Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga04g00784.F2

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3358
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.20, T:0.36


Found at i:487 original size:43 final size:41

Alignment explanation


    Indices: 392--505  Score: 106
    Period size: 43  Copynumber: 2.7  Consensus size: 41

        382 TACGGCATGT

                                                   *  *
        392 TATGCGAACCATGTTATAATTTCATGCGAACCTTGCAGTGTGT
          1 TATGCGAACCATGTTAT-ATTTCATGCGAACCTT-CAGTATGA

                *                     *  *              
        435 TATGTGAACCATGTTATATTTCCATGTGAGCTCTAT-AGTATGA
          1 TATGCGAACCATGTTATATTT-CATGCGAAC-CT-TCAGTATGA

                               **        
        478 TATGCGAACC-TGTTATATGACATGCGAA
          1 TATGCGAACCATGTTATATTTCATGCGAA

        506 GGTATGCTAA


Statistics
Matches: 58,  Mismatches: 10, Indels: 8
        0.76            0.13        0.11

Matches are distributed among these distances:
  41    6  0.10
  42   12  0.21
  43   37  0.64
  44    2  0.03
  45    1  0.02

ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.20, T:0.35


Consensus pattern (41 bp):   
TATGCGAACCATGTTATATTTCATGCGAACCTTCAGTATGA

Found at i:689 original size:25 final size:25

Alignment explanation


    Indices: 638--773  Score: 130
    Period size: 25  Copynumber: 5.4  Consensus size: 25

        628 TGCCTTATTA

                  *  *   *        *  
        638 ATATGCAAATATGCTATGTTGAGTG
          1 ATATGCGAACATGTTATGTTGAATG

              *                      
        663 ATGTGCGAACATGTTATGTTGAATG
          1 ATATGCGAACATGTTATGTTGAATG

               *        **           
        688 ATAAGCGAACATACTATGTTGAATG
          1 ATATGCGAACATGTTATGTTGAATG

                                      
        713 ATAT-CTGAACATGTTATGTTGAATG
          1 ATATGC-GAACATGTTATGTTGAATG

                **       *         *  
        738 ATATATGAACATGCTATGATTGAGTG
          1 ATATGCGAACATGTTATG-TTGAATG

                *     
        764 ATATACGAAC
          1 ATATGCGAAC

        774 CCTTAGATAT


Statistics
Matches: 92,  Mismatches: 16, Indels: 5
        0.81            0.14        0.04

Matches are distributed among these distances:
  24    1  0.01
  25   76  0.83
  26   15  0.16

ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.22, T:0.34


Consensus pattern (25 bp):   
ATATGCGAACATGTTATGTTGAATG

Found at i:726 original size:50 final size:50

Alignment explanation


    Indices: 651--773  Score: 160
    Period size: 50  Copynumber: 2.4  Consensus size: 50

        641 TGCAAATATG

                          *                                    
        651 CTATGTTGAGTGATGTGCGAACATGTTATGTTGAATGATA-AGCGAACATA
          1 CTATGTTGAGTGATATGCGAACATGTTATGTTGAATGATATA-CGAACATA

                     *                                 *      *
        701 CTATGTTGAATGATAT-CTGAACATGTTATGTTGAATGATATATGAACATG
          1 CTATGTTGAGTGATATGC-GAACATGTTATGTTGAATGATATACGAACATA

                             *     
        751 CTATGATTGAGTGATATACGAAC
          1 CTATG-TTGAGTGATATGCGAAC

        774 CCTTAGATAT


Statistics
Matches: 64,  Mismatches: 5, Indels: 7
        0.84            0.07        0.09

Matches are distributed among these distances:
  49    1  0.02
  50   47  0.73
  51   15  0.23
  52    1  0.02

ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.23, T:0.34


Consensus pattern (50 bp):   
CTATGTTGAGTGATATGCGAACATGTTATGTTGAATGATATACGAACATA
Done.