Copynumber: 3.0 Consensus size: 509
3195988 TCGTGACACG
* * * * *
3195998 TGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTATG-AGGTTTTATAA-TGTTATAAATGATTTTAAATT
1 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTA-GTTTTATAACT-TTACAAATGATTTTAAATT
* * * * * ** * * **
3196061 GAATATTTT-TTCATTTTAGGTTAAAACAAATAATAATTTAATGTTTGCATC-AGGAAATGGGAA
64 GAAT-TTTTCTTCATCTCAAGCTAAAACAAATCATAATTTGTTATTAGCATCGA-GAAACAGGAA
* ** * * * * * * *
3196124 GCAAAAGATATCCATTGATAAGAAGAGTCTAA-TTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTGT
127 GCGAAAGCCATCCATAGACAACAAAAGAC-AATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTAGT
* * * * * * ** * * *
3196187 TATTCACTTTAAGTGATTTTGTA-AC-TTTATTAACAATTTTAAATTG-ATTTTTTTTCAGTTTC
190 AACTCACTTCAAGAG-GTTT-TACACATTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTCTTTCATTTTA
** * * * * * *
3196249 CATTAAAAACATATCATAATTTGATGCTTGCATTGGGAAACACT-TAGCGAAAGCCATCCCTTGA
253 CATT-AAAACATAAAATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACA-TGAAGCCAAAGACATCCATTGA
* * * *
3196313 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGT-CTTCAAAAGCCAAGTTACTCACTTTAAATGG-TG
316 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TTCCTTCGAAAGCCAAGTTACTCGCTTTAAATGGCT-
* * * *
3196376 ATATAATCTTATGAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTCTCATTTTTGTTTAAAACATATCATAATT
379 TTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATCATAATT
* *
3196441 GGATGTTTTCCATAAGAAACATGAAGCGAAAGCCAACCATTGACAAGAAAAGTACATTTATTAGT
443 GGATGTTTGCCATAAGAAACATGAAGCGAAAGACAACCATTGACAAGAAAAGTACATTTATTAGT
3196506 CA
508 CA
* * * * *
3196508 TGCCTTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATACCTTTGCAAATGATTTTAAGTTGA
1 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTATAACTTTACAAATGATTTTAAATTGA
* * *** * * * * * *
3196573 ATTTTTTTTCATTTTTGGCTAAAATAGATCGTAATTTGTTATTAGGATTGAGAAACAGGAAGTGA
66 ATTTTTCTTCATCTCAAGCTAAAACAAATCATAATTTGTTATTAGCATCGAGAAACAGGAAGCGA
* * *
3196638 AAGCCATCCATTGACAACAAAAGACAATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGGAAGCCTAGTAACTCA
131 AAGCCATCCATAGACAACAAAAGACAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTAGTAACTCA
* * * * *
3196703 CTTCAAGTGGTTTTATACCTTTATTAATGATTTTAAATTGAATTTTCTTTCATTTTCCATTAAAA
196 CTTCAAGAGGTTTTACACATTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTCTTTCATTTTACATTAAAA
** * * * * * * * *
3196768 CATATCATAATTTGATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATCGAAAGCCATCTAGTGACATGAAAAGT
261 CATAAAATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCCAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGT
* * * * * * * *
3196833 CCATTTATATTCACCCATGCCCTCGAAAGCCAAGTTAGTTGCTTTAAATGGCTTTAAAATCTTAC
326 CCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCAAGTTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTTAT
* * *
3196898 AAATGATTTTATGTTGATTTTTTTTCACTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCCCT
391 AAATGATTTTAAGTTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCCAT
* ** * **
3196963 GTA-AAACATGAAGCGGCAGATAGTCATTGACAAGAAAAGT-CTATTTA-TAGTCA
456 -AAGAAACATGAAGCGAAAGACAACCATTGACAAGAAAAGTAC-ATTTATTAGTCA
*
3197016 CTCACGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAACTTTACAAATGATTTTAAA
1 -T---GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTATAACTTTACAAATGATTTTAAA
* * *
3197081 TTGAA-TTTTCTTCATCTCAAGTTAAAGCAAATCATAATTTGATGT-TTA-CATCGAGAAACATG
62 TTGAATTTTTCTTCATCTCAAGCTAAAACAAATCATAATTTG-T-TATTAGCATCGAGAAACAGG
** * * * * *
3197143 AAGCGAAAGCCATCCACTAG-CATGAAAAGTCCATTTATGGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTA
125 AAGCGAAAGCCATCCA-TAGACAACAAAAGACAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC-TA
* ** * *
3197207 -TTACTTGCTTTAAGAGGTTTTACA-ATGTTATAAATGATTTTAAATTGAATTATTTTTTCATTT
188 GTAACTCACTTCAAGAGGTTTTACACAT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTCTTTCATTT
** * * ** * *
3197270 TAGGTTAAAGCATAAAATAATTTTATGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCCACAGATATCCATTGA
251 TACATTAAAACATAAAATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCCAAAGACATCCATTGA
* ** * *
3197335 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCGAAAGCCTTGTCACTCGCTTTAAGTGGCTTT
316 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCAAGTTACTCGCTTTAAATGGCTTT
* * * * * * * *
3197400 GTTA-CTTTATTAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCAT-ATTTG
381 ATAATC-TTATAAATGATTTTAAGTTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGG
* * * * * * * **
3197463 ATGTTT-ACATCGAGAAACGTAAAGCTAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTA-TAGTC
445 ATGTTTGCCAT-AAGAAACATGAAGCGAAAGACAACCATTGACAAGAAAAGTACATTTATTAGTC
3197526 A
509 A
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TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTATAACTTTACAAATGATTTTAAATTGA
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AAGCCATCCATAGACAACAAAAGACAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTAGTAACTCA
CTTCAAGAGGTTTTACACATTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTCTTTCATTTTACATTAAAA
CATAAAATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCCAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCAAGTTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTTAT
AAATGATTTTAAGTTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCCAT
AAGAAACATGAAGCGAAAGACAACCATTGACAAGAAAAGTACATTTATTAGTCA
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3198766 ATATTGCCCG
*
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* * * * **
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1 TGTGCACGATGTGGGGGGATGTACACAATGACATTAAC-A
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1 TGTGCACGATGTGGGGGGATGTACA
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TGTGCACGATGTGGGGGGATGTACACAATGACATTAACA
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3201587 CAAGATACTA
**
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* * * *
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*
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AATTGACATAATATAAACTATTGGAAATAATTATGAAAATGGGGGAAGAATAAATTCTAGAATTT
TGAAGTAATGATGTGAGCATAAGTAGAATGATCAAGATAGACAAAATCATGATGATACTAAGTTG
AAGTGGTTAAACTATTTGAGTTATAAGATAAGAT
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3206542 GGCAGCATAA
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1 CATGGCTAATATAGTACTAACCAACCTGTCAATGTAAGACAAAACAATTTATATAATTCACAAAA
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66 CCACAATTTCAGCCATTCATGCTACCACAATTTCATAAGCCATCAATTCAAATCATGTATATATA
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*
3206718 NCATGGCTAATATAGTACTATCCAACCTGTCAATGTAAGACAAAACAATTTATATAATTCACAAA
1 -CATGGCTAATATAGTACTAACCAACCTGTCAATGTAAGACAAAACAATTTATATAATTCACAAA
3206783 ACCACAATTTCAGCCATTCATGCTACCACAATTTCATAAGCCATCAATTCAAATCATGTATATAT
65 ACCACAATTTCAGCCATTCATGCTACCACAATTTCATAAGCCATCAATTCAAATCATGTATATAT
3206848 ATATATATATAATACGAATGTATAGCCTCCACTTACT
130 ATATATATATAATACGAATGTATAGCCTCCACTTACT
3206885 TTATTTCGAA
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CATGGCTAATATAGTACTAACCAACCTGTCAATGTAAGACAAAACAATTTATATAATTCACAAAA
CCACAATTTCAGCCATTCATGCTACCACAATTTCATAAGCCATCAATTCAAATCATGTATATATA
TATATATATAATACGAATGTATAGCCTCCACTTACT
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3222091 TTTTGACCCC
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*
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ATTTGACTTATTGGAGTATA
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*
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TTTTC
