Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga03g00136.F1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3951
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.20, T:0.36


Found at i:1255 original size:60 final size:59

Alignment explanation


    Indices: 1148--1654  Score: 425
    Period size: 60  Copynumber: 8.6  Consensus size: 59

       1138 TCTCAAGATA

                     *                            *  **  * *    *      
       1148 TTAATTTGTCGTTAGCTTAAATCCAGCATTAAGCCTTTTGCTTCGAGTTCCATGTGATG
          1 TTAATTTGTTGTTAGCTTAAATCCAGCATTAAGCCTTTCGCAACGTGCTCCACGTGATG

                                                          * *    *      
       1207 TTAATTTGTTGTTAGCTTAAATACCAGCATTAAGCCTTTCGCAACGAGTTCCATGTGATG
          1 TTAATTTGTTGTTAGCTTAAAT-CCAGCATTAAGCCTTTCGCAACGTGCTCCACGTGATG

                                     *         *     *   *               *  
       1267 TTAATTTGTTGTTAGCTTAAATCCCTGCATTAA--ATGTTCACAATGTGCTCCACATGTTGTTG
          1 TTAATTTGTTGTTAGCTTAAAT-CCAGCATTAAGCCT-TTCGCAACGTGCTCCAC--G-TGATG

                   *                                                    
       1329 TTAATTTCTTGTTAGCTTAAAGTCCAGCATTAAGCCTTT--C-A--TG----AC---ATG
          1 TTAATTTGTTGTTAGCTTAAA-TCCAGCATTAAGCCTTTCGCAACGTGCTCCACGTGATG

            *                           *          * *                  
       1377 CTAATTTGTTGTTAGCTTAAAGTCCAGCCTTAAGCCTTTTGTAACGTGCTCCACGTGATG
          1 TTAATTTGTTGTTAGCTTAAA-TCCAGCATTAAGCCTTTCGCAACGTGCTCCACGTGATG

                    **                  *          * *        *         
       1437 TTAATTTGCCGTTAGCTTAAAGTCCAGCCTTAAGCCTTTTGTAACGTGCTGCACGTGATG
          1 TTAATTTGTTGTTAGCTTAAA-TCCAGCATTAAGCCTTTCGCAACGTGCTCCACGTGATG

                         *                   *        * *       *       *
       1497 TTAATTTGTTGTTTGCTTAAATCCCAGCATTAAACCTTTC-CGATGTGCTCCGCGTG-TCA
          1 TTAATTTGTTGTTAGCTTAAAT-CCAGCATTAAGCCTTTCGCAACGTGCTCCACGTGAT-G

               *                    ** *            **            *     
       1556 TTAGTTTGTTGTTAGCTTAAAGTCTTGGATTAAGCCTTTCATAACGTGCTCCACATGATG
          1 TTAATTTGTTGTTAGCTTAAA-TCCAGCATTAAGCCTTTCGCAACGTGCTCCACGTGATG

                                              *    
       1616 TTAATTTGTTGTTAGCTTAAATCCCAGCATTAAGTCTTT
          1 TTAATTTGTTGTTAGCTTAAAT-CCAGCATTAAGCCTTT

       1655 TCCAATTTGC


Statistics
Matches: 368,  Mismatches: 54, Indels: 51
        0.78            0.11        0.11

Matches are distributed among these distances:
  48   38  0.10
  51    1  0.00
  53    2  0.01
  54    2  0.01
  57    2  0.01
  58    4  0.01
  59   78  0.21
  60  201  0.55
  61    3  0.01
  62   33  0.09
  63    3  0.01
  64    1  0.00

ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.18, T:0.39


Consensus pattern (59 bp):   
TTAATTTGTTGTTAGCTTAAATCCAGCATTAAGCCTTTCGCAACGTGCTCCACGTGATG

Done.