Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.16, T:0.31
Warning! 1222752 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 46 of 50
Found at i:19101315 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 19101300--19101329 Score: 51
Period size: 10 Copynumber: 3.0 Consensus size: 10
19101290 TGTGCTTCTT
19101300 CTTTTCTTCC
1 CTTTTCTTCC
19101310 CTTTTCTTCC
1 CTTTTCTTCC
*
19101320 ATTTTCTTCC
1 CTTTTCTTCC
19101330 TTTGGCCGGC
Statistics
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0.95 0.05 0.00
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10 19 1.00
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Consensus pattern (10 bp):
CTTTTCTTCC
Found at i:19110092 original size:15 final size:15
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Indices: 19110055--19110088 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
19110045 AAAATTATAT
19110055 TTTATAAAAAAATAA
1 TTTATAAAAAAATAA
*
19110070 ATTATAAAAAAA-AA
1 TTTATAAAAAAATAA
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1 TTTAT
19110089 TAAATAATTT
Statistics
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0.85 0.10 0.05
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14 6 0.35
15 11 0.65
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Consensus pattern (15 bp):
TTTATAAAAAAATAA
Found at i:19110208 original size:19 final size:19
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Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
19110174 GACTGTTAAT
19110184 CATATAATTGAAATGGGAA
1 CATATAATTGAAATGGGAA
19110203 CATATAATTGAAATGGGAA
1 CATATAATTGAAATGGGAA
19110222 CAT
1 CAT
19110225 GGCACTTTCT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 22 1.00
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Consensus pattern (19 bp):
CATATAATTGAAATGGGAA
Found at i:19117911 original size:47 final size:47
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Indices: 19117842--19118159 Score: 325
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19117832 GACATAGCTA
* * * * * *
19117842 TGACACGCCAGCGTTCAAAGTTGGTGAGATGCCATGGAGGGAATTTG
1 TGACACGCTAGAGTTCAGAGTTGGTGACACGCCATGGAGGGAATCTG
* *
19117889 TGACACGCTAGAGTTAAGAGTTGGTGACACGCCATGGTGGGAATCTG
1 TGACACGCTAGAGTTCAGAGTTGGTGACACGCCATGGAGGGAATCTG
* * * *
19117936 TGACAAG-TCAGCGTTCAGAGTTGGTGAGACGTCATGGAGGGAATCTG
1 TGACACGCT-AGAGTTCAGAGTTGGTGACACGCCATGGAGGGAATCTG
* * * *
19117983 TGATACG-TCAAAGTTCAGAGTTGGTGACACGACATGGAGGGGATCTG
1 TGACACGCT-AGAGTTCAGAGTTGGTGACACGCCATGGAGGGAATCTG
* * * * * * *
19118030 TGACACGCCAGCGTTTAGAGTTTGTGAGACGCCATGGAAGGAAGCTG
1 TGACACGCTAGAGTTCAGAGTTGGTGACACGCCATGGAGGGAATCTG
* * * * * *
19118077 TGAGACGCCAGAGTTCAGAATGGGTGACATGCCATGGAGGGAAGCTG
1 TGACACGCTAGAGTTCAGAGTTGGTGACACGCCATGGAGGGAATCTG
* *
19118124 TGAGAAGCTAGAGTTCAGAGTTGGTGACACGCCATG
1 TGACACGCTAGAGTTCAGAGTTGGTGACACGCCATG
19118160 TTTAGAGTGT
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 46, Indels: 4
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
46 1 0.00
47 222 1.00
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Consensus pattern (47 bp):
