Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga03g00306.N2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1881
ACGTcount: A:0.28, C:0.08, G:0.36, T:0.29
Found at i:578 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 425--700 Score: 435
Period size: 90 Copynumber: 3.1 Consensus size: 90
415 TAGCAAGAGG
* * *
425 TGGTGGTAAAGGTGTTGGAGTTGGAGGTAATATTGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTG
1 TGGTGGTAAAAGTGTTGGATTTGGAGGTAATATAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTG
*
490 GTGGAAGTGGCAGCGGTAATATTGC
66 GTGGAAGTGGTAGCGGTAATATTGC
* **
515 TGGTGGTAAAAGTGTTGGATTTGGAGGTAATATAGGAGGACAAGGAGGATTTGGTCAAAAAGGTG
1 TGGTGGTAAAAGTGTTGGATTTGGAGGTAATATAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTG
** * *
580 AAGCAAGTAGTAGCGGTAATATTGC
66 GTGGAAGTGGTAGCGGTAATATTGC
*
605 TGGTGGTAAAAGTGTTGGATTTGGAGGTAACATAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTG
1 TGGTGGTAAAAGTGTTGGATTTGGAGGTAATATAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTG
*
670 GTGGAAGTGGTAGCAGTAATATTGC
66 GTGGAAGTGGTAGCGGTAATATTGC
695 TGGTGG
1 TGGTGG
701 AGTAGGAGGG
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 20, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
90 166 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.05, G:0.41, T:0.26
Consensus pattern (90 bp):
TGGTGGTAAAAGTGTTGGATTTGGAGGTAATATAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTG
GTGGAAGTGGTAGCGGTAATATTGC
Found at i:740 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 637--1609 Score: 1125
Period size: 66 Copynumber: 14.7 Consensus size: 66
627 GGAGGTAACA
* *
637 TAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCAG-TAATATTGCTGGTGG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGC-GCTAATGTTGCTGGTGG
701 AG
65 AG
* * *
703 TAGGAGGGCAAGGAGGATTTGGAGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGATGGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
768 G
66 G
* *
769 TAGGA---CAAGGAGGTTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTGCTGGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
831 G
66 G
* * * *
832 TAGGAGGGCAAGG-GGGATTTGGTGGAAAAGGTGGTAGAAGTAGTAGCGTTAATGTTGTTGGTGG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGG-TTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGG
896 AG
65 AG
* * * * *
898 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGATGGAAAAGGTAGTGGAAGTGGTAGCACTAATATTGCTCGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
963 G
66 G
* * * *
964 TAGGAGGGCAAGAAGGGTTTGGTGGTAAAGGTGGTGGAAGTGGAGGTGGTAGTGGTAATGTTGCT
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGG-A----A-GTGGTAGCGCTAATGTTGCT
*
1029 GGTGGAT
60 GGTGGAG
* * ** *
1036 TTGGAGGGAAAGGAGAATTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
*
1101 T
66 G
* *
1102 TTGGTGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCAAGTGATAGAGCTAAT
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTA--GC----------GCTAAT
1167 GTTGCTGGTGGAG
54 GTTGCTGGTGGAG
* * *
1180 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGTGCTAATGCTGCGGGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
1245 G
66 G
* * * * *
1246 TAGGAGGGAAAGAAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGCGGTAGTGCTAATGCTGCTGGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
1311 G
66 G
* * * * *
1312 TAGGAGGGAAAGAAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGTGCTAATGCTGCTGATGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
1377 G
66 G
* *
1378 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGCAACGCTAATGTTGCTGGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
*
1443 A
66 G
* * ***
1444 TAGGAGGGAAAGGAGGG--T--T--------TGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTATAGGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
1497 G
66 G
* * *** *
1498 TAAGAGGACAAGGTCAGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTAGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
1563 G
66 G
* *
1564 TAGGAGGCCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAG
1610 AGGTGACTTG
Statistics
Matches: 778, Mismatches: 93, Indels: 72
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
54 39 0.05
56 1 0.00
58 1 0.00
62 1 0.00
63 59 0.08
64 1 0.00
65 3 0.00
66 550 0.71
67 5 0.01
68 2 0.00
71 2 0.00
72 52 0.07
76 1 0.00
78 61 0.08
ACGTcount: A:0.26, C:0.06, G:0.45, T:0.23
Consensus pattern (66 bp):
TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
G
Found at i:1269 original size:414 final size:399
Alignment explanation
Indices: 654--1609 Score: 1089
Period size: 414 Copynumber: 2.4 Consensus size: 399
644 ACAAGGAGGG
*
654 TTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCAGTAATATTGCTGGTGGAGTAGGAGGGCAAGGAGG
1 TTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAGCAGTAATATTGCTGGTGGAGTAGGAGGGCAAGGAGG