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3225324 ATTTTCCCTC
* *
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*
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CAAAAATTAACAACCAAAACAA
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3225382 GTACAACCTT
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* * * *
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CAAAATCAGCTAGCAAAATTACACTTCTCAGCCTC
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3228591 GGCATAAATA
* *
3228601 TCAAAGTTTCTAGCAAGTTCT
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1 TCAAAGTTTCCAGCAACTTCT
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1 TC
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Statistics
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3229372 ATATTGCCTG
* * *
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**
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1 TGTGCACGATGTGGGGGGATGC
3229482 TCATGAGCTG
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TGTGCACGATGTGGGGGGATGCACACGATGACCAATTA
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3230709 TGTGACACCT
* *
3230719 AGTTACTCGTTTTACATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGA-TTTTTTTTCACTTT
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* * * * * * *
3230783 TCATTAAAAACATATCATAATTTGATGTTTG-GATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTT
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* *
3230847 ACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCACACCTTTGAAAGCCA
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* *
3230890 AGTTACTCTTTTTAAATAGTTTTATAATATTATAAATGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTCATTTT
1 AGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAAT-TTATAAATGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTCATTTT
* * * *** * *
3230955 TGGGT-AAAAGAGATCATTATTGGATGTTTGCCATGGGAAGTGTTAAGCGAAAGCCATCCATTGA
65 T-AGTAAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCCATGGGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTTA
* * * ** * * *
3231019 TAAGAAATGTCCATTTATAGTAACTCATGCCTTCGTAAGTCT
129 CAAGAAAAGTACATTTATAGTAACTCACACCTTCGAAAGCCA
* * * *
3231061 AGTTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTAAATTCTTTTTTCATTT
1 AGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAAT-TTATAAATGATTTTAAGTT-GATTTTTTTTTCATTT
* * *
3231126 TTTGTCAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCC-TCGGGAAACATAAAACGAAAGCCATCCATTT
64 TTAGTAAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCCAT-GGGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTT
* ** * * * * **
3231190 A-TA-ATCACT-CATGCCT-TCG-GA---AC-CCTT-GTTA-CTCA
128 ACAAGAAAAGTACAT--TTATAGTAACTCACACCTTCGAAAGC-CA
** * * * * *
3231225 CTTTATGTAGTTTT--AT------A-ACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTT-A-TTT
1 AGTTA-CTCGTTTTAAATGGTTTTATAATTTATAAATGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTCATTTT
** * * ** * ** * * *
3231279 TAGGTTGAAATAGATCATAATTTGATG-TTGGTACTTGGAAATGTGAAGTGAAAGCCATCCATTA
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* * * * * *** ** *
3231343 ACATGGAAAGTCCTTTTAAAACCACTCATGCCTTC-AAACTCCTA
128 ACAAGAAAAGTACATTTATAGTAACTCACACCTTCGAAA-GCC-A
** * * * * *
3231387 A-TTACTCACCTTT-AATGGTTGTACAATCTTATAAATGGTTTTAAGTTGAATTTTGTTTCTATT
1 AGTTACTC-GTTTTAAATGGTTTTATAAT-TTATAAATGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTC-ATT
* * * * ** ** * *
3231450 TTTAGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTG-CATCGAGAAATGTGGAGCAAAAGCCATCGATT
63 TTTAGTAAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCCAT-GGGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATT
* * * * * * * *
3231514 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTAATGA-TTTCGAAAGCCT
127 TACAAGAAAAGTACATTTATAGTAACTCA-CACCTTCGAAAGCCA
** *** *** * * *
3231558 TTTTACTTACTTTAAGCAGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTGTTTTTCA-TTT
1 AGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA-TTTATAAATGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTCATTTT
* * * * ** * *
3231622 TAGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTG-TATTAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA
65 TA-GTAAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCCATGGGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTTA
* * * * * * *
3231686 CAAGAAAGGTCCTTTTATAGTTACTCATC-CTTTCGAACGCCT
129 CAAGAAAAGTACATTTATAGTAACTCA-CACCTTCGAAAGCCA
* * ** *
3231728 AGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTT-ATTT
1 AGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAAT-TTATAAATGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTTCATTT
* * ** * * * * *
3231792 TT-TTTAAAGTAGATCATAATTAGATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
64 TTAGTAAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCCATGGGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTTA
** * * * *
3231856 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGA-ATTCGAAAGCCT
129 CAAGAAAAGTACATTTATAGTAACTCA-CACCTTCGAAAGCCA
* ** * * *
3231898 AGTTAATCACTTTAAACGATTTTATAATCTTACAAATGATTTT
1 AGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAAT-TTATAAATGATTTT
3231941 TGAAAGCCTA
Statistics
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AGTAAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCCATGGGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTTACA
AGAAAAGTACATTTATAGTAACTCACACCTTCGAAAGCCA
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3231173 ACGAAAGCCA
* * * * * *
3231183 TCCATTTATAATCACTCATGCCTTCGGAACCCTTGTTACTCACTTTATGTAGTTTTATAA-CTTT
1 TCCATTTATAGTCACTCAT-CCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAG-CGTTTTATAATC-TT
* * * * *
3231247 ATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTATTTTAGGTTGAAATAGATCATAATTTGATGTTGGTA
63 ATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTAGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCA
* ** ** * * *
3231312 CTTGGAAATGTGAAGTGAAAGCCATCCATTAACATGGAAAG
128 -TTAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * ** * * * *
3231353 TCCTTTTAAAACCACTCATGCCTTC-AAACTCCTAATTACTCACCTTTAATG-GTTGTACAATCT
1 TCCATTTATAGTCACTCAT-CCTTCGAAA-GCCTAGTTACTCA-CTTTAA-GCGTTTTATAATCT
* * *
3231416 TATAAATGGTTTTAAGTTGAATTTTGTTTCTATTTTTA-GTTAAAACAAATCATAATTTGATGTT
62 TATAAATGATTTTAAATTGAATTTT-TTTC-A-TTTTAGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* ** * *
3231480 TGCATCGAGAAATGTGGAGCAAAAGCCATCGATTGACAAGAAAAG
124 TGCAT-TAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * ** ** *
3231525 TCCATTTATAGTCATTAATGATTTCGAAAGCCTTTTTACTTACTTTAAGCAGTTTTATAA-CTTT
1 TCCATTTATAGTCACTCAT-CCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAGC-GTTTTATAATC-TT
* *
3231589 ATAAATGATTTTAAATTGAATTGTTTTTCATTTTAGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGT
63 ATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATTTTAGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGC
* *
3231654 ATTAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAGG
127 ATTAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * ** *
3231695 TCCTTTTATAGTTACTCATCCTTTCGAACGCCTAGTTACTTGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACTCATCC-TTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTT-AA-GCGTTTTATAATCTT
* * * ** ** *
3231759 GTAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTATTTT-TTTTAAAGTAGATCATAATTAGATGTTTGC
63 ATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATTTTAGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGC
