Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga04g00444.N4

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3738
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.36


Found at i:72 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 64--98  Score: 70
    Period size: 3  Copynumber: 11.7  Consensus size: 3

         54 CTTTACTCTT

                                                          
         64 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT
          1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT

         99 TTCTTTCAGC


Statistics
Matches: 32,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
   3   32  1.00

ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.00, T:0.69


Consensus pattern (3 bp):   
TTA

Found at i:2594 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 2586--2632  Score: 94
    Period size: 3  Copynumber: 15.7  Consensus size: 3

       2576 TAGTTTACTC

                                                                          
       2586 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT

       2633 GTGGCATTGG


Statistics
Matches: 44,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
   3   44  1.00

ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.