Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga04g00514.N4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2701
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.20, T:0.37
Found at i:1212 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1185--1698 Score: 381
Period size: 23 Copynumber: 22.5 Consensus size: 23
1175 TAAATGTTGC
* *
1185 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
*
1208 AAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTTAAG-TGCTGT
*
1231 AAATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAGT-GCTGT
* * * *
1254 -AATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
* * * *
1276 TAATTGAAATGTTAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
1299 AAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTT-AAGTGCTGT
* *
1322 AAATTGAAATGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
* * * *
1345 AAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
* *
1368 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
*
1391 AAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTTAAG-TGCTGT
* *
1414 ACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAGT-GCTGT
* * * *
1437 -AATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
* * *
1459 TAATTGAGGTGTTAAAGTGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
*
1482 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
* * * *
1505 AAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
*
1528 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
*
1551 AAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTTAAG-TGCTGT
* *
1574 ACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAGT-GCTGT
* * * * *
1597 -AACTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
* * * *
1619 TAATTGAGGTGTTAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
*
1642 AAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTAT
1 AAATTGAAGTGTTT-AAGTGCTGT
*
1665 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
1688 AAATTGAAGTG
1 AAATTGAAGTG
1699 CAGTTAAATG
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 74, Indels: 50
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 58 0.15
23 327 0.83
24 7 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
Found at i:1482 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 1316--1698 Score: 685
Period size: 160 Copynumber: 2.4 Consensus size: 160
1306 AGTGTTTGAA
*
1316 TGCTGTAAATTGAAATGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
*
1381 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGT
66 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAACTGAGGT
1446 GTATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAG
131 GTATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAG
1476 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
*
1541 TAAGTACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAACTGAGGT
66 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAACTGAGGT
1606 GTATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAG
131 GTATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAG
* * * * * *
1636 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTG
1699 CAGTTAAATG
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 9, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
160 214 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAACTGAGGT
GTATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAG
Found at i:1488 original size:183 final size:183
Alignment explanation
Indices: 1175--1565 Score: 656
Period size: 183 Copynumber: 2.1 Consensus size: 183
1165 ATATTAGTAG
1175 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGA
1 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGA
1240 TGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTG
66 TGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTG
* * *
1305 AAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAATGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCT
131 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAATGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCT
*
1358 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGA
1 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGA
** *
1423 TGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAGTGCTGTAAATTG
66 TGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTG
* * *
1488 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
131 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAATGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCT
* ** *
1541 TAAGTACTGTAAATTGAAGTGTTTA
1 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTA
1566 GTTGCTGGAC
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 14, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
183 194 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.24, T:0.39
Consensus pattern (183 bp):
TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGA
TGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTG
AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAATGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCT
Found at i:1557 original size:137 final size:135
Alignment explanation
Indices: 1334--1698 Score: 398
Period size: 137 Copynumber: 2.7 Consensus size: 135
1324 ATTGAAATGT
* * *
1334 TTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAA
1 TTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAA
* * * * *
1399 GTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGT
65 GTGTTTAAG-TGCTGTAAATTGAAG-TG-TTTAGTCGCTGGACATTGAGATGT-TAAATCGCTG-
*
1459 TAATTGAGGTG
125 TAACTGAGGTG
* * *
1470 TTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA
1 TTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGA
* * **
1535 AGTGTTTAAGTACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAAC
64 AGTGTTTAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTTTAGTCGCTGGACATTGAGATGTTAAATCGCTGTAAC
1600 TGAGGTG
129 TGAGGTG
* * * * **
1607 TATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGA
1 T-TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGA
*
1672 AGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG
64 AGTGTTTAAGTGCTGTAAATTGAAGTG
1699 CAGTTAAATG
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 28, Indels: 15
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
136 14 0.07
137 159 0.82
138 20 0.10
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (135 bp):
TTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG
TGTTTAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTTTAGTCGCTGGACATTGAGATGTTAAATCGCTGTAACTG
AGGTG
Found at i:1625 original size:183 final size:183
Alignment explanation
Indices: 1182--1708 Score: 627
Period size: 183 Copynumber: 2.9 Consensus size: 183
1172 TAGTAAATGT
* * * **
1182 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTTA
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTCGCTGGACACTGAGATGTTAAA
* *
1247 TCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
66 TCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTT
* * * * **
1312 TGAATGCTGTAAATTGAAATGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
131 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATAC
* * **
1365 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTA
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTCGCTGGACACTGAGATGTTAAA
*
1430 TCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTT
66 TCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTT
* * *
1495 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAC
131 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATAC
* * * * * *
1548 TGTAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGTA-ACTGAGGTGTA
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TACTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGTCGCTGGACACTGAGATGT-
* * ** * *
1609 TAAAT-GTTGTTAATTGAGGTGT-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAATTG
62 TAAATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGTAAATTG
1671 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCAGTTAAATG
124 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGC--TTAAATG
1709 GTATTTATTG
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 30, Indels: 16
0.87 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
182 19 0.06
183 271 0.89
184 8 0.03
185 7 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.24, T:0.38
Consensus pattern (183 bp):
TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTCGCTGGACACTGAGATGTTAAA
TCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTT
TAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATAC
Found at i:2310 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 2249--2349 Score: 184
Period size: 43 Copynumber: 2.3 Consensus size: 43
2239 TTAATTTTTA
* *
2249 TGACCTTTAACGGCGTTTGTGGGAAAAGCGCCGCTAAAGGTCT
1 TGACCTTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAGCGCCGCTAAAGGTCC
2292 TGACCTTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAGCGCCGCTAAAGGTCC
1 TGACCTTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAGCGCCGCTAAAGGTCC
2335 TGACCTTTAGCGGCG
1 TGACCTTTAGCGGCG
2350 CCTTTTTAAA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 56 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.23, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (43 bp):
TGACCTTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAGCGCCGCTAAAGGTCC
Done.