* *
3231823 CTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
127 ATT-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* ** * *
3231865 CCCATTTATAGTCACTCATGAATTCGAAAGCCTAGTTAATCACTTTAAACGATTTTATAATCTTA
1 TCCATTTATAGTCACTCAT-CCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAGCG-TTTTATAATCTTA
*
3231930 CAAATGATTTT
64 TAAATGATTTT
3231941 TGAAAGCCTA
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
TCCATTTATAGTCACTCATCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAGCGTTTTATAATCTTATA
AATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTAGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTA
GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
Found at i:3232234 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
3231959 TTTTACGTGA
*
3231969 TTTTATAACTTTATAAATGATTTCAAATT-AATTTTTTTTTTCACTTTTCAATAAAACAGATCAT
1 TTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA---TTTTTTTCACTTTTCAATAAAACAGATCAT
* * * *
3232033 AATTTGATGTTTTCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTACTTAT
63 AATTTGATGTTTGCATTACGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
3232098 AGTCACTCAAGCCTACAAAAGCCTTTTTGCTTACTTTAAGTGG
128 AGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * * * *
3232141 TTTTATCACTTCATAAATGATTTTAAATTGAATTGTTTGTCATTTTTCATTAAAACATATCATAA
1 TTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCACTTTTCAATAAAACAGATCATAA
* * * * *
3232206 TTTTATGTTTGCATTGA-GAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATT
65 TTTGATGTTTGCATT-ACGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
3232270 GTCAATTATGCCTTCGAAAA-CCTAATTACTCGCTTTAAATGG
129 GTCACTCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * ** * *
3232312 TTTTA-AAATATTATAAATAATTTTAAGCTGAATTTTTTTCA-TTTTCAGATAAAACATATTATA
1 TTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCACTTTTCA-ATAAAACAGATCATA
* * * * *
3232375 ATTGGATGTTTGCCTCACGAAACGTGAA-CTGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTGT
64 ATTTGATGTTTGCATTACGAAACGTGAAGC-GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
3232439 AGTCACTCACA-CCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGG
128 AGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * * *
3232482 TTTTATAA-TCTTATATATGATTTTAAAATTGAGTTTTTCTCACTTTTCATTCAAACAGATCATA
1 TTTTATAACT-TTATAAATGATTTT-AAATTGAATTTTTTTCACTTTTCAATAAAACAGATCATA
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64 ATTTGATGTTTGC
3232559 TGTCATGACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
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TTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCACTTTTCAATAAAACAGATCATAAT
TTGATGTTTGCATTACGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
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Alignment explanation
Indices: 3231577--3232335 Score: 936
Period size: 395 Copynumber: 1.9 Consensus size: 391
3231567 CTTTAAGCAG
* * *
3231577 TTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTGTTTTTCATTTTAGGTTAAAACATATCATAA
1 TTTTATAACTTTATAAATGATTTCAAATTGAATTGTTTTTCATTTTA-GATAAAACAGATCATAA
* *
3231642 TTTGATGTTTGTATTAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAGGTCCTTTTATAGT
65 TTTGATGTTTGTATTAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCTCTTATAGT
* * * * * * *
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130 CACTCAGCCTTACAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTA
* * * * ** * *
3231772 AGTTGAATTGTTTTTTATTTTTTTTAAAGTAGATCATAATTAGATGTTTGCCTTGGGAAACATGA
195 AATTGAATTGTTTGTCATTTTTATTAAAACAGATCATAATTAGATGTTTGCATTGAGAAACATGA
* * *
3231837 AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGAATTCGAAAGCCTAGTT
260 AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAATCATGAATTCGAAAACCTAATT
* * *
3231902 AATCACTTTAAACGATTTTATAATCTTACAAATGATTTTTGAAAGCCTAGTTACTCGTTTTACGT
325 AATCACTTTAAACGATTTTAAAATATTACAAATAATTTTTGAAAGCCTAGTTACTCGTTTTACGT
3231967 GA
390 GA
*
3231969 TTTTATAACTTTATAAATGATTTCAAATT-AATTTTTTTTTTCACTTTTCA-ATAAAACAGATCA
1 TTTTATAACTTTATAAATGATTTCAAATTGAA--TTGTTTTTCA-TTTT-AGATAAAACAGATCA
*
3232032 TAATTTGATGTTT-TCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-CTACT
62 TAATTTGATGTTTGT-ATTA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCT-CT
** * * *
3232095 TATAGTCACTCAAGCC-TACAAAAGCCTTTTTGCTTACTTTAAGTGGTTTTATCA-CTTCATAAA
124 TATAGTCACTC-AGCCTTACAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAAA
* **
3232158 TGATTTTAAATTGAATTGTTTGTCATTTTTCATTAAAACATATCATAATTTTATGTTTGCATTGA
187 TGATTTTAAATTGAATTGTTTGTCATTTTT-ATTAAAACAGATCATAATTAGATGTTTGCATTGA
** * * * * **
3232223 GAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCAATTATGCCTTCGAA
251 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAATCATGAATTCGAA
* * * * *
3232288 AACCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATATTATAAATAATTTT
316 AACCTAATTAATCACTTTAAACGATTTTAAAATATTACAAATAATTTT
3232336 AAGCTGAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (391 bp):
TTTTATAACTTTATAAATGATTTCAAATTGAATTGTTTTTCATTTTAGATAAAACAGATCATAAT
TTGATGTTTGTATTAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCTCTTATAGTC
ACTCAGCCTTACAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAA
ATTGAATTGTTTGTCATTTTTATTAAAACAGATCATAATTAGATGTTTGCATTGAGAAACATGAA
GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAATCATGAATTCGAAAACCTAATTA
ATCACTTTAAACGATTTTAAAATATTACAAATAATTTTTGAAAGCCTAGTTACTCGTTTTACGTG
A
Found at i:3236547 original size:43 final size:43
Alignment explanation
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3236489 TCACCAGCTC
*** **
3236499 ATGCGCACTCCCTACTCGCACATGGTTGGGTCATCAC-CGGGTT
1 ATGCGCACTCCCTACTCGCACATAACTGGGTCATC-CTCGACTT
* *
3236542 ATGCGCACTCCCTACTCACACACAACTGGGTCATCCTCGACTT
1 ATGCGCACTCCCTACTCGCACATAACTGGGTCATCCTCGACTT
* *
3236585 ATGCGCACTCTCTACTTGCACATA
1 ATGCGCACTCCCTACTCGCACATA
3236609 GCCGAGTCAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 11, Indels: 2
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 1 0.02
43 54 0.98
ACGTcount: A:0.21, C:0.35, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (43 bp):
ATGCGCACTCCCTACTCGCACATAACTGGGTCATCCTCGACTT
Found at i:3237231 original size:141 final size:139
Alignment explanation
Indices: 3236960--3237234 Score: 478
Period size: 141 Copynumber: 2.0 Consensus size: 139
3236950 CTAAAAACTA
* *
3236960 TCTCTTAGCTAGTTTTGAATTGCCACATTAAATGGCCATCTATGTTCACTATCTTAATCACTAAA
1 TCTCTTAGCTAGCTTTCAATTGCCACATTAAATGGCCATCTATGTTCACTATCTTAATCACTAAA
3237025 AGTAATGAACATACTCAACAATAAAACAGCTCATAAATCCCAATTACTAGCCATTTTCTGCAGCT
66 AGTAATGAACATACTCAACAATAAAACAGCTCATAAATCCCAATTACTAGCCATTTTCTGCAGCT
3237090 AAAAATNTTG
131 AAAAAT-TTG
*
3237100 TCTCTTAGCTAGCTTTCAATTGCCACATTAAATGGCTATCTATGTTCACTATCTTAATCACTAAA
1 TCTCTTAGCTAGCTTTCAATTGCCACATTAAATGGCCATCTATGTTCACTATCTTAATCACT-AA
* * *
3237165 AAGTAATGAACATAGTCAGCAATAAAACAGCTCATAAATCCCAATTACTAGCCATTTTCTGTAGC
65 AAGTAATGAACATACTCAACAATAAAACAGCTCATAAATCCCAATTACTAGCCATTTTCTGCAGC
3237230 TAAAA
130 TAAAA
3237235 GTCAAGCTTA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 6, Indels: 1
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
140 59 0.46
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Consensus pattern (139 bp):
TCTCTTAGCTAGCTTTCAATTGCCACATTAAATGGCCATCTATGTTCACTATCTTAATCACTAAA
AGTAATGAACATACTCAACAATAAAACAGCTCATAAATCCCAATTACTAGCCATTTTCTGCAGCT
AAAAATTTG
Found at i:3238090 original size:63 final size:63
Alignment explanation
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Period size: 63 Copynumber: 2.0 Consensus size: 63