TGACACGCTAGAGTTCAGAGTTGGTGACACGCCATGGAGGGAATCTG
Found at i:19118003 original size:94 final size:92
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Indices: 19117850--19118159 Score: 359
Period size: 94 Copynumber: 3.3 Consensus size: 92
19117840 TATGACACGC
* * * *
19117850 CAGCGTTCAAAGTTGGTGAGATGCCATGGAGGGAATTTGTGACACGCTAGAGTTAAGAGTTGGTG
1 CAGCGTTCAGAGTTGGTGAGACGCCATGGAGGGAATCTGTGACACGC-AGAGTTCAGAGTTGGTG
*
19117915 ACACGCCATGGTGGGAATCTGTGACAAG
65 ACACGCCATGGAGGGAATCTGTGACAAG
* * *
19117943 TCAGCGTTCAGAGTTGGTGAGACGTCATGGAGGGAATCTGTGATACGTCAAAGTTCAGAGTTGGT
1 -CAGCGTTCAGAGTTGGTGAGACGCCATGGAGGGAATCTGTGACACG-CAGAGTTCAGAGTTGGT
* * *
19118008 GACACGACATGGAGGGGATCTGTGACACG
64 GACACGCCATGGAGGGAATCTGTGACAAG
* * * * * * *
19118037 CCAGCGTTTAGAGTTTGTGAGACGCCATGGAAGGAAGCTGTGAGACGCCAGAGTTCAGAATGGGT
1 -CAGCGTTCAGAGTTGGTGAGACGCCATGGAGGGAATCTGTGACACG-CAGAGTTCAGAGTTGGT
* * *
19118102 GACATGCCATGGAGGGAAGCTGTGAGAAG
64 GACACGCCATGGAGGGAATCTGTGACAAG
* *
19118131 CTAGAGTTCAGAGTTGGTGACACGCCATG
1 C-AGCGTTCAGAGTTGGTGAGACGCCATG
19118160 TTTAGAGTGT
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 32, Indels: 4
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
93 1 0.01
94 180 0.99
95 1 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.35, T:0.22
Consensus pattern (92 bp):
CAGCGTTCAGAGTTGGTGAGACGCCATGGAGGGAATCTGTGACACGCAGAGTTCAGAGTTGGTGA
CACGCCATGGAGGGAATCTGTGACAAG
Found at i:19118300 original size:47 final size:47
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Indices: 19118148--19118303 Score: 215
Period size: 47 Copynumber: 3.3 Consensus size: 47
19118138 TCAGAGTTGG
**
19118148 TGACACGCCAT-GTTTAGAGTGTGTGACACGGCATTGCTTGAACAAT
1 TGACACGCCATGGTTTAGAGTGTGTGACACGGCATTGCTTGAACAGC
* ** * * *
19118194 TGAGACGCCACAGTTTAGAGTGTGTGACACGACATTACTTGAAAAGC
1 TGACACGCCATGGTTTAGAGTGTGTGACACGGCATTGCTTGAACAGC
*
19118241 TGACACGCCATGGTTTAGAGTGTGTGACATGGCATTGCTTGAACAGC
1 TGACACGCCATGGTTTAGAGTGTGTGACACGGCATTGCTTGAACAGC
*
19118288 TGACACGTCATGGTTT
1 TGACACGCCATGGTTT
19118304 GAAATAGAGA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 15, Indels: 1
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
46 9 0.10
47 85 0.90
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.27, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
TGACACGCCATGGTTTAGAGTGTGTGACACGGCATTGCTTGAACAGC
Found at i:19118845 original size:31 final size:31
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Indices: 19118810--19119020 Score: 291
Period size: 31 Copynumber: 6.8 Consensus size: 31
19118800 AGTTGACTCA
*
19118810 ATATGCATGGCGTGTCACTACATTTGACTTG
1 ATATGCATGGCGTGTCACAACATTTGACTTG
*
19118841 ATATGCATGGCGTGTCACAATATTTGACTTG
1 ATATGCATGGCGTGTCACAACATTTGACTTG
19118872 ATATGCATGGCGTGTCACAACATTTGACTTG
1 ATATGCATGGCGTGTCACAACATTTGACTTG
* *
19118903 ATATGCCTGGCGTGTCACAACATTTTACTTG
1 ATATGCATGGCGTGTCACAACATTTGACTTG
* * *
19118934 TTATGCATAGCGTGTCACAATATTTTG-CTTG
1 ATATGCATGGCGTGTCACAACA-TTTGACTTG
* *
19118965 TTATGCATGGCGTGTCATAACATTTTG-CTTG
1 ATATGCATGGCGTGTCACAACA-TTTGACTTG
* *
