Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Cotton_A_09171
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 610
Length: 1017
ACGTcount: A:0.19, C:0.08, G:0.49, T:0.24
Found at i:256 original size:27 final size:24
Alignment explanation
Indices: 187--256 Score: 59
Period size: 27 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
177 AGGCGGTTCA
**
187 GGAGGTGGTGGTGGTTCTGCGGTT
1 GGAGGTGGTGGTGGTAGTGCGGTT
* * * *
211 GTAGGAGGAGGTGCTAGTGCTGGATAT
1 GGAGGTGGTGGTGGTAGTGC-GG-T-T
238 GGAGGTGGTGGTGGTAGTG
1 GGAGGTGGTGGTGGTAGTG
257 GAGAAGGTGG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 10, Indels: 3
0.72 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
24 14 0.42
25 2 0.06
26 1 0.03
27 16 0.48
ACGTcount: A:0.13, C:0.06, G:0.53, T:0.29
Consensus pattern (24 bp):
GGAGGTGGTGGTGGTAGTGCGGTT
Found at i:258 original size:24 final size:21
Alignment explanation
Indices: 231--293 Score: 51
Period size: 21 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21
221 GTGCTAGTGC
231 TGGATATGGAGGTGGTGGTGGT
1 TGGA-ATGGAGGTGGTGGTGGT
*
253 AGTGG-A-GAAGGTGGTGGT-GT
1 --TGGAATGGAGGTGGTGGTGGT
*
273 TGGAAATGGAGGTGCTGGTGG
1 TGG-AATGGAGGTGGTGGTGG
294 ACATGGAGGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 10
0.71 0.07 0.22
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.09
20 3 0.09
21 21 0.66
22 2 0.06
24 3 0.09
ACGTcount: A:0.17, C:0.02, G:0.54, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
TGGAATGGAGGTGGTGGTGGT
Found at i:286 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 247--311 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 3.6 Consensus size: 18
237 TGGAGGTGGT
* *
247 GGTGGTAGTGGAGAA-GGT
1 GGTGGTGGTGGA-AATGGA
*
265 GGTGGTGTTGGAAATGGA
1 GGTGGTGGTGGAAATGGA
* *
283 GGTGCTGGTGGACATGGA
1 GGTGGTGGTGGAAATGGA
*
301 GGTGGTAGTGG
1 GGTGGTGGTGG
312 TAGTGGTGGA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 8, Indels: 2
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.05
18 36 0.95
ACGTcount: A:0.18, C:0.03, G:0.54, T:0.25
Consensus pattern (18 bp):
GGTGGTGGTGGAAATGGA
Found at i:312 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 231--312 Score: 94
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
221 GTGCTAGTGC
* * * *
231 TGGATATGGAGGTGGTGGTGGTAGTGGAGAAGGTGGTGGTGT
1 TGGAAATGGAGGTGCTGGTGGTAATGGAGAAGGTAGTGGTGT
**
273 TGGAAATGGAGGTGCTGGTGG-ACATGGAGGTGGTAGTGGT
1 TGGAAATGGAGGTGCTGGTGGTA-ATGGAGAAGGTAGTGGT
313 AGTGGTGGAG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 2
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.03
42 32 0.97
ACGTcount: A:0.18, C:0.02, G:0.52, T:0.27
Consensus pattern (42 bp):
TGGAAATGGAGGTGCTGGTGGTAATGGAGAAGGTAGTGGTGT
Found at i:621 original size:120 final size:117
Alignment explanation
Indices: 509--857 Score: 414
Period size: 120 Copynumber: 2.9 Consensus size: 117
499 GGAGCTGGTA
* * * * * *
509 GTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTAAGGGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGT
1 GTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGG-AAGGGTGGTGGCGGTGGTGGTGGT-GT
* *
574 GCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTG
64 G-AGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTG
* *
629 GTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGT
1 GTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGG---TGGAGGTGGTGGAAG-GGTGGTGGCGGTGGTGGTGGT
* *
694 G-GAGGCGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGTGAAGGTG
62 GTGAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTG
* *** * * *
749 GTGGAGCTGGTAAGGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTG-G
1 GTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGAAG-GGTGGTGGCGGTGGTGGTGGTGTG
* * *
813 AGGTGGAGCTGGAGGATATGGAGGTGGAAGTGGAGGAGGAAGTGG
65 AGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGAAGTGG
858 CTCTGGGTAT
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 21, Indels: 11
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
117 79 0.39
120 92 0.45
121 1 0.00
122 3 0.01
123 29 0.14
ACGTcount: A:0.20, C:0.04, G:0.56, T:0.20
Consensus pattern (117 bp):
GTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGAAGGGTGGTGGCGGTGGTGGTGGTGTGA
GGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTG
Found at i:671 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 657--698 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 4.7 Consensus size: 9
647 GTGGTGGACA
657 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
666 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
*
675 TGGTA-GCGG
1 TGG-AGGTGG
*
684 TGGTGGTGG
1 TGGAGGTGG
693 TGGAGG
1 TGGAGG
699 CGGAGCTGGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 4
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 26 0.96
10 1 0.04