3237976 TTGCATTAGG
* * * *
3237986 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAACAGTCCATTTATAGTCAGTCATGCCTACGA
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTACGA
* * * *
3238049 AAACATGAAGCGAAATCCATCCATT-ACTAAGAAAAGTCCATTTATTGCCACTCATGCCTTCGA
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTACGA
3238112 A
1 A
3238113 GCCCTTATTA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 8, Indels: 2
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
62 2 0.04
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ACGTcount: A:0.38, C:0.24, G:0.15, T:0.23
Consensus pattern (63 bp):
AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTACGA
Found at i:3238449 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3238049--3241343 Score: 2274
Period size: 170 Copynumber: 19.5 Consensus size: 168
3238039 ATGCCTACGA
* * * *
3238049 AAACATGAAGCGAAATCCATCCATT-ACTAAGAAAAGTCCATTTATTGCCACTCATGCCTTCG-A
1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAA
* * *
3238112 AGCCCTTA-TTACTCGCTTTAAGTGGTTTTACAA-CTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTATTT
65 AG-CC-TAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAGTTGAATT-TTT
** * * *
3238175 TTCATTTTTCTTTACAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATTAGG
126 TTCATTTTTAGTTA-AACATATCATAA-TTGATGTTTGCATTGGG
* * * * * * *
3238220 AAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTGA-AGCCATTAATGCCTTTGAA
1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACTCATGCCTTTGAA
* * *
3238284 AGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTC
65 AGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTC
* * * * *
3238349 ATTTCTAGTTAAACAGATTATAATCGAATGTTTGCTTTGGG
129 ATTTTTAGTTAAACATATCATAATTG-ATGTTTGCATTGGG
* * **
3238390 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
* * * *
3238455 GCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTTA
66 GCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTCA
* * * * *
3238520 TTTTTGGTTAAACATATTATAATTCGATGTTTACCTTAGG
130 TTTTTAGTTAAACATATCATAATT-GATGTTTGCATTGGG
* * * * * *** * * * ** **
3238560 AAACGTGAAACGAAAGCCATCTATAG-CCACTCATG-CC-TTCAAAAG-C-CTTGTTACTTT-AT
1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACTCATGCCTTTGA-
* * * * * * * **
3238619 AAG--TGGTT--T---TATAACT--TTATA-AATGATTTTAAATTGAATTT---TT--ATTCATT
64 AAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTTATAAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
3238669 T-GTTGTTA--AAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGGG
127 TCATTTTTAGTTAAACATATCATAA-TTGATGTTTGCATTGGG
* * * * * *
3238709 AAACATTAAGCGGAAGCCATCCATCGACAAGAAATGTCAATTTATAGTTACTCATGCCTTTGAAA
1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
* * *
3238774 GCCTAGTTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGT
66 GCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAA---TTTTT-T
*
3238839 TCATTTTT-GTTTAAAACATATCATAATTGGATGTATGTCA-TGGG
127 TCATTTTTAG-TT-AAACATATCATAATT-GATGTTTG-CATTGGG
* * * * *
3238883 AAACATAAAGCAAAAGCCATCCAATGACAA-AAAA----A--T-TA--CATTCATGCCTTCGAAA
1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
** ** * * * * *
3238938 GCCTTCTTACAT-GAATTAAGTTGTTTTAT-ACCTTTATAAATGATTTT-AGAATGAATTTTTTG
66 GCCTAGTTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAG-TTGAATTTTTTT
* * * * **
3239000 CA-TTTTAGGTTAGAA-AAATTCATAATTTATCTTTGTATTTAG
128 CATTTTTA-GTTA-AACATA-TCATAATTGATGTTTGCATTGGG
* * * *
3239042 AAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTAACAAGAAACA-TCCATTTATATTTACTCATGCCTTTGAA
1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAA
* * *
3239106 AGGCTAGTTAC-CTGCTTTAAGTGGTTTTTTTAA-CTTTATAAATGATTTTGAA-TTGAATTTGT
65 AGCCTAGTTACTC-GCTTTAAATGG-TTTTATAATC-TTATAAATGATTTT-AAGTTGAATTT-T
* * *
3239168 TTTTATTTTTTGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTACATTGGG
125 TTTCATTTTTAGTT-AAACATATCATAA-TTGATGTTTGCATTGGG
* **
3239214 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
* * ** * *
3239279 GCCTAGCTACTCGCTTGAAATGGTTTCCTAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTCA
66 GCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTCA
* * ***
3239344 TTTTCATTTAAA-ATAGATCATAATTGGATGTTTGTC-TCAAG
130 TTTTTAGTTAAACAT--ATCATAATT-GATGTTTG-CATTGGG
** * *
3239385 AAACATGAAATGAAAGTCGTCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
* * * * *
3239450 CCCTTGTTACTTC-CATTAAGTGGTTTTATAA-CTTCATAAATGATTTTCAA-TTGAATTTTTTG
66 GCCTAGTTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTT-ATAAATGATTTT-AAGTTGAATTTTTTT
3239512 CATTTTTCA-TTAAA-ATAGATCATAATCT-ATCGTTTGCATTGGG
128 CATTTTT-AGTTAAACAT--ATCATAAT-TGAT-GTTTGCATTGGG
*** * ** ** ** *
3239555 AAATGGGAAATGTGAAATGAAAGTAACACACAGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATGTC
1 AAACATG-AA-GCGAAA-GCCA-T--C-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* ** *** * * * **
3239620 TTCGCGAGTAAAGTTACTTGCTTTAAATGGTTGTATAATCTTACAAATGATTTTAAGTTGAAGGT
59 TTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * ****
3239685 TTTTAATTTATGGTTAACGCACATTATAATTGGATGTTT-CACTCAAA
124 TTTTCATTTTTAGTTAA-ACATATCATAATT-GATGTTTGCA-TTGGG
* * ** * *
3239732 AAACGTGACA-CGACAA-CCATCCATTGATAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAGGCCTTCGA
1 AAACATGA-AGCGA-AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
* * * *
3239795 AAGCTTAGTTACTCACTTTTAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATG-TTTTAAGTTGAATTTTTTT
64 AAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * *
3239858 TGTTCTTCA-TTAAAACTTATCAGAATTTGATGTTTGCATTAGG
128 CATT-TTTAGTT-AAACATATCATAA-TTGATGTTTGCATTGGG
* * * *
3239901 AAACAAGAAGCGAAAGCCATCCATTAATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CTTTCGAA
1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-GAA
** * * *
3239965 AAACTAGTTACTTGCTTTAAATGGATTTATAATCTTATAAATGATTTTATGTTGAATTTTTTTCA
65 AGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCA
* * * * * *
3240030 TTTTTGGTTAAAAATAATCATAATTAGATGCTTGCCTCGAG
130 TTTTTAGTTAAACAT-ATCATAATT-GATGTTTGCATTGGG
* * * *
3240071 AAACGTGAAGCGAAAGGCATCCATGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTTGAAA
1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
* * * * *
3240136 GACTAGTTAATCGCTTTTAATGATTTTATAATCCCTTACAAATGATTTTAAGTTGAATTTTATTT
66 GCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT--CTTATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTT-TTT
* * *
3240201 TCATTTTTCGTTAAAACATATCATAATTGGATGTATGTCA-TGAG
127 TCATTTTTAGTT-AAACATATCATAATT-GATGTTTG-CATTGGG
*
3240245 AAACAT-AGAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAA
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* * * * * ** * * *
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** * * **
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* * * * * * * * *
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* * * *
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** * *
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* * * **
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1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
** * * * * * *
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66 GCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCAT
* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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** * * *
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** * * *** * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* **
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* * * *
