Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Cotton_A_35338

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 282

Length: 470
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.35, T:0.23


Found at i:225 original size:21 final size:21

Alignment explanation


    Indices: 199--343  Score: 166
    Period size: 21  Copynumber: 6.7  Consensus size: 21

        189 CGGAGGTAAA

                       *         
        199 GGAGGGTATGGAGGTGGCCAC
          1 GGAGGGTATGGTGGTGGCCAC

                       *     *   
        220 GGAGGGTATGGAGGTGGGCAC
          1 GGAGGGTATGGTGGTGGCCAC

                             *   
        241 GGAGGGTATGGTGGTGGACAC
          1 GGAGGGTATGGTGGTGGCCAC

                             *   
        262 GGA-GGTATGGTGGTGGACAC
          1 GGAGGGTATGGTGGTGGCCAC

                                    
        282 GGAGGGTATGGTGGTGGTGGCCAC
          1 GGAGGGTA---TGGTGGTGGCCAC

                 *                  
        306 GGAGGATATGGTGGCGGTGGCCAC
          1 GGAGGGTATGGT---GGTGGCCAC

                 *        
        330 GGAGGATATGGTGG
          1 GGAGGGTATGGTGG

        344 CGGTGGACAT


Statistics
Matches: 112,  Mismatches: 5, Indels: 14
        0.85            0.04        0.11

Matches are distributed among these distances:
  20   20  0.18
  21   52  0.46
  24   40  0.36

ACGTcount: A:0.18, C:0.11, G:0.53, T:0.18


Consensus pattern (21 bp):   
GGAGGGTATGGTGGTGGCCAC

Found at i:301 original size:24 final size:24

Alignment explanation


    Indices: 211--358  Score: 145
    Period size: 24  Copynumber: 6.6  Consensus size: 24

        201 AGGGTATGGA

                 *              *   
        211 GGTGGCCACGGAGGGTATGGAGGT
          1 GGTGGACACGGAGGGTATGGTGGT

                                    
        235 -G-GG-CACGGAGGGTA---TGGT
          1 GGTGGACACGGAGGGTATGGTGGT

                                    
        253 GGTGGACACGGA-GGTA---TGGT
          1 GGTGGACACGGAGGGTATGGTGGT

                                    
        273 GGTGGACACGGAGGGTATGGTGGT
          1 GGTGGACACGGAGGGTATGGTGGT

                 *        *        *
        297 GGTGGCCACGGAGGATATGGTGGC
          1 GGTGGACACGGAGGGTATGGTGGT

                 *        *        *
        321 GGTGGCCACGGAGGATATGGTGGC
          1 GGTGGACACGGAGGGTATGGTGGT

                    *     
        345 GGTGGACATGGAGG
          1 GGTGGACACGGAGG

        359 AGGTTATAAA


Statistics
Matches: 111,  Mismatches: 6, Indels: 14
        0.85            0.05        0.11

Matches are distributed among these distances:
  18    3  0.03
  19    1  0.01
  20   22  0.20
  21   21  0.19
  22    2  0.02
  23    1  0.01
  24   61  0.55

ACGTcount: A:0.18, C:0.12, G:0.53, T:0.18


Consensus pattern (24 bp):   
GGTGGACACGGAGGGTATGGTGGT

Done.