Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CCACVL1_26618
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2583
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.26, T:0.28
Found at i:2235 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 2188--2384 Score: 158
Period size: 36 Copynumber: 5.5 Consensus size: 36
2178 GAACAGCAGT
2188 GGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGTGGATGTGGTGGA
1 GGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGTGGATGTGGTGGA
* * **
2224 GGTTGTGGTGGCTGTGGAAT-CATGGTGAACAGCAGT---
1 GGTTGTGGTGGCTGTGG--TGC-TGGTGGA-TGTGGTGGA
*
2260 GGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGAGGATGTGGTGGA
1 GGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGTGGATGTGGTGGA
** * **
2296 GGTTGTGGTGGCTGTGGAAT-CATGGTTAACAGCAGT---
1 GGTTGTGGTGGCTGTGG--TGC-TGGTGGA-TGTGGTGGA
*
2332 GGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGCGGATGTGGTGGA
1 GGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGTGGATGTGGTGGA
*
2368 GGTTGTGGTGGTTGTGG
1 GGTTGTGGTGGCTGTGG
2385 AATCATGGTG
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 22, Indels: 32
0.69 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
33 6 0.05
34 11 0.09
35 2 0.02
36 84 0.68
37 2 0.02
38 12 0.10
39 6 0.05
ACGTcount: A:0.11, C:0.08, G:0.50, T:0.31
Consensus pattern (36 bp):
GGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGTGGATGTGGTGGA
Found at i:2408 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 2224--2420 Score: 158
Period size: 36 Copynumber: 5.5 Consensus size: 36
2214 ATGTGGTGGA
2224 GGTTGTGGTGGCTGTGGAATCATGGTGAACAGCAGT
1 GGTTGTGGTGGCTGTGGAATCATGGTGAACAGCAGT
* * * **
2260 GGTTGTGGTGGCTGTGG--TGC-TGGAGGA-TGTGGT
1 GGTTGTGGTGGCTGTGGAAT-CATGGTGAACAGCAGT
*
2293 GGAGGTTGTGGTGGCTGTGGAATCATGGTTAACAGCAGT
1 ---GGTTGTGGTGGCTGTGGAATCATGGTGAACAGCAGT
* * * **
2332 GGTTGTGGTGGCTGTGG--TGC-TGGCGGA-TGTGGT
1 GGTTGTGGTGGCTGTGGAAT-CATGGTGAACAGCAGT
*
2365 GGAGGTTGTGGTGGTTGTGGAATCATGGTGAACAGCAGT
1 ---GGTTGTGGTGGCTGTGGAATCATGGTGAACAGCAGT
2404 GGTTGTGGTGGCTGTGG
1 GGTTGTGGTGGCTGTGG
2421 TGCTGGCGGA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 24, Indels: 32
0.68 0.14 0.18
Matches are distributed among these distances:
33 6 0.05
34 11 0.09
35 2 0.02
36 83 0.69
37 2 0.02
38 11 0.09
39 6 0.05
ACGTcount: A:0.13, C:0.09, G:0.48, T:0.30
Consensus pattern (36 bp):
GGTTGTGGTGGCTGTGGAATCATGGTGAACAGCAGT
Found at i:2451 original size:72 final size:72
Alignment explanation
Indices: 2171--2450 Score: 488
Period size: 72 Copynumber: 3.9 Consensus size: 72
2161 AGTACTAATG
* *
2171 TCATGATGAACAGCAGTGGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGTGGATGTGGTGGAGGTTGTGGTGGC
1 TCATGGTGAACAGCAGTGGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGCGGATGTGGTGGAGGTTGTGGTGGC
2236 TGTGGAA
66 TGTGGAA
*
2243 TCATGGTGAACAGCAGTGGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGAGGATGTGGTGGAGGTTGTGGTGGC
1 TCATGGTGAACAGCAGTGGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGCGGATGTGGTGGAGGTTGTGGTGGC
2308 TGTGGAA
66 TGTGGAA
* *
2315 TCATGGTTAACAGCAGTGGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGCGGATGTGGTGGAGGTTGTGGTGGT
1 TCATGGTGAACAGCAGTGGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGCGGATGTGGTGGAGGTTGTGGTGGC
2380 TGTGGAA
66 TGTGGAA
* * *
2387 TCATGGTGAACAGCAGTGGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGCGGATGTGGGGGATGTGGTGGTGG
1 TCATGGTGAACAGCAGTGGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGCGGATGTGGTGGAGGTTGTGGTGG
2451 TGGTTGTGGA
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 9, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
72 199 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.09, G:0.49, T:0.30
Consensus pattern (72 bp):
TCATGGTGAACAGCAGTGGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTGGCGGATGTGGTGGAGGTTGTGGTGGC
TGTGGAA
Found at i:2458 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 2402--2459 Score: 71
Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 24
2392 GTGAACAGCA
* *
2402 GTGGTTGTGGTGGCTGTGGTGCTG
1 GTGGTTGTGGGGGATGTGGTGCTG
* * *
2426 GCGGATGTGGGGGATGTGGTGGTG
1 GTGGTTGTGGGGGATGTGGTGCTG
2450 GTGGTTGTGG
1 GTGGTTGTGG
2460 AAGCAGGGTC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 7, Indels: 0
0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 27 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.05, G:0.59, T:0.33
Consensus pattern (24 bp):
GTGGTTGTGGGGGATGTGGTGCTG
Done.