Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: chr8
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Warning! 1222752 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 50 of 50
Found at i:19555936 original size:28 final size:29
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Indices: 19555895--19555971 Score: 86
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19555885 AAGGATTTTA
* * **
19555895 AGGGTTTGAAGTTCGGGGTTCG-GGGTTT
1 AGGGTTTTAGGTTCGGGGTTCGAGGGTCG
19555923 AGGGTTTTAGGTTCGGGGTTCGAGGGTCG
1 AGGGTTTTAGGTTCGGGGTTCGAGGGTCG
*
19555952 A-GGCTTTAGGGTTCGGGGTT
1 AGGGTTTTA-GGTTCGGGGTT
19555972 TAGGGGTTCG
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AGGGTTTTAGGTTCGGGGTTCGAGGGTCG
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19555918 GGTTTAGGGT
*
19555928 TTTA-GGTTCGGGG-TTCGAGGG-TCGAGG
1 TTTAGGGTTCGGGGTTTAG-GGGTTCGAGG
*
19555955 CTTTAGGGTTCGGGGTTTAGGGGTTCGTGG
1 -TTTAGGGTTCGGGGTTTAGGGGTTCGAGG
* *
19555985 TTTGGGGTT-AGGGTTTAGGG
1 TTTAGGGTTCGGGGTTTAGGG
19556005 TTTTTTTTAT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 4, Indels: 6
0.81 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
28 14 0.33
29 20 0.48
30 8 0.19
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TTTAGGGTTCGGGGTTTAGGGGTTCGAGG
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19563852 TTTGGTTTTT
19563862 GGTTTAG
1 GGTTTAG
19563869 GGTTTAG
1 GGTTTAG
19563876 GGTTTAG
1 GGTTTAG
19563883 GGTTTAGG
1 GGTTTA-G
19563891 GGTTTAAG
1 GGTTT-AG
*
19563899 GGTTAAG
1 GGTTTAG
*
19563906 GGTTTGG
1 GGTTTAG
19563913 GGTTTAG
1 GGTTTAG
19563920 GGTTTAG
1 GGTTTAG
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1 GGTTTAG
19563934 G
1 G
19563935 ATTTTTTTTT
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7 48 0.80
8 11 0.18
9 1 0.02
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GGTTTAG
Found at i:19563908 original size:37 final size:36
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19563852 TTTGGTTTTT
*
19563862 GGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGGTTTAAG
1 GGTTAAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA-GGGTTTAAG
*
19563899 GGTTAAGGGTTTGGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGTTAAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
19563933 GGATTTTTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
36 7 0.22
37 25 0.78
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GGTTAAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAAG
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Indices: 19570251--19570289 Score: 69
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19570241 CATTCTCTGG
19570251 ATTTTTTCTTTTTTCAAT
1 ATTTTTTCTTTTTTCAAT
*
19570269 ATTTTTTCTTTTTTCCAT
1 ATTTTTTCTTTTTTCAAT
19570287 ATT
1 ATT
19570290 CAAATCTCCA
Statistics
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18 20 1.00
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ATTTTTTCTTTTTTCAAT
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19571219 TTGTCGGTGA
*
19571229 CGGCAGGTGGGTTACCGATGG
1 CGGCAGGTGGGCTACCGATGG
*
19571250 CGGCAGGTGGGCTACCGGTGG
1 CGGCAGGTGGGCTACCGATGG
19571271 CGGCAGGTGGGCTACC
1 CGGCAGGTGGGCTACC
19571287 TAATGCAATT
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Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 35 1.00
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CGGCAGGTGGGCTACCGATGG
Found at i:19571435 original size:7 final size:7
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Indices: 19571425--19571748 Score: 180
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19571415 GTTTAGGTTA
19571425 GGTTTGG
1 GGTTTGG
19571432 GG-TTGG
1 GGTTTGG
*
19571438 GGGTTGG
1 GGTTTGG
19571445 GGTTTTGG
1 GG-TTTGG
*
19571453 GTTTTTGG
1 G-GTTTGG
*
19571461 GTTTTGG
1 GGTTTGG
19571468 GG-TTGG
1 GGTTTGG
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1 GGTTTGG
*
19571480 GGTTTCGA
1 GGTTT-GG
*
19571488 GTTTTGG
1 GGTTTGG
19571495 GG-TTGG
1 GGTTTGG
*
19571501 GGGTTGG
1 GGTTTGG
19571508 GGTTTTGG
1 GG-TTTGG
19571516 GGTTT-G
1 GGTTTGG
19571522 GGTTT-G
1 GGTTTGG
19571528 GGTTTGGG
1 GGTTT-GG
*
19571536 GGTTTCG
1 GGTTTGG
* *
19571543 AGTTTCG
1 GGTTTGG
*
19571550 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
19571557 GGTTTAG
1 GGTTTGG
* *
19571564 GGTCTAG
1 GGTTTGG
* * *
19571571 GATGTAG
1 GGTTTGG
*
19571578 GGTTTAG
1 GGTTTGG
* *
19571585 GGTGTAG
1 GGTTTGG
* *
19571592 GGTGTAG
1 GGTTTGG
* *
19571599 GGTGTAG
1 GGTTTGG
* *
19571606 GGTGTAG
1 GGTTTGG
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*
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1 GGTTTGG
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*
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*
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1 GGTTTGG
*
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1 GGTTTGG
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*
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*