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*
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*
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*** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * ** ** *
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* * * * *
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** * * ** **
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* * * * * * * * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 TTT--C-------GTTAAAATAAATAATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAAAATGAAGCAAAAGC
* * * * ** * * * ** *
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 TTT-C-------GTTAAAATAAATAATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAAAATGAAGCAAAAGCC
* * * * *
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* * *
3242167 AAGTGGCTTTT-TAATTTTATAAATGATTTTGAATTGAATTTAT
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* * * * * * * *
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1 TTTC-------GTTAAAATAAATAATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAAAATGAAGCAAAAGCCA
* * * * * *
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* * * *
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122 AATGGTTTTATAAT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTG
* * * * * ** ***
3242380 TTTCATTTTTGGTT-CAACAGATCATAATTGGATGTTT--ATCTCA-AGAAATGTGAAATGAAAG
1 TTTC-------GTTAAAATAAATAATAATTAGATGTTTGCAT-T-AGA-AAAAATGAAGCAAAAG
* * * * * *
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* * *
3242506 TAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATTATTTTAAATTGAATTATTTTCCATT
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* * * * * * * * ** ** * *
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1 TTTCGTTAAAATAAATAATAATTAGATGT-TTGCATTAGAAAAAATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * * * **
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* * ** *
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* * * * * * * * * * ***
3242725 TTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATATTTGCCTTAGGAAACATTAAATGAAAGCCATCCATTG
1 TTTCGTTAAAATAAATAATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAAAATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * * * * ** *
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66 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
3242850 TATAACTTTAAAAATGATTTCAAAGTG-ATTTG
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* ** * * * * * * * * *
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1 --TTT--CGTTAAAAT-AAATA-A-T-A-ATTAGATGTTTGCATTAGA-AAAAATGAAGCAAAAG
* * * * * *
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56 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AAGCCTAGTTACTCGCTT
* * * * **
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120 TAAATGGTTTTATAATTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTG
* * * * * * *** * *
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1 TTTCGTTAAAATAAATAATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAAAATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * * ** ** * **
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66 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
3243172 TATAACCTTACAAATGATTTTTAATTGAAAATTT-
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* * ** * * * * * ** * * *
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* * * * *
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61 CATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AAGCCTAGTTACTCGCTTTAAA
* * * * *
3243336 CGATTTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAGTTGAATTTATT
124 TGGTTTTATAAT-TTATAAATGATTTTAAATTGAA-TT-TG
* * * ** *
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1 TTTC------G-TTAAAATAAATAATAATTA-GATGTTTGCAT-TAGAAAAAATGAAGCAAAAGC
** * * *
3243439 TGTCCATT-----GATAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTT
57 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AAGCCTAGTTACTCGCTTT
* * * *
3243499 AAGTGGTTTTATAACTTTAAAAATGACTTTAAGTTGAATTTG
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* * * * * * *** *
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1 --TTTC---GTT-A--AAATA-A-ATAATAATTAGATGTTTGCATT-AGAAAAAATGAAGC-AAA
* * * * * * *
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* *
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* *** * *** * * ** *
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1 TTT--C-----GTTAAAATAAATAATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAAAATGAAGCAAAAGCCA
* *
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* * * *
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123 ATGGTTTTATAAT-TTATAAATGATTTTAAATTGAA-TT-TG
** * * * * ***
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * ** *
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* *
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* * * * * *
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130 TAT-AATTTATAAATGATTTTAAATTGAA--TTTG
* * * * * **
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* * * *
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* *
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** * * * * * * ** *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * ** *
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* * * *
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*
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* * * * * * * * * ** * *
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* * *
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* ** * *
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121 AAATGGTTTTATAAT-TTATAAATGATTTTAAATTG-A--A---TTT-G
* * * * * * * * *
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1 -TTTCGTTAAAATAAATAATAATTAGATGTTTGCATTAGA-AAAAATGAAGC-AAAAGCCATCCA
* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * *
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* *
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* * * * * * * ** *
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*
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * * *** *
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* * * * *
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* * **
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248 ATAA-TATTATAAATGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGTTTAAAATA-ATCATAAT-T
* *** * ** ** **
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309 AGAT-GTTTGCCTTGGGAAACATG-AA-GCGAAA-GCCA-T--C-CATTGACAAGAAAAGTCCAT
* ** *** * *** * * *
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* * * ** * * * *
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*
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* ** *
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* ** *
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* * * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** ** * * *
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* * * * * *
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*
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * *
3240446 AAAGGTACATTTATAATCACTCATTCTTTTGAAAGCCTAGTTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAA
188 AAAAGTACATTTATAGTCACTCATGC-TTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
3240511 -ATTTGTAAATGATTTTAACTTGAATTTTTTTAATTTTTCTTTAAAATAGATAATGATTTGATGT