19118996 TTATGCATGGCGTTTCACAACATTT
1 ATATGCATGGCGTGTCACAACATTT
19119021 ATTCCTTATT
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 15, Indels: 3
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
30 3 0.02
31 158 0.96
32 3 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.21, T:0.37
Consensus pattern (31 bp):
ATATGCATGGCGTGTCACAACATTTGACTTG
Found at i:19120930 original size:156 final size:156
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Indices: 19120646--19120984 Score: 466
Period size: 156 Copynumber: 2.2 Consensus size: 156
19120636 TGTTTTACAT
* * * * * * * *
19120646 TTCCACATATGTTTATTGAGTAACATAGTAATTTTTGTTATTGCAGTTTACGAAAGCGACAATAG
1 TTCCATATATGATTATTGAATAACACAGTAATTTCTATTAATGCAGTTTACGAAAGCGACAACAG
* * ** *
19120711 GTCCTCAAGCATCGATCAGTCCGGCTCCACCGTAGACTGCTAACGAGCTGCCGATAAGGATATTA
66 GTCCTCAAGCATCGATCAGTCCGGCTCCACCGTAAACTACTAACGAGCCACCGATAAGCATATTA
19120776 AAGTTGTAACGGTTAATGTTCAACAA
131 AAGTTGTAACGGTTAATGTTCAACAA
**
19120802 TTCCATATATGATTATTGAATAACACAGTAATTTCTATTAATGCAGTTTAC-AGAAGCGATGACA
1 TTCCATATATGATTATTGAATAACACAGTAATTTCTATTAATGCAGTTTACGA-AAGCGACAACA
* * * *
19120866 GGTCCTCAAGCATCGAT-AGGTCTGGCTCCACCGTAAATTACTAATGAGCCACCGGTAAGCATAT
65 GGTCCTCAAGCATCGATCA-GTCCGGCTCCACCGTAAACTACTAACGAGCCACCGATAAGCATAT
*
19120930 TAAAGTTGTAACGGTTAATGTTCAATAA
129 TAAAGTTGTAACGGTTAATGTTCAACAA
19120958 TTCCATATATGATTATTGAATAACACA
1 TTCCATATATGATTATTGAATAACACA
19120985 ATTATATATG
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 20, Indels: 4
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.01
156 159 0.99
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Consensus pattern (156 bp):
TTCCATATATGATTATTGAATAACACAGTAATTTCTATTAATGCAGTTTACGAAAGCGACAACAG
GTCCTCAAGCATCGATCAGTCCGGCTCCACCGTAAACTACTAACGAGCCACCGATAAGCATATTA
AAGTTGTAACGGTTAATGTTCAACAA
Found at i:19121412 original size:31 final size:31
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Indices: 19121367--19121634 Score: 410
Period size: 31 Copynumber: 8.6 Consensus size: 31
19121357 TTAGCGTATG
19121367 ACAACATTTTACTTGTTATGCATGGCGTGTC
1 ACAACATTTTACTTGTTATGCATGGCGTGTC
* *
19121398 ACAACGTTTAACTTGTTATGCATGGCGTGTC
1 ACAACATTTTACTTGTTATGCATGGCGTGTC
* * * * *
19121429 AGAACATTTTGCTTGTTATCCACGGTGTGTC
1 ACAACATTTTACTTGTTATGCATGGCGTGTC
*
19121460 ACAACATTTTGCTTGTTATGCATGGCGTGTC
1 ACAACATTTTACTTGTTATGCATGGCGTGTC
*
19121491 ACAACATTTTACTTGTTATGAATGGCGTGTC
1 ACAACATTTTACTTGTTATGCATGGCGTGTC
* *
19121522 ACAAGATTTTACTTGATATGCATGGCGTGTC
1 ACAACATTTTACTTGTTATGCATGGCGTGTC
* *
19121553 ACAAGATTTTACTTATTATGCATGGCGTGTC
1 ACAACATTTTACTTGTTATGCATGGCGTGTC
19121584 ACAACATTTTACTTGTTATGCATGGCGTGTC
1 ACAACATTTTACTTGTTATGCATGGCGTGTC
*
19121615 ACAACATTTTACTAGTTATG
1 ACAACATTTTACTTGTTATG
19121635 GTTTGTGGTA
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 23, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 214 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.20, T:0.38
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ACAACATTTTACTTGTTATGCATGGCGTGTC
Found at i:19125178 original size:77 final size:75
