Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Cotton_A_14550

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 793

Length: 1323
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.28, T:0.26


Found at i:990 original size:150 final size:150

Alignment explanation


    Indices: 796--1070  Score: 433
    Period size: 150  Copynumber: 1.8  Consensus size: 150

        786 CGGCTATGGC

                          *  *           *                *  *               
        796 AGCAGTTTTACTCCGCAGTGGTTGGACCATGGTGGTGATGATATTATATTAATTTGTGGAGCAAC
          1 AGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCACGGTGGTGATGATATTACATCAATTTGTGGAGCAAC

                                                            *                
        861 CACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGGAAGGTGTTGGCAACACTTGG
         66 CACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGGAAGATGTTGGCAACACTTGG

                                
        926 ATTATGGCAGGGACGGCGGT
        131 ATTATGGCAGGGACGGCGGT

                                                 *            **           * 
        946 AGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCACGGTGGTGGTGATATTACATCCGTTTGTGGAGCACC
          1 AGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCACGGTGGTGATGATATTACATCAATTTGTGGAGCAAC

                 * *             *                                      
       1011 CACCTGCGATGGTGCTCCTTGTGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGGAAGATGTTGGCAACA
         66 CACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGGAAGATGTTGGCAACA

       1071 TTCGAATTAT


Statistics
Matches: 112,  Mismatches: 13, Indels: 0
        0.90            0.10        0.00

Matches are distributed among these distances:
 150  112  1.00

ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.31, T:0.27


Consensus pattern (150 bp):   
AGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCACGGTGGTGATGATATTACATCAATTTGTGGAGCAAC
CACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGGAAGATGTTGGCAACACTTGG
ATTATGGCAGGGACGGCGGT

Found at i:1181 original size:339 final size:340

Alignment explanation


    Indices: 581--1271  Score: 1231
    Period size: 339  Copynumber: 2.0  Consensus size: 340

        571 AGCCACTTAA

                    *                           *                            
        581 ATTATGGCGGGGACGGCGGTAGCAGTTTTACTCCACGATGGTTGGACCACGGTGGTGGTGGTGGT
          1 ATTATGGCAGGGACGGCGGTAGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCAC----G-GGTGGTGGT

               *                         *                                   
        646 GATTTTACATCCATTTGTGGAGCACCCACTTGCGATGGTGCTCCTTGTGAGAGACCGGTTAATGG
         61 GATATTACATCCATTTGTGGAGCACCCACCTGCGATGGTGCTCCTTGTGAGAGACCGGTTAATGG

                                                                          *  
        711 AAATGGAAGATGTTGGCAACATTCGAATTATGGTCGCAGTAGTAGTTGTTTTACTTCACGGAGCT
        126 AAATGGAAGATGTTGGCAACATTCGAATTATGGTCGCAGTAGTAGTTGTTTTACTTCACGGAACT

                                                                             
        776 TAAATTATGGCGGCTATGGCAGCAGTTTTACTCCGCAGTGGTTGGACCATGGTGGTGATGATATT
        191 TAAATTATGGCGGCTATGGCAGCAGTTTTACTCCGCAGTGGTTGGACCATGGTGGTGATGATATT

                                                                             
        841 ATATTAATTTGTGGAGCAACCACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGG
        256 ATATTAATTTGTGGAGCAACCACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGG

                                
        906 AAGGTGTTGGCAACACTTGG
        321 AAGGTGTTGGCAACACTTGG

                                                                             
        926 ATTATGGCAGGGACGGCGGTAGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCAC-GGTGGTGGTGATAT
          1 ATTATGGCAGGGACGGCGGTAGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCACGGGTGGTGGTGATAT

                   *                                                *        
        990 TACATCCGTTTGTGGAGCACCCACCTGCGATGGTGCTCCTTGTGAGAGACCGGTTAGTGGAAATG
         66 TACATCCATTTGTGGAGCACCCACCTGCGATGGTGCTCCTTGTGAGAGACCGGTTAATGGAAATG

                                                                             
       1055 GAAGATGTTGGCAACATTCGAATTATGGTCGCAGTAGTAGTTGTTTTACTTCACGGAACTTAAAT
        131 GAAGATGTTGGCAACATTCGAATTATGGTCGCAGTAGTAGTTGTTTTACTTCACGGAACTTAAAT

                          *                *                                 
       1120 TATGGCGGCTATGGTAGCAGTTTTACTCCGCGGTGGTTGGACCATGGTGGTGATGATATTATATT
        196 TATGGCGGCTATGGCAGCAGTTTTACTCCGCAGTGGTTGGACCATGGTGGTGATGATATTATATT

                                *                             *              
       1185 AATTTGTGGAGCAACCACCTGCAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTATTGGAAATGGAAGGT
        261 AATTTGTGGAGCAACCACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGGAAGGT

                           
       1250 GTTGGCAACACTTGG
        326 GTTGGCAACACTTGG

                   
       1265 ATTATGG
          1 ATTATGG

       1272 TTGCAGCAGC


Statistics
Matches: 335,  Mismatches: 11, Indels: 6
        0.95            0.03        0.02

Matches are distributed among these distances:
 339  287  0.86
 345   48  0.14

ACGTcount: A:0.23, C:0.17, G:0.31, T:0.29


Consensus pattern (340 bp):   
ATTATGGCAGGGACGGCGGTAGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCACGGGTGGTGGTGATAT
TACATCCATTTGTGGAGCACCCACCTGCGATGGTGCTCCTTGTGAGAGACCGGTTAATGGAAATG
GAAGATGTTGGCAACATTCGAATTATGGTCGCAGTAGTAGTTGTTTTACTTCACGGAACTTAAAT
TATGGCGGCTATGGCAGCAGTTTTACTCCGCAGTGGTTGGACCATGGTGGTGATGATATTATATT
AATTTGTGGAGCAACCACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGGAAGGT
GTTGGCAACACTTGG

Found at i:1282 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 1274--1310  Score: 74
    Period size: 3  Copynumber: 12.3  Consensus size: 3

       1264 GATTATGGTT

                                                             
       1274 GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA G
          1 GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA G

       1311 TGGTAGATAT


Statistics
Matches: 34,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
   3   34  1.00

ACGTcount: A:0.32, C:0.32, G:0.35, T:0.00


Consensus pattern (3 bp):   
GCA

Done.