Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Cotton_A_29909

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1692
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.27, T:0.22


Found at i:957 original size:69 final size:69

Alignment explanation


    Indices: 882--1059  Score: 207
    Period size: 69  Copynumber: 2.5  Consensus size: 69

        872 TTAGCAATGG

                                      *  *        **      *    *             
        882 TATGGGGCCAGGCCGGCCTGGTGGTGTTAGCAATGGTATGGGGCCTGGCCGGCCTGGTGGTGCT-
          1 TATGGGGCCAGGCCGGCCTGGTGGTGCTAACAATGGTACCGGGCCTAGCCGACCTGGTGGTG-TA

                 
        946 AGCAA
         65 AGCAA

                     *                                                       
        951 TATGGGGCCCGGCCGGCCTGGTGGTGCTAACAATGGTACCGGGCCTAGCCGACCTGGTGGTGTAA
          1 TATGGGGCCAGGCCGGCCTGGTGGTGCTAACAATGGTACCGGGCCTAGCCGACCTGGTGGTGTAA

                
       1016 GCAA
         66 GCAA

                         *  *                   *    
       1020 TGGTACT-GGGCCTGGTCGGCCTGGTGGTGCTAACAGTGGT
          1 ---TA-TGGGGCCAGGCCGGCCTGGTGGTGCTAACAATGGT

       1060 TCTGTTCCTG


Statistics
Matches: 94,  Mismatches: 10, Indels: 7
        0.85            0.09        0.06

Matches are distributed among these distances:
  68    1  0.01
  69   60  0.64
  72   32  0.34
  73    1  0.01

ACGTcount: A:0.14, C:0.23, G:0.41, T:0.22


Consensus pattern (69 bp):   
TATGGGGCCAGGCCGGCCTGGTGGTGCTAACAATGGTACCGGGCCTAGCCGACCTGGTGGTGTAA
GCAA

Found at i:1070 original size:36 final size:36

Alignment explanation


    Indices: 867--1150  Score: 233
    Period size: 36  Copynumber: 8.0  Consensus size: 36

        857 GAAAGCAGCA

                 *  *                *           
        867 TGGTGTTAGCAATGGTA-TGGGGCCAGGCCGGCCTGG
          1 TGGTGCTAACAATGGTACT-GGGCCTGGCCGGCCTGG

                 *  *                            
        903 TGGTGTTAGCAATGGTA-TGGGGCCTGGCCGGCCTGG
          1 TGGTGCTAACAATGGTACT-GGGCCTGGCCGGCCTGG

                    *                *           
        939 TGGTGCTAGCAA---TA-TGGGGCCCGGCCGGCCTGG
          1 TGGTGCTAACAATGGTACT-GGGCCTGGCCGGCCTGG

                              *      *    *     
        972 TGGTGCTAACAATGGTACCGGGCCTAGCCGACCTGG
          1 TGGTGCTAACAATGGTACTGGGCCTGGCCGGCCTGG

                                        *        
       1008 TGGTG-TAAGCAATGGTACTGGGCCTGGTCGGCCTGG
          1 TGGTGCTAA-CAATGGTACTGGGCCTGGCCGGCCTGG

                       *    *   **         *    
       1044 TGGTGCTAACAGTGGTTCTGTTCCTGGCCGGGCTGG
          1 TGGTGCTAACAATGGTACTGGGCCTGGCCGGCCTGG

              *     *       * *   *            *
       1080 TGCTGCTAGCAATGGTGCAGGGTCTGGCCGGCCTGT
          1 TGGTGCTAACAATGGTACTGGGCCTGGCCGGCCTGG

               *             * *   *            
       1116 TGGCGC-AAGCAATGGTGCAGGGTCTGGCCGGCCTG
          1 TGGTGCTAA-CAATGGTACTGGGCCTGGCCGGCCTG

       1151 CTGGCCCTAA


Statistics
Matches: 210,  Mismatches: 31, Indels: 14
        0.82            0.12        0.05

Matches are distributed among these distances:
  33   31  0.15
  35    4  0.02
  36  172  0.82
  37    3  0.01

ACGTcount: A:0.13, C:0.23, G:0.41, T:0.23


Consensus pattern (36 bp):   
TGGTGCTAACAATGGTACTGGGCCTGGCCGGCCTGG

Found at i:1080 original size:72 final size:72

Alignment explanation


    Indices: 867--1150  Score: 258
    Period size: 72  Copynumber: 4.0  Consensus size: 72

        857 GAAAGCAGCA

                 *                  *                *  *          *         
        867 TGGTGTTAGCAATGGTATGGGGCCAGGCCGGCCTGGTGGTGTTAGCAATGGTAT-GGGGCCTGGC
          1 TGGTGCTAGCAATGGTATGGGGCCTGGCCGGCCTGGTGGTGCTAACAATGGT-TCCGGGCCTGGC

                    
        931 CGGCCTGG
         65 CGGCCTGG

                                    *                           *        *   
        939 TGGTGCTAGCAA---TATGGGGCCCGGCCGGCCTGGTGGTGCTAACAATGGTACCGGGCCTAGCC
          1 TGGTGCTAGCAATGGTATGGGGCCTGGCCGGCCTGGTGGTGCTAACAATGGTTCCGGGCCTGGCC

             *     
       1001 GACCTGG
         66 GGCCTGG

                                         *                   *      * **     
       1008 TGGTG-TAAGCAATGGTACT-GGGCCTGGTCGGCCTGGTGGTGCTAACAGTGGTTCTGTTCCTGG
          1 TGGTGCT-AGCAATGGTA-TGGGGCCTGGCCGGCCTGGTGGTGCTAACAATGGTTCCGGGCCTGG

                *    
       1071 CCGGGCTGG
         64 CCGGCCTGG

              *             ***   *            *   *             * *   *     
       1080 TGCTGCTAGCAATGGTGCAGGGTCTGGCCGGCCTGTTGGCGC-AAGCAATGGTGCAGGGTCTGGC
          1 TGGTGCTAGCAATGGTATGGGGCCTGGCCGGCCTGGTGGTGCTAA-CAATGGTTCCGGGCCTGGC

                   
       1144 CGGCCTG
         65 CGGCCTG

       1151 CTGGCCCTAA


Statistics
Matches: 171,  Mismatches: 32, Indels: 18
        0.77            0.14        0.08

Matches are distributed among these distances:
  68    1  0.01
  69   59  0.35
  71    2  0.01
  72  107  0.63
  73    2  0.01

ACGTcount: A:0.13, C:0.23, G:0.41, T:0.23


Consensus pattern (72 bp):   
TGGTGCTAGCAATGGTATGGGGCCTGGCCGGCCTGGTGGTGCTAACAATGGTTCCGGGCCTGGCC
GGCCTGG
Done.