Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga04g00514.N8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2704
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.20, T:0.37
Found at i:1215 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1188--1701 Score: 381
Period size: 23 Copynumber: 22.5 Consensus size: 23
1178 TAAATGTTGC
* *
1188 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
*
1211 AAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTTAAG-TGCTGT
*
1234 AAATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAGT-GCTGT
* * * *
1257 -AATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
* * * *
1279 TAATTGAAATGTTAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
1302 AAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTT-AAGTGCTGT
* *
1325 AAATTGAAATGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
* * * *
1348 AAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
* *
1371 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
*
1394 AAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTTAAG-TGCTGT
* *
1417 ACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAGT-GCTGT
* * * *
1440 -AATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
* * *
1462 TAATTGAGGTGTTAAAGTGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
*
1485 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
* * * *
1508 AAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
*
1531 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
*
1554 AAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTTAAG-TGCTGT
* *
1577 ACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAGT-GCTGT
* * * * *
1600 -AACTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
* * * *
1622 TAATTGAGGTGTTAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
*
1645 AAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTAT
1 AAATTGAAGTGTTT-AAGTGCTGT
*
1668 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
1691 AAATTGAAGTG
1 AAATTGAAGTG
1702 CAGTTAAATG
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 74, Indels: 50
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 58 0.15
23 327 0.83
24 7 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGT
Found at i:1485 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 1319--1701 Score: 685
Period size: 160 Copynumber: 2.4 Consensus size: 160
1309 AGTGTTTGAA
*
1319 TGCTGTAAATTGAAATGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
*
1384 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGT
66 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAACTGAGGT
1449 GTATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAG
131 GTATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAG
1479 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
*
1544 TAAGTACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAACTGAGGT
66 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAACTGAGGT
1609 GTATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAG
131 GTATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAG
* * * * * *
1639 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTG
1702 CAGTTAAATG
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 9, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
160 214 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAACTGAGGT
GTATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAG
Found at i:1491 original size:183 final size:183
Alignment explanation
Indices: 1178--1568 Score: 656
Period size: 183 Copynumber: 2.1 Consensus size: 183
1168 ATATTAGTAG
1178 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGA
1 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGA
1243 TGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTG
66 TGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTG
* * *
1308 AAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAATGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCT
131 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAATGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCT
*
1361 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGA
1 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGA
** *
1426 TGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAGTGCTGTAAATTG
66 TGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTG
* * *
1491 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
131 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAATGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCT
* ** *
1544 TAAGTACTGTAAATTGAAGTGTTTA
1 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTA
1569 GTTGCTGGAC
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 14, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
183 194 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.24, T:0.39
Consensus pattern (183 bp):
TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGA
TGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTG
AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAATGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCT
Found at i:1560 original size:137 final size:135
Alignment explanation
Indices: 1337--1701 Score: 398
Period size: 137 Copynumber: 2.7 Consensus size: 135
1327 ATTGAAATGT
* * *
1337 TTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAA
1 TTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAA
* * * * *
1402 GTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGT
65 GTGTTTAAG-TGCTGTAAATTGAAG-TG-TTTAGTCGCTGGACATTGAGATGT-TAAATCGCTG-
*
1462 TAATTGAGGTG
125 TAACTGAGGTG
* * *
1473 TTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA
1 TTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGA
* * **
1538 AGTGTTTAAGTACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAAC
64 AGTGTTTAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTTTAGTCGCTGGACATTGAGATGTTAAATCGCTGTAAC
1603 TGAGGTG
129 TGAGGTG
* * * * **
1610 TATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGA
1 T-TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGA
*
1675 AGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG
64 AGTGTTTAAGTGCTGTAAATTGAAGTG
1702 CAGTTAAATG
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 28, Indels: 15
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
136 14 0.07
137 159 0.82
138 20 0.10
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (135 bp):
TTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG
TGTTTAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTTTAGTCGCTGGACATTGAGATGTTAAATCGCTGTAACTG
AGGTG
Found at i:1628 original size:183 final size:183
Alignment explanation
Indices: 1185--1711 Score: 627
Period size: 183 Copynumber: 2.9 Consensus size: 183
1175 TAGTAAATGT
* * * **
1185 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTTA
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTCGCTGGACACTGAGATGTTAAA
* *
1250 TCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
66 TCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTT
* * * * **
1315 TGAATGCTGTAAATTGAAATGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
131 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATAC
* * **
1368 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTA
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTCGCTGGACACTGAGATGTTAAA
*
1433 TCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGGTGTTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTT
66 TCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTT
* * *
1498 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAC
131 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATAC
* * * * * *
1551 TGTAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGTA-ACTGAGGTGTA
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TACTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGTCGCTGGACACTGAGATGT-
* * ** * *
1612 TAAAT-GTTGTTAATTGAGGTGT-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAATTG
62 TAAATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGTAAATTG
1674 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCAGTTAAATG
124 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGC--TTAAATG
1712 GTATTTATTG
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 30, Indels: 16
0.87 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
182 19 0.06
183 271 0.89
184 8 0.03
185 7 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.24, T:0.38
Consensus pattern (183 bp):
TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTCGCTGGACACTGAGATGTTAAA
TCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTT
TAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATAC
Found at i:2313 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 2252--2352 Score: 184
Period size: 43 Copynumber: 2.3 Consensus size: 43
2242 TTAATTTTTA
* *
2252 TGACCTTTAACGGCGTTTGTGGGAAAAGCGCCGCTAAAGGTCT
1 TGACCTTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAGCGCCGCTAAAGGTCC
2295 TGACCTTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAGCGCCGCTAAAGGTCC
1 TGACCTTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAGCGCCGCTAAAGGTCC
2338 TGACCTTTAGCGGCG
1 TGACCTTTAGCGGCG
2353 CCTTTTTAAA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 56 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.23, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (43 bp):
TGACCTTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAGCGCCGCTAAAGGTCC
Done.