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.64, T:0.24
Consensus pattern (9 bp):
TGGAGGTGG
Found at i:723 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 714--740 Score: 54
Period size: 6 Copynumber: 4.5 Consensus size: 6
704 CTGGAGGATA
714 TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGG
1 TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGG
741 TGAAGGTGGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 21 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.52, T:0.19
Consensus pattern (6 bp):
TGGAAG
Found at i:784 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 778--818 Score: 55
Period size: 3 Copynumber: 13.7 Consensus size: 3
768 TGGACATGGA
* * *
778 GGT GGT GGA GGT GGT GGT AGT GGT GGT GGT GGT GGA GGT GG
1 GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GG
819 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 32 1.00
ACGTcount: A:0.07, C:0.00, G:0.66, T:0.27
Consensus pattern (3 bp):
GGT
Found at i:786 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 774--818 Score: 65
Period size: 9 Copynumber: 5.0 Consensus size: 9
764 GTGGTGGACA
774 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
783 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
792 TGGTA-GTGG
1 TGG-AGGTGG
*
801 TGGTGGTGG
1 TGGAGGTGG
810 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
819 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 31 0.97
10 1 0.03
ACGTcount: A:0.09, C:0.00, G:0.64, T:0.27
Consensus pattern (9 bp):
TGGAGGTGG
Found at i:818 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 642--818 Score: 70
Period size: 18 Copynumber: 9.2 Consensus size: 18
632 GAGCTGGTAA
642 TGGTGGTGGTGGACATGGAGG
1 TGGTGGTGGTGG---TGGAGG
*
663 TGGTGGAGGTGGTGGTA-G
1 TGGTGGTGGTGGTGG-AGG
*
681 CGGTGGTGGTGGTGGAGG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
* * * * *
699 CGGAGCTGGAGGATATGGAAG
1 TGGTGGTGGTGG---TGGAGG
** ** *
720 TGGAAGTGGAAGTGGAAG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
** *
738 TGGTGAAGGTGGTGGAGC
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
756 TGGTAAGGGTGGTGGACATGGAGG
1 TGGT---GGTGGTGG---TGGAGG
*
780 TGGTGGAGGTGGTGGTA-G
1 TGGTGGTGGTGGTGG-AGG
798 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
816 TGG
1 TGG
819 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 24, Indels: 29
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.02
18 69 0.58
19 2 0.02
21 37 0.31
24 9 0.08
ACGTcount: A:0.16, C:0.03, G:0.58, T:0.23
Consensus pattern (18 bp):
TGGTGGTGGTGGTGGAGG
Found at i:835 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 810--849 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
800 GTGGTGGTGG
810 TGGAGGTGG-AGCTGGAGGATA
1 TGGAGGTGGAAG-TGGAGGATA
831 TGGAGGTGGAAGTGGAGGA
1 TGGAGGTGGAAGTGGAGGA
850 GGAAGTGGCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.89
22 2 0.11
ACGTcount: A:0.25, C:0.03, G:0.55, T:0.17
Consensus pattern (21 bp):
TGGAGGTGGAAGTGGAGGATA
Found at i:884 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 580--929 Score: 429
Period size: 117 Copynumber: 3.0 Consensus size: 117
570 TAGTGCCGGT
* * ** * *
580 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAA---
645 TGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
63 TGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
* * * * *
700 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGTGAAGGTGGTGGAGCTGGTAAGGG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAATGG
* *
765 TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTGGAGGT
66 TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
* * ** **
817 GGAGCTGGAGGATATGGAGGTGGAAGTGGAGGAGGAAGTGGCTCTGGGT-ATGGTTCTGGCAATG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGG-TCAAGGTGATGGAGCTGGCAATG
* * * *
881 GTGGT--TC-TGGAGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGCGGTGGTGGTGGTGGAGG
65 GTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGG
930 GGCACATGGA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 21, Indels: 8
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
114 38 0.18
115 1 0.00
117 105 0.50
118 4 0.02
120 60 0.29
ACGTcount: A:0.18, C:0.05, G:0.55, T:0.22
Consensus pattern (117 bp):
GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAATGG
TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
Found at i:898 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 892--926 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 11.7 Consensus size: 3
882 TGGTTCTGGA
* *
892 GGT GGT GGT GGT AGT GGT GGC GGT GGT GGT GGT GG
1 GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GG
927 AGGGGCACAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 28 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.03, G:0.66, T:0.29
Consensus pattern (3 bp):
GGT
Done.