252 TA-TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGTTTAAAATA-ATCATAATTAGATGT
* * * *
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* * *
3240640 GCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCAATTAAAATGATTTGATAAT-CTAATAAATGATATTAAGTTG-
380 GCCTTCGAAAGCCTAGTTAATCAATTAAAATGATTTGATAATCCTAACAAATGATATTAAGTTGA
* *
3240703 A-A-TT-TGTTTCGTTAAAATAAATAATAATTAGAT-TTTGCCAT-AGAAAAA-ATG
445 ATATTTATGTTTCGTTAAAACAAATAATAATTAGATGTATGCCATGAGAAAAATA-G
** * *
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1 -AGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG--CTTG
* *
3240818 TTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTGTTTTTCATTTTTC
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* * * * *
3240883 TTTATAGCAAATCATAATTTGATATTTGCATTGGGAAACATGAAGTAAAAGTCATACATTGACAG
126 ATTA-A-CAAATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAG-CATCCATTGACAG
* * * *
3240948 CAAAAGAAGATTTATGGTCACTTATGCATTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
188 -AAAAGTACATTTATAGTCACTCATGC-TTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
3241013 ATATTATAAATCATTTTAAGTTGGATTTTTTTCATTTCTGGTT-ACATCATATCATTATTGGATG
251 ATATTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGTTTAAAAT-A-ATCATAATTAGATG
* * * * *
3241077 TTTGCCTTAGGAAACATGAAGCGAAAGTCTTCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
314 TTTGCCTTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * *** * * * * * ** *
3241142 TGCCCTCGAAAGCCTTGTTATTTGCTTTAAGT-ATTTTTATAA-CTTTATTAATGATTTTAAGTT
379 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTAATCAATTAAAATGA-TTTGATAATCCTAACAAATGATATTAAGTT
* * * * * * * * *
3241205 GAA-ATTTTTGTTTCAATTTTCTTTAAATCATATCATAATTTGATGTTTG-CATTGGGAAACAT-
443 GAATATTTATG-------TTTCGTTAAAACAAATAATAATTAGATGTATGCCA-TGAGAAAAATA
3241267 G
500 G
* * * * * * *
3241268 AATCCAAAGCCAACCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACTTTCGAAAGTCTTAT
1 -AGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CTTGT
* * * * *
3241333 TACTCGCTTTATGT-GATTT-TAAC--T-T-AAT-TTTT---TT-CA--TTTTTC---TTT-A-A
64 TACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGTTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTCATT
* * * * * * ** * *
3241380 AAGAGATAATAATTTGATGTTTTCATTGGGAAACGTGAAGTGAAAGCCATCGATTGATAGGAAAA
129 AACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAG-CATCCATTGACA-GAAAA
* * * * * *
3241445 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTGGAAAACCTAGTTACT--C-----AT-GCTTTATAATCTC
192 GTACATTTATAGTCACTCATG-CTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATT
* * * * *
3241502 ATAAATGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTTCCATTTTTGGTTAAACA-GATCATAATTGGATGTTTA
256 ATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-CATTTTTGTTTAAA-ATAATCATAATTAGATGTTTG
*** * * * * * * *
3241566 CCTCAAGAAACATAAAGTGAAAGCCATCTATTCATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCT
318 CCTTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* * * * * * * * * * * * *
3241631 TTCAAAATCCTTGTTACTC-ACTATAAGTGGTTT-ATAA-CTTTATAAGTGATTTTAAATTGAAT
383 TTCGAAAGCCTAGTTAATCAATTA-AAATGATTTGATAATCCTAACAAATGATATTAAGTTGAA-
* * * * * * * * *
3241693 TTTTATTCATTTTTTTGTTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTG-CATTGGGAAACATTA-
446 ---TATTTA-TGTTTCG-TTAAAACAAATAATAATTAGATGTATGCCA-TGAGAAA-AATAG
* * * ** * * **
3241753 AGCGAAAGCTATCCATTAATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTTTCACGCCTTCCAAAGTCAAGTT
1 AGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CTTGTT
* * * * ** **
3241818 ACTCGCTTTAAATGGTGTTATAA-TCTTAAAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTCCCATTTTTGG
65 ACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATG-TTTTAAGTTGAATT-TTTTTCATTTTTCA
* * * * * * *
3241882 TTAAAACAAATCATAATTGGATGCTTCCA-TGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCGATTGATAAG
127 TT--AACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAG-CATCCATTGA-CAG
* ** * * ** * *
3241946 AAAAGTACATTTGTAGTTGCTCATGCATTGGAAAGCTTTCTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAC
188 AAAAGTACATTTATAGTCACTCATGC-TTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-
* * * * * * *
3242011 CT-TTATAAATGACTTCTAA-TTGAATTTTTTCCATTTTAGGTTAAAACAAATCATAATTTGATG
251 ATATTATAAATGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGTTTAAAA-TAATCATAATTAGATG
** * * *
3242074 TTTGTATTGGGAAACATGATGCGAAAGCCATCCATTGACAATAAACA-TTCATTTATAGTCACTC
314 TTTGCCTTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * * * * * * * *
3242138 ATGCCTTTGAAAGGCTAGTTACTCGATTTAAGTGGCTTT-TTAAT-TTTATAAATGATTTTGAA-
378 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAATCAATTAAAAT-GATTTGATAATCCTAACAAATGATATT-AAG
* * ** * * * **
3242200 TTGAATTTATTTTCATTTTTAGTTAAAGTAGATCATAATTTGATGT-TTACATTG-GAAAACAT-
441 TTGAA--TA-TTT-ATGTTTCGTTAAAACAAATAATAATTAGATGTATGCCA-TGAGAAAA-ATA
3242262 G
500 G
* * * * * * * *
3242263 AAGCAAAAGCTATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTAATGCCTCCAAAAGCCTAGT
1 -AGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CTTGT
* * * * * * *
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* * * * ** ***
3242391 GTTCAACAGATCATAATTGGATGTTT--ATCTCAAGAAATGTGAAATGAAAGCCATCCATTGACA
126 ATT-AACAAATCATAATTTGATGTTTGCAT-T-AGGAAACATGAAGCAAAAG-CATCCATTGAC-
* * * * * * *
3242454 ACAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAACCCTTGTTACTTGCTTTAAGTGGTTTTAT
186 AGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATG-CTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
3242519 AACT-TTATAAATTATTTTAAATTGAATTATTTTCCATTTTTCTTTACAACAGATCATAATTTGA
250 AA-TATTATAAATGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTCATTTTTGTTTAAAATA-ATCATAATTAGA
* ** * * * * * * *
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** * * * * * * *
3242647 TCATGCCTTC-AAGAGCCTAGTTCCTCACAAT-AAATGGTTTTATAAT-ATGAGAAATGATTTTA
376 TCATGCCTTCGAA-AGCCTAGTTAATCA-ATTAAAATGATTTGATAATCCTAACAAATGATATTA
* * * * * * * * * * *
3242709 TGTTGAA-ATTCTTTTTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATATTTGCC-TTAGGAAACATTA
439 AGTTGAATA-T-TTATGTTTCGTTAAAACAAATAATAATTAGATGTATGCCATGA-GAAA-AATA
3242772 -
500 G
** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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250 AATATTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGTTTAAAA-TAATCATAATTAGATG
* * *** * * * * **
3243070 TTTGCATTAGGAAATGCGAAGCGAAAGCCATCCACTGACAAGAAGAGTTCATTAATACCCACTCA
314 TTTGCCTTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
** * ** * * *
3243135 TGTTTTCGAAAGCCTAGTTAGTCGCTTTAAACA-G-TTTTATAA-CCTTACAAATGATTTTTAA-
379 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTAATC-AATTAAA-ATGATTTGATAATCCTAACAAATGA-TATTAAG
* * * * * * * * * * * **
3243196 TTGAAAATTTTTTCATTTCTATTTAAACAGATCAT-ATTGGATGTTTG-TATTGGGAAACGT-G
441 TTGAATA-TTTAT-GTTTC-GTTAAAACAAATAATAATTAGATGTATGCCA-TGAGAAAAATAG
* * * * * *
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* ** * *
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63 TTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATG-TTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTCATTTT
* * * * *
3243386 TGC-TTAAAACAAAT-ATAATATGATATTTGCA-TCGAGAAACGA-GAAGCGAAAGCTGTCCATT
124 T-CATT--AACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTAG-GAAAC-ATGAAGCAAAAGC-ATCCATT
* * * * * *
3243447 ----GATAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTT
183 GACAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATG-CTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * ** * *
