Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga03g02174.F2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3491
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.21, T:0.35
Found at i:2562 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 2532--3125 Score: 453
Period size: 23 Copynumber: 25.9 Consensus size: 23
2522 TAGTAAATGT
*
2532 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
2555 TGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TGC
* * *
2578 TGGAAATTG-AGATGTTTTA-TCGT
1 TGCAAATTGAAG-TGTTTAAGT-GC
* * * * *
2601 TG-TAATTGAGGTGTATAAATGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
** * **
2623 TGTTAATTGAAATGTCAAAGTGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
2646 TGCAAATTGAAGTGTTTTAA-TGC
1 TGCAAATTGAAGTG-TTTAAGTGC
* *
2669 TGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
*
2692 TACAAATTGAAGTGTTTGAA-TGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTT-AAGTGC
* * *
2715 TGTAAATTTAAGTGTTT-AGATGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TGC
** * *
2738 TGTTAATTGAAATGTTAAAGTGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
2761 TGCAAATTGAAGTGTTTTAA-TGC
1 TGCAAATTGAAGTG-TTTAAGTGC
* *
2784 TGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
2807 TGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTT-AAGTGC
* * *
2830 TGTAAATTGAAGTGTTGAAATGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
* *
2853 TGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
*
2876 TACAAATTGAAGTGTTTGAA-TGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTT-AAGTGC
* *
2899 TGTAAATTGAAGTGTTTAAATGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
* * * * *
2922 TGTAAATTGAAGGGCTTAAATGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
*
2945 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
2968 TGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TGC
* * *
2991 TGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGC
1 TGCAAATTGAAG-TGTTTAAGT-GC
* * * * *
3014 TG-TAATTGAGGTGTATAAATGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
** *
3036 TGGTAATTG-AGATGTTAAAGTGC
1 TGCAAATTGAAG-TGTTTAAGTGC
* *
3059 TGCAAATTGAAGTGTTTAAATGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
* * * *
3082 TGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
3105 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGT
3126 ACTTATTTTG
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 82, Indels: 56
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.00
22 49 0.11
23 392 0.85
24 19 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.24, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
Found at i:2722 original size:69 final size:68
Alignment explanation
Indices: 2525--3123 Score: 500
Period size: 69 Copynumber: 8.7 Consensus size: 68
2515 ATATTAGTAG
* * * * ** *
2525 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTG-AG
1 TAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
2589 ATGTT
65 -TGTT
* * * * ** * * *
2594 T-TATCGTTGT-AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAATG-TCAAAGTGCTGCAAATTGA
1 TAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGA
2656 AGTGTT
63 AGTGTT
* * * *
2662 TTAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTACAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTTAAG
1 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
2727 TGTT
65 TGTT
* * * * *
2731 TAGATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTTAATGCTGTAAATTGAAG
1 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
2796 TG-T
65 TGTT
* * * *
2799 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTGAAATGCTGTAAATTGAA
1 TAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA
2864 GTG-T
64 GTGTT
** * *
2868 TAAAGTGCTACAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA
1 TAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA
* *
2933 GGGCT
64 GTGTT
* * * * ** * *
2938 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AG
1 TAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
3002 ATGTT
65 -TGTT
* * * ** *
3007 T-TATCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAATGTTGGTAATTG-AGATG-TTAAAGTGCTGCAAATTG
1 TAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGTAAATTG
3068 AAGTGTT
62 AAGTGTT
* *
3075 TAAATGTTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAA
1 TAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA
3124 GTACTTATTT
Statistics
Matches: 433, Mismatches: 75, Indels: 43
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
67 9 0.02
68 99 0.23
69 306 0.71
70 19 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.24, T:0.38
Consensus pattern (68 bp):
TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGT
GTT
Done.