Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga04g00804.F1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3076
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.19, T:0.39
Found at i:2480 original size:437 final size:437
Alignment explanation
Indices: 1666--2542 Score: 1754
Period size: 437 Copynumber: 2.0 Consensus size: 437
1656 ATGTATTAAA
1666 TGACTTTGTTGGACATTAGTAAATGGTTTATTAATGTTTAAATGCAAGGGTATTTTAGTAAAAGG
1 TGACTTTGTTGGACATTAGTAAATGGTTTATTAATGTTTAAATGCAAGGGTATTTTAGTAAAAGG
1731 TTTATTATATGTTGTTTAATAAAATGAAGACATGAAATTGGCCATTATTATCATGCATATAGCCG
66 TTTATTATATGTTGTTTAATAAAATGAAGACATGAAATTGGCCATTATTATCATGCATATAGCCG
1796 ATTATATCAAGAAAATAGAAAGAAGAAGACCATCCTAGGGTTCGGTCATTGATTTGCTTGATTAA
131 ATTATATCAAGAAAATAGAAAGAAGAAGACCATCCTAGGGTTCGGTCATTGATTTGCTTGATTAA
1861 GGTATGAATTTTCGTCTGTTTTTGATAATTTCTACGTTTTTATGATCATTGCTTCGTGTTCTTCA
196 GGTATGAATTTTCGTCTGTTTTTGATAATTTCTACGTTTTTATGATCATTGCTTCGTGTTCTTCA
1926 GAACCCATGTTTGAATTTCTGTTTCTGTTGAAGATTATGAAATGTGCCATTGATGATTATATGAG
261 GAACCCATGTTTGAATTTCTGTTTCTGTTGAAGATTATGAAATGTGCCATTGATGATTATATGAG
1991 CTTTGTAATGTTTTTATATGTATTATGAAAGATATATGTGAGATTATCATACTTTGTTCTTGAAT
326 CTTTGTAATGTTTTTATATGTATTATGAAAGATATATGTGAGATTATCATACTTTGTTCTTGAAT
2056 TTTTGATGGAATAGAGCTATTTGGGTTAATTTGTGAAAATAAGGTTT
391 TTTTGATGGAATAGAGCTATTTGGGTTAATTTGTGAAAATAAGGTTT
2103 TGACTTTGTTGGACATTAGTAAATGGTTTATTAATGTTTAAATGCAAGGGTATTTTAGTAAAAGG
1 TGACTTTGTTGGACATTAGTAAATGGTTTATTAATGTTTAAATGCAAGGGTATTTTAGTAAAAGG
2168 TTTATTATATGTTGTTTAATAAAATGAAGACATGAAATTGGCCATTATTATCATGCATATAGCCG
66 TTTATTATATGTTGTTTAATAAAATGAAGACATGAAATTGGCCATTATTATCATGCATATAGCCG
2233 ATTATATCAAGAAAATAGAAAGAAGAAGACCATCCTAGGGTTCGGTCATTGATTTGCTTGATTAA
131 ATTATATCAAGAAAATAGAAAGAAGAAGACCATCCTAGGGTTCGGTCATTGATTTGCTTGATTAA
2298 GGTATGAATTTTCGTCTGTTTTTGATAATTTCTACGTTTTTATGATCATTGCTTCGTGTTCTTCA
196 GGTATGAATTTTCGTCTGTTTTTGATAATTTCTACGTTTTTATGATCATTGCTTCGTGTTCTTCA
2363 GAACCCATGTTTGAATTTCTGTTTCTGTTGAAGATTATGAAATGTGCCATTGATGATTATATGAG
261 GAACCCATGTTTGAATTTCTGTTTCTGTTGAAGATTATGAAATGTGCCATTGATGATTATATGAG
2428 CTTTGTAATGTTTTTATATGTATTATGAAAGATATATGTGAGATTATCATACTTTGTTCTTGAAT
326 CTTTGTAATGTTTTTATATGTATTATGAAAGATATATGTGAGATTATCATACTTTGTTCTTGAAT
2493 TTTTGATGGAATAGAGCTATTTGGGTTAATTTGTGAAAATAAGGTTT
391 TTTTGATGGAATAGAGCTATTTGGGTTAATTTGTGAAAATAAGGTTT
2540 TGA
1 TGA
2543 AGGACTAAAT
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
437 440 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (437 bp):
TGACTTTGTTGGACATTAGTAAATGGTTTATTAATGTTTAAATGCAAGGGTATTTTAGTAAAAGG
TTTATTATATGTTGTTTAATAAAATGAAGACATGAAATTGGCCATTATTATCATGCATATAGCCG
ATTATATCAAGAAAATAGAAAGAAGAAGACCATCCTAGGGTTCGGTCATTGATTTGCTTGATTAA
GGTATGAATTTTCGTCTGTTTTTGATAATTTCTACGTTTTTATGATCATTGCTTCGTGTTCTTCA
GAACCCATGTTTGAATTTCTGTTTCTGTTGAAGATTATGAAATGTGCCATTGATGATTATATGAG
CTTTGTAATGTTTTTATATGTATTATGAAAGATATATGTGAGATTATCATACTTTGTTCTTGAAT
TTTTGATGGAATAGAGCTATTTGGGTTAATTTGTGAAAATAAGGTTT
Done.