3243508 TATAACT-TTAAAAATGACTTTAAGTTGAATTTGTTTTTCATTTTTCATTAAAACATATCAGAAT
247 TATAA-TATTATAAATGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTCATTTTTGTTTAAAATA-ATCATAAT
* * * * * * *
3243572 TTGATGTTTGCATTGGGGAGCGA-GAAGCGACAA-CCATCCACTGACAAGAAAAGTCTATTTGTA
308 TAGATGTTTGCCTTGGGAAAC-ATGAAGCGA-AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * ** * * * * *
3243635 GTCACTTAGGCCTTTGAAAGCCTAGCTACTCGCTTTAAGTGGATTT-ATAA-CTTTATAAATGAT
371 GTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAATCAATTAAAAT-GATTTGATAATCCTAACAAATGAT
* * * * * * ** * *** * *
3243698 TTTAAATTGAATATTTTTCACTTTAGGTTACAACGGATCATAATTTTTTGTTTG-CATTAGCAAA
435 ATTAAGTTGAATATTTAT--GTTT-CGTTAAAACAAATAATAATTAGATGTATGCCATGAG-AAA
*
3243762 CAT-G
496 AATAG
* * * *
3243766 AAGTGAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGGAAGCCTAGT
1 -AGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CTTGT
* * *
3243831 TACTCACTTTAAATGGTTTTACAA-TCTCATAAATGATTTTAAGTTGAACTTGTTTTTCATTTTT
64 TACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATG-TTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTCATTTTT
** * * * *** *
3243895 GGTTAAAAACAGATGC-TAATTGGAAATG-TT-C-TTTGGAAACATGAAGCGGGAGCCTTCCATT
125 CATT---AACAAAT-CATAATTTG--ATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAG-CATCCATT
* * * * * * * * *
3243956 AACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCGAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATAGCT
183 GAC-AGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAT-GCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTT
*** * * * * * *
3244021 TTATAATCGCATAAATCATTTTAACTTGAATTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTG
246 TTATAATATTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGTTTAAAA-TAATCATAATTA
* *** * * * * * * * *
3244086 GATGTTTGCATCAAGAAACATGAACCAAAAACAATCCATTGACAAGAAAGGTACATTTATAATGA
310 GATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * ** * * * *** *
3244151 CTCATTCTTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAAAT--T-TGTAATGATTTTA
375 CTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAATCAATTAAAATGATTTGAT-AATCCTAACAAATGATATTA
* * * * * * * * **
3244213 ACTTGAATTTTTTCATGTTTTGTTAAAATAGATAATAATTTGATGTTTG-CATTGGGAAATGT-G
439 AGTTGAA-TATTT-ATGTTTCGTTAAAACAAATAATAATTAGATGTATGCCA-TGAGAAAAATAG
* * * *
3244276 AAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCTTAGT
1 -AGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCTT-GT
* * * * * * * * *
3244341 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAATCTGTAAATGATTTTCACTTCAATTTTTTTTTCATTTTTT
64 TACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATG-TTTTAAGTTGAA--TTTTTTTCATTTTTC
* * * * * * *
3244406 GTTAAAATAGATAATAATTTGATGTTTTCATTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAA
126 ATTAACA-A-ATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAG-CATCCATTGAC-A
* * * *
3244471 GAAAAG--C-------CTCACTCATGCCTTTCTGAAAGCATAGTTACTTGTTTTAAATGGTTTTA
187 GAAAAGTACATTTATAGTCACTCATG-C-TT-TGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
3244527 TAATCTTATTAATGATTTTAAGTTGAATTCTTTCGTC-TTTTT-TTTAAACAT-ATCATAATTAG
249 TAATATTATAAATGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TTCATTTTTGTTTAAA-ATAATCATAATTAG
*** ** * *
3244589 ATGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTGCATTTGTAGTCAC
311 ATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * ** * * * * * * * * *
3244654 TCATGCCTTTC--AAGCCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATAATTTTA
376 TCATGCC-TTCGAAAG-CCTAGTTAATCAATTAAAATGATTTGATAATCCTAACAAATGATATTA
* * * * * * * * * * **
3244716 AATTGATTTTTTTTCATTTTTCTTTACAACAGATCATAATTTGATGCT-TGCAAGTGA-AAACGT
439 AGTTGA--ATATTT-ATGTTTCGTTAAAACAAATAATAATTAGATG-TATGCCA-TGAGAAAAAT
3244779 -G
499 AG
* *
3244780 ATGCGAAAAGCCATCCATTGATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAG
1 A-GCG-AAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CTTG
* * ***
3244845 TTACTCTCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCATTTTAGG
63 TTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATG-TTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTCA
* * * * * ** * * *
3244910 TTAAAACATATCATAATTTGTTGTTTGCATCAGCAAACATAAAGTGAAGGTCATCCATTGATAAT
127 TT--AACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAG-CATCCATTGA-CAG
* * * * **
3244975 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGCTTTACG
188 AAAAGTACATTTATAGTCACTCATG-CTTTG-AAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
3245040 ATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTATTTTTTAGTTTTGGTTAAACA-GATCATAATTGGATG
251 ATATTATAAATGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTCATTTTTGTTTAAA-ATAATCATAATTAGATG
* * * * *
3245104 TTTGCCTCGAGAAACATGAA-CTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCCTTTTATAGCCACTC
314 TTTGCCTTGGGAAACATGAAGC-GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * * * * * * *
3245168 ATTCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTG-TAA-CCTTATAAATGAT-TTGAAA
378 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAATCAATTAAAAT-GATTTGATAATCCTAACAAATGATATT-AAG
* ** * * ** * **
3245230 TTGAATTTTTTTTCAT-TTTTTTTAAAA-ATAGAT-CTCAATTTGATGT-TTACATTGGGAAAGT
441 TTGAA---TATTT-ATGTTTCGTTAAAACA-A-ATAAT-AATTAGATGTATGCCA-TGAGAAAAA
*
3245291 TAA
498 TAG
* * * *
3245294 AGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AGATGCCTAGT
1 AGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA-AAG-CTTGT
* * *
3245358 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAAATGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTCATT
64 TACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATG-TTTTAAGTTGA-ATTTTTTTCATT
3245418 ATGTTATGAG
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AGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCTTGTTA
CTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGTTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTCATTAA
CAAATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCATCCATTGACAGAAAAGTAC
ATTTATAGTCACTCATGCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATTATAAA
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGTTTAAAATAATCATAATTAGATGTTTGCCTTGGGA
AACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
CCTAGTTAATCAATTAAAATGATTTGATAATCCTAACAAATGATATTAAGTTGAATATTTATGTT
TCGTTAAAACAAATAATAATTAGATGTATGCCATGAGAAAAATAG
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Indices: 3241210--3241495 Score: 364
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3241200 AAGTTGAAAT
* * *
3241210 TTTTGTTTCAATTTTCTTTAAATCATATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATGAATCCAA
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* * *
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131 CTTTATGTGATTTTAACTTAA
* * * * *
3241360 TTTT-TTTCATTTTTCTTTAAAAGAGATAATAATTTGATGTTTTCATTGGGAAACGTGAAGT-GA
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* * * * * *
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129 A-GCTTTAT
3241496 AATCTCATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.14, T:0.39
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TTTTGTTTCAATTTTCTTTAAAACAGATAATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATGAATCCAA
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CTTTATGTGATTTTAACTTAA
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3241336 TCGCTTTATG
* ** * * *
3241346 TGATTTTAACTT-AATTTTTTTCATTTTTCTTTAAAAGAGATAATAATTTGATGTTTTCATTGGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGG