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Indices: 19125040--19125199 Score: 293
Period size: 77 Copynumber: 2.1 Consensus size: 75
19125030 CAATGCTACT
*
19125040 CCATTAGCCCGAAGCTTGTGTGACATAAGTTCACTAATTATTTTTGCACTCGTAGTTGAAAATAG
1 CCATTAACCCGAAGCTTGTGTGACATAAGTTCACTAATTATTTTTGCACTCGTAGTTGAAAATAG
19125105 CCCTTGCAAA
66 CCCTTGCAAA
19125115 CCATTAANCCCGAAAGCTTGTGTGACATAAGTTCACTAATTATTTTTGCACTCGTAGTTGAAAAT
1 CCATTAA-CCCG-AAGCTTGTGTGACATAAGTTCACTAATTATTTTTGCACTCGTAGTTGAAAAT
19125180 AGCCCTTGCAAA
64 AGCCCTTGCAAA
19125192 CCATTAAC
1 CCATTAAC
19125200 AGTACAGGTC
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 1, Indels: 3
0.95 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
75 6 0.07
76 5 0.06
77 71 0.87
ACGTcount: A:0.31, C:0.22, G:0.16, T:0.31
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CCATTAACCCGAAGCTTGTGTGACATAAGTTCACTAATTATTTTTGCACTCGTAGTTGAAAATAG
CCCTTGCAAA
Found at i:19125863 original size:21 final size:21
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Indices: 19125814--19125863 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
19125804 AAATGCAGTA
* *
19125814 TTATCCTCCAACGTCATAGTG
1 TTATCCTCCAACCTCAAAGTG
* * *
19125835 TCACCCTCCAACCTCAAATTG
1 TTATCCTCCAACCTCAAAGTG
19125856 TTATCCTC
1 TTATCCTC
19125864 AAGTGTCGTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 7, Indels: 0
0.76 0.24 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
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Consensus pattern (21 bp):
TTATCCTCCAACCTCAAAGTG
Found at i:19126793 original size:31 final size:31
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Indices: 19126549--19126781 Score: 241
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19126539 GTTGTTACAC
* *
19126549 GCCATGCATATAGCGTAAAATGTGGTAACAA
1 GCCATGCATATAACGTAAAATGTGGTAACAT
* *
19126580 GCCATGCATATAACATAACATAAAATGTTGTAACAT
1 GCCATGC--AT---ATAACGTAAAATGTGGTAACAT
** * * *
19126616 GTTATGTATATAGCGTAAAATGTGGTAACAC
1 GCCATGCATATAACGTAAAATGTGGTAACAT
*
19126647 GCCATGCATATAACGTAAAATGTCGTAACAT
1 GCCATGCATATAACGTAAAATGTGGTAACAT
* * *
19126678 GCCATGCATTTAACGGAAAATGTGGTAACAC
1 GCCATGCATATAACGTAAAATGTGGTAACAT
* * * *
19126709 ACCATACATATAACATAAAATGTGGTAACAG
1 GCCATGCATATAACGTAAAATGTGGTAACAT
* * *
19126740 GTCATGCATATAACGTTAAATGTTGTAACAT
1 GCCATGCATATAACGTAAAATGTGGTAACAT
19126771 GCCATGCATAT
1 GCCATGCATAT
19126782 CAAGTCAAAT
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 35, Indels: 10
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 136 0.84
33 2 0.01
34 2 0.01
36 22 0.14
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (31 bp):
GCCATGCATATAACGTAAAATGTGGTAACAT
Found at i:19126808 original size:62 final size:62
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Indices: 19126545--19126808 Score: 251
Period size: 62 Copynumber: 4.2 Consensus size: 62
19126535 TCATGTTGTT
* * * *
19126545 ACACGCCATGCATATAGCGTAAAATGTGGTAACAAGCCATGCATATAACATAACATAAAATGTTG
1 ACACGCCATGCATATAACGTAAAATGTGGTAACACGCCATGC--AT---ATAACGTAAAATGTCG
19126610 TA
61 TA
* ** * *