19571675 GG-TTAG
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1 GGTTTGG
19571688 GGTTTGG
1 GGTTTGG
*
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1 GGTTTGG
*
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1 GGTTTGG
*
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1 GGTTTGG
*
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1 GGTTTGG
*
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1 GGTTTGG
*
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1 GGTTTGG
*
19571737 GGTTTAG
1 GGTTTGG
19571744 GGTTT
1 GGTTT
19571749 TTTTTTTTTA
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 27, Indels: 24
0.84 0.08 0.07
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6 47 0.17
7 203 0.73
8 28 0.10
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GGTTTGG
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19571606 GGTGTAGGGT
19571616 TTGGGGGTTGGGGGTTGGGGG
1 TTGGGGGTTGGGGGTT-GGGG
19571637 TTGGGGGTTGGGGGTTGGGG
1 TTGGGGGTTGGGGGTTGGGG
*
19571657 TTGAGGGTTGGGGGTTGGGG
1 TTGGGGGTTGGGGGTTGGGG
* * *
19571677 TTAGGGTTTGGGGTTTGGGG
1 TTGGGGGTTGGGGGTTGGGG
19571697 TT
1 TT
19571699 TAGGGTTTAG
Statistics
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0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
20 41 0.72
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TTGGGGGTTGGGGGTTGGGG
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19577576 TTAGGTTTAG
* *
19577586 GTTTAGGGTTTCGC
1 GTTTCGGGTTTCGA
*
19577600 GTTTCGGGTTTTGA
1 GTTTCGGGTTTCGA
*
19577614 GTTTCGGGTTTCAA
1 GTTTCGGGTTTCGA
* *
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1 GTTTCG-GGTTTCGA
19577643 GTTT
1 GTTT
19577647 TAAGGTTTTG
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14 28 0.74
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GTTTCGGGTTTCGA
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Indices: 19577593--19577635 Score: 59
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19577583 TAGGTTTAGG
**
19577593 GTTTCGCGTTTCGGGTTTTGA
1 GTTTCGCGTTTCAAGTTTTGA
*
19577614 GTTTCGGGTTTCAAGTTTTGA
1 GTTTCGCGTTTCAAGTTTTGA
19577635 G
1 G
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21 19 1.00
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GTTTCGCGTTTCAAGTTTTGA
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19577618 CGGGTTTCAA
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1 GTTTTGAG
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1 GTTTTGAG
*
19577643 GTTTTAAG
1 GTTTTGAG
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1 GTTTTGAG
*
19577658 GGTTTG-G
1 GTTTTGAG
* *
19577665 GGTTCGAG
1 GTTTTGAG
19577673 GTTTTGAG
1 GTTTTGAG
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1 GTTTTGAG
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1 GTT
19577692 AGGGTTTAGG
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0.83 0.10 0.07
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8 30 0.62
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GTTTTGAG
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19577596 TCGCGTTTCG
*
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1 GGTTTTGAGTTTTGA
**
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1 GGTTTTGAGTTTTGA
*
19577635 GGTTTTGAGTTTTAA
1 GGTTTTGAGTTTTGA
* *
19577650 GGTTTTGGGGTTTG-
1 GGTTTTGAGTTTTGA
* *
19577664 GGGTTCGAGGTTTTGA
1 GGTTTTGA-GTTTTGA
19577680 GGTTTTGAG
1 GGTTTTGAG
19577689 GTTAGGGTTT
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0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
14 16 0.31
15 29 0.57
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GGTTTTGAGTTTTGA
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19577680 GGTTTTGAGG
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1 TTAGGGT
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*
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*
19577712 TGAGGGT
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*
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*
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1 TTAGGGT
*
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1 TT-AGGGT
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1 TTAG-GGT
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1 TTAGGGT
*
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1 TTAGGGT
*
19577818 TTAGGGG
1 TTAGGGT
19577825 TTAGGGT
1 TTAGGGT
*
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1 TTAGGGT
*
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1 TTAGGGT
*
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1 TTAGGGT
*
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1 TTAGGGT
*
19577859 TTAGGGG
1 TTAGGGT
*
19577866 TTAGGGG
1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
**
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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Statistics
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Done.