* * * * *
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* * * * *
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* * * * ***
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1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-CATTTTTGGTTAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGG
* * * * * *
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* * * * * *
3241636 AATCCTTGTTACTCACTATAAGTGGTTTATAACTTTATAAG
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* * *
3241677 TGATTTTAAATTGAATTTTTATTCATTTTTTTGTTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTCA--TTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATT
* * * * ** * **
3241742 GGGAAACATTAAGCGAAAGCTATCCATTAATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTTTCACGCCTTCC
62 GGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* * * * * * *
3241807 AAAGTCAAGTTACTCGCTTTAAATGGTGTTATAATCTTAAAAA
127 AAAGCCTAGTTACTC-ATTTAAGTGGT-TTTTAATTTTATAAA
** * * * *
3241850 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTCCCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTGGATGCTTCCA-TGG
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGG
* * * ** * *
3241914 GAAACATGAAGCGAAAGCCATCGATTGATAAGAAAAGTACATTTGTAGTTGCTCATGCATTGGAA
64 GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAA
* ** **
3241979 AGCTTTCTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATACCTTTATAAA
129 AGCCTAGTTACTCA-TTTAAGTGGTTTT-TAATTTTATAAA
* * * * *
3242020 TGACTTCTAA-TTGAATTTTTTCCATTTTAGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGTATTGG
1 TGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGG
* * * *
3242084 GAAACATGATGCGAAAGCCATCCATTGACAATAAACA-TTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
64 GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
*
3242148 AAGGCTAGTTACTCGATTTAAGTGGCTTTTTAATTTTATAAA
128 AAGCCTAGTTACTC-ATTTAAGTGG-TTTTTAATTTTATAAA
* * *
3242190 TGATTTTGAA-TTGAATTTATTTTCATTTTTAGTTAAAGTAGATCATAATTTGATGTTTACATTG
1 TGATTTT-AAGTTGAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAA-CAGATCATAATTTGATGTTTGCATTG
* * * * * * ***
3242254 GAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTAATGCCTCCAA
63 GGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
* * * * *
3242319 AAGCCTAGTTATTCCTTTTAAATGG-TTTTATATTCTTACAAT
128 AAGCCTAGTTACT-CATTTAAGTGGTTTTTA-ATT-TTATAAA
* * * **
3242361 TGATTTTAAGTTGAATTTGTTTCATTTTTGGTTCAACAGATCATAATTGGATGTTT--ATCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-T-GG
** ** * * *
3242424 GAAATGTGAAATGAAAGCCATCCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAA
64 GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAA
* * *
3242489 ACCCTTGTTACTTGC-TTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAA
129 AGCCTAGTTAC-T-CATTTAAGTGGTTTT-TAATTTTATAAA
* * * **
3242530 TTATTTTAAATTGAATTATTTTCCATTTTTCTTTACAACAGATCATAATTTGAT-TATTGCATTG
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTA-AACAGATCATAATTTGATGT-TTGCATTG
** * * * * * * *
3242594 GGAAATGTGAAGTGAAATCCATACATTG-TCAAGAAAAGTGCATTTTTAGTCATTCATGCC-TTC
63 GGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* ** * * * *
3242657 AAGAGCCTAGTTCCTCACAATAAATGGTTTTATAATATGAGAAA
127 AA-AGCCTAGTTACTCA-TTTAAGTGGTTTT-TAATTTTATAAA
* * * * * * * *
3242701 TGATTTTATGTTGAAATTCTTT--TTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATATTTGCCTTAGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGG
* ** * *
3242764 AAACATTAAATGAAAGCCATCCA-T--T--GACAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTTGAAA
65 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
* * * * * *
3242824 CCCTTGTTACTCACTTTATGTGGTTCTATAACTTTAAAAA
130 GCCTAGTTACTCA-TTTAAGTGGTT-TTTAATTTTATAAA
* * * * * *
3242864 TGATTTCAAAG-TGATTTGTTTTTCACTTTTGATTCAAACAGATTCACT--TTTGATGTCTGTAT
1 TGATTT-TAAGTTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTT-AAACAGA-TCA-TAATTTGATGTTTGCAT
*** * * * *
3242926 CAAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAGAGTCCATTTATTGTCACTTATGCCTTT
61 TGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT
* * *
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126 GAAAGCCTAGTTAC-T-CATTTAAGTGGTTTTTAATTTTATAAA
* * * * *
3243024 -G--TTGAA--T---TTTTTTTCTTTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATATTTGCATTAGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGG
*** * * * * * ** *
3243081 AAATGCGAAGCGAAAGCCATCCACTGACAAGAAGAGTTCATTAATACCCACTCATG-TTTTCGAA
65 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-GAA
* * *** ** *
3243145 AGCCTAGTTAGTCGCTTTAAACAGTTTTATAACCTTACAAA
129 AGCCTAGTTACTC-ATTTAAGTGGTTTT-TAATTTTATAAA
* * ** * *
3243186 TGATTTTTAA-TTGAAAATTTTTTCATTTCTATTTAAACAGATCAT-ATTGGATGTTTGTATTGG
1 TGA-TTTTAAGTTG-AATTTTTTTCATTTTTGGTTAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGG
* * * * *
3243249 GAAACGTGAAACGAAAGCCACCCATTGATAAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
64 GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
* * ** * * *
3243314 AAGCATAGTTACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTTGTAAA
128 AAGCCTAGTTACTC-ATTTAAGTGGTTTT-TAATTTTATAAA
* * * * *
3243356 TGATTTTAAGTTGAATTTATTTTTCATTTTTGCTTAAAACAAAT-ATAATATGATATTTGCATCG
1 TGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTG
* ** * *
3243420 AGAAACGA-GAAGCGAAAGCTGTCCATTGAT-----AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
63 GGAAAC-ATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* * * *
3243479 AAAACCTAGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTAAAAA
127 AAAGCCTAGTTACTC-ATTTAAGTGGTTTT-TAATTTTATAAA
* ** * *
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1 TGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTG
* * * * * * * *
3243587 GGGAGCGA-GAAGCGACAA-CCATCCACTGACAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACTTAGGCCTTT
63 GGAAAC-ATGAAGCGA-AAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT
* * * *
3243650 GAAAGCCTAGCTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAA
126 GAAAGCCTAGTTACTC-ATTTAAGTGG-TTTTTAATTTTATAAA
* * * * * ** * *
3243694 TGATTTTAAATTGAATATTTTTCACTTTAGGTTACAACGGATCATAATTTTTTGTTTGCATTAGC
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTA-AACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGG
* * * *
3243759 AAACATGAAGTGAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGGAA
65 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
* * * *
3243824 GCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAAA
130 GCCTAGTTACTCA-TTTAAGTGGTTTT-TAATTTTATAAA
*
3243864 TGATTTTAAGTTGAACTTGTTTTTCATTTTTGGTTAAAAACAGATGC-TAATTGGAAATG-TT-C
1 TGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTCATTTTTGGTT--AAACAGAT-CATAATTTG--ATGTTTGC
* ** * * * * *
3243926 -TTTGGAAACATGAAGCGGGAGCCTTCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCT
59 ATTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
* * * * * * * ***
3243990 TCGAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCGCATAAA
124 TTGAAAGCCTAGTTACTC-ATTTAAGT-GGTTTTTAATTTTATAAA
* * * * * ***
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1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGG
* * * * * * * * * * *
3244101 AAACATGAACCAAAAACAATCCATTGACAAGAAAGGTACATTTATAATGACTCATTCTTTTGAAA
65 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
* * * * *
3244166 GCCTAGTTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAAATTTGT-AA
130 GCCTAGTTACTC-ATTTAAGTGGTTTT-TAATTTTATAAA
* * *
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Done.