19126612 ACATGTTATGTATATAGCGTAAAATGTGGTAACACGCCATGCATATAACGTAAAATGTCGTA
1 ACACGCCATGCATATAACGTAAAATGTGGTAACACGCCATGCATATAACGTAAAATGTCGTA
* * * * * * *
19126674 ACATGCCATGCATTTAACGGAAAATGTGGTAACACACCATACATATAACATAAAATGTGGTA
1 ACACGCCATGCATATAACGTAAAATGTGGTAACACGCCATGCATATAACGTAAAATGTCGTA
* * * * * * *
19126736 ACAGGTCATGCATATAACGTTAAATGTTGTAACATGCCATGCATATCAA-GTCAAATGTCGTG
1 ACACGCCATGCATATAACGTAAAATGTGGTAACACGCCATGCATAT-AACGTAAAATGTCGTA
*
19126798 TCACGCCATGC
1 ACACGCCATGC
19126809 CTCAATGTCT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 33, Indels: 7
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
62 122 0.75
63 2 0.01
65 2 0.01
67 37 0.23
ACGTcount: A:0.38, C:0.18, G:0.18, T:0.26
Consensus pattern (62 bp):
ACACGCCATGCATATAACGTAAAATGTGGTAACACGCCATGCATATAACGTAAAATGTCGTA
Found at i:19127273 original size:63 final size:63
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Indices: 19127163--19127283 Score: 145
Period size: 63 Copynumber: 1.9 Consensus size: 63
19127153 ACAGCTTGAT
* *
19127163 GACGATGGTGCTCAATAGAGAGTTGACAAAGCTCATACAATTCAGAGA-TCTGAGAGAGCTAAA
1 GACGATGGTGCTCAATAGAGACTTGACAAAGCTCAGACAATTCAGAGAGT-TGAGAGAGCTAAA
* * * * ** *
19127226 GACGATGGTGCTCAATAGTGACTTGCCAAAGTTGAGATGATTTAGAGAGTTGAGAGAG
1 GACGATGGTGCTCAATAGAGACTTGACAAAGCTCAGACAATTCAGAGAGTTGAGAGAG
19127284 AAATATGACC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 9, Indels: 2
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
63 47 0.98
64 1 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.29, T:0.23
Consensus pattern (63 bp):
GACGATGGTGCTCAATAGAGACTTGACAAAGCTCAGACAATTCAGAGAGTTGAGAGAGCTAAA
Found at i:19132355 original size:20 final size:21
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Indices: 19132327--19132365 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
19132317 CAATTTTTTT
19132327 CATAACCC-AATGTATCGACA
1 CATAACCCAAATGTATCGACA
*
19132347 CATAGCCCAAATGTATCGA
1 CATAACCCAAATGTATCGA
19132366 TATATTTCGT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.41
21 10 0.59
ACGTcount: A:0.38, C:0.28, G:0.13, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
CATAACCCAAATGTATCGACA
Found at i:19133223 original size:27 final size:26
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Indices: 19133186--19133238 Score: 79
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
19133176 ATTCAATTTT
* *
19133186 TTAAATATTAATAATTGATAATTTAA
1 TTAAATATTAACAATTAATAATTTAA
19133212 TTAAATTATTAACAATTAATAATTTAA
1 TTAAA-TATTAACAATTAATAATTTAA
19133239 ATATTAATAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 1
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 5 0.21
27 19 0.79
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Consensus pattern (26 bp):
TTAAATATTAACAATTAATAATTTAA
Found at i:19133351 original size:155 final size:155
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Indices: 19133183--19140564 Score: 14703
Period size: 155 Copynumber: 47.6 Consensus size: 155
19133173 TTTATTCAAT
* * * * *
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