*
719 ATTTGGAGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGATGGTGGAGTAGGACAAGGAGGTT
66 ATTTGGAGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGATGGTGGAGTAGGACAAGGAGGGT
* * * *
784 TTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTGCTGGTGGAGTAGGAGGGCAAGGGGGA
131 TTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGCTGCGGGTGGAGTAGGAGGGAAAGAGGGA
* * * * * *
849 TTTGGTGGAAAAGGTGGTAGAAGTAGTAGCGTTAATGTTGTTGGTGGAGTAGGAGGGCAAGGAGG
196 TTTGGTGGAAAAGGTGGTAGAAGCAGTAGCGCTAATGCTGCTGGTGGAGTAGGAGGGAAAGAAGG
*
914 GTTTGATGGAAAAGGTAGTGGAAGTGGTAGCACTAATATTGCTCG-TGGAGTAGGAGGGCAAGAA
261 GTTTGATGGAAAAGGTAGTGGAAGTGGTAGCACTAATACTGCT-GATGGAGTAGGAGGGCAAGAA
*
978 GGGTTTGGTGGTAAAGGTGGTGGAAGTGGAGGTGGTAGTGGTAATGTTGCTGGTGGATTTGGAGG
325 GGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGAGGTGGTAGTGGTAATGTTGCTGGTGGATTTGGAGG
1043 GAAAGGAGAA
390 GAAAGGAGAA
* * * *
1053 TTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAGC-GCTAATGTTGCTGGTGGATTTGGTGGGCAAGGAG
1 TTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAGCAG-TAATATTGCTGGTGGAGTAGGAGGGCAAGGAG
* * *
1117 GGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCAAGTGATAGAGCTAATGTTGCTGGTGGAGTA
65 GATTTGGAGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTA--GC----------GCTAATGTTGATGGTGGAGTA
**
1182 GGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGTGCTAATGCTGCGGGTGGAGT
118 GGA---CAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGCTGCGGGTGGAGT
* * *
1247 AGGAGGGAAAGAAGGG-TTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGCGGTAGTGCTAATGCTGCTGGTGGA
180 AGGAGGGAAAG-AGGGATTTGGTGGAAAAGGTGGTAGAAGCAGTAGCGCTAATGCTGCTGGTGGA
* * ** *
1311 GTAGGAGGGAAAGAAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGTGCTAATGCTGCTGATGG
244 GTAGGAGGGAAAGAAGGGTTTGATGGAAAAGGTAGTGGAAGTGGTAGCACTAATACTGCTGATGG
* * *
1376 AGTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGCA------A-CGCTAATGTT
309 AGTAGGAGGGCAAGAAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGG-AGGTGGTAGTGGTAATGTT
* * **
1434 GCTGGTGGAATAGGAGGGAAAGGAGGG
373 GCTGGTGGATTTGGAGGGAAAGGAGAA
* * * * *
1461 TTTGGTGG--AA-GTGGTAGCAC---TA--ATGT--TA-T--AGGTGGAGTAAGAGGACAAGGTC
1 TTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAGCA-GTAATATTGCTGGTGGAGTAGGAGGGCAAGG--
* * *
1513 A-G-TTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTAGTGGAGTAGGAGGCCAAG
63 AGGATTTGGAGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGATGGTGGAGTAGGA---CAAG
*
1576 GAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAG
125 GAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAG
1610 AGGTGACTTG
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 50, Indels: 61
0.81 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
384 62 0.13
394 2 0.00
396 43 0.09
397 1 0.00
398 3 0.01
399 86 0.18
401 3 0.01
402 3 0.01
405 8 0.02
406 2 0.00
408 39 0.08
409 1 0.00
411 23 0.05
413 1 0.00
414 203 0.42
415 4 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.06, G:0.45, T:0.24
Consensus pattern (399 bp):
TTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAGCAGTAATATTGCTGGTGGAGTAGGAGGGCAAGGAGG
ATTTGGAGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGATGGTGGAGTAGGACAAGGAGGGT
TTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGCTGCGGGTGGAGTAGGAGGGAAAGAGGGA
TTTGGTGGAAAAGGTGGTAGAAGCAGTAGCGCTAATGCTGCTGGTGGAGTAGGAGGGAAAGAAGG
GTTTGATGGAAAAGGTAGTGGAAGTGGTAGCACTAATACTGCTGATGGAGTAGGAGGGCAAGAAG
GGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGAGGTGGTAGTGGTAATGTTGCTGGTGGATTTGGAGGG
AAAGGAGAA
Found at i:1510 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 1373--1590 Score: 337
Period size: 120 Copynumber: 1.8 Consensus size: 120
1363 ATGCTGCTGA
* * ** *
1373 TGGAGTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGCAACGCTAATGTTGCTG
1 TGGAGTAAGAGGACAAGGACAGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGCAACGCTAATGTTGCTA
*
1438 GTGGAATAGGAGGGAAAGGAGGGTTTGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTATAGG
66 GTGGAATAGGAGGCAAAGGAGGGTTTGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTATAGG
* * *
1493 TGGAGTAAGAGGACAAGGTCAGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTA
1 TGGAGTAAGAGGACAAGGACAGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGCAACGCTAATGTTGCTA
* *
1558 GTGGAGTAGGAGGCCAAGGAGGGTTTGGTGGAA
66 GTGGAATAGGAGGCAAAGGAGGGTTTGGTGGAA
1591 AAGGTGGTGG
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 11, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
120 87 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.06, G:0.44, T:0.22
Consensus pattern (120 bp):
TGGAGTAAGAGGACAAGGACAGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGCAACGCTAATGTTGCTA
GTGGAATAGGAGGCAAAGGAGGGTTTGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTATAGG
Done.